Ascalaph Designer

Ascalaph Designer 是一套自由及開源的桌面分子建模與模擬軟體，由 Agile Molecule 開發，主要作者為 Alexey（Alexei）Nikitin。
它在單一 圖形使用者介面（GUI）中整合分子建模與視覺化、分子力學/分子動力學（MM/MD）、以及藉由外部量子化學程式（例如 CP2K 與 ）進行的量子化學計算工作流程。

 版本與平台支援 
 最新公開版本：1.8.94（2015-12-03）。
 授權：GNU GPL v2。
 作業系統：官方主要提供 Windows 版本；官方亦提及可在 Linux 透過 Wine 執行，並曾提供較舊的 Linux 原生版本。
 SourceForge 專案頁顯示最後更新日期為 2016-02-08。

 功能與特性 
 分子建模與視覺化 
Ascalaph Designer 提供多視窗分子圖形顯示與互動式建模工具，包括常見的線框、棒狀、球棒、CPK 等表示法，以及晶體/鏈構建等建模與幾何編輯工具。

 幾何最佳化與分子動力學（MD） 
 幾何最佳化：支援以共軛梯度法等方法進行分子幾何優化。
 分子動力學：支援多時間步長整合（multiple time step integration）與四階積分（fourth order integration）。
 溶劑模型：提供彈性 SPC 水模型（Flexible SPC water model）與隱式水模型（implicit water model）。
 叢集/超級電腦：可配合  進行計算。

 量子化學整合 
Ascalaph Designer 可透過外部程式（如 CP2K 與 Firefly/PC GAMESS）進行能量、幾何優化與由靜電勢導出的電荷（potential derived charges）等量子化學相關工作。

 技術架構 
SourceForge 專案資訊指出 Ascalaph Designer 使用 OpenGL 與 Qt 作為使用者介面技術，主要以 C++ 與 Fortran 開發。

 學術應用 
下列研究工作中明確提及使用 Ascalaph Designer 進行建模、量子化學計算或分子動力學模擬：

 在《Carbohydrate Research》研究中，用 Ascalaph Designer 構建黏液分子與二氧化矽表面結構，並搭配 Firefly 計算電荷，後續以 AMBER94 力場與隱式水條件進行分子動力學模擬。

 在《Zoology》研究中，作者以 Ascalaph Designer 建立黏液相關化合物並以 Firefly/PC GAMESS 進行 ab initio 計算，後續進行分子動力學交互作用模擬。

 在《European Polymer Journal》研究中，作者明確指出分子動力學模擬使用 Ascalaph Designer。

 相關的分子動力學引擎文獻 
  的方法與程式設計曾以 Computer Physics Communications 論文形式發表（DOI: 10.1016/S0010-4655(99)00529-9）。

 參見 
 分子動力學
 計算化學
 分子建模

 AMBER
 GROMACS
 LAMMPS


 CP2K


 外部連結 
 （官方頁）
 （官方下載/版本資訊頁）
 （SourceForge 專案頁）

 註釋 

Category:計算化學軟體
Category:分子模擬軟體
Category:自由科學軟體