Genetinis kodas

Genetinis kodas – sistema taisyklių, pagal kurias DNR arba RNR molekulėje nukleotidų sekomis užrašoma informacija, reikalinga baltymų sintezei.

Genetinis kodas yra vienodas visiems gyviesiems organizmams.Šiuo metu aptikta nukrypimų nuo „standartinio kodo“ (daugiausia mitochondrijose bei mikoplazmose). Visgi šie pakitimai nėra dideli, dauguma kodonų (ir juo labiau bendra struktūra) lieka tie patys. Manoma, kad tai įrodymas, jog visa Žemės gyvybė kilusi iš vieno bendro pirmtako. Rašoma jog genetinis kodas yra „užšalęs atsitiktinumas“, be rimtos priežasties kodėl jis vienoks o ne kitoks. Kartą nusistovėjusį kodą pakeisti evoliuciškai sunku nes tai paveiktų labai daug juo užkoduotų baltymų.

 Pagrindiniai principai 
 Kiekviena amino rūgštis koduojama trimis vienas po kito sekančiais nukleotidais (kodonu).
 Gretimi kodonai nepersikloja ir skirtukų tarp kodonų nėra. Taigi galimi trys skaitymo rėmeliai (CAUcau, cAUCau, caUCAu).
 Ta pati aminorūgštis beveik visada koduojama keletu skirtingų kodonų (kodas perteklinis, arba išsigimęs). Aminorūgšties tipas (hidrofobinė, hidrofilinė ir pan) gana dažnai išlieka ir pakeitus antrą ar net pirmą kodono nukleotidą. 
 Tas pats kodonas koduoja tik vieną aminorūgštį (kodas vienareikšmis).
 Transliuojamo baltymo pradžia žymima starto kodonu (AUG), pabaiga „stop“ kodonu (UAA, UAG, UGA).
 RNR seka transliuojama tik viena (5'→3) kryptimi.
 Esant papildomų reguliuojančių sekų, stop kodonai gali būti panaudojami pagrindinio kodo lentelėje nesančioms aminorūgštims, įjungti.

Visi kodonai koduoja tik L – aminorūgštis. Tą pat aminorūgštį koduojantys sinonimai dažniausiai skiriasi trečiosios pozicijos nukleotidu. Palyginus su galimų kodonų skaičiumi (64), aminorūgščių nedaug ir, tikėtina, evoliucinėje praeityje buvo dar mažiau. Pagaliau stop kodonų grupavimasis lentelėje šiek tiek primena kokią tai aminorūgštį koduojančių kodonų grupavimąsi.

 Netipinės aminorūgštys 
Specifinėmis aplinkybėmis, esant papildomoms reguliacinėms sekoms, stop kodonas UGA koduoja selenocisteiną o UAG piroliziną. Šios dvi aminorūgštys turi savo specifines transportines RNR. Papildomos reguliacinės sekos gali būti tiek transliuojamoje, tiek ir netransliuojamoje RNR dalyje.

Skirtingų tos pačios reikšmės kodonų dažnis evoliuciškai labiau nutolusiuose organizmuose labai skirtingas. Pavyzdžiui, izoleuciną koduojančio AUA kodono sutinkamumo dažnumas Escherichia coli yra tik 3,7 atvejo per 1000 bazių porų, tuo tarpu Saccharomyces cerevisiae – 17,8 (Homo sapiens 7,5). Retus kodonus mokslininkai irgi bando „perprogramuoti“ naujoms, neįprastoms aminorūgštims koduoti.

 Skaitymo rėmeliai 
Paprastai į RNR verčiama ir vėliau į baltymą transliuojama tik viena iš dviejų esančių DNR grandinių. Retais atvejais (daugiausia virusams, kuriems gali būti svarbu turėti mažą genomą) baltymus gali koduoti ir abi grandinės. Panašiai, paprastai transliuojamas tik vienas iš trijų galimų rėmelių. Jį dažniausiai nesunku atpažinti nes kituose dviejuose būna nemažai stop kodonų.

RNR taip pat turi netransliuojamų sekų, kurios žymi jog netoli esantis starto kodonas iš tiesų reiškia baltymo sekos pradžią. Naujo baltymo sintezė pradedama ne ties kiekvienu starto kodonu.

Genetiniu kodu užkoduota ne visa organizmą sukurti reikalinga informacija. Yra daug svarbių netransliuojamų RNR (pavyzdžiui, transportinės, ribosominės) bei įvairių valdančių bei reguliuojančių sekų.

 Kodas 
Aminorūgštys: hidrofobinės hidrofilinės šarminės rūgštinės stop kodonai

+ Standartinis genetinis kodas 1 nukleotidas 2 nukleotidas 3 nukleotidas U C A G U UUU (Phe/F) Fenilalaninas UCU (Ser/S) Serinas UAU (Tyr/Y) Tirozinas UGU (Cys/C) Cisteinas U UUC UCC UAC UGC C UUA (Leu/L) Leucinas UCA UAA Stop (OchreOchre, Opal ir Amber yra istoriniai stop kodonų pavadinimai) UGA Stop (Opal) arba selenocisteinas A UUG UCG UAG Stop (Amber) arba pirolizinas UGG (Trp/W) Triptofanas     G C CUU CCU (Pro/P) Prolinas CAU (His/H) HistidinasCGU (Arg/R) Argininas UCUCCCCCACCGC CCUACCACAA (Gln/Q) GlutaminasCGA ACUGCCGCAGCGG G AAUU (Ile/I) IzoleucinasACU (Thr/T) Treoninas        AAU (Asn/N) AsparaginasAGU (Ser/S) Serinas UAUCACCAACAGC CAUAACAAAA (Lys/K) LizinasAGA (Arg/R) Argininas AAUGAUG yra baltymo pradžią žymintis kodonas tačiau gali pasitaikyti ir toliau jo sekoje. Sekos pradžioje esantis AUG koduoja prokariotuose koduoja kitą rūgštį, formil-metioniną. Visur kitur AUG koduoja metioniną.  (Met/M) MetioninasACGAAGAGG G GGUU (Val/V) ValinasGCU (Ala/A) AlaninasGAU (Asp/D) AspartatasGGU (Gly/G) Glicinas UGUCGCCGACGGC CGUAGCAGAA (Glu/E) Gliutamo rūgštisGGA AGUGGCGGAGGGG G

 Šaltiniai ir pastabos 

Kategorija:Genetika