SCOP

Structural Classification of Proteins (SCOP, Türkçe Proteinlerin Yapısal Sınıflandırması), veritabanı, protein yapısal bölgelerinin amino asit dizleri ve üç boyutlu yapılarına dayanarak protein yapısal bölgelerinin (domain) elle yapılmış bir sınıflandırmasıdır. İlk kez 1995'te yayımlanmış olan bu veritabanı en az yılda bir yenilenmektedir.

 Hiyerarşik yapısı 
SCOP sınıflandırma için dört hiyerarşik sınıflandırma seviyesi kullanır:
 Sınıf - bölgenin genel yapısal mimarisi.
 Katlama - düzgün ikincil yapıların benzerliği, ama evrimsel akrabalık belirtisi yok.
 Süperaile - Yapısal ve işlevsel benzerliklerden ıraklaşmış (ing. divergent) evrimsel ilişki çıkarımı yapılabiliyor ama görünür bir dizi homolojisi yok
 Aile - dizi benzerliği algılanabiliyor.

 Yapısal sınıflar 
Aşağıdaki yapısal sınıflar SCOP'a dahildir:

 α-helical bölgeler
 β-sheet bölgeler
 α/β domains Başlıca paralel &beta yapraklar meydana getiren "beta-alpha-beta" yapısal birimlerden oluşmuş proteinler 
 α+β domains birbirinden bağımsız α-sarmal ve antiparalel β-yapraklardan oluşmuş 
 çoklu bölgeli proteinler 
 membran ve hücre yüzeyi proteinleri ve peptitleri (immün sistemle ilişkili olanlar hariç)
 "küçük" proteinler 
 burgulu burgu (coiled-coil) proteinler
 düşük çözünürlüklü protein yapıları
 peptidler and parçaları
 suni dizili tasarlanmış proteinler

 Kaynakça 

 Dış bağlantılar 
 SCOP 
 QSCOP — Yapısal ilişkilere göre nicellenmiş SCOP 
 SUPERFAMILY Genomları tamamen okunmuş canlılarıdaki SCOP süperailelerinin HMM biçimli listeleri 

Kategori:Proteinler
Kategori:Sınıflandırma sistemleri
Kategori:Biyoenformatik
Kategori:Protein yapısı