DOCK

UCSF DOCK是由小组于20世纪80年代开发的首个分子对接程序。DOCK使用几何算法来预测小分子的结合模式。 布赖恩·肖切特（）、戴维·凯斯（）、罗伯特·里佐（）是该软件的开发者。

小组目前正在开发DOCK 3和DOCK 6两个版本的程序。

DOCK使用的配体采样方法包括：

 刚性对接：形状匹配，使用放置在袋中的微球并对这些微球和分子进行二分图匹配（所有版本）。
 自由配体使用锚点和增长算法（DOCK 4-6）、数据库的层次对接（DOCK3.5-3.8）进行计算。

戴维·凯斯小组在DOCK 6的打分函数AMBER score中加入了分子动力学引擎。这一功能考虑到了受体的灵活性，并允许在分子对接计算中按含能集成排序。

 参见 


 分子建模


 参考资料 

 外部链接 

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