Biyolojideki araştırma yöntemleri listesi

Biyolojide araştırma yöntemleri listesi, biyolojinin çeşitli dallarında kullanılan araştırma yöntemleriyle ilgili maddelerin bir dizinidir.

 Araştırma tasarımı ve analizi 

 Araştırma tasarımları 
Araştırma tasarımıAçıklamaPotansiyel analizGruplar arası tasarımHer biri aynı anda farklı bir test faktörü tarafından test edilen iki veya daha fazla denek grubuna sahip deneyTek anakütle ortalaması için parametrik hipotez sınaması, Varyans analizi, Mann-Whitney U testiTekrarlanan ölçümler tasarımıAynı değişkenin aynı veya eşleştirilmiş denekler üzerinde farklı koşullar altında veya iki ya da daha fazla zaman diliminde alınan birden fazla ölçümünü içeren bir araştırma tasarımıEşleştirilmiş t-testi, Wilcoxon işaretli sıralar testi

 Grafikler ve diyagramlar 
AnalizAçıklamaDalDoz yanıt ilişkisiBelirli bir maruz kalma süresinden sonra bir uyarıcıya veya stres etkenine (genellikle bir kimyasal) maruz kalmanın (veya dozların) bir fonksiyonu olarak bir organizmanın tepkisinin büyüklüğünü gösteren grafikFizyolojiElektroensefalogramBeyindeki nöronların içindeki iyonik akımdan kaynaklanan voltaj dalgalanmalarını gösteren grafikNörobilimElektrokardiyogramDeri üzerine yerleştirilen elektrotlar kullanılarak kalbin elektriksel aktivitesinin zamana karşı voltaj grafiğiFizyolojiManhattan plotuÇok sayıda veri noktası içeren, çoğu sıfır olmayan genliğe sahip ve yüksek genlikli değerlerin dağılımına sahip verileri görüntülemek için kullanılır. Bu çizim, genom çapında ilişkilendirme çalışmalarında (GWAS) önemli SNP'leri görüntülemek için yaygın olarak kullanılır.GenetikPedigre çizelgesiBelirli bir genin veya organizmanın ve atalarının fenotiplerinin bir nesilden diğerine oluşumunu göstermek için kullanılır,Documenting Your Pedigree Chart  By Melody Daisson -  GeneaSearch.com en yaygın olarak insanlar, gösteri köpekleri ve yarış atlarıGenetikFilogenetik ağacıFiziksel veya genetik özelliklerindeki benzerlik ve farklılıklara dayanarak çeşitli biyolojik türler veya diğer varlıklar arasındaki evrimsel ilişkileri göstermek için kullanılırSistematik, Evrimsel biyolojiYaş piramidiBir nüfusun (tipik olarak bir ülkenin veya dünyanın bir bölgesinin) yaş gruplarına ve cinsiyete göre dağılımını göstermek için kullanılır; nüfus artarken tipik olarak bir piramit şekli oluştururPopülasyon ekolojisiPunnett karesiBelirli bir çaprazlama veya ıslah deneyinin genotiplerini tahmin etmek için kullanılırGenetik

 İstatistiksel analizler 
AnalizAçıklamaTürVaryans analiziOrtalamalar arasındaki farklılıkları analiz etmek için kullanılan istatistiksel modeller ve bunlarla ilişkili tahmin prosedürleri (gruplar arasındaki ve gruplar arasındaki "varyasyon" gibi) koleksiyonuİstatistiksel modelKi-kare testiTest istatistiği boş hipotez altında ki-kare dağılımlı olduğunda gerçekleştirilmesi geçerli olan bir istatistiksel hipotez testi, özellikle Pearson ki-kare testi ve varyantlarıHipotez testiMann-Whitney U testiİki popülasyondan rastgele seçilen X ve Y değerleri için X'in Y'den büyük olma olasılığının Y'nin X'ten büyük olma olasılığına eşit olduğu boş hipotezin istatistiksel hipotez testiParametrik olmayan istatistikTek anakütle ortalaması için parametrik hipotez sınamasıTest istatistiğinin boş hipotez altında tek anakütle ortalaması için parametrik hipotez sınamasının takip ettiği herhangi bir hipotez testiParametrik istatistik

 Laboratuvar teknikleri 
YöntemAçıklamaDallarAgaroz jel elektroforeziAgarın iki ana bileşeninden biri olan agaroz matrisinde DNA veya proteinler gibi karışık bir makromolekül popülasyonunu ayırmak için kullanılırBiyokimya, Moleküler biyoloji, GenetikHayvan hastalığı modeliİnsanlardaki hastalık ve bozuklukları araştırmak için kullanılır. Bazı hayvanlar fareler gibi insan benzeri özelliklere sahip olabilirken, diğerleri mürekkep balığı dev aksonu gibi araştırma için ideal özelliklere sahip olabilirBiyokimya, Nörobilim, FizyolojiBiyolojik ablasyonBiyolojik bir yapıyı veya işlevi ortadan kaldırmak için kullanılırGenetik, FizyolojiKalsiyum görüntülemeİzole edilmiş bir hücre, doku veya ortamdaki kalsiyum iyonlarının (Ca+2) durumunu optik olarak ölçmek için kullanılırFizyolojiHücre izolasyonuTek tek canlı hücrelerin katı bir doku bloğundan veya hücre süspansiyonundan ayrılması işlemiSitolojiSantrifüjlemeParçacıkları boyutlarına, şekillerine, yoğunluklarına, ortam viskozitesine ve rotor hızına göre bir çözeltiden ayırmak için santrifüj kuvvetinin kullanılmasıSitoloji, BiyokimyaCRISPR gen düzenlemeBakteriyel CRISPR-Cas9 antiviral savunma sisteminin basitleştirilmiş bir versiyonuna dayalı olarak canlı organizmaların genomlarını değiştirmek için kullanılırMoleküler biyolojiDNA dizileyiciDNA dizileme sürecini otomatikleştirmek için kullanılırGenetik, Moleküler biyolojiEnzime bağlı immünosorbent deneyi (ELISA)Ölçülecek proteine karşı yönlendirilmiş antikorlar kullanılarak sıvı bir numunede bir ligandın (genellikle bir protein) varlığını tespit etmek için kullanılırBiyokimya, Moleküler biyolojiGen nakavtıBir organizmanın genlerinden birini çalışmaz hale getirmek ("nakavt etmek") için kullanılırMoleküler biyoloji, Genetikİmmün boyamaBir numunedeki belirli bir proteini tespit etmek için antikor bazlı bir yöntemin kullanılmasıMoleküler biyoloji, BiyokimyaHücre içi kayıtBir hücre zarı boyunca voltajı ölçmek için kullanılırNörobilim, ElektrofizyolojiMikrodiziYüksek verimli tarama, minyatürleştirilmiş, çoklanmış ve paralel işleme ve tespit yöntemleri kullanarak büyük miktarlarda biyolojik materyali test etmeGenetik, Moleküler biyolojiMikroelektrot dizisiNöral sinyallerin elde edildiği veya iletildiği çok sayıda (onlarca ila binlerce) mikroelektrot içeren, esasen nöronları elektronik devrelere bağlayan nöral arayüzler olarak hizmet veren cihazlarNörobilimMikroskopÇıplak gözle görülemeyecek kadar küçük nesneleri incelemek için kullanılırHücre biyolojisiMoleküler klonlamaRekombinant DNA moleküllerini bir araya getirmek ve konak organizmalar içinde replikasyonlarını yönlendirmek için kullanılır.Moleküler biyolojiNorthern blotBir örnekteki RNA'nın (veya izole edilmiş mRNA'nın) saptanması yoluyla gen ifadesini incelemek için kullanılır.Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J. Raff, M., Roberts, K., Walter, P. 2008. Molecular Biology of the Cell, 5th ed. Garland Science, Taylor & Francis Group, NY, pp 538–539.Kevil, C. G., Walsh, L., Laroux, F. S., Kalogeris, T., Grisham, M. B., Alexander, J. S. (1997) An Improved, Rapid Northern Protocol. Biochem. and Biophys. Research Comm. 238:277–279.Moleküler biyolojiOptogenetikIşığa duyarlı iyon kanallarını ifade etmek üzere genetik olarak modifiye edilmiş nöronları kontrol etmek için ışık kullanırNörobilimOsiloskopDeğişken sinyal voltajlarını, genellikle zamanın bir fonksiyonu olarak bir veya daha fazla sinyalin kalibre edilmiş iki boyutlu bir grafiği olarak grafiksel olarak görüntülemek için kullanılırNörobilim, FizyolojiKağıt kromatografisiRenkli kimyasalları veya maddeleri ayırmak için kullanılır.Moleküler biyolojiYama kenetlemeTek tek izole edilmiş canlı hücrelerde, doku kesitlerinde veya hücre zarı yamalarında iyonik akımları incelemek için kullanılırElektrofizyoloji, NörobilimPolimeraz zincir reaksiyonu (PCR)Belirli bir DNA örneğinin milyonlarca ila milyarlarca kopyasını (tam kopya veya kısmi kopya) hızlı bir şekilde oluşturmak için kullanılır ve bilim insanlarının çok küçük bir DNA örneği alıp bunu (veya bir kısmını) ayrıntılı olarak çalışmak için yeterince büyük bir miktara yükseltmesine olanak tanırGenetik, Moleküler biyolojiSomatik hücre nükleer transferiBir vücut hücresi ve bir yumurta hücresinden canlı bir embriyo oluşturmak için kullanılırGelişimsel biyolojiSouthern blotDNA örneklerinde spesifik DNA dizisini tespit etmek için kullanılırMoleküler biyolojiÇapraz testBir bireyin homozigot mu yoksa heterozigot dominant mı olduğunu belirlemek için kullanılırGenetikVoltaj kelepçesiMembran voltajını belirli bir seviyede tutarken nöronlar gibi uyarılabilir hücrelerin membranlarından geçen iyon akımlarını ölçmek için kullanılır.Fizyoloji, NörobilimWestern blotMoleküler biyoloji ve immünogenetikte doku homojenatı veya ekstrakt örneğindeki spesifik proteinleri tespit etmek için kullanılan analitik teknikMoleküler biyolojiX ışını kristalografisiBir kristalin atomik ve moleküler yapısını belirlemek için kullanılır; burada kristal yapı, gelen bir X-ışını demetinin birçok belirli yöne kırılmasına neden olurYapısal biyoloji

 Saha teknikleri 
YöntemAçıklamaDallarMesafe örneklemesiPopülasyonların yoğunluğunu ve/veya bolluğunu tahmin etmek için kullanılırEkolojiİşaretleme ve yeniden yakalamaHer bir bireyi saymanın pratik olmadığı durumlarda bir hayvan popülasyonunun büyüklüğünü tahmin etmek için kullanılır.Ekoloji

 Hesaplama araçları 

 Matematiksel modeller 
ModelAçıklamaDallarÜstel bütünleştirme ve ateşlemeBir veya iki değişkenli kompakt ve hesaplama açısından verimli doğrusal olmayan spiking nöron modellerini tanımlarNörobilimFitzHugh-Nagumo modeliUyarılabilir bir sistemin prototipini tanımlar (örn. bir nöron)NörobilimHardy-Weinberg ilkesiBir popülasyondaki alel ve genotip frekanslarının, diğer evrimsel etkilerin yokluğunda nesilden nesile sabit kalacağını belirtirGenetik, Evrimsel biyolojiHodgkin-Huxley modeliNöronlardaki aksiyon potansiyellerinin nasıl başlatıldığını ve yayıldığını açıklarNörobilimSonsuz kümeler modeliSonlu bir popülasyonda heterozigotluğun veya genetik çeşitliliğin hesaplanmasına ve ilgili popülasyonlar arasındaki genetik mesafelerin tahmin edilmesine olanak sağlarEvrimsel biyolojiLojistik fonksiyonBir nüfusun büyümesini üstel olarak tanımlar, ardından büyümede bir azalma olur ve çevresel baskılar nedeniyle bir taşıma kapasitesi ile sınırlanır.EkolojiLotka-Volterra denklemleriBiri avcı diğeri av olarak iki türün etkileşim içinde olduğu biyolojik sistemlerin dinamiklerini tanımlamakEkolojiMoran süreciSonlu popülasyonları tanımlayan stokastik süreçGenetikTür-alan ilişkisiBir habitatın veya habitatın bir bölümünün alanı ile bu alanda bulunan türlerin sayısı arasındaki ilişkiyi tanımlarEkoloji

 Algoritmalar 
AlgoritmaAçıklamaDallarEvrimsel algoritmaBiyolojik evrimden esinlenen mekanizmalar kullanır. Optimizasyon problemine yönelik aday çözümler bir popülasyondaki bireylerin rolünü oynar ve uygunluk fonksiyonu çözümlerin kalitesini belirler.Nörobilim

 Kaynakça 

Biyoloji
Araştırma yöntemleri