DNA virüsleri

Genetik madde olarak DNA bulunduran ve replikasyon için DNA'ya bağımlı DNA polimeraz enzimine gereksinim duyan virüslerdir. Nükleik asitleri genellikle çift iplikçikli DNA yapısındadır (çiDNA) ancak tek iplikçikli DNA yapısında olanlar da mevcuttur (tiDNA). DNA virüsleri Baltimor sınıflandırma sisteminde I. Grup ya da II. Grup üyeleridir. Tek iplikçikli DNA'lar genellikle enfekte hücrede çift iplikçikli yapıya dönüştürülür. Hepatit B virüsünü de içeren VII. Grup virüsleri DNA genomuna sahip olmalarına rağmen Baltimor sınıflandırmasında DNA virüslerinden ayrı bir sınıfta yer almışlardır, bunun nedeni bu virüslerin ters transkripsiyon yapan virüs olması ve RNA aracılı replikasyon yapmasıdır. DNA virüsleri çiçek hastalığı, herpesvirüs hastalıkları ve su çiçeği gibi önemli hastalıklara neden olabilmektedirler.

 Grup I: çiDNA virüsleri 
Bu grubun genom çeşitliliği önemli farklılılar gösterir. Bazıları çembersel (sirküler) genoma (Baculoviridae, Papovaviridae ve Polydnaviridae) sahip iken, bazıları da çizgisel (lineer) genoma sahiptirler (Adenoviridae, Herpesviridae ve bazı fajlar). Bazı aileler çembersel ve çizgisel arasında değişim gösterebilen genoma sahip iken (T4 fajı ve bazı Iridoviridaeler). Bazıları da kovalent olarak kapalı uçlu çizgisel genoma sahiptirler (Poxviridae ve Phycodnaviridae).

 Konak aralığı 
Kaudovirüs takımı türleri,Kortikovirüs ve Tetivirüs aileleri bakterileri enfekte ederler.

Ligamenvirüs takımı türleri, Ampullavirüs, Bicaudavirüs, Clavavirü, Fusellovirü, Globulovirüs, Guttavirüs ve Turrivirüs aileleri; hipertermofilik arkelerin Crenarchaeota türlerini enfekte ederler.

Herpesvirales takımı türleri, Adenovirüs, Asfarvirüs, Iridovirüs, Papillomavirüs, Polyomavirüs ve Poxvirüs aileleri; omurgalıları enfekte ederler..

Ascovirus, Baculovirus, Hytrosaviridae, Iridoviridae, Polydnaviruses aileleri ve Nudivirus cinsi; böcekleri enfekte ederler.

Mimivirüs ailesi türleri, Marseillevirüs, Megavirüs, Mavirüs virofajı ve Uydu virofajı türleri protozoaları enfekte ederler

Nimaviridae ailesi türleri kabukluları enfeke ederler.

Phycodnavirüs ailesi türleri ve Organik Göl virofajı türleri algleri enfekte ederler. Bunlar bitkileri enfekte eden bilinen tek çiDNA virüsleridir.

Plasmavirüs ailesi türleri; Mollicutes sınıfı türlerini enfekte eder.

Pandoravirüs ailesi türleri amipleri enfekte eder.

Dinodnavirus cinsi türleri ateşrengi algleri enfekte ederler.

Rhizidiovirus cinsi türleri stramenopilleri enfekte edeler.

Salterprovirus ve Sphaerolipoviridae cinsi türleri euryarchaeota cinsine enfekte ederler.

 Taksonomi 
 Takım Caudovirales
 Aile Myoviridae—Enterobacteria phage T4 dahil
 Aile Podoviridae—Enterobacteria phage T7 dahil
 Aile Siphoviridae—Enterobacteria phage λ dahil
 Takım Herpesvirales
 Aile Alloherpesviridae
 Aile Herpesviridae— insan herpesvirüsleri ve Varicella Zoster virus dahil
 Aile Malacoherpesviridae
 Takım Ligamenvirales
 Aile Lipothrixviridae
 Aile Rudiviridae
 Belirlenmemiş aileler
 Aile Adenoviridae—insanlarda adenovirüs enfeksiyonu yapanlar dahil.
 Aile Ampullaviridae
 Aile Ascoviridae
 Aile Asfarviridae—Afrika domuz ateşi virüsü dahil
 Aile Baculoviridae
 Aile Bicaudaviridae
 Aile Clavaviridae
 Aile Corticoviridae
 Aile Fuselloviridae
 Aile Globuloviridae
 Aile Guttaviridae
 Aile Hytrosaviridae
 Aile Iridoviridae
 Aile Marseilleviridae
 Aile Mimiviridae
 Aile Nudiviridae
 Aile Nimaviridae
 Aile Pandoraviridae
 Aile Papillomaviridae
 Aile Phycodnaviridae
 Aile Plasmaviridae
 Aile Polydnaviruses
 Aile Polyomaviridae—Simian virüs 40, JC virüs, BK virüs dahil
 Aile Poxviridae— Sığır çiçeği virüsü, çiçek hastalığı virüsü dahil.
 Aile Sphaerolipoviridae
 Aile Tectiviridae
 Aile Turriviridae
 Belirlenmemiş cinsler
 Dinodnavirus
 Salterprovirus
 Rhizidiovirus
 Belirlenmemiş türler
 Abalone shriveling syndrome-associated virus
 Bandicoot papillomatosis carcinomatosis virus
 KIs-V
 Lentille virus
 Megavirus
 Mollivirus sibericum virus
 Phaeocystis globosa virus
 Pithovirus
 Virofajlar
 Ace Lake Mavirus virophage
 Dishui Lake virophage 1
 Mavirus virophage
 Organic Lake virophage
 Phaeocystis globosa virus virophage
 Rio Negro virophage
 Sputnik virophage
 Sputnik virophage 2
 Yellowstone Lake virophage 1
 Yellowstone Lake virophage 2
 Yellowstone Lake virophage 3
 Yellowstone Lake virophage 4
 Yellowstone Lake virophage 5
 Yellowstone Lake virophage 6
 Yellowstone Lake virophage 7
 Zamilon virophage
 Zamilon virophage 2

 Pleolipovirüsler 
Pleolipovirüsler olarak bilinen bir gruptur, benzer genom organizasyonuna sahip olmalarına rağmen, tek ya da çift iplikçikli DNA genomu yapısında olmalarıyla farklılıklar gösterirler.Pietilä MK, Atanasova NS, Manole V, Liljeroos L, Butcher SJ, Oksanen HM, Bamford DH (2012).  Bu grup mevcut sınıflandırma sistemine uymamaktadır ve bu grup için yeni bir takson gerekmektedir.

Bu virüsler litik değillerdir ve virionları lipit veziküllerin kapladığı genomlar ile karaktrizedir. Nükleoproteinlere sahip değillerdir. Viral zardaki lipitler, konak hücre zarından seçici olmayan bir şekilde elde edilmiştir. Virionlar iki ya da üç adet büyük yapısal protein barındırırlar.

Bu grupta aşağıdaki virüsler bulunmaktadır:
 Haloarcula hispanica pleomorphic virus 1
 Halogeometricum pleomorphic virus 1
 Halorubrum pleomorphic virus 1
 Halorubrum pleomorphic virus 2
 Halorubrum pleomorphic virus 3
 Halorubrum pleomorphic virus 6
 SNJ2

 Grup II: tiDNA virüsleri 
küçükresim|upright=1.35|Bakteriyofaj ΦX174 genomu, bir tiDNA virüsü
Bakteriyofajların ilk olarak 1927'de keşfedilmelerine rağmen, sadece 1959'da Sinshemer çalışmasında Phi X 174 fajının tek iplikçikli DNA yapısında olabileceğini öne sürmiştür.Sinshemer RL (1959).  Bu keşfe kadar DNA virüslerinin birçoğunun göreceli olarak çift iplikçikli yapıda olduğu düşünülmekteydi.Desnues C, Rodriguez-Brito B, Rayhawk S, Kelley S, Tran T, Haynes M, Liu H, Furlan M, Wegley L, Chau B, Ruan Y, Hall D, Angly FE, Edwards RA, Li L, Thurber RV, Reid RP, Siefert J, Souza V, Valentine DL, Swan BK, Breitbart M, Rohwer F (2008). Angly FE, Felts B, Breitbart M, Salamon P, Edwards RA, Carlson C, Chan AM, Haynes M, Kelley S, Liu H, Mahaffy JM, Mueller JE, Nulton J, Olson R, Parsons R, Rayhawk S, Suttle CA, Rohwer F (2006). 

 Taksonomi 
Aileler genom doğası ve konak aralığı temel alınarak gruplandırılmışlardır. Aşağıda bu aileler yer almaktadırlar.
 Aile Anelloviridae
 Aile Bacillariodnaviridae
 Aile Bidnaviridae
 Aile Circoviridae
 Aile Geminiviridae
 Aile Inoviridae
 Aile Microviridae
 Aile Nanoviridae
 Aile Parvoviridae
 Aile Spiraviridae

 Sınıflandırma 
Çembersel tek iplikçikli virüslerin bir bölümünün dört tipe ayrıldığı öne sürülmüştür.Rosario K, Duffy S, Breitbart M (2009).  Bu bölümlendirmenin, onların filogenetik ilişkilerini yansıttığı görülmektedir.

Tip I, küçük çembersel DNA (yaklaşık 2-kb) ile karakterizedir, Rep proteini ve büyük açık okuma alanı (ORF) zıt yönlerdedir. Bu tip: sirkovirüslerin, geminivirüslerin ve nanovirüslerin karakteridtikleridir.

Tip II, genomları benzersiz ve ayrı iki Rep ve ORFlardan oluşur.

Tip III, genomları aynı yönelimde iki büyük ORF içerir. Bu tipik bit anellovirüs düzenidir.

Tip IV, genomları 8'e kadar olabilen ORF ile beraber 4-kb'ı bulan büyük genomlardandır. Bu genom tipi İnovirüsler ve Mikrovirüslerde bulunur.

 Konak aralığı 
Bidnavirüs ve Parvovirüs aileleri çizgisel genoma sahip iken diğer aileler çembersel genoma sahiptirler Bidnavirüsler iki parçalı genoma sahiptirler ve omurgalıları enfekte ederler. İnovirüsler ve Mikrovirüsler bakterileri enfekte ederler. Anellovirüsler ve Sircovirüsler hayvanları (memelileri ve kuşları ayrı ayrı olarak) enfekte ederler; ve Geminivirüsler ve Nanovirüsler bitkileri enfekte ederler. Bacillariodnavirüsler diatomları enfekte ederler ve eşsiz genoma sahiptirler: ana kromozom daireseldir (~6 kilobaz uzunluğunda): küçük kromozom doğrusaldır (~1 kilobaz uzunluğunda) ve ana kromozomun tamamlayıcısıdır. Spiravirüsler üyeleri arkeleri enfekte ederler. Mycodnavirüsler üyeleri mantarları enfekte ederler.

 Moleküler biyoloji 
Bu gruptaki virüsler, genom replikasyonu için çift iplikçikli DNA aracısı replikatif bir forma ihtiyaçları vardır. Bu form, normal olarak konak hücre DNA polimerazı yardımıyla virüs DNA'sından oluşturulur.

 Kaynakça 

 Konuyla ilgili yayınlar 
 Academic Press. Birleşik Devletler Ulusal Biyoteknoloji Merkezi, Ulusal Sağlık Enstitüsü, Ulusal Tıp Kütüpanesi. 


Kategori:Grup I: çift iplikli DNA virüsleri
Kategori:Grup II: tek iplikli DNA virüsleri
Kategori:DNA