Thermotogae

Thermotogae е колено во доменот бактерии. Коленото Thermotogae се состои од анаеробни, термофилни и супертермофилни бактерии кои се бојат Грам-негативно.Gupta, RS (2014) The Phylum Thermotogae. The Prokaryotes 989-1015. Springer Berlin Heidelberg.

 Особености 
Името на коленото е изведено од високите температури на кои живеат неговите претставници заедно со карактеристичната обвивка "тога", кои тие ја поседуваат.Reysenbach, A.-L. (2001) Phylum BII. Thermotogae phy. nov. In: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, pp. 369-387. Eds D. R. Boone, R. W. Castenholz. Springer-Verlag: Berlin. Неодамна, Thermotogae видови кои живеат на умерени температури исто така биле идентификувани. Иако Thermotogae видовите покажуваат Грам-негативно обојување, тие поседуваат една липидна мембрана што ги прави монодермални бактерии. Поради способноста на некои Thermotogae видови да виреат на исклучиво високи температури, тие се мета на истражување за употреба во индустриски цели. Метаболичката способност на Thermotogae да користат различни јаглехидрати за продукција на водороден гас е причина тие да се разгледуваат како можен биотехнолошки извор за производство на алтернативна енергија.

 Таксономија 
Ова колено моментално се состои од една класа (Thermotogae), четири реда (Thermotogales, Kosmotogales, Petrotogales, и Mesoaciditogales) и пет фамилии (Thermatogaceae, Fervidobacteriaceae, Kosmotogaceae, Petrotogaceae, и Mesoaciditogaceae). Содржи вкупно 15 родови и 52 видови. Во 16S рРНК - заснованите филогенетски дрва, Thermotogae се разгрануваат заедно со Aquificae (друго колено со хипертермофилни организми) во близина на границата помеѓу домените бактериите и археите. Меѓутоа, блиска сродност мегу Thermotogae на Aquificae, и длабокото разгранување на второто колено, не е поддржано од други филогенетски студии засновани на различни генски/белковински секвенци, како ни од CSIs (анг. Conserved signature inserts and deletions) во неколку универзални белковини. Исто така, Thermotogae се цел на испитувања за нивната можна екстензивна размена на гени со археите. Сепак, неодамнешните студии засновани на повеќе робустни методологии сугерираат дека инциденцата на хоризонтален трансфер на гени помеѓу Thermotogae и други групи, вклучувајќи ги археите, не е толку висока како што порано се мислело.

 Молекуларна обележја 
Сѐ до неодамна, не биле познати биохемиски и молекуларни маркери со кои би можело да се направи дистинкција помеѓу видовите на коленото Thermotogae и останатите бактерии. Сепак, во една неодамнешна компаративна геномска студија идентификувани се голем број на CSIs во важни белковини кои се специфични или за сите Thermotogae видови или за голем број видови од неговите подгрупи. Многу од овие CSIs се најдени во битни метаболни белковини како што се Pol1, RecA, и TrpRS, и рибозомните белковини L4, L7/L12, S8, S9. Сите се уникатно присутни во различните секвенционирани Thermotogae видови и претставуваат нови и сигурни молекуларни маркери за ова колено. Овие истражувања, исто така, имаат идентификувано CSIs кои се специфични за секој ред и секоја фамилија во ова колено. Овие CSIs се користат и за таксономска организација на Thermotogae, а се силно поддржани и од филогенетски анализи. Дополнителни CSIs, исто така, најдено е дека се специфични за родовите Thermotoga, Pseudothermotoga, Fervidobacterium, и Thermosipho. Овие CSIs се специфични за сите видови во рамките на секој од родовите, што ги прави специфични маркери.

 Филогенија 
Филогенијата е заснована на Проектот "Животно дрво на сите видови" (анг. The All-Species Living Tree Project).

 Таксономија 
Моментално прифатената таксономија е заоснована на Списокот на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN) и на Националниот центар за биотехнолошки информации (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI).
 Колено Thermotogae Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014 [Thermotogaeota Oren et al. 2015]
 Класа Thermotogae Reysenbach 2002 [Togobacteria Cavalier-Smith 2002]
 Род Caldotoga ♥ Xue et al. 1999
 Вид Caldotoga fontana ♥ Xue et al. 1999
 Ред Thermotogales Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014
 Фамилија Fervidobacteriaceae Bhandari & Gupta 2014
 Род Fervidobacterium Patel et al. 1985
 Вид ?F. pennivorans Friedrich and Antranikian 1999
 Вид F. changbaicum Cai et al. 2007
 Вид F. gondwanense Andrews and Patel
 Вид F. islandicum Huber et al. 1991
 Вид F. nodosum Patel et al. 1985 (type sp.)
 Вид F. riparium Podosokorskaya et al. 2011
 Род Thermosipho Huber et al. 1989 emend. Ravot et al. 1996
 Вид ?T. ferriphilus ♠ Kendall et al. 2002
 Вид T. activus Podosokorskaya et al. 2014
 Вид T. affectus Podosokorskaya et al. 2011
 Вид T. africanus Huber et al. 1989 emend. Ravot et al. 1996 (type sp.)
 Вид T. atlanticus Urios et al. 2004
 Вид T. geolei L'Haridon et al. 2001
 Вид T. globiformans Kuwabara et al. 2011
 Вид T. japonicus Takai and Horikoshi 2000
 Вид T. melanesiensis Antoine et al. 1997
 Фамилија Thermotogaceae Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014
 Род Pseudothermotoga Bhandari & Gupta 2014
 Вид P. elfii (Ravot et al. 1995) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga elfii Ravot et al. 1995]
 Вид P. hypogea (Fardeau et al. 1997) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga hypogea Fardeau et al. 1997]
 Вид P. lettingae (Balk, Weijma & Stams 2002) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga lettingae Balk, Weijma & Stams 2002]
 Вид P. thermarum (Windberger et al. 1992) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga thermarum Windberger et al. 1992]
 Вид P. subterranea (Jeanthon et al. 2000) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga subterranea Jeanthon et al. 2000]
 Род ?Thermopallium ♠ Duckworth et al. 1996
 Вид Thermopallium natronophilum ♠ Duckworth et al. 1996
 Род Thermotoga Stetter and Huber 1986
 Вид ?T. katamachii ♥ Takahata et al. 2000
 Вид ?T. kuroii ♥ Takahata et al. 2000
 Вид T. maritima Stetter and Huber 1986 (type sp.)
 Вид T. naphthophila Takahata et al. 2001
 Вид T. neapolitana Jannasch et al. 1989
 Вид T. petrophila Takahata et al. 2001
 Ред Kosmotogales Bhandari & Gupta 2014
 Фамилија Kosmotogaceae Bhandari & Gupta 2014
 Род Kosmotoga DiPippo et al. 2009 emend. Nunoura et al. 2010 [Thermococcoides Feng et al. 2010]
 Вид K. arenicorallina Nunoura et al. 2011
 Вид K. olearia DiPippo et al. 2009 (type sp.)
 Вид K. pacifica L'Haridon et al. 2016
 Вид K. shengliensis (Feng et al. 2010) Nunoura et al. 2013 [Thermococcoides shengliensis Feng et al. 2010]
 Род Mesotoga Nesbo et al. 2013
 Вид M. infera Ben et al. 2013
 Вид M. prima Nesbo et al. 2013
 Ред Mesoaciditogales Itoh et al. 2015
 Фамилија Mesoaciditogaceae Itoh et al. 2015
 Род Athalassotoga Itoh et al. 2015
 Вид Athalassotoga saccharophila Itoh et al. 2015
 Род Mesoaciditoga Reysenbach et al. 2013
 Вид Mesoaciditoga lauensis Reysenbach et al. 2013
 Ред Petrotogales Bhandari & Gupta 2014
 Фамилија Petrotogaceae Bhandari & Gupta 2014
 Род Defluviitoga Ben Hania et al. 2012
 Вид Defluviitoga tunisiensis Ben Hania et al. 2012
 Род Geotoga Davey et al. 1993
 Вид G. aestuarianus ♠ Holton et al. 2002
 Вид G. petraea Davey et al. 1993 (type sp.)
 Вид G. subterranea Davey et al. 1993
 Род Marinitoga Wery et al. 2001
 Вид M. hydrogenitolerans Postec et al. 2005
 Вид M. camini Wery et al. 2001 (type sp.)
 Вид M. litoralis Postec et al. 2010
 Вид M. okinawensis Nunoura et al. 2007
 Вид M. piezophila Alain et al. 2002
 Род Oceanotoga Jayasinghearachchi and Lal 2011
 Вид Oceanotoga teriensis Jayasinghearachchi and Lal 2011
 Род Petrotoga Davey et al. 1993
 Вид P. halophila Miranda-Tello et al. 2007
 Вид P. mexicana Miranda-Tello et al. 2004
 Вид P. miotherma Davey et al. 1993 (type sp.)
 Вид P. mobilis Lien et al. 1998
 Вид P. olearia L'Haridon et al. 2002
 Вид P. sibirica L'Haridon et al. 2002

 Забелешки: 
♠ Видови кои се наоѓаат во NCBI, но не се наведени во LPSN.

♥ Нема видови кои се регистрирани во NCBI и/или наведени во LPSN.

 Наводи 

Категорија:Бактерии
Категорија:Бактериологија
Категорија:Микробиологија
Категорија:Прокариоти
Категорија:Екстремофили