കുഞ്ഞാലി മരയ്ക്കാർ IV

പതിനാറാം നൂറ്റാണ്ടിലെ പ്രബല ഏഷ്യൻ തീര രാജ്യമായിരുന്ന കോഴിക്കോട് രാജ്യത്തിലെ അവസാന നാവിക മേധാവിയാണ് കുഞ്ഞാലി മരക്കാർ നാലാമൻ എന്ന പേരിൽ വിഖ്യാതനായ മുഹമ്മദ് അലി മരക്കാർ. ചീന മുതൽ യൂറോപ്പ് വരെ വീരഗാഥകൾ പ്രചരിപ്പിക്കപ്പെട്ടു പോന്നിരുന്ന ഈ യോദ്ധാവ് ‘എതിർത്ത് തോൽപ്പിക്കാനാവാത്ത വ്യാഘ്രം’ എന്ന വിശേഷ നാമത്താൽ ശത്രുക്കളാൽ പോലും പുകഴ്ത്തപ്പെട്ടവനാണ്.ppmk parappil.history of calicut muslim’s,(2nd ed) focus publications,p.92

മുൻഗാമിയാൽ അധികാര ചെങ്കോൽ കൈമാറപ്പെട്ടു, സ്വന്തം രാജാവിനാൽ ചതിക്കപ്പെട്ടു വീരമൃതുവിനിരയായി എന്നിവ മുഹമ്മദ് അലി മരക്കാരെ മറ്റു കുഞ്ഞാലിമാരിൽ നിന്നും വ്യത്യസ്തനാക്കുന്നു. പോർച്ചുഗീസ് തടവറയിലെ കൊടും പീഡനങ്ങളെ അതിജയിച്ചതും, അതിക്രൂരമായ രക്തസാക്ഷിത്വവും കുഞ്ഞാലി നാലാമനെ ചരിത്രത്തിലെ ചെന്താരകമായി കത്തിജ്വലിപ്പിക്കുന്നു. Sreedhara Menon A., Kerala History and its makers, Madras (1990) Pp.110- 111

ജീവരേഖ  
കോഴിക്കോട് രാജ്യത്തെ അകലാപുഴ തീരത്തെ കുഞ്ഞാലി കോട്ടയിലായിരുന്നു മുഹമ്മദലി മരക്കാരിന്റെ ജനനമെന്നു വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു. പതിവ് സംബ്രദായമനുസരിച്ചു മതപഠനവും ആയുധാഭ്യാസവും പൂർത്തിയാക്കി മരയ്ക്കാർ പടയിൽ അംഗമായി. കടൽ യുദ്ധമുറകളിൽ അസാമാന്യ പ്രാവീണ്യം നേടിയ ‘മുഹമ്മദ് അലി മരക്കാർ’ ശൈഖ് മാമുക്കോയ, അസീസ് മഖ്ദൂം, ഖാളി മുഹമ്മദ്, എന്നിവരിലൂടെ കാദിരിയ്യഃ ഥരീഖയിൽ പ്രവേശിച്ചു അദ്ധ്യാത്മ മേഘലകളിലും പ്രാവീണ്യം നേടി. മാതുലനും മൂന്നാം കുഞ്ഞാലിയുമായ പട മരയ്ക്കാർക്കൊപ്പം നിരവധി യുദ്ധങ്ങളിൽ സജീവ സാന്നിധ്യമായ ഈ യുവാവ് പെട്ടെന്ന് തന്നെ ക്യാപ്റ്റൻ സ്ഥാനത്തേക്ക് ഉയർന്നു. കുശാഗ്ര ബുദ്ധിയും, ദീർഘവീക്ഷണവും, അപാര ധൈര്യവും, തന്ത്രങ്ങളുടെ മികവും മുഹമ്മദ് അലി മരയ്ക്കാരെ സഹ സേനാധിപതി സ്ഥാനത്തേക്ക് കൊണ്ട് ചെന്നെത്തിച്ചു. ചൗൾ ഉപരോധത്തിൽ കാട്ടിയ ധീരത ബീജാപൂർ സുൽത്താൻറെ പ്രശംസ നേടുവാൻ പോലും പര്യാപ്തമായി. ഗറില്ലാ പോരാട്ട രീതിയിലൂടെ പറങ്കികൾക്ക് കനത്ത നഷ്ടം വരുത്തി Panikkar, K.M., Malabar and the Portuguese, Bombay, 1929, p.159. ഏദൻ കടലിടുക്കിലും, ഹോർമോസിലും, ബംഗാൾ ഉൽകടലിലും, അറബി കടലിലും പോർച്ചുഗീസ് സാമ്രാജ്യത്വത്തിനെതിരെ നിരവധി യുദ്ധവിജയങ്ങൾ നേടാൻ കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമനും, കുട്ടി മൂസയ്ക്കും താങ്ങും തണലുമായി വർത്തിക്കാൻ മുഹമ്മദ് അലി മരയ്ക്കാറിനായി. P.V. Muhammed, Ariyappedatha Kunjali Marakkar, Kunjali Marakkar Smaraka Vedi , Kottakkal  (2015)Dr. K C Vijayaraghavan &km jayasree, kunjali marakkar, chintha publishers  
പന്തലായനിയിൽ അരങ്ങേറിയ മഹായുദ്ധ വിജയത്തിന്  പിറകേ ഒരപകടത്തിൽ പെട്ട് കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻ ശയ്യാവലംബിയായി. സാമൂതിരിയുടെ അനുമതിയോട് കൂടി 1595 -ൽ തൻറെ അനന്തിരവനെ പിൻഗാമിയായി പ്രഖ്യാപിച്ചു. കുഞ്ഞാലി കോട്ടയിൽ ആധ്യാത്മികരുടെ നേതൃത്വത്തിൽ നടന്ന സ്തോത്ര പ്രകീർത്തന സദസ്സിൽ ‘പട്ടു മരയ്ക്കാർ’  മുഹമ്മദ് അലി മരക്കാറിന് തൻറെ ഉടവാൾ കൈമാറി. തുടർന്ന് രാജാവിനെ സന്ദർശിച്ചു പട്ടും വളയും കൈമാറി. അധികാര ചിഹ്നമായ തലപ്പാവ്  അണിയിക്കപ്പെട്ടതോടെ ‘മുഹമ്മദ് അലി മരയ്ക്കാർ’ നാലാം കുഞ്ഞാലിയായി അധികാരസ്ഥനായി.

കർമ്മരംഗം 
പദവി കൈമാറ്റത്തിന് ശേഷം ഏറെ നാൾ കഴിയും മുൻപേ കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻ മരണപ്പെട്ടു. പട്ടു മരക്കാരുടെ വിയോഗാനന്തരം മുഹമ്മദ് അലി മരക്കാർ കോട്ടക്കൽ പുതുപട്ടണം കോട്ടയുടെയും, കോഴിക്കോട്  നാവികസേനയുടെയും അധിപനായി അവരോധിതിതനായി. murkot ramunny, Perpetuating the memory of kunhali marakkars, India's Naval Traditions: The Role of Kunhali Marakkars p 57 സുരക്ഷയ്ക്ക് ഊന്നൽ കൊടുത്ത് കൊണ്ട് കോട്ട ബലപ്പെടുത്താനുള്ള നടപടികളാണ് മുഹമ്മദ് അലി മരക്കാർ ആദ്യം കൈകൊണ്ടത്. ചുറ്റും വലിയ ആഴത്തിൽ കിടങ്ങുകൾ കുഴിച്ചു, കോട്ട മതിൽ കൂടുതൽ ബലപ്പെടുത്തി സുരക്ഷിതമാക്കി, കോട്ടയുടെ കര ഭാഗത്ത് ഏഴടി വീതിയിൽ ഇരട്ട മതിലുകൾ പണിത് ആഴത്തിൽ തോട് കീറി പുഴയിലേക്ക് ബന്ധിപ്പിച്ചു, നിശ്ചിത ദൂരത്തിൽ ഗോപുരങ്ങൾ പണിതു പീരങ്കികൾ സ്ഥാപിച്ചു, നദികളിൽ ബലവത്തായ വേലികളും, അഴിമുഖത്ത് മതിലുകളും പണിതു പീരങ്കികൾ സ്ഥാപിച്ചു കൊത്തളങ്ങൾ തീർത്തു. Teotonio R. De Souza, Essays in Goan History,concept publishing p 32 നിലവിലുണ്ടായിരുന്ന പീരങ്കികൾക്ക് പുറമെ വലിയ തോക്കുകളും, മഞ്ചനീക്കുകളും ചുറ്റോടും സ്ഥാപിച്ചും, കോട്ടയ്ക്കുള്ളിൽ നിന്നും കടലിലേക്ക് പുതിയ ചാലുകൾ കീറിയും  സുരക്ഷാ സംവിധാനങ്ങൾ അദ്ദേഹം മെച്ചപ്പെടുത്തി. പുതിയ ആയുധങ്ങളും, കപ്പലുകളും, വെടിമരുന്ന് ശേഖരങ്ങളും തയ്യാർ ചെയ്തു ആയുധ ശക്തിയും ബലപ്പെടുത്തി. Diogo de Couto,Da Asia, DecadaXI, pp.185-86
തുടർന്ന് കേളി രംഗമായ കടലിലേക്കിറങ്ങി മുൻഗാമികളെ  വെല്ലുന്ന വിജയങ്ങൾ നേടി പോരാട്ട വീര്യത്തിൻറെ പുതിയൊരു മുഖം പശ്ചിമ തീരത്ത് കുറിച്ചു.  മരക്കാരുടെ പ്രശസ്തിയും പോരാട്ട വീര്യവും പറങ്കികളെ തളർത്തി. ‘പ്രതിരോധമാണ് ഏറ്റവും വലിയ പ്രത്യാക്രണമെന്നതാണ്’ കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻറെ സിദ്ധാതമെങ്കിൽ ‘പ്രത്യാക്രമണമാണ് ഏറ്റവും വലിയ പ്രതിരോധം’ എന്ന നിലപാടായിരുന്നു കുഞ്ഞാലി നാലാമൻറെത്. 
ഈയൊരു നിലപാട് ദേശാതിരുകൾക്കപ്പുറത്തേക്ക് പോരാട്ടം വ്യാപിപ്പിച്ചു ചെന്നെത്താൻ കഴിയുന്ന എവിടെ ചെന്നും പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യത്തെ ആക്രമിക്കാൻ മരക്കാർ നാലാമനെ പ്രേരിതമാക്കി.mgs,kozhikod charithratthil ninnum chila edukal, mathrubhoomi books( 2011) p 79

ഉള്ളാൾ രാജ്ഞിയുടെ അഭ്യർത്ഥന മാനിച്ചു കൊണ്ട് ഉള്ളാൾ രാജ്യം ആക്രമിക്കാൻ വന്ന പറങ്കി കപ്പലുകളെ നിരം പരിശാക്കിയ മുഹമ്മദ് അലി മരക്കാർ   ദക്ഷിണ ചൈനാക്കടലിലും, മലാക്കാ കടലിടുക്കിലും അരങ്ങേറിയ  പോരാട്ടങ്ങളിൽ പോർച്ചുഗീസുകാരെ പരാജയപ്പെടുത്തി കപ്പലുകൾ പിടിച്ചെടുത്തു. തുടർന്നുണ്ടായ നിരവധി യുദ്ധങ്ങളിലൂടെ പറങ്കികൾക്ക് കനത്ത നാശനഷ്ടം സമ്മാനിക്കാൻ ഈ സേനാധിപനായി. ‘പോർച്ചുഗീസ് സാമ്രാജ്യം അഭിമുഖീകരിച്ച ഏറ്റവും വലിയ ശത്രു’ എന്നാണ് മുഹമ്മദ് അലി മരക്കാരെ പോർച്ചുഗീസ് ചരിത്രകാരൻമാർ രേഖപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നത്. Decauto mention in Decades of Asia (da asia tom 4)That ‘mahomet kunhali marakkar who proved himself the most active and enterprising enemy the Portuguese had yet met in índio’   പോരാട്ട വീര്യത്തിൽ അതികേമനായതോടെ ചൈനയിലും, യൂറോപ്പിലും, പേർഷ്യയിലും, അറബ് നാടുകളിലും, കിഴക്കൻ ഏഷ്യയിലും പ്രചരിച്ച വാമൊഴികളിലൂടെ വീരപരിവേഷമുള്ള പോരാളിയായി കുഞ്ഞാലി നാലാമൻ വിശ്രുതനായി. ഗുഡ്ഹോപ് മുനമ്പ് മുതൽ ചൈന വരെ മുഹമ്മദ് അലി മരക്കാരിന്റെ വീരഗാഥകൾ പ്രചരിച്ചു. കുഞ്ഞാലിയെ നിന്ദിച്ചു തൂലിക ചലിപ്പിച്ച യൂറോപ്യൻ സഞ്ചാരികളുടെ  ലിഖിതങ്ങളിൽ  പോലും ഈ വസ്തുത  തെളിഞ്ഞു കാണാം. കുഞ്ഞാലിയുടെ തട്ടകം സന്ദർശിച്ച യൂറോപ്യൻ സഞ്ചാരി അതിപ്രകാരം സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തുന്നു: ‘ഭീകരനായ കുഞ്ഞാലി (നാലാമൻ) തൻറെ എതിരാളിയെ ഒരൊറ്റ വെട്ടിനു വാളടക്കം രണ്ടു കഷ്ണങ്ങളാക്കി മാറ്റിയതും, (ഉയർന്നു മറിഞ്ഞു) ശത്രു കപ്പലിൽ കയറി ഒരേ ഒരു വെട്ടിനാൽ പായ്മരം ഇരു പകുതികളാക്കി മാറ്റിയതടക്കമുള്ള വീര ചരിതങ്ങൾ ചൈനയിൽ വെച്ച് ഞാൻ കേട്ടിരുന്നു, കേട്ടതിൽ അവിശ്വസിക്കാനായി ഒന്നും തന്നെയില്ല’ The voyage of pyrard de laval vol 1,pp 351-52  

അറബ് സൈന്യങ്ങളുടെ ശക്തമായ തിരിച്ചടികളും, ലന്തക്കാരുടെ പടയോട്ടങ്ങളും അന്താരാഷ്ട്ര തലത്തിൽ പോർച്ചുഗീസ് ശക്തിയെ തളർത്തിയിരുന്നു. ഇന്ത്യൻ തീരങ്ങളിലാവട്ടെ നൂറ്റാണ്ട് നീണ്ട കുഞ്ഞാലിമാരുടെ പോരാട്ടങ്ങൾ ഗോവയിൽ മാത്രമായി പോർച്ചുഗീസ് ശക്തിയെ തളച്ചിട്ടു, ഗോവ കേന്ദ്രീകരിച്ചു ഇന്ത്യൻ മഹാസമുദ്രത്തിലും കൊച്ചി കേന്ദ്രീകരിച്ചു അറബി കടലിലും മാത്രമായി ഒതുങ്ങി പോയി പറങ്കികളുടെ വിളയാട്ടങ്ങൾ. Raja P.K.S. Medieval Kerala, Calicut (1966) P. 141 കുഞ്ഞാലിമാരുടെ ശക്തമായ ഇടപെടലുകൾ കാരണം ഈ രണ്ട് സമുദ്രങ്ങളും കൈപ്പിടിയിലാക്കുക എന്നത് പോർച്ചുഗീസ് സാമ്രാജ്യത്തിനു അസാധ്യമായി. ഇതോടെ എന്ത് വില നൽകിയും സാമൂതിരിയുമായി സന്ധി ചെയ്യുക എന്ന പതിവ് രീതിയിലേക്ക് പോർച്ചുഗീസ് വൈസ്രോയി ചെന്നെത്തി. 

എന്നാൽ അത്തരമൊരു സന്ധി രൂപപ്പെടുത്തുക പ്രയാസമായിരുന്നു, നൂറ്റാണ്ടുകൾക്കിടയിൽ സാമൂതിരിമാരും പോർച്ചുഗീസ് സാമ്രാജ്യവും ഇണങ്ങിയും പിണങ്ങിയും തന്നെയായിരുന്നു മുന്നോട്ട് ഗമിച്ചിരുന്നത്. സാമൂതിരിമാരിൽ പോർച്ചുഗീസ് വിരുദ്ധ മനസ്ഥിതി പുലർത്തുന്നവരും അനുകൂലമായി വർത്തിച്ചവരും നിരവധിയുണ്ടായിരുന്നു. കുഞ്ഞാലി നാലാമൻറെ തുടക്കകാലത്ത് ഭരിച്ചിരുന്ന സാമൂതിരി രാജൻ പോർച്ചുഗീസുകാരോട് അനുകൂലിയായിരുന്നില്ല, മാത്രമല്ല കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമനോട് അമിതസ്നേഹം കാട്ടിയ ഭരണാധികാരി കൂടിയായിരുന്നു. കിങ്ങ് സെബാസ്റ്റിനു ശേഷം അധികാരസ്ഥനായ പോർച്ചുഗീസ് രാജാവ് ‘ഫിലിപ്സ് രണ്ടാമൻ’ അറബിക്കടലിലെയും, ഇന്ത്യൻ മഹാസമുദ്രത്തിലെയും സംഭവ വികാസങ്ങൾ സക്സൂഷ്മമായി വിലയിരുത്തി, കുഞ്ഞാലിമാർ ഇല്ലാതായാൽ മാത്രമേ ഇവിടങ്ങളിൽ പോർച്ചുഗീസ് ആധിപത്യം സ്ഥാപിക്കാനാവുകയുമുള്ളൂ എന്ന യാഥാർഥ്യം ഉൾക്കൊണ്ടു. വൈസ്രോയിക്ക് ഇക്കാര്യങ്ങൾ ചൂണ്ടി കാട്ടി പോർച്ചുഗീസ് രാജാവ് എഴുത്തയച്ചു, കുഞ്ഞാലിയെയും സാമൂതിരിയേയും ഭിന്നിപ്പിക്കണമെന്ന് അതിൽ പ്രത്യേകം നിഷ്കർഷിച്ചിരുന്നു. padmanaabha menon kp history of kerala vol 2 newdelhi p 186 Dr.k.k.n kurup. Dr. K.M. Mathew, Native Resistance against the Portuguese: The saga of kunchali marakkars, Calicut university, (2000). P 75

സാമൂതിരി കുഞ്ഞാലിമാരെ ഭിന്നിപ്പിക്കാനുള്ള ശ്രമം കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻറെ കാലത്തെ പോർച്ചുഗീസ് ആരംഭിച്ചിരുന്നു. പ്രത്യേക നയതന്ത്ര പ്രതിനിധികളെ  വൈസ്രോയി ഇതിനായി നിയോഗിച്ചിരുന്നു സാമൂതിരി സദസ്സിൽ പ്രാധ്യാന്യം നേടിയ അന്തോണിയോ പാതിരി  ഇതിൽ പങ്കാളിയായി. ശാലിയും കോട്ട ആക്രമണത്തിന് ശേഷം ‘കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമന്’ നായർ മാടമ്പിക്ക് സമാനമായ അധികാര സ്ഥാനങ്ങൾ സാമൂതിരി നൽകിയിരുന്നു. ഇതിൽ അസംതൃപ്തരായ ആര്യൻ പ്രഭാകർത്തയെ(ആയിരോൻ/ അടിയോടി) പോലുള്ള നായർ മാടമ്പികളും പോർച്ചുഗീസ് ഗൂഡാലോചനകളിൽ പങ്കാളികളായി.O.K. Nambiar, Portuguese Pirates and Indian Seamen,  pp.161-16 ചെറിയ രീതിയിലുള്ള അകൽച്ചകൾ ഉടലെടുത്തുവെങ്കിലും പട്ടു മരക്കാറിൻറെ ഇടപെടലുകൾ  സാമൂതിരിയെ ഇത്തരം കുതന്ത്രങ്ങളിൽ അകപ്പെടുത്താതെ പോർച്ചുഗീസ് സാമ്ര്യാജ്യവുമായുള്ള സഖ്യം അവസാനിപ്പിക്കാൻ പ്രേരിതമാക്കുകയായിരുന്നു. 

വിവിധകാലഘട്ടങ്ങളിൽ കുഞ്ഞാലിമാരെ സാമൂതിരിക്കെതിരെ ചലിപ്പിക്കാനുള്ള ശ്രമങ്ങളും ആവോളം പറങ്കികൾ നടത്തിയിരുന്നെങ്കിലും അവയിലൊന്ന് പോലും വിജയം കണ്ടിരുന്നില്ല. കുഞ്ഞാലി  നാലാമൻറെ തുടക്ക കാലത്തുള്ള സാമൂതിരി നാട് നീങ്ങി. പുതിയതായി അധികാരമേറ്റെടുത്ത രാജൻ ക്ഷിപ്രകോപിയും മദ്യാസക്തനുമായിരുന്നു. ഇതോടെ തൽക്കാലം ഒതുങ്ങി നിന്ന പറങ്കി ചാരന്മാർ തങ്ങളുടെ ആവനാഴിയിലെ അസ്ത്രങ്ങൾ ഓരോന്നായി പുറത്തെടുക്കുവാൻ തുടങ്ങി. 
ഭിന്നത 
1596/97 ഇൽ പോർച്ചുഗീസ് പടക്കപ്പലുകളെ ആക്രമിച്ച കുഞ്ഞാലി നാലാമൻ ചില കപ്പലുകൾ തകർക്കുകയും  പറങ്കികളെ  ബന്ദികളാക്കുകയും, രാജ കൽപ്പനയെ തുടർന്ന് മരക്കാർ കോട്ട ജയിലുകളിൽ അടച്ചിട്ടിരുന്ന ഈ തടവുകാരെ കോവിലകം കാരാഗൃഹത്തിലേക്ക് മാറ്റി പാർപ്പിക്കുകയുമുണ്ടായി. നാളുകൾക്ക് ശേഷം സാമൂതിരി ഇവരെ മുഴുവനായും വിടുതൽ ചെയ്തു. രാജാവുമായി അതിനകം സൗഹൃദം സ്ഥാപിച്ചിരുന്ന തടവുകാരനായിരുന്ന ഒരു പാതിരിയാണ് പിന്നീട് കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെ സാമൂതിരിയെ തിരിച്ചുവിട്ട പ്രധാനികളിൽ ഒരുവൻ. Father acosta’s mission of peace, Tjim,chapter 7 പോർച്ചുഗീസ് അപസർപ്പകന്മാർ വാണിജ്യ കരാറിനായി അരചനെ പ്രേരിപ്പിച്ചു. മുൻകാല ചതികളെയോ വരാവുന്ന പ്രതിസന്ധികളെയോ പറ്റി  ഓർക്കാതെ സാമൂതിരി പറങ്കികളുമായി ഉടമ്പടിക്ക് തയ്യാറായി. പോർച്ചുഗീസുമായുള്ള സഖ്യ-യുദ്ധ തീരുമാനങ്ങൾക്ക് മുൻപ് കുഞ്ഞാലിയുടെ അഭിപ്രായം കൂടി ശ്രവിക്കുക എന്നതായിരുന്നു മുൻകാല സാമൂതിരിമാർ അനുവർത്തിച്ചു പോന്നിരുന്ന നയം ഇത്തവണ അതുണ്ടായില്ല. ഇതോടെ രാജാവ് തൻറെ കാര്യത്തിൽ തൽപരനല്ലെന്ന തോന്നൽ കുഞ്ഞാലിയിൽ ഉടലെടുത്തു.Dr. lbrahim Kunju. A.P. Mappila Muslims of Kerala Trivandrum (1989) P.5 രാജൻറെ പറങ്കികളോടുള്ള വിധേയത്വവും, വിനയവും മരക്കാരെ അസ്വസ്ഥനാക്കി. രാജാഭിപ്രായം തേടാതെ   മുഹമ്മദ് അലി മരയ്ക്കാർ സ്വതന്ത്രമായി പ്രവർത്തിക്കുന്നതിലാണ് ഈ അസ്വാരസ്യങ്ങൾ ചെന്നവസാനിച്ചത്. രാജാവും പടനായകനും വിത്യസ്ത ധ്രുവങ്ങളിലായതോടെ പോർച്ചുഗീസ് പദ്ധതികൾ ഫലം കണ്ടു. K.M. Panikkar, Malabar and the Portuguese, Bombay, 1929 , p. 140 Portuguese Pirates and Indian Seamen, p.l57

ഇതേ സമയം പോർച്ചുഗീസ് സഖ്യ രാഷ്ട്രമായ കൊച്ചി രാജ്യത്ത് ഒരു വിഭാഗം ക്രിസ്ത്യാനികൾ ഉൾപ്പെടയുള്ള ജനങ്ങൾ പരസ്യമായി പോർച്ചുഗീസ് ക്രൂരതകൾക്കെതിരെ രംഗത്ത് വന്നു.Jacob Koollaparambil, The St. Thomas Chrzstians' Revloution in 1653,Kottayarn, (1981) പോർച്ചുഗീസ് മേധാവിത്യത്താൽ കച്ചവട ലാഭം ലഭിക്കാത്ത കൊച്ചി രാജാവ് K.S Mathew : Portugeese Trade with  India in the 16th Century, Pp 185,88 കുഞ്ഞാലി നാലാമനോട് വ്യാപാരത്തിന് സംരക്ഷണം ആവശ്യപ്പെട്ടു. പോർച്ചുഗീസ് പാസ്സ് വാങ്ങാതെ നാലായിരം ക്വിന്റൽ കുരുമുളകും, മരങ്ങളും വഹിച്ച കൊച്ചിയിലെ കപ്പലുകളെ മരക്കാർ പട സുരക്ഷിതമായി ചെങ്കടലിലേക്ക് എത്തിച്ചു നൽകി.Pius Malekandathil,Maritime India: Trade, Religion and Polity in the Indian Ocean,p 137 തങ്ങളുടെ സഖ്യരാജ്യം ശത്രുവിനോടൊപ്പം ചേർന്ന് നടത്തിയ കച്ചവടനീക്കം പറങ്കികളെ അരിശം കൊള്ളിച്ചു, ശത്രുരാജ്യത്തിന് തന്റെ പടനായകൻ കാവൽ നൽകിയത് സാമൂതിരിക്കും ആഘാതമായി.    

സന്ധി രൂപപ്പെട്ടതോടെ പോർച്ചുഗീസ് കപ്പലുകൾ കോഴിക്കോടിൻറെ തുറമുഖങ്ങളിൽ അടുക്കുകയും തിരിച്ചു പോവുകയും പതിവായി. ഇത്തരം യാത്രകൾക്കിടയിൽ ചില അറബ്-മലബാരി കപ്പലുകളെ കൊള്ള ചെയ്യാനും അവർ മുതിർന്നു. പോർച്ചുഗീസ്- കോഴിക്കോട് സഖ്യം സുഗമമായി മുന്നോട്ട് പോകുന്നതിനിടെ മരയ്ക്കാർ പടയിലെ  പ്രത്യേക പരിശീലനം നൽകപ്പെട്ട കൊലയാളി സംഘങ്ങൾ തുറയിലിറങ്ങിയ പോർച്ചുഗീസ് പടയാളികളെ നിരീക്ഷിച്ചു രഹസ്യമായി തേടിപ്പിടിച്ചു കൊലപ്പെടുത്തി. കൊലയും ബലാൽസംഘവും നടത്തിയവരെയാണ് വധിക്കുന്നതെന്നായിരുന്നു കുഞ്ഞാലിയുടെ ന്യായീകരണം.history of calicut muslim’s,(2nd ed),p.90കോഴിക്കോട്-പന്തലായനിയിൽ നിന്നും പുറപ്പെട്ട പോർച്ചുഗീസ് കപ്പലുകളെ മരക്കാർ പട ആക്രമിച്ചു നശിപ്പിച്ചു പറങ്കികളെ തടവുകാരാക്കി പിടി കൂടി. കരാർ ലംഘിച്ചുള്ള ആക്രമണങ്ങൾ സാമൂതിരിയെ ക്ഷുഭിതനാക്കി.Mappila Muslims of Kerala P.58

നൂറ്റാണ്ടിനിടയിൽ പോർച്ചുഗീസ് -കോഴിക്കോട് സന്ധികൾ പലവട്ടം രൂപപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്, എല്ലാ തവണയും അത് കാറ്റിൽ പറത്തി അക്രമം അഴിച്ചുവിട്ടത് പോർച്ചുഗീസ് പക്ഷമായിരുന്നുവെങ്കിൽ ഈ വട്ടം അത് കോഴിക്കോടിൻറെ ഭാഗത്ത് നിന്നായി വ്യഖ്യാനിക്കപ്പെടും വിധമായിരുന്നു കുഞ്ഞാലി നാലാമൻ നടത്തിയ ആക്രമണങ്ങൾ. ചില ചരിത്രകാരന്മാരുടെ അഭിപ്രായത്തിൽ ആക്രമിക്കപ്പെട്ട കപ്പൽ കൂട്ടത്തിൽ ഉൾപ്പെട്ട സാമൂതിരിയുടെ പായ് കപ്പലിന് കേടുപാടുകൾ സംഭവിച്ചതാണ് രാജകോപത്തിന് കാരണമെന്നാണ്. സന്ധി ലംഘിച്ച പടനായകൻ തൻറെ അപ്രമാദിത്യത്തെ ചോദ്യം ചെയ്തു എന്ന തോന്നൽ  സാമൂതിരിയിൽ രൂപപ്പെട്ടു. പോർച്ചുഗീസ് ചാരന്മാരും അവരോടാഭിമുഖ്യമുള്ള നായർ മാടമ്പിമാരും ഈ അതൃപ്തി മുതലെടുത്ത് എരിതീയിൽ  എണ്ണയൊഴിക്കാൻ കിണഞ്ഞു പരിശ്രമിച്ചു.K. V. Krishna Ayyar, zamorin of calicut, pp 199-201 കുഞ്ഞാലി ആനപ്പുറത്ത് രാജാവിനെ പോലെ എഴുന്നള്ളുന്നു ഇത് സ്വന്തമായി രാജ്യം ഉണ്ടാക്കാനുള്ള തയ്യാറെടുപ്പിൻറെ ഭാഗമാണെന്നു ള്ള അഭ്യൂഹങ്ങൾ ഉയർന്നു. കപ്പൽപ്പടാധിപൻ സ്വന്തമായി ഒരു രാജ്യം ഉണ്ടാക്കുമെന്ന ഭീതി രാജ്യാധിപനിൽ സൃഷ്ടിച്ചെടുക്കാൻ പോർച്ചുഗീസിനായി ''The war between the Portuguese and Zamorin’s Navy continued till 1598, when the Portuguese convinced the Zamorin that his admiral (Kunjali Marakkar IV, i.e., Mohammed Ali) planned to take over his kingdom. The Zamorin joined the Portuguese to defeat and kill his own admiral in 1600 AD". Vice Admiral Arun Kumar Singh , Give Indian Navy its due,The Asian Age., Feb 11, 2017

തടവിലാക്കിയ പോർച്ചുഗീസുകാരെ മോചിപ്പിക്കാനുള്ള സാമൂതിരിയുടെ ഓല കുഞ്ഞാലിയെ തേടിയെത്തി, രാജ ശാസന അനുസരിക്കാതെ പറങ്കികളെ ഇപ്പോൾ വിട്ടയക്കുന്ന പക്ഷം അവർ ആക്രമണങ്ങൾ തുടരുമെന്നും വൃദ്ധിക്ഷയം ബാധിച്ച പോർച്ചുഗീസ് നാവിക ശക്തിയെ നമ്മുടെ തീരങ്ങളിൽ നിന്നും തൂത്തെറിയാനുള്ള അസുലഭ സന്ദർഭമാണിതെന്നുമുള്ള മറുപടിയാണ് കുഞ്ഞാലിയുടെ ഭാഗത്ത് നിന്നും സാമൂതിരിക്ക് ലഭ്യമായത്. ആജ്ഞാപത്രം മുഖവിലക്കെടുക്കാതെ വന്നതോടെ സ്വതന്ത്ര പ്രവർത്തനങ്ങൾ ചൂണ്ടി കാട്ടി പടനായകൻ രാജമേൽക്കോയ്മ അംഗീകരിക്കുന്നില്ലെന്ന് സാമൂതിരിയെ പറഞ്ഞു വിശ്വസിപ്പിക്കാൻ ഉപജാപക സംഘത്തിനായി. സാമൂതിരിയും കുഞ്ഞാലിയും തമ്മിലുള്ള അസ്വാരസ്യങ്ങളെ കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ മുറ പോലെ  ലഭിച്ചിരുന്ന പോർച്ചുഗീസ് വൈസ്രോയി ദൂതന്മാരിലൂടെ കുഞ്ഞാലിക്കെതിരായ സൈനിക നടപടിക്ക് സാമൂതിരിയെ പ്രേരിപ്പിച്ചു. കര- കടൽ വഴി കുഞ്ഞാലിയെ അക്രമിക്കുന്നതിൽ തനിക്ക് യാതൊരു വിരോധവുമില്ലെന്ന് സാമൂതിരി അവരെ ഉണർത്തി. Faria Y Sousa,Portuguese Asia, or the History of the Discovery and Conquest of India by the Portuguese: v.ol 3 , pp.99-100;
എന്നാൽ കുഞ്ഞാലിക്കെതിരായ ഏതാക്രമണവും ആത്മഹത്യാ പരമാണെന്നു നന്നായി അറിയുന്ന വൈസ്രോയി ആക്രമണത്തിൽ സാമൂതിരിയും പങ്കെടുക്കണമെന്ന് ഉപാധി വെച്ചു. ദേശ പ്രതീകമെന്നപ്പോലുള്ള കുഞ്ഞാലിക്കെതിരായ നീക്കം ജനങ്ങളെ ഒന്നടങ്കം തനിക്കെതിരാക്കാൻ സാധ്യത ഉണ്ടെന്ന ഭീതി  രാജാവിനുണ്ടായിരുന്നു. A.P.Ibrahim Kunju, Studies in Medieval Kerala History, Trivandrum, 1975,pp.81-82 നായർ പടയാളികളിൽ ഭൂരിഭാഗവും കുഞ്ഞാലിയെ വീരനായകനായി കാണുന്നവരാണ്, കുഞ്ഞാലിയുമായി അടുപ്പമുള്ള നിരവധി നായർ സാമന്തന്മാരും, പടനായകരും ഇത്തരമൊരു നീക്കത്തെ അനുകൂലിക്കാനിടയില്ല, മാത്രമല്ല കുഞ്ഞാലി ഇല്ലാതായാൽ പോർച്ചുഗീസുകാരുടെ മുന്നിൽ കീഴടങ്ങേണ്ട ദുർഗതിയും വന്നുഭവിക്കാനിടയുണ്ട്. ആശങ്കകൾ കനത്തതോടെ സംയുക്ത ആക്രമണത്തിന് സാമൂതിരി വിസമ്മതിച്ചു. ആയിരോൻ നായരും, അന്തോണി പാതിരിയും ആവോളം ശ്രമിച്ചിട്ടും അത്തരമൊരു ഉപാധിക്ക് സാമൂതിരി സന്നദ്ധമായില്ല. സാമൂതിരിയെ ഉപയോഗിച്ചു കുഞ്ഞാലിയെ കുരുക്കാമെന്ന പോർച്ചുഗീസ് കുതന്ത്രത്തിനു തൽക്കാലം വിരാമമായി.  

പടയൊരുക്കം
കുഞ്ഞാലിയും സാമൂതിയുമായി നടക്കേണ്ടിയിരുന്ന കൂടികാഴ്ചകളൊക്കെയും മുടങ്ങി കൊണ്ടേയിരുന്നു, ഇരുവരുടെയും നിലപാടുകൾ കൈമാറ്റം ചെയ്യുന്നത് തടയാൻ പറ്റി എന്നത് പോർച്ചുഗീസിൻറെ നയതന്ത്ര വിജയമായി കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. കുഞ്ഞാലിയെ അമർച്ച ചെയ്യാനുള്ള നീക്കത്തിൽ പരാജയപ്പെട്ട മറ്റിയസ് ഡി അൽബുക്കർക്കിന് പകരം വാസ്കോ ഡ ഗാമയുടെ പൗത്രൻ ഫ്രാൻസിസ്കോ ഡ ഗാമയെ പോർച്ചുഗീസ് രാജാവ് നിയമിച്ചു.  
1597 മെയ് 22 ലാണ് ഫ്രാൻസിസ്കോ ഡ ഗാമ പോർച്ചുഗീസ് വൈസ്രൊയിയായി ഗോവയിലെത്തുന്നത്, പ്രഥമ പരിഗണന കുഞ്ഞാലിയെ ഇല്ലായ്മ ചെയ്യുക. അതിനായ് തന്ത്രങ്ങൾ ആവിഷ്കരിച്ചു, ആക്രമണങ്ങൾ ആസൂത്രണം ചെയ്തു, സഹോദരനും നാവിക തലവനുമായ ലൂയി ഡ ഗാമയുടെ കീഴിൽ സുശക്തമായ നാവിക പടയെ ഒരുക്കി നിർത്തി. കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെ വിജയം നേടണമെങ്കിൽ സാമൂതിരി പട കൂടെ വേണം എന്ന ദൃഢബോധ്യം വൈസ്രോയിയെ നയിച്ചു, എതിർ പക്ഷത്ത് സാമൂതിരി സൈന്യത്തെ കാണുമ്പോൾ കുഞ്ഞാലിപ്പടക്കേൽക്കുന്ന മാനസിക ആഘാതം യുദ്ധവിജയത്തിനു മുതൽ കൂട്ടാകുമെന്ന് തന്ത്രജ്ഞനായ ഫ്രാൻസിസ്കോ മനസ്സിലാക്കി, വൈസ്രോയിയുടെ ദൂതന്മാർ സാമൂതിരി കോവിലകം കയറിയിറങ്ങി. കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെയുള്ള പടനീക്കത്തിൽ പങ്കാളിയാകാൻ സാമൂതിരി സമ്മതം മൂളി. Frederick Charles Danvers ,The Portuguese in India: Being a History of the Rise and Decline of their eastern empire, Volume 2 ,p112 

പോർച്ചുഗീസ് സംഘം യുദ്ധ നീക്കങ്ങൾക്കായി സാമൂതിരിയെ സമീപിച്ചു, ഫാദർ അന്തോണിയോ, ഫാദർ ഫ്രാൻസിസ് റോസ്, ഫാദർ ഫ്രാൻസിസ് അക്കോസ്റ്റ, അടിയോടി നായർ, ഏറാടി കുമാരൻ എന്നിവരടങ്ങിയ ചാരസംഘവും യുദ്ധത്തിനായി അരചനെ പ്രേരിപ്പിച്ചു. ചില വ്യവസ്ഥകൾക്കനുസരിച്ചേ യുദ്ധത്തിന് തയ്യാറുള്ളൂ എന്ന രാജാവിൻറെ വാശി സംഭാഷണം അലസിപ്പിരിയിച്ചു. തൻറെ മേൽക്കോയ്മ കുഞ്ഞാലി അംഗീകരിച്ചാൽ മതിയെന്നുള്ള വിചാരങ്ങളാണ് സാമൂതിരിക്കെങ്കിൽ ‘കുഞ്ഞാലിയെ’ ഇല്ലാതാക്കുക എന്നത് മാത്രമായിരുന്നു പോർച്ചുഗീസ് ലക്ഷ്യം. സംഭാഷണങ്ങൾ അലസിപ്പിരിഞ്ഞതോടെ സാമൂതിരി തങ്ങളുടെ ശത്രുവാണെന്ന് ഭീഷണിപ്പെടുത്തി നാവികൻ ഡോം ഫെർഡിനെണ്ട് ഡി നൊറോൻഹയുടെ കീഴിലുള്ള കപ്പൽ പടയെ കുഞ്ഞാലിയെ നിരീക്ഷിക്കാൻ ഏർപ്പാടാക്കിയ ശേഷം പോർച്ചുഗീസ് സംഘം ഗോവയിലേക്ക് മടങ്ങി. O.K. Nambiar, Portuguese Pirates and Indian Seamen, p163 ഭയപ്പാടിലായ ‘സാമൂതിരി’ പാതിരിമാരെ അനുനയിപ്പിച്ചു ആവശ്യപ്പെട്ട സൗകര്യങ്ങൾ നൽകി കൂടെ നിർത്തി.

കുഞ്ഞാലിയെ ആക്രമിക്കാൻ സാമൂതിരി പോർച്ചുഗീസ് സഹായം തേടിയെന്ന വിവരം ചില വർത്തക സംഘങ്ങൾ വഴി കുഞ്ഞാലിയെ അറിയിക്കാനായിരുന്നു പിന്നീടുള്ള പോർച്ചുഗീസ് ശ്രമങ്ങൾ. പറങ്കികളുമായി രഹസ്യ ഉടമ്പടി ഉണ്ടാക്കി സാമൂതിരിക്കെതിരെ നീങ്ങണമെന്നതായിരുന്നു ഗൂഢപുരുഷന്മാരുടെ ദുർബോധന. കോർത്ത ചൂണ്ടയിൽ കുഞ്ഞാലി കൊത്തിയില്ലെങ്കിലും രാജാവിനെ കുറിച്ചുള്ള സംശയങ്ങൾ സേനാധിപനിൽ വളർത്താൻ അവർക്കായി. കൂടുതൽ മുതലെടുപ്പിന് സ്ഥലം നൽകരുതെന്ന് മനസ്സിലാക്കിയ തന്ത്രശാലിയായ കുഞ്ഞാലി കപ്പലുകൾ അക്രമിക്കാനിടയായ സംഭവങ്ങളെ വിവരിച്ചും രാജ ശാസന ധിക്കരിക്കേണ്ടി വന്നതിലുള്ള ഖേദം പ്രകടിപ്പിച്ചും തിരുമനസ്സിനു ദൂതയച്ചു.
ദൂതന്മാർക്ക് രാജാവ് ചെവി കൊടുത്തില്ല, കുഞ്ഞാലിയുടെ പടയാളികൾ പോകും വഴി കോട്ട കൊത്തളങ്ങളിൽ  അതിക്രമിച്ചു കയറി സാമൂതിരിയുടെ ആനയുടെ വാൽ അരിഞ്ഞെന്നുള്ള  വാർത്ത  സാമൂതിരിയുടെ ചെവിയിലെത്തി, ഇത് രാജാവിനെ വല്ലാതെ പ്രകോപിപ്പിച്ചു. തന്നെയും രാജാവിനെയും അകറ്റാൻ അടിയോടി നായരാണ് പോർച്ചുഗീസ് ഒറ്റുകാരനായി പ്രവർത്തിക്കുന്നത് എന്ന് വിശ്വസിച്ച  കുഞ്ഞാലി  അരയോൾ കോവിലകം കൈയേറി  നായരുടെ  കഴുത്തിൽ വാൾ വെച്ച് ഭീഷണിപ്പെടുത്തി.  കുഞ്ഞാലിയും സംഘവും തന്നെ ആക്രമിച്ചു ഭാര്യെയെ കടന്നു പിടിച്ചു മുറിവേൽപ്പിച്ചു എന്ന് അടിയോടി നായർ പ്രചരിപ്പിച്ചു, ആനയുടെ വാൽ അറുത്തു, ഉള്ളാൾ രാജ്ഞിയുമായി ചേർന്ന് കുഞ്ഞാലി പുതിയ രാജ്യമുണ്ടാക്കുന്നു പോലുള്ള അഭ്യൂഹങ്ങൾ പടർത്താൻ അടിയോടി നായർക്കൊപ്പം അന്തോണി പാതിരിയും കൈകോർത്തു. Sathyan edakkad,vasco da gamaum charithrathile kanapurangalum, kairali books 2014 p 192, O.K. Nambiar, Portuguese Pirates and Indian Seame 163-164 അഭ്യൂഹങ്ങൾ പരന്നതോടെ കുഞ്ഞാലിയുടെ അഹങ്കാരം എന്ത് വിലകൊടുത്തും അവസാനിപ്പിക്കണമെന്ന് സാമൂതിരി തീരുമാനമെടുത്തു. കുടില തന്ത്രജ്ഞനായ പോർച്ചുഗീസ് നയതന്ത്ര പ്രതിനിധി ‘ആൽവരോഡ അബ്രാച്ചേ’ സാമൂതിരിയെ സന്ദർശിച്ചു കരാർ തയ്യാറാക്കി. Andrea Acri, Imagining Asia(s): Networks, Actors, Sites,iseas singapore,p 167കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെ ഒന്നിച്ചു പോരാടാൻ സാമൂതിരി തയ്യാറായി. അമ്പതിനായിരം വരുന്ന നായർ പടയെ സാമൂതിരി സജ്ജമാക്കി നിർത്തി d ferroli, the jesuits in malabar vol 1 pages 217 -18 


സാമൂതിരിയുടെ സമ്മതമറിഞ്ഞ ലൂയി ഡ ഗാമ യുദ്ധ സന്നാഹങ്ങളുമായി പുറപ്പെടാൻ ഒരുങ്ങിയെങ്കിലും അതിനിടെയുണ്ടായ ചില അപ്രതീക്ഷിത സംഭവവികാസങ്ങൾ സൈനിക നീക്കത്തെ മാസങ്ങൾ പിറകിലേക്ക് തള്ളി. ഡോം നെറോൻഹയുടെ നിരീക്ഷണക്കപ്പലുകളെ തുരത്തിയോടിച്ച ‘കുഞ്ഞാലി’ ലൂയി ഗാമയുടെ ആഗമനത്തിനു മുൻപായി അറബി കടലിലേക്ക് സൈനിക നീക്കം നടത്തിയ ക്യാപ്റ്റൻ ഡിമെല്ലോയുടെ കപ്പൽ വ്യൂഹത്തെ ഒന്നടങ്കം ആക്രമിച്ചു നശിപ്പിച്ചു അനവധി പോർച്ചുഗീസ് നാവികരെ കൊന്നൊടുക്കിയതായിരുന്നു കാരണം. ഏതാണ്ടിതേ സമയത്ത് പുതിയ സാമ്രാജ്യത്വ മോഹങ്ങളുമായി അറബി കടലിലേക്ക് കടന്നു വന്ന ‘ഡച്ചുകാർ’ പോർച്ചുഗീസ് കപ്പലുകൾ  കടലിലാഴ്ത്തി. തുടരെയുണ്ടായ കനത്ത ഈ രണ്ട് പ്രഹരങ്ങളും  പടയോട്ടം താൽകാലികമായി നിർത്തിവെക്കാൻ വൈസ്രോയിയെ പ്രേരിപ്പിച്ചു.   . 

1598- നവംബർ കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെ യുദ്ധ പ്രഖ്യാപനവുമായി ലൂയി ഡ ഗാമയുടെ സൈനിക വ്യൂഹം കോഴിക്കോട് രാജ്യം ലാക്കാക്കി നീങ്ങി.
നവംബർ അവസാന പാതിയോടെ കോഴിക്കോട് എത്തിയ ‘അഡ്മിറൽ ലൂയി’ സാമൂതിരിയുമായി യുദ്ധ ചർച്ചകൾ നടത്തി. 30,000 പതക്കങ്ങൾ, പോർച്ചുഗീസ് സൈനിക വിഭാഗങ്ങളുടെ സേവനം, യുദ്ധ മുതലിൽ പകുതി എന്നിവയാണ് കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെ പോരാടാൻ പ്രതിഫലമായി സാമൂതിരി ആവശ്യപ്പെട്ടത്. പോർച്ചുഗീസ് പക്ഷം സമ്മതം മൂളിയതോടെ കരാർ പ്രാബല്യത്തിലായി. O.K. Nambiar, Portuguese Pirates and Indian Seamen, pp. 163-64 സാമൂതിരിയുടെ പെരുമാറ്റത്തിൽ സംശയാലുക്കളായ പോർച്ചുഗീസ് സൈനിക നേതൃത്വം ബന്ദികളെ ആവശ്യപ്പെട്ടു,കർണൂൽ, താനൂർ, ചാല രാജകുമാരന്മാരെയും, കോഴിക്കോട് ബ്രാഹ്മണ നീതിപതിയെയും ബന്ദികളായി നൽകി യുദ്ധനീക്കം ആരംഭിച്ചു.

ഒന്നാം കോട്ടക്കൽ യുദ്ധം 
5-മാർച്-1599 സാമൂതിരി പട കരയിൽ നിന്നും പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യം കടലിൽ നിന്നും കുഞ്ഞാലി കോട്ട ആക്രമിക്കാനുള്ള പദ്ധതി തയ്യാറാക്കി. മൂന്നുമാസം നീണ്ട യുദ്ധ സജ്ജീകരണങ്ങൾക്കൊടുവിൽ കടക്കൽ മുതൽ ഇരിങ്ങൽ വരെ അർധഗോളാകൃതിയിൽ അമ്പതിനായിരം വരുന്ന സാമൂതിരി സൈന്യം പുതുപ്പട്ടണം ഉപരോധിച്ചു. ഇതേ സമയം ജലഭാഗത്ത് പൂർണ്ണമായും പോർച്ചുഗീസ് സേനയുടെ കപ്പൽപ്പട  വ്യൂഹങ്ങൾ അണിനിരന്നിരുന്നു, കരയിൽ നിന്നും കടലിൽ നിന്നും പൂർണ്ണമായി കുഞ്ഞാലി ഒറ്റപ്പെട്ടതോടെ യുദ്ധകാഹളം മുഴങ്ങി. യുദ്ധത്തിന്  മുൻപുള്ള രാത്രിയിൽ അതി ശക്തമായ ഒരിടിമിന്നൽ സഖ്യസൈന്യത്തെ മുഴുവൻ കാട്ടും വിധത്തിൽ  പ്രകാശപൂരിതമാക്കി അപ്രത്യക്ഷമായി.fr:roz’s letter mention in The Jesuits in Malabar, PP241-243  1598  march 3  പോർച്ചുഗീസ്- കോഴിക്കോട് സംയുകത സൈന്യം കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെ ആക്രമണം ആരംഭിച്ചു. തീപ്പന്ത അടയാളത്താൽ കുഞ്ഞാലിക്കോട്ടയെ ഒന്നിച്ച് കരയിൽനിന്നും കടലിൽനിന്നും ആക്രമിക്കാനുള്ള സഖ്യകക്ഷികളുടെ ശ്രമം തുടക്കത്തിലേ പാളി, അടയാളം കാട്ടാൻ പന്തമേൽപ്പിച്ച നായർ ഭടൻമാർ പുലർച്ചക്ക് മുൻപ് കത്തിക്കേണ്ട പന്തം രാത്രിയിൽ തന്നെ കത്തിച്ചു, ഇതോടെ സൈനിക തന്ത്രമെല്ലാം താളം തെറ്റി. Portuguese Pirates and Indian Seamen p 142 ഡോം ലൂയിസ് ഡ ഗാമയുടെ നേതൃത്വത്തിൽ ഒരുവിഭാഗം പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യം സമുദ്രത്തിൽ നിന്നും കുഞ്ഞാലിക്കോട്ടയ്ക്കു നേരെ ആക്രമണം ആരംഭിച്ചപ്പോൾ മറ്റൊരു വിഭാഗം സാമൂതിരി പടയോടൊപ്പം കരയിൽ നിന്നും ആക്രമണം ശക്തമാക്കി. 

ഇരുപതിനായിരം നായർ പടയും ആയിരത്തിലധികം പറങ്കി പടയും ചേർന്നാണ് കരയുദ്ധം നയിച്ചത്. പീരങ്കികൾ ഉപയോഗിക്കാതെ ബലപ്രയോഗത്തിലൂടെ നായർ പടയെ തുരത്തിയോടിച്ച കുഞ്ഞാലി നാലാമൻ ആ ദയ പറങ്കികളോട് കാട്ടിയില്ല. കരയുദ്ധം നയിച്ച പറങ്കി സൈനികരിൽ ഭൂരിഭാഗവും മരയ്ക്കാർ പടയാൽ കൊല്ലപ്പെട്ടു, സമാനമായിരുന്നു കടലിലെയും വിധി. 4 വലിയ പടക്കപ്പലുകൾ, രണ്ട് വലിയ ബാർക്സ് നൗകകൾ, 35 ചെറു പടക്കപ്പലുകൾ, 10 ഇടത്തരം കപ്പലുകൾ എന്നിവ  ഉപയോഗപ്പെടുത്തിയായിരുന്നു ലൂയിസ് ഡ ഗാമ കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെ കടലിൽ നിന്നും ആക്രമണം അഴിച്ചുവിട്ടത്.Teotonio R. De Souza,Essays in Goan History p -33 എന്നാൽ മരക്കാർ സൈനിക കപ്പലുകളിൽ നിന്നുള്ള പ്രത്യാക്രമണത്തിൽ കപ്പൽ വ്യൂഹം മിക്കവാറും തകർന്നടിഞ്ഞു . 

യുദ്ധം പരാജയത്തിലേക്ക് നീങ്ങിയതോടെ സാമൂതിരി സഹായത്തിനായി പോർച്ചുഗീസ് മേധാവികളെ സമീപിച്ചു. യുദ്ധ നിപുണനായ ക്യാപ്റ്റൻ ബെൽക്കിയോർ ഫെറീരയുടെ കീഴിൽ മിടുക്കരായ 600 പേർ അടങ്ങിയ  സൈനിക കൂട്ടം കുഞ്ഞാലിയെ തേടിയെത്തി, കഠിന യുദ്ധത്തിൽ 28 പോർച്ചുഗീസ് സൈനികർ കൊല്ലപ്പെട്ടതോടെ ബാക്കിയുള്ളവർ പിന്തിരിഞ്ഞോടി.  പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യത്തിലെ പ്രഗൽഭനായ  സൈന്യാധിപൻ ലൂയിസ് ഡി സിൽവയുടെതായിരുന്നു അടുത്ത ഊഴം. ചൗൾ, ഗോവയിലെ ചപോരാ പുഴ എന്നിവിടങ്ങളിൽ നടന്ന യുദ്ധങ്ങളിൽ മരയ്ക്കാർ പടയുടെ കപ്പലുകൾ പിടിച്ചെടുത്ത് ബന്ധസ്ഥരാക്കിയ ഇരുനൂറോളം മാപ്പിള യോദ്ധാക്കളുടെ തല വെട്ടിയെടുത്ത് കമ്പിൽ കോർത്ത് വേലികെട്ടിയ വീര പരാക്രമിയായിരുന്നു ക്യാപ്റ്റൻ ലൂയിസ്. പോർച്ചുഗീസ് സൈനികരെയും വഹിച്ച അറുപത് ചെറു നൗകകൾ ഡി സിൽവയുടെ നേതൃത്വത്തിൽ കുഞ്ഞാലി കോട്ട ആക്രമിച്ചു. ആക്രമണ നിരയെ നയിച്ച ബെന്റൺ കൊറേയ എന്ന വീര പടനായകൻ ആദ്യം കൊല്ലപ്പെട്ടു, തുടരെ തുടരെ പറങ്കി ഭടന്മാർ കാലനിരയായി കൊണ്ടേ ഇരുന്നു, ലൂയിസ് ഡി സിൽവ അടക്കമുള്ളവർ കൊല്ലപ്പെട്ടതോടെ പോർച്ചുഗീസ് പട പിന്തിരിഞ്ഞോടി. François Pyrard; Pierre de Bergeron; Jérôme Bignon (1890). The voyage of François Pyrard of Laval to the East Indies, the Maldives, the Moluccas and Brazil, Issue 80, Volume 2, Part 2. LONDON : WHITING AND CO., SARDINIA STREET. LINCOLN'S INN FIELDS: Printed for the Hakluyt society. p. 516 പിന്നീട് യുദ്ധ നേതൃത്വം ഏറ്റെടുത്ത ഫ്രാൻസിസ്കോ പെരേരയുടെ വിധിയും മറിച്ചായിരുന്നില്ല, പെരേര അടക്കമുള്ള ഉന്നത സൈനിക നേതൃത്വം ഗുരുതരമായ പരിക്കുകൾ ഏറ്റുവാങ്ങി മരണത്തിനിരയായി. ഇതോടെ സർവ്വ സൈന്യാധിപൻ ‘ലൂയിസ് ഗാമ’ നേരിട്ട് യുദ്ധക്കളത്തിലേക്കിറങ്ങി. കോട്ടയിൽ വിടവ് സൃഷ്ടിക്കാനും അതിലൂടെ പള്ളിയെ ആക്രമിക്കാനും  ബെൽക്കിയോറിൻറെ സൈന്യത്തിനായി. അനവധി  മരയ്ക്കാർ പടയാളികളെ വധിക്കാനായെങ്കിലും കനത്ത തിരിച്ചടിയിൽ 500 പോർച്ചുഗീസ് സൈനികർ കൊല്ലപ്പെട്ടതോടെ ഗാമ പിൻവാങ്ങി. Essays in Goan History pp -33-34 മുൻനിരയിൽ നായർ പടയെ  വിന്യസിച്ചായിരുന്നു പിന്നീടുണ്ടായ പോർച്ചുഗീസ് ആക്രമണങ്ങൾ. പോർച്ചുഗീസ് സൈനികരെ സുരക്ഷിതരാക്കാൻ ഈ തന്ത്രം ഉപകാരപ്പെട്ടുവെങ്കിലും സാമൂതിരിയുടെ കാലാൾപ്പട കനത്ത ആൾനാശം ഏറ്റുവാങ്ങി. പറങ്കികൾ നായന്മാരെ മരണത്തിലേക്ക് തള്ളിവിട്ടെന്ന് പടനായകന്മാർ പരിതപിച്ചു, എല്ലാത്തിനും സാക്ഷിയായി തൃക്കണാർ കുന്നിൽ സാമൂതിരി നിൽപ്പുണ്ടായിരുന്നു. സഖ്യസേന തറപറ്റിയതോടെ യുദ്ധം സമ്പൂർണ്ണ പരാജയത്തിൽ കലാശിച്ചു. യുദ്ധ പരാജയമറിഞ്ഞ വൈസ്രോയി താൻ നേരിട്ട് യുദ്ധം നയിച്ച് കുഞ്ഞാലിയെ നിഗ്രഹിക്കും എന്ന് പ്രഖ്യാപിച്ചെങ്കിലും കൗൺസിൽ അനുവദിച്ചില്ല. മൺസൂൺ കഴിയും വരെ ഉപരോധത്തിലാക്കി പട്ടിണിയിലാക്കാനും ശക്തി പൂർണ്ണമായി ക്ഷയിപ്പിച്ച ശേഷം ആക്രമിക്കാനും സമിതി തീരുമാനിച്ചു. യുദ്ധ പരാജയ  വിവരം ഗോവയിലെ ആബാലവൃദ്ധം ജനങ്ങളെയും  ഭയവിഹ്വലരാക്കി. പൊട്ടിക്കരഞ്ഞു കൊണ്ട് ജനക്കൂട്ടം അങ്ങാടികളിലൂടെ ഭ്രാന്തൻമാരെപ്പോലെ ഓടി,  എന്നാണു ഒന്നാം കോട്ടക്കൽ യുദ്ധത്തെ പോർച്ചുഗീസ് ചരിത്രകാരന്മാർ വിശേഷിപ്പിക്കുന്നത്. De Cuto, The Decades, quoted in O.K. Nambiar’s Portuguese Pirates and Indian Seamen, p. 172
രണ്ടാം പടയൊരുക്കം 
സഹോദരൻ കുട്ടി മൂസ ഉൾപ്പെടെ കുഞ്ഞാലിയുടെ ഭാഗത്തുള്ള മുന്നൂറിലധികം പടയാളികളെ വധിക്കാനായി എന്ന നേട്ടം ഒഴിച്ച് നിർത്തിയാൽ എല്ലാ അർത്ഥത്തിലും യുദ്ധം സഖ്യ കക്ഷികൾക്ക് കനത്ത തിരിച്ചടിയായി. അന്തോണി ലിവ, ഡി സിൽവ, ഫെറീറ, മേജർ ലൈന, ബെന്റൺ കൊറേയ, മത മേധാവി ഫ്രാന്സിസ് ബാപ്ടിസ്റ്റ് തുടങ്ങി പോർച്ചുഗീസ് സേനയിലെ പ്രമുഖർ പലരും വധിക്കപ്പെട്ടു, സംയുക്ത സേനകളുടെ ആൾനാശ തോത് വിവരണാധീതമായി മാറി. 
യുദ്ധ പരാജയം പോർച്ചുഗീസിനെക്കാൾ ബാധിച്ചത് സാമൂതിരിയെയായിരുന്നു, സ്വന്തം പടനായകനാൽ തോൽപ്പിക്കപ്പെട്ട രാജാവെന്ന  അവമതി അദ്ദേഹത്തെ അസ്വസ്ഥനാക്കി. കുഞ്ഞാലി ശക്തിയാർജ്ജിക്കും  മുമ്പ്  ആക്രമണം നടത്തണമെന്നു സാമൂതിരി തീരുമാനിച്ചു, പന്തീരായിരം പട്ടാളക്കാരുമായി പുതുപ്പണം കോട്ട അക്രമിച്ചെങ്കിലും കനത്ത തിരിച്ചടിയെ തുടർന്ന് നായർ പട പിൻവാങ്ങി. ആക്രമണം പുനരാരംഭിക്കാം എന്ന വ്യവസ്ഥയിൽ   ലൂയി ഡി ഗാമ കൊച്ചി വഴി ഗോവയിലേക്ക് തിരിച്ചു,  കോട്ട കവാടത്തിന് മുൻപിലുള്ള സൂഫി പുണ്യാളൻറ്റെ സ്മൃതി കുടീരവും, പുതുപ്പട്ടണത്തെ ഏതാനും വീടുകളും   എരിച്ചു ചാമ്പലാക്കി  അരിശം തീർത്തായിരുന്നു പറങ്കികളുടെ മടക്കം. D. FERROLI, SJ., The Jesuits in Malabar Vol. I, p 242
ഭക്ഷണ-ആയുധ-കച്ചവട സാമഗ്രികൾ ഒന്നും തന്നെ കുഞ്ഞാലിക്ക് ലഭ്യമാകരുത് എന്ന കുശാഗ്ര ബുദ്ധിയിൽ കരയിൽ നായർ പടയും, കടലിൽ  ഡി ഫ്രാന്സിസ് കോവിൻറെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള നാവികസേനാ വ്യൂഹവും ഉപരോധം തീർത്തു.the portuguese in india, p 116  

യുദ്ധവിജയം കുഞ്ഞാലിയെ അതി പ്രശസ്തനാക്കി മാറ്റി പല രാജാക്കന്മാരും നായർ മാടമ്പികളും അദ്ദേഹത്തെ പ്രശംസിച്ചു രംഗത്ത് വന്നു. ‘മാപ്പിളമാരുടെ സംരക്ഷകൻ’, ‘പറങ്കികളുടെ അന്തകൻ’, ‘അറബി കടലിൻറെ രാജാവ്’ എന്നീ ബഹുമതികളൊക്കെ കുഞ്ഞാലിയുടെ മേൽ ചാർത്തപ്പെട്ടു.ibid Essays in Goan History pp 34 Sathyan edakkad,vasco da gamaum charithrathile kanapurangalum, kairali books 2014 p 123 മാസങ്ങളായുള്ള ഉപരോധം കുഞ്ഞാലിയെ ശെരിക്കും വെട്ടിലാക്കിയിരുന്നു. ഭക്ഷണ സാമഗ്രികകളുടെ ലഭ്യത ശോഷിച്ചു തുടങ്ങി. പുറം കടലിൽ നങ്കൂരമിട്ടിരിക്കുന്ന കുഞ്ഞാലിയുടെ വലിയ കപ്പലുകൾക്കൊന്നും തുറയിൽ അടുക്കാൻ പറ്റാത്ത സ്ഥിതിയായി.   ക്യാപ്റ്റൻ കുട്ട്യാമുവിൻറെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള  നൗകകൾ ഉപരോധം മറികടക്കുന്നതിൽ ചിലപ്പോഴൊക്കെ വിജയിച്ചു. ആഹാര സാമഗ്രികളുടെ അപര്യാപ്തത അനുഭവപ്പെടാൻ തുടങ്ങിയതോടെ താൻ സൈനിക സേവനം നൽകിയിരുന്ന രാജ്യങ്ങളിലേക്ക് സഹായം ആരാഞ്ഞുകൊണ്ട് കുഞ്ഞാലി ദൂതയച്ചു. ഉള്ളാൾ റാണി തിരുമല ദേവി മൂവായിരം ചാക്ക് അരി കണ്ണൂരിലെ അടിയോടി നായർ വഴി കൊടുത്തയച്ചെങ്കിലും പോർച്ചുഗീസ് സേന അത് പിടിച്ചെടുത്തു. മധുര രാജാവ് നായ്ക് ‘കുഞ്ഞാലിയെ’ മഥുരയിലേക്ക് ക്ഷണിച്ചു രാമേശ്വരത്ത് കോട്ട നിർമ്മിച്ച് നൽകാനുള്ള സന്നദ്ധത അറിയിച്ചു,Ibid P 205 അനിവാര്യമായ സമയത്ത് സഹായിക്കുമെന്നായിരുന്നു കൊച്ചിരാജാവിൻറെ ദൂത്. ഇതോടെ കുഞ്ഞാലിയോട് അനുഭാവം പുലർത്തിയിരുന്ന തച്ചോളി ഒതേനൻ, മേപ്പയിൽ കുറുപ്പ് എന്നിവർ വഴി സാമൂതിരിയുമായി ഒരു സമാധാന ഉടമ്പടിക്ക് കുഞ്ഞാലി ശ്രമിച്ചു. പറങ്കികളെ വിശ്വസിച്ചു രാജ്യം നഷ്ടപ്പെടുത്തരുതെന്നും, ശത്രുത പോർച്ചുഗീസുകാരോട് മാത്രമാണെന്നും രാജാവായ സാമൂതിരിക്ക് ഉടവാൾ തിരിച്ചേൽപ്പിക്കുന്നതിനും, വേണ്ടി വന്നാൽ രാജ്യം ഉപേക്ഷിക്കുന്നതിനും തനിക്ക് മടിയില്ല. എന്നൊക്കെയായിരുന്നു ദൂതിന്റെ രത്ന ചുരുക്കം, കുഞ്ഞാലി തന്നെ നിസ്സാരമാക്കുകയാണെന്ന് കരുതിയ സാമൂതിരി അനുകൂലമായോ പ്രതികൂലമായോ പ്രതികരിച്ചില്ല. കുഞ്ഞാലിക്ക് നേരെയുള്ള ഉപരോധത്തിന് ശക്തി പകരാൻ 12 പടക്കപ്പലുകളുമായി കോഴിക്കോട്ടേക്ക് തിരിച്ച ‘ക്യാപ്റ്റൻ ഡി നൊറോൻഹ’ വഴിമധ്യേ കുഞ്ഞാലിയുടെ പോർ നൗകകളുമായി ഏറ്റുമുട്ടി പരാജിതരായി ഗോവയിലേക്ക് ഉൾവലിഞ്ഞു. യുദ്ധ പരാജയത്തിൻറെ പേരിൽ നൊറോൻഹയെ വൈസ്രോയി തടവിലടച്ചു.

എങ്ങിനെയും കുഞ്ഞാലിയെ തറപറ്റിക്കുക എന്ന ലക്ഷ്യത്തിന് മേൽ പോർച്ചുഗീസ് സാമ്രാജ്യം തന്ത്രങ്ങൾ ആവിഷ്കരിച്ചു. ലൂയി ഡി ഗാമയ്ക്ക് പകരം  പോർച്ചുഗീസ് നാവിക തലവന്മാരിലെ ഏറ്റവും മികച്ച അഡ്മിറൽ അന്ദ്രേ ഫുർടാഡോ മിഡോൻസയെ പുതിയ നായകനായി നിശ്ചയിച്ചു. മരക്കാർ പടയിലെ മികച്ച  സേനാപതി കുട്ടി മൂസയെ 1594 സിലോൺ യുദ്ധത്തിൽ പരാജയപ്പെടുത്തിയ ഫുർടാഡോയ്ക്ക് ‘കുഞ്ഞാലി നാലാമനെ’ കീഴടക്കാൻ കഴിയുമെന്നതിൽ  രാജാവിനും, വൈസ്രോയിക്കും, സഭയ്ക്കും അഭിപ്രായവ്യത്യാസമില്ലായിരുന്നു. ചുമതല ഏറ്റെടുത്ത ഫുർടാഡോ ലിസ്ബണിൽ നിന്നും പുതിയ കപ്പൽ വ്യൂഹങ്ങളും, ആയുധങ്ങളും, യുദ്ധ വിദഗ്ധരെയും വരുത്തി സന്നാഹങ്ങളൊരുക്കി. കോഴിക്കോട്ടേക്ക് പ്രതിനിധികളെ അയച്ചു യുദ്ധ നീക്കത്തിൻറെ രൂപരേഖ തയ്യാറാക്കി. ഗോവയിലേക്കെത്തിയ സാമൂതിരിയുടെ ദൂതന്മാർ പുതിയ അഡ്മിറലുമായി നിരവധി തവണ ചർച്ചകൾ നടത്തി. സാമൂതിരിഅയച്ച ഒരു ഓല ‘ഒക്ടോബർ നവംബർ മാസത്തിൽ ആക്രമിക്കാൻ ദയവുണ്ടായാൽ അത് കഴിഞ്ഞു മാമാങ്കത്തിന് പോകാമായിരുന്നു’ എന്നപേക്ഷയും കണ്ണൂരിലെ പറങ്കിവരൻ  അന്തോണിയോ മറ്റോസെയെ പോർച്ചുഗീസ് ഗോവയിലെ നയതന്ത്ര പ്രതിനിധി ആയി നിശ്ചയിച്ചെന്നും വെളിപ്പെടുത്തുന്നുണ്ട്. K. K. N. Kurup  India's Naval Traditions: The Role of Kunhali Marakkars.(1997)p 80

തങ്ങളുടെ സാമ്രാജ്യത്തിൻറെ  മുഖ്യ ശത്രു കുഞ്ഞാലി നാലാമനാണെന്ന് പോർച്ചുഗീസ് സഭ പ്രഖ്യാപിച്ചിരുന്നു. എന്ത് വില കൊടുത്തും ശത്രുവിനെ ഇല്ലാതാക്കുമെന്ന് വൈസ്രോയി സഭാധ്യക്ഷന് നൽകിയ ഉറപ്പിനെ തുടർന്ന് ആർച്ച് ബിഷപ്പ് മെനെസ്സെസ് നേരിട്ട് മലബാറിലെത്തി ആക്രമണ ക്രോഡീകരണത്തിന് രൂപം നൽകി. Clara A.B. Josep,Christianity in India: The Anti-Colonial Turn,routledge publishers , newyorkK. K. N. Kurup, India's Naval Traditions: The Role of Kunhali Marakkars p 51 

സഖ്യ ചർച്ച
ഡിസംബർ മൂന്ന് 1599 മൂന്ന് വലിയ പടക്കപ്പലുകൾ, 56 ചെറു പടക്കപ്പലുകൾ, 32 മറ്റ് യാനങ്ങൾ എന്നിവയടങ്ങുന്ന കപ്പൽ പട വ്യൂഹവുമായി ഫുർടാഡോ  മിഡോൻസ കുഞ്ഞാലിയെ ലക്ഷ്യമാക്കി നീങ്ങി. ബംഗുൾ രാജ, ഉള്ളാൾ റാണി എന്നിവരിലൂടെ  കുഞ്ഞാലിക്ക് ലഭിച്ചേക്കാവുന്ന സഹായങ്ങൾക്ക് ആദ്യമേ തടയിട്ടു, മരക്കാർ കോട്ടയിലേക്ക് ഭക്ഷണ സാമഗ്രികളുമായ് വന്ന അഞ്ചു കപ്പലുകളും അഡ്മിറൽ പിടിച്ചെടുത്തു. Teotonio R. De Souza,Essays in Goan History  p 34 ഡിസംബർ 15 ന് പോർച്ചുഗീസ് സേനാ വ്യൂഹം ലക്ഷ്യത്തിലെത്തി. പതിനാറാം തീയതി സാമൂതിരി- ഫുർടാഡോ കൂടിക്കാഴ്ച നടന്നു 
വലിയ സൈന്യത്തിൻറെ അകമ്പടിയോടെ സാമൂതിരിയും അഡ്മിറലും സന്ധിച്ചു. ഇരു സൈന്യങ്ങളും ഇരു വശത്തുമായി നിന്നു, പൂർണ്ണ രാജകീയ വേഷത്തിൽ സാമൂതിരി എഴുന്നള്ളി, കസവു കൊണ്ട് അലങ്കരിച്ച പട്ടുതുണി  ഞൊറിവച്ച  തലപ്പാവിൻറെ ഒരറ്റം മുട്ട് വരെ ഞാണു കിടന്നു, തലപ്പാവിന് മീതെ നാലു വിരൽ വീതിയിൽ രത്നങ്ങൾ കൊണ്ടലംങ്കരിച്ച കിരീടവും,  അരമുതൽ മേൽ ഭാഗത്ത് ഒന്നും ധരിക്കാതെ കസവുടുത്ത്, അര തൊട്ട്  മുട്ടു വരെ ചുറ്റുകളായി സ്വർണ്ണക്കച്ച, കൈപ്പട വീതിയിൽ  രത്നഖചിതമായ അരപ്പട്ട, ഭാരത്താൽ രണ്ടാളുകൾ കരങ്ങൾ തങ്ങേണ്ടി വരുമാറ് കൈമുട്ടു മുതൽ മണികണ്ഠം വരെ രത്നം പതിച്ച സ്വർണ്ണ വളകൾ, കഴുത്തിൽ അമൂല്യമായ വജ്രമാല, ഭാരം കൊണ്ട് കാതുകൾ തൂങ്ങി നിൽക്കുന്ന വൈരക്കല്ലുകളും മരതകങ്ങളും. Fera y souza quoted in Dr ck kareem,Kerala Muslim History Directory Part-1 ,(1997) p 44 The Jesuits in Malabar p 220 
രാജാവും പോർച്ചുഗീസ് സേനാപതിയും ആലിംഗനാബ്ധരായി, കപ്പലുകളിൽ നിന്നും ആചാരവെടി മുഴങ്ങി. സാമൂതിരിയുടെ കഴുത്തിൽ വിലപിടിപ്പുള്ള മാല  ഫുർടാഡോ ഇട്ടു കൊടുത്തു, കുശലാന്വേഷണങ്ങൾക്ക് ശേഷം കുഞ്ഞാലിയെ ഇല്ലായ്മ ചെയ്യാനുള്ള തന്ത്രങ്ങളിലേക്ക് കടന്നു, കൂറ് പുലർത്തി  അത്യുത്സാഹത്തോടെ താൻ പൊരുതുമെന്നു സാമൂതിരി ഉറപ്പ് നൽകി. ഉടവാൾ തിരിച്ചേൽപ്പിച്ചു  രാജ്യം വിടാനുള്ള  കുഞ്ഞാലിയുടെ സന്നദ്ധത ‘രാജാവ്’ മിഡോൻസയെ അറിയിച്ചു, ശക്തി ക്ഷയിപ്പിച്ചു മാത്രമേ കുഞ്ഞാലിയെ കീഴടക്കാൻ പാടുള്ളുവെന്ന ഉപദേശവും നൽകി. 
സ്വതന്ത്ര വ്യാപാര നീക്കത്തിന് കുഞ്ഞാലി നൽകിയ സഹായ ങ്ങൾക്ക് നന്ദി പ്രകാശിപ്പിച്ചു ആവിശ്യമായ നേരത്ത് തിരിച്ചു സഹായിക്കുമെന്ന് കാട്ടി  കൊച്ചി രാജാവ് കുഞ്ഞാലിക്ക് ഓല അയച്ചിരുന്നു.portuguese india records, National Archives of Portugal, (Torre do Tombo), Lisbon (BNL, Fundo Geral codice No. 1976, fol. 158-159  ഇത് ചൂണ്ടിക്കാട്ടി കുഞ്ഞാലിയും കൊച്ചിരാജാവും കൂടി പുതിയ രാജ്യം ഉണ്ടാക്കാൻ സാധ്യതയുണ്ടെന്ന് പോർച്ചുഗീസ് സൈനിക മേധാവി സാമൂതിരിയെ ഉണർത്തിച്ചു.    

കുഞ്ഞാലിയെ കോഴിക്കോട് രാജ്യത്തിൽ നിന്ന് പുറത്താക്കുകയല്ല എന്നെന്നേക്കുമായി ഇല്ലായ്മ ചെയ്യുകയായിരുന്നു പോർച്ചുഗീസ് ലക്ഷ്യം. തുടർചർച്ചകളിൽ കുഞ്ഞാലിയെ ഇല്ലാതാക്കാമെന്ന പൊതു അഭിപ്രായത്തിൽ സാമൂതിരിയും ഫുർട്ടാഡോയും ചെന്നെത്തി. Ibrahim Kunju. A.P, Mappila Muslims of Kerala, Trivandrum, 1 98 9, P. 60 കോട്ട കീഴടക്കിയാൽ ലഭിക്കുന്ന പീരങ്കികളും തോക്കുകളും കപ്പലുകളും സമ്പത്തുകളും തുല്യമായി വീതിക്കണമെന്നു സാമൂതിരി ആവശ്യപ്പെട്ടു. കുഞ്ഞാലിയെ നൽകുന്നതിന് പകരം സാമൂതിരിക്ക് കിട്ടേണ്ട പ്രതിഫലങ്ങളെ കുറിച്ചുള്ള വിലപേശൽ ധാരണയായതോടെ കരാർ ഉറപ്പിച്ചു. ആയിരകണക്കിന് പതക്കങ്ങൾ, പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യത്തിൻറെ സേവനം, കുഞ്ഞാലിയിൽ നിന്നും പിടിച്ചെടുക്കുന്ന തോക്കുകകളുടെയും കപ്പലിൻറെയും സമ്പത്തിന്റെയും പകുതി എന്നിവ സാമൂതിരിക്ക് നൽകും, പകരമായി സാമൂതിരി യുദ്ധത്തിന് വേണ്ട സഹായങ്ങൾ എല്ലാം ചെയ്തു കൊടുക്കണം കൂടാതെ കോഴിക്കോട്ട് ഒരു പള്ളിയും, ഫാക്ടറിയും പണിതു കൊടുക്കുകയും വേണം.Biker,Tratados, pp.186-88; Couto,Da Asia, Decadaxii, liv. Iv, capt. II
കരാർ പ്രകാരം കോട്ട തകർക്കാൻ 790 ആളുകൾ, 15 ആന, കല്ലുകൾ ഇളക്കാൻ  1000 പണിക്കാർ, ആശാരിമാർ, 5000 നായർ പടയാളികൾ, യഥേഷ്ടം മരം, മൺകോരികൾ, കുട്ടകൾ, അഴിമുഖത്ത് പാറാവിനായി  4 മച്ചുവ, 30 ചങ്ങാടം, നിരവധി  അരയന്മാർ, കപ്പൽ ജോലിക്കാർ എന്നിവ സാമൂതിരി നൽകി. പരസ്പരം വിശ്വാസമില്ലാത്തത് കൊണ്ട് ബന്ദികളെ കൈമാറ്റം ചെയ്തു. K. M. Mathew ,History of the Portuguese Navigation in India, 1497-1600 p189 മൂന്ന് നായർ സാമന്തന്മാരെയും സ്വന്തം മരുമകനെയും സാമൂതിരി ബന്ധിയായി നൽകിയപ്പോൾ പെഡ്രോ ഡി നാറോൻഹ, ജെറോനിമോ ബോട്ടൻഹോ, ക്യാപ്റ്റൻ അന്റോണിൽ മറ്റാസോ, രണ്ട് വൈദികർ തുടങ്ങിയവരെ  ബന്ദികളായി പോർച്ചുഗീസുകാരും നൽകി.  കുഞ്ഞാലിയെ ഏതെങ്കിലും വിധത്തിൽ സഹായിച്ചാൽ നശിപ്പിച്ചു കളയുമെന്ന് കൊച്ചിയെയും, കോലത്ത് നാടിനെയും ഭീഷണിപ്പെടുത്തിയ ഫുർട്ടാഡോ മിഡോൻസ കുഞ്ഞാലിക്കെതിരായ നീക്കത്തിൽ കൊച്ചിയുടെ നായർ പടയും പങ്കെടുക്കണമെന്ന് നിഷ്കർഷിച്ചു. Kerala History and its makers p 220 -21 ലിസ്ബണിൽ നിന്നും കൂടുതൽ കപ്പലുകൾ സൈനിക നീക്കത്തിൽ പങ്കെടുക്കാൻ വന്നെത്തിയതോടെ സജ്ജീകര ണങ്ങൾ വേഗത്തിലായി. രാമേശ്വരത്ത് കോട്ട കെട്ടാൻ കുഞ്ഞാലി പദ്ധതികൾ തയ്യാറാക്കിയെന്നു മനസ്സിലാക്കിയ പറങ്കി നായകൻ യുദ്ധസന്നാഹങ്ങളുമായി മരയ്ക്കാർ കോട്ടക്കരികിൽ തമ്പടിച്ചു. തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ട രണ്ടായിരത്തിലേറെ നായർ പടയാളികൾക്ക് പ്രത്യേക പരിശീലനം നൽകി, അപ്പോഴേക്കും 790 സൈനികരും, വെടിമരുന്ന് ശേഖരവും വഹിച്ചുള്ള 13 പടക്കപ്പലുകളും, 21 ലഘു കപ്പലുകളും അടങ്ങിയ ഗോവയിൽ നിന്നുള്ള പോഷക സൈന്യവും കോട്ടപ്പുഴയിൽ എത്തി.The Portuguese in India p117
മരക്കാർക്കെതിരെ സാമൂതിരി-പോർച്ചുഗ്ഗീസ് സഖ്യം നടത്തുന്ന ആക്രമണങ്ങളിൽ മലയാള രാജ്യങ്ങൾക്ക് മുഴുവൻ എതിർപ്പുണ്ടായിരുന്നു കുഞ്ഞാലി ഇല്ലാതാകുന്ന പക്ഷം പോർച്ചുഗീസ് കരാളഹസ്തങ്ങൾ തങ്ങളെ ഞെരിക്കുമെന്നു അവർ ഭയന്നു. പോർച്ചുഗീസ് സഖ്യരാജ്യമായ കൊച്ചിയിലെ രാജാവും ഇത്തരം ഭയങ്ങളിൽ നിന്നും മുക്തനായിരുന്നില്ല, കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെയുള്ള സൈനിക നീക്കമറിഞ്ഞ കൊച്ചി രാജാവ് രഹസ്യമായി സാമൂതിരിക്ക് ഓല അയച്ചു. ആക്രമണ നീക്കം ഉപേക്ഷിച്ചു  കുഞ്ഞാലിയുമായി സന്ധി ചെയ്യണമെന്നും, പറങ്കികളെ ഒരു തരത്തിലും വിശ്വസിക്കരുതെന്നും ഉപദേശിച്ചു. ദൂതുമായി വന്ന ബ്രാഹ്മണ പ്രതിനിധിയിലൂടെ  കുഞ്ഞാലിയെ ഇല്ലാതാക്കി നെടിയിരുപ്പ് സ്വരൂപത്തിന് മേൽ കാൽ പതിപ്പിക്കാൻ പോർച്ചുഗീസുകാർക്ക് അവസരമൊരുക്കരുതെന്ന് പ്രത്യേകം ഓർമിപ്പിച്ചു. The Jesuits in Malabar(tjim), P226-27 സാമൂതിരി ഫാദർ റോസിലൂടെ ഈ വിവരം അഡ്മിറലിനെ അറിയിച്ചു, കൊച്ചിരാജാവിനേക്കാൾ വിശ്വസ്തൻ അങ്ങാണെന്ന് പറഞ്ഞു രാജാവിനെ പറങ്കി നായകൻ  അഭിനന്ദിച്ചു.

കഴിഞ്ഞ യുദ്ധത്തിൽ  സാമൂതിരിയേയോ, നായർ പടയെയോ യുദ്ധ നീക്കത്തിൻറെ ഗതി പോർച്ചുഗീസുകാർ അറിയിച്ചിരുന്നില്ല, ഇത് മൂലം നായർപടയ്ക്ക് കനത്ത നാശം സംഭവിച്ചു. പോർച്ചുഗീസുകാർ നമ്മെ ചതിച്ചു എന്ന് സാമൂതിരി പോലും പരിതപിച്ചു. ആർച്ച് ബിഷപ്പ് മെനസെസ് ഇനി ചതിയുണ്ടാവില്ലെന്ന് കുരിശും വേദപുസ്തകവും പിടിച്ചു സത്യം ചെയ്തപ്പോഴാണ് രണ്ടാം  യുദ്ധത്തിന് പങ്കെടുക്കാൻ സാമൂതിരിക്ക് ആത്മവിശ്വാസം ലഭിച്ചത്. മാമാങ്കം കഴിഞ്ഞു യുദ്ധത്തിൽ പങ്കു ചേരാമെന്ന വ്യവസ്ഥയിൽ സാമൂതിരി ആഘോഷത്തിൽ പങ്കെടുക്കാനായി തിരുനാവായ്ക്ക് പോയി അവിടെ വെച്ച് നായർ സാമന്തന്മാരും, പടനായകരും, ബ്രാഹ്മണ പുരോഹിതരും, മുസ്ലിം പ്രമാണികളും കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെ ആക്രമണം നടത്തരുതെന്നും, ഉപരോധം അവസാനിപ്പിക്കണമെന്നും ആവലാതി ബോധിപ്പിച്ചു. സാമൂതിരി ഇവയെല്ലാം കൂടെയുണ്ടായിരുന്ന ഫാദർ ഫ്രാൻസിസ് റോസിനോട് വെളിപ്പെടുത്തി, മനമാറ്റം ഉണ്ടാകുമെന്ന ഭയന്ന പാതിരി എല്ലാദിവസത്തിലും നാലോ അഞ്ചോ പ്രാവിശ്യം രാജാവിനെ മുഖം കാട്ടി തന്ത്രങ്ങൾ പയറ്റി കൊണ്ടേയിരുന്നു. പാതിരിയുടെ അപ്രമാദിത്വത്തിൽ ബ്രാഹ്മണ പുരോഹിതരും, മന്ത്രിമാരും സന്തുഷ്ടരായിരുന്നില്ല. Father roz’s work,the zamorin and the jesuit,tjim,p228-229
ഉപരോധം മൂലം കര കടൽ പാതകൾ അടഞ്ഞിരുന്നതിനാൽ കുഞ്ഞാലിയുടെ കപ്പലുകൾ ദീർഘ നാളായി പുറം കടലിൽ കുടുങ്ങി കിടന്നു. ഭക്ഷണ സാമഗ്രികളുമായി വന്ന കപ്പലുകൾ പലപ്പോഴും പിടിച്ചെടുക്കപ്പെടുകയും  ചിലപ്പോൾ ചെറിയ ഏറ്റുമുട്ടലുകളിലൂടെ ഉപരോധത്തെ മറികടക്കുകയും ചെയ്തെങ്കിലും  തനിക്കെതിരെ പെട്ടെന്ന് തന്നെ മറ്റൊരാക്രമണം ഉണ്ടാകുമെന്ന പ്രതീക്ഷ കുഞ്ഞാലി നാലാമന്നില്ലായിരുന്നു. രാജാവുമായുള്ള പ്രശ്നങ്ങൾ രമ്യമായി പരിഹരിക്കാമെന്ന ശുഭപ്രതീക്ഷ വെച്ചുപുലർത്തിയിരുന്നു. ഉപരോധം ലംഘിച്ചു രാമേശ്വരത്തേക്ക് പോകുവാനായി ശ്രമിച്ചില്ലെങ്കിലും കോട്ടയിലുണ്ടായിരുന്ന വിലപിടിപ്പുള്ള സാമഗ്രികൾ മുഴുവൻ അദ്ദേഹം പുറത്തേക്ക് കടത്തി. അമിത ആത്മവിശ്വാസത്താൽ ഭൂരിപക്ഷം സൈനികർക്കും അവധി നൽകി പറഞ്ഞയച്ചു. ഭക്ഷ്യ ദൗർലഭ്യവും വിശ്രമവും ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയായിരുന്നു ഇത്, പ്രധാനികളടക്കം 800 സൈനികരും അവരുടെ കുടുംബങ്ങളും പുതുപ്പട്ടണത്ത് ശേഷിച്ചു. Ezhimala: The Abode of the Naval Academy  Murkot Ramunny page 43

രണ്ടാം കോട്ടക്കൽ യുദ്ധം 
അവശരായ 800 പടയാളികൾ മാത്രമേ കുഞ്ഞാലിക്കൊപ്പമുള്ളൂ എന്നറിവ് കിട്ടിയ ഫുർടാഡോ 1200 പോർച്ചുഗീസ് ഭടന്മാർ, 12000 കോഴിക്കോട് നായർ പട, ആയിരങ്ങളടങ്ങിയ കൊച്ചി നായർ പട  എന്നിവയടങ്ങിയ സൈനിക സന്നാഹങ്ങളുമായി പുതുപ്പട്ടണം വളഞ്ഞു, അവിടെ ഉപരോധം ഏർപ്പെടുത്തിയിരുന്ന സൈനികരും കരയിലുണ്ടായിരുന്ന സാമൂതിരി നായർ പടയും അവർക്കൊപ്പം ചേർന്നു. കുഞ്ഞാലിക്ക് സഹായങ്ങൾ ചെയ്ത് കൊണ്ടിരുന്ന ഉത്തര അരയോൾ ദേശത്തെ നായർ മാടമ്പിയെ ഭീഷണിപ്പെടുത്തിയ ഡോൺ ആന്ദ്രേ എട്ട്  കുറുപ്പന്മാരെ ബന്ദികളാക്കി. ഏതെങ്കിലും തരത്തിൽ മരക്കാരെ സഹായിച്ചാൽ ബന്ദികളെ വധിച്ചു കളയുമെന്ന് താക്കീത് നൽകി. The Jesuits in Malabar(tjim), p227
ആക്രമണത്തിലൂടെ കുഞ്ഞാലിയെ കീഴടക്കുക അസാധ്യമാണെന്ന് ഇതിനകം കൗശലക്കാരനായ ഫുർടാഡോ മനസ്സിലാക്കിയിരുന്നു, കീഴടങ്ങാനുള്ള അവസരം സൃഷ്ടിക്കുകയും കൊന്നു കളയുകയും ചെയ്യുക എന്നതായിരുന്നു ഉഭയകക്ഷി കരാർ. Ibrahim Kunju. A.P, Mappila Muslims of Kerala, Trivandrum, P. 60 കുഞ്ഞാലി ഉടവാൾ വെച്ചൊഴിയാൻ സമ്മതം പ്രകടിപ്പിച്ച സ്ഥിതിക്ക് മാമാങ്കം കഴിഞ്ഞു സാമൂതിരി വരും വരെ കാത്തിരിക്കേണ്ടതുണ്ട്. 

ഈ കാലയളവിൽ കുഞ്ഞാലിക്ക് മേൽ സമ്മർദ്ദം ചെലുത്താനുള്ള എല്ലാ തന്ത്രങ്ങളും  ഫുർടാഡോ പയറ്റി, വിത്യസ്ത ഭാഗങ്ങളിലേക്ക് കുഞ്ഞാലിയുടെ ശ്രദ്ധ തിരിപ്പിച്ചു അഴിമുഖത്ത് സൈനിക നീക്കത്തിന് തടസ്സമായ സുരക്ഷാ വേലികൾ  തകർക്കാൻ ആരംഭിച്ചു, കുഞ്ഞാലിയുടെ സൈനികരുമായി നടന്ന ചെറിയ തോതിലുള്ള പോരാട്ടത്തിനിടെ 10 പറങ്കി പടയാളികൾ കൊല്ലപ്പെടുകയും 79 പേർക്ക് പരിക്കേൽക്കുകയുമുണ്ടായി എങ്കിലും ബങ്കർ നിർമ്മിച്ച് സുരക്ഷ  ഭിത്തികളും, ഗോപുരങ്ങളും, ഏറുമാടങ്ങളും നീക്കം ചെയ്യുന്നതിൽ അഡ്മിറൽ വിജയിച്ചു. 

യുദ്ധ സാമഗ്രികൾ ഭൂരിഭാഗവും തീർന്ന, ഭക്ഷണ വിഭവങ്ങൾ പാടെ തീർന്ന് പട്ടിണിയിലേക്ക് പോയ്കൊണ്ടിരിക്കുന്ന എണ്ണൂറിനടുത്ത് മാത്രം പടയാളികളുള്ള തനിക്ക് കരയിൽ നിന്നും കടലിൽ നിന്നും ഒരു പോലെ അക്രമണമുണ്ടായാൽ പിടിച്ചു നിൽക്കാനാവില്ലെന്ന് യുദ്ധ തന്ത്രജ്ഞനായ കുഞ്ഞാലി മനസ്സിലാക്കി. മഥുര രാജാവ് ക്ഷണിച്ച സ്ഥിതിക്ക് അവിടം കേന്ദ്രമാക്കി നീക്കം തുടരാമെന്നതിനാൽ രാമേശ്വരത്ത്  പോകുവാനായി കപ്പലുകൾ തയ്യാറാക്കി നിർത്തി. കോട്ടയിലുള്ള സ്ത്രീകളുടെയും കുട്ടികളുടെയും സുരക്ഷ ഉറപ്പാക്കി,  ഉടവാൾ സാമൂതിരിക്ക് നൽകി തന്ത്രപരമായ ചുവട് മാറ്റം നടത്താൻ കുഞ്ഞാലി തയ്യാറെടുത്തു, മാമാങ്കം കഴിഞ്ഞുള്ള രാജാവിൻറെ വരവും കാത്ത് പടനായകൻ ദിവസങ്ങളെണ്ണി തീർത്തു. 

മാമാങ്കം കഴിഞ്ഞു 6000 പടയാളികളുമായി സാമൂതിരി എഴുന്നള്ളി, മൊത്തം അറുപതിനായിരം കോഴിക്കോട് നായന്മാർ, രണ്ടായിരത്തോളം ചാവേറുകൾ, പുറക്കാട് രാജാവ് നൽകിയ രണ്ടായിരം നായർ ചാവേറുകൾ, സാമൂതിരിയുടെ തൊണ്ണൂറ് മച്ചുവകൾ, അതിലെ ജോലിക്കാർ,zamorin of calicut 212 jornada 469 records quoted in Christianity in India: The Anti-Colonial Turn By Clara A.B. Joseph ആയിരത്തിലധികം വരുന്ന കൊച്ചിയുടെ നായർ പട, രണ്ടായിരത്തിലേറെ വരുന്ന പോർച്ചുഗീസ് ഭടന്മാർ, നൂറിനടുത്ത് നൗകകൾ ഉൾപ്പെടുന്ന പോർച്ചുഗീസ് കപ്പൽ പടവ്യൂഹം സംയുക്തസേനയുടെ വ്യാപ്തി വളരെ വലുതായിരുന്നു. അവസാന  യുദ്ധ പരാജയത്തിൽ നായർ സൈനികരുടെ കുഞ്ഞാലി ഭക്തി  തിരിച്ചറിഞ്ഞതിനാൽ സഖ്യസേനയെ പൂർണ്ണമായും  പറങ്കി സൈന്യാധിപൻമാർ തന്നെ നയിക്കുമെന്ന തീരുമാനം ആദ്യമേ കൈകൊണ്ടിരുന്നു.

ആക്രമണ പ്രത്യാക്രമണങ്ങൾ 
കീഴടങ്ങാൻ കുഞ്ഞാലി തയ്യാറായെങ്കിലും ധാരണ തെറ്റിച്ചു ഗോപുര വാതിലിൽ രാജാവിന് പകരം നായർ മാടമ്പിയെ കണ്ട് കോട്ടയിലേക്ക് തന്നെ തിരിച്ചു കയറി, ഏതെങ്കിലും തരത്തിൽ സൈനിക നീക്കം പരാജയപ്പെട്ടാൽ കുഞ്ഞാലി കരുത്താർജ്ജിക്കുമെന്നറിവുള്ള  ഫുർടാഡോ യുദ്ധമാരംഭിക്കാൻ കൽപ്പന നൽകി. പുഴയുടെ വടക്ക് ഭാഗത്ത് നിന്നും കോട്ട ലക്ഷ്യമാക്കി  ഇടതടവില്ലാതെ പീരങ്കിവർഷം തുടങ്ങി, പുതുപ്പട്ടണവും കോട്ടയുടെ ഇരട്ട മതിലും തകർന്നു. പട്ടിണിയും പരിവട്ടവുമായി കഴിയുന്ന കുഞ്ഞാലിയുടെ ഭാഗത്ത് നിന്നും തിരിച്ചടി ഉണ്ടാകില്ലെന്ന് കരുതിയ പറങ്കികൾക്ക് തെറ്റി, മരക്കാർ പടയുടെ അതിശക്തമായ തിരിച്ചടിയിൽ പറങ്കികൾക്ക് പിന്തിരിഞ്ഞോടേണ്ടി വന്നു. ഇതോടെ സർവ്വ സൈന്യാധിപൻ ഫുർടാഡോ നേരിട്ട് യുദ്ധക്കളത്തിലിറങ്ങി   പോർച്ചുഗീസ് സൈനികർക്ക് ആത്മധൈര്യം നൽകി. കോട്ടക്കുള്ളിൽ കയറിയ ഫുർടാഡോ സംഘത്തെയും നേരിടാൻ കുഞ്ഞാലി നേരിട്ട് രംഗത്തിറങ്ങി, അതി കഠോരമായ യുദ്ധത്തിൽ പിടിച്ചു നിൽക്കാനാകാതെ  ഫുർടാഡോ പിൻവാങ്ങി. ആക്രമണ പ്രത്യാക്രമണങ്ങൾ അഞ്ചു് ദിവസം നീണ്ടു, പുതുപ്പട്ടണം സിംഹഭാഗവും നശിച്ചു, നാശനഷ്ടങ്ങൾ ഇരുഭാഗത്തും ഉണ്ടായതോടെ മധ്യസ്ഥ ശ്രമമൊരുങ്ങി. മധ്യസ്ഥരായ നായർ പ്രമുഖന്മാരോട് ‘രാജാവിനെ ധിക്കരിച്ചതാണ് കാര്യമെങ്കിൽ  അതിന്  മാപ്പു ചോദിക്കാന് തയ്യാറാണ്, രാജാവായ സാമൂതിരിക്ക് മുന്നിൽ കീഴടങ്ങുന്നതിനും തനിക്ക് മടിയില്ല എന്നാൽ മറ്റാർക്കും മുന്നിൽ അടിയറവ് പറയില്ല പോർച്ചുഗീസുകാർ ആജന്മ ശത്രുക്കളായതിനാൽ അവരോട് സന്ധിയില്ല’  എന്ന തൻറെ നിലപാട്  കുഞ്ഞാലി ആവർത്തിച്ചു. ഏതാണ്ടിതേ സമയത്ത്  കൊച്ചി രാജാവ് കോഴിക്കോട് രാജ്യം ആക്രമിച്ചു കൊരട്ടി കൈമളുടെ അധീനതയിലുള്ള പ്രദേശം പിടിച്ചെടുത്തു. Malabar And The Portuguese p148
രാജ്യത്തിൻറെ രണ്ടതിരുകളിൽ നടക്കുന്ന പോരാട്ടങ്ങൾ സാമൂതിരിയെ സമ്മർദ്ദത്തിലാക്കി, കീഴടങ്ങാനുള്ള സന്നദ്ധത പടനായകൻ അറിയിച്ചതോടെ രാജൻ ആശയ കുഴപ്പത്തിലായി. ജനങ്ങൾ ഭൂരിഭാഗവും കുഞ്ഞാലിയെ അനുകൂലിക്കുന്നു നായർ സാമന്തന്മാരിലും, പടയാളികളിലും ബ്രാഹ്മണ മുഖ്യന്മാരിലും കുഞ്ഞാലിയെ അനുകൂലിക്കുന്നവരുടെ എണ്ണം കൂടുന്നു ഈ സ്ഥിതി തുടർന്ന് പോയാൽ ആപത്താകുമെന്നു സാമൂതിരിയും തിരിച്ചറിഞ്ഞു. രാജാവിൻറെ മനംമറ്റം അറിഞ്ഞ പടനായകൻ നിരവധി അമൂല്യ സമ്മാനങ്ങൾ പാരിതോഷികമായി സമർപ്പിച്ചു കീഴടങ്ങാനുള്ള സന്നദ്ധത അറിയിച്ചു. ചാരന്മാരിലൂടെ വിവരങ്ങൾ അറിഞ്ഞ ഫുർടാഡോ മറു തന്ത്രമൊരുക്കി, സൈനികരെ അദ്ദേഹം കപ്പലിലും കോട്ടയുടെ നദി ഭാഗത്തുമായി വിന്യസിച്ചു. 

കരാർ പ്രകാരം കുഞ്ഞാലിയും ബാക്കിയായ 250 പോരാളികളും രാജാവിന് മുന്നിൽ കീഴടങ്ങാനായി വന്നു, ഈ അവസരം മുതലെടുത്തു കൊണ്ട് ക്യാപ്റ്റൻ ബെൽകിയോർ തൻറെ സൈന്യത്തോടൊപ്പം മുന്നോട്ട് കുതിച്ചു കുഞ്ഞാലിയുടെ ആയുധ പുരകൾക്കും കപ്പലുകൾക്കും വീടുകൾക്കും തീകൊളുത്തി,  പറങ്കികളുടെ ചതി കണ്ട നായർ പട ഒച്ചവെച്ചെങ്കിലും ആന്ദ്രെ റോഡ്രീക് പൽ ഹോടയുടെ കീഴിൽ അത്യാധുനിക ആയുധധാരികളായ പോർച്ചുഗീസ് സൈനികരുടെ സാന്നിധ്യം അവരെ നിശ്ചലരാക്കി നിർത്തി.Portuguese Pirates and Indian Seamen 182 -183 വെടിമരുന്ന് ശാല പൊട്ടിത്തെറിച്ചതും വീടുകൾ അഗ്നിക്കിരയായതും കണ്ട കുഞ്ഞാലി സാമൂതിരി തന്നെ ചതിച്ചെന്നു അനുമാനിച്ചു കോട്ടയിലേക്ക് പിൻവാങ്ങി. അപ്പോഴേക്കും നാനാഭാഗത്തു നിന്നും പീരങ്കികൾ കോട്ടക്കുള്ളിലേക്ക്  തീ മഴ വർഷിക്കുന്നുണ്ടായിരുന്നു, അപ്രതീക്ഷിതമായി ഉണ്ടായ കനത്ത  ആക്രമണം വിതച്ച  സർവ്വനാശം കണ്ട് പതറിയിങ്കിലും സമനില വീണ്ടെടുത്ത കുഞ്ഞാലിയും സംഘവും തിരിച്ചടിച്ചതോടെ പറങ്കികൾ പിൻവാങ്ങി.

സംഹാര താണ്ഡവമാടിയ അപ്രതീക്ഷിത ആക്രമണത്തിലൂടെ കുഞ്ഞാലിയെ മാത്രമല്ല സാമൂതിരിയേയും ഭയപ്പിക്കണം എന്ന് പോർച്ചുഗീസ് അഡ്മിറൽ കരുതിയിരുന്നു, ഒരു വിഭാഗം നായർ സൈനികരെ തനിക്കനുകൂലമാക്കി നിർത്താനും ഡോൺ ആന്ദ്രേക്ക് കഴിഞ്ഞു, ഇതോടെ സാമൂതിരി ഭയവിഹ്വലനായി. പാതിരിമാർ മുൻകൈ എടുത്ത് ഒത്തു തീർപ്പ് ചർച്ചകൾ നടത്തി, ഇരു സൈന്യവും മുഖാമുഖം നിന്നു, കോപം കൊണ്ട് വിറച്ച ഫുർടാഡോ ‘സർവ്വ സൈന്യാധിപനായ തനിക്ക് രാജാക്കന്മാരെ വധിക്കാനും, നിയമിക്കാനും, ഇല്ലായ്മ ചെയ്യാനും അധികാരമുണ്ടെന്നും കുഞ്ഞാലിയെ നാട് കടക്കാൻ സഹായിച്ചാൽ കോഴിക്കോട് നഗരവും, രാജ്യവും കുഴിതോണ്ടുമെന്നും സാമൂതിരിയെ ഭീഷണിപ്പെടുത്തി”. ഭയപ്പെട്ട രാജൻ കുഞ്ഞാലിക്ക് പുറമെ മരയ്ക്കാർ പടയിലെ പ്രധാനികളായ 40 പേരെ കൂടി കൈമാറാമെന്ന് എഴുതി നൽകി. രാജാവിൻറെ മനം മാറുന്നതിനു മുൻപ് കാര്യങ്ങളിൽ തീർപ്പ് വേണമെന്ന് ആന്ദ്രേ തീരുമാനിച്ചു. ആധ്യാത്മികനായ കുഞ്ഞാലിക്ക് സിദ്ധികളുണ്ടെന്ന വിശ്വാസം സാമൂതിരിയും പോർച്ചുഗീസുകാരും വെച്ച് പുലർത്തിയിരുന്നു. ദുഷ്മന്ത്രങ്ങളുടെ ശക്തിയാണ് അജയ്യതയുടെ പിറകിലെന്ന വിശ്വാസത്താൽ കുഞ്ഞാലിയുടെ ശക്തി ക്ഷയിക്കുന്നതിനു സാമൂതിരി വെറ്റിലയിൽ കൂടോത്രം ചെയ്തു. ഫുർടാഡോയും പാതിരിമാരും കുർബ്ബാന നേർച്ചയാക്കി.

മാർച്ച് ഏഴിന് അന്തിമ ആക്രമണം നടത്താൻ ഇരു കൂട്ടരും തീരുമാനിച്ചു. അറുന്നൂറു സൈനികരെ നയിച്ച് റോഡ്രീക് പൽ ഹോട പുഴഭാഗത്ത് നിന്നും,  ഫ്രാൻസിസ് ഡിസൂസ നാനൂറ് സൈനികരോടൊപ്പം മറുഭാഗത്ത് നിന്നും അഴിമുഖത്തെ കപ്പലുകളിൽ നിന്ന് മറ്റുള്ള സൈനികരും ആക്രമണം നടത്തും. സാമൂതിരി നിലപാട് മാറ്റുകയാണെങ്കിൽ അദ്ദേഹത്തെ പാഠം പഠിപ്പിക്കാൻ  ഫുർടാഡോ ആയിരത്തി ഇരുന്നൂറു സൈനികരുമായി സാമൂതിരിയോടൊപ്പം നിൽക്കും, ഇതായിരുന്നു പോർച്ചുഗീസ് യുദ്ധ തന്ത്രം.

നിശ്ചയിച്ച പ്രകാരം ആക്രമണം തുടങ്ങി, യുദ്ധത്തിൻറെ ഭാഗമായ 7000 നായർ പടയാളികൾ താൽപര്യമില്ലായ്മ കാട്ടി സജീവമാകാതെ നിന്നു,  പല്ലും നഖവും ഉപയോഗിച്ച് കുഞ്ഞാലി ചെറുത്തതോടെ ഇരുഭാഗത്തും കനത്ത നാശനഷ്ടങ്ങൾ ഉണ്ടായി, പുതുപട്ടണം പൂർണ്ണമായും അഗ്നിക്കിരയായി.
മാർച്ച് 10-  അഭയം വാഗ്ദാനം ചെയ്ത് സാമൂതിരി - കുഞ്ഞാലി പ്രതിനിധികൾ തമ്മിൽ വീണ്ടും ചർച്ച നടന്നു. തന്നെയും സംഘത്തെയും ജീവനോടെ വിട്ടയക്കുമെന്ന് ഓലയിൽ രേഖാമൂലം എഴുതി തന്നാൽ സാമൂതിരിക്ക് മുന്നിൽ ഉടവാൾ നൽകി കീഴടങ്ങാം എന്ന തീരുമാനം കുഞ്ഞാലി ആവർത്തിച്ചു. De-Couto, The Decadas (Extracts) quoted in  Portuguese Pirates and Indian Seamen,  p 184 സാമൂതിരിയെ സന്ദർശിക്കാൻ കുഞ്ഞാലിയുടെ ദൂതന്മാർ രണ്ടു വട്ടം പോയി. രണ്ടു പ്രാവിശ്യവും സാമൂതിരി അഭയ വാഗ്ദാനത്തിൽ ഉറച്ചു നിന്നു. കീഴടങ്ങലിന് അരങ്ങൊരുങ്ങിയെങ്കിലും രാജാവ്  ഭയാശങ്കയിലായിരുന്നു. രാജപ്രമുഖരും, സാമന്തന്മാരും, പടയും, ജനങ്ങളുമൊക്കെ കുഞ്ഞാലിക്കൊപ്പം മനസ്സുകൊണ്ട് നിൽക്കുന്നവരാണ്. ഇത് പോലൊരു ചതി കാട്ടിയാൽ പാളയത്തിൽ തന്നെ പടയുണ്ടാക്കുകയായിരിക്കും ഫലം. ആശങ്കയിലായ സാമൂതിരി തൻറെ വിശ്വസ്തരെ മാത്രം കൂടെ നിർത്തി തന്ത്രങ്ങൾ ആവിഷ്കരിക്കാൻ തുടങ്ങി, മുൻകരുതലുകൾ എടുത്തിട്ടും കാര്യങ്ങൾ കൈവിട്ടു പോകുമെന്ന ഭയത്താൽ തീയതി പറയാതെ രാജാവ് വഴുതി കളിച്ചു, ക്ഷമ നശിച്ച ഫുർടാഡോ സാമൂതിരിയെ ഭീഷണിപ്പെടുത്തിയതോടെ മാർ ച്ച് 16-ന് കീഴടങ്ങൽ നിശ്ചയിച്ചു.

അടിയറവ്
മാർച് 16-  സാമൂതിരി തന്നെ അഡ്മിറലിനു കൈമാറി ചതിക്കുന്നതായി സ്വപ്നദർശനം ലഭിച്ചതിനാൽ അന്തിമ യുദ്ധത്തിനൊരുങ്ങാൻ കുഞ്ഞാലി തൻറെ സൈന്യത്തോട് ആവശ്യപ്പെട്ടു. രാജാവ് ചതിക്കില്ലെന്ന് ഉറച്ച വിശ്വാസമുള്ള സേനാപ്രമുഖരും മതപണ്ഡിതരും ഈ ആശയത്തെ എതിർക്കുകയും പട്ടിണി കോലത്തിലായ സ്ത്രീകളെയും കുട്ടികളെയും പരിക്കേറ്റവരെയും കാട്ടി ഇവരുടെ രക്ഷയ്ക്ക് ശേഷം മഥുരയിൽ പോരാട്ടം തുടരാമെന്ന് ആത്മവിശ്വാസം പ്രകടിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തതോടെ കീഴങ്ങുന്നതിനുള്ള തയ്യാറെടുപ്പുകൾ നടത്താൻ കുഞ്ഞാലി ഉത്തരവിട്ടു.        

രാജാവിൻറെ ആഗമനമറിയിച്ചു കൊമ്പ് വിളിയും ചെണ്ടവാദ്യവും ഉയർന്നു, കോട്ടവാതിലിന് മുന്നിലായി സാമൂതിരിയും വാതിലിൻറെ വശങ്ങളിൽ ഇരു സൈന്യങ്ങളും നിലയുറപ്പിച്ചു. ദക്ഷിണ ഭാഗത്തുള്ള കോട്ട വാതിൽ തുറന്ന് രോഗികളും, പരിക്കേറ്റ പടയാളികളും, സ്ത്രീകളും കുട്ടികളുമടങ്ങുന്ന കുടുംബാഗങ്ങളും ആദ്യം പുറത്തു വന്നു. Dr KKN Kurup Opcit P 91 എല്ലും തോലുമായ  ആ പട്ടിണികോലങ്ങളോട് പൊയ്ക്കൊള്ളാൻ രാജാവ് അനുമതി നൽകി. വാൾ കീഴ്പ്പോട്ട് പിടിച്ചു കൊണ്ട് മുഹമ്മദ് അലി മരയ്ക്കാർ കോട്ടകാവടം പിന്നിട്ടു കടന്ന് വന്നു അദ്ദേഹത്തോടൊപ്പം ഇരുവശത്തുമായി സഹസൈന്യാധിപരായ മരുമകൻ കുട്ട്യാലി, വലം കൈ ആയ ചിന്നാലി, പിറകിലായി സൈനിക പ്രമുഖരും, ശേഷിച്ച പടയാളികളും നിരായുധരായി പുറത്തിറങ്ങി. പോർച്ചുഗീസ് ചരിത്രകാരന്മാരുടെ വാക്കുകൾ ഉപയോഗിച്ചാൽ ‘വിലപിടിച്ച വസ്ത്രങ്ങളോടെ താഴ്ത്തിപ്പിടിച്ച വാൾ കരത്തിലേന്തി  കുഞ്ഞാലിയും, പ്രധാനികളും വെളിയിലിറങ്ങി. സർവ്വ സൈന്യാധിപൻ മുന്നിൽ, തൊട്ട് പിറകെ ഇരുവശത്തുമായി ചിന്നാലിയും, മരുമകൻ കുട്ട്യാലിയും. സുമുഖൻ, മധ്യ ഉയരം, ഏകദേശം അമ്പതിനടുത്ത് പ്രായം, ആകാര ഭംഗിയുള്ള ദൃഢതയാർന്ന ശരീരം, തെളിഞ്ഞ മസിലുകൾ, വിശാലമായ ചുമൽ, അമ്പേ ക്ഷീണിതനാണെങ്കിലും മരണഭയം മറച്ച് അക്ഷോഭ്യനായുള്ള നടപ്പ്, തലയിൽ കറുത്ത  തുണി ചുറ്റികെട്ടിയിരിക്കുന്നു” T. Madhava Menon, International School of Dravidian Linguistics (2000). A handbook of Kerala, Volume 1. p. 161

നിർഭയത്തോടെ കടന്നു വന്ന കുഞ്ഞാലി ഉടവാൾ രാജാവിന് മുന്നിൽ സമർപ്പിച്ചു, വാൾ എടുത്ത് മാറ്റി വെക്കാൻ സാമൂതിരി സേവകരോട് കൽപ്പിച്ചു, അഡ്മിറലിനോടായി കണ്ണ് കൊണ്ട് ആംഗ്യം കാട്ടി. നിരായുധനും ക്ഷീണിതനായ ‘കുഞ്ഞാലിയെ’ ഡിയോഗു മോനിസ് ബർറെടോയുടെ സഹായത്തോടെ അഡ്മിറൽ ഫുർട്ടാഡോ പിന്നിലൂടെ പൂട്ടിട്ടു പിടിച്ചു, അലർച്ചയോടെ കുഞ്ഞാലി കുതറിയതും ശക്തനായ അഡ്മിറലും ബർറെടോയും തെറിച്ചു, ഫാദർ: ഡിയോഗു ഹൊറഇൻ പിടിച്ചത് കൊണ്ട് കുഴിയിൽ വീഴാതെ അഡ്മിറൽ രക്ഷപ്പെട്ടു, നിലംപതിച്ച ബർറെടോ യുടെ കാലിനു പരിക്കേറ്റു.The voyage of François Pyrard of Laval to the East Indies, the Maldives, the Moluccas and Brazil, Issue 80, Volume 2, Part 2. VOL. II, PART II. LONDON : WHITING AND CO., SARDINIA STREET. LINCOLN'S INN FIELDS: Printed for the Hakluyt society. p. 523 ചെറുത്ത കുഞ്ഞാലിയെ  തോക്കേന്തിയ പോർച്ചുഗീസ് സൈനികൾ  വളഞ്ഞു ആമപൂട്ടിട്ടു തല സഞ്ചി കൊണ്ട് മൂടി നിമിഷ നേരം കൊണ്ട് കപ്പലിലേക്ക് കടത്തി. ചിന്നാലിയും മറ്റു സൈനികരും രക്ഷപ്പെടാൻ ശ്രമിച്ചെങ്കിലും ആയുധ ധാരികളായ പറങ്കി പടയെ വെട്ടിച്ചു കടക്കാൻ അവർക്കായില്ല, എങ്കിലും നാലഞ്ചു പേർ രക്ഷപ്പെട്ടു കളഞ്ഞു. ചിന്നാലി, കുട്ട്യാലി മരക്കാർ നാൽപ്പതിലധികം പ്രധാനികൾ എന്നിവരെ സാമൂതിരി പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യാധിപന് കൈമാറി. Nambiar, 0.K' 'The Kunhalis-Admiralsof Calicut' Bombay (1 963). P. 133

വഞ്ചിക്കപെട്ടിട്ടും  കുഞ്ഞാലി നിലവിട്ടു പെരുമാറിയില്ല, പോർച്ചുഗീസ് തോക്കിൻ വലയത്തിൽ അകപ്പെടുമ്പോൾ നിറഞ്ഞ കണ്ണുകളോടെ പടനായകൻ തൻറെ രാജാവിനെ അവസാനമായി ഒന്ന് നോക്കി. എന്നാൽ നായർ പടയ്ക്ക് ഇത് സഹിക്കാവുന്നതിലും അപ്പുറമായിരുന്നു തങ്ങളുടെ വീരനായകനെ ചതിയിലൂടെ കീഴ്പ്പെടുത്തിയത് അവരെ രോഷാകുലരാക്കി. ‘ചതി ചതി ആയുധമെടുക്ക് ആയുധമെടുക്ക്’ എന്ന് അവർ വിളിച്ചു പറഞ്ഞു. ചില പടനായന്മാർ പോർച്ചുഗീസുകാരുടെ മേൽ ചാടി വീണു എന്നാൽ ആയുധ ശക്തിയിൽ മികച്ചു നിൽക്കുന്ന പറങ്കികളെ തടയുക നായന്മാർക്ക് അസാധ്യമായിരുന്നു. പോർച്ചുഗീസ് സൈനികരെ സഹായിക്കാൻ ചെറിയൊരു വിഭാഗം നായർ സൈനികരും തയ്യാറായി. ഒരു ഘട്ടത്തിൽ സാമൂതിരിയുടെ കാലാൾപ്പട മുഖാമുഖം ഏറ്റുമുട്ടുമെന്ന സ്ഥിതി വരെ സംജാതമായി, ബഹളം വർധിച്ചതോടെ  സാമൂതിരി തൻറെ തീരുമാന പ്രകാരമാണ് പിടിച്ചതെന്നും കുഞ്ഞാലിക്ക് ആപത്ത് സംഭവിക്കില്ലെന്നും വിളിച്ചു പറഞ്ഞു. അപ്പോഴേക്കും കുഞ്ഞാലിയെയും കൊണ്ട് പറങ്കികൾ സ്വന്തം പാളയത്തിലെത്തി കഴിഞ്ഞിരുന്നു. ഭൂരിഭാഗം വരുന്ന  നായന്മാരുടെ രോഷം ശമിപ്പിക്കാൻ പിന്നീടും രാജാവിന് നന്നേ പാടുപെടേണ്ടി വന്നു, കാര്യ സാധനത്തിനായി സാമൂതിരി പറങ്കികളെ  ആശ്രയിച്ചതിനാൽ ഇനി മുതൽ തങ്ങൾക്ക് രാജാവില്ലാ എന്നവർ വിളിച്ചു പറഞ്ഞു. കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെയുള്ള നീക്കത്തിന് പങ്കായം പിടിച്ച  ഫാദർ റോസിനെ വിളിക്കാൻ  ആവശ്യപ്പെട്ടപ്പോൾ ചില നായന്മാർ വാളൂരി രാജാവിന് നേർക്ക് ഓടിയടുത്തു. കിരീടാവകാശിയായ രാജകുമാരൻ തടഞ്ഞില്ലായിരുന്നുവെങ്കിൽ സാമൂതിരിക്ക് ജീവഹാനി വരെ സംഭവിച്ചേനെ. 

രംഗം ശാന്തമായപ്പോൾ ‘അഡ്മിറൽ ഫുർടാഡോയും’ സാമൂതിരിയും ഒന്നിച്ചു കോട്ടക്കുള്ളിലേക്ക് കടന്നു, കോട്ടയിലുള്ള മുതലുകൾ കൊള്ള ചെയ്യാനായി നായർ സൈനികരും പോർച്ചുഗീസ് സൈനികരും മത്സരിച്ചു. അമൂല്യ വസ്തുക്കൾ കിട്ടായായതോടെ കുഞ്ഞാലി എല്ലാം കുഴിച്ചിട്ടിരിക്കും എന്ന പ്രതീക്ഷയിൽ ഇരു കൂട്ടരും കുഴിയെടുക്കാൻ തുടങ്ങി, യുദ്ധ മുതലിനെ ചൊല്ലി നായന്മാരും പറങ്കികളും കലഹിച്ചു, അതോടെ പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യം പട തലവൻ ഉൾപ്പെടെയുള്ള നായർ ഭടന്മാരെ വെടി വെച്ചു കൊന്നു തള്ളി. പട്ടണവും വീടുകളും പറങ്കികൾ അഗ്നിക്കിരയാക്കി, പള്ളിക്ക് കൊളുത്തിയ തീ നായർ സൈനികർ അണച്ചു. ഗോവയിലേക്ക് യാത്ര തിരിക്കും മുൻപേ കല്ലിന്മേൽ കല്ല് അവശേഷിക്കാത്ത വിധത്തിൽ കോട്ടയും പട്ടണവും ഇടിച്ചു നിരത്തി. Portuguese Pirates and Indian Seamen p 185-88  കുഞ്ഞാലിയെ പോലെ മികച്ച ഒരു യുദ്ധവീരനെ ഒപ്പം നിർത്താൻ പറങ്കികൾ കഴിവതും ശ്രമിക്കുമെന്ന ഭയം സാമൂതിരിക്കുണ്ടായിരുന്നു, കുഞ്ഞാലി പറങ്കികൾക്കൊപ്പമായാലുള്ള പരിണിതി ഫലങ്ങളെ കുറിച്ച് തിരിച്ചറിവുള്ള രാജാവ് യാത്രയാകും മുൻപ് ഫുർടാഡോയോട് ഒരു കാര്യം മാത്രം ആവശ്യപ്പെട്ടു ‘കുഞ്ഞാലി ജീവനോടെ ബാക്കിയാവരുത്’.

വിചാരണ
തങ്ങളുടെ കരവലയത്തിൽ പെട്ട  അത്യുഗ്രനായ ശത്രുവിനെ വെറുതയങ് കൊന്നു കളയാൻ പറങ്കികൾ ഒരുക്കമായിരുന്നില്ല. കഴുത്താമവും, കൈയാമവും അണിയിക്കപ്പെട്ടു ചങ്ങലകളിൽ ബന്ധിതനായ  കുഞ്ഞാലിയെ കാണാൻ പറങ്കി പട്ടാളക്കാർ തിക്കും തിരക്കും കൂട്ടി. കഥകളിലൂടെ കേട്ടറിവുള്ള ആ ഭീകര ശത്രുവിൻറെ അരികെ പോകാൻ ചിലർ കൂട്ടാക്കിയില്ല. കുഞ്ഞാലി പിടിയിലായ വിവരം ഗോവയിൽ അറിഞ്ഞപ്പോൾ തെരുവിലിറങ്ങിയ ജനക്കൂട്ടം  ബാൻഡ് വാദ്യം മുഴക്കിയും ലഹരി വിളമ്പിയും  ആഘോഷിച്ചു, തീകുണ്ഡങ്ങൾ കൂട്ടിയും, മണിയടിച്ചും രണ്ടു ദിവസത്തോളം അവ നീണ്ടു നിന്നു. 

അന്ദ്രേ ഫുർടാഡോ കുഞ്ഞാലിയെ കീഴടക്കിയത്  വൈസ്രോയി ഫ്രാൻസിസ്കോ ഡി ഗാമയെ വിഷമവൃത്തത്തിലാക്കി. ലോകമാകെ കേളി പരക്കുന്ന  പോർച്ചുഗീസ് വീര ചരിതങ്ങളിൽ എന്നും സ്മരിക്കപ്പെടുന്ന വ്യക്തിത്വമായി സേനാധിപൻ ഫുർടാഡോ മാറുമെന്ന യാഥാർഥ്യം വൈസ്രോയിയുടെ ഉറക്കം കെടുത്തി. മാർച്ച് 18 ന് നേർച്ച കുർബാന നടത്തി,  മാർച്ച് 25 ശനിയാഴ്ചയോടെ ഭീകരനായ ശത്രുവിനെയും വഹിച്ചു പോർച്ചുഗീസ് പടക്കപ്പലുകൾ ഗോവയിലേക്ക് തിരിച്ചു, യാത്രക്കിടെ കണ്ണൂരിൽ തങ്ങി കുഞ്ഞാലിയെയും കൂട്ടരെയും അവിടെ പ്രദർശിപ്പിച്ചു. കുഞ്ഞാലിയെയും സംഘത്തെയും കണ്ണൂരിലെ ക്യാപ്റ്റന് കൈമാറി വേണാട് കൊല്ലം ആക്രമിക്കാനുള്ള വൈസ്രോയിയുടെ ഉത്തരവ് ലഭിച്ചെങ്കിലും ചരിത്രത്തിൻറെ ഭാഗമാകാനുള്ള സുവർണാവസരമാണ് തന്നിൽ നിന്നും തട്ടിപ്പറിക്കുന്നത് എന്നുത്തമ ബോധ്യമുള്ള അഡ്മിറൽ ‘കുഞ്ഞാലിയെ’ കൈമാറാൻ വിസമ്മതിച്ചു. ഏപ്രിൽ 11 ന്  ഫർട്ടാഡോയുടെ കപ്പൽ വ്യൂഹം തടവുകാരെയും കൊണ്ട് ഗോവയിലെത്തി. Indian Pirates p 140 ഭീകരനായ ബന്ദിയെ കാണാൻ  പൗരപ്രധാനികളുടക്കമുള്ള  ആബാലവൃദ്ധം ജനങ്ങളും ഒഴുകിയെത്തി, ദേശീയ നായകനായി മാറിയ ഫുർട്ടാഡോയ്ക്ക് ഗംഭീര വരവേൽപ്പാണ് ഗോവയിലെ പൗരാവലി ഒരുക്കിയത്. ഫുർടാഡോയുടെ കപ്പലുകളെ നിരവധി നൗകകളും, കപ്പലുകളും ചേർന്ന് വരവേറ്റു മാണ്ഡവി നദിയിലേക്ക് ആനയിച്ചു, കപ്പലുകളിൽ നിന്നും ആരവങ്ങളോടെ പീരങ്കി വെടികൾ ഉതിർത്തു കൊണ്ട് ആചാര വരവേൽപ് നൽകി കൊണ്ടായിരുന്നു ജല സ്വീകരണം, പതാകകളാലും, മരച്ചില്ലകളാലും പച്ചപ്പിനാൽ  അലങ്കരിക്കപ്പെട്ട പട്ടണവും, കതിന വെടികളും അടക്കിവെക്കാനാവാത്ത ആഹ്ലാദം അണപൊട്ടിയൊഴുകിയ ഉദ്യോഗസ്ഥവൃദ്ധവും, ജനക്കൂട്ടവും ഗോവയെ ആരവമുഖരിതമാക്കി. വെർകാഡോ, ആർച്ച് ബിഷപ്പ്, നിയമ നീതി വകുപ്പ് തലവൻ എന്നിവർ കവാടത്തിനരികിൽ സ്വാഗതമോതി, ഫ്രാൻസിസ്കോ ഡി ഗാമ മനഃപൂർവ്വം ഫുർട്ടാഡോയെ അവഗണിച്ചു, നിയമ മേധാവിക്ക് കൈമാറി രഹസ്യമായി കുഞ്ഞാലിയെയും സംഘത്തെയും ജയിലേക്കെത്തിക്കണമെന്ന് നിർദേശം നൽകി.  വൈസ്രോയിയുടെ കൽപ്പന തള്ളിയ അഡ്മിറൽ ‘വൈസ്രോയി’ തുറമുഖത്ത് വന്നാൽ ജനക്കൂട്ടത്തെ സാക്ഷിയാക്കി താൻ കുഞ്ഞാലിയെ കൈമാറും എന്ന് ശഠിച്ചു, ആർച് ബിഷപ്പ് ഇടപെട്ടിട്ടും രണ്ടുപേരും വിട്ടു വീഴ്ച ചെയ്യാതെ മൂന്ന് ദിവസത്തോളം തർക്കം തുടർന്നു. അതിനിടെ  ചില മാപ്പിള തടവുകാരെ ജനക്കൂട്ടം ആക്രമിച്ച് കൊന്നതോടെ തർക്കമവസാനിപ്പിച്ച അഡ്മിറൽ രാത്രിയുടെ മറവിൽ കുഞ്ഞാലിയെയും സംഘത്തെയും രഹസ്യമായി കോൺട്രോ തടവറയിലടച്ചു. C.R.Boxer and Frdo de Vasconcelos, Andre' Furtado de Mendonsa 1558-1610, (biography) Lisboa, 1956, pp. 20 -35 കുഞ്ഞാലിയെയും മരുമകനെയും 40 പോരാളികളെയും ഭൂമിയിലെ നരകം എന്ന പേരിൽ പ്രസിദ്ധമായ ജോൺ ട്രോൻകോ തടവറയിൽ ബന്ധിതരാക്കി. നടപടികൾ പൂർത്തിയാക്കി  രാജ്യദ്രോഹ കുറ്റം ചുമത്തി മുഹമ്മദ് അലി മരക്കാരിനെയും സംഘത്തെയും കാംബ്രാ പ്രെസിഡീയൽ വധ ശിക്ഷയ്ക്ക് വിധിച്ചു.  
അതി ക്രൂരമായ പീഡനങ്ങളായിരുന്നു കുഞ്ഞാലിക്ക് തടവറയിൽ നേരിടേണ്ടി വന്നത്. പീഡനങ്ങളെ അസാമാന്യ മനഃ സംയമനത്തോടെ നേരിട്ട  മരക്കാരിനെ മാനസികമായി പീഡിപ്പിക്കാനും പറങ്കികൾ ആവോളം ശ്രമിച്ചിരുന്നു. കൊല്ലൻ ആണിയടിക്കുന്ന ശബ്ദം തടവറയിൽ കുഞ്ഞാലി കേൾക്കും വിധത്തിലായിരുന്നു  ശിരഛേദത്തിനായുള്ള ഗില്ലറ്റിൻ നിർമാണം പോലും, തടവറയിൽ കുഞ്ഞാലി നാലാമൻ കാട്ടിയ മാനസിക ദൃഢത കഠോരഹൃദയരായ ശത്രുക്കളുടെ  ആദരം പോലും നേടും വിധമായിരുന്നു. അതോടെ പീഡനങ്ങൾക്ക് പകരം പ്രലോഭനങ്ങളായി അതിനും വശംവദനാകാതെ വന്നപ്പോൾ മതപരിവർത്തനം നടത്തിയാൽ രക്ഷ ലഭിക്കുമെന്ന വാഗ്ദാനങ്ങൾ നൽകി മതമേലധ്യക്ഷന്മാരുടെ സന്ദർശനങ്ങളായി. വധശിക്ഷയുടെ തലേനാൾ വരെ ആർച് ബിഷപ്പും പാതിരിമാരുമടങ്ങുന്ന വലിയൊരു സംഘം മതപരിവർത്തനായുള്ള കഠിന ശ്രമത്തിലായിരുന്നു, മുറാഖബ അനുഷ്ഠിച്ചു  ധ്യാന നിമഗ്നരായി വേദ പാരായണവും, സ്തോത്രങ്ങളും പ്രാർത്ഥനകളുമായി ദിനങ്ങൾ തള്ളി നീക്കിയ കുഞ്ഞാലി ഇത്തരം ആവശ്യങ്ങളെ സൗമ്യമായി നിരാകരിച്ചു. തടവറയിലെ കുഞ്ഞാലിയുടെ പ്രാർത്ഥനകൾ ഭൂരിഭാഗവും മൗനമായിരുന്നുവെന്ന് ദൃസാക്ഷികളെ ഉദ്ധരിച്ച് പോർച്ചുഗീസ് ലിഖിതങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കുന്നു, കുറിച്ചെടുക്കപ്പെട്ട സ്പഷ്ടമല്ലാത്ത ചില വാചകങ്ങളുടെ നേർവാക്ക്  ‘കനകം വിളയുന്ന എൻറെ നാട് പറങ്കികൾക്ക് അടിമപ്പെടാതെ കാക്കാൻ റബ്ബ് എനിക്കായി ഒരു കൂട്ടത്തെ സൃഷ്ടിക്കട്ടെ’ എന്നതാണെന്ന് മലയാള ചരിത്രകാരന്മാർ സാക്ഷീകരിക്കുന്നു.history of calicut muslim’s 92  

വധശിക്ഷ 
രാവിൽ ഉറക്കമൊഴിഞ്ഞു സമ്പൂർണ്ണ പ്രാർത്ഥനയിൽ മുഴുകി അനിവാര്യമായ  മരണത്തെ വരവേൽക്കാൻ കുഞ്ഞാലി തയ്യാറെടുത്തു, വധ ദിനം പുലർന്നു, പോർച്ചുഗീസ് ഗോവയ്ക്ക് അന്ന് സമ്പൂർണ്ണ അവധിയായിരുന്നു, ഉത്സവ മെന്ന പോലെ തെരുവുകൾ അലങ്കരിക്കപ്പെട്ടു,  ഗ്രാൻഡി, റുഅദൊ ഡിരൈദ, വൈസ്രോയി പാലസ്, ആർച്ച് ഓഫ് കൺസപ്ഷൻ, എന്നിവയ്ക്കിടയിലുള്ള വിശാലമായ പ്രദേശത്ത്  ഗാലറികൾ ഉയർത്തി കൊലമരം സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടിരുന്നു. പുതു പുത്തൻ വസ്ത്രങ്ങളണിഞ്ഞും വാദ്യോപകരണങ്ങളേന്തിയും ആഘോഷ നാളിനെ അനുസ്മരിപ്പിക്കും വിധത്തിൽ  ആബാല വൃദ്ധം ജനങ്ങൾ മൈതാനത്തേക്കൊഴുകി. ബിഷപ്പുമാരും, പാതിരിമാരും, കന്യാസ്ത്രീകളും അടങ്ങുന്ന മത മേധാവികൾ ആദ്യമേ ഇരിപ്പിടങ്ങളിൽ സ്ഥാനം പിടിച്ചു. സൈനികരും, മേധാവികളും, രാജ കുടുംബങ്ങളും വിശിഷ്ട വ്യക്തികളും പ്രത്യേകമായി തയ്യാറാക്കിയ ഇരിപ്പടത്തിൽ ആസനസ്ഥരായി.  ആരവങ്ങളോടെ ശബ്ദ മുഖരിതമായ അന്തരീ ക്ഷത്തിൽ വൈസ്രോയിയുടെ വരവറിയിച്ചു കൊമ്പ് വിളി മുഴങ്ങി, ഫ്രാൻസിസ്‌കോ ഡ ഗാമ അലങ്കരിച്ച മട്ടുപ്പാവിൽ ഉപവിഷ്ടനായി, ഇടത് ഭാഗത്തായി ആർച് ബിഷപ്പ് അലക്സി ദെ  മെനിസിസ് സ്ഥാനം പിടിച്ചു. പ്രത്യേകം സജ്ജമാക്കിയ കവാടത്തിലൂടെ  ചങ്ങലകളിൽ ബന്ധിതനായി കുഞ്ഞാലി ആനയിക്കപ്പെട്ടു, പിന്നിൽ  സമാനമായി ചിന്നാലി അടക്കമുള്ള  മരയ്ക്കാർ പടയാളികളും, കുഞ്ഞാലിയെ കണ്ടതും കൊലപാതക ഹരം പൂണ്ട ജനക്കൂട്ടം അത്യുച്ചത്തിൽ ആർത്തുവിളിച്ചു ആർമാദിച്ചു. ശിരച്ഛേദനത്തിനായി തയ്യാറാക്കിയ കൊലമരത്തിനരികിലേക്ക് അക്ഷോഭ്യനായി നടന്നടുത്ത മരക്കാർ ആരവങ്ങൾ മുഴക്കി കൊണ്ടിരുന്ന കാണികളെ  കൗതുകമാർന്ന ചെറുപുഞ്ചിരിയാൽ സാകൂതം വീക്ഷിച്ചു.  ഹർഷാരവം മുഴക്കിയവർ മൗനികളാകാൻ തുടങ്ങി, ശബ്ദതീവ്രത കുറഞ്ഞു ജനസഞ്ചയം  നിശബ്ദരായി. കൊലമരത്തിനരികെ കുഞ്ഞാലി പ്രകടിപ്പിച്ച അസാമാന്യ ധീരതയും, സ്വാഭിമാനവും, ആഭിജാത്യവും പിൽകാലത്ത് യൂറോപ്യർ  പോലും വാഴ്ത്തിപ്പാടി. Voyage to the east indies,vol.1.p 315 കൊലവിളി മുഴക്കിയ ശത്രു കൂട്ടത്തിൻറെ ആദരവ് പിടിച്ചു പറ്റാൻ കുഞ്ഞാലിക്കായി എന്ന് ചരിത്രകാരന്മാരും നിരൂപിക്കുന്നു.O.K. Nambiar, Portuguese Pirates and Indian Seamen 178-99 ആരാചാർ ബലി പീഠത്തിനരികിലേക്ക് മുഹമ്മദ് അലി മരക്കാരെ ആനയിച്ചു. ചുറ്റിലും കണ്ണോടിച്ച ശേഷം അദ്ദേഹം കഴുത്ത് താഴ്ത്തി. പിന്നീട് എന്തോ ഓർത്തെടുത്ത പോലെ വീണ്ടും തല ഉയർത്തി സാമൂതിരിയോടെന്ന വണ്ണം എന്തൊക്കെയോ മൊഴിഞ്ഞു. വീഴാൻ നിൽക്കുന്ന മഴുവിന് താഴെ തൻറെ ശിരസ്സ് സമർപ്പിച്ചു കൊണ്ട് സ്തോത്രങ്ങൾ ഉരുവിട്ടു, ഉയർന്നു വീണ മൂർച്ചയേറിയ കാരിരുമ്പ് കഴുത്ത് കണ്ടിച്ചു ശിരസ്സും ദേഹവും രണ്ടാക്കി മാറ്റി. പിന്നാലെ കുഞ്ഞാലിയുടെ മരുമകനും, ചിന്നാലിയുൾപ്പെടയുള്ള 40 വീര സൈനികരും തങ്ങളുടെ സേനാധിപൻറെ മാർഗ്ഗത്തിൽ തല വേർപെട്ട് മൈതാനങ്ങളിൽ പിടഞ്ഞു വീണു. Murkot Ramunny (1993). Ezhimala: The Abode of the Naval Academy. Northern Book Centre. p. 43 
ചേതനയറ്റ  കുഞ്ഞാലി നാലാമൻറെ മൃതശരീരം കണ്ടിട്ടും പറങ്കികളുടെ രോഷം ശമിച്ചില്ല. ക്രോധം തീർക്കാൻ മൃതദേഹം അവർ നാലാക്കി അറുത്തു മാറ്റി. കൈകാലുകളും,  ചീന്തിയ ശരീരവും പൻജിമിലും, ബാർഡീസിലും ശൂലത്തിന്മേൽ കോർത്ത് തൂക്കി. തല ഉപ്പിലിട്ടു കണ്ണൂരിലേക്കയച്ചു കുന്തത്തിൽ നാട്ടി സെന്റ് ആഞ്ജലോ കോട്ട തീരത്ത് പ്രദർശിപ്പിച്ചു. Danuers F. C, Portuquese in India, Vol. l, London, (1 894), P. 188  Nambiar, O.K., Our Seafearing in the Indian Ocean, Bangalore, 1975, pp.178-199
കുഞ്ഞാലിയുടെ തല മണ്ണിൽ ഉരുളുന്നത് കാണാൻ തടിച്ചു കൂടിയ  ജനക്കൂട്ടത്തിനിടയിൽ എല്ലാത്തിനും സാക്ഷിയായി  ഇമകൾ ചിമ്മാതെ  പ്രതികാരാഗ്നി സ്ഫുരിക്കുന്ന മിഴികളോടെ  ചങ്ങല മാലയണിഞ്ഞു ഇരിപ്പുണ്ടായിരുന്ന ഒരടിമ പിൽകാലത്ത് പറങ്കികളുടെ അന്തകനായി മാറി. കുട്ടി അലി എന്ന  ഡോൺ പെഡ്രോoknambiar,Our Seafaring in the Indian ocean, jeevan publications p 66

പിൽക്കാല നിഗമനങ്ങൾ 
നൂറ്റാണ്ട് നീണ്ടു നിന്ന പോർച്ചുഗീസ് വിരുദ്ധ യുദ്ധങ്ങളിൽ യുദ്ധമുഖത്ത് വധിക്കപ്പെട്ട കുഞ്ഞാലിമാർ ഉണ്ടെങ്കിലും ഒരു കുഞ്ഞാലി പോലും കീഴടങ്ങിയ ചരിത്രമില്ല.പോർച്ചുഗീസിന് മുന്നിലല്ല സ്വന്തം രാജാവായ സാമൂതിരിയുടെ മുൻപിലാണ് കുഞ്ഞാലി നാലാമൻ ഉടവാൾ വെച്ച് യുദ്ധം അവസാനിപ്പിച്ചത്. ഇത് സ്ഥാന ത്യാഗത്തിന് തുല്യമാണ് താനും. Kavalam Madhava Panikkar,A History Of Kerala, annamalai university(1960) p129
എന്ത് കൊണ്ട് ചൊൽകൊണ്ട വീരൻ ഉടവാൾ വെച്ച് കീഴടങ്ങി !! നിഗമനങ്ങൾ പലതാണ്. ശുദ്ധജല- ഭക്ഷ്യ ദൗർലഭ്യവും, കോട്ടയിലെ ആയിരത്തോളം സ്ത്രീ-കുട്ടികളുടെ രക്ഷ ഓർത്തുമാണ് കീഴടങ്ങൽ എന്നാണ് ഭൂരിപക്ഷാഭിപ്രായം. രാജാവ് ചതിക്കില്ലെന്നും, രാമേശ്വരത്ത് കോട്ടകെട്ടി  തുടരാം എന്നൊക്കെയുള്ള അമിത ആത്മവിശ്വാസമാണ് കുഞ്ഞാലിയെ വീഴ്ത്തിയതെന്നാണ് മറ്റൊരഭിപ്രായം, കുഞ്ഞാലിയുടെ സഹോദരനും സഹ സേനാപതിയുമായ കുട്ടി മൂസ ഒന്നാം കോട്ടക്കൽ യുദ്ധത്തിൽ കൊല്ലപ്പെട്ടതാണ് കീഴടങ്ങലിനു വഴിയൊരുക്കിയതെന്ന് പറയുന്നവരുണ്ട്. തന്ത്രജ്ഞനായ സഹോദരൻ ഉണ്ടായിരുന്നുവെങ്കിൽ ഈ കീഴടങ്ങൽ നടക്കില്ലായെന്നും വിധി മാറിമറിഞ്ഞേനെയെന്നും അവർ കരുതുന്നു. സാമൂതിരി കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെ നടത്തിയ വെറ്റില ക്ഷുദ്രപ്രയോഗമാണ് കുഞ്ഞാലിയെ തളർത്തിയത് എന്ന് വിശ്വസിച്ചവരും കുറവല്ല. Rajaram Narayan Saletore, Indian Pirates, concept publishing page 142

നൂറ്റാണ്ടുകൾ ബേധിച്ച ഗാഢബന്ധം തകർത്ത് രാജാവ് സാമൂതിരി തൻറെ പടനായകനെ ചതിച്ചു കൊല്ലാൻ ഇടയാക്കിയ സാഹചര്യങ്ങളെ കുറിച്ച് പല വിധ നിഗമനങ്ങൾ പിൽകാലത്ത് രൂപപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്. പോർച്ചുഗീസ് രേഖകളുടെയും, ചരിത്രകാരന്മാരുടെയും അവകൾ അവലംബിച്ചവരുടെയും നിഗമനങ്ങളാണ് ഇവയിൽ പ്രധാനം.

കുഞ്ഞാലിമാരെ കടൽ കൊള്ളക്കാരായാണ് ഇത്തരം രേഖകൾ വിശേഷിപ്പിക്കുന്നത്. പോർച്ചുഗീസ് സാമ്രാജ്യ തിട്ടൂര പ്രകാരം  കടലുകളുടെ അധിപൻ പോർച്ചുഗീസ് രാജാവാണ്. ലോകത്ത് കടൽ വഴി വാണിജ്യ-സഞ്ചാരങ്ങൾ നടത്തുന്ന ആരും ആ  തിട്ടൂരം അംഗീകരിക്കേണ്ടിയിരുന്നു. ഒന്നെങ്കിൽ പോർച്ചുഗീസ് വഴി അല്ലെങ്കിൽ അവരുടെ അനുമതിപത്രം(കാർട്ടാസ്)  വിലകൊടുത്തു വാങ്ങി അല്ലാതെയുള്ള സമുദ്രസഞ്ചാരം അവർ അനുവദിച്ചിരുന്നില്ല. ഈയൊരു മേധാവിത്യത്തെ മലയാളക്കരയിൽ  കുഞ്ഞാലിമാർ വെല്ലുവിളിച്ചു. കടലുകൾ സ്വതന്ത്രമാണ് എന്ന് കുഞ്ഞാലിമാർ പ്രഖ്യാപിച്ചു. മലയാള രാജ്യങ്ങൾ വഴിയുള്ള കച്ചവടത്തിന് പറങ്കികൾക്ക് ചുങ്കം കൊടുക്കില്ല എന്ന നിലപാടെടുത്തു. ഇത്തരം ധീര നിലപാടുകൾ വെച്ച് പുലർത്തിയവരെ ആക്രമിക്കാനും വധിക്കുവാനും അടിമകളാക്കുവാനും കപ്പലുകൾ പിടിച്ചെടുക്കുവാനുമുള്ള അധികാരം ക്രിസ്തുമത സഭയാൽ പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യത്തിന് ലഭിച്ചിരുന്നു. ഈ അധികാരത്തെയും ചോദ്യം ചെയ്ത് ആക്രമണങ്ങൾക്ക് പ്രതികാരമായി പോർച്ചുഗീസ് സൈനികരെയും, കപ്പലുകളെയും ആക്രമിക്കുകയും കൊലപ്പെടുത്തുകയും കൊള്ളയടിക്കുകയുമായിരുന്നു മലബാർ നാവികർ ചെയ്തത്. തങ്ങളുടെ അധീനതയിലുള്ള സമുദ്രങ്ങളിൽ തങ്ങളെ വെല്ലുവിളിച്ചു ആക്രമണങ്ങൾ  നടത്തിയവർ കടൽകൊള്ളക്കാരാണ് എന്ന സിദ്ധാതമായിരുന്നു പറങ്കികൾക്ക്. സാമൂതിരി രാജാവ് പറങ്കികളെ കൊള്ളയടിക്കാനായി നിയോഗിച്ച കടൽ കൊള്ളക്കാർ ആയിരുന്നു പോർച്ചുഗീസ് ദൃഷ്ടിയിൽ കുഞ്ഞാലിമാർ.Ferriya y souza p 25Om Prakash, The Trading World of the Indian Ocean, 1500-1800,(2012)vol;3,part;7 , A History Of Kerala,p 128

പോർച്ചുഗീസ് ലിഖിതങ്ങൾ അനുസരിച്ചു സാമൂതിരി -കുഞ്ഞാലി മരക്കാർ തെറ്റിപ്പിരിയയലിൽ പോർച്ചുഗീസ് സാമ്രാജ്യം നിരപരാധികളാണ്. കുഞ്ഞാലി മരക്കാർ ഉള്ളാൾ രാഞ്ജി തിരുമല ദേവിയുടെ  സഹായത്തോടെ കോഴിക്കോട് രാജ്യം പിടിച്ചെടുക്കുമെന്ന് സാമൂതിരിക്ക് ഉണ്ടായ ഭീതിയാണ് അസ്വാരസ്യങ്ങൾക്ക് പിന്നില്ലെന്ന്  അവർ നിരൂപിക്കുന്നു. സാമൂതിരിയുടെ ആനയുടെ  വാൽ കുഞ്ഞാലിയുടെ ഭടന്മാർ വെട്ടിയരിഞ്ഞതും, അരയോൾ നായരെയും, തമ്പുരാട്ടിയെയും ആക്രമിച്ചതുമെല്ലാം വൈര്യാഗത്തിനു കാരണമായി ഇത്തരം രേഖകൾ ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നുണ്ട്. ഇന്ത്യൻ സമുദ്രങ്ങളുടെ അധിപൻ, മാപ്പിള യോദ്ധാക്കളുടെ നേതാവ്, പറങ്കികളുടെ അന്തകൻ എന്നീ പട്ടങ്ങൾ കുഞ്ഞാലി നാലാമൻ സ്വന്തം പേരിനൊപ്പം ചേർത്തതും, രാജാവിനെ പോലെ ജീവിതം നയിച്ചതും, വടക്കൻ പാട്ടുകളിലെ പുകഴ്ത്തലുകളും സാമൂതിരിയെ പ്രകോപിപ്പിച്ചെന്നും സ്വന്തം അധികാരത്തിനു ഭീഷണിയാകുമെന്ന് ഭയന്ന് ചതിച്ചു കൊല്ലാൻ പ്രേരിപ്പിച്ചെന്നും വിവരിക്കുന്നു. Danvers, The Portuguese in India- Being a History of the rise and Decline of their Eastern Empire, vol. II, p. 112. Antonio de Gouveia, Jornada do Arcebispo, Coimbra, 1603, p. 94;  Pius Malekanbdathil, Jornada of Dom Alexis de Menezes: A Portuguese Account of the sixteenth Century Malabar , Kochi, 2003, p.110.  Albert Gray, The Voyage of Francois Pyrard of Laval to the East Indies, the Maldives,, p.352.

അനുകൂല വാദങ്ങൾ  
കുഞ്ഞാലിമാരും മരക്കാർ പടയും ഒരു ദേശീയ പോരാട്ട സംഘം എന്നതിലുപരിയായി രാഷ്ട്രാന്തരീയ യുദ്ധങ്ങൾ നടത്തി നിപുണത തെളിയിച്ച പടയാളി കൂട്ടങ്ങളാണ്. സിലോണിലും ജാഫ്നയിലും മലാക്കയിലുമൊക്കെ നാവിക കേന്ദ്രങ്ങൾ ഉണ്ടായിരുന്ന ശക്തിമത്തായ സൈന്യം. ഉപ ഭൂഖണ്ഡങ്ങൾ താണ്ടി ചെറുത്ത് നിൽപ്പിനു പുതിയ മാനവും ഭാവവും നൽകി ലോക നാവിക ശക്തിയായ പോർച്ചുഗീസ് സാമ്രാജ്യത്തോട് ഒരു നൂറ്റാണ്ട് കാലം കടലിലും കരയിലും പൊരുതിയവർ, ഉള്ളാളും മധുരയുമടങ്ങുന്ന ഇന്ത്യൻ തീരരാജ്യങ്ങളെ പോർച്ചുഗീസ് ആക്രമണങ്ങളിൽ നിന്നും പലപ്പോഴും രക്ഷിച്ചെടുത്തത് കുഞ്ഞാലിമാരായിരുന്നു. അപ്രകാരം പതിനാറാം നൂറ്റാണ്ടിലെ ലോകമഹാശക്തിയായ ഓട്ടോമൻ സൈന്യത്തോടൊപ്പം തോൾ ചേർന്ന് പൊരുതിയ മഹാവീരരാണിവർ. THE ARRIVAL OF THE EUROPEANS page43 , Qazi Muhammed, Fath-al-Mubm, op cit, p.247
അറബ് സൈന്യം, മംലൂക് സൈന്യം, ബീജാപൂർ സൈന്യം, ഗുജറാത്ത് സേന, സിലോൺ സൈന്യം എന്നീ മഹാസേനകളുടെ സഖ്യ കക്ഷിയിൽ അംഗമായിരുന്നു മരക്കാർ പട. മേൽപറയപ്പെട്ട വൻ ശക്തി കളൊക്കെ സൈനിക സഹകരണവുമായി കോഴിക്കോട് വരികയും തമ്പടിക്കുകയും ചെയ്തിട്ടുണ്ട്.  K. K. Nair, Sweat and Sword: Trade, Diplomacy and War in Kerala Through the Ages  p147  Barros, p. 293-96   ഇവകൾ ഉദ്ധരിച്ചു സൈനിക ശക്തിയിൽ മരക്കാർ പടയെക്കാൾ ശക്തി കുറഞ്ഞ ഉള്ളാൾ കൊച്ചി രാജ്യങ്ങൾക്കൊപ്പം പുതിയ രാജ്യമുണ്ടാക്കാൻ കുഞ്ഞാലി ശ്രമിക്കുന്നുവെന്ന  അഭ്യൂഹങ്ങളാണ് സാമൂതിരിയുടെ ചതിക്ക് പിന്നിലെന്ന ആരോപണങ്ങൾ പല ചരിത്രകാരന്മാരും നിരാകരിക്കുന്നു. മുസ്ലിം  രാജ്യങ്ങളുമായി ചേർന്ന് പുതുപ്പട്ടണം ആസ്ഥാനമാക്കി ഭാവിയിൽ പുതിയ രാജ്യം കുഞ്ഞാലി സ്ഥാപിച്ചേക്കുമോ എന്ന ഭയമാണ് സാമൂതിരിയെ അറ്റ കൈക്ക് പ്രേരിപ്പിച്ചതെന്ന് ചില ആധുനിക പഠനങ്ങൾ വാദിക്കുന്നുണ്ടെങ്കിലും,zamorin of calicut Pp211-12 തൊട്ടടുത്തുള്ള മുസ്ലിം രാജാവ് ‘അറക്കൽ ആലി രാജയെ’ ശത്രു പക്ഷത്ത് നിർത്തിയ കുഞ്ഞാലിയുടെ പ്രവർത്തനങ്ങൾ ഇത്തരം വാദങ്ങളുടെ ആധികാരികതയെ സംശയത്തിലാക്കുന്നു. 

സാമൂതിരിയുടെ ആനവാൽ വെട്ടിയത്, അരയോൾ തമ്പുരാനും  തമ്പുരാട്ടിയും  ആക്രമിക്കപ്പെട്ട സംഭവം എന്നിവകളിലും ചരിത്രപരമായി ചില ദുരൂഹതകൾ കാണാം. കുഞ്ഞാലി കോട്ടയിലേക്ക് ദൂത് പോയപ്പോഴാണ് അക്രമിക്കപ്പെട്ടതെന്നും, അരയോൾ കോവിലകം കൈയേറിയാണ് ആക്രമണം നടത്തിയതെന്നും രണ്ട് ഭാഷ്യങ്ങളുണ്ട്. നായർ സാമന്തന്മാർ ദൂതുമായി പോവുക അസംഭവ്യമാണെന്നതും ഈ കാര്യങ്ങൾ പ്രചരിപ്പിച്ച ‘അരയോൾ പത്ഭനാനാഭാ കർത്ത’ കടുത്ത കുഞ്ഞാലി വിരോധിയും പോർച്ചുഗീസ് ആശ്രിതനുമാണെന്നതും പ്രസ്താവ്യമാണ്. അഭ്യൂഹങ്ങൾ പറഞ്ഞു പരത്തിയ ‘പാതിരി അന്റോണിയോ’ പോർച്ചുഗീസ് ചാരനും, കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെ അരചനെ ചലിപ്പിച്ചവരിൽ പ്രധാനിയായ സാമൂതിരിയുടെ മരുമകനും, രാജകുമാരനുമായ ഉണ്ണിയാരെ ചെറാരെ (ചെറായി) എന്ന ‘കുമാരൻ ഏറാടി’ പോർച്ചുഗീസ് പക്ഷ പാതിയുമാണ്. James HOUGH, The history of christianity in India, Volume 1 page 381   
നാലാം കുഞ്ഞാലി  കോട്ടക്ക് തൊട്ടടുത്തായി താമസിച്ച  നായർ  തറവാട്ടിലെ  സ്ത്രീയെ അപമാനിച്ചതാണ് സാമൂതിരിയെ പ്രകോപിതനാക്കിയത് എന്നുള്ള പരാമർശങ്ങളും O. K. Nambiar, The Kunjalis; Admirals of Calicut, Ask Publishers, Bombay പഠന വിധേയമാക്കണമെന്ന് പിൽക്കാല പഠനങ്ങൾ പറയുന്നു. പുതുപ്പട്ടണവും, കുഞ്ഞാലി കോട്ടയും വടക്കേ കരയിലെ ജനവാസമില്ലാത്ത പ്രദേശത്ത് കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻ കെട്ടി പൊക്കിയ പട്ടണവും കോട്ടയുമാണ്. മുസ്ലിം മത വിഭാഗത്തിൽ പെട്ടവരായിരുന്നു അവിടങ്ങളിൽ ചേക്കേറി പാർത്തത്. തൊട്ടടുത്തുള്ള തീരപ്രദേശങ്ങളിൽ അരയന്മാരും കര പ്രദേശങ്ങളിൽ തീയ്യ വിഭാഗക്കാരും ആയിരുന്നു അക്കാലത്ത് നാമമാത്രമായി ഉണ്ടായിരുന്ന മറ്റ് ജനവിഭാഗങ്ങൾ.  കടലോരങ്ങളിലെ പാർപ്പുകൾ   നായന്മാരുടെ ചര്യ അല്ലെന്നിരിക്കെ അയൽ നാട്ടിലെ നായർ തറവാട്ടിലെ പെൺകൊടിയേ ദത്തെടുത്ത സംഭവം  വക്രീകരിക്കപ്പെട്ടതാണിതെന്ന് പഠനങ്ങൾ  പലതും അവകാശപ്പെടുന്നു. PV muhammad marakkar. Ariya Pedatha Kunnalimarakkar
കുഞ്ഞാലിക്കെതിരായ സൈനിക നീക്കത്തിന് നായർ പടയാളികളിൽ ഭൂരിഭാഗവും എതിരായിരുന്നു, തച്ചോളി ഒതേനൻ, മേപ്പയിൽ കുറുപ്പ് തുടങ്ങിയ വീര നായർ പ്രമാണിമാർ കുഞ്ഞാലി അനുകൂലികളായിരുന്നു. വടക്കേക്കരയിലെ നായർ പ്രമുഖൻ വാഴുന്നോർ, ഉത്തര അരയോൾ നായർ സാമന്തൻ, കടത്തനാട്ട് രാജ എന്നിവർ കുഞ്ഞാലിയോട് അനുഭാവം പുലർത്തിയവരാണ്. റാണി തിരുമല ദേവി കൊടുത്തയച്ച ഭക്ഷ്യ വിഭവങ്ങൾ കുഞ്ഞാലിക്ക് നൽകാൻ ശ്രമിച്ചത് കോലത്ത് നാട്ടിലെ അടിയോടി നായരാണ്. മങ്ങാട്ടച്ചൻ, പാറനമ്പി എന്നിവരൊക്കെയും കുഞ്ഞാലിക്കെതിരായ ആക്രമണത്തിന് പിന്തുണ നൽകാത്ത രാജ പ്രമുഖരാണ്, ഇക്കാര്യങ്ങളൊക്കെയും ജാതീയമായ വേർതിരിവല്ല കുഞ്ഞാലിക്കെതിരായ നീക്കത്തിന് പിന്നില്ലെന്നു വ്യക്തമാക്കുന്നു.  

ഇന്ത്യൻ സമുദ്രങ്ങളുടെ അധിപൻ, മാപ്പിള യോദ്ധാക്കളുടെ നേതാവ്, പറങ്കികളുടെ അന്തകൻ എന്നീ പട്ടങ്ങൾ കുഞ്ഞാലിക്ക് മേൽ ചാർത്തപ്പെടുന്നത് ഒന്നാം കോട്ടക്കൽ യുദ്ധ വിജയത്തെ തുടർന്നാണ്. Essays in Goan History p 34 പോർച്ചുഗീസ് അഡ്മിറൽമാർ ഉപയോഗിച്ചിരുന്ന Regedor do Mar/ Almirante dos mares (സമുദ്രങ്ങളുടെ അധിപതി), Almirante dos mares da Indio (ഇന്ത്യൻ സമുദ്രങ്ങളുടെ അധിപതി) എന്നിവയുടെ മറുപുറം മാത്രമായിരുന്നു ഇത്തരം വിശേഷണങ്ങൾ. Regent of the seas THE PORTUGUESE, INDIAN OCEAN AND EUROPEAN BRIDGEHEADS 1500-1800 page 260 Glen james, Em Nome De Deus: The Journal of the First Voyage of Vasco Da Gama to India 1497-99,p157
മലയാള കരയിലെ കൊളോണിയൽ വിരുദ്ധരുടെ പ്രത്യേകിച്ചും മുസ്ലിം പ്രമാണിമാരുടെയും, യോദ്ധാക്കളുടെയും പിന്തുണ ആർജ്ജിക്കാനാണ് ഇത്തരം തലകെട്ടുകൾ കുഞ്ഞാലി ചാർത്തിയതെന്നാണ് പൊതുവെ വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നത്. Dr ck kareem,Kerala Muslim History Directory Part-1,(1997)p184
ഒന്നാം കോട്ടക്കൽ യുദ്ധം ആരംഭിക്കാൻ ഇടയാക്കിയ സാമൂതിരി കുഞ്ഞാലി അസ്വാരസ്യങ്ങൾക്ക് പിന്നിൽ യുദ്ധത്തിന് ശേഷം കുഞ്ഞാലിയിൽ ചാർത്തപ്പെട്ട ബഹുമതി നാമങ്ങളാണെന്ന് പറയുന്നതിലും പൊരുത്തക്കേടുകളുണ്ടെന്ന വാദവും ശക്തമാണ്.  . മധ്യ കാലഘട്ടങ്ങളിൽ  വീരന്മാരെ പുകഴ്ത്തി പാടൽ  അസാധാരണമല്ലാതിരിക്കെ വടക്കൻ പാട്ടുകളിൽ കുഞ്ഞാലിയെ വീരനായകനായി ചിത്രീകരിച്ചതിനാലാണ് അസ്വാരസ്യങ്ങൾ എന്ന വാദത്തിൻറെ ആധികാരികതയും ചോദ്യം ചെയ്യപ്പെടുന്നു.  

ഏകീകൃത നിഗമനങ്ങൾ
കുഞ്ഞാലി വർദ്ധിപ്പിച്ചു കൊണ്ടിരിക്കുന്ന  സൈനിക ശക്തിയും, സ്വതന്ത്ര പ്രവർത്തനങ്ങളും സാമൂതിരിയെ അക്ഷരാർത്ഥത്തിൽ ഭീതിപ്പെടുത്തിയിരുന്നു.  പോർച്ചുഗീസുകാരെ കാട്ടി ഭയപ്പെടുത്തി കുഞ്ഞാലിയെ തന്നിലേക്ക് അടുപ്പിക്കാം എന്നായിരുന്നു ആയിരുന്നു ആദ്യഘട്ട ആക്രമണ ചർച്ചകൾ കൊണ്ട്   സാമൂതിരി ഉദ്ദേശിച്ചത്. കുഞ്ഞാലിയെ സംബന്ധിച്ചയിടത്തോളം പറങ്കികൾ ആജന്മ ശത്രുക്കളാണ്. അവരോടൊപ്പം തനിക്കെതിരെ അണിചേരാനുള്ള രാജാവിൻറെ തീരുമാനം ഭയത്തിന് പകരം പകയാണ് കുഞ്ഞാലിയിൽ സൃഷ്ടിച്ചത്. ഇരുവരും തമ്മിലുള്ള ഭിന്നതകൾ മൂർച്ചിക്കാൻ കാരണങ്ങൾ ഇവയാണ് എന്നതിൽ ചരിത്ര ലിഖിതങ്ങൾ ഒരുമിക്കുന്നുണ്ട്. The same views were expressed by famous  historians; murkot ramunny,Sreedhara Menon,M.G.S, K.S.Mathew,kv krishnaayyar, O.K. Nambiar,KKN Kurup, hussain randathani, and others 

സാമൂതിരി - കുഞ്ഞാലി സംഘർഷങ്ങൾക്ക് പിന്നിൽ എല്ലാ ചരിത്രകാരന്മാരും ഒരുമിക്കുന്ന രണ്ടു വസ്തുതകൾ സാമൂതിരി- കുഞ്ഞാലിമാരുടെ യുദ്ധ നിലപാടുകളിൽ വിട്ടുവീഴ്ച ഇല്ലാത്തത്, ജെസ്യൂട്ട് പാതിരികൾ ഉൾപ്പെടെയുള്ള പോർച്ചുഗീസ് ചാരന്മാരുടെ കുതന്ത്രങ്ങളുമാണ്. കുഞ്ഞാലിയെ മാറ്റി നിർത്തിയുള്ള സന്ധികൾ, കുഞ്ഞാലിയെ മുഖം കാണിക്കാൻ അനുമതി നൽകാത്ത, കുഞ്ഞാലിയുടെ ദൂതന്മാർക്ക് രാജസദസ്സിൽ പ്രവേശനം നിഷേധിച്ച, ദൂതിന് മറുപടി നൽകാത്ത സംഭവ വികാസങ്ങൾ സാമൂതിരിയുടെ മേൽക്കോയ്മ അഹന്തയെന്ന് വിലയിരുത്തുന്നു. കുഞ്ഞാലിയുടെ സ്വതന്ത്ര സൈനിക നീക്കങ്ങളും, രാജാവ് പ്രാബല്യത്തിലാക്കിയ സന്ധി മറികടന്നു പോർച്ചുഗീസുകാരെ ആക്രമിച്ചതും തടവുകാരായി പിടിച്ചതും, രാജ ശാസനയെ തുടർന്ന് തടവുകാരെ വിട്ടയക്കാത്ത തിനുമൊക്കെ പിന്നിൽ കുഞ്ഞാലിയുടെ തൻപോരിമയും( തിരിച്ചടിക്കുന്ന തെറ്റായ തീരുമാ തെറ്റായ തീരുമാനം ചെയ്യാതിരിക്കുക) പ്രവർത്തിച്ചിട്ടുണ്ട്. കുഞ്ഞാലി സാമൂതിരിയുടെ മേൽക്കോയ്മ  അംഗീകരിച്ചിരുന്നുവെങ്കിൽ തൻറെ പ്രജകൾക്ക് ക്ലേശം സൃഷ്ടിക്കുന്ന രീതിയിൽ പടനായകനെതിരായ നീക്കം രാജാവ് ഒരിക്കലും നടത്തുകയിലായിരുന്നുവെന്ന് ചില പഠനങ്ങൾ സമർത്ഥിക്കുന്നു. 1597 ഇൽ തുടങ്ങിയ യുദ്ധ നീക്കത്തിന് 99 ലാണ് സാമൂതിരി ഇറങ്ങി പുറപ്പെട്ടത്. ഈ വലിയൊരു കാലയളവ് താനുമായി രമ്യതയിലാവാൻ രാജൻ കുഞ്ഞാലിക്ക് നൽകിയ അവസരമായും വിലയിരുത്തപ്പെടുന്നു. എന്നാൽ രാജ്യത്തെയും രാജാവിനെയും നിസ്വാർത്ഥമായി സ്നേഹിച്ച തന്നോടുള്ള അവഗണന കൃതഘ്നതയാണെന്ന ചിന്താഗതിയായിരുന്നു  കുഞ്ഞാലി വെച്ച് പുലർത്തിയിരുന്നത്. Dr ck kareem,Kerala Muslim History Directory Part-1,(1997)p183

കുഞ്ഞാലിമാർ പ്രതാപികളായ കച്ചവടക്കാരായിരുന്നു. സ്വന്തം നിലയിൽ സമ്പത്തും കപ്പലുകളും ആയുധങ്ങളും ചിലവഴിച്ചാണ് അവർ പ്രതിരോധമൊരുക്കിയിരുന്നത്.malabar paithrukavum prathaapavum,mathrubhoomi books, p 154, P K Muhatnmed Kunhi,  p 93
രാജാധിപന്മാരായ സാമൂതിരിമാർക്ക് നായർ പടയെ നിയന്ത്രിക്കും പ്രകാരം മരയ്ക്കാർ പടയുടെ  മേൽ പൂർണ്ണ മേധാവിത്യം നേടുക പ്രയാസകരമായി മാറിയത് അക്കാരണങ്ങളാലാണ്. 
നൂറ്റാണ്ടിനിടയിൽ കോഴിക്കോട് ഭരിച്ച ഇരുപതോളം സാമൂതിരിമാരിൽ പോർച്ചുഗീസ് അനുകൂലികളും പ്രതികൂലികളും മാറി മാറി വന്നിട്ടുണ്ട്. സന്ധികളും യുദ്ധങ്ങളും സംഭവിച്ചിട്ടുണ്ട്. Gaspar Correa, Tomo III, Part II, pp.824-825 സന്ധികളിൽ അതൃപ്തി ഉണ്ടായിട്ടു പോലും മുൻ കഴിഞ്ഞ കുഞ്ഞാലിമാർ സന്ധികളുമായി സഹകരിച്ചിട്ടുണ്ട്. രാജ തിട്ടൂരത്തെ തുടർന്ന് പിടിച്ചെടുത്ത കപ്പലുകളെയും സൈനികരെയും മോചിപ്പിച്ചിട്ടുണ്ട്. രാജാവാണ് അവസാന വാക്കെന്ന യാഥാർഥ്യം ഉൾകൊണ്ട്  രാജ പ്രതിനിധികളായി ചർച്ചകൾക്ക് പോയിട്ടുണ്ട്. എന്നാൽ നാലാം കുഞ്ഞാലി ഇവകൾ കാറ്റിൽ പറത്തി. ലോകതലത്തിൽ ശക്തി ക്ഷയിച്ച പോർച്ചുഗീസ് പടയെ ഒതുക്കാനുള്ള അസുലഭ മുഹൂർത്തമാണ് ഇതെന്ന ശാഠ്യത്തിൽ അദ്ദേഹം ഉറച്ചു നിന്നു. ഹിന്ദിലെ പോർച്ചുഗീസുകാർക്ക് വംശനാശം സംഭവിച്ചുവെന്ന്  ഓട്ടോമൻ സുൽത്താന് കുഞ്ഞാലി അയച്ച ദൂത് അദ്ദേഹത്തിൻ്റെ നിലപാട് വ്യക്തമാക്കുന്നുണ്ട്. രാജ ഭരണത്തിൽ അവസാന വാക്ക് രാജാവാണെന്നിരിക്കെ  എന്തിൻറെ പേരിലായാലും കുഞ്ഞാലി കാട്ടിയ അവഗണന ധിക്കാരമായാണ് ചരിത്രകാരന്മാർ വിശേഷിപ്പിക്കുന്നത്. കുഞ്ഞാലിമാർക്ക് എല്ലാകാലത്തും തുണയായിരുന്ന അറക്കൽ ആലിരാജയോട് പോർച്ചുഗീസുമായുള്ള സമാധാന ഉടമ്പടിയുടെ പേരിൽ തെറ്റിപ്പിരിഞ്ഞതും Indian Pirates By Rajaram Narayan Saletore page 126 കുഞ്ഞാലി നാലാമൻറെ വീഴ്ച്ചകളായി വിലയിരുത്തപ്പെടുന്നു. ഉപരോധിക്കപ്പെട്ട കുഞ്ഞാലിയുടെ യാനങ്ങളോ കപ്പൽ പടകളോ അറക്കൽ നാവിക സേനയുടെ സഹായത്താൽ പുതുപ്പട്ടണത്ത് എത്തിയിരുന്നുവെങ്കിൽ ഉപരോധ ഫലം മാറി മറിഞ്ഞേനെ

സാമൂതിരിയുടെയും കുഞ്ഞാലിയുടെയും മധ്യേ കുഴി കുഴിച്ച  വരക്കൽ അടിയോടി, പാതിരി അന്തോണി, ഫാദർ ഫ്രാൻസിസ് റോസ്, ഫാദർ ഫ്രാൻസിസ് അക്കോസ്റ്റ, ഏറാടി കുമാരൻ, തുടങ്ങിയ പോർച്ചുഗീസ് അഞ്ചാം പത്തികളെ കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ അന്നത്തെ ജസ്യൂട്ട് പാതിരിമാരുടെ കത്തിടപാടുകളിൽ തെളിഞ്ഞു കാണാം. കുഞ്ഞാലി -സാമൂതിരി  വൈരാഗ്യത്തിന് പിന്നിലെ യഥാർത്ഥ ചാലക ശക്തി ഈ നിഗൂഢ സംഘമാണെന്നതിൽ  ചരിത്രജ്ഞന്ക്കിടയിൽ യാതൊരു സംശയവുമില്ല. രാജാവിൻറെ ധനത്തോടുള്ള ആർത്തി, മദ്യത്തോടും മറ്റ് കമ്പങ്ങളോടും അദ്ദേഹത്തിന് ഉണ്ടായിരുന്ന ബലഹീനത, മൂക്കത്തെ ശുണ്ഠി എന്നിവയെല്ലാം ചൂഷണം ചെയ്യാൻ ഈ ഉപജാപക സംഘത്തിനായി. ചെറുപ്പത്തിൻറെ പക്വത കുറവും ദീർഘ വീക്ഷണമില്ലായ്മയും സാമൂതിരിയെ ഇവരുടെ വലയ്ക്കുള്ളിലേക്ക് കടത്തി വിട്ടു.

 സാമൂതിരിയുടെ പിൽക്കാല പരാമർശങ്ങൾ അദ്ദേഹത്തിലെ ദീർഘ വീക്ഷണമില്ലായ്മ പ്രകടമാക്കുന്നു. The voyage of pyrard de laval,vol1, p 356, Indian PiratesBy Rajaram Narayan Saletore
രണ്ടാം പുതുപ്പട്ടണം യുദ്ധത്തിനിടെ കൊച്ചി സാമൂതിരിയുടെ ചില പ്രദേശങ്ങൾ പിടിച്ചെടുത്തിരുന്നു. മരയ്ക്കാർ കോട്ട കീഴടക്കി മാസങ്ങൾ പിന്നിടുന്നതിന് മുൻപ്  സാമൂതിരി പ്രതികാരത്തിനിറങ്ങി. ഭയന്ന കൊച്ചി രാജാവ് പിടിച്ചെടുത്ത പ്രദേശങ്ങൾ ഉപേക്ഷിച്ചു. സാമൂതിരി കൊച്ചിയുടെ പ്രദേശങ്ങൾ പിടിച്ചെടുക്കാനുള്ള ശ്രമങ്ങൾ ആരംഭിച്ചു. ക്രാങ്കനൂർ അടക്കമുള്ള കൊച്ചിയുടെ പല പ്രദേശങ്ങളും പോർച്ചുഗീസ് സൈനിക താവളങ്ങൾ കൂടിയായിരുന്നു. ഒളിഞ്ഞും തെളിഞ്ഞും പറങ്കികൾ കൊച്ചി രാജയെ സഹായിച്ചു. സാമൂതിരിക്ക് വെടിയേറ്റ് ഗുരുതരമായി പരിക്കേറ്റതോടെ  യുദ്ധമവസാനിച്ചു.Malabar And the Portuguese p 148 മരക്കാർ പടയുടെ  അഭാവത്തിൻറെ വില രാജാവിന് അന്ന് ശരിക്കും മനസ്സിലായി. താൻ മൂലം കുഞ്ഞാലിക്ക് സംഭവിച്ച വിധിയോർത്ത് അദ്ദേഹം പൊട്ടി കരഞ്ഞു. ക്രാങ്കനൂരിലെ പോർച്ചുഗീസ്  സാന്നിധ്യമാണ് യുദ്ധഗതി മാറ്റിയതെന്ന് തിരിച്ചറിഞ്ഞ പുതിയ സാമൂതിരി  മാപ്പിള യോദ്ധാക്കളെ അനുനയിപ്പിക്കാനുള്ള ശ്രമങ്ങൾ നടത്തി. എന്നാൽ ആ സഹകരണം അവസാനിച്ച് കഴിഞ്ഞിരുന്നു.

പരിണിതി ഫലങ്ങൾ
പതിനാറാം നൂറ്റാണ്ടിൽ പോർച്ചുഗീസ് സാമ്രാജ്യം കരഗതമാക്കിയ നേട്ടങ്ങളിൽ ആദ്യസ്ഥാനത്ത് നിൽക്കുന്ന യശസ്വത്തായ വിജയമായിരുന്നു കുഞ്ഞാലി നാലാമൻ വധം. പോർച്ചുഗീസ് സാമ്രാജ്യം നേരിട്ടതിൽ വെച്ച് ഏറ്റവും വലിയ എതിരാളികളായിരുന്നു കുഞ്ഞാലിമാർ. ഇന്ത്യൻ തീര രാജ്യങ്ങളിലേക്കുള്ള   പോർച്ചുഗീസ് അധിനിവേശത്തെ ഗോവയിൽ മാത്രമായി ഒതുക്കിയതിന് പിന്നിൽ കുഞ്ഞാലിമാരുടെ കരുത്തുറ്റ പോരാട്ടങ്ങളായിരുന്നു. Claude Markovits (ed), A History of Modern India, 1480-1 950, pp.5-6, Shaik Ali. B. in the 'Forward' of "Kerala Muslimqal Poratathinte Charithram (Malayalam) Prof. K.M. Bahavudheen Kozhikode(1994) P.22.

എന്നാൽമരക്കാർ നാലാമൻറെ മരണത്തോടെ എല്ലാം കെട്ടടങ്ങുമെന്ന സാമ്രാജ്യത്വ മോഹങ്ങൾക്ക് അധികം ആയുസ്സുണ്ടായിരുന്നില്ല. കുഞ്ഞാലിയുടെ രക്തസാക്ഷിത്വം  പോർച്ചുഗീസുകാരെയും സാമൂതിരിയേയും ഒരു പോലെ വേട്ടയാടി. ചതിപെടുത്തി കുഞ്ഞാലിയെ വധിച്ച വാർത്തയറിഞ്ഞതോടെ മാപ്പിള പോരാളികൾ പറങ്കികളെ കാണുന്നയിടത്ത് വെച്ച് വധിക്കാനാരംഭിച്ചു. അറബി കടലിലും, ഇന്ത്യൻമഹാസമുദ്രത്തിലും വ്യാപക ആക്രമണങ്ങൾക്ക് പോർച്ചുഗീസ് കപ്പലുകൾ വിധേയമായി. portuguese in india Frederick Charles danvers page 203 Albert Gray(ed.) The Voyage of Francois Pyrard of Laval, vol.I, p.344; Livros das Monções, II, p.352 പോർച്ചുഗീസിൻറെ എതിരാളികളായ ഡച്ചുകാരുടെ  വരവോടെ അവരുമായി യോജിച്ചു ആക്രമണങ്ങൾ സംഘടിപ്പിക്കാൻ പടക്കായി. Dr. Ibrahim Kunju A.P. "Mappila Muslim of Kerala" Tnvandrum (1 989) P.45 കളം മാറി ചവിട്ടിയ കോഴിക്കോട്, കൊച്ചി രാജ്യങ്ങൾ ഡച്ച്, ഇംഗ്ളീഷ് സേനകൾക്കൊപ്പം നിലയുറപ്പിച്ചു. ബഹുമുഖ തലത്തിൽ ആക്രമണങ്ങൾ വ്യാപിച്ചതോടെ പോർച്ചുഗീസ് ഇന്ത്യയുടെ പ്രതാപം നശിച്ചു. Dr. Ibrahim Kunju A.P. "Mappila Muslim of Kerala" Tnvandrum (1 989) P.45 Malabar And the Portuguese p 151

കുഞ്ഞാലി നാലാമൻറെ പതനം  സാമൂതിരി രാജ്യത്തിൻറെ ഒടുക്കവും കൂടിയായിരുന്നു Portuguese Pirates and Indian Seamen  p. 188 ,p.146  ezhimala the abode of the naval academy page 44 കുഞ്ഞാലി നാലാമൻ കൊല്ലപ്പെട്ടതോടെ രാജാവിൻറെ ചതിയിൽ കോപാകുലരായ മാപ്പിള യോദ്ധാക്കൾ  സൈനിക സേവനമവസാനിപ്പിച്ചു സ്വതന്ത്രമായി പ്രവർത്തിക്കാൻ തുടങ്ങി.K.V. Krishna Ayyar, A History of Kera/ p. 426 ഇതോടെ കോഴിക്കോടിൻറെ നാവിക പടയും, പീരങ്കി പടയും നാമാവേശമായി. പോർച്ചുഗീസ് സ്വതസിദ്ധമായ ചതിപ്രയോഗം പുറത്തെടുത്തപ്പോൾ നേരാവണ്ണം പ്രതിരോധിക്കാൻ പോലും കോഴിക്കോടിന് പിന്നീടായില്ല. പറങ്കികളെ തുരത്താൻ ലന്തക്കാരുമായി തുടങ്ങിയ സൗഹൃദവും വഴക്കിലും ലഹളയിലും അവസാനിച്ചു. സാമ്പത്തികമായി തകർന്നു കിടക്കുന്ന രാജ്യത്തെ നികുതിവരുമാനത്തിലൂടെ രക്ഷിക്കാനായി കൊച്ചിക്കെതിരെ നടത്തിയ പടയോട്ടത്തിൽ കൊച്ചി രാജ്യത്തെ സഹായിക്കാൻ തിരുവിതാംകൂർ രാജ്യം സന്നദ്ധമായതോടെ പടയോട്ടവും, പിടിച്ചെടുക്കലുകളും വൃഥാവിലായി. പാലക്കാട് രാജ്യം പിടിച്ചെടുക്കാൻ ശ്രമിക്കവേ പാലിയത്തച്ഛന്റെ സഖ്യകക്ഷി മൈസൂർ പ്രശ്നത്തിലിടപ്പെട്ടു. മൈസൂർ പടയുടെ കടന്നു വരവിനെ ചെറുക്കാൻ ഒരു നല്ല സൈന്യം പോലുമില്ലാത്ത സാമൂതിരിക്ക്  ഒത്തുതീർപ്പിന് വഴങ്ങേണ്ടി വന്നു. പിന്നീടുണ്ടായ സന്ധികളും, യുദ്ധങ്ങളും കോഴിക്കോട് രാജ്യത്തെ ദുർബലപ്പെടുത്തി. പതിനേഴ്- പതിനെട്ട് നൂറ്റാണ്ടുകളിലെ സാമൂതിരിമാർ തങ്ങളുടെ മുൻഗാമിയുടെ പോഴത്തരം മനസ്സിലാക്കി കുഞ്ഞാലിയുടെ പിൻതലമുറയ്ക്ക് അധികാരങ്ങൾ പുനസ്ഥാപിച്ചു നൽകിയെങ്കിലും K. K. N. Kurup,  India's Naval Traditions: The Role of Kunhali Marakkars page  69 kv krishna ayyar zamorins of calicut calicut  page 280 ഫലമില്ലാതെയായി. മൈസൂരും മൈസൂരിൽ നിന്ന് ബ്രിട്ടീഷ് രാജ്ഉം മലബാർ പിടിച്ചടക്കിയതോടെ പൂർണ്ണാർത്ഥത്തിൽ കോഴിക്കോട് രാജ്യം ഇല്ലാതെയായി.

-കഴുത്തറുത്ത് മാറ്റും മുൻപ് കുഞ്ഞാലി സാമൂതിരിയോടായ് പറഞ്ഞ വാചകങ്ങൾ ഒരു പക്ഷെ  ഇവയായിരിക്കാം-  


കുറിപ്പുകൾ  
 ബന്ധിതനാകുന്നതിനു മുൻപ് ആപത്ത് സംഭവിച്ചാൽ അടയാളം കാട്ടണമെന്നാവിശ്യപ്പെട്ടു മാതാവ് മകൻറെ ഉറുമാൽ എടുത്തുവെന്നും വധിക്കപ്പെട്ട സമയം ഉറുമാൽ ചോരത്തുള്ളികളുള്ളതായി മാറിയെന്നും, മുഹമ്മദ് അലി മരക്കാറിൻറെ സാങ്കൽപ്പിക ഖബറിടത്തിൽ അടക്കം ചെയ്തിരിക്കുന്നത് ഈ ഉറുമാൽ ആണെന്നും ചില ചരിതങ്ങളിൽ രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.
കുഞ്ഞാലി നാലാമനെയും  നാൽപ്പത് പേരെെയും പോർച്ചുഗീസുുകാർ ഗോവയിലേക്ക് കൊണ്ട് പോയ ശേഷം കുഞ്ഞാലിയുടെ കുടുംബത്തെ അദ്ധേഹത്തിൻ്റെ നായർ പടയാളികൾ ഇരിങ്ങലിലേക്ക് കൂട്ടിക്കൊണ്ടുുപോയി.പിന്നീട് 67 വർഷത്തോളം ഇരിങ്ങലിലാണ് മരയ്ക്കാർ ഫാമിലി താമസിച്ചിരുന്നത്. അതിനിടയിൽ കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻ്റെ മകനായ അലി  ഇബ്രാഹിം ഗോവയിൽ നിന്ന് രക്ഷപ്പെട്ട് ഇരിങ്ങലിലെത്തുന്നുണ്ട്. അവിടെ നിന്നും സഹോദരനായ അഹമ്മദ് മരക്കാരുടെ സഹായത്താൽ സൈന്യത്തെ സംഘടിപ്പിച്ച് പോർച്ചുഗീസുുകാരെ തച്ചുതകർത്തു. അതോടെ പോർച്ചുഗീസുകാരുടെ പ്രതാപം അസ്തമിച്ചു.1667ൽ സാമുതിരി കുഞ്ഞാലി സ്ഥാനം മരയ്ക്കാർ ഫാമിലിയെ വീണ്ടും ഏൽപ്പിച്ചു.സാമൂതിരി ഗ്രന്ഥവരിയിൽ ഇക്കാര്യം കാണാം. കുഞ്ഞി കലന്ദർ മരയ്ക്കാർ ഇതായിരുന്നു അഞ്ചാം കുഞ്ഞാലിയുടെ പേര്. അദ്ധേഹമാണ് ഇന്ന് കോട്ടക്കലിൽ കാണുന്ന കുഞ്ഞാലി മരയ്ക്കാർ സ്മാരകമായ വലിയ പീടിക തറവാട് നിർമ്മിമിച്ചത്.1667 ലാണ് ഇത് നിർമ്മിച്ചത്. കോട്ടക്കൽ ജുമുഅ മസ്ജിദിനു മുൻപിൽ ഇപ്പോയും മരക്കാർ മാരുടെ പിൻതലമുറ താമസിച്ച് വരുന്നു.

മറ്റ് താളുകൾ
കുഞ്ഞാലി ഒന്നാമൻ 
അലി ഹാജി ധർമടം
അറക്കൽ ബലിയ ഹസ്സൻ 
കുഞ്ഞി മരക്കാർ 
ഇസ്മായേൽ മരയ്ക്കാർ

 അവലംബം 

വർഗ്ഗം:പോർച്ചുഗീസ് വിരുദ്ധപോരാളികൾ
വർഗ്ഗം:ഇന്ത്യൻ നാവിക പോരാളികൾ
വർഗ്ഗം:മലയാളി പടത്തലവന്മാർ
വർഗ്ഗം:കുഞ്ഞാലി മരക്കാർ