Negativicutes

NegativicutesScientific classificationKingdom:BacteriaPhylum:FirmicutesClass:Negativicutes Marchandin et al. 2010Orders and families Selenomonadales Marchandin et al. 2010 emend. Campbell et al. 2015
 Selenomonadaceae Campbell et al. 2015
 Sporomusaceae Campbell et al. 2015
 Acidaminococcales Campbell et al. 2015
 Acidaminococcaceae Marchandin et al. 2010 emend. Campbell et al. 2015
 Veillonellales Campbell et al. 2015
 Veillonellaceae Rogosa 1969 emend. Campbell et al. 2015

Negativicutes là một nhóm vi khuẩn trong ngành Firmicutes, có thành tế bào đặc biệt với màng ngoài lipopolysacarit nhuộm gram âm, không giống như hầu hết các thành viên khác của Firmicutes. Mặc dù một loài clostridia (vi khuẩn firmicute) lân cận cũng nhuộm gram âm, các protein chịu trách nhiệm về cấu trúc diderm bất thường của Negativicutes có thể đã được ảnh hưởng từ Proteobacteria. Nghiên cứu bổ sung cần được thực hiện để xác nhận nguồn gốc của phong bì tế bào diderm của Negativicutes.

Hầu hết các thành viên của lớp này là động vật kị khí bắt buộc, và sống trong các môi trường như sông, hồ và ruột của động vật có xương sống. Chúng bao gồm từ các dạng hình cầu, chẳng hạn như Megasphaera và Veillonella, đến các thanh cong, như selenomonads. Selenomonas có hình lưỡi liềm đặc trưng, với roi được chèn ở phía lõm, trong khi Sporomusa có cấu trúc tương tự, nhưng không di động. Tên của chúng mô tả hình thái đặc biệt này: selene có nghĩa là mặt trăng và musa có nghĩa là chuối.

 Phân loại 
Lớp hiện tại bao gồm 32 chi được đặt tên trong ba bộ và bốn gia đình. Mỗi bộ Veillonellales và Acidaminococcales chứa một họ, Veillonellaceae và Acidaminococcaceae, theo thứ tự, trong khi Selenomonadales chứa hai họ, Selenomonadaceae và Sporomusaceae.

 Phân tử đặc trưng 
Trong lịch sử, Negativicutes bao gồm một bộ, Selenomonadales, và hai họ, Veillonellaceae và Acidaminococcaceae, dựa trên sự giống nhau ở trình tự gen 16S rRNA.Ludwig W, Schleifer KH, Whitman, WB (2009) Sửa đổi bản đồ đường đi đến Firmicutes phylum. Trong: Cẩm nang Vi khuẩn có hệ thống của Bergey, tập. 3, lần 2 tr.1113. Eds P. De Vos, GM Garrity, D. Jones, NR Krieg, W. Ludwig, FA Rainey, KH Schleifer & WB Whitman Springer-: New York. Tuy nhiên, cách phân loại này loại bỏ một số thành viên trong nhóm Negativicutes nhưng phân nhánh bên ngoài hai họ. Quan điểm phân loại hiện tại bao gồm các thành viên đã được gán hợp lệ cho các họ Selenomonadaceae và Sporomusaceae theo thứ tự Selenomonadales được tuyên bố. Các dấu phân tử ở dạng chữ ký được bảo tồn (CSIs) và protein (CSP) biện minh cho các phân chia phân loại hiện tại. Các dấu phân tử này được tìm thấy ở mỗi cấp bậc phân loại, và sự phân bố của chúng phù hợp với sự phân nhánh phát sinh quan sát được.

Nhiều nghiên cứu đã cho rằng các Negativicutes nên được phân loại lại thành một bộ trong lớp Clostridia, dựa trên sự phân nhánh phát sinh gần gũi, và sự quan sát rằng các thành viên tạo bào tử của Negativicutes có các gen sinh bào tử tương tự như của Clostridia, và cả hai đều nhuộm gram âm. Tuy nhiên, sự không đồng nhất của các thành viên trong Negativicutes, cũng như phân phối phân tử đặc trngư, ủng hộ quan điểm rằng Negativicutes thực tế là một lớp độc lập trong Firmicutes, với Clostridia là họ hàng phát sinh với gen gần nhất của chúng.Merowderin H, Jumas-Bilak E (2014) Họ Veillonellaceae. Trong: Các Prokaryote, tập. 7, lần thứ 4 tr 433 4334545. Eds E. Rosenberg, E. DeLong, S. Lory, E. Stackebrandt & F. Thompson Springer-: Berlin, Heidelberg. Ngoài ra, một số CSI và CSP đã được tìm thấy được chia sẻ duy nhất trong số tất cả các Negativicutes, trong khi không có CSI nào được tìm thấy để chia sẻ bởi cả Negativicutes và Clostridia.

 Phát sinh học 
Phân loại hiện đang được chấp nhận dựa trên Danh sách các tên Prokaryotic với Thường vụ trong Danh pháp (LPSN)  và Trung tâm Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia (NCBI) 

 Selenomonadales Marchandin et al. 2010 phát hành. Campbell và cộng sự. 2015 
 Selenomonadaceae Campbell và cộng sự. 2015 
 Hungerovibrio Hungate 1966 
 Centipeda (vi khuẩn) Lai et al. 1983 
 Megamonas Shah và Collins 1983 
 Mitsuokella Shah và Collins 1983 
 Pectinatus Lee và cộng sự. 1978 phát biểu. Juvonen và Suihko 2006 
 Propionispira Schink et al. 1983 
 Schwartzia van Gylswyk et al. 1997 
 Selenomonas von Prowazek 1913 
 Zymophilus Schleifer et al. 1990 
 Sporomusaceae Campbell et al. 2015 
 Acetonema Kane và Breznak 1992 
 Anaeroarcus Strömpl et al. 1999 
 Anaeromusa Baena và cộng sự. 1999 
 Anaerosinus Strömpl et al. 1999 
 Anaerospora ♠ Woo et al. 2005 
 Dendrosporobacter Strömpl et al. 2000 
 Desulfosporomusa Sass et al. 2004 
 Pelosinus Shelobolina et al. 2007 
 Propionispora Biebl et al. 2001 
 Tâm thần học ♠ Sattley et al. 2008 
 Sporolituus Ogg và Patel 2009 
 Sporomusa Möller et al. 1985 
 Thermosinus Sokolova et al. 2004 
 Acidaminococcales Campbell và cộng sự. 2015 
 Acidaminococcaceae Marchandin et al. 2010 phát hành. Campbell và cộng sự. 2015 
 Acidaminococcus Rogosa 1969 phát ra. Jumas-Bilak et al. 2007 
 Phascolarctobacterium Del Dot et al. 1994 
 Succiniclasticum van Gylswyk 1995 
 Succinispira Janssen và O'Farrell 1999 
 Veillonellales Campbell và cộng sự. 2015 
 Veillonellaceae Rogosa 1969 phát ra. Campbell và cộng sự. 2015 
 Allisonella Garner và cộng sự. 2003 
 Anaeroglobus Carlier et al. 2002 
 Dialister (ex Bergey et al. 1923) Moore và Moore 1994 phát hành. Morotomi và cộng sự. 2008 
 Megasphaera Rogosa 1971 phát hành. Marchandin và cộng sự. 2003 
 Negativicoccus Marchandin et al. 2010 
 Veillonella Prévot 1933 phát ra. Mays et al. 1982 
 Không được phân loại 
 Quinella ♪ Krumholz et al. 1993 

 Acidaminococcaceae Succinispira mobilis Janssen and O'Farrell 1999   Acidaminococcus Rogosa 1969 emend. Jumas-Bilak et al. 2007   Phascolarctobacterium faecium Del Dot et al. 1994 (type sp.)  Phascolarctobacterium succinatutens Watanabe et al. 2012  Succiniclasticum ruminis van Gylswyk 1995    Veillonellaceae ?Anaerospora hongkongensis ♠ Woo et al. 2005  ?Desulfosporomusa polytropa ♠ Sass et al. 2004  ?Psychrosinus fermentans ♠ Sattley et al. 2008  ?Quinella ovalis ♪ Krumholz et al. 1993 (Quin's Oval)  ?Sporotalea colonica ♠ Ezaki et al. 2008  Sporomusa Möller et al. 1985     Sporolituus thermophilus Ogg and Patel 2009  Thermosinus carboxydivorans Sokolova et al. 2004    Veillonella Prévot 1933 emend. Mays et al. 1982   Megasphaera [incl. Anaeroglobus geminatus]   Negativicoccus succinicivorans Marchandin et al. 2010  Dialister [incl. Allisonella histaminiformans]       Anaeromusa acidaminophila Baena et al. 1999  Anaeroarcus burkinensis (Ouattara et al. 1992) Strömpl et al. 1999     Acetonema longum Kane and Breznak 1992  Pelosinus Shelobolina et al. 2007    Propionispora Biebl et al. 2001   Dendrosporobacter quercicolus (Stankewich et al. 1971) Strömpl et al. 2000   Anaerosinus glycerini (Schauder and Schink 1996) Strömpl et al. 1999    Propionispira arboris Schink et al. 1983  Zymophilus Schleifer et al. 1990     Megamonas Shah and Collins 1983  Pectinatus Lee et al. 1978 emend. Juvonen and Suihko 2006    Anaerovibrio lipolyticus Hungate 1966  Selenomonas [incl. Schwartzia succinivorans, Centipeda periodontii & Mitsuokella]           
Ghi chú: ♠ Các chủng được tìm thấy tại Trung tâm Thông tin Công nghệ sinh học Quốc gia (NCBI), nhưng không được liệt kê trong Danh sách các tên Prokaryotic có tên đứng trong danh pháp (LPSN) ♪ Prokaryote nơi không có nuôi cấy thuần chủng (axenic), nghĩa là không được nuôi cấy hoặc không thể duy trì trong nuôi cấy trong hơn một vài đoạn nối tiếp

Tham khảo