Moleküler grafik sistemleri listesi

Bu, makromolekülleri görselleştirmek için kullanılan önemli yazılım sistemlerinin bir listesidir.

 Ad Veri Lisans Teknoloji Alıntılar Yorumlar Amira EM MM MRI Optik SMI XRD  Windows, Linux, Mac OpenInventor/OpenGL tabanlı; yaşam ve biyomedikal bilimlere odaklanıyor. Ascalaph Designer MM MD QM  C++ Grafikler, model oluşturma, moleküler mekanik, kuantum kimyası. Avizo EM MM MRI Optik SMI XRD  Windows, Linux, Mac Avizo, Amira'dan türetilmiştir ve malzeme bilimine odaklanmaktadır. Avogadro MM XRD MD  açık-kaynak, GPL C++, Qt, Python modülleri aracılığıyla genişletilebilir BALL MD MM NMR LGPL açık-kaynak Bağımsız program   Cn3D  açık-kaynak Bağımsız programNCBI C++ araç setinde Coot XRD  açık-kaynak Gabedit XRD MM  açık-kaynak C Jmol  açık-kaynak Java (applet veya bağımsız program)Tarayıcı için dönüştürülmüş HTML5/JavaScript Bağımsız hareket, yüzeyler ve moleküler orbitaller, boşluk görselleştirme, kristal simetrisi ile birden fazla molekül yükleme gibi gelişmiş yetenekleri destekler. MDL Chime , ticari olmayan kullanım ücretsiz Sadece Windows için C++ tarayıcı eklentisi  Molekül ve periyodik sistemleri (kristal, yapılar, sıvılar...) oluşturun ve görselleştirin, yörüngeleri canlandırın, moleküler orbitalleri, yoğunluğu, elektrostatik potansiyeli görselleştirin... IR, NMR, dielektrik ve optik tensörler gibi grafikleri görselleştirir. Mol* MM MD NA SMI XRD  açık-kaynak (MIT) TypeScript (WebGL, React)  Şu anda RCSB-PDB ve EMBL/PDBe tarafından kullanılan görüntüleyici. Bir betik dili içerir. Molden MM XRD , akademik kullanım ücretsiz Molecular Operating Environment (MOE) HM MD MM NA QM SMI XRD  Windows, Linux, OS X; SVL programlama dili Küçük moleküller, makromoleküller, protein-ligand kompleksleri, kristal kafesler, moleküler ve özellik yüzeyleri oluşturun, düzenleyin ve görselleştirin. Kapsamlı moleküler modelleme / ilaç keşfi uygulamaları koleksiyonu için platform. Molekel MM XRD  açık-kaynak Java 3D applet veya bağımsız program PyMOL MM XRD SMI EM  Açık-kaynak Python Yazara göre, bilimsel literatürde 3D protein yapılarının yayınlanan tüm görüntülerinin neredeyse 1/4'ü PyMOL ile yapılmıştır. RasMol  açık-kaynak C bağımsız program SAMSON MM MD SMI MRI  , sınırlı ücretsiz sürüm Windows, Linux, Mac. C++ (Qt)  Hesaplamalı nanobilim: yaşam bilimleri, malzemeler, vb. Modüler mimari, SAMSON Elemanları olarak adlandırılan modüller. Sirius  açık-kaynak Java 3D applet veya bağımsız program 2011'den itibaren artık desteklenmemektedir. Scigress MM QM  Bağımsız program Çeşitli moleküler sistemler üzerinde simülasyonları düzenleme, görselleştirme ve çalıştırma. Spartan MM QM  Bağımsız programSpartan Tutorial & User's Guide   Biyomolekülleri görselleştirin ve düzenleyin, daha fazla hesaplama analizi için PDB dosyalarından bağlı ligandları çıkarın, aerodinamik grafik kullanıcı ara yüzü ile tam moleküler mekanik ve kuantum kimyasal hesaplamalar paketi. UCSF Chimera XRD SMI EM MD  açık-kaynak (ticari olmayan kullanım için) Python Tek/çoklu sekans görüntüleyici, yapı tabanlı sekans hizalama, entegre analizler için otomatik sekans-yapı karışma içerir. VMD EM MD MM  açık-kaynak (ticari olmayan kullanım için) C++ WHAT IF HM XRD , Akademik kullanım için shareware Fortran, C, OpenGL, bağımsız Eski moda ara yüz; deneyimli biyo-informatikçiler için çok iyi bir yazılım; yaklaşık 2000 protein yapısıyla ilgili seçenek; 500 sayfalık bir dokümanla birlikte geliyor. YASARA HM NMR XRC , sınırlı ücretsiz sürüm C-assembly, Windows, Linux, Mac Yapı tahmini ve yerleştirme dahil olmak üzere tam özellikli moleküler modelleme ve simülasyon programı. Grafik veya metin modu (kümeler), Python ara yüzü.

 Anahtar 
Aşağıdaki tablo, her bir sistemde hangi veri türlerinin görselleştirilebileceğini göstermektedir:

 Ayrıca bakınız 
 Biyolojik veri görselleştirme
 Nükleik asit simülasyon yazılımları karşılaştırması
 Moleküler mekanik modelleme yazılımları karşılaştırması
 Mikroskopi görselleştirme sistemleri listesi
 Açık kaynaklı biyoinformatik yazılımları listesi
 Moleküler grafikler
 Molekül düzenleyici

 Kaynakça 

 Dış bağlantılar 

  A rather detailed, objective, and technical assessment of about 20 tools.




Kategori:Kimya yazılımları
Kategori:Moleküler modelleme