Kütle spektrometrisi yazılımları listesi

Kütle spektrometresi yazılımı, kütle spektrometresinde veri toplama, analizi veya temsil için kullanılan bir yazılımdır.

 Proteomik yazılımı 
Protein kütle spektrometrisinde, protein/peptit tanımlaması için ardışık kütle spektrometrisi (MS/MS veya MS2 olarak da bilinir) deneyleri kullanılır. Peptit tanımlama algoritmaları iki geniş sınıfa ayrılır: veritabanı araması ve de novo arama. İlk arama, analiz edilen örnekte mevcut olduğu varsayılan tüm amino asit sekanslarını içeren bir veritabanıına karşı gerçekleştirilirken, ikincisi, genomik veri bilgisi olmadan peptit sekanslarını ortaya çıkarır.

 Veritabanı arama algoritmaları 
İsimTipAçıklamaProSightPC ve ProSightPDTescilliProSightPC/PD, UniProt'tan türetilmiş veritabanlarına karşı peptit ve protein ardışık kütle spektrometresi verilerini aramak için yazılım araçlarıdır.TopPICAçık kaynakTopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification and Characterization/Üst-alt kütle spektrometrisi tabanlı Proteoform Tanımlama ve Karakterizasyon), bir protein dizisi veritabanına karşı üst-alt ardışık kütle spektrumlarını araştırarak proteom düzeyinde proteoformları tanımlar ve karakterize eder. TopPIC, MS-Align + 'ın halefidir. Mutasyonlar ve translasyon sonrası modifikasyonlar (post-translational modifications-PTM) gibi beklenmedik değişiklikler içeren proteoformları verimli bir şekilde tanımlar, tanımlamaların istatistiksel önemini doğru bir şekilde tahmin eder ve bilinmeyen kütle kaymalarıyla rapor edilen proteoformları karakterize eder. Hızı, duyarlılığı ve doğruluğu artırmak için indeksler, spektral hizalama, jenerasyon işlevi yöntemleri ve modifikasyon tanımlama skoru (MIScore) gibi çeşitli teknikler kullanır.TopMGAçık kaynakTopMG (Kütle Grafiklerini kullanarak üst-alt kütle spektrometresi tabanlı proteoform tanımlama/Top-down mass spectrometry based proteoform identification using Mass Graphs) bir protein dizisi veritabanına karşı üst-alt ardışık kütle spektrumlarını arayarak ultra-modifiye proteoformları tanımlamak için kullanılan bir yazılım aracıdır.Andromeda (MaxQuant' ın bir parçası olarak)FreewareAndromeda, olasılıksal puanlamaya dayalı bir peptit arama motorudur. Proteom verilerinde Andromeda, hedef tuzak aramalarına dayalı duyarlılık ve özgüllük analizi ile değerlendirilen, yaygın olarak kullanılan ticari bir arama motoru olan Mascot kadar iyi performans gösterir. Andromeda bağımsız olarak çalışabilir veya MaxQuant'a entegre edilebilir. Bu kombinasyon, bir masaüstü bilgisayarda büyük veri kümelerinin analizini sağlar. Birlikte parçalanmış peptitlerin tanımlanması, tanımlanan peptitlerin sayısını iyileştirir. Andromeda Jürgen Cox ve diğerleri tarafından Max Planck Biyokimya Enstitüsü'nde geliştirildi.ByonicTescilliByonic, 2011 yılında Protein Metrics Inc. tarafından PARC'ta orijinal geliştirmelerle yayınlanan veritabanı arama algoritmasıdır. Her tür cihazdan MS/MS verilerini arar ve dahili olarak Combyne programını kullanır. Combyne, protein skorları ve tanımlama olasılıkları oluşturmak için peptit tanımlamalarını birleştirir.CometAçık kaynakWashington Üniversitesi'nde Windows ve Linux için geliştirilmiş bir veritabanı arama algoritmasıdır.Tide (Crux' un yeniden yazılmış hali)Açık kaynakTide, peptitleri ardışık kütle spektrumlarından tanımlamak için bir araçtır. Tide' ın atası Crux' tur, ancak Tide, SEQUEST XCorr puanlarını tam olarak kopyalarken hızda bin kat artış sağlamak için tamamen yeniden tasarlandı. Washington Üniversitesi'nde geliştirildi.GreylagAçık kaynakStowers Institute for Medical Research'te geliştirilen veritabanı arama algoritması, yüzlerce düğüme sahip bilgisayar kümelerinde büyük aramalar yapmak için tasarlanmıştır.InsPecTAçık kaynakKaliforniya Üniversitesi, San Diego'daki Center for Computational Mass Spectrometry' de (Hesaplamalı Kütle Spektrometresi Merkezi) bulunan bir MS hizalama arama algoritmasıMascotTescilliGözlemlenen ve öngörülen peptid parçaları arasındaki eşleşmelerin istatistiksel bir değerlendirmesi yoluyla kütle spektrometresi veri analizi gerçekleştirir.MassMatrixFreewareMassMatrix, ardışık kütle spektrometrik verileri için bir veritabanı arama algoritmasıdır. Peptit ve protein eşleşmelerini sıralamak için kütle doğruluğuna duyarlı olasılıklı bir puanlama modeli kullanır.MassWizAçık kaynakInstitute of Genomics and Integrative Biology'de geliştirilen bir arama algoritmasıdır. Windows komut satırı aracı olarak mevcuttur.MS-GF +Açık kaynakMS-GF+ (aka MSGF+ veya MSGFPlus) bir protein dizisi veritabanından türetilen peptitlere karşı MS/MS spektrumlarını puanlayarak peptit tanımlaması yapar. HUPO PSI standart giriş dosyasını (mzML) destekler ve sonuçları mzIdentML formatında kaydeder, ancak sonuçlar kolaylıkla TSV'ye dönüştürülebilir. ProteomeXchange, MS-GF+ arama sonuçlarını kullanarak Tam veri gönderimini destekler.MSFraggerFreewareVerimli fragmant iyon indekslemesine dayalı hızlı veritabanı araması yapma yeteneğine sahiptir. Geleneksel veritabanı aramalarına ek olarak translasyon sonrası modifikasyon keşfi, O ve N bağlantılı glikoproteomik aramaları, yarı enzimatik ve enzimatik olmayan aramalar için açık (kitlesel toleranslı) aramalar yapabilir. Michigan Üniversitesi'nde geliştirildi.MyriMatchAçık kaynakVanderbilt Üniversitesi Tıp Merkezi'nde geliştirilen veritabanı arama programı, tek bir bilgisayar ortamında veya tüm işlem düğümleri kümesinde çalışmak üzere tasarlanmıştır.MS-LAMPAçık kaynakLipidlerin elektrosprey iyonizasyon (ESI) ve/veya matris destekli lazer desorpsiyonu ve iyonizasyonu (MALDI) kütle spektrometrik verilerinin yorumlanmasına yardımcı olan bağımsız bir yazılım.OMSSAFreewareOMSSA (The Open Mass Spectrometry Search Algorithm) bilinen protein dizilerinin kitaplıklarını arayarak MS/MS peptit spektrumlarını tanımlamak için etkili bir arama motorudur.PEAKS DBTescilliBu veritabanı arama motoru, arama sonuçlarını otomatik olarak doğrulamak için de novo dizileme ile paralel çalışır.pFindFreewarepFind Studio, kütle spektrometrisi tabanlı proteomik için bilgisayarlı bir çözümdür.PhenyxTescilliGeneva Bioinformatics (GeneBio) ve Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) kurumlarının işbirliği ile geliştirilmiştir. Phenyx, her tür alet, enstrümantal kurulum ve genel numune işlemleri için uyarlanabilen puanlama şemaları oluşturmak ve optimize etmek için bir istatistiksel puanlama modelleri ailesi olan OLAV'ı içerir.ProbIDAçık kaynakPI, ardışık kütle spektrumunun analizi için güçlü bir araç takımıdır. ProbID, ardışık kütle spektrumunun derin analizine (fragmantasyon kuralları, bölünme tercihi, nötral kayıplar vb.) olan ihtiyacı karşılamaya çalışır.ProLuCIDFreewareProLuCID hızlı ve hassas bir tandem kütle spektrumuna dayalı protein tanımlama programıdır..ProteinPilot SoftwareTescilliProtein ProspectorAçık kaynakProtein Prospector, California San Francisco Üniversitesi'nde geliştirilen yaklaşık yirmi proteomik analiz aracından oluşan bir pakettir.RAIdRobust Accurate Identification (RAId), ardışık kütle spektrometresi verilerini doğru istatistiklerle analiz etmeye yönelik bir proteomik araçlar paketidir.SEQUESTTescilliArdışık kütle spektrumlarının koleksiyonlarını veritabanılarından üretilen peptid sekanslarına tanımlar.SIMSAçık kaynakSIMS, ardışık kütle spektrumları üzerinde sınırsız PTM araması yapmak için bir yazılım aracı tasarımıdır.SimTandemFreewareLC/MS/MS verilerinden peptit dizilerinin tanımlanması için bir veritabanı arama motoru; motor, OpenMS/TOPP' de ek bir araç olarak kullanılabilir.SQIDAçık kaynakSeQuence IDentification (SQID), ardışık kütle spektrometresi için yoğunluğa bağlı bir protein tanımlama algoritmasıdır.X!TandemAçık kaynakArdışık kütle spektrumlarını peptid dizileriyle eşleştirir.WsearchVS2020FreewareTicari MS cihazlarında elde edilen spektrumları görüntüleyebilen veri analiz yazılımı. NIST ticari veritabanını da arayabilir/eşleştirme yapabilir

 De novo dizileme algoritmaları 
De novo peptit dizileme algoritmaları, genel olarak, Bartels ve ark. (1990) eserinde önerilmiş olan yaklaşımın üzerine kuruludur.
İsim Tür CycloBranch açık kaynak DeNovoX Tescilli DeNoS Lutefisk açık kaynak Novor Tescilli
akademik araştırma için ücretsiz PEAKS Tescilli Supernovo Tescilli

 Homoloji arama algoritmaları 
İsim Tür Açıklama MS-Homology açık kaynak MS-Homology, Protein Prospector paketindeki bir veritabanı arama programıdır. SPIDER Tescilli SPIDER algoritması, protein ve peptit tanımlama amacıyla veritabanı dizileri ile hatalı dizi etiketlerini eşleştirir ve PEAKS kütle spektrometresi veri analiz yazılımı ile birlikte kullanılabilir.

 MS/MS peptit kuantifikasyonu 
İsim TürMarkerView Software TescilliMascot Distiller TescilliMascot Server TescilliMassChroQ açık kaynakMaxQuant ücretsiz yazılımMultiQuant Software TescilliOpenMS/TOPP açık kaynakOpenPIP web sitesi 
açık erişimProtMax ücretsiz yazılımSpectronaut TescilliSkyline açık kaynakSWATH Software 2.0 TescilliBACIQ açık kaynak

 Diğer yazılımlar 
NameTypeHIquantAçık kaynakTopFDAçık kaynakArtIST by Clover BiosoftTescilliAdvanced Chemistry DevelopmentTescilliAnalystTescilliAnalyzerPro TescilliCFM-ID Açık kaynakChromeleonTescilliCrosslinxAçık kaynakDeNovoGUIAçık kaynakEasotopeAçık kaynak[El-MAVEN]Açık kaynakESIprotExpressionistTescilliKnowItAll  Spectroscopy Software & Mass Spectral LibraryTescilliLabSolutions LCMSTescilliMass++Açık kaynakMassBank.jpWebsiteMassBank.euWebsiteMassBankAçık kaynakMassCenterTescilliMass FrontierTescilliMassLynxTescilliMassMapTescilliMass-UpAçık kaynakmassXpertAçık kaynak GPLMETLIN Database and Technology PlatformTescillimineXpertAçık kaynak GPLmMassAçık kaynakMolAnams2mzFreewareMSGraphAçık kaynakMSightFreewareMSiReaderFreewaremspireAçık kaynakMSqRob Açık kaynakMultimagingmultiMS-toolboxAçık kaynakmzCloudWebsiteMZmine 2Açık kaynakOmicsHub ProteomicsOpenChromAçık kaynakORIGAMIAçık kaynakPatternLabFreewarepyOpenMSAçık kaynakSIM-XLFreewarePeacockAçık kaynakPeakInvestigatorTescilliPinnacleTescilliPIQMIeWebPOTAMOSAçık kaynakProMassTescilliPROTRAWLERProteoIQTescilliProteomaticFreewareProteomicsToolsAçık kaynakProteoWizardAçık kaynakProteoWorkerTescilliProvisionAçık kaynakpymzMLAçık kaynakPyteomicsAçık kaynakQuantem QuantinetixRational Numbers Excel Add-InTescilliRational Numbers SearchTescilliREGATTARemoteAnalyzer TescilliScaffoldTescilliSCIEX OSTescilliSCiLS LabSimGlycanTescilliSIMIONTescilliSpectrolyzerSpectromaniaTescilliStavroXFreewareSwiss Mass AbacusAçık kaynakTOF-DSTescilliTurboMassTescilliTrans-Proteomic Pipeline (TPP)Açık kaynakUniversal Mass CalculatorVIPERXcaliburTescilliXCMS Online (Cloud-Based)Tescilli

 Kaynakça 

 Dış bağlantılar 



Kategori:Yazılım listeleri
Kategori:Kütle spektrometrisi
Kategori:Proteomik