Varian Delta SARS-CoV-2

Varian Delta SARS-CoV-2, juga dikenali sebagai garis keturunan B.1.617.2, adalah varian keturunan B.1.617 dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan COVID-19. Varian ini pertama kali dikesan di India pada akhir tahun 2020. Pertubuhan Kesihatan Sedunia (WHO) menamakan varian ini sebagai varian Delta pada 31 Mei 2021.


Petunjuk:

Varian ini mempunyai perubahan T478K, P681R, dan L452R dalam gen yang mengekod protein pepaku SARS-CoV-2, yang diketahui mengubah penularan virus dan sama ada ia dapat dineutralkan oleh antibodi untuk varian virus COVID-19 yang menular sebelum ini. Kadar serangan sekunder adalah 51 hingga 67 peratus lebih tinggi daripada varian Alpha pada Mei 2021, menurut Public Health England (PHE). Vaksin COVID-19 berjaya mencegah keseriusan jangkitan atau kemasukan ke hospital sekiranya dijangkiti varian ini. Namun demikian, beberapa penyelidikan mendapati bahawa orang yang telah divaksinasi lebih cenderung mengalami gejala dari varian Delta berbanding varian SARS-CoV-2 yang lain.

PHE mengubah garis keturunan B.1.617.2 dari varian yang sedang disiasat (VUI) menjadi varian yang membincangkan (VOC) pada 7 Mei 2021, berdasarkan penilaian kebolehterlakan sekurang-kurangnya setara dengan B.1.1.7 (varian Alpha). SAGE UK menganggarkan varian ini berkemungkinan “realistik” 50 peratus lebih mudah menular. WHO menetapkan garis keturunan VOC ini pada 11 Mei 2021, dan menyatakan bahawa varian ini mempunyai bukti penularan yang lebih besar dan peneutralan yang lebih rendah.  Pusat Kawalan dan Pencegahan Penyakit (CDC) menamakan Delta sebagai VOC pada 15 Jun 2021.

Varian Delta dipercayai bertanggungjawab ke atas gelombang kedua pandemik, yang telah melanda India pada Februari 2021. Akhirnya, varian ini mengakibatkan gelombang ketiga di Fiji, United Kingdom, dan Afrika Selatan. WHO memberi amaran pada bulan Julai 2021 bahawa varian ini mungkin akan merebak lebih jauh lagi di Eropah dan Afrika. Varian ini juga telah menyebabkan peningkatan jangkitan harian di beberapa negara Asia, Amerika Syarikat, dan Australia pada akhir bulan Julai.

Varian Delta telah merebak ke 124 negara setakat 20 Julai 2021, menurut WHO, dan walaupun varian tersebut bukan strain dominan, ia akan menjadi strain dominan dan paling berbahaya di seluruh dunia.

 Klasifikasi 
D614G, T478K, P681R, dan L452R adalah perubahan dalam gen yang menghasilkan protein pepaku SARS-CoV-2 dalam varian Delta. Menurut sistem klasifikasi filogenetik Nextstrain, ia tergolong dalam clade 21A.

Setelah menerapkan strategi baru menggunakan huruf Yunani untuk varian yang membincangkan (VOC) dan varian yang berkepentingan (VOI), WHO mengeluarkan label Delta untuk garis keturunan B.1.617.2 pada akhir bulan Mei 2021.

 Sub-garis keturunan yang lain bagi B.1.617 
Setakat ini, keturunan B.1.617 telah dibahagikan kepada tiga sub-garis keturunan.

Public Health England (PHE) mengenal pasti B.1.617.1 sebagai varian di bawah siasatan pada April 2021. Dua varian lagi, B.1.617.2 dan B.1.617.3, diklasifkasi sebagai varian di bawah siasatan pada April 2021. B.1.617.3 mempunyai mutasi L452R dan E484Q yang sama dengan B.1.617.2. Namun, B.1.617.2 tidak mempunyai mutasi E484Q. Mutasi T478K dikesan di B.1.617.2 tetapi tidak di B.1.617.1 atau B.1.617.3.

 Mutasi 

 + 
  Gen
  Nukleotida
  Asid amino
   Rangka bacaan terbuka (ORF1b)
     P314L 
      P1000L
   Pepaku (spike)
    G142D
     T19R
     R158G
     L452R
     T478K
     D614G
     P681R
     D950N
     E156del
     F157del
   Protein membran koronavirus
    I82T
   Protein nukleokapsid koronavirus
    D63G
     R203M
     D377Y
    orf3a
    S26L
    orf7a
    V82A
     T120I
   Sumber: CDC Covariants.org

Terdapat 13 mutasi dalam Delta atau genom B.1.617.2 (15 atau 17 menurut sumber lain, bergantung kepada sama ada mutasi yang lebih umum disertakan) yang menyebabkan perubahan dalam turutan asid amino protein yang dikodkannya. Empat daripadanya sangat membincangkan, kerana semuanya terdapat dalam turutan protein pepaku virus:

 D614G. Perubahan asid-ke-glisin aspartik pada kedudukan 614 dikongsi dengan varian lain yang sangat mudah menular seperti Alpha, Beta, dan Gamma.
 T478K. Penggantian threonine-ke-lisin pada kedudukan 478.
 L452R. Perubahan leukin-ke-arginin pada kedudukan 452 menghasilkan pertalian protein pepaku yang lebih besar untuk reseptor ACE2 dan keupayaan pengiktirafan sistem imun yang lebih rendah. Perubahan ini tidak unik untuk varian tereebut apabila dipertimbangkan secara individu; sebaliknya, kehadiran mereka adalah secara serentak.
 P681R. Penggantian prolin-ke-arginin pada kedudukan 681 dapat meningkatkan kebolehjangkitan tahap sel varian “dengan memungkinkan pembelahan protein prekursor S ke konfigurasi S1/S2 aktif,” menurut William A. Haseltine.

Tiada mutasi E484Q dalam genom B.1.617.2.

 Varian “Delta plus” 
Varian Delta dengan mutasi K417N telah dikenali sebagai “Delta plus” atau “varian Nepal” kerana berkaitan dengan keturunan AY.1 dan AY.2. Terdapat mutasi K417N seperti dalam varian Beta. Penggantian lisin-ke-asparagin berlaku di kedudukan 417.

Varian AY.3 menyumbang kira-kira 21 peratus kes di Amerika Syarikat pada 15 Julai 2021.

 Gejala 

Terdapat kemungkinan bahawa gejala yang paling lazim telah berubah daripada yang secara tradisional dikaitkan dengan COVID-19 asal. Individu yang dijangkiti mungkin tersilap dengan gejala demam teruk dan gagal menyedari bahawa mereka perlu mengasingkan diri. Sakit kepala, sakit tekak, hidung berair, dan demam semuanya dicatat sebagai gejala biasa. Satu kajian mendapati bahawa sakit kepala, sakit tekak, dan hidung berair adalah gejala yang paling sering dilaporkan di United Kingdom, di mana varian Delta menyumbang 91 peratus kes baharu.

 Pencegahan 

+Rumusan perlindungan vaksin terhadap varian Delta
	Penyakit atau jangkitan
	Keterukan: perlindungan kekalBergejala: kemungkinan perlindungan berkurang	Penyakit teruk
	: AstraZeneca-Vaxzevria(1), Pfizer-BioNTech(1)	Penyakit bergejala
	 ke : Pfizer-BioNTech(3) : Covaxin(1) : AstraZeneca-Vaxzevria(2)	Jangkitan
	: AstraZeneca-Vaxzevria(1), Pfizer-BioNTech(1)	
	Kesan terhadap peneutralan (divaksin sepenuhnya)	: Johnson(1) : Anhui-ZIFIVAX(1), AstraZeneca-Vaxzevria(2), Covaxin(1), Moderna(2), Covishield(1)  ke : Pfizer-BioNTech(6)  ke : CoronaVac(2)	

Walaupun WHO belum memberikan cadangan pencegahan khusus untuk varian Delta, pendekatan bukan farmaseutikal yang ditunjukkan untuk mengelakkan COVID-19 jenis agresif tetap berkesan. Ini termasuk mencuci tangan, memakai pelitup muka, menjaga jarak yang selamat dari orang lain, menghindari menyentuh mulut, hidung, atau mata, mengelakkan tempat tertutup yang sesak dengan pengudaraan yang teruk, terutama ketika bercakap, menjalani saringan jika bergejala, dan mengasingkan diri jika tidak sihat. Pegawai kesihatan awam harus terus menggunakan ujian untuk mencari individu yang dijangkiti, mengesan kontak rapat mereka, dan mengasingkan mereka yang telah disahkan positif atau terdedah. Sebarang risiko besar perhimpunan besar-besaran harus dinilai, dan rancangan yang dikembangkan untuk mengurangkan risiko ini.

ICMR mendapati bahawa sera pesakit COVID-19 dan penerima vaksin BBV152 (Covaxin) Bharat Biotech dapat meneutralkan varian di bawah siasatan B.1.617, walaupun dengan keberkesanan yang lebih rendah.

Menurut Anurag Agrawal, pengarah Institut Genomik dan Biologi Integratif (IGIB), kajian mengenai keberkesanan vaksin semasa pada garisan keturunan B.1.617 menunjukkan bahawa jangkitan adalah lebih ringan selepas vaksinasi.

Ketua Penasihat Perubatan kepada Presiden Amerika Syarikat, Anthony Fauci, juga telah menyatakan keyakinan beliau terhadap penemuan awal. Beliau berkata dalam satu wawancara pada 28 April bahawa: 

Sera yang divaksinasi Covishield (vaksin Oxford–AstraZeneca) menawarkan perlindungan terhadap keturunan B.1.617, menurut kajian yang dilakukan oleh Pusat Biologi Sel dan Molekul (CCMB) di Hyderabad.

Menurut penyelidikan yang dijalankan oleh Public Health England, mereka yang diberi vaksin Pfizer–BioNTech atau Oxford-AstraZeneca mempunyai 33 peratus lebih sedikit kes jangkitan bergejala yang disebabkan oleh varian setelah dos pertama. Jika dibandingkan dengan mereka yang tidak diberi vaksin, 88 peratus lebih sedikit pesakit bergejala dari varian Delta dua minggu setelah mendapat dos kedua vaksin Pfizer-BioNTech. Jika dibandingkan dengan individu yang tidak dilindungi, 60 peratus lebih sedikit pesakit bergejala dari varian Delta dua minggu setelah mendapat dos kedua vaksin AstraZeneca-Oxford.

Individu yang divaksin sepenuhnya dengan vaksin Pfizer-BioNTech berkemungkinan mempunyai tahap antibodi peneutralan lebih daripada lima kali lebih rendah terhadap varian Delta daripada strain COVID-19 yang asal, menurut satu kajian yang diterbitkan di The Lancet oleh sekumpulan penyelidik dari Francis  Institut Crick.

Pada bulan Jun 2021, Public Health England mendedahkan hasil penyelidikan yang mendapati vaksin Pfizer-BioNTech dan vaksin AstraZeneca adalah 96 peratus dan 92 peratus berkesan untuk mencegah kemasukan ke hospital dari varian Delta setelah menerima dua dos.

Para penyelidik dari universiti-universiti di Toronto dan Ottawa di Ontario, Kanada, menerbitkan sebuah makalah pra cetak pada 3 Julai yang menunjukkan bahawa vaksin Moderna dapat mencegah kematian atau kemasukan ke hospital disebabkan oleh varian Delta.

Dalam sebuah kajian yang diterbitkan pada bulan Julai 2021 oleh University of Sri Jayewardenepura, didapati bahawa vaksin Sinopharm BBIBP-CorV menyebabkan penukaran serok pada 95 peratus mereka yang telah menerima kedua-dua dos vaksin tersebut.  Kadarnya sedikit lebih rendah pada kumpulan umur lebih 60 tahun (93.3 peratus), tetapi jauh lebih tinggi pada kumpulan umur 20 hingga 39 (98.9 peratus). Antibodi peneutralan ditemukan pada 81.25 peratus daripada mereka yang telah divaksinasi.

Penyelidik dari Public Health England menerbitkan kajian pada 21 Julai yang mendapati vaksin Pfizer berkesan 93.7 peratus selepas dua dos terhadap varian Delta, tetapi vaksin Astrazeneca hanya 67 peratus berkesan.

 Rawatan 

Bamlanivimab mungkin tidak berkesan terhadap varian Delta sendiri, menurut ujian in vitro. Casirivimab, etesevimab, dan imdevimab nampaknya berkhasiat pada kepekatan yang cukup tinggi. Sotrovimab juga mungkin berkesan terhadap Delta, menurut kajian pra cetak. Oksigen, remdesivir, dan kortikosteroid tambahan telah digunakan pada lebih banyak pesakit varian Delta di Singapura daripada varian sebelumnya.

 Epidemiologi 
+Rumusan impak terhadap varian Delta*(Kemas kini WHO, 20 Julai 2021)
	Penularan
	Meningkatkan penularan dan kadar serangan sekunder	Virulensi**
	Meningkatkan risiko kemasukan ke hospital	Jangkitan semula
	Mengurangkan aktiviti peneutralan	Diagnostik
	Tiada impak yang dilaporkan 	* ** 

 Penularan 
Menurut pakar UK, varian Delta 40 hingga 60 peratus lebih mudah menular berbanding varian Alpha yang sebelumnya dominan, yang pada mulanya ditemui di UK (dikenali sebagai varian Kent). Memandangkan varian Alpha sudah 150 peratus dapat menular berbanding dengan strain Wuhan yang asal, dan jika Delta 150 peratus dapat menular berbanding dengan Alpha, Delta mungkin dapat menular 225 peratus berbanding dengan strain yang asli. BBC melaporkan bahawa nilai tahap kebolehjangkitan sesuatu virus, iaitu berapa ramai individu yang boleh dijangkiti oleh satu kes positifuntuk virus Wuhan yang asal adalah antara 2.4 hingga 2.6, untuk Alpha 4 hingga 5, dan untuk Delta 5 hingga 9. Ini dapat dibandingkan dengan MERS (0.29 hingga 0.80), influenza bermusim (1.2 hingga 1.4), Ebola (1.4 hingga 1.8), selesema biasa (2 hingga 3), SARS (2 hingga 4), cacar (3.5 hingga 6), dan cacar air (10 hingga 12). Bahkan individu yang telah diberi vaksin rentan terhadap varian Delta kerana kadar penularan virus yang tinggi.

Menurut kajian yang diterbitkan dalam talian oleh Pusat Pengawalan dan Pencegahan Penyakit Provinsi Guangdong, individu yang dijangkiti varian Delta memiliki 1,000 kali lebih banyak salinan virus di saluran pernafasan mereka berbanding mereka yang dijangkiti varian Wuhan, dan mengambil purata masa empat hari untuk orang yang dijangkiti varian Delta dapat dikesan.

Menurut data pengawasan dari Amerika Syarikat, Jerman, dan Belanda, varian Delta membiak dengan faktor empat setiap dua minggu jika dibandingkan dengan varian Alpha.

Varian Delta telah menjadi strain jangkitan yang dominan pada bulan Julai 2021 di India, United Kingdom, Portugal, Rusia, Mexico, Australia, Indonesia, Afrika Selatan, Jerman, Luxembourg, Amerika Syarikat, Belanda, Denmark, Perancis dan mungkin di beberapa negara lain. Biasanya terdapat selang tiga minggu antara kes dan pelaporan varian.  Pada 20 Julai, varian ini telah menular ke 124 negara, dan WHO telah memberi amaran bahawa varian ini akan menjadi strain yang dominan.

Selepas minggu ke-28 tahun 2021, virus masih dapat menular dengan cepat di Belanda, dengan lebih dari 93.4 peratus penderma darah disahkan positif untuk antibodi SARS-CoV-2. Ramai individu belum lagi divaksin sepenuhnya di negara tersebut.

 Virulensi 
Penyelidik dari Pusat Nasional Penyakit Berjangkit Singapura menerbitkan laporan pada 7 Jun 2021, yang mendakwa bahawa pesakit yang disahkan positif varian Delta lebih cenderung mengalami radang paru-paru dan/atau memerlukan bantuan oksigen berbanding pesakit yang positif varian Alpha.

Pada 11 Jun, Public Health England mengeluarkan sebuah penelitian yang mengungkapkan bahawa varian Delta mempunyai risiko kemasukan ke hospital jauh lebih tinggi berbanding varian Alpha. Penyelidik Kesihatan Awam Scotland mendapati pada 14 Jun bahawa risiko pesakit dimasukkan ke hospital akibat varian Delta kira-kira dua kali ganda lebih tinggi berbanding varian Alpha.

Pada 9 Julai, Public Health England melaporkan bahawa varian Delta mempunyai kadar kematian sebanyak 0.2 peratus di England sementara varian Alpha mencatatkan kadar kematian 1.9 peratus. Walaupun laporan tersebut memperingatkan bahawa kadar kematian tidak dapat dibandingkan di antara varian  kerana ianya memuncak pada titik yang berbeza dalam pandemik. Oleh itu, ianya berbeza dalam tekanan latar belakang hospital, ketersediaan vaksinasi, dan faktor lain. Jurucakap Kesihatan Awam England, James McCreadie, berkata bahawa ianya masih terlalu awal untuk membandingkan nisbah kematian kes dengan varian lain.

Jika dibandingkan dengan strain SARS-CoV-2 lain yang bukan varian yang membimbangkan (VOC), varian Delta mempunyai risiko kemasukan ke hospital 120 peratus, risiko kemasukan ke unit rawatan rapi (ICU) 287 peratus, dan risiko kematian 137 peratus lebih tinggi, menurut kajian pra cetak yang diterbitkan pada 12 Julai oleh ahli epidemiologi  di Universiti Toronto di Kanada.

 Statistik 
Setakat 22 Jun 2021, lebih daripada 4,500 turutan jujukan genom varian telah ditemui di 78 negara. Berikut adalah jumlah turutan yang dilaporkan di negara-negara di mana pengesanan telah dijumpai:

 Jumlah kes mengikut negara Negara/Kawasan Kes yang disahkan varian Delta:(PANGOLIN) setakat 3 Ogos Kes yang disahkan(GISAID) setakat 4 Ogos Kes (sumber-sumber lain)setakat 6 Ogos 2021 Pengesanan pertama   175,569  194,790  324,192   22 Februari 2021    31,857  36,908  82.2% kes varian   23 Februari 2021   -  -  (20,200 kes aktif COVID-19) Tidak diketahui berapa jumlahnya Delta.  19 April 2021   13,305  15,891    5 Oktober 2020   13,426  14,997   8 Mac.2021   1,182  4,098  9,843  15 Mac 2021   533  861  1,583 L452R: 7,143  28 Mac 2021   6,634  6,733   1 Mac 2021   4,585  5,117   2 April 2021   4,003  4,542   22 April 2021   3,948  4,099   21 Februari 2021   3,385  3,458   25 Mac 2021   3,004  3,177   5 April 2021   2,873  4,579   26 Mac 2021   4,404  4,491   6 April 2021   1,629  1,952  4  30 April 2021   1,559  2,079   5 April 2021   2,706  2,793   26 Februari 2021   1,879  1,975    26 Februari 2021   1,456  1,594  16 21 April 2021   961  1,222   3 April 2021   1,777  2,081   29 Mac 2021   1,690  1,801  41 16 April 2021   907  1,698  332  16 Mac 2021   776  776  5  28 April 2021   939  1,360    17 April 2021   347  764  1  15 April 2021   -  239  2  28 April 2021   43  255  9 28 April 2021   -  180   19 April 2021    -  228  5  3 Mei 2021   1,199  1,200  60  18 Mac 2021   82  316  16  26 April 2021   94  188  2  24 April 2021    -  134  9  28 April 2021    51  780   15 April 2021   -  217   24 April 2021     -  116    5 April 2021    -  94   9 Mac 2021     -  27   14 Januari 2021     -  10   22 April 2021    -  488   26 Mac 2021    -  5   21 April 2021    -  409   24 April 2021     -  17   23 Mac 2021    -  5   10 Mac 2021    -  1  2  24 April 2021    -  2  23 Mei 2021    -  22   19 Mac 2021    -  6  6  April 2021    -  54   16 April 2021    -  115   5 April 2021    -  32   23 April 2021    -  -  4  19 Mei 2021    -  -  (angka tidak dilaporkan)     -  11  3  11 Mei 2021    -  478  5  Mei 2021   -  -  (angka tidak dilaporkan)     -  88   10 April 2021    -  15  1  Mei 2021    -  -  1  April 2021    -  95    26 April 2021     -  32    4 Mei 2021   -  234    20 April 2021    -  66  1  30 April 2021    -  134  1  26 Mac 2021    -  13  450 11 Mei 2021    -  -  (angka tidak dilaporkan)     54  113  12  18 April 2021    -  129  465 SP identifica primeiro caso de variante do coronavírus em passageiro vindo da Índia 26/05/2021 g1.globo.com, accessed 26 Mei 2021Covid-19: Maranhão registra primeiros casos da variante indiana 21 Mei 2021 pebmed.com.br, accessed 26 Mei 2021  20 Mei 2021Coronavírus: Primeiro caso da variante indiana é confirmado no Paraná, diz Sesa (tr. "Coronavirus: First case of the Indian variant is confirmed in Paraná, says Sesa ") 02/06/2021 g1.globo.com, accessed 3 Jun 2021Variante delta do coronavírus é identificada e tem transmissão comunitária em Goiânia g1.globo.com, accessed 23 Jun 2021 https://www.correiodopovo.com.br/not%C3%ADcias/geral/casos-da-variante-delta-podem-estar-subnotificados-no-brasil-1.669503    -  1    26 April 2021    -  17    20 April 2021    -  28    16 Mei 2021    -  121  1  17 Jun 2021    -  372   11 Jun 2021    -  34   15 Mei 2021    -  16    30 April 2021    -  158   15 Jun 2021    -  5    1 Jun 2021    -  6    24 Mei 2021    -  119    5 Jun 2021    -  19    15 Mei 2021    -  63    23 Jun 2021    -  28    6 Mei 2021    -  2    10 Jun 2021    -  5    8 Mei 2021    -  28    13 Jun 2021    -  3    14 Jun 2021   -  122    5 April 2021   -  1    20 April 2021   -  11    13 Julai 2021   -  1    14 Julai 2021   -  28    26 Julai 2021   -  5    13 Julai 2021   -  3    31 Mei 2021   -  1    3 Julai 2021   -  13    7 Julai 2021   -  21    1 Julai 2021   -  18    20 Julai 2021   -  80    12 Julai 2021   -  3    22 Julai 2021   -  2    2 Mei 2021   -  22    27 Mei 2021   -  28    3 Julai 2021   -  7    Jun 2021   -  11    6 Julai 2021   -  16    Jun 2021   -  7    11 Julai 2021   -  8    17 Mei 2021   -  6    8 Julai 2021   -  5    6 Julai 2021  Daerah Södermanland, Sweden  -  1    7 Julai 2021   -  4    7 Jun 2021   -  1    21 Mei 2021   -  2    23 Jun 2021   -  3    24 Jun 2021  Daerah Västra Götaland, Sweden  -  86    19 Julai 2021   -  82    29 Mei 2021Dunia (118 negara)   Jumlah: 287,586(hanya B.1.617.2)  Jumlah: 331,321(B.1.617.2+AY.1+AY.2+AY.3)  Jumlah: 336,619  
 Lihat juga 

Varian Alpha SARS-CoV-2
Varian Beta SARS-CoV-2
Varian Gamma SARS-CoV-2
Varian Theta SARS-CoV-2
Varian Iota SARS-CoV-2
Varian Kappa SARS-CoV-2

 Rujukan 

Pautan luar
 Public Health England: Variants of concern or under investigation, B.1.617

Kategori:Varian SARS-CoV-2
Kategori:Pandemik COVID-19 di India