Планктомицети

Планктомицетите (Planctomycetes) се колено на водни бактерии кои живеат во морски, слатки и мешани води. Се размножуваат со пупење. По форма се овоидни (јајцевидни), на дел од клеточното тело имаат тенок цилиндричен продолжеток кој на својот врв има прицврстувач кој помага меѓусебно да се прилепат за време на пупењето. 

 Структура 
Долго време бактерии кои припаѓаат на оваа група се сметаше дека немаат пептидогликан (муреин) во клеточниот ѕид, кој е важен хетерополимер присутен во повеќето бактериски клеточни ѕидови и служи како заштитна компонента. Наместо тоа се претпоставуваше дека нивните клеточни ѕидови се изградени од гликобелковина која е богата со глутамат. Сепак, неодамна, беа пронајдени претставниците од сите три таксони во рамките на Planctomycetes кои поседуваат пептидогликан во клеточниот ѕид.

Планктомицетите имаат карактеристична морфологија со внатреклеточно мембрански-оградени простори кои се нарекуваат: paryphoplasm (простор во кој нема рибозоми), pirellulosome (простор во кој има рибозоми) и nucleoid (простор кој содржи кондензирана нуклеинската киселина одвоен со двојна мембрана). Се до скорешното откривање на Poribacteria, планктомицетите беа единствените познати бактерии со внатрешно-клеточни мембрански прегради. Тридимензионална електронско томографска реконструкција на претставителниот вид, Gemmata obscuriglobus, има дадено разни интерпретации за опсервацијата на внатрешно-клеточните простори. Студија од 2013 година, најде дека појавата на внатрешните прегради се должи на густо инвагинирана, но континуирана единечна мембрана, заклучувајќи дека се присутни само два клеточни простори типични за Грам-негативните бактерии - цитоплазма и периплазма. Како и да е, вишокот на мембрана тројно ја зголемува површината на клетката во однос на нејзиниот волумен, што можеби е поврзано со способноста на родот Gemmata да биосинтетизира стероли. Меѓутоа понова студија од 2014 година со употреба на слични методи го поддржува претходниот став дека мембрански-оградените внатрешни простори се од затворен тип.

Неодамна се покажа дека видот Gemmata obscuriglobus е способен да внесува големи молекули во клетката преку процес кој наликува на еукариотската ендоцитоза.

 Молекуларни обележја 
Иако Planctomycetes се познати по своите необични клеточни одлики, нивната специфичност во однос на сите други бактерии дополнително е поддржана од два CSIs (анг. conserved signature indels). Овие CSIs ја одвојуваат оваа група од соседните колена во рамките на PVC суперколеното.

Еден CSI го споделуваат сите членови на PVC групата, вклучувајќи ги и Planctomycetes. Planctomycetes, исто така, поседуваат CSP (анг. conserved signature protein), за кој е откриено дека врши важна функција која ексклузивно е присутна кај членовите на PVC групата.

 Животен циклус 
 Животниот циклус на многу планктомицети е наизменична смена меѓу сесилни и подвижни форми. Неподвижните сесилни клетки пупат и формираат клетки со камшиче кои пливаат, за по некое време да се закачат и поминат во сесилна форма која повторно ја отпочнува репродукцијата.

 Филогенија 
Филогенијата се заснова на проектот Проектот "Животно дрво на сите видови" (анг. The All-Species Living Tree Project).

 Таксономија 
Моментално прифатената таксономија е врз основа на Списокот на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN) и Националниот центар за биотехнолошки информации (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI).
 Колено "Planctomycetes" Garrity & Holt 2001 emend. Ward 2011 [Planctomycetaeota Oren et al. 2015]
  Класа Phycisphaerae Fukunaga et al. 2010
  Ред Tepidisphaerales Kovaleva et al. 2015
  Фамилија Tepidisphaeraceae Kovaleva et al. 2015
  Род Tepidisphaera Kovaleva et al. 2015
  Вид Tepidisphaera mucosa Kovaleva et al. 2015
  Ред Phycisphaerales Fukunaga et al. 2010
  Фамилија Phycisphaeraceae Fukunaga et al. 2010
  Род Algisphaera Yoon, Jang & Kasai 2014
  Вид Algisphaera agarilytica Yoon, Jang & Kasai 2014
  Род Phycisphaera Fukunaga et al. 2010
  Вид Phycisphaera mikurensis Fukunaga et al. 2010
  Класа Planctomycetacia Cavalier-Smith 2002
  Вид ?"Candidatus Nostocoida limicola III" ♠ Liu et al. 2001
  Вид ?"Candidatus Nostocoida acidiphila" ♠ Kulichevskaya et al. 2012
  Ред "Brocadiales" Jetten et al. 2011
  Фамилија "Brocadiaceae" Jetten et al. 2011
  Род "Candidatus Anammoxoglobus" Kartal et al. 2006
  Вид "Candidatus Anammoxoglobus propionicus" Kartal et al. 2006
  Род "Candidatus Brocadia" Jetten et al. 2001
  Вид "Candidatus B. anammoxidans" Jetten et al. 2001
  Вид "Candidatus B. brasiliensis" Araujo et al. 2011
  Вид "Candidatus B. caroliniensis"
  Вид "Candidatus B. fulgida" Kartal et al. 2004
  Вид "Candidatus B. sinica" Hu et al. 2010
  Род "Candidatus Jettenia" Quan et al. 2008
  Вид "Candidatus Jettenia asiatica" Quan et al. 2008
  Вид "Candidatus Jettenia caeni" Ali et al. 2015
  Вид "Candidatus Jettenia moscovienalis" Nikolaev et al. 2015
  Род "Candidatus Kuenenia" Schmid et al. 2000
  Вид "Candidatus Kuenenia stuttgartiensis" Schmid et al. 2000
  Род "Candidatus Scalindua" Schmid et al. 2003
  Вид "Candidatus S. arabica" Woebken et al. 2008
  Вид "Candidatus S. marina" Van de Vossenberg et al. 2007
  Вид "Candidatus S. profunda" Van De Vossenberg et al. 2008
  Вид "Candidatus S. richardsii" Fuchsman  et al. 2012
  Вид "Candidatus S. wagneri" Schmid et al. 2003
  Вид "Candidatus S. sorokinii" Kuypers et al. 2003
  Вид Candidatus S. brodae Schmid et al. 2003
  Ред Planctomycetales Schlesner & Stackebrandt 1987 emend. Ward 2011
  Фамилија Planctomycetaceae Schlesner & Stackebrandt 1987 emend. Scheuner et al. 2014 [Isosphaeraceae Kulichevskaya et al. 2015]
  Род "Bythopirellula" ♠ Storesund & Ovreas 2013
 Вид  "Bythopirellula goksoyri" ♠ Storesund & Ovreas 2013
  Род "Candidatus Anammoximicrobium" ♠ Khramenkov et al. 2013
  Вид "Candidatus Anammoximicrobium moscowii" ♠ Khramenkov et al. 2013
  Род Aquisphaera Bondoso et al. 2011
  Вид Aquisphaera giovannonii Bondoso et al. 2011
  Род Blastopirellula Schlesner et al. 2004
  Вид B. cremea Lee et al. 2013
  Вид B. marina (Schlesner 1987) Schlesner et al. 2004 [Pirellula marina (Schlesner 1987) Schlesner & Hirsch 1987; Pirella marina Schlesner 1987 ill.]
  Род Gemmata Franzmann and Skerman 1985
  Вид Gemmata obscuriglobus Franzmann & Skerman 1985
  Род Gimesia Scheuner et al. 2015 [Planctomyces maris (ex Bauld & Staley 1976) Bauld & Staley 1980]
  Вид Gimesia maris Scheuner et al. 2015 [Planctomyces maris (ex Bauld & Staley 1976) Bauld & Staley 1980]
  Род Isosphaera Giovannoni et al. 1995
  Вид Isosphaera pallida (ex Woronichin 1927) Giovannoni et al. 1995 nom. rev. ["Isocystis pallida" Woronichin 1927; "Torulopsidosira pallida" (Woronichin 1927) Geitler 1963]
  Род Paludisphaera Kulichevskaya et al. 2015
  Вид Paludisphaera borealis Kulichevskaya et al. 2015
  Род Pirellula Schlesner & Hirsch 1987 emend. Schlesner et al. 2004 [Pirella Schlesner & Hirsch 1984 non Bainier 1883]
  Вид Pirellula staleyi Schlesner & Hirsch 1987 [Pirella staleyi Schlesner & Hirsch 1984 ill.]
  Род Planctomicrobium Kulichevskaya et al. 2015
  Вид Planctomicrobium piriforme Kulichevskaya et al. 2015
  Род Planctomyces Gimesi 1924
  Вид P. bekefii ♪ Gimesi 1924 (type sp.) ["Blastocaulis sphaerica" Henrici & Johnson 1935; "Acinothrix globulifera" Novácek 1938; "Planctomyces subulatus" Wawrik 1952; "Planctomyces crassus" Hortobágyi 1965]
  Вид P. guttaeformis ♪ (ex Hortobágyi 1965) Starr and Schmidt 1984
 Вид  P. stranskae ♪ (ex Wawrik 1952) Starr and Schmidt 1984
  Род Planctopirus Scheuner et al. 2015
 Вид  Planctopirus limnophila corrig. (Hirsch & Muller 1986) Scheuner et al. 2015 [Planctomyces limnophilus Hirsch and Müller 1986]
  Род Rhodopirellula Schlesner et al. 2004
 Вид  R. baltica Schlesner et al. 2004 (type sp.)
 Вид  R. caenicola Yoon et al. 2015
 Вид  R. rosea Roh et al. 2014
 Вид  R. rubra Bondoso et al. 2014
 Вид  R. lusitana Bondoso et al. 2014
 Вид  "R. europaea" ♠ Frank 2011
 Вид  "R. islandica" ♠ Kizina et al. 2015
 Вид  "R. maiorica" ♠ Frank 2011
 Вид  "R. sallentina" ♠ Frank 2011
  Род Roseimaritima Bondoso et al. 2015
 Вид  Roseimaritima ulvae Bondoso et al. 2015
  Род Rubinisphaera Scheuner et al. 2015
 Вид  Rubinisphaera brasiliensis (Schlesner 1990) Scheuner et al. 2015 [Planctomyces brasiliensis Schlesner 1990]
  Род Rubripirellula Bondoso et al. 2015
 Вид  Rubripirellula obstinata Bondoso et al. 2015
  Род Schlesneria Kulichevskaya et al. 2007
 Вид  Schlesneria paludicola Kulichevskaya et al. 2007
  Род Singulisphaera Kulichevskaya et al. 2008 emend. Kulichevskaya et al. 2012
 Вид  "S. mucilaginosa" ♠ Zaicnikova et al. 2011
 Вид  S. acidiphila Kulichevskaya et al. 2008 (type sp.)
 Вид  S. rosea Kulichevskaya et al. 2012
  Род Telmatocola Kulichevskaya et al. 2012
 Вид Telmatocola sphagniphila Kulichevskaya et al. 2012
  Род Thermogutta Slobodkina et al. 2015
 Вид  T. hypogea Slobodkina et al. 2015
 Вид  T. terrifontis Slobodkina et al. 2015
  Род Thermostilla Slobodkina et al. 2015
 Вид  Thermostilla marina Slobodkina et al. 2015
  Род Zavarzinella Kulichevskaya et al. 2009
 Вид  Zavarzinella formosa Kulichevskaya et al. 2009

 Забелешки: 
♠ Видовите се наоѓаат во NCBI, но не се наведени во LSPN.

♪ Прокариоти кои не се изолирани од чисти култури или не се достапни, бидејќи не можат да се одгледуваат во култура или не можат да се одржат во култура.

 Наводи 

 Надворешни врски 
 Планктомицетите и нивната клеточна организација (англиски)
 Gemmata на Microbewiki (англиски)

Категорија:Бактерии
Категорија:Бактериологија
Категорија:Микробиологија
Категорија:Прокариоти
Категорија:Зборови што ги нема во ТРМЈ