Khủng hoảng cuối thời nhà Lý

Vào cuối thời nhà Lý (1009-1225) trong lịch sử Việt Nam, Đại Việt xảy ra loạn lạc, nội chiến, cát cứ trong hơn 22 năm (từ 1207 đến 1229) làm suy yếu nhà Lý và dẫn đến họ Trần lên nắm quyền, mở ra triều đại nhà Trần (1226-1400). Giai đoạn này còn được gọi là cuộc Chuyển giao Lý-Trần. 

Hoàn cảnh
Năm 1175, vua Lý Anh Tông mất, thái tử Lý Long Cán lên ngôi khi mới 2 tuổi, tức vua Lý Cao Tông. Quyền phụ chính được giao phó cho Thái úy Tô Hiến Thành và mẹ vua là Đỗ Thái hậu. Không lâu sau, Tô Hiến Thành do tuổi đã cao cũng qua đời vào năm 1179. Thái hậu cho em trai là Đỗ An Di làm phụ chính. 

Mùa hạ 1181, xảy ra nạn đói lớn, dân chết gần một nửa. 

Tới năm 1190, Đỗ Thái hậu qua đời, vua dùng em vợ là Đàm Dĩ Mông làm thái phó, sử chép Dĩ Mông là người "không có học, làm việc triều chính suy sút". Năm 1188, Cao Tông cho dựng cung Thánh Nghi. Năm 1197, cho dựng cung Nghênh Thiềm, đến năm 1203 lại tiếp tục cho xây dựng hàng loạt cung điện. Nhà vua rong chơi vô độ, xây đền đài không ngớt, nghe ngoài thành có trộm cướp thì lại lờ đi như không biết. 

Khi đang xây dở gác Kinh Thiên, có chim khách đến làm tổ. Quần thần can gián nói: "Xưa Minh Đế nhà Ngụy xây điện Lăng Tiêu, có chim khách làm tổ, Cao Đường Long có nói nói 'Chim khách làm tổ, chim cưu ở đó'.", cho là điềm báo sắp có vương tộc mới thay thế triều Lý, khuyên vua ngừng việc xây cất. Lý Cao Tông mang việc này hỏi hoạn quan Phạm Bỉnh Di. Bỉnh Di thưa rằng: 

Cái gác hoàn thành mà chim khách đến làm tổ, lại sinh ra chim con, vậy là trời cho bệ hạ cái điềm tốt giữ được trăm đời.

Cao Tông nghe rất bằng lòng, bắt dân phu xây cất gấp hơn, khiến nhân dân càng thêm khốn đốn, nên trộm cướp nổi lên khắp nơi. Nhiều cuộc khởi nghĩa của nông dân và ly khai của các hào trưởng địa phương nổ ra như Lê Vãn và Cổ Hoàng Giáp ở Thanh Hóa (1188-1192), Hồ Điệp ở và Ngô Công Lý (1198) ở Diễn Châu, Chân Đăng Châu và Hà Lê năm 1194, Vua đều sai Đàm Dĩ Mông đánh dẹp.

 Diễn biến 

Nổi dậy Đại Hoàng
Năm 1198, người người châu Đại Hoàng (Ninh Bình) là Đinh Khả tự xưng là con cháu của Đinh Tiên Hoàng nổi loạn rồi bị đánh dẹp cũng trong năm. 

Năm 1203, người châu Đại Hoàng là Phí Lang nổi loạn. Vua sai Nguyên soái Trần Hinh cùng Thượng thư bộ Lại Từ Anh Nhĩ dẫn quân phủ Thanh Hóa đánh Đại Hoàng nhưng bị Phí Lang đánh bại tại cửa sông Lộ Bái, Từ Anh Nhĩ bị giết. 

Năm 1204, quân triều đình do Đỗ Kính Tu và Đỗ Anh Doãn đánh Đại Hoàng đều bị thất bại, phải lui quân. Tháng 10, vua sai Đàm Dĩ Mông đang phòng bị biên giới phía nam kéo quân ra bắc xây lũy, đóng hàng chục chiếc thuyền lâu đề phòng Đại Hoàng.  

Năm 1205, Dĩ Mông bị triệu về kinh, người Đại Hoàng kéo quân tập kích khiến quân triều đình đại bại. Tháng 8, vua sai Nguyễn Vị đi chiêu dụ. Phí Lang cùng hơn 170 thủ lĩnh ra hàng. 

Năm 1206, sử sách chép rằng "Lúc này, trong nước đã loạn. Trộm cướp nổi khắp nơi. Đường sá ngăn trở, không nơi nào đi được".  

Năm 1207, Phí Lang lại nổi loạn, đánh ấp Tạp Tự. Tháng 3, Đoàn Khả Liệt và Vương Mãn nổi loạn ở châu Quốc Oai (Hà Tây).

Tháng 5 năm 1214, Trần Tự Khánh đánh tan Đinh Khả và Bùi Đô ở châu Đại Hoàng. Việt Sử lược chép năm 1215, Trần Tự Khánh lại đem quân đánh dẹp Đại Hoàng nhưng bị thua, tướng của Tự Khánh là Nguyễn Đường bị chết đuối. Lực lượng nổi loạn ở Đại Hoàng vẫn cát cứ cho đến hết thời nhà Lý.

Nổi dậy Hồng Châu
Tháng 3 năm 1207, hào trưởng Hồng Châu là Đoàn Thượng và Đoàn Chủ  xây đắp thành lũy, xưng vương hiệu. 

Lý Cao Tông sai Đàm Dĩ Mông, Phạm Bỉnh Di, Trần Hinh cùng Bảo Trinh hợp binh tiến đánh. Thấy thế lực quân triều đình quá mạnh, Đoàn Thượng liền ngầm sai người đem của cải đút lót cho Phạm Du. Phạm Du bèn xin với Cao Tông tha cho Đoàn Thượng. Cao Tông chấp thuận, gọi quân Dĩ Mông và các tướng về. Từ đó, Dĩ Mông, Bỉnh Di và Phạm Du có hiềm khích.

Về sau Đoàn Thượng quy phục vua Cao Tông và tiếp tục phò tá Lý Huệ Tông cho đến khi bị Trần Tự Khánh đánh bại năm 1214. Họ Đoàn tiếp tục cát cứ Hồng Châu cho đến năm 1228.

Phạm Du bất tuân, đất nước phân lập
Năm 1207, vua thấy trộm cướp nổi lên khắp nơi, bèn hối hận, xuống chiếu tạ lỗi rằng: 

"Trẫm còn nhỏ đã nối nghiệp lớn, ở sâu trong cung cấm, không biết nỗi khổ của dân. Từ khi nghe lời tiểu nhân, khiến dân oán trách. Dân đã oán, trẫm biết nương vào ai? Nay nên sửa lỗi, làm lại từ đầu với dân. Những ruộng đất tài sản bị tịch thu, đều trả lại."

Đến năm 1208 lại xảy ra đói kém, người chết đói hàng loạt. Đất nước bắt đầu rơi vào cảnh tê liệt, cát cứ. Người châu Quốc Oai dẫn quân đóng ở Tây Kết, người trại Văn Lôi đóng ở sông Đà Mặc. Đường sá bị cắt đứt, thuyền bè không đi lại được, trộm cướp nổi lên như ong. 

Cao Tông sai Phạm Du coi việc quân ở châu Nghệ An. Phạm Du chiêu nạp nhiều võ sĩ khiến vua lại phải sai Phạm Bỉnh Di dẫn quân ở Đằng Châu (Hưng Yên) đánh dẹp. Du lại về Cổ Miệt kêu gọi Đoàn Thượng, Đoàn Chủ hợp binh làm phản triều đình, đánh Đằng Châu. Sau nhiều trận giao tranh, tháng 2 năm 1209, Phạm Bỉnh Di dẫn quân Đằng Châu và Khoái Châu đánh bại Phạm Du. Phạm Du phải bỏ trốn về Hồng Châu. Bỉnh Di tịch biên gia sản của Du rồi đốt hết. Tháng 4 năm 1209, Phạm Bỉnh Di đánh tan quân Đoàn Thượng, Đoàn Chủ bị tử trận.

Cung biến điện Kim Tinh, Quách Bốc lập vua

Phạm Du lại ngầm sai người về kinh đút lót cho quan lại trong triều, nói rằng Bỉnh Di tàn ác, giết hại người vô tội và kể lể tình oan, xin về kinh đợi tội. Tháng 7 năm 1209, Cao Tông sai Trần Hinh triệu Bỉnh Di về triều. Phạm Du về kinh trước hầu Cao Tông, được vua tin cẩn; Bỉnh Di đến kinh sau, vào triều phụng mệnh. Cao Tông sai bắt Bỉnh Di và con giam ở Thủy viện, muốn xử tử.

Bộ tướng của Bỉnh Di là Quách Bốc nghe tin dẫn binh xông vào cứu chủ, đến cửa Đại Thành bị lính gắc cổng ngăn lại, Bốc cùng người phá cửa mà vào. Vua thấy việc sấp quá, sai giải Bỉnh Di và Phụ vào trong điện Kim Tinh. Phạm Du cùng em là Kinh lúc này từ ngự đường ra, dùng giáo đâm chết cả hai cha con Phạm Bỉnh Di rồi đem Cao Tông chạy trốn.

Quách Bốc sai quân sĩ xông vào, dùng xe ngự bọc thi thể Phạm Bỉnh Di và Phụ ra khỏi thành. Sau đó Bốc vào Vạn Diên cung, đón Vương tử Lý Thẩm lên làm vua. Một số đại thần trong đó có thái sư Đàm Dĩ Mông quy phục Vương tử Thẩm và Quách Bốc.

Vua Cao Tông chạy về Quy Hóa (Phú Thọ) nương nhờ nhà Hà Vạn, một thủ lĩnh miền thiểu số có thế lực. Vương tử Sảm cùng An Toàn hoàng hậu (Đàm thị) chạy về Hải Ấp nương nhờ hào trưởng là Trần Lý, là anh rể của đại thần Tô Trung Từ. Trần Lý lại gả con gái là Trần Thị Dung cho Vương tử Sảm. Vương tử Sảm không có lệnh của vua cha, tự phong tước cho Trần Lý, Phạm Ngu và Tô Trung Từ (làm Điện tiền Chỉ huy sứ). Khi ấy, gia thần của Lý Sảm là Lưu Thiệu đến gặp Trần Lý và Phạm Ngu nói rằng: "Thẩm tuy là trưởng nhưng là con thứ, Sảm tuy nhỏ nhưng là con đích. Xin hai ngài liệu định." Trần Lý và Phạm Ngu tôn Vương tử Sảm làm Thắng vương (勝王).

Vua Cao Tông muốn đánh dẹp thế lực Thuận Lưu (Hải Ấp), sai Phạm Du đi Hồng Châu liên kết với Đoàn Thượng. Truyền rằng Phạm Du còn vội tư thông với công chúa Thiên Cực nên trễ giờ. Phạm Du bèn lên thuyền theo đường sông mà đi, đến nghỉ ở bộ Cổ Châu, bị người Bắc Giang là Nguyễn Nậu và Nguyễn Nãi bắt, giải đến chỗ Vương tử Sảm, rồi bị giết.

Vào cuối năm 1209 đầu năm 1210, loạn Quách Bốc bị đánh dẹp, Tô Trung Từ đón vua Cao Tông về cung. Không rõ về số phận của Lý Thẩm. Đại Việt Sử ký Toàn thư thời Lê chỉ chép rằng: "Anh em họ Trần họp binh dẹp loạn, rước vua về kinh. Trừng trị bọn Quách Bốc làm loạn, xử tội theo mức độ khác nhau." Trần Lý cũng tử trận vào thời gian này. 

Việt sử lược đời Trần thì chép vào mùa thu năm 1209, người Thuận Lưu và Khoái Châu dẫn quân thủy đánh kinh đô. Đạo quân khi gần đến cửa kinh thành thì bị phục binh đánh bại, tan rã. Đại quân bị Liệt hầu phục binh ở vườn Chẩn, quân lính hoảng loạn chạy. Người chèo thuyền tưởng có quân triều đình đến đánh, cho thuyền rời bờ, gặp gió bắc thổi mạnh, thuyền trôi tán loạn. Hai đạo quân nghe thuyền đã mất, đều tan rã. Dân kinh thành truy sát, chết hơn 300 người. 

Tô Trung Từ về phò vua Cao Tông ở kinh thành, trong khi thái tử Sảm vẫn ở Hải Ấp. Đầu năm 1210, Tô Trung Từ phụng mệnh vua đánh quân Khoái Châu. Nhân đó đến Hải Ấp bắt Vương tử Sảm cùng những người khác đón về kinh sư. Con của Trần Lý là Trần Tự Khánh thay cha đem quân chúng về Kinh, được phong là Thuận Lưu Bá. Đàm Dĩ Mông do nhận tước của Lý Thẩm nên bỏ trốn, đem lùng bắt những người nhận phong tước khác để chuộc tội. Tại triều, Dĩ Mông bị Đỗ Anh Doãn đàn hặc là phản nghịch. Tuy nhiên cuối cùng vẫn không bị Lý Cao Tông trị tội, cho giữ chức như cũ.

Huệ Tông lên ngôi, Tô Trung Từ quyền thần
Mùa đông năm 1210, Lý Cao Tông lâm bệnh, băng hà. Thái tử Sảm lên ngôi lúc 16 tuổi, tức Lý Huệ Tông, niên hiệu Kiến Gia. An Toàn Hoàng hậu được tôn làm Hoàng thái hậu, được quyền nhiếp chính, sử sách thường gọi là Đàm Thái hậu. Em bà là Đàm Dĩ Mông giữ chức Thái sư. Đỗ Kính Tu được Cao Tông ủy thác làm Thái úy để chăm lo. Tuy nhiên, Tô Trung Từ trở thành người nắm quyền trong triều. 

Tháng 1 năm 1211, cho rằng Kính Tu có âm mưu sát hại Tô Trung Từ, quan Chi hậu Phụng ngự là Đỗ Quảng bắt Kính Tu giao cho Trung Tự, Kính Tu bị dìm nước cho chết ở trạm Đại Thông. Trung Tự nghe tin Quan nội hầu Đỗ Thế Quy cùng Đỗ Quảng mưu phế lập, dẫn quân tập kích Quy và Quảng trong thành. Tô Trung Từ bắt được Thế Quy, sai chém ở chợ Đông. 

Vừa lên ngôi, vua Huệ Tông sai đón vợ là Trần Thị Dung về cung nhưng Tự Khánh không cho vì vẫn đang loạn lạc. Tháng 2, Trần Tự Khánh mới sai thuộc tướng là Phùng Tá Chu đưa Trần thị đi. Lúc này vừa gặp lúc Tô Trung Tự đang giao chiến với Đỗ Quảng tại cửa Đông, nên Tá Chu tạm đỗ thuyền ở trạm Đại Thông. Trung Tự mượn quân của Trần Tự Khánh đánh bại được Quảng, đem đi chém. 

Tình hình kinh đô tạm yên, nhưng Tô Trung Từ lại tư thông với công chúa Thiên Cực là người cũng từng dan díu với Phạm Du trước đây. Một đêm tháng 6 năm 1211, ông sang Gia Lâm gặp công chúa Thiên Cực thì bị chồng của công chú là quan nội hầu Vương Thượng bắt quả tang và giết chết. Theo luật pháp nhà Lý khi đó, Vương Thượng không bị tội.

Xung đột Đoàn - Trần, họ Đoàn cần vương
Sau cái chết của Tô Trung Từ, kinh thành lại rơi vào cảnh hỗn loạn. Bộ tướng của Trung Từ là Nguyễn Tự lúc trước muốn giết con rể ông là Nguyễn Ma La nên bị tước binh quyền và bỏ trốn sang Quốc Oai, cát cứ tại đây. Nguyễn Tự nghe tin Trung Từ đã chết, bèn trở về kinh sư, dẫn bộ đảng trộm của cải trong Ngự phủ. Bị vua truy đuổi, Nguyễn Tự lẩn trốn ở núi Khô Sách, cát cứ tại đây. 

Nguyễn Ma La thấy cha vợ bị giết, thế cô, bèn mưu dựa vào họ Trần. Ma La sang nói với Trần Thừa là con trưởng của Trần Lý, xin tiến binh dẹp yên vùng Khoái Châu. Ma La lên thuyền đi về Thuận Lưu, giữa đường gặp tướng của Trung Từ là Nguyễn Trinh bắt giết rồi cướp lấy vợ của Ma La là Tô thị đem về. Tô thị bèn sai người tố cáo với Trần Thừa. Ông lập mưu sai Tô thị dụ Nguyễn Trinh đến và giết chết. Lực lượng Tô Trung Từ tan rã, các thế lực Hồng Châu, Khoái Châu và Thuận Lưu lại xung đột. 

Đoàn Thượng đem quân Hồng Châu đánh anh em họ Trần ở ải Hoàng Điểm. Trần Tự Khánh sai bộ tướng Lại Linh cùng tướng Khoái Châu là Nguyễn Đường ra chống cự. Nguyễn Đường bị bắt. Tự Khánh bị thua, sái phá đê cho nước sông chảy tràn vào các ấp rồi về. Người Khoái Châu mất tin tưởng ở họ Trần, quy phục họ Đoàn. 

Trần Tự Khánh nhân lúc kinh thành bỏ trống, mang quân về kinh sư và an táng Tô Trung Từ ở làng Hoạch. Đoàn Thượng và Đoàn Văn Lôi gièm Tự Khánh với vua rằng Tự Khánh định phát binh về kinh, mưu đổi lập. Vua giận, mùa thu tháng 7, ra chiếu các đạo binh đánh Tự Khánh, giáng Trần Thị Dung làm Ngự nữ. Đoàn Thượng và Đoàn Văn Lôi dẫn quân hội sư, vua ra chiếu thăng Thượng làm hầu. 

Mùa đông, Đoàn Thượng cầm quân đánh chiếm được Nam Sách. Tự Khánh sai tướng là Đinh Khôi dẫn quân đánh. Đoàn Thượng bị thất bại phải chạy. Tự Khánh cũng đem quân chiếm được đất Ma Lôi. 

Đàm hậu đồ sát tam vương
Tháng 12 (âm lịch) năm 1211, Tự Khánh kéo binh đến bến Tế Giang, sát ngay kinh thành. Đàm Thái hậu ngờ vực Tự Khánh có ý phế lập. Tự Khánh bèn cắt tóc thề trời. Lại sai Thiên Trinh công chúa tâu rằng mình không có ý khác. Thái hậu vẫn không tin. Đêm đó, Thái hậu sai bắt ba Hoàng tử của vua Cao Tông với các thị thiếp khác là Nhân Quốc vương, Lục hoàng tử và Thất hoàng tử dìm đầu chết ở giếng ngự rồi sai đem xác cả ba người chất trước cửa cung Lâm Quang. Quần thần đều sợ Thái hậu không ai dám can. Vua cùng Thái hậu lánh đến đảo Lãnh Kinh một thời gian.Đại Việt sử ký toàn thư không ghi nhận những sự kiện này, chỉ chép: "Trần Tự Khánh đem quân xâm phạm cửa khuyết xin đón xa giá. Vua lấy làm ngờ, xuống chiếu lấy quân các đạo đi bắt Tự Khánh, giáng nguyên phi làm ngự nữ." và đặt trong thời điểm mùa xuân năm 1213. Trẻ con có bài vè rằng:

Cao Tông táng vị tất, tam thi tích vy nhất.
髙宗葬未畢，三屍積為一。
Cao Tông chôn chưa xong, ba xác một đống nằm.

Trần Tự Khánh được vua ban cho tước hầu, thụy là Chương Thành (彰誠), Khánh rút quân. Huệ Tông, Đàm Thái hầu cùng cận thần vẫn ngầm mưu diệt họ Trần. Trần Tự Khánh và Nguyễn Tự lại liên kết với nhau đề chống lại Đoàn Thượng. Đầu năm 1212, hai người họp nhau ở bến Triều Đông, thề làm bạn "sống chết có nhau, tận trung báo quốc, cùng bình họa loạn". Lại lấy sông Đuống làm giới tuyến, mỗi người thống lĩnh một bên từ Thổ Khối (Bắc Ninh) đến Na Ngạn, các hương ấp dọc đường bộ thuộc về Tự Khánh. Từ Kinh Ngạn bờ sông Hồng, đến Ô Diên thuộc về Nguyễn Tự, hẹn đến tháng 3 năm sau thì họp binh tấn công Hồng Châu. Tự Khánh lại quay về đóng ở Tế Giang bộ. Tướng của Tự Khánh là Đinh Khôi đánh được Lạng Châu, chiếm toàn bộ đất ấy rồi rút. Tháng 4, Tự Khánh đánh quân Hồng Châu tại ấp Trì. 

Không lâu sau, Nguyễn Tự bị chết. Phó tướng là Nguyễn Cuộc (hoặc Cục) thay thế. Vua sai người lên chiêu dụ nhưng bị Cuộc giết chết. Vua thân chinh lên đánh nhưng bị đánh bại, vua thúc ngựa chạy về mới thoát. Không thu phục được vùng Quốc Oai, vua định chạy lên Lạng Châu nhưng Trần Tự Khánh biết được, dẫn quân đến kinh sư, lại sai tướng là Lại Linh và Phan Lân đuổi theo vua, xin nghênh giá về cung. Vua đến trước Phật, thề rằng: "Trẫm đức mỏng, đội ngôi ngọc, khiến gặp loạn ly, sự nghiệp tổ tông sắp đổ, đến nỗi cung giá nhiều lần dời đổi. Nay muốn nhường ngôi trời, nhường cho người hiền đức." Nói xong, rút dao định cắt tóc. Tự Khánh cùng quần thần đều dập đầu đến chảy máu, vua mới thôi. Vua lệnh cho văn võ bá quan đều phải nghe lệnh Chương Thành hầu Tự Khánh.

Chiến tranh giữa triều đình Lý và Chương thành hầu
Đầu năm 1213, thái hậu bí mật sai thị vệ lên lạc với bọn tướng sĩ Phan Thế ở đạo Phù Lạc và Ngô Nãi ở đạo Bắc Giang, hẹn ngày cùng phát binh đánh Tự Khánh. Đúng ngày đã định, các tướng tiến vào tập kích quân của Tự Khánh tại cửa Đại Hưng (cửa nam Long Thành). Quân của Tự Khánh trong cung không phòng bị, thấy Ngô Nãi đến đều tan vỡ. Nãi, Thế thừa thế xông vào hậu cung định bắt mẹ của Tự Khánh là Tô thịMẹ của Trần Tự Khánh là chị hoặc em của Tô Trung Từ. nhưng Tô thị trốn được. Tự Khánh đang ở bến Đại Thông, không hay biết. Bảy ngày sau mới kéo quân vào cấm thành, đốt cầu Ngoạn Thiềm rồi lại trở về Đại Thông.

Vua sai Đàm Dĩ Mông và Đoàn Thượng đều đến hội quân đánh Tự Khánh. Tháng 2, vua thân chinh đánh Tự Khánh tại Mễ Sở. Tự Khánh dẫn quân đánh chiếm Quốc Oai. Mùa hạ tháng 4, vua sai Dĩ Mông đến các quân bên sông Tam Đái để đánh Tự Khánh. Tháng 7, Phạm Dĩ đánh bại Đinh Khôi tại Nam Sách, khiến Khôi phải chạy. Đinh Khôi định làm phản, bị Tự Khánh bắt giết.

Tháng Giêng năm 1214, Trần Tự Khánh hội binh các đạo, thề tại miếu Đỗ Thái úy ở Đông Phù Liệt, định đánh kinh sư. Tự Khánh cho Phan Lân và Nguyễn Nộn dẫn quân Quốc Oai đánh bộ, còn Tự Khánh tự thống lĩnh thủy quân đến sông Đà Mạc đánh hữu ngạn sông Lô. Em họ Tự Khánh là Trần Thủ ĐộThủ Độ là cháu họ bên nội của Trần Lý.  cùng Trần Hiến Thâm và Nguyễn Ngạnh đánh tả ngạn. Vương Lê và Nguyễn Cải tiến đánh cầu phao trạm Triều Đông. Lý Huệ Tông thân chinh cùng Đàm Dĩ Mông cầm quân Bắc Giang và các tướng Hồng Châu hợp đánh. 

Tại Mễ Sở, thuyền vua gặp sương mù dày đặc, không phân biệt được phương hướng. Quân Lê, Cải bắt gặp, đánh trống reo hò thúc quân, quân triều đình chưa giao chiến đã tự tan vỡ, binh sĩ bỏ thuyền lên bờ chạy. Lê, Cải bắt được thuyền rồng. 

Cánh quân do Trần Thừa định tiến đánh hữu ngạn sông Lô, đến trạm An Duyên, gặp quân của Đàm Dĩ Mông và An Nhân vương. Cả hai đều dùng quân tinh nhuệ nghênh chiến, thiệt hại nặng nề. Cánh quân do Thủ Độ, Hiến Thâm tiến đánh trạm Từ Điều lại chiếm được. Phan Lân và Nguyễn Nộn đánh bại các tướng Hồng Châu là Đoàn Cấm và Vũ Hốt tại Chợ Dừa. 

Lúc này vua ở trà đình, nghe các đạo quân đều bại, ra lệnh xe giá vào cấm cung đón Thái hậu cùng lên thuyền chạy về Lạng Châu. Đàm Dĩ Mông cũng chạy về Hồng Châu. Không rõ cuối cùng ông mất năm nào. Họ Đàm mất hẳn người nắm binh quyền. 

Trần Tự Khánh đóng ở Hạc Kiều, sai Lại Linh giữ Nghĩa Trụ, Phan Lân giữ Siêu Loại, Thủ Độ giữ ải Lãng, Phạm Chà giữ ải Bần, Nguyễn Nộn giữ Bắc Giang. Đoàn Thượng, Đoàn Văn Lôi và Đoàn Khả Như giao chiến với Thủ Độ bị đánh bại, phải chạy về bắc. Vua sai tướng là Thân Trường và Thân Nhai đến đánh Nguyễn Nộn đều bị Nộn giết tại cánh đồng Nhụy Duệ.

Tự Khánh lập vua, Nguyễn Nộn phò Huệ Tông
Trần Tự Khánh muốn nghênh Huệ Tông về kinh, tự cắt tóc kèm thư sai người đến Lạng Châu dâng lên vua. Thư chép rằng: 

"Dân tình uất ức, không thấu được lên trên. Cho nên, nhân lòng giận dữ của người trong nước, thần khởi binh dẹp lũ đó, cắt trừ gốc họa, để yên lòng dân mà thôi. Đến như thân phận vua tôi, thần không dám phạm đến một chút nào. Ngờ đâu, phải gánh lấy tội chuyên quyền đánh dẹp, để khiến cho xa giá phải long đong, tự xét tội của thần thật đáng vạn lần chết..."

Vua cùng Thái hậu nghi Tự Khánh lập mưu bắt giữ nên không nghe. Lúc này đoàn xa giá chỉ còn Nội thị phán thủ Trần Hân và 30 người cùng đi, xa giá qua các thôn xóm hẻo lánh, cuối cùng trở về Nam Sách. 

Tự Khánh không đón được Huệ Tông, bèn triệu tập chư vương và bá quan, bàn việc đổi lập. Tự Khánh cho bắt người người trong tộc của Thái hậu là bọn Đàm Kinh BangEm của Đàm Thái hậu và người nhà, trói bằng xích sắt rồi giam ở Mỹ Lộc. Tháng 3, Tự Khánh cho lập một người con của Lý Anh Tông là Huệ Văn vương làm vua mới, lên ngôi tại điện Thiên An, đổi niên hiệu là Càn Ninh (乾寧), xưng là Nguyên vương (元王). 

Tháng 3 năm 1214, quân Hồng Châu do Đoàn Nhuyễn chỉ huy đánh núi Đông Cứu ở Bắc Giang, Nguyễn Nộn đánh đuổi giết chết được Đoàn Nhuyễn, nhưng cũng bị thương ở lưng. 

Tháng 4, nội bộ phe Tự Khánh lại xảy ra phản loạn lớn. Nguyễn Nộn làm phản, xây dựng thế lực cát cứ tại Bắc Giang. Tướng quân ở Cam Giá là Đỗ Bị cũng nổi lên chống lại Tự Khánh. Tự Khánh phát binh vào cung, cướp vàng bạc của quan phủ, sai Lại Linh đốt 19 cung điện ở kinh đô rồi nghênh Nguyên vương đến hành cung Lợi Nhân (Hà Nam). Tự Khánh đóng quân tại trạm Đại Thông, cho đắp lũy tại Nghĩa Trụ. Tự Khánh cùng Nguyễn Nộn giao tranh tại cung Thánh Nghi khiến cung bị đốt cháy.

Tháng 6, vua Huệ Tông cùng Thái hậu từ Nam Sách trở về cung, phong Nguyễn Nộn làm Bắc Giang hầu. Vua bắt đầu dựa vào vào thế lực Nguyễn Nộn. Cục diện trong nước lúc này hình thành ba thế lực: Phía bắc là Nguyễn Nộn, phía đông là Đoàn Thượng, phía nam là Trần Tự Khánh. Ngoài ra còn có Ô Kim hầu Lý Bát ở Hoài Đức. Ở Quy Hóa (miền Yên Bái, Tuyên Quang) có họ Hà, cha truyền con nối cai trị đất trại này. Ngoài ra, còn họ Phạm ở Nam Sách, Đại Hoàng ở Ninh Bình cùng những thế lực nhỏ ở các địa phương. Khắp nơi trong nước vẫn trong tình trạng hết sức hỗn loạn. 

Tháng 7, vua cho đắp lũy từ cửa thành Vạn Xuân đến chợ Cái để chống Tự Khánh. Tháng 9, Tự Khánh sai Nguyễn Ngạnh đưa Đàm Kinh Bang thả về kinh, trình bày rằng mình không có ý khác. Vua nghe Ngạnh đến, sợ bỏ chạy. Ngạnh đi rồi, mới trở về cung. Tự Khánh dẫn dẫn quân đến cửa khuyết. Vua cùng Thái hậu lại chạy tránh nạn. Cùng ngày, Tự Khánh thả quân cướp của cải trong Ngự phủ, rồi đốt cung điện và nhà dân trong kinh thành gần hết.

Tháng sau, vua cùng Thái hậu trở về kinh, thấy cung điện đều bị thiêu rụi, phải sai dựng nhà tranh ở tạm tại miếu Chúc Thánh bên cầu Thái Hòa.

Năm 1215, tháng Giêng, Huệ Tông ban chiếu rằng:

"Trần Tự Khánh tụ đảng hung ác, cướp phá kinh sư, đánh chiếm thủy bộ, gây tổn hại đến tông miếu xã tắc. Từ mùa đông năm ngoái, lửa loạn càng dữ, dẫn quân lính tàn bạo, cướp bóc tài vật của ta, thiêu hủy cung điện, khiến phố phường kinh thành hóa thành tro bụi. Trẫm vì phẫn nộ của muôn dân, nhờ linh thiêng của một tổ sáu tông, thân chinh sáu quân, đích thân chinh phạt. Nay bảo các tướng soái, binh sĩ, đều nghe chiếu chỉ, tận tâm tận lực, để đáp lòng trẫm." 

Quân triều đình đánh được An Duyên, Phú Liệt. Tháng 2, phong cho Nguyễn Nộn làm Bắc Giang vương.

Tự Khánh dẫn quân đóng tại Cứu Liên, chia tướng sĩ chống Nguyễn Nộn. Nguyễn Đường và Nguyễn Tể trấn giữ Khoái Châu, muốn mưu với Nguyễn Nộn để đánh Tự Khánh. Tháng 3, Tự Khánh dẫn quân đánh Khoái Châu, sau nhiều lần giao tranh mới đánh bại được quân Nguyễn Nộn, chiếm Khoái Châu, quy phục Nguyễn Đường và Nguyễn Tể. 

Sau khi dựa vào Nguyễn Nộn chống Tự Khánh thất bại, các nơi đều cát cứ, chính quyền triều đình trở nên ngày càng suy yếu, thậm chí không đủ sức kiểm soát kinh thành, vốn chịu dưới sức ép gia tăng của Trần Tự Khánh. 

Tháng 7, Tự Khánh cho đốt cung Động Nhân, vua phải sai rước thần chủ của Thái hậu Linh Nhân tức Nguyên phi Ỷ Lan về miếu Chúc Thánh. Vua phải ngự điện cỏ tranh coi triều. Vua bảo quần thần: "Trẫm muốn nhường ngôi, các khanh nghĩ sao?". Các quần thần đều khóc can, vua không nghe. Bèn cùng Thái hậu rút dao cạo tóc. Tự Khánh cho đem người trả lại ngai vàng và mũ Bình thiên cho vua.

Huệ Tông về với họ Trần, Tự Khánh nắm quyền
Đầu năm 1216, tướng ở đất Cảo (Từ Liêm) là Đỗ Ất và Đỗ Nhuệ đánh lại nhà vua. Vua phải sai sứ cầu binh Tự Khánh để đánh Nhuệ. Nhuệ chạy sang Nguyễn Nộn. 

Phu nhân Trần Thị Dung từ Ngự nữ lại được phong làm Thuận Trinh Phu nhân. Thái hậu thường chỉ vào Trần phu nhân là bè đảng giặc, nói Huệ Tông đuổi bỏ đi. Bà còn sai người lén bỏ thuốc độc vào bữa cơm của con dâu, Huệ Tông biết được, chia cho vợ đồ ăn của mình và không cho rời khỏi mình. Thái hậu lại sai người đem thuốc độc bắt phu nhân phải tự sát. Vua lại ngăn không cho, rồi đêm ấy cùng với phu nhân lẻn đi trốn đến chỗ quân Thuận Lưu.

Tháng 5, vua cùng phu nhân Trần thị đi thuyền đến bãi Cửu Liên, nơi đóng quân của Tự Khánh. Thái hậu cùng vương tử, công chúa đều ở lại Ô Kim. Tự Khánh gặp vua rất mừng, tướng sĩ đều vui mừng reo hò. Trần Tự Khánh phế vua Càn Ninh xuống làm Huệ Văn vương như cũ. Nguyễn Nộn bị Huệ Tông giáng làm lính. Vua Huệ Tông từ đó nằm dưới sự chi phối của họ Trần. Các anh em, thân thuộc họ Trần được phong các chức văn võ quan trọng trong triều: Tự Khánh làm Thái úy, khi xướng lễ không phải gọi tên. Trần Thừa được phong tước Liệt hầu. Trần Liễu , Phùng Tá Chu và Lại Linh làm Quan nội hầu. Con cả Tự Khánh là Trần Hải được phong là Hiển Đạo vương. Tự Khánh quyết tâm phò Vua đánh Bắc Giang vương Nguyễn Nộn, Hiển Tín vương Nguyễn Bát, Đoàn Văn Lôi ở Hồng châu, Hà Cao ở Quy Hóa. 

Thái hậu dời đến An Xướng, về với quân Nguyễn Nộn. Nguyễn Nộn và Hà Cao nhân danh Thái hậu đánh chiếm các ấp ở Từ Liêm. Tự Khánh dựng điện tranh ngự ở Tây Phù Liệt, mô phỏng theo Đại Nội. Tháng 6, Trần thị hạ sinh con đầu của Huệ Tông, sau phong là Thuận thiên Công chúa. Tháng 12, Trần phu nhân được phong làm Thuận Trinh Hoàng hậu. 

Mùa xuân năm 1217, tháng 3, sử chép vua Huệ Tông do trúng phong nên dần dần phát điên, có khi tự xưng là Thiên tướng giáng trần, tay cầm giáo và mộc, cắm cờ nhỏ vào búi tóc rồi đùa múa từ sớm đến chiều không nghỉ, khi thôi thì đổ mồ hôi nóng bức, uống rượu ngủ li bì đến hôm sau mới tỉnh. Chính sự giao phó cả cho Trần Tự Khánh.

Tự Khánh thu phục các sứ quân
Mùa hè năm 1217, Thái úy Tự Khánh chia quân làm sáu đạo đánh Nguyễn Nộn. Nộn dẫn quân đánh bất ngờ, tập kích Phạm Ân. Quân Ân thua tại cửa đầm Lãnh Kinh, bị Nộn giết hơn 50 người. Nguyễn Nộn thừa thắng tập kích ải đạo nhưng gặp quân Thái úy giao chiến, quân Nguyễn tan vỡ. 

Đoàn Thượng đem quân đầu hàng triều đình. Vua phong Đoàn Thượng làm vương vẫn cho giữ vùng Hồng châu. Tự Khánh gả em gái là Trần Tam Nương cho Hồng hầu là Đoàn Văn Lôi, vỗ yên Hồng châu. 

Thái úy Tự Khánh dẫn quân đánh các ấp ở Phong Châu, các ấp đều ra hàng. Lại dẫn quân đánh các thế lực Đỗ Bị ở Cam Giá, đánh Hiển Tín vương Bát ở Từ Liêm, đều bình định được. 

Nắm 1218, Tự Khánh dẫn quân các đạo đánh Nguyễn Nộn ở Bắc Giang, sai phá đê cho nước tràn vào các hương ấp. Lại Linh theo thế nước đánh, quân Nộn đại bại, bắt được vợ con Nộn. Nộn cùng khoảng hơn 100 người lui về giữ Phù Ninh.

Mùa đông, quân Chiêm Thành và Chân Lạp đến cướp châu Nghệ An, Lý Bất Nhiễm đánh tan, được thăng tước hầu.

Năm 1219, tháng 6, vua đến trạm Triều Đông duyệt quân, đánh Nộn nhưng không thắng. Tự Khánh muốn cùng tướng giữ Nam Sách là Phạm Dĩ bàn mưu đánh Nguyễn Nộn nhưng Dĩ bị ốm chết, Nguyễn Nộn chiếm ấp. Tự Khánh sai các tướng đánh tan quân Nguyễn Nộn tại Nam Sách. Quân Tự Khánh chiếm được Nam Sách, Nộn rút về động An Đinh, Tự Khánh sai đánh nhưng không thắng nổi. 

Mùa đông tháng 12, Nguyễn Nộn bệnh nặng. Thái úy đóng quân tại trạm Triều Đông thì nghe tin Nguyễn Nộn đã mất. Tướng Nộn là Phí Thám đưa Đàm Thái hậu cùng các vương tử, công chúa đến đầu hàng Thái úy. Đại tướng của Nộn là Nguyễn Doanh cũng ra hàng. Bắc Giang từ đấy được bình định. 

Sách Việt sử lược không còn nhắc đến Nguyễn Nộn kể từ sau. Tuy nhiên các bộ Chính sử như Đại Việt sử ký toàn thư và Khâm định Việt sử Thông giám cương mục lại chép khác về Nguyễn Nộn. Đại Việt sử ký không đề cập đến Nguyễn Nộn trước năm 1218, chép rằng vào mùa thu năm ấy, vua xuống chiếu bằt cư sĩ ở chùa Phù Đổng là Nguyễn Nộn, vì "bắt được vàng ngọc mà không đem dâng". Cương mục lại đặt sự kiện trên vào năm 1220. 

Đại Việt sử ký miêu tả vào năm 1219, Tự Khánh tâu xin tha cho Nguyễn Nộn cho đánh giặc tại Quảng Oai để chuộc tội. Năm 1220, Nguyễn Nộn giữ hương Phù đổng, tự xưng là Hoài Đạo Vương, dâng biểu xưng thần, sau đó thế quân của Nguyễn Nộn ngày càng mạnh lên. Sách chép sự cát cứ Nguyễn Nộn, Đoàn Thượng kéo dài đến khi Nguyễn Nộn chết vào năm 1229 mới kết thúc. 

An Nam chí lược đời Trần chỉ chép: "Lúc ấy tướng giặc châu Quốc Oai là Nguyễn Niên, xưng hiệu Kim Thiên đại vương, cùng với người Hồng Lộ là Đoàn Ma Lôi nổi dậy làm phản. Trần Thừa cùng em là Kiến Quốc (tức Trần Tự Khánh) đánh không yên được, bèn giảng hòa với Ma Lôi, hợp sức đánh Niên, bị Niên đánh bại. Sau Niên chết loạn mới yên."

Năm 1220, tháng 4, Trần Tự Khánh cùng Trần Thừa phát binh đánh trại Quy Hóa của Hà Cao. Tự Khánh cùng Trần Thừa theo sông Quy Hóa, Lại Linh và Phan Cụ theo sông Tuyên Quang. Phan Cụ sa lầy, bị tướng Nguyễn Nãi chém. Hà Cao bị quân Tự Khánh vây bốn phía, bèn cùng vợ con thắt cổ chết. Châu Thượng Nguyên và Tam Đái về tay triều đình. 

Tháng 12 năm 1223, Trần Tự Khánh chết, được truy phong làm Kiến Quốc Đại vương. Phong Trần Thừa làm Phụ quốc Thái uý, khi vào chầu không xưng tên. Phùng Tá Chu làm Nội thị phán thủ, thăng Trần Báo làm Hiển Thành vương.

Chuyển giao Lý-Trần
Huệ Tông nhường ngôi cho Chiêu Thánh
Sử sách chép sức khỏe Huệ Tông ngày càng giảm sút. Mùa xuân 1221: "tìm khắp thầy thuốc trong nước để chữa bệnh cho vua, nhưng không hiệu nghiệm gì". Năm 1224: "Bệnh của vua ngày càng tăng mà không có con trai để nối nghiệp lớn, hai công chúa đều được chia các lộ làm ấp thang mộc". 

Tháng 10 năm 1224,Đại Việt sử ký chép tháng 6 năm 1225 Lý Huệ Tông ra chỉ lập công chúa Chiêu Thánh, lúc này mới 6 tuổi, làm Hoàng Thái tử rồi truyền ngôi, đổi niên hiệu là Thiên Chương Hữu Đạo (天彰有道), tôn hiệu là Chiêu Hoàng (昭皇). Lý Huệ Tông làm Thái thượng hoàng.

Họ Trần được ban nhiều chức tước quan trọng, con cháu được tuyển vào cung để sung vào hầu và các chức vụ trong đại nội. Trần Thủ Độ được phong làm Chỉ huy sứ quản lĩnh các quân điện tiền hộ vệ, coi giữ mọi việc quân trong ngoài thành thị. Cháu gọi Thủ Độ bằng bác là Trần Bất Cập làm Cận thị thự lục cục chi hậu, giữ việc hầu cận vua; Trần Thiêm làm Chi ứng cục. Lúc này, Trần Cảnh là con trai của Trần Thừa, mới tám tuổi được làm Chính thủ đưa vào hầu gần Chiêu Hoàng, ban đầu chỉ là ở bên ngoài điện, sau đó phụ trách đưa nước rửa mặt cho Chiêu Hoàng nên vào hầu bên trong. Do Chiêu Hoàng gần gũi hay trêu đùa Trần Cảnh, họ Trần lấy cớ đó dựng nên cuộc hôn nhân giữa Trần Cảnh và Chiêu Hoàng.

Chiêu Hoàng nhường ngôi cho Trần Cảnh, nhà Trần khởi lập
Chính sử chép:  "(Trần Cảnh) giữ việc bưng nước rửa, nhân thế vào hầu bên trong. Chiêu Hoàng trông thấy làm ưa, mỗi khi chơi đêm cho gọi Cảnh đến cùng chơi, thấy Cảnh ở chỗ tối thì thân đến trêu chọc, hoặc nắm lấy tóc, hoặc đứng lên bóng. Có một hôm, Cảnh
bưng chậu nước hầu, Chiêu Hoàng rửa mặt lấy tay vốc nước té ướt cả mặt Cảnh rồi cười trêu, đến khi Cảnh bưng khăn trầu thì lấy khăn ném cho Cảnh". Cảnh đều về tâu với Thủ Độ. Tháng 10 năm 1225, Thủ Độ tự đem gia thuộc thân thích vào trong cung cấm, đóng cửa thành và các cửa cung, sai người coi giữ, các quan vào chầu không được vào. Thủ Độ loan báo rằng: "Bệ hạ đã có chồng rồi". Các quan đều vâng lời, xin chọn ngày vào chầu. Tháng 10, ngày 21, các quan vào chầu lạy mừng.  

Chiêu Hoàng ra chiếu rằng: 
"Từ xưa nước Nam Việt ta đã có đế vương trị thiên hạ. Duy triều Lý ta vâng chịu mệnh trời, có cả bốn biển, các tiên thánh truyền nối hơn hai trăm năm, chỉ vì thượng hoàng có bệnh, không người nối dõi, thế nước nghiêng nguy, sai trẫm nhận minh chiếu, cố gượng lên ngôi, từ xưa đến giờ chưa từng có việc ấy. Khốn nổi trẫm là nữ chúa, tài đức đều thiếu, không người giúp đỡ, giặc cướp nổi lên như ong, làm sao mà giữ nổi ngôi báu nặng nề? Trẫm dậy sớm thức khuya, chỉ sợ không cáng đáng nổi, vẫn nghĩ tìm người hiền lương quân tử để cùng giúp chính trị, đêm ngày khẩn khoản đến thế là cùng cực rồi, Kinh thi có nói "Quân tử tìm bạn, tìm mãi không được, thức ngủ không nguôi, lâu thay lâu thay". Nay trẫm suy đi tính lại một mình, duy có Trần Cảnh là người văn chất đủ vẻ, thực thể cách quân tử hiền nhân, uy nghi đường hoàng, có tư chất thánh thần văn võ, dù đến Hán Cao Tổ, Đường Thái Tông cũng không hơn được. Sớm hôm nghĩ chín từ lâu nghiệm xem nên nhường ngôi báu, để thỏa lòng trời, cho xứng lòng trẫm, mong đồng lòng hết sức, cùng giúp vận nước, hưởng phúc thái bình. Vậy bố cáo thiên hạ để mọi người điều biết." 

Theo Đại Việt sử ký thì Lý Chiêu Hoàng lên ngôi vào tháng 6 năm Ất Dậu (năm 1225) và nhường ngôi vào tháng 11, chỉ vỏn vẹn gần nửa năm trên ngai vàng. Sách này chép: tháng 12, 1225 Huệ Tông triệu Phùng Tá Chu viết:

"Trẫm vì bất đức, bị trời bỏ, không có con nối, truyền ngôi cho con gái. Một âm trị muôn dương, người đời không thuận, tất sinh hối hận. Xét kỹ, không bằng noi xa Đường Nghiêu, gần theo Nhân Tổ,Lý Nhân Tông, không con, truyền ngôi cho cháu. chọn người hiền mà trao. Nay thấy con trai thứ hai của Thái úy tuy còn nhỏ, nhưng tướng mạo phi thường, ắt có thể cứu đời an dân. Muốn nhận làm con, trao ngôi báu, lại gả Chiêu vương cho. Khanh hãy nói với Thái úy giúp trẫm."

Tả phụ Nguyễn Chính Lại nói với Trần Thừa: 
"Nhà Lý ta có nước,  vua hiền thì có đến sáu, bảy người gầy dựng nên cơ nghiệp, mà cái đức của họ lại có thừa, để lại cái ơn trạch thấm nhuần vào lòng người đã lâu dài rồi. Một sớm, nhà vua sợ có người khác họ làm việc kế tự nên mới có ý thăm dò thử, để xem cái ý của ta như thế nào đấy. Nếu ta nhân đó mà nhận lời, thiên hạ tất sẽ bảo Thái úy thực đã có ý soán nghịch".

Thượng Phẩm Phụng ngự Trần Thủ Độ nói rằng: 
"Lời Tả Phụ sai rồi! Nếu mà Hoàng thượng có con trai mà lại nhường ngôi cho nhị lang (chỉ Trần Cảnh) thì việc trái nghĩa ấy ta không thể vâng chiếu được. Nay, Hoàng thượng không người kế tự, ý muốn chọn người hiền để phó thác ngôi cao. Đó là vua bắt chước việc nhường ngôi của nghiêu Thuấn thuở xa xưa. Vậy mà lo ngại nữa sao? Huống chi, ngôi chí tôn không thể để khuyết lâu, mà ý thoái lui của Hoàng thượng thì đã quyết, Hoàng thượng đã dứt khoát chọn người khác họ để cho nối ngôi, liệu ta không muốn nghe theo mà được chăng? Nhị lang được Hoàng thượng chọn cũng là ý trời, trời đã ban cho mà không nhận là có tội ấy. Xin quan Thái úy hãy xét kỹ". 

Ngày mồng một tháng Chạp, cho mở hội lớn, sai văn võ bá quan, điều khiển thuyền rồng, chuẩn bị pháp giá, đến phủ Tinh Cương nghênh rước Trần Thừa. Chiêu Hoàng ngự trên sập báu tại điện Thiên An, các quan mặc triều phục vào chầu, lạy ở dưới sân. Chiêu Hoàng trút bỏ áo ngự mời Trần Cảnh lên ngôi hoàng đế. Đổi niên hiệu là Kiến Trung (建中), đại xá thiên hạ, xưng là Thiện Hoàng, sau đổi là Văn Hoàng. Bầy tôi dâng tôn hiệu là Khải Thiên Lập Cực Chí Nhân Chương Hiếu Hoàng Đế. Kiến Trung Hoàng đế sau được tôn miếu hiệu là Trần Thái Tông, trị vì hơn 50 năm,tại ngôi 33 năm, cương vị Thái thượng hoàng trong 19 năm mở ra thời kỳ triều Trần trong lịch sử Việt Nam. 

Trần Thủ Độ được phong làm Thái sư thống quốcHay Quốc thượng phụ Tôn Thuận Trinh hoàng hậu Trần thị làm Thái hậu, Chiêu Hoàng làm Chiêu Thánh vương hậu, phong em vua (khi ấy mới 2 tuổi) là Nhật Hiệu làm Khâm Thiên Đại vương. 
Trần Thủ Độ lúc này tâu: 
"Hiện nay giặc cướp đều nổi, họa loạn ngày tăng. Đoàn Thượng giữ mạn đông, Nguyễn Nộn giữ mạn bắc, các châu Quảng Oai, Đại Viễn cũng chưa dẹp yên. Nhà Lý suy yếu, thế nước nghiêng nguy, nữ chúa Chiêu Hoàng không gánh vác nổi, mới uỷ thác cho nhị lang. Nhưng Nhị lang chưa am hiểu việc nước, chính sự nhiều chổ thiếu sót, vận nước mới mở, lòng dân chưa phục, mối họa không phải là nhỏ. Ta tuy là chú nhưng không biết chữ nghĩa gì, còn phải rong ruổi đông tây để chống giặc cướp, không gì bằng mời thánh phụ làm thượng hoàng tạm coi việc nước, một hai năm sau thiên hạ nhất thống, lại giao quyền chính cho Nhị lang." 

Các quan đều mời Thánh phụ Trần Thừa làm nhiếp chính. Huệ Tông cùng mẹ là Đàm hậu cùng xuất gia ở chùa Phù Liệt, hiệu là Huệ Quang đại sư. 

Tháng 8 năm 1226, Trần Thủ Độ bức tử Lý Huệ Tông ở chùa Chân Giáo.Nguồn khác ghi chùa Tịnh Giáo Trước đó, Huệ Tông có lần ra chơi ở chợ Đông, dân chúng tranh nhau chạy đến xem, có người thương khóc. Thủ Độ sợ lòng người nhớ vua cũ, sinh biến loạn, cho dời đến ở chùa Chân Giáo trong cung. Bề ngoài giả vờ là để phụng sự, mhưng bên trong thực ra là để dễ bề giữ chặt. 

Sử ký toàn thư chép: Thủ Độ qua trước cửa chùa, thấy Huệ Tông ngồi xổm nhổ cỏ, Thủ Độ nói: "Nhổ cỏ thì phải nhổ cả rễ sâu". Huệ Tông đứng dậy, phủi tay nói: "Điều ngươi nói, ta hiểu rồi". Đoạn Thủ Độ sai người bày biện hương hoa đến bảo Huệ Tông: "Thượng phụ sai thần đến mời". Thượng hoàng nhà Lý nói: "Ta tụng kinh xong sẽ tự tử". Nói rồi vào buồng ngủ khấn rằng: "Thiên hạ nhà ta đã vào tay ngươi, ngươi lại còn giết ta, ngày nay ta chết, đến khi thác con cháu ngươi cũng sẽ bị như thế". Xong vua cũ thắt cổ tự tử ở vườn sau chùa. Thủ Độ ra lệnh cho các quan đến khóc, khoét tường thành đưa linh cữu ra phường Yên Hoa để thiêu, chứa xương vào tháp chùa Bảo Quang, tôn miếu hiệu là Huệ Tông. 

Thuận Trinh Thái hậu vợ Huệ Tông được đem gả cho Trần Thủ Độ, bị giáng thành Thiên Cực Công chúa. Các cung nhân và con gái họ hàng nhà Lý Huệ Tông bị đưa gả cho các tù trưởng người Man. Theo Khâm định Việt sử Thông giám cương mục, Thuận Trinh Hoàng hậu cùng với Thủ Độ được cho là đã tư thông từ trước, cùng bàn mưu ở trong cung để vua nhà Lý truyền ngôi cho nhà Trần. Việt sử tiêu án của Ngô Thì Sĩ (thế kỷ 18) cũng chỉ trích rất gắt gao Thủ Độ và Huệ hậu trong việc này. Sau này Trần Thái Tông không nỡ gọi bà là công chúa do bà từng là hoàng hậu của triều Lý, nên có ban danh cho bà là Quốc mẫu. 

Tháng 10 năm 1226, Trần Thừa được tôn làm Thượng hoàng, ở cung Phụ Thiên.Thượng hoàng Trần Thừa thực tế trở thành người nhiếp chính, nằm quyền của nhà Trần cho đến lúc mất vào năm 1234. Trần Thái Tông tôn mẹ là Thuận Từ Hoàng hậu Lê thị làm Quốc Thánh Hoàng thái hậu.Có sách chép là Bảo Thánh Quốc mẫu. 

Năm 1232, tháng 6, ban bố các chữ quốc húy và miếu húy. Vì Nguyên tổ tên húy là Lý, mới đổi triều Lý làm triều Nguyễn, vả lại cũng để dứt bỏ lòng mong nhớ của dân chúng đối với nhà Lý. 

Mùa đông năm 1232, người họ Lý về quê ngoại nhà Lý ở làng Hoa Lâm, Thái ĐườngNay là xã Mai Lâm, huyện Đông Anh, Hà Nội. làm lễ tế các vua nhà Lý. Thủ Độ cho ngầm đào hố sâu, làm nhà lên trên, đợi khi mọi người uống rượu say, giật máy chôn sống hết các tôn thất nhà Lý.

Năm 1234, Thượng hoàng Trần Thừa mất. Lấy Thái úy Trần Liễu, con trai cả của Trần Thừa làm phụ chính (輔政), đồng thời Trần Liễu được sách phong làm Hiển Hoàng (顯皇). Phong Trần Thủ Độ làm Thống quốc thái sư, Phùng Tá Chu làm Hưng Nhân Vương. Tuy nhiên không lâu sau vào năm 1236, Trần Liễu được cho là đã cưỡng dâm một cung phi cũ của triều Lý nên bị giáng làm Hoài Vương. 

Trần Thủ Độ trở thành phụ chính, nắm mọi quyền hành trong triều khi Thái Tông còn trẻ. Sử ký Toàn thư chép: Thái Tông lấy được thiên hạ đều là mưu sức của Thủ Độ cả, cho nên quốc gia phải nhờ cậy, quyền hơn cả vua. Bấy giờ có kẻ đàn hặc ông, vào gặp Thái Tông khóc mà nói rằng: "Bệ hạ còn thơ ấu mà Thủ Độ quyền át cả vua, xã tắc rồi sẽ ra sao?". Thái Tông lập tức lệnh xe ngựa đến dinh Thủ Độ, bắt cả người đàn hặc ấy đem theo và nói hết những lời người ấy nói cho Thủ Độ biết. Thủ Độ trả lời: "Đúng như những lời hắn nói". Rồi lấy ngay tiền lụa thưởng cho người ấy.

Trước đây con cả của Huệ Tông là Thuận Thiên Công chúa cũng được gả cho Trần Liễu. Năm 1237, sau gần 10 năm mà Thái Tông cùng Chiêu Thánh không có con, Thủ Độ lại ép Thái Tông phải bỏ Chiêu Thánh để lấy chị dâu là Thuận Thiên Công chúa đang có thai ba tháng. Trần Thái Tông cảm thấy chuyện này hổ thẹn, đang đêm trốn khỏi kinh thành lên chùa ở Yên Tử nương nhờ. Trần Thủ Độ vừa dỗ vừa gây sức ép, cuối cùng Thái Tông cũng phải chịu nghe theo. Thuận Thiên Công chúa được lập làm hoàng hậu thay thế, Chiêu Thánh bị giáng làm Công chúa, về sau xuất gia. Vì chuyện này, Hoài Vương Trần Liễu nổi loạn, nhờ có Thái Tông tha cho nên khỏi tội chết.

Quy thuận các thế lực cát cứ, thống nhất giang sơn
Đại Việt sử ký Toàn thư không hề nhắc đến xung đột giữa các sứ quân họ Trần, họ Đoàn, họ Nguyễn từ năm 1213 đến năm 1219. Các sự kiện trong khoảng thời gian này cũng được ghi chép rất vắn tắt, có năm không chép gì. Sử ký Toàn thư cũng không nhắc đến việc Trần Tự Khánh vỗ yên họ Đoàn, dẹp Nguyễn Nộn cùng các sứ quân, thay vào đó cho rằng vai trò này là của Trần Thủ Độ trong giai đoạn sau khi nhà Trần được lập. Những chi tiết trong phần này đều theo Sử ký Toàn thư chép, chưa rõ về độ xác thực do có mâu thuẫn về thời gian với Việt sử lược. 

Đại Việt Sử ký Toàn thư chỉ nhắc đến Nguyễn Nộn lần đầu vào năm 1218 và chép rằng sau năm 1219, Nguyễn Nộn vẫn còn sống, giữ hương Phù đổng, tự xưng là Hoài Đạo Vương; sau khi Trần Tự Khánh mất, thế quân của Nộn lại ngày càng mạnh. 

Sau khi Trần Thái Tông lên ngôi, Người Man ở vùng núi Tản Viên và vùng núi Quảng Oai, Nguyễn Nộn ở Bắc Giang và Đoàn Thượng ở Hồng Châu, người châu Đại Viễn vẫn tiếp tục cát cứ. Vua sai Trần Thủ Độ đi đánh dẹp yên được, trừ Nguyễn Nộn, Đoàn Thượng binh thế còn mạnh, không thắng được. Mới phong cho Nộn làm Hoài Đạo Vương, chia cho các huyện ở Bắc Giang và Đông Ngạn, cũng hẹn phong Đoàn Thượng làm vương, hẹn ngày đến thề nhưng Thượng không đến. 

Năm 1225, Thánh phụ Trần Thừa đánh châu Nghệ An, chiếm được. Năm 1226, Phùng Tá Chu được phong làm Tri phủ Nghệ An. 

Tháng 12 năm 1228, Nguyễn Nộn đem quân đánh, chém được Đoàn Thượng, thống lĩnh cả quân của Thượng, cướp bắt con trai, con gái, tài sản, trâu ngựa đất Hồng Châu. Con của Thượng là Đoàn Văn đem gia thuộc đến hàng. Thanh thế của Đoàn Thượng lừng lẫy. Thủ Độ lo lắng, chia quân chống giữ và sai sứ đem thư đến chúc mừng, phong Nộn làm Hoài Đạo Hiếu Vũ Vương, đưa công chúa Ngoạn Thiềm gả cho Nguyễn Nộn để ngầm dò la tin tức. Nộn để công chúa ở riêng phòng tại doanh trại nên không cho công chúa biết được gì cả. 

Tháng 3 năm 1229, Nguyễn Nộn tự xưng là Đại Thắng Vương, ăn chơi quá độ. Nhưng Nộn tuổi cao, biết mình không thể đối lập với nhà Trần được, nên dự định tháng 10 sẽ đến chầu, nhưng lại bị bệnh nặng. Vua sai nội nhân tới hỏi thăm, Nộn cố gượng ăn cơm, phi ngựa để tỏ ra còn khoẻ mạnh, nhưng không bao lâu thì chết. Sau khi Nguyễn Nộn chết, thiên hạ lại quy về một mối.

Xem thêm
Loạn 12 sứ quân
Chiến tranh kế vị thời Tiền Lê 
Khủng hoảng cuối thời Lê sơ 

Tham khảo





 Chú giải 

 Chú thích 

Thể loại:Nhà Lý
Thể loại:Chiến tranh trong lịch sử Việt Nam