Биомолекулын олон төлөвт загварчлал

Биомолекулын олон төлөвт загварчлал гэдэг нь биологийн молекулууд байдлыг тооцоолох, төсөөлөх эсвэл олон тооны боломжит функциональ хүлээн авах боломжтой цогцолборуудын ашигладаг цуврал техникийг хэлдэг.

Биологийн дохиоллын систем нь ихэвчлэн харилцан нийцтэй функциональ ач холбогдолтой хэд хэдэн өөрчлөлтийг хийх боломжтой биологийн макромолекулуудын цогцолбор дээр тулгуурладаг. Ингэж л тэдгээр маш олон тооны функциональ өөр өөр мужуудад байдаг байна. Олон төлөвт системийг загварчлах нь хоёр асуудал үүсгэдэг: Олон төлөвт системийг хэрхэн тодорхойлох, тодорхойлох асуудал ("тодорхойлолтын асуудал") болон системийн явцыг цаг хугацааны явцад загварчлахад компьютерийг хэрхэн ашиглах тухай асуудал ( "тооцооллын асуудал"). Тодорхой асуудлыг шийдвэрлэхийн тулд загвар зохиогчид  сүүлийн жилүүдэд бүл боломжтой хэсгүүдийг тодорхойлохоос татгалзаж, κ -тооцоо,  BioNetGen,   . Faeder JR, Blinov ML, Goldstein B, Hlavacek WS (2005). "Rule-Based Modeling of Biochemical Networks". Complexity. 10 (4): 22–41. Bibcode:2005Cmplx..10d..22F. doi:10.1002/cplx.20074. S2CID 9307441.   Allosteric Network Compiler  болон бусад  зэрэг далд загварын тодорхойлолтыг зөвшөөрдөг дүрэмд суурилсан загварчлал руу шилжсэн. Тооцооллын асуудлыг шийдвэрлэхийн тулд  энгийн дифференциал тэгшитгэл, хэсэгчилсэн дифференциал тэгшитгэл эсвэл Гиллеспи стохастик симуляцийн алгоритм дээр суурилсан популяцид аргуудаас илүү үр дүнтэй болох нь олон тохиолдолд батлагдсан тул тоосонцор дээр суурилсан аргууд руу шилжсэн.  Hogg, J. S., Harris, L. A., Stover, L. J., Nair, N. S., & Faeder, J. R. (2013). Exact hybrid particle/population simulation of rule-based models of biochemical systems. arXiv preprint arXiv:1301.6854. Одоогийн тооцооллын технологийг харгалзвал бөөмс дээр суурилсан аргууд нь заримдаа цорын ганц боломжит хувилбар юм. Бөөмд суурилсан симуляторуудыг хоёр ангилалд хуваадаг: StochSim,  DYNSTOC,  RuleMonkey,   болон NFSim  зэрэг орон зайн бус симуляторууд,  Meredys,  зэрэг орон зайн симуляторууд. Tolle DP, Le Novère N (March 2010). "Meredys, a multi-compartment reaction-diffusion simulator using multistate realistic molecular complexes". BMC Systems Biology. 4: 24. doi:10.1186/1752-0509-4-24. PMC 2848630. PMID 20233406. SRSim   болон MCell.  Stiles JR, Bartol TM (2001). Computational Neuroscience: Realistic Modeling for Experimentalists. In: De Schutter, E (ed). Computational Neuroscience: Realistic Modeling for Experimentalists. CRC Press, Boca Raton.  Тиймээс загвар зохиогчид тухайн асуудлаас хамаарч янз бүрийн хэрэгслүүдээс хамгийн сайн сонголтыг сонгох боломжтой. Илүү хурдан бөгөөд илүү хүчирхэг аргуудыг хөгжүүлэх ажил үргэлжилж байгаа бөгөөд энэ нь ирээдүйд улам бүр хэцүү дохиоллын процессыг дуурайлган хийх боломжтойг батлаж байна.