Otvorený čítací rámec

Otvorený čítací rámec (ORF, z anglického open reading frame) je časť sekvencie DNA medzi štart kodónom a stop kodónom. Súčasťou definície môže byť podmienka, že dĺžka takejto sekvencie musí byť deliteľná tromi. Tento výraz sa bežne používa hlavne u skúmanej časti prokaryotickej sekvencie DNA, kde len jeden zo šiestich možných čítacích rámcov bude „otvorený“ („čítanie“ v tomto kontexte znamená, že danú sekvenciu DNA možno transkribovať do RNA a následne preložiť pomocou ribozómu; detaily viď nižšie). Takýto otvorený čítací rámec môže obsahovať štart kodón (v RNA zvyčajne AUG) a podľa definície musí byť ukončený stop kodónom (v RNA zvyčajne UAA, UAG alebo UGA). Štart kodón (nemusí byť vždy prvý) ukazuje, kde začína translácia. Terminátor transkripcie sa nachádza za ORF, teda až za stop kodónom translácie. Ak by sa transkripcia ukončila ešte pred stop kodónom, počas translácie by vznikla nekompletná bielkovina.

V eukaryotických génoch s väčším počtom exónov sa po transkripcii odstraňujú intróny a exóny sa následne spájajú dokopy, čím vzniká hotová mRNA, ktorá môže byť použitá na transláciu. Pri hľadaní génov sa teda definícia ORF ako sekvencie medzi štart a stop kodónmi uplatňuje len pre mRNA po zostrihu (splicingu), nie pre genómovú DNA, pretože intróny môžu obsahovať stop kodóny a/alebo môžu viesť k posunu čítacieho rámca. Podľa alternatívnej definície je ORF sekvencia, ktorá má dĺžku deliteľnú tromi a je ohraničená stop kodónmi (z oboch strán). Táto definícia je všeobecnejšia a môže byť užitočná v transkriptomike a metagenomike, kde štart a stop kodón nemusia byť prítomné v získanej sekvencii. Taký ORF odpovedá časti génu, nie celému génu.

 Šesť čítacích rámcov 
náhľad|440x440bod|Príklad šesťrámcovej translácie. Nukleotidová sekvencia je vždy ukázaná v strede; translácia v smere je ukázaná nad ňou, translácia v protismere (na druhom vlákne) je ukázaná pod ňou. Zvýraznené sú dva otvorené čítacie rámce.
Keďže DNA je interpretovaná v skupinách troch nukleotidov (kodónov), jedno vlákno DNA má tri rôzne čítacie rámce. Dvojzávitnica DNA má dve antiparalelné vlákna a keďže každé z nich má tri čítacie rámce, celkom existuje šesť rôznych rámcov pre transláciu.

 Referencie 

 Zdroj 

Kategória:Molekulárna biológia
Kategória:Bioinformatika