裸鰓類的譜系學分類

裸鰓類的譜系學分類仍在研究中。一般來說，本支序的物種大致可以分為有角鰓類和無角鰓類兩大類，但若以物種的豐盛度來看，則以海牛類 (裸鰓類)及簑海牛類兩大分類最豐富。不同的文獻對這兩大分類所包含的物種有所出入。以下為最新的分類及過往歷史上曾經出現的主流分類。

概說
裸鰓目原是後鰓目的成員，其科學分類到現在仍在研究中，仍不時會有改動。從18S核醣體DNA的資料顯示，裸鰓類應該是一個單系群。傳統上，裸鰓類的分類如下：

 花鰓類 Anthobranchia
 海牛總科 Doridoidea：又名隱鰓類
 Doridoxoidea
 Onchidoridoidea
 多角總科 Polyceroidea
 枝鰓類 Cladobranchia
 蓑海牛總科 Aeolidioidea
 片鰓海蛞蝓總科 Arminoidea
 枝背海牛總科 Dendronotoidea
 後片鰓海蛞蝓總科 Metarminoidea

另一項2001年的研究卻發現裸鰓類應該分為兩個主要分支：
 Anthobranchia（只包括Bathydoridoidea及海牛總科 ）
 Dexiarchia nom. nov.（Doridoxoidea、Dendronotoidea、Aeolidoidea及Arminoidea）

2005年分類
裸鰓類是異鰓類內物種分類最複雜的：單單是總科以上的就有六個支序。根據2005年的《布歇特和洛克羅伊的腹足類分類》，裸鰓類裸鰓類亞支序（Nudibranchia）大致可以分為下列三個部份：
 有角鰓類支序（Euctinidiacea）
 無角鰓類支序（Dexiarchia）
 總科地位未定
Family Rhodopidae

總科與科
 枝背海牛總科 Dendronotina
 三歧海牛科 Tritoniidae 
 Marianinidae
 Lomanotidae
 Scyllaeidae
 Hancockiidae
 枝背海牛科 Dendronotidae
 二列鰓海牛科 Bornellidae
 Tethyidae
 Dotoidae
 Phylliroidae
 片鰓海蛞蝓總科 Arminoidea
 Pachygnatha
 Madrellidae
 Dironidae
 Zephyrinidae
 Leptognatha
 Goniaeolididae
 Charcotiidae
 Heroidae
 Euarminiacea
 Heterodorididae
 Doridomorphidae
 片鰓海蛞蝓科 Arminidae
 Lemindidae
 蓑海牛总科 Aeolidioidea
 Pleuroprocta
 Notaeolidiidae
 Coryphellidae
 Nossidae
 扇羽鰓科 Flabellinidae 
 Protaeolidiellidae
 Pleurolidiidae
 Acleioprocta
 Pseudovermidae
 Tergipedidae
 菲納鰓科 Fionidae 
 Calmidae
 Eubranchidae
 Cumanotinae
 Eubranchinae
 Cleioprocta
 蓑海牛科 Aeolidiidae
 Myrrhinidae
 海神鰓科 Glaucidae
 Babakininae
 灰翼亞科 Facelininae
 Favorininae
 Pteraeolidiinae
 Glaucinae
 Crateninae
 Herviellinae

2017年分類
根據2017年12月出版的最新分類，裸鰓類從原來的不分等支序改為目級分類單元，依然是裸側類支序的成員，而裸側類亦升為總目級分類單元；但在本分類裸側類不再是直接隸屬直神經類，而是與露齒螺總目共同組成Ringipleura Subterclass這個新成立的分類單元。裸鰓類依然分為枝鰓亞目和海牛亞目兩個亞目：
 枝鰓亞目 Cladobranchia
 ?
 Marianinidae
 Hancockiidae
 Aeolidioidea 
片鰓海蛞蝓總科 Arminoidea 
枝背海牛總科 Dendronotoidea ：原來的枝背海牛類（Dendronotina）
  Dendronotidae Allman, 1845
  Gray, 1853
  MacFarland, 1923
  Bergh, 1890
  Alder & Hancock, 1855
  Rafinesque, 1815
Superfamily Doridoxoidea 
菲納鰓總科 Fionoidea 
扇羽鳃總科 Flabellinoidea 
Superfamily Proctonotoidea 
三歧海牛總科 Tritonioidea 
總科地位未定
二列鰓海牛科 Bornellidae
 海牛亞目 Doridina
Infraorder Bathydoridoidei
 Superfamily Bathydoridoidea 
海牛下目 Doridoidei
 海牛總科 Doridoidea 
 Family Actinocyclidae 
 Family Cadlinidae 
 多彩海麒麟科 Chromodorididae 
Family Discodorididae 
 Family Dorididae 
 Subfamily Miamirinae 
 Superfamily Onchidoridoidea （= Phanerobranchiata Suctoria）
 Family Akiodorididae 
 Family Calycidorididae 
 Family Corambidae 
 Family Goniodorididae 
 Family Onchidorididae 
 葉海牛總科 Phyllidioidea 
 枝鰓海麒麟科 Dendrodorididae 
 Family Mandeliidae 
 葉海牛科 Phyllidiidae 
 多角總科 Polyceroidea （= ）
 Family Aegiridae
 六鰓海麒麟科 Hexabranchidae：又名六鰓海牛科
 優美海麒麟科 Okadaiidae
 多角海牛科 Polyceridae ：又名多角海麒麟科)，併入了Gymnodorididae 。

參考文獻

參看
腹足綱的譜系學分類