Danh sách bộ gen lạp thể đã giải trình tự

Bộ gen lạp thể, hệ gen lạp thể hay plastome là bộ gen của lạp thể, nhóm bào quan hiện diện trong thực vật và đa dạng chủng loại nguyên sinh vật. Số lượng trình tự bộ gen lạp thể được giải mã tăng nhanh từ thập kỷ đầu tiên của thế kỷ 21. Ví dụ, có 25 bộ gen lục lạp đã được giải trình tự trong một nghiên cứu về phát sinh chủng loại phân tử.

Thực vật có hoa đặc biệt xuất hiện nhiều ở những bộ gen lục lạp được giải mã. Tháng 1 năm 2017, tất cả những bộ của chúng đều đã giải mã plastome, chỉ trừ Commelinales (Bộ Thài lài), Picramniales, Huerteales, Escalloniales (Bộ Gạc nai), Bruniales, và Paracryphiales.

Một bộ sưu tập dữ liệu tất cả bộ gen lạp thể đã giải mã hoàn chỉnh đang được NCBI duy trì trong một kho tư liệu công cộng.

Thực vật
Rêu (theo nghĩa rộng)
+ Plastome đã giải trình tựLoàiThứCặp baseGenChú thíchGhi chúAneura mirabilis108.007Plastid genome evolution of the non-photosynthetic liverwort Aneura mirabilis (Malmb.) Wickett & Goffinet (Aneuraceae)rêu tản ký sinh; plastome chứa nhiều gen giảAnthoceros formosae161.162 122rêu sừng; plastome bị RNA chỉnh sửa mạnhMarchantia polymorpha121.024rêu tảnNothoceros aenigmaticus153.208124rêu sừngPellia endiviifolia120.546123rêu tảnPhyscomitrella patens122.890118rêuPtilidium pulcherrimum119.007122rêu tảnTortula ruralis122.630rêu

Dương xỉ và Thạch tùng
+ Plastome đã giải trình tựLoàiThứCặp baseGenChú thíchHọGhi chúAdiantum capillus-veneris150.568PteridaceaeAlsophila spinulosa156.661117CyatheaceaeAngiopteris evecta153.901 MarattiaceaeEquisetum arvense133.309EquisetaceaeHuperzia lucidula154.373LycopodiaceaeIsoetes flaccida145.303IsoetaceaePsilotum nudum138.829117Tatsuya Wakasugi, A. Nishikawa, Kyoji Yamada, and Masahiro Sugiura. 1998. "Complete nucleotide sequence of the plastid genome from a fern, Psilotum nudum". Endocytobiology and Cell Research 13(supplement):147. see External links below.PsilotaceaeSelaginella uncinata138.829Selaginellaceae

+ Plastome dương xỉ và thạch tùng đã giải trình tự không bao gồm thông tin về kích cỡ, số lượng gen và/hoặc chú thích.LoàiThứCặp baseGenChú thíchHọGhi chúEquisetum hyemaleEquisetaceaeLygodium japonicumLygodiaceaeMarsilea crenataMarsileaceaeOphioglossum californicumOphioglossaceaeSelaginella moellendorffiiSelaginellaceae

 Thực vật hạt trần 
+ Plastome đã giải trình tựLoàiThứCặp baseGenChú thíchHọGhi chúCryptomeria japonica131.810114CupressaceaeCycas micronesica CycadaceaeCycas taitungensis163.403133CycadaceaeEphedra equisetinaEphedraceaeGinkgo biloba156.945134GinkgoaceaeGnetum parvifoliumGnetaceaePinus koraiensis116.866PinaceaePinus thunbergii119.707PinaceaePodocarpus macrophyllusPodocarpaceaeWelwitschia mirabilis119.726101Welwitschiaceae

Thực vật có hoa
Bảng phân loại dưới đây dự kiến sẽ sưu tập những bộ gen lạp thể hoàn chỉnh đại diện cho một phạm vi rộng nhất về kích cỡ, số lượng gen và các họ thực vật có hoa.

+ Plastome đã giải trình tự với thông tin hoàn chỉnh về kích cỡ bộ gen, số lượng gen duy nhất, chú thích và năm công bố.LoàiCỡ (cặp base)GenChú thíchNămHọGhi chúAcorus americanus153.8192007AcoraceaeAgrostis stolonifera135.584110Guisinger et al, Implications of the Plastid Genome Sequence of Typha (Typhaceae, Poales) for Understanding Genome Evolution in Poaceae, J Mol Evol 70: 149–166 (2010)2010PoaceaeAlniphyllum eberhardtii155.3841132017StyracaceaeAlstroemeria aurea155.5101122013AlstroemeriaceaeAmborella trichopoda162.6862003AmborellaceaeAnethum graveolens153.3562007ApiaceaeArabidopsis thaliana154.4781999BrassicaceaeAtropa belladonna156.6872002SolanaceaeBrachypodium distachyon135.1991102010PoaceaeBuxus microphylla159.0101132007BuxaceaeCalycanthus floridus var. glaucus153.3371152003CalycanthaceaeCarpinus tientaiensis160.1041142017BetulaceaeChloranthus spicatus157.7721132007ChloranthaceaeCitrus sinensis var. 'Ridge Pineapple'155.1892006RutaceaeCocos nucifera154.7311302013ArecaceaeCoffea arabica155.1892007RubiaceaeCoix lacryma-jobi140.7452009PoaceaeConopholis americana45.673422013OrobanchaceaeThực vật ký sinh không quang hợpCucumis sativus155.2932007CucurbitaceaeCuscuta exaltata125.3732007ConvolvulaceaeCuscuta gronovii86.744862007ConvolvulaceaeCuscuta reflexa121.521982007ConvolvulaceaeCypripedium formosanum178.1312015OrchidaceaeCytinus hypocistis19.400232016CytinaceaeThực vật toàn ký sinhDaucus carota155.9112006ApiaceaeDioscores elephantipes152.6091122007DioscoreaceaeDrimys granadensis160.6041132006WinteraceaeEpifagus virginiana70.028421992OrobanchaceaeEpipogium aphyllum30.650272015OrchidaceaeThực vật dị dưỡng phụ thuộc nấmEpipogium roseum19.047292015OrchidaceaeThực vật dị dưỡng phụ thuộc nấmErodium carvifolium116.9351072016GeraniaceaeErodium chrysanthum168.946962016GeraniaceaeErodium texanum130.8121062011GeraniaceaeEucalyptus globulus subsp. globulus160.2862005MyrtaceaeFagopyrum esculentum ssp. ancestrale159.5992008PolygonaceaeGeranium palmatum155.7941052011GeraniaceaeGlycine max152.2182005FabaceaeGossypium barbadense160.3171142006MalvaceaeGossypium hirsutum160.3012006MalvaceaeHelianthus annuus151.1042007AsteraceaeHordeum vulgare subsp. vulgare136.4821102010PoaceaeHydnora visseri27.233242016AristolochiaceaeThực vật toàn ký sinh không quang hợpIllicium oligandrum148.5521132007Schisandraceae (sensu APG III)Ipomoea purpurea162.0462007ConvolvulaceaeJasminum nudiflorum165.1212007OleaceaeJuglans regia160.3671292017JuglandaceaeLactuca sativa152.7652007AsteraceaeLemna minor165.9552008AraliaceaeLicania alba162.4671122014ChrysobalanaceaeLilium longiflorum152.7931142013LiliaceaeLiriodendron tulipifera159.8662006MagnoliaceaeLolium perenne135.2821102010PoaceaeLonicera japonica155.0782010CaprifoliaceaeLotus japonicus150.5192000FabaceaeManihot esculenta161.4532008EuphorbiaceaeMonotropa hypopitys35.336452016EricaceaeThực vật dị dưỡng phụ thuộc nấmMonsonia speciosa128.7871062011GeraniaceaeMorus indica156.5992006MoraceaeMusa balbisiana169.5031132016MusaceaeNandina domestica156.5992006BerberidaceaeNeottia nidus-avis92.060562011OrchidaceaeThực vật dị dưỡng phụ thuộc nấmNelumbo nucifera163.3302010NelumbonaceaeNicotiana tabacum155.9431131986SolanaceaeNuphar advena160.8661172007NymphaeaceaeNymphaea alba159.9302004NymphaeaceaeOenothera argillicola strain douthat 1165.0551132008OnagraceaeOenothera biennis strain suaveolens Grado164.8071132008OnagraceaeOenothera elata subsp. hookeri strain johansen165.7281132008OnagraceaeOenothera glazioviana strain rr-lamarckiana Sweden165.2251132008OnagraceaeOenothera parviflora strain atrovirens Standard163.3651132008OnagraceaeOryza sativa indica 93-11134.496Jun Yu et alii (117 authors). 2005. "The Genomes of Oryza sativa: a history of duplications". PLoS Biology 3(2):e38. Epub 2005 Feb 1.2005PoaceaeOryza sativa japonica Nipponbare134.5511101989PoaceaeOryza sativa japonica PA64S134.5512005PoaceaeOsyris alba147.2531012015SantalaceaeThực vật bán ký sinhPanax ginseng156.3182004AraliaceaePelargonium × hortorum217.9422006GeraniaceaePetrosavia stellaris103.835582014PetrosaviaceaeThực vật dị dưỡng phụ thuộc nấmPhalaenopsis aphrodite subsp. formosana148.9642006OrchidaceaePhaseolus vulgaris 'Negro Jamapa'150.2852007FabaceaePilostyles aethiopica11.34852016ApodanthaceaeThực vật nội toàn ký sinhPilostyles hamiltonii15.16752016ApodanthaceaeThực vật nội toàn ký sinhPiper cenocladum160.6241132006PiperaceaePlatanus occidentalis161.7912006PlatanaceaePopulus alba156.5052006SalicaceaeRanunculus macranthus155.1581172007RanunculaceaeRhizanthella gardneri59.190332011OrchidaceaeThực vật dị dưỡng phụ thuộc nấm ngầm đấtSaccharum officinarum141.1821102010PoaceaeSciaphila densiflora21.485282015TriuridaceaeThực vật dị dưỡng phụ thuộc nấmSolanum tuberosum155.2982006SolanaceaeSorghum bicolor140.7541102010PoaceaeSpinacia oleracea150.7252001AmaranthaceaeTrachelium caeruleum162.3212008CampanulaceaeTrifolium subterraneum144.763111Zhengqiu Cai et al, Extensive Reorganization of the Plastid Genome of Trifolium subterraneum (Fabaceae) Is Associated with Numerous Repeated Sequences and Novel DNA Insertions, J Mol Evol 67: 696–704 (2008)2008FabaceaeTriticum aestivum cv. Chinese Spring134.5451102000PoaceaeTypha latifolia165.5721132010TyphaceaeVaccinium macrocarpon176.0451472013EricaceaeViscum album128.921962015ViscaceaeThực vật bán ký sinhViscum minimum131.016992015ViscaceaeThực vật bán ký sinhVitis vinifera160.9282006VitaceaeYucca schidigera156.1582005Asparagaceae (sensu APG III)Zea mays140.3841102010Poaceae

+ Plastome đã giải trình tự không bao gồm thông tin về kích cỡ, số lượng gen và/hoặc chú thích.LoàiCỡ (cặp base)GenChú thíchNămHọGhi chúAcorus calamus153.821AcoraceaeAethionema cordifoliumBrassicaceaeAethionema grandiflorumBrassicaceaeAntirrhinum majus2010PlantaginaceaeArabis hirsutaBrassicaceaeAucuba japonica2010GarryaceaeBambusa oldhamii139.350PoaceaeBarbarea vernaBrassicaceaeBerberidopsis corallina2010BerberidopsidaceaeBrassica rapaBrassicaceaeBulnesia arborea2010ZygophyllaceaeCapsella bursa-pastorisBrassicaceaeCarica papayaCaricaceaeCeratophyllum demersum2007CeratophyllaceaeCornus florida2010CornaceaeCrucihimalya wallichiiBrassicaceaeCuscuta obtusifloraConvolvulaceaeCuscuta reflexaConvolvulaceaeDendrocalamus latiflorus139.365PoaceaeDillenia indica2010DilleniaceaeDraba nemorosaBrassicaceaeEhretia acuminata2010BoraginaceaeElaeis oleifera2007ArecaceaeEuonymus americanus2010CelastraceaeFestuca arundinaceaPoaceaeFicus sp.2010MoraceaeGuizotia abyssinicaAsteraceaeGunnera manicata2010GunneraceaeHedyosmumchưa công bốChloranthaceaeHeuchera sanguinea2010SaxifragaceaeIlex cornuta2010AquifoliaceaeLepidium virginicumBrassicaceaeLiquidambar styraciflua (syn. Altingia styraciflua)2010AltingiaceaeLobularia maritimaBrassicaceaeLotus corniculatusFabaceaeMedicago truncatulata124.033FabaceaeMegaleranthis saniculifolia159.924RanunculaceaeMeliosma cuneifolia2010SabiaceaeNasturtium officinaleBrassicaceaeOlimarabidopsis pumilaBrassicaceaePhoenix dactyliferaArecaceaeNerium oleander154.903ApocynaceaeNicotiana sylvestris155.941SolanaceaeNicotiana tomentosiformis155.745SolanaceaeOryza nivara134.494PoaceaeOxalis latifolia2010OxalidaceaePassiflora biflora2007PassifloraceaePhoradendron leucarpum2010ViscaceaePlumbago auriculata2010PlumbaginaceaePopulus trichocarpaGerald A. Tuskan, et alii (110 authors). 2006. "The genome of Black Cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)". Science 313 (5793):1596-1604.2006SalicaceaeQuercus nigra2010FagaceaeRhododendron simsii2010EricaceaeScaevola aemula2007GoodeniaceaeSolanum bulbocastanum155.371SolanaceaeSolanum lycopersicum155.460SolanaceaeStaphylea colchica2010StaphyleaceaeTrithuria (syn. Hydatella)chưa công bốHydatellaceaeTrochodendron aralioides2010TrochodendraceaeXimenia americana2010Ximeniaceae 

Tảo lục
+ Plastome đã giải trình tựLoàiThứCặp baseGenChú thíchBryopsis plumosa106.859115Chaetosphaeridium globosum131.183124Chara vulgarisChlamydomonas reinhardtii203.39599Chlorella vulgaris150.613209Chlorokybus atmophyticus201.76370Dunaliella salinaCCAP 19/18269.044102Emiliania huxleyi105.309150Helicosporidium37.45454Leptosira terrestris195.081117Mesostigma viride42.424Monomastix114.52894Nephroselmis olivacea200.799127Oedogonium cardiacum196.547103Oltmannsiellopsis viridis151.933105Ostreococcus tauri71.66686Pseudendoclonium akinetum195.867105Pycnococcus provasolii80.21198Pyramimonas parkeae101.605110Scenedesmus obliquus161.45296Staurastrum punctulatumStigeoclonium helveticum223.90297Tydemania expeditionis105.200125Ulva sp.UNA0007182899.983102 Volvox carteri420.65091Zygnema circumcarinatum

Tảo đỏ
+ Plastome đã giải trình tựLoàiThứCặp baseGenChú thíchGhi chúCyanidioschyzon merolae149.987243Cyanidium caldariumRK1Gracilaria tenuistipitatavar. liui183.883238Porphyra purpureaPorphyra yezoensis

Tảo lục lam
+ Plastome đã giải trình tựLoàiThứCặp baseGenChú thíchCyanophora paradoxa

 Siêu tảo và Apicomplexa 
Siêu tảo là những sinh vật mang những bào quan quang hợp nguồn gốc từ sự kiện nội cộng sinh bậc hai hoặc bậc ba, cùng dạng gần không quang hợp, tựa lạp thể, hay thân thích. Apicomplexa là một ngành gồm những loài ký sinh đơn bào không quang hợp thuộc siêu nhóm nhân thực Chromalveolata, mang một bào quan lạp thể cấp hai thoái hóa.

 Chromalveolata quang hợp 
Bộ gen lạp thể Dinoflagellata không được tổ chức thành một phân tử DNA vòng đơn giống như những bộ gen lạp thể khác, mà lại trở thành một dàn gồm những vòng nhỏ.

+ Plastome đã giải trình tựLoàiThứCặp baseGenChú thíchGhi chúChromera veliaGuillardia theta121.524167Heterosigma akashiwoOdontella sinensis119,7 kb175Phaeodactylum tricornutumThalassiosira pseudonana129 kbE. Virginia Armbrust, et alii (42 authors). 2004. "The Genome of the Diatom Thalassiosira pseudonana: Ecology, Evolution, and Metabolism". Science 306(5693):79-86.Rhodomonas salina

 Chlorarachniophyta 
+ Plastome đã giải trình tựLoàiThứCặp baseGenChú thíchBigelowiella natans69.16687

 Euglenophyceae 

+ Plastome đã giải trình tựLoàiThứCặp baseGenChú thíchAstasia longa73,2 kb84Euglena gracilis143,2 kb128

Apicomplexa
+ Plastome đã giải trình tựLoàiThứCặp baseGenChú thíchEimeria tenellaPenn State34,8 kb65Plasmodium falciparum34,7 kb68Theileria parvaMugaga39,6 kb71Toxoplasma gondiiRH35,0 kb65

Bộ gen nucleomorph
Ở một vài sinh vật quang hợp khả năng bị tập nhiễm khi nội cộng sinh với tảo lục (Chlorophyta) hoặc tảo đỏ (Rhodophyta) đơn bào. Trong một số trường hợp này, không chỉ lục lạp từ tế bào tảo đơn bào trước đó giữ lại bộ gen của nó, mà còn kèm theo những cấu trúc tàn tích của tảo. Khi tàn dư đó bao gồm một nhân tế bào và một hệ gen nhân thì được gọi với thuật ngữ nucleomorph.

+ Bộ gen nucleomorph đã giải trình tựLoàiThứCặp baseGenChú thíchBigelowiella natansCryptomonas parameciumGuillardia theta551.264Hemiselmis andersenii

Bộ gen cyanelle
Loài nhân thực đơn bào Paulinella chromatophora sở hữu một bào quan (cyanelle), đại diện cho một trường hợp độc lập về việc chiếm hữu khả năng quang hợp từ sự kiện nội cộng sinh vi khuẩn lam. (Ghi chú: thuật ngữ cyanelle cũng dùng để chỉ lạp thể tảo lục lam.)

+ Bộ gen cyanelle đã giải trình tựLoàiThứCặp baseGenChú thíchPaulinella chromatophora1,02 Mb867

 Xem thêm 
Danh sách những bộ gen nhân thực đã giải trình tự
Danh sách những bộ gen vi khuẩn đã giải trình tự
Danh sách những bộ gen vi khuẩn cổ đã giải trình tự

 Chú thích 

 Liên kết ngoài 
HAMAP proteomes: Plastids 
Complete Plastid Genomes
Chloroplast Genome Database 
NCBI Eukaryotic Plastid Genomes
chloroplast genome list  In: Montreal genomics 
Psilotum nudum

Bộ gen lạp thể
Thể loại:Danh sách sinh học