Pfam

Pfam ialah pangkalan data keluarga protein yang merangkumi anotasi protein serta penjajaran jujukan berbilang yang dijana menggunakan model Markov tersembunyi.  Versi terbaharu, Pfam 36.0, telah dikeluarkan pada September 2023 dan mengandungi 20,795 keluarga.

 Kegunaan 
Tujuan umum pangkalan data Pfam adalah untuk menyediakan klasifikasi keluarga dan domain protein yang lengkap dan tepat. Pada asalnya tujuan di sebalik penciptaan pangkalan data adalah untuk mewujudkan kaedah separa automatik untuk menyusun maklumat mengenai keluarga protein yang diketahui untuk meningkatkan kecekapan penganotasian genom. Klasifikasi keluarga protein Pfam telah diterima pakai secara meluas oleh ahli biologi kerana liputan luas protein dan konvensyen penamaan yang wajar.

Pangkalan data ini digunakan oleh ahli biologi eksperimen yang menyelidik protein tertentu, digunakan oleh ahli biologi struktur untuk mengenal pasti sasaran baharu untuk penentuan struktur protein, digunakan oleh ahli biologi pengkomputeran untuk mengatur jujukan, serta digunakan oleh ahli biologi evolusi yang menjejak asal usul protein. Projek-projek genom awal yang melibatkan manusia dan lalat menggunakan Pfam secara meluas untuk anotasi fungsi data genom.

Laman web Pfam membenarkan pengguna menyerahkan urutan protein atau DNA untuk mencari padanan keluarga protein itu dalam pangkalan data. Jika jujukan DNA yang diserahkan, terjemahan enam rangka dilakukan, kemudian setiap rangka bacaan dicari. Daripada melakukan carian BLAST biasa, Pfam menggunakan model Markov tersembunyi berprofil, yang mengutamakan padanan di tapak yang terpelihara jujukannya, membolehkan pengesanan homologi dengan jauh lebih baik, menjadikannya lebih sesuai untuk menganotasi genom organisma yang tiada saudara terdekat yang beranotasi dengan baik.

Pfam juga telah digunakan dalam penciptaan sumber lain seperti iPfam, yang mengkatalogkan interaksi domain-domain dalam dan antara protein, berdasarkan maklumat dalam pangkalan data struktur dan pemetaan domain Pfam pada struktur tersebut.

 Rujukan 

 Pautan luar 

 Pfam - Pangkalan data keluarga protein di EMBL-EBI, UK
 PDBfam - Penugasan domain Pfam terhadap jujukan dalam PDB di Pusat Kanser Fox Chase, Amerika Syarikat
Kategori:Bioinformatik
Kategori:Pangkalan data biologi