트립토판케이지

트립토판 케이지(Tryptophane Cage)는 20개의 아미노산으로 구성되어 있으며, 단백질의 접힘 운동등의 양상을 알기 위해서 합성한 Neidigh 연구팀이 설계한 인공단백질이다. 그 아미노산 서열은 NLYIQ WLKDG GPSSG RPPPS로 알려져 있다.Protein Data Bank 1L2Y, http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1L2Y 

트립토판 케이지는 글리신 1개(Gly-11)과, 프롤린 3개(Pro-12, 18. 19)로 구성된 소수성 핵을 갖고 있으며, 티로신(Tyr-3)과 트립토판(Trp-6)의 방향족 측쇄를 갖고 있다. 트립토판 케이지의 2차구조는 2번에서 8번 아미노산의 알파나선 구조와 11번에서 14번에 이르는 310 나선구소와 C 말단부의 다-프롤린Ⅱ 나선이 있다. 안정성 자료는 접힌 상태에서 아스파르트산(Asp-9)과 알기닌(Arg-16)이 염다리로 연결되어 있음을 시사하고 있다.

트립토판 케이지는 단백질의 접힘 동역학(Folding Kinetics)를 연구하는 데 매우 중요한 역할을 하고 있다. 이는 트립토판 케이지의 접힘 속도가 매우 빨라서 접히는 데 약 4㎲가 채 걸리지 않으며, 비교적 그 크기가 작음에도 불구하고, 단백질의 구조변경에 필요한 여러 가지 요소가 다양하게 들어있기 때문에 트립토판 케이지의 연구로부터 다른 거대단백질의 이해를 도울 수 있기 때문이다.

트립토판 케이지를 사용하는 연구로는 레이저를 이용해서 온도를 급격하게 상승시켜서 구조가 변하는 것을 연구하거나Smaller and Faster, Linlin Qiu, 2002, http://www.phys.ufl.edu/~hagen/pubs/jacs_2002.pdf , 단백질의 3차구조를 예측하거나Protein Tertiary Structure Prediction, http://iwrwwi.fzk.de/biostruct/PSP/1l2ycomp/webcomp.html, 접힘과정에서의 동역학과 열역학을 시뮬레이션 하거나Kinetics and Thermodynamics in the Folding of Trp-Cage, Jia-Lin Lo http://sansan.phy.ncu.edu.tw/~hclee/ppr/LJL_trpcg5.2.pdf, 접힘과정에 관여하는 다양한 요인을 탐구한다.Internal friction in the ultrafast folding of the tryptophan cage http://www.phys.ufl.edu/~hagen/pubs/ChemPhys2005.pdf 

트립토판 케이지의 구조는 NMR 등을 이용해서 밝혀졌으며, 그 결과는 단백질 정보 은행에 PDB ID 1L2Y로 수록 되어있다.

 참고 문헌 

분류:단백질