무작위 코일 지수

무작위 코일 지수(, RCI)는 주쇄 이차 화학적 이동의 역가중 평균을 계산하여 단백질 유연성을 예측하고, 이 매개변수로부터 모델-프리 차수 매개변수 값뿐만 아니라 NMR 및 분자동역학 앙상블의 잔기별 RMSD를 예측한다.

기존의 단백질 유연성 연구 방법에 비해 이 프로토콜의 주요 장점은 다음과 같다.
 단백질의 3차 구조에 대한 사전 지식이 필요하지 않다.
 단백질의 전체적인 텀블링에 민감하지 않다.
 주쇄 할당을 위한 표준 실험 외에 추가적인 NMR 측정이 필요하지 않다.

단백질 유연성을 특성화하기 위해 이차 화학적 이동을 적용하는 것은 화학적 이동이 무작위 코일 값에 가까운 것이 단백질 이동성 증가의 발현이며, 무작위 코일 값과 상당한 차이가 나는 것은 상대적으로 단단한 구조를 나타낸다는 가정에 기반한다.

비록 단단한 잔기의 화학적 이동이 차폐 및 비차폐 효과(예: 비틀림 각도, 수소 결합, 링 전류 등)의 유사한 기여로 인해 무작위 코일 값을 가질 수 있지만, 여러 핵의 화학적 이동을 하나의 매개변수로 결합하면 이러한 유연성 오탐지의 영향을 줄일 수 있다. 개선된 성능은 유연한 영역과 단단한 영역의 아미노산 잔기에서 발견되는 다른 핵의 무작위 코일 화학적 이동 확률이 다르다는 점에서 비롯된다. 일반적으로 단단한 나선이나 단단한 베타 가닥에 있는 잔기는 유동적인 영역에 있는 잔기보다 주쇄 이동 중 하나 이상의 무작위 코일 화학적 이동을 가질 가능성이 적다.

RCI의 실제 계산에는 여러 인접 잔기에 걸쳐 이차 이동을 평활화하고, 이웃 잔기 보정을 사용하며, 화학적 이동 재참조, 간격 채우기, 화학적 이동 스케일링 및 0으로 나누기 문제를 방지하기 위한 수치 조정 등 여러 추가 단계가 포함된다. 13C, 15N 및 1H 이차 화학적 이동은 이러한 핵의 특징적인 공명 주파수를 설명하고 프로토콜의 다른 부분 간에 수치적 일관성을 제공하기 위해 스케일링된다. 이러한 스케일링 보정이 완료되면 RCI가 계산된다. 이 시점에서 "말단 효과 보정"도 적용될 수 있다. 프로토콜의 마지막 단계는 초기 RCI 값 세트를 3점 평균으로 평활화하는 것이다.

 같이 보기 
 화학적 이동
 화학적인 변화 지표
 단백질 동역학
 단백질 NMR
 NMR
 핵자기 공명 분광법
 Protein nuclear magnetic resonance spectroscopy
 Protein dynamics#Domains and protein flexibility
 단백질

 각주 

분류:단백질 구조
분류:생물물리학
분류:단백질 기법
분류:화학 소프트웨어
분류:핵자기 공명
분류:과학 기술