EC нөмірі

Фермент комиссиясының нөмірі (EC нөмірі) - ферменттердің сандық жіктелу схемасы, олар катализдейтін химиялық реакцияларға негізделген. Ферменттердің номенклатурасы жүйесі ретінде әрбір EC нөмірі сәйкес фермент-катализделген реакция үшін ұсынылған атаумен байланысты.

EC сандары ферменттерді емес, фермент катализдейтін реакцияларды көрсетеді. Егер әртүрлі ферменттер (мысалы, әртүрлі организмдерден) бір реакцияны катализдейтін болса, онда олар бірдей ЭК нөмірін алады. Сонымен қатар, конвергентті эволюция арқылы мүлдем басқа ақуыз қатпарлары бірдей реакцияны катализдей алады (оларды кейде гомологты емес изофункциялық ферменттер деп те атайды) және сондықтан бірдей EC нөмірі тағайындалады. Керісінше, UniProt идентификаторлары ақуызды аминқышқылдарының реттілігі бойынша бірегей түрде анықтайды.

 Санның форматы 
Әрбір ферменттің коды «EC» әріптерінен, содан кейін нүктелермен бөлінген төрт саннан тұрады. Бұл сандар ферменттің біртіндеп жақсырақ жіктелуін білдіреді. Алдын ала EC нөмірлері бар және төртінші (сериялық) санның бөлігі ретінде «n» болады (мысалы, EC 3.5.1.n3)."ENZYME (Enzyme nomenclature database)". ExPASy. Archived from the original on 21 March 2019. Retrieved 24 April 2019.

Мысалы, трипептидті аминопептидазалардың «EC 3.4.11.4» коды бар, оның компоненттері келесі ферменттер топтарын көрсетеді:

 EC 3 ферменттері гидролаза ферменттері (басқа молекуланы ыдырату үшін суды пайдаланатын ферменттер)
 EC 3.4 - пептидтік байланыстарға әсер ететін гидролазалар
 EC 3.4.11 - полипептидтен аминотерминалды амин қышқылын ажырататын гидролазалар
 EC 3.4.11.4 - трипептидтен амин-терминал ұшын ажырататындар

 Жоғарғы деңгейдегі кодтар 
+Жоғарғы деңгейдегі EC нөмірлері Сынып Реакция катализделген Типтік реакция Тривиальды аты бар фермент мысалдары. EC 1Оксидоредуктазалар Тотығу /тотықсыздану реакциялары; Н және О атомдарының немесе электрондардың бір заттан екінші затқа ауысуы AH + B → A + BH(азайтылған)A + O → AO (тотыққан) Дегидрогеназа, оксидаза EC 2Трансферазалар Функционалдық топтың бір заттан екінші затқа ауысуы. Топ метил-, ацил-, амино- немесе фосфатты топ болуы мүмкін AB + C → A + BC Трансаминаза, киназа EC 3Гидролазалар Гидролиз арқылы субстраттан екі өнім түзілуі AB + H 2 O → AOH + BH Липаза, амилаза, пептидаза, фосфатаза EC 4Лиаздар Субстраттардан топтарды гидролитикалық емес қосу немесе жою. CC, CN, CO немесе CS байланыстары үзілуі мүмкін RCOCOOH → RCOH + CO 2 немесе [X-A+BY] → [A=B + XY] Декарбоксилаза EC 5 Изомеразалар Молекула ішілік қайта құрылымдау, яғни изомерлену бір молекуланың ішінде өзгереді ABC → BCA Изомераза, мутаза EC 6 Лигазалар АТФ бір мезгілде ыдырауымен жаңа CO, CS, CN немесе CC байланыстарын синтездеу арқылы екі молекуланы біріктіріңіз. X + Y + ATP → XY + ADP + P i Синтетаза EC 7 Транслоказалар Иондардың немесе молекулалардың мембраналар арқылы қозғалысын немесе олардың мембраналар ішінде бөлінуін катализдейді Тасымалдаушы

 Реакция ұқсастығы 
Ферменттік реакциялар арасындағы ұқсастықты байланыс өзгерістері, реакция орталықтары немесе ішкі құрылым көрсеткіштері (бұрынғы EC-BLAST), қазір EMBL-EBI фермент порталы) арқылы есептеуге болады.

 Тарих 
EC санау жүйесі дамығанға дейін ферменттер ерікті түрде аталды және қандай реакция катализделгені туралы аз немесе мүлде анықтама беретін ескі сары фермент және алма ферменті сияқты атаулар кең таралған. Бұл атаулардың көпшілігі қолданыстан шығып қалды, дегенмен кейбіреулері, әсіресе пепсин және папаин сияқты спецификалылығы өте төмен протеолитті ферменттер әлі де қолданылуда, өйткені специфика бойынша рационалды жіктеу өте қиын болды.

1950 жылдарға қарай хаосқа төзгісіз сипатқа ие болды және Гоффман-Остенгоф және Диксон мен Уэбб ферменттер катализдейтін реакцияларды классификациялаудың біршама ұқсас схемаларын ұсынғаннан кейін Брюссельдегі Халықаралық биохимия конгресі ферменттер жөніндегі комиссияны құрды. 1955 жылы Малкольм Диксонның төрағалығы. Бірінші нұсқасы 1961 жылы жарияланды және Ферменттік комиссия сол кезде таратылды, бірақ оның атауы EC нөмірі терминінде сақталады. 1992 жылы Халықаралық биохимия және молекулалық биология одағы басып шығарған қазіргі алтыншы басылымда 3196 түрлі ферменттер бар. 1-4-қосымшалар 1993-1999 жж. Кейінгі қосымшалар Халықаралық биохимия және молекулалық биология одағының номенклатуралық комитетінің сайтында электронды түрде жарияланды.Moss GP. "Recommendations of the Nomenclature Committee". International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse. Archived from the original on 2018-09-10. Retrieved 2006-03-14. 2018 жылдың тамызында IUBMB транслоказалары бар жоғары деңгейлі EC 7 санатын қосу арқылы жүйені өзгертті.

 Сондай-ақ қараңыз 

 EC нөмірлерінің тізімі
 Ферменттердің тізімі
 ТС нөмірі (мембраналық тасымалдау ақуыздарының классификациясы)

 Дереккөздер 

 Сыртқы сілтемелер 

 Фермент номенклатурасы, Халықаралық биохимия және молекулалық биология одағының номенклатуралық комитетінің беделді веб-сайты, оны GP Moss жүргізеді.
 Ферменттердің номенклатурасының мәліметтер базасы — ExPASy бойынша
 Барлық EC нөмірлерінің тізімі — BRENDA бойынша
 PDB құрылымдарын EC нөмірі бойынша шолыңыз
 SCOP домендерін EC нөмірі  бойынша шолыңыз — dcGO бойынша
  сайтында Archived  EC-Blast көмегімен EC нөмірлерін салыстырыңыз 
Санат:Биоинформатика