Memeli Promotörleri Veri Tabanı (MPromDb)

Memeli Promotör Veritabanı (MPromDb) ChIP-SEQ sayesinde belirlenmiş  gen promoterlerini içeren bir veriritabanıdır  Yakın promotör bölgesi (akışyukarısına çekirdek promotör bölgesinin yukarısa) çoğu transkripsiyon faktörlerinin (TFS) cis-düzenleyici elementlerini ihtiva eder.

Son zamanlarda, aktif promotörlerü açımlamak için ChIP-seq ve hesaplama tekniklerinin karışımıolan daha iyi bir teknik gösterilmiştir. Bu teknik, memeli sistemlerinde TF'lerin hedef genlerini bulmak için kullanılmıştır. MPomDb bu teknolojiye dayanmaktadır. Ökaryotik organizmalar için küratörlü promotör dizileri, bir EPD veritabanı tarafından sağlanır; ancak doku / hücre merkezli düzeyde promotör aktivite bilgisi sunulmaz.

MPromDb veritabanı, RNAP-II antikorları ve altı farklı insan hücre tipi ile gerçekleştirilen on farklı fare hücresi/doku ChIP -seq deneyini analiz ettikten sonra tanımlanan aktif RNAP-II promotörlerini eklemiştir.Gupta, Ravi; Bhattacharyya Anirban; Agosto-Perez Francisco J; Wickramasinghe Priyankara; Davuluri Ramana V (Jan 2011). "MPromDb update 2010: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-seq experimental data". Nucleic Acids Res. England. 39 (Database issue): D92-7. doi:10.1093/nar/gkq1171. PMC 3013732. PMID 21097880. Veriler, yüksek kaliteyi sağlamak için manuel düzeltmenin ardından bir dizi hesaplama yöntemiyle elde edilmiştir.Sun, Hao; Palaniswamy, Saranyan K.; Pohar, Twyla T. (2006). "MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): 98–103. doi:10.1093/nar/gkj096. PMC 1347458. PMID 16381984. MPomDb'nin en yeni sürümünde, yaklaşık 507 milyon benzersiz şekilde hizalanmış RNA Pol-II ChIP-seq okumaları, altı insan hücre tipi ve 10 farklı fare hücresi/dokusu dahil olmak üzere 26 farklı veritabanı üzerinden  analiz edilmiştir.

 Kaynakça 

 Dış bağlantılar 

 http://bioinformatics.wistar.upenn.edu/MPomDb/%5B%5D
 https://web.archive.org/web/20121115182532/http://promoter.cdb.riken.jp/

Kategori:Protein yöntemleri
Kategori:Gen ifadesi