Chloroflexi (колено на бактерии)

Chloroflexi (Chlorobacteria) е колено на бактерии во кои спаѓаат различни фенотипски форми, вклучително членови кои можат да бидат аеробни термофили, аноксигени фототрофи (зелените несулфурни бактерии) и анаеробни халореспиратори, кои користат халогенирани јаглеводороди како акцептори на електрони.

Додека повеќето бактерии, во смисла на диверзитет, се дидермални и се бојат Грам негативно, со исклучок на Firmicutes (ниска CG соржина, Грам-позитивни), Actinobacteria (висока CG содржина, Грам-позитивни) и групата Deinococcus–Thermus (Грам-позитивни, но дидермални, со дебел пептидогликански слој), членовите на коленото Chloroflexi се монодермални, но најчесто се бојат Грам негативно.

 Историја 
Името на таксонот е множина од името на видот Chloroflexus, а за првпат било објавено во Бергејовиот Прирачник за Систематска Бактериологија.

Во 1987 година, Карл Воуз, кој се смета како основоположник на молекуларната филогенетика, ги поделил бактериите во 11 групи врз основа на секвенци на 16S рРНК, а родовите Chloroflexus, Herpetosiphon и Thermomicrobium ги групирал во "Зелени не-сулфурни бактерии и сродници", која група привремено била преименувана во "Chloroflexi" во Бергејовиот Прирачник за Систематска Бактериологија.

Бидејќи станува збор за длабоко разгранувачко колено, првично било класифицирано како класа со истото име - Chloroflexi. Сепак, од 2001 година па наваму, воведени се нови класи во класификацијата благодарение на новооткриени видови, па затоа во моментов коленото Chloroflexi е поделено на:
 Chloroflexi Gupta et al. 2012
 Thermomicrobia Hugenholtz & Stackebrandt, 2004
 "Dehalococcoidetes" Hugenholtz & Stackebrandt, 2004
 Anaerolineae Yamada et al., 2006 
 Caldilineae Yamada et al., 2006 
 Ktedonobacteria Cavaletti et al., 2007 emend. Yabe et al., 2010
Во однос на класата "Dehalococcoidetes", името било дадено од страна на Hugenholtz и Stackebrandt, 2004, според видот "Dehalococcoides ethenogenes" делумно опишан во 1997 година, додека првиот потполно опишан вид бил Dehalogenimonas lykanthroporepellens од страна на Moe и соработниците, 2009, но во описот на тој вид припадноста кон одредена класа, ред или фамилија не бил одреден бидејќи двата вида споделуваат само 90% идентичност во 16S рРНК секвенците, што значи дека би можеле да припаѓаат во сосема различни фамилии па дури и редови.

Најновите филогенетски анализи на коленото Chloroflexi покажуваат многу слаба поддршка за групирањето на неговите составни класи во едно заедничко колено. Шестте класи кои моментално го сочинуваат ова колено не формираат добро поддржан монофилетичен клад во филогенетските дрва засновани на скратени белковински секвенци од големите бази на податоци и не биле идентификувани CSIs (анг. Conserved signature inserts and deletions) уникатно споделувани во рамките на целото колено. Сепак, класите Chloroflexi и Thermomicrobia доследно се групирале заедно при употреба и на обичните филогенетски анализи и со идентификација на CSIs во 50S рибозомната белковина L19 и ензимот UDP-гликоза 4-епимераза. Се претпоставува дека коленото Chloroflexi sensu stricto треба да ги содржи само класите Chloroflexi и Thermomicrobia, додека останатите четири класи (Dehalococcoidetes, Anaerolineae, Caldilineae и Ktedonobacteria) може да претставуваат едно или повеќе независни колена кои во филогенетското дрво се разгрануваат близу до коленото Chloroflexi.

 Филогенија 
Моментално прифатената таксономија е врз основа на Списокот на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN) и Националниот центар за биотехнолошки информации (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI), а филогенијата е заснована на 16S рРНК-заснованото LTP ослободување 123 од Проектот "Животно дрво на сите видови" (анг. The All-Species Living Tree Project).'The All-Species Living Tree' Project.Забелешки: 
♠ Видови кои се наоѓаат во NCBI, но не се наведени во LSPN.

♪ Прокариоти каде што не се изолирани чисти култури или не се достапни, т.е. не се култивирани или не може да се одржат во културата.

 Таксономија 
Род "Kouleothrix" ♠  Kohno et al. 2002 
 Вид "Kouleothrix aurantiaca" ♠  Kohno et al. 2002 
Род "Candidatus Chlorothrix" Klappenbach & Pierson 2004
 Вид "Candidatus Chlorothrix halophila" Klappenbach & Pierson 2004
Класа Thermoflexia Dodsworth et al. 2014
 Ред Thermoflexales Dodsworth et al. 2014
 Фамилија Thermoflexaceae Dodsworth et al. 2014
 Род Thermoflexus Dodsworth et al. 2014
 Вид Thermoflexus hugenholtzii Dodsworth et al. 2014
Класа Dehalococcoidia Löffler et al. 2013 
 Ред Dehalococcoidales Löffler et al. 2013
 Фамилија Dehalococcoidaceae Löffler et al. 2013
 Род Dehalococcoides Löffler et al. 2013 ["Dehalococcoides" Maymo-Gatell et al. 1997]
 Вид Dehalococcoides mccartyi Löffler et al. 2013 ["Dehalococcoides ethenogenes" Maymo-Gatell et al. 1997]
 Род Dehalogenimonas Moe et al. 2009
 Вид D. alkenigignens Bowman et al. 2013
 Вид D. lykanthroporepellens Moe et al. 2009 (тип sp.)
Класа Anaerolineae Yamada et al. 2006
 Ред Anaerolineales Yamada et al. 2006
 Фамилија Anaerolineaceae Yamada et al. 2006 
 Род Flexilinea Sun et al. 2015
 Вид Flexilinea flocculi Sun et al. 2015
 Род "Thermanaerothrix" ♠ Gregoire et al. 2011
 Вид "Thermanaerothrix daxensis" ♠  Gregoire et al. 2011
 Род Thermomarinilinea Nunoura et al. 2013
 Вид Thermomarinilinea lacunifontana Nunoura et al. 2013
 Род Anaerolinea Sekiguchi et al. 2003 emend. Yamada et al. 2006
 Вид A. thermolimosa Yamada et al. 2006 
 Вид A. thermophila Sekiguchi et al. 2003  (тип sp.)
 Род Ornatilinea Podosokorskaya et al. 2013
 Вид Ornatilinea apprima Podosokorskaya et al. 2013
 Род Pelolinea Imachi et al. 2014
 Вид Pelolinea submarina Imachi et al. 2014
 Род Bellilinea Yamada et al. 2007 
 Вид Bellilinea caldifistulae Yamada et al. 2007
 Род Levilinea Yamada et al. 2006 
 Вид Levilinea saccharolytica Yamada et al. 2006 
 Род Leptolinea Yamada et al. 2006 
 Вид Leptolinea tardivitalis Yamada et al. 2006 
 Род Longilinea Yamada et al. 2007
 Вид Longilinea arvoryzae Yamada et al. 2007 
Класа Ardenticatenia Kawaichi et al. 2013
 Ред Ardenticatenales Kawaichi et al. 2013
 Фамилија Ardenticatenaceae Kawaichi et al. 2013
 Род Ardenticatena Kawaichi et al. 2013
 Вид Ardenticatena maritima Kawaichi et al. 2013
Класа Caldilineae Yamada et al. 2006
 Ред Caldilineales Yamada et al. 2006 
 Фамилија Caldilineaceae Yamada et al. 2006 
 Род Litorilinea Кале et al. 2013
 Вид Litorilinea aerophila Кале et al. 2013
 Род Caldilinea Sekiguchi et al. 2003 
 Вид C. aerophila Sekiguchi et al. 2003 (тип sp.)
 Вид C. tarbellica Grégoire et al. 2011
Класа Ktedonobacteria Cavaletti et al. 2007 emend. Yabe et al. 2010 
 Ред Thermogemmatisporales Yabe et al. 2011
 Фамилија Thermogemmatisporaceae Yabe et al. 2011
 Род Thermogemmatispora Yabe et al. 2011
 Вид Т. foliorum Yabe et al. 2011
 Вид Т. carboxidivorans King & King 2014
 Вид Т. onikobensis Yabe et al. 2011 (тип sp.)
 Ред Ktedonobacterales Cavaletti et al. 2007 ["Ktedobacterales" (sic) Cavaletti et al. 2006]
 Фамилија Ktedonobacteriaceae Cavaletti et al. 2007 ["Ktedobacteraceae" (sic) Cavaletti et al. 2006]
 Род Ktedonobacter corrig. Cavaletti et al. 2007 ["Ktedobacter" (sic) Cavaletti et al. 2006]
 Вид Ktedonobacter racemifer corrig. Cavaletti et al. 2007  ["Ktedobacter (псо) racemifer" Cavaletti et al. 2006]
 Фамилија Thermosporotrichaceae Yabe et al. 2010
 Род Thermosporothrix Yabe et al. 2010 
 Вид Т. hazakensis Yabe et al. 2010
 Вид Т. narukonensis Yabe, Sakai & Yokota 2016 
Класа Thermomicrobia Garrity and Holt 2002 emend. Hugenholtz and Stackebrandt 2004 
 Род "Thermobaculum" ♠  Botero et al. 2004 
 Вид "Thermobaculum terrenum" ♠ Botero et al. 2004  
 Ред Sphaerobacterales Stackebrandt et al. 1997 
 Фамилија Sphaerobacteraceae Stackebrandt et al. 1997
 Род Nitrolancea Sorokin et al. 2014 ["Nitrolancetus" Sorokin et al. 2012]
 Вид Nitrolancea hollandica Sorokin et al. 2014 ["Nitrolancetus hollandicus" Sorokin et al. 2012]
 Род Sphaerobacter Demharter et al. 1989
 Вид Sphaerobacter thermophilus Demharter et al. 1989 
 Ред Thermomicrobiales Garrity and Holt 2002
 Фамилија Thermomicrobiaceae Garrity and Holt 2002
 Род Thermorudis King & King 2014
 Вид Т. pharmacophila
 Вид Т. peleae King & King 2014
 Род Thermomicrobium Jackson et al. 1973 
 Вид Т. carboxidum King & King 2014
 Вид Т. roseum Jackson et al. 1973
Класа Chloroflexia Gupta et al. 2013
 Ред Kallotenuales Cole et al. 2013
 Фамилија Kallotenuaceae Cole et al. 2013
 Род Kallotenue Cole et al. 2013
 Вид Kallotenue papyrolyticum Cole et al. 2013
 Ред Herpetosiphonales Gupta et al. 2013 ["Herpetosiphonales" Castenholz 2001]
 Фамилија Herpetosiphonaceae Gupta et al. 2013 ["Herpetosiphonaceae" Castenholz 2001]
 Род Herpetosiphon Holt & Lewin 1968
 Вид H. aurantiacus Holt & Lewin 1968  ["Herpetosiphon giganteus"]
 Вид H. geysericola Lewin 1970 ["Lewinella geysericola" non "Phormidium geysericola" Copeland 1936; "Herpetosiphon geysericolus" (sic) Lewin 1970]
 Ред Chloroflexales Gupta et al. 2013
 Род "Dehalobium" ♠ Wu et al. 2002
 Вид "Dehalobium chlorocoercia" ♠ Wu et al. 2002
 Подред Roseiflexineae Gupta et al. 2013
 Фамилија Roseiflexaceae Gupta et al. 2013
 Род Heliothrix ♦ Pierson et al. 1986
 Вид Heliothrix oregonensis ♦ Pierson et al. 1986
 Род Roseiflexus Hanada et al. 2002
 Вид Roseiflexus castenholzii Hanada et al. 2002
 Подред Chloroflexineae Gupta et al. 2013
 Фамилија Chloroflexaceae Gupta et al. 2013
 Род Chloroflexus Pierson & Castenholz 1974
 Вид C. aggregans Hanada et al. 1995
 Вид C. aurantiacus Pierson & Castenholz 1974 (type sp.)
 Фамилија Oscillochloridaceae Gupta et al. 2013
 Род Candidatus Chloroploca Gorlenko et al. 2014
 Вид Candidatus Chloroploca asiatica Gorlenko et al. 2014
 Род Chloronema ♪ Dubinina & Gorlenko 1975
 Вид Chloronema giganteum ♪ Dubinina & Gorlenko 1975
 Род Oscillochloris Gorlenko & Pivovarova 1989 emend. Keppen et al. 2000
 Вид O. chrysea ♪ Gorlenko & Pivovarova 1989(type sp.)
 Вид O. trichoides ♦ (ex Szafer) Gorlenko & Korotkov 1989 emend. Keppen et al. 2000 ["Oscillatoria trichoides" (Szafer) Lauterborn 1915]

 Потекло на поимот 
Името "Chloroflexi" е неолатински номинатив машки род множина од "Chloroflexus", кое е името на првиот опишан род. Именката е комбинација од грчката придавка chloros, -, (χλωρός, -ά, -όν) што значи "зеленикаво-жолта" и латинскиот пасив перфект партиципл од машки род flexus (од flecto)Lewis & Short... што значи "искривен" што дава "зелено свиткување". Треба да се напомене дека етимологија не е изведена од елементот хлор. Друго колено со ист корен е Chlorobi, а Cyanobacteria има корен cyanos (κύανος) што значи "сино-зелени".

  Наводи 

Категорија:Бактерии
Категорија:Прокариоти
Категорија:Микробиологија
Категорија:Бактериологија