BacDive

细菌多样性数据库（），其混成词简称为BacDive，是全球最大的标准化细菌和古菌菌株级信息数据库。

BacDive是一个综合资源，包含有关细菌和古菌菌株的多种数据，包括生物分类学、形态学、生理学、采样和环境数据以及序列信息。该数据库建立在来自培养物保藏中心的精选数据基础上。2025年，BacDive包含99,392个菌株的信息，其中包括21,168个模式菌株。该数据库由莱布尼茨研究所DSMZ—德国微生物与细胞培养物保藏中心有限公司托管，是综合DSMZ数字多样性基础设施的一部分。BacDive是（德国生物信息学基础设施网络）和（欧洲生命科学生物信息基础设施）的成员。于2022年将BacDive指定为全球核心生物数据资源（Global Core Biodata Resource，GCBR）。 2023年，BacDive被另外命名为ELIXIR核心数据资源。

 数据库内容 
BacDive最初于2012年4月发布，旨在标准化并公开菌种保藏中心、其他文库和出版物的菌株数据。首次发布版本包含18,157个菌株的89,758个条目和179个不同用途的数据字段。

如今（截至2024年12月），该数据库涵盖超过1000个不同的数据字段。数据库目前包含2,709,516个条目，涵盖99,392个菌株。每个条目都链接到一个参考文献。 每个菌株的数据分为“名称和分类学”、“形态学”、“培养和生长条件”、“生理和代谢”、“分离、采样和环境信息”、“安全信息”、“序列信息”等类别。

自2023年以来，使用经过精选BacDive数据训练的机器学习模型生成的高质量预测数据可以在题为“基于基因组的预测”的附加部分中找到。

 数据访问 
可以通过图形用户界面（GUI）、RESTful网络服务或SPARQL协议与资源描述框架查询语言端点访问数据。 

GUI提供简单的搜索功能，可自动完成按菌株名称、菌种保藏编号、NCBI分类标识符编号或（INSDC）序列登录号进行搜索。此外，用户还可以使用高级搜索功能，该功能支持130个数据字段的搜索，并通过组合多个字段进行复杂查询。数据可以以逗号分隔值（CSV）格式下载，包含一个或多个菌株。

通过RESTful网络服务门户BacDive内容可以自动访问（需要免费注册）。为了支持应用程序接口（API）的使用，Python和R语言的软件客户端可用。

 其它数据库 
对于BacDive关注范围之外的数据，提供了其它数据库的链接。

DSMZ数字多样性基础设施内的其他数据库：

原核生物标准命名列表
传播媒介多样性（MediaDive）

菌株信息 （Straininfo）
噬菌体多样性数据库（PhageDive）

外部数据库： 
欧洲生物信息研究所（EBI）
生物学意义化学实体数据库（ChEBI）
美国国家生物技术信息中心（NCBI）
微生物图谱（MicrobeAtlas）

参考文献

外部链接

在BacDive上进行简单搜索
在 BacDive上进行高级搜索
BacDive的网络服务 

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Category:生物多样性数据库
Category:線上資料庫