DNA barkodlama

DNA barkodlama, DNA'nın belirli, kısa bir bölümü kullanılarak yapılan bir tür tanımlama yöntemidir. Organizmaların genomlarındaki küçük farklılıklardan faydalanarak tıpkı marketlerde satılan ürünlerin de üzerinde olduğu gibi o türe ait bir barkod oluşturulabilir. Bu "barkodlar" bazenleri bilinmeyen türleri tanımlamak, mümkün olduğu kadar çok taksonu kataloglamak veya tür sınırlarını belirlemek için geleneksel taksonomiyle karşılaştırmak amacıyla kullanılır.

Farklı organizma gruplarını barkod kullanarak tanımlamak için farklı gen bölgeleri kullanılır. Hayvanlar ve bazı protistler için en yaygın kullanılan barkod bölgesi, mitokondriyal DNA'da bulunan sitokrom c oksidaz I (COI veya COX1) geninin bir kısmıdır. DNA barkodlaması için uygun diğer genler, mantarlar için sıklıkla kullanılan internal transcribed spacer (ITS) rRNA ve bitkiler için kullanılan RuBisCO'dur. Mikroorganizmalar farklı gen bölgeleri kullanılarak tespit edilir. Örneğin 16S rRNA geni prokaryotların tanımlanmasında yaygın olarak kullanılırken, 18S rRNA geni çoğunlukla mikrobiyal ökaryotların saptanması için kullanılır. Bu gen bölgeleri, türler arası varyasyona göre daha az tür içi varyasyona sahip oldukları için seçilmiştir ve "Barcoding Gap" olarak da bilinir.

DNA barkodlama, çiçekleri veya meyveleri mevcut olmadığında bile bitkinin yapraklarının tanımlanması; polen yayan hayvanların vücutlarında toplanan polenlerin tanımlanması; yetişkinlere göre daha az tanısal karaktere sahip olabilen böcek larvalarının tanımlanması veya bir hayvanın mide içeriğine, tükürüğüne veya dışkısına göre beslenmesinin araştırılması gibi uygulamaları içerir. Barkodlama, birden fazla organizmanın DNA'sını içeren bir numuneden organizmaları tanımlamak için kullanıldığında, DNA metabar kodlaması terimi kullanılır. Örneğin, su kalitesini değerlendirmek için nehirlerdeki ve akarsulardaki diatom topluluklarının DNA metabar kodlamasının kullanılması.

 Kaynakça 

 Dış bağlantılar 
SweBOL
FinBOL
International Barcode of Life Project (iBOL)
BOLD
UNITE
Diat.barcode

Kategori:DNA barkodlama