Peptid kütle parmak izi alma

Peptid kütle parmak izi alma (Peptide mass fingerprinting-PMF), protein tanımlama için analitik bir tekniktir, burada ilgilenilen bilinmeyen protein ilk olarak daha küçük peptitlere bölünür ve bunların mutlak kütleleri MALDI-TOF veya ESI-TOF gibi bir kütle spektrometresi ile doğru bir şekilde ölçülebilir. Yöntem, 1993 yılında birkaç grup tarafından bağımsız olarak geliştirildi. Peptit kütleleri, bilinen protein dizilerini içeren bir veritabanı veya hatta genom ile karşılaştırılır. Bu, organizmanın bilinen genomunu proteinlere çeviren, daha sonra teorik olarak proteinleri peptidlere ayıran ve her bir proteinden peptidlerin mutlak kütlelerini hesaplayan bilgisayar programları kullanılarak sağlanır. Daha sonra, bilinmeyen proteinin peptitlerinin kütleleri, genomda kodlanmış her bir proteinin teorik peptit kütleleri ile karşılaştırılır. En iyi eşleşmeyi bulmak için sonuçlar istatistiksel olarak analiz edilir.

Bu yöntemin avantajı, sadece peptitlerin kütlelerinin bilinmesinin gerekmesidir. Zaman alıcı de novo peptid dizilimi bu durumda gereksizdir. Yöntemin bir dezavantajı ise, protein dizisinin ilgili veri tabanında bulunması gerekliliğidir. Ek olarak çoğu PMF algoritması, peptitlerin tek bir proteinden geldiğini varsayar. Bir karışımın varlığı, analizi önemli ölçüde karmaşıklaştırabilir ve sonuçları potansiyel olarak tehlikeye atabilir. PMF bazlı protein tanımlaması için tipik olan, izole edilmiş bir proteine olan gerekliliktir. 2-3 proteini aşan karışımlar, tipik olarak yeterli tanımlama spesifikliğine ulaşmak için MS/MS bazlı protein tanımlamasının ek kullanımını gerektirir (6). Bu nedenle, tipik PMF örnekleri, iki boyutlu jel elektroforezinden (2D jeller) veya SDS-PAGE bantlarından  izole edilmiş proteinlerdir.

 Ayrıca bakınız 
Peptid kütle parmak izi
Alt-üst proteomik
Üst-alt proteomik

 Kaynakça 

Kategori:Kütle spektrometrisi
Kategori:Laboratuvar teknikleri
Kategori:Protein yöntemleri