DNA ergimesi

DNA denatürasyonu (DNA ergimesi olarak da bilinir), iki iplikçikli DNA'nın bazları arasındaki hidrojen bağlarının kırılması sonucu, çözülüp, iplikçiklerinin birbirinden ayrılması sürecidir. Her iki terim de, çözeltideki DNA'nın ısıtılması sonucu iplikçiklerin ayrılması için kullanılır ancak denatürsayon, üre gibi kimyasallar tarafından da meydana gelebilir. Çok sayıda DNA molekülünden söz edilirken, ergime sıcaklığı (Tm), DNA iplikçiklerinin yarısının ikili sarmal, yarısının ise rastgele sarım (İng. random coil) hâlinde olduğu sıcaklıktır. Ergime sıcaklığı, molekülün uzunluğuna ve onun nükleotit bileşimine bağlıdır.

 DNA denatürasyonunun uygulamaları 
DNA denatürasyonu DNA'nın belli özelliklerinin anlaşılmasında kullanılabilir. Sitozin/guanin baz eşleşmesi adenin/timin baz eşleşmesinden daha kuvvetli olduğu için, bir genomdaki sitozin ve guanin oranı (GC içeriği olarak adlandırılır), genomik DNA'nın ergime sıcaklığının ölçülmesiyle kestirilebilir. Yüksek sıcaklıklar yüksek GC oranına karşılık gelir.

DNA denatürasyonu iki farklı DNA dizisi arasındaki farklılığı belirlemek için kullanılır. DNA ısıtılarak tek iplikçikli bir duruma getirilir ve sonra karışım yavaşça soğutularak iplikçiklerin yeniden hibritleşmesine izin verilir. Hibrit moleküller benzer diziler arasında meydana gelir, diziler arasındaki farklılıklar baz eşleşmesini bozar. Genom düzeyinde, bu yöntem (DNA-DNA hibridizasyonu) kullanılarak iki farklı biyolojik tür arasındaki genetik uzaklık kestirilmiştir. Belli bir DNA bölgesi söz konusu olduğunda, iki dizi arasındaki ufak farklılıkların belirlenebilmesi için denatüran gradyan jel elektroforezi ve sıcaklık gradyan jel elektroforezi kullanılır.

Ergime sıcaklığına dayalı DNA analiz yöntemleri ile DNA dizileri hakkında çıkarımı yapmak dolaylı olduğu için genelde doğrudan DNA dizilemesi yapmak yeğlenir.

DNA ergime süreci moleküler biyoloji tekniklerinde kullanılır. Bunların başında polimeraz zincir tepkimesi (PCR) gelir. Bu yöntemde DNA sıcaklığı bilgi verici değildir ancak yöntemde kullanılacak doğru sıcaklığın belirlenebilmesi için Tm'nin kestirilmesi önemlidir. DNA ergime sıcaklıkları eşitlenerek bir grup DNA molekülünün hibridiazsyon kuvvetinin eşitlenmesi sağlanabilir. Bu yöntem, örneğin, DNA mikrodizilimlerindeki oligonükleotit probların tasarlanmasında kullanılır.

 Tm belirleme yöntemleri 
Tm değerini hesaplamak için çeşitli formüller mevcuttur. (pdf) Rychlik, W. et al. (1990) Nucleic Acids Res. 18, 6409-6412. Bazı formüller DNA ikililerinin (duplekslerinin) ergime sıcaklılarının öndeyiminde daha yanlışsızdır. (pdf) 

 En yakın komşu yöntemi 
En yakın komçu yöntemi, nükleik asit ikililerinin ergime sıcaklıklarının öndeyisinde kullanılan bir yöntemdir. İki iplikçikli DNA'nın hibridizasyon enerjisinde GC içeriği önemli bir etken olsa da, komşu bazlar arasındaki etkileşim, istiflenme enerjisini de önemli kılar. En yakın komşu yöntemi, nükleik asidin omurgası boyunca bazları ikişer ikişer değerlendirerek bunu hesaba katar.  Her birinin entalpik ve entropik parametreleri vardır, bunların toplamı ergime sıckalığını aşağıdaki denkleme göre belirler:

Burada iki tek iplikçikten bir dupleks oluşma sürecinde
 standart entalpi ve  standart entropidir,
tek sarmallı moleküllerden daha fazla miktarda bulunanın derişimi (genelde bu bir prob ya da primerdir),
 daha düşük miktarda bulunan, komplemanter iplikçiğin derişimidir (genelde bu hedef iplikçiktir),

 evrensel gaz sabitidir. .

Tavlama tepkimesinde standart entalpi ve entropiler negatiftir ve sıcaklıktan bağımsız oldukları varsayılır. Eğer  ise,  ihmal edilebilir.

Tablo 1. DNA/DNA dupleksleri için en yakın komşu parametreleri  değerleri kilokalori/mol olarak verilmiştir ve  değerleri kalori bölü mol bölü derece Kelvin olarak verilmiştir.

 En yakın komşu dizisi  (5'-3'/5'-3')    kcal/mol    cal/(mol·K) AA/TT -7.9 -22.2  AG/CT -7.8 -21.0 AT/AT -7.2 -20.4 AC/GT -8.4 -22.4 GA/TC -8.2 -22.2 GG/CC -8.0 -19.9 GC/GC -9.8 -24.4 TA/TA -7.2 -21.3 TG/CA -8.5 -22.7 CG/CG -10.6 -27.2 Uç A-T baz çifti 2.3 4.1 Uç G-C baz çifti 0.1 -2.8

 Notlar 

 Kaynakça 

 Ayrıca bakınız 
 DNA
 Denatürasyon
 Hibritleşme
 PCR
 Ergime noktası
 Primer (Tm hesaplaması için)

 Dış bağlantılar 
 OligoAnalyzer'da Tm hesaplamaları 
 Tm hesaplaması - (bioPHP.org).
 https://web.archive.org/web/20080516194508/http://www.promega.com/biomath/calc11.htm#disc
 Invitrogen Tm hesaplaması
 En yakın komşu yöntemi ile Tm hesaplaması için AnnHyb açık kaynak yazılımı
 Sigma-aldrich teknik notları 
 Primer3 hesaplaması

Ergimesi
Kategori:Nükleik asitler
Kategori:Biyoteknoloji
Kategori:Moleküler biyoloji