สายพันธุ์ของ SARS-CoV-2

การกลายพันธุ์ที่มีผลบวก ผลลบ และต่อวิวัฒนาการของต่างๆ เช่น ไวรัสโควิด-19 (SARS-CoV-2)
สายพันธุ์ไวรัสโควิด-19 ที่องค์กรสาธารณสุขในสหรัฐและอังกฤษได้รายงานอย่างเป็นทางการ เป็นไวรัสที่มีการกลายพันธุ์ชนิด L452R หรือ E484K

ไวรัสก่อโรคโควิด-19 คือไวรัสโคโรนาสายพันธุ์ใหม่ (SARS-CoV-2) นั้น มีรูปแปร (variants) ต่างๆ มากมาย
บางชนิดเชื่อว่าหรือเคยเชื่อว่าสำคัญ เพราะมีโอกาสเพิ่มการติดต่อของโรค
เพิ่มความรุนแรงของโรค หรือลดประสิทธิภาพของวัคซีน
บทความนี้กล่าวถึงสายพันธุ์หรือรูปแปรที่โดดเด่นของ และการกลายพันธุ์แบบ (missense mutation) ที่พบในสายพันธุ์เหล่านี้

 ความย่อ 
แม้เชื้อไวรัสโควิด-19 (SARS-CoV-2) เริ่มแรกอาจเกิดจากการผสมกัน (recombination) ระหว่างไวรัสคล้ายโควิดของค้างคาวกับไวรัสโคโรนาประจำตัวนิ่ม (ผ่านการติดต่อโรคข้ามสปีชีส์)
แต่การกลายพันธุ์ก็มีบทบาทสำคัญในวิวัฒนาการและการเกิดรูปแปรใหม่ๆ ของไวรัส
สำหรับสายพันธุ์แรกที่ได้ตัวอย่างแล้วระบุในประเทศจีน นักวิจัยจัดว่ามันต่างกับจีโนมบรรพบุรุษโดยห่างกันถึง 
ดังนั้น ไวรัสโควิด-19 จึงมีสายพันธุ์ต่างๆ มากมาย

การหาลำดับดีเอ็นเอที่ทำกันได้ในปัจจุบันอาจทำให้ตรวจพบสายพันธุ์ใหม่ๆ ได้เร็วเมื่อโรคระบาด
เมื่อใช้กับโปรแกรมประยุกต์ที่แสดงต้นไม้สายพันธุ์โดยจำแนกตามวิวัฒนาการชาติพันธุ์ (phylogenetic tree visualization software) ลำดับจีโนมสามารถแบ่งเป็นกลุ่มๆ ที่มีการกลายพันธุ์แบบเดียวกัน
แต่ละกลุ่มเป็น 'variant', 'clade' หรือ 'lineage' และการเปรียบเทียบลำดับยีนก็จะทำให้รู้ถึงวิวัฒนาการของไวรัสได้
สำหรับไวรัสโควิด-19 งานศึกษาทางวิทยาการระบาดทั่วโลกได้ถอดลำดับยีนไวรัสเกิน แล้ว

SARS-CoV-2 กำลังวิวัฒนาการทำให้ติดต่อได้ง่ายขึ้น ที่เด่นก็คือสายพันธุ์อัลฟาและเดลตาซึ่งติดต่อได้ง่ายกว่าไวรัสดั้งเดิมที่พบในอู่ฮั่น

ตารางต่อไปนี้แสดงข้อมูลและความเสี่ยงของสายพันธุ์ที่เสี่ยงเพิ่มหรืออาจเสี่ยงเพิ่มในปัจจุบัน
ช่วงพิสัยมีความเชื่อมั่น ยกเว้นจะระบุต่างหาก
ให้สังเกตว่าเลขเหล่านี้เป็นค่าประมาณทั้งหมดเพราะข้อมูลการศึกษามีจำกัด

ระดับความเสี่ยงโดยเปรียบเทียบ     

	การระบุ
	การเกิด
	ความเปลี่ยนแปลงเทียบกับสายพันธุ์ที่มีมาก่อน ณ เวลาและสถานที่ที่เกิด	องค์การอนามัยโลก
	แพงโก
	พีเอชอี
		ระบาดครั้งแรก
	ตัวอย่างแรกสุด
	เมื่อระบุว่าน่าเป็นห่วง
	การกลายพันธุ์ที่เด่น
	การติดต่อได้
	การเข้า รพ.
	อัตราการตาย
	ความแม่นยำของการตรวจ
	ภูมิคุ้มกันไม่ให้ติดเชื้อได้อีก
	ประสิทธิศักย์ของวัคซีน
	ประสิทธิศักย์ของสารภูมิต้านทานแบบโมโนโคลน		B.1.1.7
	VOC‑20DEC‑01
	20I (V1)
	สหราชอาณาจักร
			69-70del, N501Y, P681H 
									B.1.351
	VOC‑20DEC‑02
	20H (V2)
	แอฟริกาใต้
			K417N, E484K, N501Y
									P.1
	VOC‑21JAN‑02
	20J (V3)
	บราซิล
			K417T, E484K, N501Y
									อัลฟาบวกกับ E484K
	VOC‑21FEB‑02
	20I (V1)
	สหราชอาณาจักร
			69-70del, E484K, N501Y, P681H
									B.1.429, B.1.427
	—
	21C
	สหรัฐ
			L452R
									B.1.617.2
	VOC‑21APR‑02
	21A
	อินเดีย
			L452R, T478K, P681R
									B.1.617.1
	VUI‑21APR‑01
	21B
	อินเดีย
		—
	L452R, E484Q, P681R
									B.1.525
	VUI‑21FEB‑03
	21D
	ไนจีเรีย

	—
	E484K, F888L


 ชื่อ 
	+ ชื่อต่างๆ ของ SARS-CoV-2ตารางนี้เป็นการปรับใช้งานของ 	 สายพันธุ์ตาม
	 หมายเหตุตาม
	 เคลดตาม 2021
	 เคลดตาม
	 สายพันธุ์เด่นๆ	 
		 19B
	 S
	มี "reference sequence" เป็น WIV04/2019	 , , , 


	 L	 	 
		 V


	 20A
	 G
	 สายพันธุ์ B.1 ตาม รวมสายพันธุ์เดลตา (B.1.617)	 , , , , 
	 GH	 
	 20C
	 รวม สายพันธุ์เอปซิลอน (B.1.427/B.1.429/CAL.20C) และอีตา (B.1.525)	 20G
	 เป็นสายพันธ์หลักในสหรัฐเมื่อ มค. 2021	 20H
	 รวมสายพันธุ์เบตา (B.1.351 หรือ 20H/501Y.V2 หรือ 501.V2 )	 
	 20B
	 GR
	รวมสายพันธุ์ B.1.1.207	 20D	 20J
	 รวมสายพันธุ์แกมมา (P.1) และซีตา (P.2)					 20F	 20I
	รวม สายพันธุ์อัลฟา (B.1.1.7 หรือ VOC-202012/01, VOC-20DEC-01 หรือ 20I/501Y.V1)	 B.1.177
	 20E (EU1)
	 GV
	 เป็นสายอนุพันธุ์ของ 20A
ยังไม่มีการตั้งชื่อไวรัสโควิด-19 ที่เป็นมาตรฐาน
รัฐบาลและสื่อข่าวมักระบุสายพันธุ์เป็นภาษาพูดโดยใช้ชื่อประเทศที่พบสายพันธุ์นั้นๆ เป็นครั้งแรก
ในปลายเดือนพฤษภาคมหลังจากที่ปรึกษากันเป็นเวลาหลายเดือน องค์การอนามัยโลกก็ประกาศการใช้อักษรกรีกเป็นชื่อสายพันธุ์สำคัญๆ เพื่อให้ความเป็นกลางทางภูมิภาคและทางการเมือง

แม้ไวรัสโควิด-19 จะมีสายพันธุ์เป็นพันๆ
แต่ชนิดย่อยต่างๆ ก็สามารถจัดเข้าเป็นกลุ่มเช่นเป็นเชื้อสาย (lineage) หรือเป็นเคลด (clade)
มีการตั้งชื่อ 3อย่างหลักๆ ที่ใช้อยู่โดยทั่วไป คือ
 จนถึงเดือนมกราคม 2021 จีเซด (GISAID) ผู้เรียกเชื้อไวรัสดั้งเดิมคือ SARS-CoV-2 ว่า hCoV-19 ได้ระบุเคลด 8 เคลดแล้วทั่วโลก คือ S, O, L, V, G, GH, GR และ GV
 ในปี2017 นักวิชาการได้ประกาศระบบการตั้งชื่อเน็กซต์สเตรน (Nextstrain) เพื่อใช้ "ติดตามวิวัฒนาการของตามเวลาจริง" ซึ่งต่อมาได้ใช้ติตตามเชื้อ SARS-CoV-2 โดยจนถึงเดือนมกราคม 2021 ได้ระบุ 11เคลดหลักๆ แล้ว คือ 19A, 19B และ 20A จนถึง 20I
 ในปี2020 นักวิชาการจากโครงการ Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN โครงการแพงโก) ซึ่งแปลได้ว่า การกำหนดเชื้อสายโรคระบาดทั่วโลกให้มีชื่อตามวิวัฒนาการชาติพันธุ์ Cited in  ได้เสนอวิธี "การตั้งชื่อแบบพลวัตสำหรับเชื้อสายต่างๆ ของ SARS-CoV-2 ซึ่งให้ความสำคัญกับเชื้อสายไวรัสที่กำลังระบาดและกระจายไปยังภูมิภาคใหม่ๆ" จนถึงเดือนกุมภาพันธ์ 2021 มีเชื้อสาย 6 สายที่ได้ระบุแล้วคือ A, B, B.1, B.1.1, B.1.177 และ B.1.1.7

อนึ่ง องค์การสาธารณสุขของชาติต่างๆ ยังอาจใช้ระบบการตั้งชื่อของตนๆ เพื่อติดตามสายพันธุ์ต่างๆ
ยกตัวอย่างเช่น สำนักงานสาธารณสุขประเทศอังกฤษ (Public Health England) หรือพีเอชอี ได้ระบุไวรัสที่ติดตามโดยปี เดือน และหมายเลขในรูปแบบ [YYYY] [MM]/[NN] ซึ่งมีอักษรนำหน้าเป็น 'VUI' หรือ 'VOC' ซึ่งย่อมาจาก variant under investigation (รูปแบบที่กำลังตรวจสอบ) และ variant of concern (รูปแบบที่น่าเป็นห่วง)
ระบบนี้ปัจจุบันปรับให้อยู่ในรูปแบบ [YY] [MMM]-[NN] โดยส่วนที่เป็นเดือนจะใช้อักษรย่อ 3ตัว

 ลำดับยีนอ้างอิง 
ในปัจจุบันยังไม่รู้ว่าใครเป็นผู้ป่วยรายแรกสำหรับโรคโควิด-19 ดังนั้น ลำดับยีนที่ใช้อ้างอิงในงานศึกษาหนึ่งๆ ก็จะเลือกเอาตามชอบใจ โดยมีทางเลือกเด่นๆ ดังต่อไปนี้
 ลำดับจีโนม Wuhan-1 เป็นลำดับที่เก็บได้แรกสุดเมื่อวันที่24 ธันวาคม 2019
 กลุ่มนักวิจัยอีกกลุ่มหนึ่ง ใช้ลำดับจีโนมอ้างอิงของ National Center for Biotechnology Information (NCBI) ซึ่งมีรหัส GenBankID:NC_045512; GISAID ID: EPI_ISL_402125 เป็นตัวอย่างที่เก็บได้เมื่อวันที่26 ธันวาคม 2019 ถึงแม้กลุ่มนี้ก็ยังใช้จีโนมอ้างอิงคือ WIV04 ของจีเซด (ID: EPI_ISL_402124) ในงานวิเคราะห์ต่างๆ ด้วย
 ตามแหล่งอ้างอิงแห่งหนึ่ง WIV04/2019 ซึ่งอยู่ในเคลด S ตามจีเซด / เชื้อสาย A ตามแพงโก / เคลด 19B ตามเน็กซต์สเตรน เป็นลำดับยีนที่เชื่อว่าใกล้มากที่สุดกับลำดับยีนของไวรัสดั้งเดิมที่มนุษย์ติดและเรียกว่า ลำดับศูนย์ (sequence zero) โดยได้ตัวอย่างในวันที่30 ธันวาคม 2019 จากคนไข้ที่มีอาการ เป็นลำดับที่ใช้อ้างอิงกันมากที่สุด โดยเฉพาะในบรรดาองค์กรที่ทำงานร่วมกับจีเซด

 เกณฑ์ความเป็นสายพันธุ์โดดเด่น 
ไวรัสปกติมักจะกลายพันธุ์เมื่อเวลาผ่านไป เกิดเป็นรูปแปร (variant) หรือสายพันธุ์ใหม่ๆ ซึ่งอาจระบาดไปในกลุ่มประชากร แล้วเพิ่มปัญหาต่างๆ ดังต่อไปนี้
 ติดต่อได้ง่ายขึ้น
 ก่ออาการหนักขึ้น
 เพิ่มอัตราการตาย
 ชุดตรวจเชื้อตรวจไม่ได้
 เริ่มดื้อยาต้านไวรัส 
 ไวต่อแอนติบอดีที่ทำลายฤทธิ์ (neutralizing antibody) น้อยลงไม่ว่าจะเป็นแอนติบอดีที่พบในเลือด ที่ใช้ฉีด (คือแอนติบอดีแบบโมโนโคลน) หรือที่ตรวจหาในการทดลอง
 สามารถหลบภูมิต้านทานที่มีอยู่โดยธรรมชาติได้ (คือ ทำให้ติดเชื้ออีกได้)
 สามารถทำให้คนฉีดวัคซีนแล้วติดเชื้อได้
 เพิ่มความเสี่ยงภาวะโรคต่างๆ เช่น การอักเสบในอวัยวะหลายบบ หรืออาการโควิดระยะยาว (long COVID)
 เพิ่มการติดโรคในประชากรบางกลุ่ม เช่น เด็กหรือผู้มีภูมิคุ้มกันอ่อนแอ

สายพันธุ์ที่ผ่านเกณฑ์มากกว่าหนึ่งเหล่านี้อาจระบุว่า สายพันธุ์ที่กำลังตรวจสอบ (variants under investigation) หรือสายพันธุ์ที่น่าสนใจ (variants of interest) โดยยังต้องตรวจสอบว่าเพิ่มปัญหาต่างๆ เหล่านี้หรือไม่
ลักษณะหลักของสายพันธุ์ที่น่าสนใจก็คือมีหลักฐานว่ามันเป็นเหตุให้เกิดโรคในอัตราสูงขึ้นหรือเป็นเหตุของคลัสเตอร์โรค
แต่ก็ยังจำกัดไม่ถึงกับแพร่ไปในระดับชาติ ไม่งั้นแล้วก็จะต้องยกระดับขึ้นเป็นสายพันธุ์ที่น่าเป็นห่วง (variant of concern)
ถ้ามีหลักฐานชัดแล้วว่า การป้องกันหรือการรักษาการติดเชื้อจากสายพันธุ์นั้นๆ มีประสิทธิภาพลดลงอย่างสำคัญ ก็จะจัดว่า สายพันธุ์ที่มีผลหนัก (variant of high consequence)

 สายพันธุ์ที่น่าเป็นห่วง (องค์การอนามัยโลก) 
สายพันธุ์ในหัวข้อนี้จัดเป็นสายพันธุ์ที่น่าเป็นห่วง (Variants of Concern, VOC) ตามองค์การอนามัยโลก 
ให้สังเกตว่า องค์กรต่างๆ เช่น ศูนย์ควบคุมและป้องกันโรคสหรัฐอาจมีรายการที่ต่างกันบ้าง

 อัลฟา (B.1.1.7) 

ภาพสีปลอมซึ่งถ่ายด้วยกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนชนิดส่องผ่าน () ของไวรัสโคโรนาสายพันธุ์ B.1.1.7
ดการเพิ่มการติดต่อของสายพันธุ์เชื่อว่า มาจากโครงสร้างโปรตีนหนาม (spike protein) ที่เปลี่ยนไป ซึ่งในภาพแสดงเป็นสีเขียว
สายพันธุ์อัลฟา (B.1.1.7) 
ได้ตรวจพบครั้งแรกเมื่อเดือนตุลาคมในสหราชอาณาจักรจากตัวอย่างที่ได้เดือนก่อนในมณฑลเคนต์
จัดเป็นสายพันธุ์แรกที่ระบุว่ากำลังตรวจสอบเริ่มในเดือนธันวาคม 2020 (VUI - 202012/01)
แล้วต่อมาเลื่อนเป็นสายพันธุ์ที่น่าเป็นห่วง VOC-202012/01
มีชื่อเรียกอื่นว่า 20I/501Y.V1 (เดิมว่า 20B/501Y.V1)
ตั้งแต่นั้น ค่าความชุกโรคแบบ prevalence odds ก็เพิ่มเป็นทวีคูณทุกๆ 6.5วัน ซึ่งเชื่อว่าเป็นระยะเวลาที่โรคติดต่อรุ่นต่อรุ่น (generational interval)
มันมีสหสัมพันธ์กับอัตราการติดโรคโควิดใหม่ในสหราชอาณาจักอย่างสำคัญ โดยส่วนหนึ่งกับการกลายพันธุ์แบบ N501Y ด้วย

มีหลักฐานบ้างว่า สายพันธุ์นี้ติดง่ายขึ้น (ค่าประเมินต่างๆ โดยมากจะอยู่ทางด้านมาก) Cited in 
และงานวิเคราะห์แรกๆ ก็ระบุว่า ทำให้ถึงตายเพิ่มขึ้น
แต่งานเร็วๆ นี้กลับไม่พบหลักฐานว่าทำให้โรครุนแรงยิ่งขึ้นGenomic characteristics and clinical effect of the emergent SARS-CoV-2 B.1.1.7 lineage in London, UK: a whole-genome sequencing and hospital-based cohort study, Dan Frampton, et al., The Lancet, Online, April 12, 2021
จนถึงเดือนพฤษภาคม 2021 สายพันธุ์อัลฟาได้ตรวจพบในประเทศกว่า แล้ว

 B.1.1.7 บวกกับการกลายพันธุ์ E484K 
สายพันธุ์ที่น่าเป็นห่วงคือ Variant of Concern 21FEB-02 (เคยเขียนว่า VOC-202102/02) ที่กระทรวงสาธารณสุขอังกฤษอธิบายว่า เป็นสายพันธุ์ B.1.1.7 บวกกับการกลายพันธุ์ E484K
จนถึงวันที่17 มีนาคม 2021 มีกรณีคนไข้ที่ยืนยันแล้ว ในสหราชอาณาจักร
ในวันที่4 มีนาคม 2021 นักวิทยาศาสตร์ได้พบสายพันธุ์นี้ในรัฐออริกอนของสหรัฐ
โดยพบในตัวอย่างหนึ่งใน ที่วิเคราะห์ แต่ดูเหมือนจะเกิดขึ้นเองในพื้นที่ คือไม่ได้นำเข้าจากประเทศอื่น

ชื่ออื่นๆ สำหรับสายพันธุ์นี้รวมทั้ง B.1.1.7+E484K
และ B.1.1.7 Lineage with S:E484KB.1.1.7 Lineage with S:E484K Report, outbreak.info

 เบตา (B.1.351) 

ในวันที่18 ธันวาคม 2020 สายพันธุ์เบตา หรือ 501.V2 หรือ 20H/501Y.V2 (ก่อนหน้านี้ 20C/501Y.V2) หรือ VOC-20DEC-02 (ก่อนหน้านี้ VOC-202012/02) หรือ B.1.351 
ได้พบในแอฟริกาใต้เป็นครั้งแรก
นักวิจัยและเจ้าหน้าที่รายงานว่า เทียบกับสายพันธุ์อื่นๆ ความชุกสายพันธุ์นี้สูงกว่าในบรรดาคนอายุน้อยที่สุขภาพดี และทำให้มีอาการหนักกว่า
กระทรวงสาธารณสุขแอฟริกาใต้ยังระบุด้วยว่า สายพันธุ์นี้อาจเป็นตัวขับการระบาดทั่วรอบสองในประเทศเพราะติดต่อกันได้เร็วกว่าสายพันธุ์ก่อนๆ

นักวิทยาศาสตร์ให้ข้อสังเกตว่า สายพันธุ์นี้จับกับเซลล์มนุษย์ได้ดีกว่าเพราะไกลโคโปรตีนหนาม (spike glycoprotein) ของไวรัสมีการกลายพันธุ์ 3อย่างใน receptor-binding domain (RBD) รวมทั้ง N501Y,
K417N และ E484K

 แกมมา (P.1) 

พีเอชอีระบุสายพันธุ์แกมม (P.1) ว่าน่าเป็นห่วงโดยตั้งชื่อว่า VOC 21JAN-02
(เดิม VOC-202101/02)
ส่วนเน็กซต์สเตรน ตั้งชื่อมันว่า 20J/501Y.V3
หรือ 20J (V3) 
หรือ 501Y.V3
สถาบันโรคติดต่อแห่งชาติญี่ปุ่น (NIID) ตรวจพบมันเป็นครั้งแรกในนครโตเกียวในวันที่6 มกราคม 2021
จากผู้เดินทางมาจากรัฐอามาโซนัส (บราซิล) 4คน
ในวันที่12 มกราคม 2021 ศูนย์ Brazil-UK CADDE Centre ในบราซิลยืนยันว่า มีสายพันธุ์ P.1 ในพื้นที่ที่พบในป่าดิบชื้นแอมะซอน
สายพันธุ์นี้ตั้งชื่อว่า P.1 แม้จะมีบรรพบุรุษเป็น B.1.1.28 แต่เพราะตั้งเป็น B.1.1.28.1 ไม่ได้ (ตามกฎระบบการตั้งชื่อ) จึงตั้งเป็นชื่อนี้ มันมีกรดอะมิโนที่เปลี่ยนไปโดยเฉพาะๆ 17อย่างโดย 10อย่างอยู่ในโปรตีนหนาม รวมทั้งการกลายพันธุ์ที่น่าเป็นห่วงคือ N501Y, E484K และ K417T.

เพราะการกลายพันธุ์ N501Y และ E484K มักก่อ RBD-hACE2 complex ที่เสถียร ดังนั้นจึงเพิ่มสัมพรรคภาพการจับของ RBD เข้ากับ hACE2
แต่ในนัยตรงข้าม การกลายพันธุ์ K417T มักไม่ก่อการจับกันระหว่าง RBD กับ hACE2 โดยได้พิสูจน์แล้วว่า ลดสัมพรรคภาพการจับของ RBD กับ hACE2

สายพันธุ์นี้ไม่พบในเมืองมาเนาส์ (รัฐอามาโซนัส) ระหว่างเดือนมีนาคม-พฤศจิกายน 2020 แต่พบในตัวอย่าง ระหว่าง,  ระหว่าง  และ ระหว่าง 
งานศึกษาหนึ่งพบว่า การติดเชื้อ P.1 อาจสร้างจำนวนไวรัสเกือบ 10เท่าเทียบกับสายพันธุ์บราซิลอื่นๆ คือ B.1.1.28 หรือ B.1.195
โดยติดต่อได้ง่ายกว่า 2.2เท่า ติดได้ทั้งผู้ใหญ่และคนชรา ซึ่งแสดงว่า ทำให้มนุษย์ที่อายุน้อยกว่าติดได้มากกว่าไม่ว่าจะเป็นเพศไหน

งานศึกษาตัวอย่างที่ได้จากเมืองมาเนาส์ระหว่างเดือน พย. 2020 - มค. 2021 แสดงว่า สายพันธุ์ P.1 ติดต่อได้ง่ายกว่าง  และพบว่าหลบหลีกภูมิคุ้มกันที่เกิดจากการติดโรคไวรัสโคโรนาก่อนๆ ได้ ทำให้มีโอกาสติดเชื้ออีกแม้หลังติดโรคโควิดมาก่อนแล้ว
P.1 ยังทำให้ถึงตายเพิ่มขึ้น

งานศึกษาหนึ่งพบว่า คนที่ได้วัคซีนของไฟเซอร์และของโมเดอร์นาอย่างสมบูรณ์แล้ว จะมีแอนติบอดีที่กำจัดฤทธิ์ของ P.1 ได้ลดลง แม้ผลต่อการดำเนินของโรคจะยังไม่ชัดเจน

ข้อมูลเบื้องต้นจากงานศึกษาสองงานระบุว่า วัคซีนของแอสตราเซเนกายังมีประสิทธิผลต่อสายพันธุ์ P.1 แม้ระดับประสิทธิศักย์ที่แน่นอนจะยังไม่ได้ตีพิมพ์

งานศึกษาในบราซิล (ของ Oswaldo Cruz Foundation) ที่ยังไม่ได้ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันในต้นเดือนเมษายน 2021 พบว่า ในสถานการณ์จริงๆ วัคซีนของโดสแรกมีประสิทธิศักย์ประมาณ
โดยคาดว่า จะสูงขึ้นเมื่อได้โดสที่สอง
งานศึกษานี้ยังดำเนินไปอยู่ 
ส่วนข้อมูลเบื้องต้นจากงานศึกษาที่สถาบันวิจัยบราซิลคือ Instituto Butantan เป็นผู้ดำเนินการแสดงนัยว่า วัคซีนของซิโนแวคมีประสิทธิผลต่อต้านสายพันธุ์นี้เช่นกัน โดยสถาบันจะขยายงานเพื่อให้ได้ข้อมูลที่แน่นอน

 เดลตา (B.1.617.2) 

สายพันธุ์เดลตา หรือ B.1.617.2 หรือ G/452R.V3 หรือ 21A
หรือ 21A/S:478K
ได้พบครั้งแรกในอินเดียเมื่อเดือนตุลาคม 2020 แต่หลังจากนั้นก็ได้กระจายไปยังประเทศอื่นๆ แล้ว
เป็นสายพันธุ์ลูกหลานของ B.1.617 เช่นเดียวกับสายพันธุ์แคปปาที่กำลังตรวจสอบ
ในวันที่6 พฤษภาคม 2021 นักวิทยาศาสตร์อังกฤษได้ประกาศสายพันธุ์นี้ (ซึ่งมีจุดเด่นคือ ไม่มีการกลายพันธุ์ E484Q) ว่าเป็นสายพันธุ์ที่น่าเป็นห่วงโดยกำหนดรหัสเป็น VOC-21APR-02 หลังจากที่พบหลักฐานว่ามันกระจายไปได้เร็วกว่าไวรัสดั้งเดิมและอาจกระจายได้เร็วเท่าสายพันธุ์อัลฟา
มันมีการกลายพันธุ์ L452R, T478K และ P681R
แต่ก็ไม่เหมือนกับสายพันธุ์แคปปาเพราะไม่มีการกลายพันธุ์ E484Q

ในวันที่3 มิถุนายน 2021 พีเอชอีรายงานว่า การเสียชีวิต 12รายจาก 42รายเนื่องกับสายพันธุ์เดลตาในอังกฤษเป็นคนได้รับวัคซีนอย่างสมบูรณ์แล้ว และเชื้อยังกระจายได้เร็วกว่าสายพันธุ์อัลฟาเป็นสองเท่าอีกด้วย
ในวันที่11 มิย. ศูนย์การแพทย์ในแคนาดาแห่งหนึ่งได้รายงานว่า ในบรรดาคนไข้ 22รายที่ติดเชื้อสายพันธุ์เดลตา ครึ่งหนึ่งเป็นผู้ได้วัคซีนอย่างสมบูรณ์แล้ว

ในเดือนมิถุนายน 2021 มีรายงานว่ามีรูปแปรของสายพันธุ์เดลตาบวกกับการกลายพันธุ์ K417N โดยเรียกกันเป็นภาษาพูดว่า สายพันธุ์เนปาล
การกลายพันธุ์นี้ซึ่งก็พบในสายพันธุ์เบตาด้วยอาจ ลดประสิทธิภาพของวัคซีนและการรักษาด้วยแอนติบอดี โดยยังอาจเพิ่มความเสี่ยงการติดโรคซ้ำอีกด้วย
พีเอชอีเรียกสายพันธุ์นี้ว่า เดลตาบวกกับ K417N ส่วนแพงโกจัดสายพันธุ์ให้อยู่ในเคลด 2 เคลดคือ AY.1 และ AY.2
โดยยังมีชื่อเล่นว่า เดลตาพลัส ด้วย
ซึ่งย่อมาจาก เดลตาพลัส K417N
ในวันที่22 มิถุนายน อินเดียระบุสายพันธุ์เดลตาพลัสว่าเป็นสายพันธุ์น่าเป็นห่วงเพราะพบกรณี ในอินเดีย
แต่ผู้เชี่ยวชาญทางวิทยาการระบาดก็กล่าวว่า ยังไม่มีข้อมูลเพียงพอที่จะสนับสนุนให้ใช้ชื่อต่างหากเพราะการศึกษาได้ทำกับคนไข้เพียงจำนวนน้อย

 โอมิครอน (B.1.1.529) 

 สายพันธุ์ที่น่าสนใจ (องค์การอนามัยโลก) 
สายพันธุ์ในหัวข้อนี้จัดเป็นสายพันธุ์ที่น่าสนใจ (Variants of Interest, VOI) ตามองค์การอนามัยโลก 
ให้สังเกตว่า องค์กรต่างๆ เช่น ศูนย์ควบคุมและป้องกันโรคสหรัฐอาจมีรายการที่ต่างกันบ้าง
ยกตัวอย่างเช่น สหรัฐยกสายพันธุ์เอปซิลอนว่าเป็นสายพันธุ์ที่น่าเป็นห่วง ไม่ใช่แค่น่าสนใจ


 เอปซิลอน (B.1.429 / CAL.20C) 
สายพันธุ์เอปซิลอน หรือ B.1.429 หรือ CAL.20C 
หรือ CAVUI1B.1.429 Lineage Report. Alaa Abdel Latif, Julia L. Mullen, Manar Alkuzweny, Ginger Tsueng, Marco Cano, Emily Haag, Jerry Zhou, Mark Zeller, Nate Matteson, Chunlei Wu, Kristian G. Andersen, Andrew I. Su, Karthik Gangavarapu, Laura D. Hughes, and the Center for Viral Systems Biology. outbreak.info, (available at https://outbreak.info/situation-reports?pango=B.1.429&loc=USA&loc=USA_US-CA&selected=USA_US-CA). Accessed 28 May 2021. 
หรือ 21C
หรือ 20C/S:452R
มีการกลายพันธุ์พิเศษ 5อย่าง คือ I4205V, D1183Y (ในยีน ORF1ab) และ S13I, W152C, L452R (ในโปรตีนเอสของโปรตีนหนาม) 
โดยการกลายพันธุ์แบบ L452R ซึ่งก็พบในสายพันธุ์อื่นๆ ที่ไม่เกี่ยวกันด้วย เป็นตัวน่าเป็นห่วงเป็นพิเศษ
B.1.429 อาจติดต่อง่ายกว่า แต่ก็ต้องศึกษายิ่งขึ้นเพื่อยืนยัน
ศูนย์ควบคุมและป้องกันโรคสหรัฐกำหนดสายพันธุ์ B.1.429 และ B.1.427 ที่สัมพันธ์กันว่าเป็น "สายพันธุ์ที่น่าเป็นห่วง" โดยอ้างอิงงานศึกษาที่ยังไม่ได้ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันว่า 
 เพิ่มการติดต่อโรคได้ถึง 
 มีผลต่อภูมิคุ้มกันชนิดกำจัดเชื้อในบางคน แต่ไม่ทุกคน 
 เริ่มดื้อยาที่ได้อนุมัติให้ใช้รักษาหรือป้องกันโควิด
 ลดการกำจัดฤทธิ์ของเชื้อในพลาสมาตามที่เก็บจากคนหายป่วยหรือฉีดวัคซีน

ในเดือนกรกฎาคม 2020 นักวิจัยในรัฐแคลิฟอร์เนีย (สหรัฐ) ได้ตรวจพบ B.1.429 เป็นครั้งแรกในตัวอย่างที่ได้จากมณฑลลอสแอนเจลิส
แล้วก็ไม่พบอีกจนเดือนกันยายนจากตัวอย่างที่ได้จากรัฐ แต่จำนวนที่พบก็ต่ำมากจนถึงเดือนพฤศจิกายน
ซึ่งเริ่มพบในตัวอย่าง จนถึงเดือนมกราคม 2021 ก็พบสายพันธุ์นี้ในตัวอย่าง แล้ว

หลังจากเพิ่มขึ้นในเบื้องต้น อัตราการติดเชื้อสายพันธุ์นี้ก็ลดลงตั้งแต่เดือนกุมภาพันธ์ 2021 เพราะสู้สายพันธุ์อัลฟาไม่ได้
จนถึงเดือนเมษายน สายพันธุ์นี้ก็ยังเกิดขึ้นค่อข้างบ่อยในแคลิฟอร์เนียภาคเหนือบางส่วน แต่ก็สาบสูญไปเลยในแคลิฟอร์เนียใต้ โดยไม่ได้เกิดในภูมิภาคอื่นๆ อย่างสม่ำเสมอ
การติดเชื้อ ในสหรัฐมีเหตุจากสายพันธุ์นี้ เทียบกับ  ที่มีเหตุจากสายพันธุ์อัลฟา


 ซีตา (P.2) 

สายพันธุ์ซีตา (P.2) ซึ่งเป็นสายพันธุ์ลูกหลานของ B.1.1.28 เช่นเดียวกันกับสายพันธุ์แกมมา (P.1) ได้พบว่ากำลังระบาดอยู่ครั้งแรกในรัฐรีโอเดจาเนโร
มีการกลายพันธุ์ E484K แต่ไม่มี N501Y และ K417T
เป็นสายพันธุ์ที่วิวัฒนาการขึ้นต่างหากโดยไม่ได้เกี่ยวกับสายพันธุ์แกมมาจากเมืองมาเนาส์โดยตรง

ในการจัดชื่อขององค์องค์การอนามัยโลก สายพันธุ์นี้เรียกว่า ซีตา จัดเป็นสายพันธุ์ที่น่าสนใจ (VOI) แต่ยังไม่น่าเป็นห่วง


 อีตา (B.1.525) 
สายพันธุ์อีตา (B.1.525) หรือ VUI-21FEB-03
(ก่อนหน้านี้ VUI-202102/03) หรือ UK1188
21D หรือ 20A/S:484K
ไม่มีการกลายพันธุ์ N501Y เหมือนกับสายพันธุ์ อัลฟา หรือเบตา หรือแกมมา
แต่มีการกลายพันธุ์ E484K เหมือนกับที่พบในสายพันธุ์เบตา แกมมา และซีตา 
มีการลบยีนออกแบบ ΔH69/ΔV70 (คือการลบกรดอะมิโน histidine และ valine ที่ตำแหน่ง 69 และ 70) ดังที่พบในสายพันธุ์อัลฟา, สายพันธุ์ที่มีการกลายพันธุ์ N439K (B.1.141 และ B.1.258) และสายพันธุ์ที่มีการกลายพันธุ์ Y453F (คือ คลัสเตอร์ 5)
สายพันธุ์นี้ต่างกับสายพันธุ์อื่นๆ ทั้งหมดก็เพราะมีทั้งการกลายพันธุ์ E484K และ F888L (คือการแทนที่ phenylalanine (F) ด้วย leucine (L) ใน S2 domain ของโปรตีนหนาม)

จนถึงต้นเดือนมีนาคม พบสายพันธุ์นี้แล้วในประเทศ รวมทั้งสหราชอาณาจักร เดนมาร์ก ฟินแลนด์ นอร์เวย์ เนเธอร์แลนด์ เบลเยียม ฝรั่งเศส สเปน ไนจีเรีย กานา จอร์แดน ญี่ปุ่น สิงค์โปร์ ออสเตรเลีย แคนาดา เยอรมนี อิตาลี สโลวีเนีย ออสเตรีย มาเลเซีย สวิตเซอร์แลนด์ ไอร์แลนด์ และสหรัฐ 


และยังพบในแคว้นจังหวัดโพ้นทะเลของฝรั่งเศสคือ มายอต อีกด้วย

กรณีแรกๆ พบในเดือนธันวาคม 2020 ในสหราชอาณาจักรและไนจีเรีย และจนถึงวันที่15 กุมภาพันธ์ก็เป็นสายพันธุ์ที่พบมากสุดในไนจีเรีย
จนถึงวันที่24 กุมภาพันธ์ ได้พบกรณีคนติดสายพันธุ์นี้ 56คนในสหราชอาณาจักร
เดนมาร์กเป็นประเทศที่ถอดลำดับยีนของกรณีโควิดทั้งหมด และได้พบสายพันธุ์นี้ ระหว่างวันที่ โดยมี ที่เกี่ยวกับการเดินทางไปยังประเทศไนจีเรีย

ผู้เชี่ยวชาญในสหราชอาณาจักรกำลังศึกษาเพื่อให้ชัดเจนว่ามันเสี่ยงแค่ไหน
จนถึงวันที่16 กุมภาพันธ์ สายพันธุ์ยังจัดว่า กำลังตรวจสอบ (VUI) แต่อาจปรับเป็นสายพันธุ์ที่น่าเป็นห่วง (VOC) เมื่อได้ข้อมูลเพิ่ม
นักจุลชีววิทยาที่มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ระบุว่า สายพันธุ์นี้ดูเหมือนจะมีการกลายพันธุ์สำคัญๆ เหมือนกับที่เห็นในสายพันธุ์ใหม่ๆ บางชนิด ซึ่งอาจทำให้พยากรณ์ผลกระทบของการกลายพันธุ์ได้ง่ายกว่า

 ทีตา (P.3) 

ในวันที่18 กุมภาพันธ์ 2021 กระทรวงสาธารณสุขฟิลิปปินส์ได้ตรวจพบการกลายพันธุ์ 2ชนิดในเขตกิตนางคาบีซายาอัน
ซึ่งต่อมาตั้งชื่อเป็น E484K และ N501Y และตรวจพบในตัวอย่าง 37ตัวอย่างจาก 50ตัวอย่าง โดยมีการกลายพันธุ์ทั้งสองในตัวอย่าง 29ตัวอย่าง
สายพันธุ์ต่างๆ เหล่านี้ยังไม่ได้ถอดลำดับยีนทั้งหมด

ในวันที่13 มีนาคม กระทรวงสาธารณสุขฟิลิปปินส์ได้ยืนยันการกลายพันธุ์ต่างๆ ที่มีอยู่ในสายพันธุ์ซึ่งตั้งชื่อว่า P.3
โดยองค์การอนามัยโลกต่อมาให้ชื่อมันว่า ทีตา
ในวันเดียวกัน ก็ยืนยันว่าพบสายพันธุ์แกมมา (P.1) เป็นตัวอย่างแรกในประเทศ
แม้สายพันธุ์ P.1 และ P.3 จะสืบทอดมาจากบรรพบุรุษเดียวกัน คือ B.1.1.28 แต่กระทรวงก็กล่าวว่า ผลของ P.3 ต่อประสิทธิศักย์ของวัคซีนและการติดต่อของโรคยังไม่ชัดเจน
จนถึงวันที่13 มีนาคม ฟิลิปปินส์มีกรณีคนติดเชื้อนี้แล้ว 98ราย

ในวันที่12 มีนาคม ญี่ปุ่นก็พบว่ามีคนติดเชื้อนี้แล้วเหมือนกัน
ในวันที่17 มีนาคม สหราชอาณาจักรก็ได้ยืนยันว่าเกิดคนติดเชื้อ 2คนแรกแล้ว
ซึ่งพีเอชอีกำหนดสายพันธุ์เป็น VUI-21MAR-02

ในวันที่30 เมษายน 2021 มาเลเซียตรวจพบการติดเชื้อนี้ 8รายในรัฐซาราวัก

 ไอโอตา (B.1.526) 

ในเดือนพฤศจิกายน 2020 นครนิวยอร์กพบสายพันธุ์กลายพันธุ์ใหม่ซึ่งเรียกว่า B.1.526
จนถึงวันที่11 เมษายน 2021 เชื้อได้พบแล้วในมลรัฐ 48รัฐในสหรัฐและในประเทศอื่นๆ อีกถึง 
แต่ก็เหมือนกับสายพันธุ์เอปซิลอนที่พบในแคลิฟอร์เนีย คือสายพันธุ์นี้ถึงแม้จะเพิ่มขึ้นจนถึงระดับหนึ่งในมลรัฐบางรัฐ แต่ในฤดูใบไม้ผลิของปี2021 สายพันธุ์ อัลฟา ก็ได้เกิดมากกว่าแล้ว
องค์การอนามัยโลกเรียกสายพันธุ์นี้ว่า ไอโอตา

 แคปปา (B.1.617.1) 

สายพันธุ์แคปปา
เป็นสายพันธุ์ลูกหลานของ B.1.617 สายพันธุ์หนึ่งในบรรดา 
ยังมีชื่ออื่นอีกว่า B.1.617.1, 21B
และ 21A/S:154K
ได้พบเป็นครั้งแรกในอินเดียเมื่อเดือนธันวาคม 2020
ณ ปลายเดือนมีนาคม 2021 สายพันธุ์นี้ก็มีจำนวนเกินครึ่งจากลำดับยีนที่อินเดียได้ส่งบันทึกแล้ว
ณ ต้นเดือนเมษายน พีเอชอีก็ระบุเชื้อว่าเป็นสายพันธุ์ที่กำลังตรวจสอบ (VUI-21APR-01) 

 แลมบ์ดา (C.37)

สายพันธุ์แลมบ์ดา หรือ C.37 ได้พบครั้งแรกในเดือนสิงหาคม 2020 ในประเทศเปรู องค์การอนามัยโลกได้กำหนดเป็นสายพันธุ์ที่น่าสนใจเมื่อวันที่ 14 มิถุนายน 2021

 สายพันธุ์เด่นอื่นๆ 
 B.1.1.207 
สายพันธุ์ B.1.1.207 ได้ถอดลำดับยีนเป็นครั้งแรกในเดือนสิงหาคม 2020 ในประเทศไนจีเรีย
การติดต่อได้และความรุนแรงของเชื้อยังไม่ชัดเจน แต่เป็นสายพันธุ์ที่จัดว่ากำลังเกิดใหม่ (emerging) โดยศูนย์ควบคุมและป้องกันโรคสหรัฐ
สายพันธุ์นี้มีการกลายพันธุ์ P681H เหมือนกับสายพันธุ์อัลฟา
แต่ก็ไม่มีการกลายพันธุ์อื่นๆ ที่เหมือนกับอัลฟา 
และจนถึงปลายเดือนธันวาคม 2020 การถอดลำดับยีนทั้งหมดในไนจีเรียก็พบสายพันธุ์นี้ในอัตรา
ณ เดือนพฤษภาคม 2021 สายพันธุ์นี้ได้พบในประเทศ แล้ว

 B.1.1.317 
แม้สายพันธุ์ B.1.1.317 จะยังไม่จัดว่าน่าเป็นห่วง (variant of concern) แต่กระทรวงสาธารณสุของรัฐควีนส์แลนด์ (ออสเตรเลีย) ก็บังคับให้คนไข้สองคนในฮอสพิเทลเมืองบริสเบนให้อยู่กักตัวเพิ่มขึ้น 5วันโดยบวกกับอีก 14วันตามปกติ

 B.1.1.318 
เมื่อวันที่24 กุมภาพันธ์ 2021 พีเอชอีกำหนดสายพันธุ์ B.1.1.318 ให้เป็นสายพันธุ์ที่กำลังตรวจสอบคือ VUI-21FEB-04 (ก่อนหน้านี้เป็น VUI-202102/04)
จนถึงวันที่4 มีนาคม 2021 พบคนไข้ที่ติดเชื้อนี้ 16คนแล้วในสหราชอาณาจักร

 B.1.618 
สายพันธุ์นี้พบเป็นครั้งแรกเมื่อเดือนตุลาคม 2020
มีการกลายพันธุ์ E484K ซึ่งเหมือนกับสายพันธุ์หลายอย่างอื่นๆ
กำลังขยายพันธุ์อย่างรวดเร็วในรัฐเบงกอลตะวันตก (อินเดีย)
จนถึงวันที่23 เมษายน 2021 ฐานข้อมูล CoV-Lineages แสดงการถอดลำดับยีนตัวอย่างสายพันธุ์นี้ 135ครั้งในอินเดีย โดยประเทศอื่นๆ อีก 8 ประเทศทั่วโลกถอดลำดับยีนตัวอย่างไม่ถึง 10ครั้ง

 B.1.620 
ในเดือนมีนาคม 2021 ประเทศลิทัวเนียได้ตรวจพบสายพันธุ์ B.1.620 เป็นครั้งแรก
เป็นสายพันธุ์ที่พบทั้งในแอฟริกากลางและอเมริกาเหนือ
นอกเหนือจากลิทัวเนีย ประเทศยุโรปอื่น ๆ รวมทั้งสเปนและเบลเยียมก็พบสายพันธุ์นี้ด้วย
สายพันธุ์นี้มีการกลายพันธุ์และการลบยีนรวม เทียบกับสายพันธุ์ดั้งเดิม โดยบางอย่างไม่มีในสายพันธุ์อื่นๆ
การกลายพันธุ์ที่มีรวม E484K,
D614G (ซึ่งก็พบในสายพันธุ์ที่กำลังกระจายไปอื่นๆ ด้วย)ม
P681H และ S477N

 การติดต่อโรคข้ามสปีชีส์ 

 คลัสเตอร์ 5 

ในต้นเดือนพฤศจิกายน 2020 เดนมาร์กได้พบสายพันธุ์เชื้อที่เรียกว่า คลัสเตอร์ 5 หรือเรียกว่า ΔFVI-spike โดยสถาบันเซรุ่มแห่งชาติเดนมาร์ก (Statens Serum Institut, เอสเอสไอ)
สายพันธุ์ได้พบในเขตของประเทศ โดยเชื่อว่ามนุษย์ติดมาจากตัวมิงค์ในฟาร์มตัวมิงค์
ในวันที่ 4เดือนเดียวกัน รัฐจึงประกาศว่าจะฆ่าตัวมิงค์ในฟาร์มเพื่อป้องกันกันไม่ให้เชื้อกระจายแล้วเสี่ยงเกิดสายพันธุ์ใหม่ๆ เพิ่มขึ้นอีก
และประกาศการล็อกดาวน์เขตเทศบาล 7 เขตในนอร์เทอร์นจัตแลนด์ เพื่อไม่ให้การระบาดทั่วในประเทศหรือของโลกแย่ลง
จนถึงวันที่ 5เดือนเดียวกัน ได้พบกรณีผู้ติดโรคเนื่องกับตัวมิงค์ 

องค์การอนามัยโลกระบุว่า คลัสเตอร์ 5 ลดการตอบสนองต่อแอนติบอดีที่ทำลายฤทธิ์อย่างพอควร
ส่วนเอสเอสไอเตือนว่า การกลายพันธุ์นี้อาจลดฤทธิ์ของวัคซีนที่กำลังพัฒนา แม้จะไม่ทำให้ไร้ผลโดยสิ้นเชิง
หลังจากที่ล็อกดาวน์แล้วตรวจคนเป็นจำนวนมาก เอสเอสไอประกาศในวันที่19 พฤศจิกายนว่า คลัสเตอร์ 5 น่าจะสูญพันธุ์ไปแล้ว
ต่อมาวันที่1 กุมภาพันธ์ 2021 นักวิชาการที่เอสเอสไอจึงได้ตีพิมพ์ในวารสารที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันโดยระบุว่า
ปัจจุบันไม่พบว่าคลัสเตอร์ 5 ยังกระจายตัวอยู่ในหมู่มนุษย์

มีความเสี่ยงว่า เชื้อโควิด-19 สามารถติดต่อจากมนุษย์ไปยังสัตว์แล้วรวมเข้ากับไวรัสประจำตัวสัตว์โดยกลายเป็นสายพันธุ์ใหม่ๆ ซึ่งเป็นอันตรายต่อมนุษย์

 การกลายพันธุ์แบบมิสเซนส์ (missense) เด่นๆ 
 N440K 
การกลายพันธุ์ชนิด N440K หมายถึงการเปลี่ยนกรดอะมิโนแอสพาราจีน (N) ด้วยไลซีน (K) ที่ตำแหน่ง 440
ในที่เพาะเซลล์ การกลายพันธุ์ชนิดนี้ทำให้เชื้อโควิด-19 ติดต่อได้มากกว่าเป็น 10เท่าเทียบกับสายพันธุ์ A2a (ที่มีการกลายพันธุ์แบบ A97V ใน RdRP) ที่เคยกระจายไปอย่างกว้าง และเป็น 1,000เท่าเทียบกับสายพันธุ์ A3i (มีการกลายพันธุ์แบบ D614G ในโปรตีนหนาม และการแทนที่แบบ P323L ใน RdRP) ที่กระจายไปน้อยกว่า
เป็นการกลายพันธุ์ที่มีส่วนกับการระบาดเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วในอินเดีย
โดยเป็นประเทศที่มีคนติดเชื้อกลายพันธุ์ชนิด N440K ในอัตราสูงสุดตามด้วยสหรัฐและเยอรมนี

 L452R 
การกลายพันธุ์ L452R หมายถึงการแทนที่กรดอะมิโนลิวซีน (L) ด้วยอาร์จินีน (R) ที่ยีนตำแหน่ง 452

การระบาดของโควิดได้เพิ่มขึ้นทั่วอินเดียอย่างสำคัญเริ่มในปี2021 โดยส่วนหนึ่งก็เพราะสายพันธุ์ B.1.617 (สายพันธุ์บรรพบุรุษของเดลตา) ซึ่งบางครั้งเรียกผิดๆ ว่าเป็นสายพันธุ์ที่มีการกลายพันธุ์ 2อย่าง
L452R เป็นการกลายพันธุ์สำคัญในสายพันธุ์นี้
เพราะทำให้ให้ไวรัสจับตัวกับหน่วยรับ ACE2 receptor ของเซลล์มนุษย์ได้ดีขึ้นและอาจทำให้แอนติบอดีที่เป็นผลของวัคซีนจับกับโปรตีนหนามที่เปลี่ยนไปนี้ได้น้อยลง

งานศึกษาบางงานพบว่า L452R อาจทำให้ไวรัสโคโรนาดื้อต่อแม้กระทั่งเซลล์ที (T cell) ได้ ซึ่งเป็นเซลล์จำเป็นในการสืบหาแล้วทำลายเซลล์ที่ติดเชื้อไวรัส
โดยนี่เป็นคนละอย่างกับแอนติบอดีที่ทำลายฤทธิ์ของอนุภาคไวรัสโคโรนาและป้องกันไม่ให้มันขยายพันธุ์ต่อไปได้

 S477G/N 
งานศึกษาที่ใช้วิธีการทางชีวสารสนเทศศาสตร์และทางสถิติศาสตร์หลายงานพบว่า ไวรัสโควิด-19 มียีน receptor binding domain (RBD) ที่พลิกเปลี่ยนได้ง่ายระหว่างเรซิดิว 475-485
โดยมหาวิทยาลัยในออสเตรีย (University of Graz)
และบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพออสเตรีย (Innophore)
พบว่า โดยโครงสร้าง ตำแหน่ง S477 สามารถพลิกเปลี่ยนได้ง่ายที่สุด

จนถึงปัจจุบัน ตำแหน่ง S477 ที่ RBD จริงๆ ก็เป็นตำแหน่งที่เรซิดิวกรดอะมิโนเปลี่ยนไปมากที่สุดในเชื้อโควิด-19 ที่กลายพันธุ์
งานศึกษาที่จำลองลักษณะทางพลวัตของ RBD เมื่อเข้าเชื่อมกับ hACE2 พบว่า การเปลี่ยนกรดอะมิโนทั้งชนิด S477G และ S477N ล้วนทำให้โปรตีนหนามของไวรัสจับกับหน่วยรับ hACE2 ได้แน่นขึ้น
ในเดือนกุมภาพันธ์ 2021 บริษัทพัฒนาวัคซีนเยอรมันคือไบออนเทค
ระบุการเปลี่ยนแปลงทางกรดอะมิโนเช่นนี้ว่าสำคัญสำหรับการพัฒนาวัคซีนรุ่นต่อไปในอนาคต

 E484K 
การกลายพันธุ์ E484K หมายถึงการแทนกรดกลูตาเมต (E) ด้วยไลซีน (K) ที่ยีนตำแหน่ง 484
โดยมีชื่อเล่นว่า อี๊ก (Eeek)

E484K ได้รายงานว่าเป็นการกลายพันธุ์ที่หลบหลีกระบบภูมิคุ้มกันได้
คือพบว่าหลบแอนติบอดีแบบโมโนโคลน (monoclonal antibody ที่สร้างขึ้นนอกกาย) อย่างน้อยชนิดหนึ่งได้ ซึ่งอาจแสดงว่า มีความเปลี่ยนแปลงทาง antigenicity 
คือมีปฏิกิริยากับระบบภูมิคุ้มกันแบบจำเพาะที่เปลี่ยนไป
สายพันธุ์เบตา 
สายพันธุ์แกมมา (P.1)
และสายพันธุ์ซีตา (P.2)
มีการกลายพันธุ์เช่นนี้
โดยยังพบสายพันธุ์อัลฟาบวกกับการกลายพันธุ์ E484K อีกด้วย
แอนติบอดีทั้งแบบโมโนโคลนและที่ได้จากเลือดพบว่า มีประสิทธิภาพกำจัดไวรัสที่มีการกลายพันธุ์ E484K ได้ลดลง 

ในวันที่2 กุมภาพันธ์ 2021 นักวิทยาศาสตร์ทางการแพทย์ของสหราชอาณาจักรพบการกลายพันธุ์ E484K ในตัวอย่าง 11ตัวอย่างจาก 214,000ตัวอย่าง ซึ่งอาจลดประสิทธิภาพของวัคซีนที่ใช้อยู่ในปัจจุบัน

 E484Q 
การกลายพันธุ์ E484Q หมายถึงการแทนกรดกลูตาเมต (E) ด้วยกลูตามีน (Q) ที่ยีนตำแหน่ง 484
E484Q อาจทำให้ไวรัสจับกับหน่วยรับ ACE2 ของเซลล์มนุษย์ได้ดีขึ้น และอาจทำให้แอนติบอดีที่วัคซีนช่วยกระตุ้นจับกับโปรตีนหนามที่เปลี่ยนไปนี้ได้น้อยลง

โรคโควิด-19 ได้เพิ่มระบาดมากขึ้นในอินเดียเริ่มในปี2021 โดยส่วนหนึ่งก็เพราะสายพันธุ์ B.1.617 (สายพันธุ์บรรพบุรุษของเดลตา)
สายพันธุ์นี้มักเรียกผิดๆ ว่า มีการกลายพันธุ์ 2ชนิด (double mutant)

 N501Y 
การกลายพันธุ์ N501Y หมายถึงการเปลี่ยนกรดอะมิโน asparagine (N) เป็นไทโรซีน (Y) ที่ตำแหน่ง 501
โดยมีชื่อเล่นว่า "เน็ลลี่"

พีเอชอีเชื่อว่า การกลายพันธุ์นี้ทำให้ไวรัสจับกับหน่วยรับของเซลล์มนุษย์ได้ดีขึ้น เพราะตำแหน่งการกลายพันธุ์อยู่ที่ receptor-binding domain (RBD) ของโปรตีนหนามที่จับกับ ACE2 ของเซลล์มนุษย์
โดยก็พบข้อมูลที่สนับสนุนสมมติฐานนี้ด้วย
แบบจำลองในระดับโมเลกุลและการคำนวณค่า free energy of binding แสดงว่า การกลายพันธุ์นี้ทำให้ RBD มีสัมพัคภาพการจับกับหน่วยรับของเซลล์ คือ hACE2 สูงสุดในบรรดาสายพันธุ์ที่น่าเป็นห่วง

สายพันธุ์ที่มีการกลายพันธุ์นี้รวมทั้งแกมมา
อัลฟา (VOC 20DEC-01), เบตา และ COH.20G/501Y (โคลัมบัส (รัฐโอไฮโอ))
สายพันธุ์สุดท้ายนี้ได้กลายเป็นเชื้อชนิดหลักในเมืองโคลัมบัสเมื่อปลายเดือนธันวาคม 2020 และเดือนมกราคม โดยดูเหมือนจะวิวัฒนาการขึ้นต่างหากกับสายพันธุ์อื่นๆ

 D614G 
ความชุกเชิงลอการิทึมของการกลายพันธุ์ D614G ในปี2020 ตามข้อมูลลำดับยีนที่บันทึกไว้ในฐานข้อมูลจีเซด
D614G เป็นการกลายพันธุ์แบบมิสเซนส์ (missense mutation) ที่โปรตีนหนามของไวรัสโควิด-19
ตั้งแต่เริ่มพบในจีนภาคตะวันออก ความชุกของการกลายพันธุ์นี้ก็ได้เพิ่มขึ้นทั่วโลกในช่วงการระบาดทั่ว
กรดอะมิโนไกลซีน (G) ได้แทนที่กรดแอสปาร์ติก (D) ที่ตำแหน่ง 614 ในประเทศต่างๆ มากมายโดยเฉพาะในยุโรป แต่ก็เกิดช้ากว่าในจีนและเอเชียตะวันออกที่เหลือ ซึ่งสนับสนุนสมมติฐานว่า G เพิ่มอัตราการติดต่อ และเข้ากับการมีไวรัส (viral titer) ที่เข้มข้นกว่าและการติดต่อที่สูงกว่าในหลอดทดลอง (in vitro)
นักวิจัยที่โครงการแพงโกตั้งชื่อเล่นให้แก่การกลายพันธุ์นี้ว่า ดั๊ก (Doug)

ในเดือนกรกฎาคม 2020 มีรายงานว่า สายพันธุ์โรคที่มีการกลายพันธุ์ D614G และติดต่อได้ง่ายกว่า ได้กลายมาเป็นสายพันธุ์หลักแล้ว
พีเอชอียืนยันว่า การกลายพันธุ์นี้มี "ผลปานกลางต่อการติดต่อของโรค" โดยกำลังติดตามดูอยู่ทั่วโลก

ความชุกของ D614G มีสหสัมพันธ์กับภาวะเสียการรู้กลิ่น (anosmia) ที่เป็นอาการของ ซึ่งอาจเกิดจาก RBD ที่จับกับหน่วยรับ ACE2 ได้ดีขึ้น หรือเกิดจากการสร้างโปรตีนที่เสถียรกว่า ทำให้เยื่อบุผิวรับกลิ่น (olfactory epithelium) ในช่องจมูกติดเชื้อมากกว่า

สายพันธุ์ที่มีการกลายพันธุ์ D614G รวมเคลด G (ของจีเซด)
และเคลด B.1 (ของแพงโก) รวมทั้งอัลฟา เบตา และเดลตา

 P681H 
ความชุกเชิงลอการิทึมของการกลายพันธุ์แบบ P681H ในปี2020 ตามข้อมูลลำดับยีนที่ได้บันทึกในฐานข้อมูลจีเซด
ในเดือนมกราคม 2021 มีการตีพิมพ์รายงานที่ยังไม่ได้ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันว่า ลักษณะพิเศษของสายพันธุ์อัลฟา และ (B.1.1.207) (พบครั้งแรกในไนจีเรีย) คือการกลายพันธุ์ P681H กำลังเพิ่มสัดส่วนอย่างเป็นเลขชี้กำลังทั่วโลก เช่นเดียวกับที่เกิดกับกลายพันธุ์ D614G ที่แพร่หลายไปทั่วโลกแล้ว 50px Available under CC BY 4.0.

 P681R 
การกลายพันธุ์ P681R หมายถึงการเปลี่ยนกรดอะมิโน proline (P) ด้วยอาร์จินีน (R) ที่ยีนตำแหน่ง 681

พบว่า สายพันธุ์ B.1.617 (ที่เป็นบรรพบุรุษของเดลตา) มีการกลายพันธุ์ P681R ที่สำคัญนอกเหนือไปจาก E484Q และ L452R
การกลายพันธุ์ที่น่าเป็นห่วงทั้งสามอย่างนี้อยู่ที่โปรตีนหนาม ซึ่งเป็นส่วนสำคัญที่ไวรัสโคโรนาใช้จับกับหน่วยรับของเซลล์มนุษย์

 A701V 
ตามรายงานเบื้องต้นของสื่อ กระทรวงสาธารณสุขมาเลเซียได้ประกาศในวันที่23 ธันวาคม 2020 ว่าได้พบการกลายพันธุ์ในจีโนมของไวรัสโควิด-19 ซึ่งระบุว่า A701B (ตามที่พิมพ์ ซึ่งไม่ถูก) ในบรรดาตัวอย่าง ที่ได้มาจากคลัสเตอร์ในรัฐซาบะฮ์
โดยระบุว่าคล้ายกับที่เพิ่งพบในช่วงนั้นในแอฟริกาใต้ ออสเตรเลีย และเนเธอร์แลนด์ แม้จะยังไม่ชัดเจนว่าติดต่อได้มากขึ้นหรือมีผลต่อการดำเนินของโรคหรือไม่
แต่รัฐบาลจังหวัดซูลูของฟิลิปปินส์ซึ่งอยู่ใกล้ๆ กันก็ได้ระงับการเดินทางไปยังซาบะฮ์เพราะความไม่ชัดเจนของสายพันธุ์นี้

ในวันที่25 ธันวาคม องค์กรสาธารณสุขของรัฐ (Kementerian Kesihatan Malaysia/covid-19 Malaysia) จัดว่า การกลายพันธุ์นี้กำลังกระจายไปทั่วโดยพบในผู้ติดเชื้อถึง เทียบกับการกลายพันธุ์ D614G ที่พบเต็มร้อยในมาเลเซีย
โดยตัวอย่างเหล่านี้ก็ได้จากคลัสเตอร์ในเช่นกัน

สำหรับการกลายพันธุ์นี้ มีการแทนกรดอะมิโนอะลานีนด้วยวาลีนที่ยีนโปรตีนหนามตำแหน่ง 701
มีรายงานว่าพบทั่วโลกรวมทั้งแอฟริกาใต้ ออสเตรเลีย เนเธอร์แลนด์ และอังกฤษในช่วงเวลาเดียวกันกับมาเลเซีย
ในฐานข้อมูลจีเซด ความชุกของการกลายพันธุ์นี้อยู่ที่

ในวันที่24 เมษายน 2021 องค์กรสาธารณสุขของมาเลเซีย (Kementerian Kesihatan Malaysia) รายงานว่า การระบาดระลอกที่3 ซึ่งเริ่มที่รัฐซาบะฮ์ได้ก่อสายพันธุ์ต่างๆ ที่มีการกลายพันธุ์ D614G และ A701V

 การตรวจและประเมินสายพันธุ์ใหม่ๆ 
ในวันที่26 มกราคม 2021รัฐบาลสหราชอาณาจักรระบุว่า จะแชร์สมรรถภาพการถอดลำดับจีโนมกับประเทศอื่นๆ เพื่อเพิ่มอัตราการถอดลำดับแล้วติดตามสายพันธุ์ใหม่ๆ โดยเรียกแพลตฟอร์มนี้ว่า New Variant Assessment Platform
จนถึงเดือนมกราคม 2021 การถอดลำดับยีนของเชื้อโควิด-19 เกือบครึ่งทั่วโลกได้ทำในสหราชอาณาจักร

 แหล่งกำเนิดสายพันธุ์ต่างๆ 

นักวิจัยได้เสนอว่า การกลายพันธุ์หลายอย่างอาจเกิดได้เมื่อคนไข้ที่มีภูมิคุ้มกันอ่อนแอติดเชื้ออย่างเรื้อรัง
โดยเฉพาะเมื่อเป็นการกลายพันธุ์ที่หลบภูมิคุ้มกันได้และอยู่ใต้แรงกดดันทางวิวัฒนาการเนื่องกับการรักษาด้วยแอนติบอดีหรือด้วยเลือดจากคนไข้ที่หายโรคแล้ว
และมีการกลายพันธุ์แบบลบยีนแอนติเจน (deletion) อย่างเดียวกันซึ่งเกิดต่างหากๆ ในคนไข้ต่างๆ

 ผลต่อประสิทธิภาพวัคซีน 



 เชิงอรรถ 

 อ้างอิง 

 แหล่งข้อมูลอื่น 





หมวดหมู่:รายการไวรัส
หมวดหมู่:สายพันธุ์ย่อยของไวรัส SARS-CoV-2