Nükleik asit simülasyonu yazılımlarının karşılaştırması

Bu liste, nükleik asit simülasyonları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir. 

 Name 3D
Görüntü Model oluşturma Min MD MC REM Crt Int  Exp Imp Lig GPU Yorumlar Lisans Website Abalone                         DNA, proteinler, ligandlar Ücretsiz Agile Molecule AMBER                         AMBER kuvvet alanı Tescilli ambermd.org Ascalaph Designer                         AMBER  Ücretsiz, GPLbiomolecular-modeling.com CHARMM                         CHARMM kuvvet alanı Tescilli charmm.org Forecaster (Fitted)                         Su yerleştirme ile nükleik asitlere küçük molekül yanaştırma Akademi için ücretsiz, Tescilli Molecular Forecaster HyperChem                         Bazı kuvvet alanları  Tescilli Hypercube, Inc. ICM                        Global optimizasyon Tescilli Molsoft JUMNA                           Tescilli   MDynaMix                         Yaygın MD  Ücretsiz, GPLStockholm University Molecular Operating Environment (MOE)                           Tescilli Chemical Computing Group Nucleic Acid Builder (NAB)                         Olağandışı DNA, RNA için modeller üretir  Ücretsiz, GPLNew Jersey UniversityNAnoscale Molecular Dynamics (NAMD)                         Hızlı, paralel MD, CUDA  Ücretsiz University of Illinois  oxDNA                         DNA ve RNA' nın Kaba taneli  modellemesi  Ücretsiz, GPLdna.physics.ox.ac.ukLAMMPS USER-CGDNA QRNAS                           AMBER kuvvet alanı kullanılarak RNA, DNA ve ikisinin hibridlerinin modellerinin yüksek çözünürlüklü geliştirmesi. GPLGenesilico  GithubSimRNA                          RNA' nın Kaba taneli  modellemesi  Akademi için ücretsiz, TescilliGenesilico SimRNAweb                          RNA' nın Kaba taneli  modellemesi Ücretsiz Genesilico  YASARA                         Etkileşimli simülasyonlar  Tescilli www.YASARA.org 

 Ayrıca bakınız 

 Kaynakça 

Kategori:Yazılım karşılaştırmaları
Kategori:Hesaplamalı kimya yazılımları