FASTA格式

在生物信息学中，FASTA格式是一种用于记录核酸序列或肽序列的文本格式，其中的核酸或氨基酸均以单个字母编码呈现。该格式同时还允许在序列之前定义名称和编写注释。这一格式最初由软件包定义，但现今已是生物信息学领域的一项标准。

FASTA简明的格式降低了序列操纵和分析的难度，令序列可被文本处理工具和诸如Python、Ruby和Perl等脚本语言处理。

 格式 
FASTA格式中的一条完整序列，包含开头的单行描述行和多行序列数据。描述行行首前置半角大于号（“>”）以和数据行区分。“>”后紧接的内容为该序列的标识符，该行剩余部分则为序列的描述（标识符与描述均非必须）。“>”和标识符之间不应有空格，且建议将单行内容限制在80字符以内。序列的结束以下一条序列的“>”出现为标识。如下为FASTA评论区格式一条序列的示例：

>gi|31563518|ref|NP_852610.1 关，瓦斯4 microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A isoform b [Homo sapiens]
MKMRFFSSPCGKAAVDPADRCKEVQQIRDQHPSKIPVIIERYKGEKQLPVLDKTKFLVPDHVNMSELVKI
IRRRLQLNPTQAFFLLVNQHSMVSVSTPIADIYEQEKDEDGFLYMVYASQETFGFIRENE

上例中，“gi|31563518|ref|NP_852610.1|”是序列的名称。

 历史 
原版FASTA/Pearson格式定义出现在FASTA程序包的文档中。可随FASTA的任一免费版本下载（见fasta20.doc、fastaVN.doc或fastaVN.me，其中VN代表版本号）。

FASTA格式中的一条序列由多行文本组成，每一行的字符数均不能超过120字符，通常不推荐超过80字符。这一限制可能与软件为单行显示预分配固定大小内存有关：当时大部分的用户都使用DEC VT（或其兼容）终端，而这一终端单行支持显示的字符数上限在80到132个之间。大部分人会将他们的终端配置为字号较大的80字符模式，因此在FASTA中每行只包含80字符或更少（通常为70字符）成为了推荐的做法。此外，标准打印页的一行宽度也在70到80字符之间（取决于字体）。

FASTA文件的首行以一个“>”（大于号）或“;”（分号，较不常见）起始，后者是一条注释。然而，后续以分号起始的各行却会被软件忽略。由于软件只会识别第一条注释，早期会在首行注释中编写序列摘要（以唯一的图书馆登录号起始）；但随时间推移，现在的常见做法是只使用“>”（包括首行），不再使用任何“;”注释（因软件会忽略后者）。

在首行（用于唯一描述序列）之后，是以单字母标准编码表达的实际序列数据。有效编码以外的任何字符（包括空格、制表符、星号等）都会被忽略。在结尾以“*”（星号）以示序列结束亦是早期的一种常见做法（与PIR格式序列类似）；同样因为如上原因，描述和序列之间往往还会留有空行。

如下为一些序列文件的样例：

;LCBO - Prolactin precursor - Bovine
; a sample sequence in FASTA format
MDSKGSSQKGSRLLLLLVVSNLLLCQGVVSTPVCPNGPGNCQVSLRDLFDRAVMVSHYIHDLSS
EMFNEFDKRYAQGKGFITMALNSCHTSSLPTPEDKEQAQQTHHEVLMSLILGLLRSWNDPLYHL
VTEVRGMKGAPDAILSRAIEIEEENKRLLEGMEMIFGQVIPGAKETEPYPVWSGLPSLQTKDED
ARYSAFYNLLHCLRRDSSKIDTYLKLLNCRIIYNNNC*

>MCHU - Calmodulin - Human, rabbit, bovine, rat, and chicken
ADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTID
FPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREA
DIDGDGQVNYEEFVQMMTAK*

>gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus]
LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV
EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG
LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL
GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX
IENY

多序列FASTA文件可由单序列FASTA文件字符串连接而成。这并不与FASTA文件要求首行可以“;”或“>”起始的格式相冲突，因为只要后续所有序列都以“>”起始便可被软件视为不同序列（并推而广之要求序列定义行必须使用“>”）。所以，如上的示例在连接后即为合法的多序列文件。

 描述行 
描述行（定义行）或标题行以“>”开始，紧随着序列的名称和/或唯一标识符，除此还可包含其他信息。在过时的做法中，标题行有时可以有一条以上的标题，并以^A（Control-A）控制符分隔。

在原版的Pearson FASTA格式中，以分号起始的注释可在标题行之后出现。但一些遵守NCBI FASTA规范的数据库和生物信息软件不会识别这些注释。如下为多序列FASTA文件的示例：>SEQUENCE_1
MTEITAAMVKELRESTGAGMMDCKNALSETNGDFDKAVQLLREKGLGKAAKKADRLAAEG
LVSVKVSDDFTIAAMRPSYLSYEDLDMTFVENEYKALVAELEKENEERRRLKDPNKPEHK
IPQFASRKQLSDAILKEAEEKIKEELKAQGKPEKIWDNIIPGKMNSFIADNSQLDSKLTL
MGQFYVMDDKKTVEQVIAEKEKEFGGKIKIVEFICFEVGEGLEKKTEDFAAEVAAQL
>SEQUENCE_2
SATVSEINSETDFVAKNDQFIALTKDTTAHIQSNSLQSVEELHSSTINGVKFEEYLKSQI
ATIGENLVVRRFATLKAGANGVVNGYIHTNGRVGVVIAAACDSAEVASKSRDLLRQICMH

 序列表达 
在标题行和注释之后，是由一行或多行构成的序列数据，其中每行的长度应短于80字符。序列可以是蛋白质序列或核酸序列，其中可以包含空白占位或比对用字符（见序列比对）。序列应以标准的IUB/IUPAC氨基酸和核酸编码表达，除以下例外：允许小写字母，并会被转作大写字母；一个半角连字符可表示一个空白字符；且在氨基酸序列中，U和*是合法字符（见下文）。标准中不允许数字，但部分数据库使用数字来表示序列的位置。

支持的核酸编码如下：
核酸编码含义辅助记忆 A A腺嘌呤（） C C胞嘧啶（） G G鸟嘌呤（） T T胸腺嘧啶（） U U尿嘧啶（） R A、G嘌呤（） Y C、T、U嘧啶（） K G、T、U酮基（） M A、C氨基（） S C、G强（）结合力 W A、T、U弱（）结合力 B非A（如C、G、T、U）后为 D非C（如A、G、T、U）后为 H非G（如A、C、T、U）后为 V 非T非U（如A、C、G）后为N A C G T U任意核酸（） -不定长度空白占位符
支持的蛋白质序列编码（25条氨基酸和3条特殊编码）如下：
氨基酸编码含义 A丙氨酸（） B天冬氨酸（，D）或天冬酰胺（，N） C 半胱氨酸（） D天冬氨酸（） E谷氨酸（） F苯丙氨酸（） G甘氨酸（） H组氨酸（） I异亮氨酸（） J亮氨酸（，L）或异亮氨酸（，I） K赖氨酸（） L亮氨酸（） M甲硫氨酸（） N天冬酰胺（） O吡咯赖氨酸（） P脯氨酸（） Q谷氨酰胺（） R精氨酸（） S丝氨酸（） T苏氨酸（） U硒半胱氨酸（） V缬氨酸（） W色氨酸（） Y酪氨酸（） Z谷氨酸（，E）或谷氨酰胺（，Q） X任意 *翻译终止 - 不定长度空白占位符

 序列标识符 
NCBI标准定义了标题行中序列唯一标识符（SeqID）的格式。在的手册页中有写到：“formatdb可以自动地解析SeqID并创建索引，但在FASTA定义行中的数据库标识符必须遵守FASTA定义行格式的惯例。”

下表为NCBI FASTA定义行的格式（另见"The NCBI Handbook", Chapter 16, The BLAST Sequence Analysis Tool）。
 数据库  格式 GenBank gb|accession|locus EMBL Data Library emb|accession|locus DDBJ, DNA Database of Japan dbj|accession|locus NBRF PIR pir||entry Protein Research Foundation prf||name SWISS-PROT sp|accession|entry name Brookhaven Protein Data Bank pdb|entry|chain Patents pat|country|number GenInfo Backbone Id bbs|number General database identifier gnl|database|identifier NCBI Reference Sequence ref|accession|locus Local Sequence identifier lcl|identifier
上表中的管道符（“|”）并不是巴科斯范式中的分隔符，而是格式本身的一部分。多个标识符可以连接，同样使用管道符分隔。

 压缩 
FASTA文件的压缩需要特制的压缩工具来处理文件里所包含的两部分信息：标识符与序列。为获取更好的压缩率，压缩工具会将之分为两条独立的压缩流处理。例如使用上下文模型和数学编码进行无损压缩的MFCompress算法。

 扩展名 
包含FASTA格式序列的文本文件并无标准的扩展名。下表列出了各种扩展名及其含义。
扩展名含义备注 fasta (.fas)普通FASTA任意普通的FASTA文件。此类扩展名还有fa、seq、fsa。fna核酸FASTA普遍用于表示核酸序列的FASTA文件。ffn核酸编码区FASTA包含基因组编码区的FASTA文件。faa氨基酸FASTA包含表示氨基酸序列的FASTA文件。含有多种蛋白质序列的FASTA文件还可使用更具体的mpfa扩展名。frn非编码RNA FASTA包含以DNA字母编码表示的基因组非编码RNA区（如tRNA、rRNA）的FASTA文件。

 参见 
 FASTA搜索
 FASTQ格式


 参考文献 

 外部链接 
 What is FASTA Format? 什么是FASTA格式.
 HUPO-PSI Standard FASTA Format HUPO-PSI发表的另一种FASTA格式.
 Sequence ID (seqID) Fields in the FASTA Deflines of Sequences from NCBI  FASTA定义行的格式.

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