BacDive

BacDive (the Bacterial Diversity Metadatabase, ), bakteriyel ve arkeal biyoçeşitlilik hakkında suş bağlantılı bilgi sağlayan bir bakteriyel metaveritabanıdır.

 Giriş 
BacDive, taksonomi, morfoloji, fizyoloji, çevre ve moleküler biyoloji gibi farklı türde meta veriler için bir kaynaktır. Verilerin çoğu manuel olarak açıklanmış ve düzenlenmiştir. Aralık 2022'deki sürümle BacDive, 19.313 tip suş dahil olmak üzere 93.254 suş için bilgi sunmaktadır.

Veritabanı, Leibniz Enstitüsü DSMZ - German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH tarafından barındırılmaktadır ve Alman Biyoinformatik Altyapı Ağı de.NBI'nin yanı sıra Avrupa Biyoinformatik Ağı Elixir'in bir parçasıdır. Aralık 2022'de BacDive, Global Biodata Coalition tarafından Global Core Biodata Resource (GCBR) olarak seçilmiştir. GCBR'ler, yaşam bilimleri ve biyotıp alanındaki küresel araştırma çabaları için kritik veri kaynakları olarak kabul edilmektedir.

 İçerik 

 Veritabanı 
Veri tabanının Aralık sürümü, "İsim ve taksonomik sınıflandırma", "Morfoloji", "Kültür ve büyüme koşulları", "Fizyoloji ve metabolizma", "İzolasyon, örnekleme ve çevresel bilgiler", "Güvenlik bilgileri", "Dizi bilgileri" ve "Suş mevcudiyeti" kategorilerine ayrılmış 1000'den fazla farklı veri alanını kapsıyordu. Veritabanı, ilgili suş ve referansla bağlantılı 1.922.166 girişten oluşmaktadır. Veriler, kültür koleksiyonlarının dahili açıklamalarından, uzmanlarca derlenen derlemelerden ve tür açıklamaları gibi birincil bilimsel literatürden alınmıştır.

 Veri erişimi 
Verilere bir GUI veya RESTful web hizmeti aracılığıyla erişilebilir. Kullanıcı GUI'yi kullanarak suşları isim, Kültür koleksiyon numarası, NCBI Vergi Kimliği veya INSDC sekans erişim numarasına göre aramak için basit bir arama arasında seçim yapabilir veya kullanıcı 130 veri alanında arama yapılmasını sağlayan ve birkaç alanı birleştirerek karmaşık sorgulara fırsat veren gelişmiş aramayı kullanabilir. Veriler PDF formatında (tek suşlar için) veya daha büyük veri setleri için CSV formatında (çoklu suşlar için) indirilebilir. RESTful web hizmeti portalı aracılığıyla BacDive içeriğine otomatik olarak erişilebilir (ücretsiz kayıt gereklidir).API kullanımını desteklemek için Python ve R dillerinde yazılım istemcileri mevcuttur.

 Diğer veritabanları 
BacDive'ın odağı dışında kalan veriler için, suşla ilişkili verileri sağlayan diğer veritabanlarına bağlantılar verilmiştir:

 SILVA
 BRENDA
 LPSN
 Straininfo.net
 EBI
 NCBI
 MicrobeAtlas

 Kaynakça 

 Dış bağlantılar 

 BacDive'da basit arama
 BacDive'da gelişmiş arama
 BacDive'daki web hizmetleri 

Kategori:Çevrimiçi veritabanları
Kategori:Üstveri
Kategori:Biyolojik veritabanları
Kategori:Biyoçeşitlilik veritabanları