기본단위체

구조생물학에서 기본단위체 또는 프로토머(protomer)는 소중합체 단백질(올리고머 단백질)의 구조적 단위체이다. 최소 두 개의 서로 다른 단백질 사슬로 이루어져 있는 가장 작은 단위체로, 두 개 이상의 기본단위체가 회합하여 더 큰 이종 올리고머(hetero-oligomer)를 형성한다.

용어를 처음 도입한 것은 Chetverin으로, 수소-칼륨 ATP가수분해효소의 명명법을 확실하게 하기 위함이었다. 수소-칼륨 ATP가수분해효소는 더 크기가 크고 촉매 기능을 하는 α 소단위체와 크기가 작은 당단백질인 β 소단위체로 구성되어 있다. 당시에는 두 소단위체 중 얼마나 많은 양이 함께 작용하는지가 불명확했다. 또한 이량체라고 했을 때 αβ를 가리키는 것인지, (αβ)2를 가리키는 것인지도 헷갈리기 쉬웠다. 따라서 Chetverin은 αβ를 'protomer'로, (αβ)2는 'diprotomer'로 부르자고 제안했다.

화학에서 프로토머는 양성자의 위치로 인해 호변 이성질체가 나타나는 분자를 일컫는다.P. M. Lalli, B. A. Iglesias, H. E. Toma, G. F. de Sa, R. J. Daroda, J. C. Silva Filho, J. E. Szulejko, K. Araki and M. N. Eberlin, J. Mass Spectrom., 2012, 47, 712–719.C. Lapthorn, T. J. Dines, B. Z. Chowdhry, G. L. Perkins and F. S. Pullen, Rapid Commun. Mass Spectrom., 2013, 27,
2399–2410.

 예시 
섬네일|사람의 헤모글로빈. α와 β 소단위체가 각각 빨간색과 파란색으로 그려져 있다. 초록색 부분은 철을 포함하고 있는 헴이다.
헤모글로빈은 네 개의 소단위체, 즉 두 개의 α 소단위체와 두 개의 β 소단위체로 구성된 이종사량체이다. 그러나 구조적으로든 기능적으로든 헤모글로빈은 (αβ)2로 기술되는 편이 더 합리적이며, 따라서 두 개의 αβ 기본단위체가 결합한 이량체(또는 diprotomer)라고 한다.

아스파르트산 카바모일기전이효소는 α6β6 소단위체로 구성되어 있는데, 여섯 개의 αβ 기본단위체가 D3 대칭으로 배열되어 있다.

섬네일|right|하나의 기본단위체 역할을 하는 캡시드 단백질 VP1 오량체. 각 단량체는 다른 색으로 그려져 있다.

바이러스의 캡시드는 종종 기본단위체로 구성되어 있다.

화학에서의 프로토머의 예시에는 타이로신이나 4-아미노벤조산이 있다. 전자의 경우 탈양성자화되어 카복실레이트와 페녹사이드 음이온을 형성할 수 있으며,J. Am. Chem. Soc., 2009, 131 (3), pp 1174–1181 후자는 아미노기나 카복실기가 양성자화될 수 있다.J. Phys. Chem. A, 2011, 115 (26), pp 7625–7632

 각주 

분류:구조생물학
분류:고분자화학