Tymidín

Tymidín (dT alebo dThd) je pyrimidínový deoxynukleozid. Predpona deoxy- sa často vynecháva, pretože tymínové nukleotidy sa neúčastia syntézy RNA (kde sú namiesto toho nahradené uracilovými nukleotidmi). Tymidín je DNA nukleozid T, kde sa páruje s deoxyadenozínom (A) v dvojzávitnici DNA. V bunkovej biológii sa používa na synchronizáciu buniek v G1/počiatočnej S fáze.

Kedysi pochádzala väčšina produkcie tymidínu zo sledích spermií,Makoto Ishii; Hideyuki Shirae; Kenzo Yokozeko, Enzymatic Production of 5-Methyluridine from Purine Nucleosides and Thymine by Erwinia carotovora AJ-2992, Agricultural and Biological Chemistry až kým sa tymidín nezačal vo veľkom používať na tvorbu antiretrovirotika azidotymidínu (AZT). Tymidín sa nachádza prakticky výhradne v DNA, ale môže sa objaviť v T-slučke tRNA.

 Štruktúra a vlastnosti 
Tymidín je nukleozid zložený z pentózy deoxyribózy a bázy tymínu.  Jeho fosforyláciou potom vzniká dTMP, dTDP a dTTP.

Je to biely prášok alebo malé biele kryštáliky.

Tymidín je netoxický, keďže je to jeden zo štyroch nukleozidov tvoriacich DNA a prirodzene sa náchadza vo všetkých živých organizmoch a DNA vírusoch. RNA obsahuje namiesto tymidínu uridín (uracilový nukleozid). Uracil je veľmi podobný tymínu, ktorý sa takisto nazýva 5-metyluracil. Keďže tymínové nukleotidy sú prekurzorom DNA, ale nie RNA, predpona „deoxy“ sa často vynecháva.

Tymidín je vedený ako chemický teratogén.The following list of chemicals known or believed to be teratogens is drawn primarily from Dangerous Properties of Industrial Materials, 7th Ed., by N. Irving Sax and Richard J. Lewis.

 Modifikované analógy 
Azidozymidín (AZT) sa používa ako liek na HIV. AZT inhibuje proces reverznej transkripcie, čo je kritický krok životného cyklu vírusu.

Radioznačený tymidín (TdR), napríklad tríciovaný tymidín (3H-TdR), sa bežne používa hodnotenie proliferácie buniek. Tymidín sa zabudováva do deliacich sa buniek a úroveň zabudovania, ktorá sa meria kvapalinovou scintilačnou spektrometriou, je úmerný množstvu deliacich sa buniek. Takýmto spôsobom je možné merať proliferáciu lymfocytov u lymfoproliferatívnych porúch.

Mnoho tymidínových analógov sa používa na sledovanie bunkových procesov:

 Jódodeoxyuridín je rádiosenzitívny a zvyšuj množstvo poškodenia DNA kvôli iónizujúcemu žiareniu.
 Brómodeoxyuridín (BrdU) sa takisto používa na detekciu deliacich sa buniek v živom tkanive.
 5-Etynyl-2'-deoxyuridín (EdU) je analóg, ktorý sa zabudováva do DNA deliacich sa buniek používaný na hodnotenie syntézy DNA v bunkových kultúrach alebo živých tkanivách. Da sa vizualizovať naviazaním fluorescentného azidu použitím click chémie, ktorá je menej drsná, než podmienky potrebné na odhalenie epitopu BrdU pre protilátky.

Jedným z antivirotík je aj edoxudín.

 Mutagenita tymidínu 
Počas rastu bakteriofágu T4 spôsobuje vyššia dostupnosť tymidínu mutácie.Bernstein C, Bernstein H, Mufti S, Strom B. Stimulation of mutation in phage T 4 by lesions in gene 32 and by thymidine imbalance. Mutat Res. 1972 Oct;16(2):113-9. doi: 10.1016/0027-5107(72)90171-6. PMID: 4561494DeVries JK, Wallace SS. Reversion of bacteriophage T4rII mutants by high levels of pyrimidine deoxyribonucleosides. Mol Gen Genet. 1982;186(1):101-5. doi: 10.1007/BF00422919. PMID: 7050620 Nedostatok tymidínu takisto spôsobuje mutácie. Tymidylátový auxotrof diploidnej kvasinky Saccharomyces cerevisiae bol kultivovaný pod rôznymi podmienkami a koncentráciami tymidylátu od nadbytku až po nedostatok.Eckardt F, Kunz BA, Haynes RH. Variation of mutation and recombination frequencies over a range of thymidylate concentrations in a diploid thymidylate auxotroph. Curr Genet. 1983 Sep;7(5):399-402. doi: 10.1007/BF00445881. PMID: 24173422 Vysoké koncentrácie tymidylátu boli mutagénne i rekombinogénne, nedostatok bol rekombinogénny, ale len slabo mutagénny.

 Referencie 

 Zdroj 

Kategória:Nukleozidy