Protein alt birimi

Yapısal biyolojide, bir protein alt birimi, diğerleriyle birlikte bir protein kompleksini oluşturmak üzere bir araya gelen ya da birleşen bir polipeptit zinciri veya tek bir protein molekülüdür.Stoker, H. Stephen (1 January 2015). General, Organic, and Biological Chemistry (7th ed.). Boston, MA: Cengage Learning. pp. 709–710. ISBN 978-1-305-68618-2.Smith, Michael B. (27 April 2020). Biochemistry: An Organic Chemistry Approach. Boca Raton: CRC Press. pp. 269–270. ISBN 978-1-351-25807-4.Alberts, Bruce; Johnson, Alexander; Lewis, Julian; Raff, Martin; Roberts, Keith; Walter, Peter (2002). The Shape and Structure of Proteins. New York: Garland Science. Retrieved 15 April 2022. Virüsler gibi büyük protein düzenekleri, yapı taşları olarak sıklıkla sınırlı sayıda protein alt birimi türü kullanır.Kumar, A.; Evarsson, A.; Hol, W. G. J. (1999). "Multi-protein assemblies with point group symmetry". In Vijayan, M.; Yathindra, N.; Kolaskar, A. S. (eds.). Perspectives in Structural Biology: A Volume in Honour of G.N. Ramachandran. Hyderabad, India: Universities Press. pp. 449–466. ISBN 978-81-7371-254-8.Witwit, Haydar; de la Torre, Juan C. (2025-04-29). "Mammarenavirus Z Protein Myristoylation and Oligomerization Are Not Required for Its Dose-Dependent Inhibitory Effect on vRNP Activity". BioChem. 5 (2): 10. doi:10.3390/biochem5020010. ISSN 2673-6411. PMC 12163724

Bir alt birim, çoğu zaman bir Yunan ya da Latin harfi ile adlandırılır ve bir proteinde bu alt birim türünden kaç tane bulunduğu alt simge (indis) ile gösterilir.Lesieur, Claire (18 June 2014). Oligomerization of Chemical and Biological Compounds. Croatia: Intech. pp. 240–241. ISBN 978-953-51-1617-2. Örneğin, ATP sentaz, α adı verilen bir alt birim tipine sahiptir. ATP sentaz molekülünde bu alt birimden üç adet bulunması nedeniyle α₃ gösterimi kullanılır. Alt birimlerin daha büyük düzenekleri de α₃β₃-hekzamer ve c-halkası gibi ifadelerle tanımlanabilir.Ahmad, Zulfiqar; Okafor, Florence; Azim, Sofiya; Laughlin, Thomas F. (2013). "ATP Synthase: A Molecular Therapeutic Drug Target for Antimicrobial and Antitumor Peptides". Current Medicinal Chemistry. 20 (15): 1956–1973. doi:10.2174/0929867311320150003. ISSN 0929-8673. PMC 4734648. PMID 23432591

Görece az sayıda alt birime sahip olan doğal proteinler oligomerik olarak adlandırılır.Jenkins, A. D.; Kratochvíl, P.; Stepto, R. F. T.; Suter, U. W. (1996). "Glossary of basic terms in polymer science (IUPAC Recommendations 1996)". Pure and Applied Chemistry. 68 (12): 2287–2311. doi:10.1351/pac199668122287 Örneğin, hemoglobin, iki özdeş α-globin alt birimi ile iki özdeş β-globin alt biriminden oluşan simetrik bir düzenlenmeye sahiptir.Liu, Shijie (7 April 2020). Bioprocess Engineering: Kinetics, Sustainability, and Reactor Design. Elsevier. p. 358. ISBN 978-0-12-822383-3. Mikrotübüller ve diğer hücre iskeleti proteinleri gibi daha uzun multimerik proteinler ise çok sayıda alt birimden oluşabilir. Örneğin dinein, iki ağır zincir (DHC), iki ara zincir (IC), iki hafif-ara zincir (LIC) ve birden fazla hafif zincirden (LC) oluşan multimerik bir protein kompleksidir.Dharan, Adarsh; Campbell, Edward M. (31 July 2018). "Role of Microtubules and Microtubule-Associated Proteins in HIV-1 Infection". Journal of Virology. 92 (16): e00085–18. doi:10.1128/JVI.00085-18. ISSN 0022-538X. PMC 6069196. PMID 29899089

Bir protein kompleksinin alt birimleri özdeş, homolog ya da tamamen farklı olabilir ve birbirinden ayrı işlevlere sahip olabilirStoker, H. Stephen (1 January 2015). General, Organic, and Biological Chemistry (7th ed.). Boston, MA: Cengage Learning. pp. 709–710. ISBN 978-1-305-68618-2. Retrieved 15 April 2022. Bazı protein düzeneklerinde bir alt birim, bir reaksiyonu enzimatik olarak katalizleyen “katalitik alt birim” iken, “düzenleyici alt birim” aktiviteyi kolaylaştırabilir veya baskılayabilir.Søberg, Kristoffer; Skålhegg, Bjørn Steen (12 September 2018). "The Molecular Basis for Specificity at the Level of the Protein Kinase a Catalytic Subunit". Frontiers in Endocrinology. 9: 538. doi:10.3389/fendo.2018.00538. ISSN 1664-2392. PMC 6143667. PMID 30258407 Telomeraz örneğinde, katalitik alt birim telomeraz ters transkriptaz olsa da, düzenleme protein kompleksinin dışındaki faktörler tarafından gerçekleştirilir.Daniel M, Peek GW, Tollefsbol TO (2012). "Regulation of the human catalytic subunit of telomerase (hTERT)". Gene. 498 (2): 135–46. doi:10.1016/j.gene.2012.01.095. PMC 3312932. PMID 22381618

Hem düzenleyici hem de katalitik alt birimlerden oluşan bir enzim, bir araya geldiğinde genellikle holoenzim olarak adlandırılır. Örneğin, sınıf I fosfoinozitid 3-kinaz, p110 katalitik alt birimi ile p85 düzenleyici alt biriminden oluşur.Carpenter CL, Duckworth BC, Auger KR, Cohen B, Schaffhausen BS, Cantley LC (November 1990). "Purification and characterization of phosphoinositide 3-kinase from rat liver". J. Biol. Chem. 265 (32): 19704–11. doi:10.1016/S0021-9258(17)45429-9. PMID 2174051. Bir alt birim, tek bir polipeptit zincirinden meydana gelir. Bir polipeptit zinciri ise onu kodlayan tek bir gen tarafından belirlenir; bu da bir proteinin, sahip olduğu her bir benzersiz alt birim için ayrı bir gene ihtiyaç duyduğu anlamına gelir.

Ayrıca bakınız
 Allosteri
 Kooperativite
 Füzyon protein
 Monomer
 Proteinin kuaterner yapısı
 Alt birim aşısı

Kaynakça