SAM格式

SAM（Sequence Alignment Map，可直译为“序列比对地图”）是生物信息学中一种用于储存已比对到基因组上的序列信息的文件格式。SAM格式是在千人基因组计划期间由等人为了取代过去的MAQ格式开发出来的。SAM这一名称是参与这一项目的犹他大学教授加博尔·马思决定的。他在现在的SAM格式开发出来以前就开发出了一种同名的结构文件，不过当时他开发的SAM格式更接近于BLAST算法的输出结果。现在SAM格式已成为学界与工业界都广泛接受的生物信息学格式之一，经过数次修正之后，目前的SAM格式甚至也可以储存没有比对到基因组上的序列信息。SAM格式不仅可以储存中的短长度序列的比对信息，也可以储存长至128MB的长序列的比对信息。

SAM格式压缩后以二进制格式表示产生的文件称为BAM格式（）。

格式
SAM格式由头部（header）和比对（alignment section）两部分组成，可以使用软件进行分析和编辑。如果存在头部部分，它必须位于比对部分之前。头部部分以'@'符号开头，以区别于比对部分。比对部分有11个必需字段以及可变数量的可选字段。
列名称数据类型说明1QNAME字符查询模板名称2FLAG整数比对FLAG数字之和3RNAME字符序列比对上的参考序列的名称，在真核生物中一般指染色体编号4POS整数序列上第一个碱基比对到参考序列上的位置，如没有比对上会记为05MAPQ整数比对品质的评分，数值越大代表比对品质越高6CIGAR字符CIGAR值7RNEXT字符双端测序另一端序列比对上的参考序列的名称，在真核生物中一般指染色体编号。单端测序数据中此处会被记为“*”8PNEXT 整数双端测序另一端序列比对到参考序列上的位置，如没有比对上会记为09TLEN整数读长比对到参考序列上的长度，如果和参考序列完全比对，数值上等于读长本身的长度10SEQ字符读长序列信息11QUAL字符读长的测序品质，以Phred-33分数表示

参见
FASTQ格式
BED格式

参考资料

Category:生物信息學