Molekül düzenleyici

Bir molekül düzenleyici, kimyasal yapıların gösterimlerini oluşturmak ve değiştirmek için kullanılan bir bilgisayar programıdır.

Molekül editörleri, kimyasal yapı gösterimlerini sırasıyla 2B bilgisayar grafikleri veya 3B bilgisayar grafikleri aracılığıyla simüle edilmiş iki boyutlu uzay veya üç boyutlu uzay içinde manipüle edebilir. İki boyutlu çıktı resim olarak veya kimyasal veri tabanlarını sorgulamak için kullanılır. Üç boyutlu çıktı, genellikle moleküler modelleme yazılım paketlerinin bir parçası olarak moleküler modeller oluşturmak için kullanılır.

Leatherface, RECAP ve Molecule Slicer gibi veritabanı moleküler düzenleyicileri, çok sayıda molekülün kullanıcı tarafından belirlenebilen 'karboksilik asitleri deprotonlama' veya 'ekzosiklik bağları kırma' gibi kurallara göre otomatik olarak değiştirilmesine olanak tanır.

Molekül editörleri genel olarak en az bir dosya biçimi veya satır gösterimi okumayı ve yazmayı destekler. Her birine örnek olarak sırasıyla Molfile ve SMILES (basitleştirilmiş moleküler girdi satırı giriş belirtimi) verilebilir.

Molekül düzenleyicileri tarafından oluşturulan dosyalar moleküler grafik araçları tarafından görüntülenebilir.

Bağımsız programlar
 Program  Geliştirici(ler)  Lisans  Platform(lar)  Bilgi ACD/ChemSketch  ACD/Labs    Windows  Organikler, organometalikler, polimerler ve Markush yapıları dahil olmak üzere hemen hemen her kimyasal yapının çizilmesine izin veren kimyasal olarak akıllı bir çizim ara yüzü. Freeware sürümü mevcut Amira (yazılım)  Visage ImagingZuse Institute Berlin    Windows, macOS, Linux  14 günlük deneme sürümü mevcut Ascalaph Designer  Agile Molecule    Windows, Linux  Freeware Avogadro  Avogadro project team     Windows, macOS, Linux  3B molekül düzenleyici, görselleştirici BALLView  BALL project team  -LGPL  Windows, macOS, Linux  Görüntüleyici, editör, simülasyon aracı Bioclipse  Bioclipse Developers    Çapraz-platform  Java, Eclipse Rich Client Platform (RCP) tabanlı Biovia Draw  MDL Information Systems    Windows  Şu anda Dassault Systèmes'e ait olan ISIS/Draw olarak geliştirildiChemDoodleiChemLabs  Çapraz-platformJava ChemDraw  PerkinElmer    Windows, macOS  Kimyasal yapıları ve reaksiyonları düzenlemek için Deneb AtelGraphics    Windows, Linux  Deneme sürümü mevcuttur; SIESTA, VASP, QE vb. paketler için kullanımı kolay masaüstü grafik kullanıcı ara yüzü. ChemWindow Wiley    Windows  KnowItAll yazılım ortamının bir parçası olarak kullanılabilir; akademik araştırma ve öğretim için ücretsizdir. Gabedit  Abdulrahman Allouche     Windows, macOS, Linux  3B molekül düzenleyici, görselleştirici JChemPaint      Çapraz-platform  Java ile yazılmış 2B yapısal formül düzenleyici Molecular Operating Environment (MOE) Chemical Computing Group    Windows, macOS, Linux; SVL programlama dili  3B moleküler çizim ve düzenleme, 2B betimleme ve 2B'den 3B'ye dönüştürme ile moleküler modelleme / ilaç keşfi uygulamaları için platformdur. SAMSON Inria    Windows, macOS, Linux   Bütünleşik hesaplamalı nanobilim için yazılım platformudur. SAMSON Elements (SAMSON için modüller) ile özelleştirilmiştir. Spartan Wavefunction, Inc.   Windows, macOS, Linux XDrawChem    Windows, macOS, Linux  OpenBabel tabanlı

Java Appletleri
 Applet  Geliştirici(ler)  Lisans  Bilgi JChemPaint      Editör ve görüntüleyici uygulamaları JME Molecule Editor  Peter Ertl    Molinspiration adresinden temin edilebilen ücretsiz yazılım; Ticari olmayan kullanım için Freeware

 JavaScript gömülebilir düzenleyiciler 
 Program  Geliştirici Lisans Masaüstü TarayıcıIE6-7-8  Masaüstü Tarayıcıdiğer  iPad  iPhone  Android Bilgi Kekulé Program  Kekule.js Lab MIT Lisansı          KetcherEPAM SystemsApache Lisansıbaşlangıçta EPAM Systems tarafından satın alınmadan önce GGA Software Services tarafından geliştirilmiştir.

 Ayrıca bakınız 
 ChemSpider
 Moleküler mekanik modelleme yazılımları karşılaştırması
 Moleküler tasarım yazılımı

 Kaynakça 

Dış bağlantılar
 Molecular structure input on the web
 The Chemical Structure Editor: Bridging Chemistry and Cheminformatics

Kategori:Kimya yazılımları
Kategori:Hesaplamalı kimya