А-ДНК

А-ДНК е една од можните двојни спирални структури што ДНК може да ги усвои. Се смета дека А-ДНК е една од трите биолошки активни двојни спирални структури заедно со Б-ДНК и З-ДНК. Тоа е десна двојна спирала прилично слична на почестата форма на Б-ДНК, но со пократка, покомпактна спирална структура чии базни парови не се нормални на оската на спиралата како во Б-ДНК. Била откриена од страна на Розалинд Френклин, која исто така ги именувала формите А и Б. Таа покажала дека ДНК се внесува во форма А кога е во услови на дехидрација. Ваквите состојби најчесто се користат за формирање на кристали, а многу ДНК кристални структури се во форма А. Истото спирално соображение се јавува кај двоверижни РНК и во ДНК-РНК хибридни двојни спирали.

 Структура 
Како и почестата Б-ДНК, А-ДНК е десна двојна спирала со големи и мали жлебови. Сепак, како што е прикажано во табелата за споредба подолу, има мало зголемување на бројот на базни парови (bp) по вртење. Ова резултира со помал агол на вртење и помал пораст по базен пар, така што А-ДНК е 20-25% пократка од Б-ДНК. Главниот жлеб на А-ДНК е длабок и тесен, додека помалиот жлеб е широк и плиток. А-ДНК е поширока и повеќе компресирана долж својата оска во споредба со Б-ДНК.

Препознатлива карактеристика на А-ДНК рендгенската кристалографија е дупката во центарот. А-ДНК има C3'-endo пукер, што се однесува на C3' јаглеродот во прстенот на фуранозата кој е под шеќерната рамнина.

 Споредба на геометриите на најчестите форми на ДНК 
десно|мини| Страничен и горниот приказ на конформациите на А-, Б- и З-ДНК.
десно|мини|250x250пкс| Жолтите точки ја претставуваат локацијата на спиралната оска на A-, Б- и З-ДНК во однос на базен пар на гванин-цитозин.
Геометриски атрибут: Формулар Б-форма З-форма Сетило за завојница деснак деснак Леворак Повторувачка единица 1 bp 1 bp 2 bp Ротација/bp 32,7° 34,3° 60°/2 Средно bp/свртување 11 10 12 Наклон на bp кон оската +19° −1,2° -9° Подигнување/bp по оската 2,6 Å (0,26 нм) 3,4 Å (0,34 нм) 3,7 Å (0,37 нм) Подигнување/свртување на спиралата 28,6 Å (2,86 нм) 35,7 Å (3,57 нм) 45,6 Å (4,56 нм) Средно извртување на пропелерот +18° +16° 0° Агол на гликозил анти анти пиримидин: анти,пурински: син Растојание од нуклеотид фосфат до фосфат 5,9 Å 7,0 Å C: 5,7 Å,Г: 6,1 Å Собивач на шеќер C3'-ендо C2'-ендо C: C2'-ендо,</br> G: C3'-ендо Дијаметар 23 Å (2.3 нм) 20 Å (2.0 нм) 18 Å (1,8 нм)

 A/Б посредници 
Истражувањата, исто така, покажуваат дека ДНК од А-форма може да се хибридизира со почестата Б-ДНК. Овие АБ меѓуоблици ги прифаќаат својствата на шеќерниот набивач и/или базната конформација на двете ДНК форми. Во една студија, карактеристичниот C3'-ендо пукер е пронајден на првите три шеќери од нишката на ДНК, додека последните три шеќери имаат C2'-ендо пукер, како Б-ДНК. Овие посредници може да се формираат во водени раствори кога цитозинските бази се метилираат или бромираат, менувајќи ја конформацијата. Алтернативно, се има покажано дека фрагментите богати со гванин и цитозин во водени раствори лесно се претвораат од Б во А-форма.

 Биолошка функција 
А-ДНК може да се изведе од неколку процеси, вклучувајќи дехидрација и врзување со протеини. Дехидрацијата на ДНК ја доведува во А форма, за која се има покажано дека ја штити ДНК под услови како што е екстремното сушење на бактериите. Врзувањето со протеини, исто така, може да го отстрани растворувачот од ДНК и да го претвори во А форма, како што е откриено од структурата на неколку хипертермофилни археални вируси. Овие вируси вклучуваат рудивируси во форма на прачка СИРВ2 и ССРВ1, обвиени филаментозни липотриксвируси АФВ1, СФВ1 и СИФВ  тристромавирус ПФВ2 како и икозаедрален портоглобовирус СПВ1. Се верува дека ДНК од А-форма е една од адаптациите на хипертермофилните археални вируси на суровите еколошки услови во кои овие вируси напредуваат.

Предложено е моторите кои пакуваат двоверижна ДНК во бактериофагите да го искористат фактот дека А-ДНК е пократка од Б-ДНК, и дека конформациските промени во самата ДНК се извор на големите сили генерирани од овие мотори. Експерименталните докази за А-ДНК како посредник во пакувањето на вирусните биомотори потекнува од мерењата за пренос на енергија со резонанца на Форстер со двојна боја, кои покажуваат дека Б-ДНК е скратена за 24% во застојот („крцкан“) интермедиер во А-форма. Во овој модел, АТП хидролизата се користи за поттикнување на протеинските конформациски промени кои алтернативно ја дехидрираат и рехидрираат ДНК, а циклусот на скратување/продолжување на ДНК е поврзан со циклус на зафат/ослободување протеин-ДНК за да се генерира движење напред што ја движи ДНК во капсидата.

 Поврзано 

 Терцијарна структура на нуклеинска киселина
 ДНК

 Наводи 

 Надворешни врски 
 Корнел Споредба на ДНК структури
 Номенклатура на нуклеинска киселина

Категорија:ДНК