Хаплогрупа

Хаплотип е група алели во организам кои се наследени заедно од еден родител, и хаплогрупа е група од слични хаплотипови кои делат заеднички предок со мутација на полиморфизам со еден нуклеотид.  Поконкретно, хаплотипот е комбинација на алели во различни хромозомски региони кои се тесно поврзани и кои имаат тенденција да се наследат заедно. Бидејќи хаплогрупата се состои од слични хаплотипови, обично е можно да се предвиди хаплогрупа од хаплотипови. Хаплогрупите се однесуваат на една линија на потекло. 
мини|Мапа на светот со хаплогрупи Y-DNA
Секоја хаплогрупа потекнува и останува дел од претходната единствена хаплогрупа (или парагрупа). Која било поврзана група на хаплогрупи може прецизно да се моделира како вгнездена хиерархија, во која секое множество (хаплогрупа) е исто така подмножество од едно пошироко множество (наспроти бипаренталните модели, како што сe семејните стебла на човекот).

Хаплогрупите нормално се идентификуваат со почетната буква од азбуката, а усовршувањето се состои од дополнителни комбинации на броеви и букви, како што се . Азбучната номенклатура беше објавена во 2002 година од страна на Y Chromosome Consortium.

Во човечката генетика, хаплогрупите кои најчесто се проучувани се хаплогрупите на Y-хромозомот (Y-DNA) и хаплогрупите на митохондријалната ДНК (mtDNA), од нив секоја може да се користи за дефинирање на генетските популации. Y-DNA се пренесува исклучиво по патрилинеалната линија, од татко на син, додека митохондријалната ДНК се пренесува по матрилинеалната линија, од мајка на потомство од двата пола.

 Формирање на хаплогрупа 
десно|мини|250x250пкс| Сите овие молекули се дел од хаплогрупата на предците, но во одреден момент во минатото се случила мутација во молекулата на предците, мутација А, која произвела нова лоза; ова е хаплогрупата А и е дефинирана со мутација А. Во некоја понова точка во минатото, нова мутација, мутација Б, се случила кај лице што носи хаплогрупа А; мутација Б дефинирана хаплогрупа Б. Хаплогрупата Б е подгрупа, или потклад на хаплогрупата А; и двете хаплогрупи А и Б се потклади на хаплогрупата на предците.
Митохондриите се мали органели кои лежат во цитоплазмата на еукариотските клетки, како оние на луѓето. Нивната примарна функција е да обезбедат енергија на клетката. Митохондриите се намалени потомци на симбиотски бактерии кои некогаш живееле слободно. Еден показател дека митохондриите некогаш живееле слободно е дека секоја од нив содржи кружна ДНК, наречена митохондријална ДНК (mtDNA), чија структура е повеќе слична на бактериите отколку на еукариотските организми. Огромното мнозинство на човечката ДНК е содржано во хромозомите во јадрото на клетката, но mtDNA е исклучок. Поединецот ја наследува својата цитоплазма и органелите содржани во таа цитоплазма исклучиво од мајчината јајце клетка (јајце клетка); сперматозоидите минуваат само на хромозомската ДНК, сите татковски митохондрии се вареле во ооцитот. Кога ќе се појави мутација во молекулата на mtDNA, мутацијата затоа се пренесува во директна женска линија на потекло.

Човечките Y хромозоми се полови хромозоми специфични за машкиот пол; скоро сите кои поседуваат Y хромозом ќе бидат морфолошки машки. Иако Y хромозомите се сместени во клеточното јадро и спарени со Х хромозомите, тие само се рекомбинираат со Х-хромозомот на краевите на Y-хромозомот; преостанатите 95% од Y хромозомот не се рекомбинираат. Па така, Y хромозомот и сите мутации што се појавуваат во него се пренесуваат од татко на син.

Другите хромозоми, автозоми и Х-хромозоми во жените, го споделуваат нивниот генетски материјал (наречен вкрстување што доведува до рекомбинација) за време на мејозата. Ефикасно тоа значи дека генетскиот материјал од овие хромозоми се меша во секоја генерација, и така сите нови мутации се пренесуваат случајно од родителите на потомците.

Специјалната карактеристика за Y хромозомите и mtDNA е тоа што мутациите можат да се акумулираат по одреден сегмент од двете молекули и овие мутации остануваат фиксирани на своето место на ДНК. Понатаму, може да се заклучи и историската низа на овие мутации.Пример, ако збирот од десет Y хромозоми содржи мутација, А, но само пет од хромозомите содржат втора мутација, Б, тогаш мора да биде дека мутацијата Б се случила по А.

Сите десет мажи кои носат хромозом со мутација А се машки потомци на истиот човек кој бил првиот човек што ја носи оваа мутација. Првиот човек што ја носи мутацијата Б исто така бил директен машки потомок на овој човек, но и директен предок од машката линија на сите мажи кои ја носат мутацијата Б. Серии од мутации како оваа формираат молекуларни лози. Секоја мутација дефинира збир на специфични Y хромозоми наречени хаплогрупа.

Сите мажи кои носат мутација А формираат единствена хаплогрупа, и сите мажи кои носат мутација Б се дел од оваа хаплогрупа, но мутацијата Б, дефинира понова хаплогрупа (која е подгрупа) на која мажите носат само мутација А не припаѓаат.И mtDNA и Y хромозомите се групирани во лоза и хаплогрупи; тие често се претставени како дијаграми слични на дрво.

 Хаплогрупи на ДНК на човечки Y-хромозом 

Човечкиот Y хромозом на хаплогрупите на ДНК (Y-DNA) се именувани од А до Т, и се поделени со помош на броеви и мали букви. Ознаките на хаплогрупите на хромозомот Y се воспоставени од Конзорциумот за хромозомот Y.Y-хромозомскиот Адам е името дадено од истражувачите на најновиот заеднички патрилинеален (машка лоза) предок на сите луѓе.

Главни хаплогрупи на Y-хромозомот и нивните географски региони на настанување, вклучуваат:

 Групи без мутација M168 

 Хаплогрупа А (М91) (Африка, особено Коисан и Нилоти)
 Хаплогрупа Б (М60) (Африка, особено Пигмеите и Хаџабе)

 Групи со мутација M168 
(мутација M168 се случи ~50.000 bp)

 Хаплогрупа C (M130) (Океанија, Северна/Централна/Источна Азија, Северна Америка и мало присуство во Јужна Америка, Југоисточна Азија, Јужна Азија, Западна Азија и Европа)
 YAP+ хаплогрупи
 Хаплогрупа DE (M1, M145, M203)
 Хаплогрупа Д (CTS3946) (Тибет, Непал, Јапонија, Андаманските Острови, Средна Азија и спорадично присуство во Нигерија, Сирија и Саудиска Арабија)
 Хаплогрупа Е (M96)
 Хаплогрупа E1b1a (V38) Западна Африка и околните региони; порано познат како E3a
 Хаплогрупа E1b1b (M215) Поврзана со ширењето на афроазиските јазици; сега се концентрирани во Северна Африка и Рогот на Африка, како и делови од Блискиот Исток, Медитеранот и Балканот; порано познат како E3b

 Групи со мутација M89 
(мутација M89 се случи ~45.000 bp)

 Хаплогрупа F (M89) Океанија, Европа, Азија, Северна и Јужна Америка
 Хаплогрупа ФТ (P14, M213) (Кина, Виетнам, Сингапур  )
 Хаплогрупа Г (М201) (присутна меѓу многу етнички групи во Евроазија, обично со ниска фреквенција; најчеста во Кавказ, иранската висорамнина и Анадолија; во Европа главно во Грција, Италија, Иберија, Тирол, Бохемија; ретка во северна Европа)
 Хаплогрупа H (L901/M2939)
 H1'3 (Z4221/M2826, Z13960)
 H1 (L902/M3061)
 H1a (M69/Page45) Индија, Шри Ланка, Непал, Пакистан, Иран, Средна Азија
 H1b (B108) Пронајден кај бурмански поединец во Мјанмар .
 H3 (Z5857) Индија, Шри Ланка, Пакистан, Бахреин, Катар
 H2 (P96) Порано позната како хаплогрупа F3. Се среќава со мала фреквенција во Европа и западна Азија.
 Хаплогрупа IJK (L15, L16)

 Групи со мутации L15 и L16 

 Хаплогрупа IJK (L15, L16)
 Хаплогрупа IJ (S2, S22)
 Хаплогрупа I (M170, P19, M258) (распространета во Европа, ретко пронајдена во делови на Блискиот Исток и практично отсутна на друго место  )
 Хаплогрупа I1 (M253, M307, P30, P40) (Северна Европа, доминантна во Скандинавија)
 Хаплогрупа I2 (S31) (Централна и Југоисточна Европа, Сардинија, Балкан)
 Хаплогрупа Ј (М304) (Блискиот Исток, Турција, Кавказ, Италија, Грција, Балканот, Северна Африка)
 Хаплогрупа Ј* (главно пронајдена во Сокотра, со неколку набљудувања во Пакистан, Оман, Грција, Чешка и меѓу турските народи )
 Хаплогрупа J1 (M267) (Најмногу поврзана со семитските народи на Блискиот Исток, но исто така се среќава во; Медитеранска Европа, Етиопија, Северна Африка, Пакистан, Индија и со североисточните кавкаски народи во Дагестан ; J1 со DYS388=13 е поврзан со источна Анадолија)
 Хаплогрупа J2 (M172) (Главно се наоѓа во Западна Азија, Средна Азија, Иран, Италија, Грција, Балканот и Северна Африка)
 Хаплогрупа К (M9, P128, P131, P132)

 Групи со мутација М9 
(мутација М9 се случи ~40.000 bp )

 Haplogroup K
 Haplogroup LT (L298/P326)
 Haplogroup L (M11, M20, M22, M61, M185, M295) (South Asia, Central Asia, Southwestern Asia, the Mediterranean)
 Haplogroup T (M70, M184/USP9Y+3178, M193, M272) (North Africa, Horn of Africa, Southwest Asia, the Mediterranean, South Asia); formerly known as Haplogroup K2
 Haplogroup K(xLT) (rs2033003/M526)

 Групи со мутација M526 

 Хаплогрупа М (P256) (Нова Гвинеја, Меланезија, источна Индонезија)
 Хаплогрупа NO (M214)
 Хаплогрупа N (M231) (најсеверна Евроазија)
 Хаплогрупа О (М175) (Источна Азија, Југоисточна Азија, Јужен Тихи Океан, Јужна Азија, Средна Азија)
 Хаплогрупа О1 (F265)
 Хаплогрупа O1a (M119)
 Хаплогрупа O1b (P31, M268)
 Хаплогрупа О2 (M122)
 Хаплогрупа P-M45 (M45) (М45 се појави ~35.000 bp)
 Хаплогрупа Q-M242 (M242) (Се случи ~15.000-20.000 bp. Пронајдена во Азија и Америка)
 Хаплогрупа Q-M3 (M3) (Северна Америка, Средна Америка и Јужна Америка)
 Хаплогрупа R (M207)
 Хаплогрупа R1 (M173)
 Хаплогрупа R1a (M17) (средна Азија, Јужна Азија и Централна, Северна и Источна Европа)
 Хаплогрупа R1b (M343) (Европа, Кавказ, Средна Азија, Јужна Азија, Северна Африка, Централна Африка)
 Хаплогрупа R2 (M124) (Јужна Азија, Кавказ, Средна Азија)
 Хаплогрупа S (M230, P202, P204) (Нова Гвинеја, Меланезија, источна Индонезија)

 Човечка митохондријална ДНК хаплогрупи 
мини|Човечки миграции и митохондријални хаплогрупи
Човечките mtDNA хаплогрупи се: A, B, C, CZ, D, E, F, G, H, HV, I, J, pre- JT, JT, K, L0, L1, L2, L3, L4, L5 , L6, M, N, P, Q, R, R0, S, T, U, V, W, X, Y и Z.

Митохондријалната Ева е името дадено од истражувачите на жената која е најновиот матрилинеален (женска лоза) предок на сите луѓе.

 Дефинирање на популации 
десно|мини|340x340пкс| Карта на миграција на човечки хаплотип, според митохондријалната ДНК, со клучни периоди броени илјадници години пред сегашноста.

 Африкански: L0, L1, L2, L3, L4, L5, L6
 Западноевроазиски: H, T, U, V, X, K, I, J, W (сите наведени западноевроазиски хаплогрупи се изведени од макро-хаплогрупата N ) 
 Источноевроазиски: A, B, C, D, E, F, G, Y, Z (забелешка: C, D, E, G и Z припаѓаат на макро-хаплогрупата M )
 Индијанци: А, Б, Ц, Д, Х
 Австрало-меланезиски : P, Q, S

Митохондријалните хаплогрупи се поделиле на три главни групи, кои се означени со секвенцијалните букви L, M, N. Човештвото прво се подели во L групата.

 Назначување на географската хаплогрупа на Y-хромозом и MtDNA 

 Y-хромозом 
Според SNPS хаплогрупите кои се на возраст од првиот настан на истребување имаат тенденција да бидат околу 45-50 киа. Хаплогрупите на вториот настан на истребување се чинеше дека се разликуваат 32-35 киа според Малта. Настанот на истребување на земјата нула се чини дека е Тоба за време на кој се чинеше дека хаплогрупата CDEF* се разминува во C, DE и F. C и F немаат речиси ништо заедничко додека D и E имаат многу заедничко. Настанот на истребување број 1 според сегашните проценки се случил по Тоба, иако постарата древна ДНК можела да го турне настанот на истребување на земјата нула долго пред Тоба, и да го турне првиот настан на истребување овде назад во Тоба. 
OriginHaplogroupMarkerEurope (Second Extinction Event?)IM170, M253, P259, M227, M507EuropeI1bP215, M438, P37.2, M359, P41.2EuropeI1b2M26EuropeI1cM223, M284, P78, P95EuropeJ2a1M47EuropeJ2a2M67, M166EuropeJ2a2aM92EuropeJ2bM12, M102, M280, M241EuropeR1b1b1aM412, P310EuropeR1b1b1a1L11EuropeR1b1b1a1aU106EuropeR1b1b1a1bU198, P312, S116EuropeR1b1b1a1b1U152EuropeR1b1b1a1b2M529EuropeR1b1b1a1b3,4M65, M153EuropeR1b1b1a1b5SRY2627South Asia or MelanesiaC1(formerly known as CxC3)Z1426North AsiaC2 (formerly known as C3)M217+Indonesia or South Asia (First Extinction Event?)FM89, M282Europe (Caucasus) (Second Extinction Event?)GM201, M285, P15, P16, M406South AsiaHM69, M52, M82, M197, M370Europe or Middle East (Second Extinction Event?)J1M304, M267, P58, M365, M368, M369Europe or Middle East (Second Extinction Event?)J2M172, M410, M158, M319, DYS445=6, M339, M340West of Burma in Eurasia (First Extinction Event?)Indonesia (First Extinction Event?) K2 (NOPS)M526South AsiaLM11, M20, M27, M76, M317, M274, M349, M357East Asia, South East AsiaNM231, M214, LLY22g, Tat, M178East Asia, South East Asia, South Asia (Second Extinction Event?)OM175, M119Indonesia, Philippines (First Extinction Event?)P (xQR)92R7, M207, M173, M45South Asia, Siberia (Second Extinction Event?)R and Q (QR) split MEH2, M242, P36.2, M25, M346Middle East, Europe, Siberia, South AsiaR1a1M420, M17, M198, M204, M458Anatolia, South East Europe ?R1bM173, M343, P25, M73EuropeR1b1bM269EuropeR1b1b1L23Pakistan, India (Second Extinction Event?)R2M479, M124Middle EastTM70North AfricaE1b1b1M35North AfricaE1b1b1aM78West AsiaE1b1b1a2V13North AfricaE1b1b1a1V12North AfricaE1b1b1a1bV32North AfricaE1b1b1a3V22North AfricaE1b1b1a4V65North AfricaE1b1b1bM81North AfricaE1b1b1cM123, M34West Africa, North AfricaAM91, M13East AfricaBM60, M181, SRY10831.1, M150, M109, M112Asia, AfricaDEM1, YAP, M174, M40, M96, M75, M98East Asia, NepalDM174West Africa (First Extinction Event?)E1aM33East Africa (First Extinction Event is the split between E1b1 and E1a, second extinction event is the split between E1b1b and E1b1a)E1b1P2, M2, U175, M191Middle EastJ1P58

 mtDNA 
OriginHaplogroupEuropeH1EuropeH11aEuropeH1aEuropeH1bEuropeH2aEuropeH3EuropeH5aEuropeH6aEuropeH7EuropeHV0/HV0a/VEuropeI4EuropeJ1c7EuropeJ2b1EuropeT2b*EuropeT2b4EuropeT2eEuropeU4c1EuropeU5*EuropeU5aEuropeU5a1b1EuropeU5b*EuropeU5b1b*EuropeU5b1cEuropeU5b3EuropeX2c'eMiddle EastIMiddle EastAMiddle EastBMiddle EastC/ZMiddle EastD/G/M9/EIndiaFMiddle EastH*Middle EastH13a1Middle EastH14aMiddle EastH20Middle EastH2a1Middle EastH4Middle EastH6bMiddle EastH8Middle EastHV1Middle EastI1Middle EastJ / J1c / J2Middle EastJ1a'b'eMiddle EastJ1b1a1Middle EastJ1b2aMiddle EastJ1d / J2bMiddle EastJ1d1Middle EastJ2aMiddle EastJ2a2a1Middle EastK*Middle EastK1a*Middle EastK1b1*Middle EastN1a*Middle EastN1bMiddle EastN1cMiddle EastN2Middle EastN9Middle EastR*Middle EastR0aMiddle EastTMiddle EastT1*West AsiaT1aMiddle EastT2Middle EastT2cMiddle EastT2iMiddle EastU1*Middle EastU2*Middle EastU2eEurasiaU3*Middle EastU4Middle EastU4a*Middle EastU7Middle EastU8*Middle EastU9aMiddle EastXMiddle EastX1aMiddle EastX2b1North AfricaL3e5North AfricaM1North AfricaM1a1North AfricaU6aNorth AfricaU6a1'2'3North AfricaU6b'c'dEast AfricaL0*East AfricaL0a1East AfricaL0a1bEast AfricaL0a2*East AfricaL3c/L4/MEast AfricaL3d1a1East AfricaL3d1dEast AfricaL3e1*East AfricaL3f*East AfricaL3h1b*East AfricaL3i*East AfricaL3x*East AfricaL4a'b*East AfricaL5*East AfricaL6East AfricaN* / M* / L3*West AfricaL1b*West AfricaL1b3West AfricaL1c*West AfricaL1c2West AfricaL2*West AfricaL2aWest AfricaL2a1*West AfricaL2a1a2'3'4West AfricaL2a1bWest AfricaL2a1b'fWest AfricaL2a1c1'2West AfricaL2a1(16189)West AfricaL2a2West AfricaL2b*West AfricaL2c1'2West AfricaL2dWest AfricaL2eWest AfricaL3bWest AfricaL3b1a3West AfricaL3b(16124!)West AfricaL3b2aWest AfricaL3d*West AfricaL3e2'3'4West AfricaL3f1b*

 Поврзано 

 Меѓународен проект HapMap
 Молекуларна еволуција
 Молекуларна филогенетика
 Човечка еволутивна генетика
 Раса (биологија) / Раса (човечка категоризација)
 Генетска генеалогија
 Генеалошки ДНК тест
 Список на теми од генетска генеалогија
 Список на хаплогрупи на значајни луѓе

 Наводи 
.mw-parser-output .reflist{font-size:90%;margin-bottom:0.5em;list-style-type:decimal}.mw-parser-output .reflist .references{font-size:100%;margin-bottom:0;list-style-type:inherit}.mw-parser-output .reflist-columns-2{column-width:30em}.mw-parser-output .reflist-columns-3{column-width:25em}.mw-parser-output .reflist-columns{margin-top:0.3em}.mw-parser-output .reflist-columns ol{margin-top:0}.mw-parser-output .reflist-columns li{page-break-inside:avoid;break-inside:avoid-column}.mw-parser-output .reflist-upper-alpha{list-style-type:upper-alpha}.mw-parser-output .reflist-upper-roman{list-style-type:upper-roman}.mw-parser-output .reflist-б{list-style-type:б}.mw-parser-output .reflist-lower-greek{list-style-type:lower-greek}.mw-parser-output .reflist-lower-roman{list-style-type:lower-roman}

 Надворешни врски 

 Општо 

 Генографски проект

 сите ДНК хаплогрупи 
Y-хромозом

 Хромозомот Y ДНК хаплогрупи 

 Y хромозомски конзорциум
 Дрво на хаплогрупата ISOGG Y-DNA
 PhyloTree's Y-дрво Минимална референтна филогенија за човечкиот Y-хромозом
 Предвидувач на хаплогрупи
 Конзорциумот на хромозомот Y (2002), Номенклатурен систем за дрвото на човечките Y-хромозомски бинарни хаплогрупи, Истражување за геном, кн. 12 (2), 339–48, февруари 2002 година. (Деталната хиерархиска табела има конверзии од претходните шеми за именување)
 Семино и сор. (2000), Генетското наследство на палеолитскиот хомо сапиенс сапиенс во постојните Европејци, наука, том 290 (труд во кој се претставени хаплогрупите „Еу“).
 Y-DNA Етнографски и генографски атлас и компилација на податоци со отворен код
 PhyloTree - Филогенетско дрво на глобалната варијација на човечката митохондријална ДНК 
 PhyloD3 – D3.js-базирано филогенетско дрво засновано на PhyloTree
 MitoTool – веб-сервер за анализа и пронаоѓање варијации на секвенцата на човечка митохондријална ДНК 
 HaploGrep – автоматска класификација на митохондријалната ДНК хаплогрупи врз основа на PhyloTree   
 HaploFind – брз автоматско доделување на хаплогрупи за човечка митохондријална ДНК   
 графички mtDNA хаплогрупа скелет
 Создавање на африканскиот mtDNA пејзаж
 Дали четирите клади на mtDNA хаплогрупата L2 се развиваат со различни стапки?

 Софтвер 

 Прелистувач на хаплогрупа Y-DNA

Категорија:Класична генетика
Категорија:Популациона генетика
Категорија:Филогенија
Категорија:Еволуција на човекот
Категорија:ДНК