Transaktivasyon bölgesi

Transaktivasyon bölgesi ya da trans-aktive edici bölge (TAD), transkripsiyon faktörlerinde yer alan ve transkripsiyonel koregülatörler gibi diğer proteinler için bağlanma bölgeleri içeren bir iskelet (scaffold) domenidir. Bu bağlanma bölgeleri sıklıkla aktivasyon fonksiyonları (AF) olarak adlandırılır. Wärnmark A, Treuter E, Wright AP, Gustafsson JA (Oct 2003). "Activation functions 1 and 2 of nuclear receptors: molecular strategies for transcriptional activation". Molecular Endocrinology. 17 (10): 1901–9. doi:10.1210/me.2002-0384. PMID 12893880.

TAD'ler, amino asit bileşimlerine göre adlandırılır. Bu amino asitler ya aktivite için kritik öneme sahiptir ya da TAD içinde en bol bulunan amino asitlerdir. Örneğin, Gal4 transkripsiyon faktöründe transaktivasyon asidik amino asitler aracılığıyla gerçekleşirken, Gcn4’te benzer bir rolü hidrofobik kalıntılar üstlenir. Bu nedenle Gal4 ve Gcn4’teki TAD’ler sırasıyla asidik ve hidrofobik olarak adlandırılır.

Genel olarak dört TAD (transaktivasyon bölgesi) sınıfı ayırt edilebilir: Mitchell PJ, Tjian R (July 1989). "Transcriptional regulation in mammalian cells by sequence-specific DNA binding proteins". Science. 245 (4916): 371–8. Bibcode:1989Sci...245..371M. doi:10.1126/science.2667136. PMID 2667136.

 Asidik alanlar (“acid blobs” veya “negative noodles” olarak da adlandırılır): D ve E amino asitlerinden zengindir; Gal4, Gcn4 ve VP16'da bulunur. Sadowski I, Ma J, Triezenberg S, Ptashne M (October 1988). "GAL4-VP16 is an unusually potent transcriptional activator". Nature. 335 (6190): 563–4. Bibcode:1988Natur.335..563S. doi:10.1038/335563a0. PMID 3047590. S2CID 4276393.
 Glutamin-zengin alanlar: “QQQXXXQQQ” gibi çoklu tekrarlar içerir; SP1'de görülür. Courey AJ, Holtzman DA, Jackson SP, Tjian R (December 1989). "Synergistic activation by the glutamine-rich domains of human transcription factor Sp1". Cell. 59 (5): 827–36. doi:10.1016/0092-8674(89)90606-5. PMID 2512012. S2CID 2910480.
 Prolin-zengin alanlar: “PPPXXXPPP” gibi tekrarlar içerir; c-Jun, AP2 ve Oct-2'de bulunur. Mermod N, O'Neill EA, Kelly TJ, Tjian R (August 1989). "The proline-rich transcriptional activator of CTF/NF-I is distinct from the replication and DNA binding domain". Cell. 58 (4): 741–53. doi:10.1016/0092-8674(89)90108-6. PMID 2504497. S2CID 22817940.
İzolösin-zengin alanlar: “IIXXII” tekrarları içerir; NTF-1'de yer alır. Attardi LD, Tjian R (July 1993). "Drosophila tissue-specific transcription factor NTF-1 contains a novel isoleucine-rich activation motif". Genes & Development. 7 (7B): 1341–53. doi:10.1101/gad.7.7b.1341. PMID 8330738.

Alternatif olarak, benzer amino asit bileşiminin her zaman benzer aktivasyon yolları anlamına gelmediği göz önüne alındığında, TAD'ler uyardıkları sürece göre de sınıflandırılabilir; yani başlama ya da uzama (elongation) aşamalarını teşvik etmelerine göre. Frietze S, Farnham PJ (14 April 2011). "Transcription Factor Effector Domains". A Handbook of Transcription Factors. Subcellular Biochemistry. Vol. 52. pp. 261–277. doi:10.1007/978-90-481-9069-0_12. ISBN 978-90-481-9068-3. PMC 4151296. PMID 21557087.

Kaynakça