CRISPR

CRISPR, (ing. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) DNA dizilimleri kümesidir.

Düzenli aralıklarla bölünmüş palindromik tekrar kümeleri (CRISPR), kısa tekrarı baz dizileri içeren prokaryot DNA segmentleridir. Her tekrarı daha önce maruz kalınan bakteriyofaj veya plazmid kaynaklı kısa "aralayıcı DNA" segmentleri takip etmektedir. 

CRISPR, bakterilerin kendilerini virüslerden kaynaklanan saldırılara karşı korumak için kullandıkları bir savunma sistemi olarak işlev görmektedir.

CRISPR gen teknolojisi insan geleceği için önemli olsa da bazı ülkeler karşı çıkmıştır.

CRISPR gen teknolojisi tarım alanında büyük ölçüde katkıda bulunmaktadır.

 Tarihçe 
CRISPR kümeleri 1980'den beri bilinmektedir. Ancak 2005 yılında CRISPR genleri ile çalışan 3 farklı grubun keşifleriyle CRISPR'nin canlının savunma mekanizmasındaki rolünü kanıtlanmıştır. Araştırmaların sonucu CRISPR kümelerinde bulunan aralık genlerin canlıyı enfekte eden bazı virüsler ile aynı dizilime sahip olduğunu göstermektedir. Bir virüs DNA'sı ile aynı dizilimde olan aralık genine sahip olmak, o virüse karşı direnç oluşumunun göstergesidir.

Yıllarca süren araştırmalar sonucunda, CRISPR sisteminin bir bağışıklık mekanizması olabileceği hipotezi oluşturuldu ve bu hipotez büyük ölçüde doğrulandı.

2012 yılında Jennifer Doudna ve ekibi bir canlının DNA'sını kesebilecek ve düzenleyebilecek bir uygulama geliştirdi. DNA dizisini yüksek hassaslıkta kesebilecek bir makasa ihtiyaçları vardı. Bundan hareketle DNA dizisine denk gelen bir RNA molekülü oluşturuldu ve bu molekül Cas9 proteini ile birleştirildi. Böylece CRISPR-Cas9 teknolojisi ortaya çıktı.

CRISPR-Cas9 teknolojisi, istenilen DNA dizisi bölgesinden kesim yapabilmektedir.

 Çalışma Mekanizması 
DNA'da değişiklik yaratan iki önemli molekül mevcuttur. Bunlar Cas9 enzimi ve rehber RNA'dır. CRISPR-Cas9 teknolojisi bu iki önemli moleküle dayanmaktadır.


Moleküler bir makas görevini gerçekleştiren Cas9, genomun belirli yerlerinden iki DNA iplikçiğini kesmektedir. Böylece DNA parçaları eklenmektedir ve çıkarılabilmektedir.

  (İng. guide RNA - gRNA) 
Uzun bir RNA iskeletin içindeki yaklaşık 20 bazlık bir RNA dizilimidir. Uzun RNA iskeleti DNA'ya bağlanarak Cas9'un genomun doğru noktasına gitmesine rehberlik etmektedir. Bu sayede Cas9 enzimi genomdaki doğru noktaları kesmektedir.

Genomdaki hedef DNA dizilimin bütünleyici RNA bazlarına sahip olan rehber RNA, DNA'daki belirli bir dizilimi bulup bağlanmak için tasarlanmaktadır. Cas9 enzimi ise rehber RNA'yı izlemektedir. Kısaca rehber RNA Cas9'a rehberlik ederek DNA'daki ilgili yere gitmesini ve DNA'nın iki iplikçiğinde kesik oluşturmasını sağlamaktadır. Kesik oluştuğu sırada hücre DNA'nın hasar aldığını fark ederek onu onarmaya çalışmaktadır. Bilim insanları DNA onarım mekanizmasını kullanarak, ilgilendikleri hücrenin genleriyle ilgili değişiklik çalışmaları yapmaktadır.

 CRISPR ve Evrim 
CRISPR-Cas9 teknolojisi ile insan genomu düzenlenebilir  ve istenmeyen genetik hastalıklar ortadan kalkabilmektedir.

Yapılan çalışmalar, CRISPR-Cas9 teknolojisinin birçok tıbbi hastalığın (kanser, hepatit B, talesemi, lösemi, orak hücreli anemi vb.) tedavisinde umut vadettiğini göstermektedir. Yapılan çalışmalar genellikle somatik hücrelerin genomlarının düzenlenmesi üzerine yapılmaktadır. Ancak son yıllarda üreme hücrelerinin genomları üzerinde çalışmalar yapılması da  tartışılmaktadır.

Bilim insanları evrimin temel mekanizmalarından biri olan seçilimle birlikte çeşitliliğe müdahale etmenin genetik düzenlemelerden geçtiğine inanmaktadır. CRISPR-Cas9 teknolojisi ile istenmeyen kalıtsal hastalık genlerini genomumuzdan kesip atılabilir veya düzenlenebilir. Bu sayede biyolojik sınırlar çevremize göre daha uyumlu bir şekilde belirlenebilir.
CRISPR Teknolojisinin Kullanım Alanları
1.Genetik Hastalıkların Tedavisi - CRISPR, genetik hastalıkların altında yatan mutasyonları düzeltmek için kullanılmaktadır. Örneğin, orak hücre anemisi ve Duchenne kas distrofisi gibi tek gen hastalıklarında umut verici sonuçlar elde edilmiştir.Doudna, J. A. ve Charpentier, E. (2014). Genom düzenleme. CRISPR-Cas9 ile genom mühendisliğinin yeni sınırı. Bilim (New York, NY), 346(6213), 1258096. https://doi.org/10.1126/science.1258096Frangoul, H., Altshuler, D., Cappellini, M. D., Chen, Y. S., Domm, J., Eustace, B. K., Foell, J., de la Fuente, J., Grupp, S., Handgretinger, R., Ho, T. W., Kattamis, A., Kernytsky, A., Lekstrom-Himes, J., Li, A. M., Locatelli, F., Mapara, M. Y., de Montalembert, M., Rondelli, D., Sharma, A., … Corbacioglu, S. (2021). CRISPR-Cas9 Gene Editing for Sickle Cell Disease and β-Thalassemia. The New England journal of medicine, 384(3), 252–260. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2031054

2.Kanser Araştırmaları ve Tedavisi - CRISPR, kanser genetiğini anlamak, onkogenlerin işlevini incelemek ve immünoterapiler geliştirmek için kullanılmaktadır. CAR-T hücre tedavilerinin CRISPR ile daha etkili hale getirilmesi bu alandaki önemli uygulamalardan biridir.Eyquem, J., Mansilla-Soto, J., Giavridis, T., van der Stegen, S. J., Hamieh, M., Cunanan, K. M., Odak, A., Gönen, M., & Sadelain, M. (2017). CRISPR/Cas9 ile TRAC lokusuna bir CAR'ı hedeflemek, tümör reddini artırır. Doğa, 543(7643), 113–117. https://doi.org/10.1038/nature21405

3.Tarım ve Hayvancılık - Gen düzenleme, bitkilerin dayanıklılığını artırmak, ürün kalitesini iyileştirmek ve hastalıklara karşı direnç kazandırmak için kullanılmaktadır. Örneğin, pirinçte kuraklığa dayanıklılık genleri düzenlenmiştir.Tibbs Cortes, L., Zhang, Z. ve Yu, J. (2021). Bitkilerde genom çapında ilişkilendirme çalışmalarının durumu ve beklentileri. Bitki genomu, 14(1), e20077. https://doi.org/10.1002/tpg2.20077

4.Mikrobiyoloji ve Biyoyakıt Üretimi - CRISPR, mikroorganizmaların metabolik yollarını optimize ederek biyoyakıt üretiminde verimliliği artırmak için kullanılmaktadır. Aynı zamanda antibiyotik üretiminde ve patojenlere karşı dirençli mikroorganizmaların tasarımında da etkili bir araçtır.Cobb, R.E., Wang, Y., & Zhao, H. (2015). Tasarlanmış bir CRISPR/Cas sistemi kullanılarak Streptomyces türlerinin yüksek verimli multipleks genom düzenlemesi. ACS sentetik biyoloji, 4(6), 723–728. https://doi.org/10.1021/sb500351fTang, X., Lowder, L. G., Zhang, T., Malzahn, A. A., Zheng, X., Voytas, D. F., Zhong, Z., Chen, Y., Ren, Q., Li, Q., Kirkland, E. R., Zhang, Y. ve Qi, Y. (2017). Bitkilerde verimli genom düzenleme ve transkripsiyonel baskılama için bir CRISPR-Cpf1 sistemi. Doğa bitkileri, 3, 17018. https://doi.org/10.1038/nplants.2017.18

5.Sentetik Biyoloji - CRISPR, sentetik biyoloji uygulamalarında genetik materyalin yeniden programlanması ve hücrelerin özel görevler için optimize edilmesinde kullanılır. Bu, biyosensörlerin ve biyolojik devrelerin tasarımı gibi alanlarda önemlidir.El-Mounadi, K., Morales-Floriano, M. L. ve Garcia-Ruiz, H. (2020). CRISPR-Cas9 Kullanarak Bitki Genomu Düzenlemenin İlkeleri, Uygulamaları ve Biyogüvenliği. Bitki biliminde sınırlar, 11, 56. https://doi.org/10.3389/fpls.2020.00056

6.Biyogüvenlik ve Genetik Kontrol - CRISPR, özellikle gen sürücü teknolojisi ile vektör kaynaklı hastalıkların (örneğin sıtma) kontrol edilmesinde kullanılmaktadır. Bu yöntemle, vektör popülasyonları genetik olarak değiştirilerek hastalıkların yayılması engellenebilir.Hillary, V. E. ve Ceasar, S. A. (2021). Vektör kaynaklı hastalıkların kontrolü için böceklerde genom mühendisliği. Moleküler biyoloji ve translasyonel bilimde ilerleme, 179, 197–223. https://doi.org/10.1016/bs.pmbts.2020.12.017
CRISPR'ın Biyoteknoloji Endüstrisine Etkileri
1.Farmasötik Ürünler ve Tedaviler - CRISPR teknolojisi, genetik hastalıkların tedavisi ve biyolojik ilaçların üretiminde kullanılmaktadır. Örneğin, kanser ve genetik bozukluklara yönelik yeni tedavi yöntemleri geliştirilmiştir. Ancak, bu uygulamalar yüksek maliyet nedeniyle genellikle sınırlı erişim sunmaktadır.Thulluru, A., Saad, L., Nagah Abdou, Y., Martin, A., & Kee, H. L. (2022). CRISPR in butterflies: An undergraduate lab experience to inactivate wing patterning genes during development. Biochemistry and molecular biology education : a bimonthly publication of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology, 50(6), 605–619. https://doi.org/10.1002/bmb.21669

2.Tarımda Genetik Geliştirmeler - CRISPR, tarımda daha dayanıklı ve verimli ürünler geliştirmek için yaygın olarak kullanılmaktadır. Örneğin, hastalıklara ve çevresel strese dayanıklı mahsuller elde etmek, gıda güvenliğini artırmada önemli bir adımdır. Bu gelişmeler tarım biyoteknolojisi pazarını genişletmiştir.Liu, J. ve Chen, F. (2016). Chlorella'nın Biyolojisi ve Endüstriyel Uygulamaları: Gelişmeler ve Beklentiler. Biyokimya mühendisliği/biyoteknolojideki gelişmeler, 153, 1–35. https://doi.org/10.1007/10_2014_286

CRISPR’ın Etik, Hukuki ve Sosyal Boyutları
Etik Boyutlar: İnsan Embriyosu ve Germ Hattı Düzenlemeleri, Bireysel Haklar ve Genetik Modifikasyon.
Hukuki Boyutlar: Genetik Mülkiyet ve Patentler, Genetik Verilerin Gizliliği ve Güvenliği.
Sosyal Boyutlar: Erişim Eşitsizlikleri ve Toplumsal Adalet, Genetik “Sınıflar” ve Toplumsal Etkiler.

 Lulu ve Nana Olayı 
küçükresim|He Jiankui, 6 Kasım 2018 tarihinde YouTube'da The He Lab kanalından yayınladığı video ile insanlık tarihinin ilk genetik tasarımlı bebeklerinin dünyaya geldiğini açıklamıştır.
CRISPR teknolojisinin kullanımına yönelik tartışmalar süregelirken 2018 yılında He Jiankui, CRISPR teknolojisini insan embriyosunda kullanılmasıyla insanlık tarihinin ilk genetik tasarımlı bebekleri olan Lulu ve Nana'nın dünyaya geldiğini duyurmuştur. HIV'i hücre içerisine almakla görevli CCR5 yüzey reseptörünü, CRISPR-CAS9 teknolojisi ile insan embriyolarında işlevsiz hâle getiren He Jiankui, 26 Kasım 2018 tarihinde YouTube aracılığıyla HIV'e dirençli ikiz bebeklerin sağlıklı bir şekilde dünyaya geldiğini iddia etmiştir. Kısa bir süre sonra yetkili makamlarca da doğrulanan bu deney, yaşadığımız yüzyılın bilim dünyasında sarsıcı etkiler bırakan her yönüyle etik ihlallerine tanık olduğumuz bir deney olarak büyük tartışmalara yol açmıştır. 29 Kasım 2018'de Çinli yetkililer, Çin yasalarını ihlal ettiği gerekçesiyle He Jiankui'nin tüm araştırma faaliyetlerini askıya almıştır.

 Tartışmalar 
Üreme hücrelerinin düzenlenmesinde CRISPR-Cas9 teknolojisinin kullanılma fikri bazı etik tartışmalara yol açmaktadır. Üreme hücrelerinde yapılacak değişikliklerin nesilden nesle aktarılma durumu ciddi bir etik boyut olarak görülmektedir.

CRISPR-Cas9 teknolojisinin kullanılmasında erken gelişim süreçlerini anlamak ve tüp bebek işlemlerinde embriyoların kültür durumlarının düzeltilmesine yardımcı olabileceğine yönelik çalışmalar sürdürülmektedir.

CRISPR-Cas9 teknolojisi dikkatle takip edilmesi gereken etkili bir genom düzenleme yöntemidir. Bilim insanlarının insan eşey hücre öncüllerini kalıcı olarak değiştirmesi gibi bir durum söz konusu olduğundan bu konudaki tartışmalar sürmektedir. Çalışmaların etik ilkelere bağlı kalarak yapılması amaçlanmaktadır.

Kaynakça

Kategori:Kanser tedavisi
Kategori:1987'de biyoloji
Kategori:2015'te biyoloji
Kategori:Biyomühendislik
Kategori:Biyoteknoloji
Kategori:Genetik mühendisliği
Kategori:Kodlamayan RNA
Kategori:Moleküler biyoloji
Kategori:Tekrarlayan DNA dizileri