SECIS element

SECIS element (SECIS: selenocysteine insertion sequence) je cis-regulačný element RNA, ktorý je dlhý asi 60 nukleotidov a má vlásenkovú štruktúru. Tento štruktúrny motív ovplyvňuje transláciu mRNA, a to tak, že namiesto zastavenia translácie na stop kodóne UGA dochádza k vloženiu selenocysteínu do rastúceho polypeptidového reťazca. SECIS elementy sú teda dôležitým aspektom mRNA, ktoré kódujú selenoproteíny, teda bielkoviny obsahujúce jeden alebo viac selenocysteínov.

U baktérií sa SECIS element objavuje hneď za UGA kodónom, ktorý ovplyvňuje. U  archeónov a eukaryotov sa nachádza v 3' UTR danej mRNA a môže ovplyvniť viac UGA kodónov zároveň. Jeden SECIS element u archeónov, konkrétne v Methanococcus, sa nachádza v 5' UTR.

 Vlastnosti 
SECIS element má niekoľko daných sekvenčných charakteristík, teda niektoré jeho nukleotidy sú všeobecne zachovávané, a charakteristickú sekundárnu štruktúru. Táto štruktúra vzniká na základe párovania báz komplementárnych nukleotidov RNA, vďaka čomu má SECIS element vlásenkovú štruktúru. Eukaryotický SECIS element obsahuje i nekanonické A–G páry, ktoré v prírode nie sú bežné, ale sú veľmi dôležité pre správne fungovanie SECIS elementu. Aj keď majú SECIS elementy u eukaryotov, archeónov a baktérií podobnú vlásenkovú štruktúru, ich sekvencie sú rozdielne, takže na základe napr. bakteriálnej sekvencie SECIS elementu nie je možné rozpoznať eukaryotickú sekvenciu SECIS elementu. SECIS element v Lokiarcheota má však štruktúru podobnejšiu eukaryotickým elementom oproti ostatným archeónom.

V bioinformatických štúdiách bolo vytvorených niekoľko programov, ktoré vyhľadávajú SECIS elementy v sekvencii genómu na základe sekvencie a sekundárnej štruktúry charakteristickej pre SECIS elementy. Tieto programy boli použité na vyhľadávanie nových selenoproteínov.

 Prítomnosť v rôznych druhoch 
SECIS element bol nájdený v mnohých rôznorodých organizmoch vo všetkých troch doménach života (vrátanie ich vírusov).

 Referencie 

 Zdroj 

Kategória:Cis-regulačné elementy