PubMed

PubMed — ең алдымен өмір туралы ғылымдар мен биомедициналық тақырыптар бойынша анықтамалар мен рефераттардың MEDLINE дерекқорына кіретін тегін іздеу жүйесі. Ұлттық денсаулық институттарындағы Америка Құрама Штаттарының Ұлттық медицина кітапханасы (NLM) мәліметтер базасын Entrez ақпараттық іздеу жүйесінің бөлігі ретінде жүргізеді.

1971 жылдан 1997 жылға дейін MEDLINE деректер базасына онлайн қолжетімділік негізінен университет кітапханалары сияқты институционалдық нысандар арқылы жүзеге асырылды. 1996 жылдың қаңтарында алғаш рет шыққан PubMed жеке, тегін, үйде және кеңседе MEDLINE іздеу дәуірін бастады. PubMed жүйесі 1997 жылдың маусымынан бастап көпшілікке тегін ұсынылды.

 Мазмұны 
MEDLINE-дан басқа PubMed мыналарға қол жеткізеді:
 Index Medicus баспа нұсқасынан 1951 және одан бұрынғы ескі сілтемелер
 Index Medicus және MEDLINE-да индекстелгенге дейін кейбір журналдарға сілтемелер, мысалы, <i id="mwJw">Science</i>, BMJ және Annals of Surgery
 мақаланың медициналық тақырып тақырыптарымен (MeSH) индекстелуіне және MEDLINE-ға қосылғанға дейінгі жазбалардағы ең соңғы жазбалар
 қол жетімді толық мәтінді кітаптар жинағы және NLM жазбаларының басқа жиындары
 PMC дәйексөздері
 NCBI кітап сөресі

Көптеген PubMed жазбаларында толық мәтінді мақалаларға сілтемелер бар, олардың кейбіреулері жиі PubMed Central және Europe PubMed Central сияқты жергілікті айналарда еркін қол жетімді.

MEDLINE-да индекстелген және PubMed арқылы қолжетімді журналдар туралы ақпарат NLM каталогында орналасқан.

2020 жылғы 27 қаңтардағы жағдай бойынша PubMed-те 1966 жылға қатысты 30 миллионнан астам дәйексөздер мен рефераттар бар, олар 1865 жылға қарай таңдамалы және 1809 жылға қарай өте таңдамалы. Сол күнгі жағдай бойынша 20 миллион PubMed жазбалары аннотацияларымен тізімделген, ал 21,5 миллион жазбада толық мәтінді нұсқаларға сілтемелер бар (олардың 7,5 миллион мақаласы толық мәтінді форматта тегін қол жетімді).(Note: To see the current size of the database simply type "1800:2100[dp]" into the search bar at https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ and click "search".) Соңғы 10 жыл ішінде (31 жылдың 2019 желтоқсанында аяқталған) жыл сайын орта есеппен 1 миллионға жуық жаңа жазбалар қосылды. PubMed жазбаларының шамамен 12%-ы қатерлі ісікке байланысты жазбаларға сәйкес келеді, олар 1950 жылдардағы 6% - дан 2016 жылы 16% - ға дейін өсті. Жазбалардың тағы бір елеулі үлесі "химияға" (8,69%), "терапияға" (8,39%) және "инфекцияға" (5%) сәйкес келеді.

2016 жылы NLM индекстеу жүйесін өзгертті, осылайша баспагерлер PubMed индекстелген мақалаларындағы қателер мен қателерді түзете алады.

PubMed жыртқыш журналдарда жарияланған кейбір мақалаларды қамтиды деп хабарлады. Дерекқорды қосу үшін журналдарды таңдауға арналған MEDLINE және PubMed саясаттары сәл өзгеше. PubMed Central жүйесіндегі журналдарды индекстеу критерийлері мен процедураларының әлсіздігі жыртқыш журналдардағы жарияланымдарды PubMed-ке ағып кетуіне мүмкіндік береді.

 Сипаттамалары 
 Сайт дизайны 
Жаңа PubMed интерфейсі 2009 жылдың қазан айында іске қосылды және осындай жылдам, Google-ға ұқсас іздеу тұжырымдарын пайдалануды ынталандырды; олар сондай-ақ «телеграмма» іздеулері ретінде сипатталған. Әдепкі бойынша нәтижелер Ең соңғы бойынша сұрыпталады, бірақ оны Ең жақсы сәйкестік, Жарияланым күні, Бірінші автор, Соңғы автор, Журнал немесе Тақырыпқа өзгертуге болады.

PubMed веб-сайтының дизайны мен домені 2020 жылдың қаңтарында жаңартылды және жаңартылған және жаңа мүмкіндіктермен 2020 жылдың 15 мамырында әдепкі болды. Сайтты жиі пайдаланатын көптеген зерттеушілердің сыни реакциясы болды.

 PubMed портативті/ұялы телефондарға арналған 
PubMed/MEDLINE-ға, мысалы, NLM жасаған "PICO" опциясын (бағытталған клиникалық сұрақтар үшін) пайдаланып, қол құрылғылары арқылы қол жеткізуге болады. Ұялы телефонға ыңғайлы, жеңілдетілген PubMed нұсқасына қол жеткізуді қамтамасыз ететін "PubMed Mobile" опциясы да қол жетімді.

 Іздеу 
 Стандартты іздеу 
PubMed-те қарапайым іздеулерді PubMed іздеу терезесіне тақырыптың негізгі аспектілерін енгізу арқылы жүзеге асыруға болады.

PubMed осы бастапқы іздеу тұжырымын аударады және өріс атауларын, сәйкес MeSH (медициналық тақырып тақырыптары) терминдерін, синонимдерді, логикалық операторларды және нәтижелі терминдерді автоматты түрде қосады, іздеу формуласын айтарлықтай жақсартады, атап айтқанда жүйелі түрде біріктіру (НЕМЕСЕ пайдалану арқылы) оператор) мәтіндік сөздер мен MeSH терминдері. 

PubMed оқулығында келтірілген мысалдар бұл автоматты процесс қалай жұмыс істейтінін көрсетеді:

Сияқты,
{{Quote|Аспирин шабуылының алдын-алу "' деп аударылады ("миокард инфарктісі "[тор терминдері] немесе ("миокард инфарктісі" [барлық өрістер] және "инфаркт" [барлық өрістер]) немесе " миокард инфарктісі "[барлық өрістер] немесе ("жүрек" [барлық өрістер] және "шабуыл" [барлық өрістер) Немесе" инфаркт "[барлық өрістер])" 'және' ("аспирин "[тор терминдері] немесе" аспирин " [барлық өрістер])" 'және' ("алдын-алу және бақылау" [субпозиция] немесе ("алдын-алу" [барлық өрістер] және " бақылау"[Барлық өрістер]) немесе "алдын-алу және бақылау" [барлық өрістер] немесе "алдын-алу" [барлық өрістер])}}

 Жан-жақты іздеу 
PubMed-те оңтайлы іздеулер үшін оның негізгі құрамдас бөлігі, MEDLINE және әсіресе MEDLINE мақалаларын индекстеу үшін пайдаланылатын MeSH (Медициналық тақырып тақырыптары) бақыланатын сөздік қорын түсіну қажет. Олар сондай-ақ күрделі іздеу стратегияларын, өріс атауларын (тегтерді), шектеулерді дұрыс пайдалануды және басқа мүмкіндіктерді талап етуі мүмкін; анықтамалық кітапханашылар мен іздеу мамандары іздеу қызметтерін ұсынады.

PubMed іздеу терезесін іздеу тек MeSH тақырыбы әлі жасалмаған анық тақырыптарды немесе жаңа араласуларды іздеу үшін, сондай-ақ дәрі-дәрмектің коммерциялық брендтерін және зат есімдерді іздеу үшін ұсынылады. Ол сондай-ақ қолайлы тақырып болмаған кезде немесе дескриптор ішінара аспектіні білдірсе де пайдалы. MeSH тезаурусын пайдаланып іздеу дәлірек және маңызды емес нәтижелерді азырақ береді. Бұған қоса, ол емле, жеке/көпше немесе қысқартылған айырмашылықтарды ескеретін еркін мәтінді іздеудің кемшілігін сақтайды. Екінші жағынан, дерекқорға жақында енгізілген, дескрипторлары әлі тағайындалмаған мақалалар табылмайды. Сондықтан, жан-жақты іздеуді қамтамасыз ету үшін басқарылатын тіл тақырыптары мен еркін мәтіндік терминдердің тіркесімін пайдалану қажет.

 Журнал мақаласының параметрлері 
Журнал мақаласы индекстелген кезде көптеген мақала параметрлері бөлініп, құрылымдық ақпарат ретінде сақталады. Мұндай параметрлер: Мақала түрі (MeSH шарттары, мысалы, «Клиникалық сынақ»), Екінші идентификаторлар, (MeSH терминдері), Тіл, Журналдың елі немесе жарияланым тарихы (электрондық жарияланым күні, баспа журналының жарияланған күні).

 Жарияланым түрі: Клиникалық сұраулар/жүйелі шолулар 
Жарияланым түрі параметрі әртүрлі клиникалық зерттеулердің есептерін қоса, жарияланым түрі бойынша іздеуге мүмкіндік береді.

 Қосымша идентификатор 
2005 жылдың шілдесінен бастап MEDLINE мақаласын индекстеу процесі мақаланың аннотациясынан идентификаторларды шығарып, оларды Екіншілік идентификатор (SI) деп аталатын өріске қояды. Қосымша идентификатор өрісі молекулалық реттілік деректерінің, гендердің экспрессиясының немесе химиялық қосылыстардың және клиникалық сынақ идентификаторларының әртүрлі дерекқорларына қосылу нөмірлерін сақтау болып табылады. Клиникалық сынақтар үшін PubMed екі ең үлкен сынақ тізілімдері үшін сынақ идентификаторларын шығарады: ClinicalTrials.gov (NCT идентификаторы) және Халықаралық стандартты рандомизацияланған бақыланатын сынақ нөмірлерінің тізілімі (IRCTN идентификаторы).

 Сондай-ақ қараңыз 
Ерекше маңызды деп танылған анықтаманы белгілеуге және «байланысты мақалаларды» анықтауға болады. Сәйкес болса, бірнеше зерттеулерді таңдауға және олардың барлығына қатысты мақалаларды «Қатысты деректерді табу» опциясын пайдаланып (PubMed немесе басқа NCBI Entrez дерекқорларының кез келгенінде) жасауға болады. Содан кейін қатысты мақалалар «байланыстылық» ретімен тізімделеді. Қатысты мақалалардың осы тізімдерін жасау үшін PubMed қуатты сөзбен өлшенген алгоритмді пайдалана отырып, әрбір дәйексөздің тақырыбы мен аннотациясындағы сөздерді, сондай-ақ тағайындалған MeSH тақырыптарын салыстырады. «Байланысты мақалалар» функциясының дәлдігі соншалықты, мақала авторлары оны толық іздеудің орнына пайдалануға болатынын айтты.

 MeSH картасына түсіру 
PubMed автоматты түрде MeSH терминдері мен тақырыпшаларына сілтеме жасайды. Мысалдар: «жаман иіс» сілтемелері (және іздеуге кіреді) «галитоз», «инфаркт» «миокард инфарктісі», «сүт безі обыры» мен «сүт безінің ісіктері». Қажет болған жағдайда, бұл MeSH шарттары автоматты түрде "кеңейтіледі", яғни нақтырақ шарттарды қамтиды. «Мейірбике ісі» сияқты терминдер автоматты түрде «Мейірбике ісі [MeSH]» немесе «Мейірбике ісі [Тақырып]» терминдеріне байланыстырылады. Бұл мүмкіндік Автоматты терминдерді салыстыру деп аталады және әдепкі бойынша еркін мәтінді іздеуде қолданылады, бірақ нақты фразаларды іздеуде емес (яғни іздеу сұрауын қос тырнақшамен қоршау). Бұл мүмкіндік PubMed іздеулерін неғұрлым сезімтал етеді және медициналық терминологияның әртүрлілігін өтеу арқылы жалған-теріс (жіберілген) соққыларды болдырмайды.

PubMed келесі жағдайларда терминнің автоматты картасын қолданбайды: тырнақшаға алынған фразаны жазу арқылы (мысалы, «бүйрек аллогранспланты»), жұлдызшаға қиылған кезде (мысалы, бүйрек аллогранты*) және өріс белгілерімен қараған кезде (мысалы, Рак [ti]).

 Менің NCBI 
PubMed қосымша құралы «Менің NCBI» (тегін тіркеуі бар) үшін құралдарды ұсынады
 іздеулерді сақтау
 іздеу нәтижелерін сүзу
 электрондық пошта арқылы жіберілген автоматты жаңартуларды орнату
 PubMed іздеуінің бөлігі ретінде алынған сілтемелер жиынын сақтау
 дисплей пішімдерін конфигурациялау немесе іздеу шарттарын бөлектеу

және басқа да опциялардың кең ауқымы. «Менің NCBI» аймағына веб-қатынауы бар кез келген компьютерден кіруге болады. «Менің NCBIімнің» бұрынғы нұсқасы «PubMed Cubby» деп аталды.

 LinkOut 
LinkOut - толық мәтінді жергілікті журнал холдингтерін байланыстыруға және қолжетімді етуге арналған NLM құралы. Бұл NLM нысанына 3200-ге жуық сайт (негізінен академиялық мекемелер) қатысады), Даниядағы Олборг университетінен Сиэтлдегі ЗимоГенетикаға дейін. Бұл мекемелердегі пайдаланушылар PubMed іздеу нәтижесінен (журнал сол мекемеде болса) өз мекемесінің логотипін көреді және толық мәтінге қол жеткізе алады. 2019 жылдың жазында келетін негізгі платформа жаңартуы бойынша, сілтеме Outside құралымен біріктірілуде.

 PubMed Commons 
2016 жылы PubMed мақала авторларына PubMed индекстеген мақалаларға түсініктеме беруге мүмкіндік береді. Бұл мүмкіндік бастапқыда пилоттық режимде сынақтан өтті (2013 жылдан бастап) және 2016 жылы тұрақты болды.  2018 жылдың ақпан айында PubMed Commons «пайдалану минималды болып қалуына» байланысты тоқтатылды.

 askMEDLINE 
askMEDLINE, NLM әзірлеген, MEDLINE/PubMed үшін еркін мәтінді, табиғи тілдегі сұрау құралы, сонымен қатар қол құрылғыларына да жарамды.

 PubMed идентификаторы PMID''' (PubMed идентификаторы немесе PubMed бірегей идентификаторы) - әрбір PubMed жазбасына тағайындалған 1 -ден басталатын бірегей бүтін мән . PMID тегін PubMed Central ішінде жарияланған барлық жұмыстардың идентификаторы болып табылатын PMCID (PubMed Central идентификаторы) сияқты емес.

Жарияланымға PMID немесе PMCID тағайындау оқырманға мазмұнның түрі немесе сапасы туралы ештеңе айтпайды. PMID-лер редакторға жіберілген хаттарға, редакциялық пікірлерге, бас бағандарға және редактор журналға енгізуді таңдаған кез келген басқа бөлікке, сондай-ақ рецензияланған мақалаларға тағайындалады. Сәйкестендіру нөмірінің болуы құжаттардың алаяқтық, қабілетсіздігі немесе теріс қылық үшін қайтарылмағанының дәлелі болып табылмайды. Түпнұсқа құжаттарға кез келген түзетулер туралы хабарландыруға PMID тағайындалуы мүмкін.

PubMed іздеу терезесіне енгізілген әрбір сан әдепкі бойынша PMID сияқты өңделеді. Сондықтан PubMed ішіндегі кез келген анықтаманы PMID көмегімен орналастыруға болады.

 Балама интерфейстер 
link=//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f5/MEDLINE_via_PubMed.png/310px-MEDLINE_via_PubMed.png|нобай| MEDLINE - PubMed арқылы қол жеткізуге болатын дерекқорлардың бірі. Бірнеше компаниялар MEDLINE-ға өз платформалары арқылы қол жеткізуді қамтамасыз етеді.
Ұлттық медицина кітапханасы MEDLINE ақпаратын Embase, Ovid, Dialog, EBSCO, Knowledge Finder және көптеген басқа коммерциялық, коммерциялық емес және академиялық провайдерлер сияқты бірқатар жеке жеткізушілерге жалға береді. As of October 2008  , 500-ден астам лицензия берілді, олардың 200-ден астамы Америка Құрама Штаттарынан тыс провайдерлерге. MEDLINE деректерін пайдалануға лицензиялар тегін болғандықтан, NLM іс жүзінде балама интерфейстердің кең ауқымын және PubMed-ке үшінші тарап толықтыруларын тегін сынақ алаңын қамтамасыз етеді. опция.

Lu төрт санатқа топтастырылған орнатуды немесе тіркеуді қажет етпейтін 28 ағымдағы және тегін Web-негізделген PubMed нұсқасының үлгісін анықтайды: 

 Іздеу нәтижелерін анықтау, мысалы: eTBLAST ; MedlineRanker; MiSearch; 
 Нәтижелерді тақырыптар, авторлар, журналдар және т.б. бойынша кластерлеу, мысалы: Энн О'Тейт; ClusterMed;
 Семантика мен визуализацияны жақсарту, мысалы: EBIMed; MedEvi.
 Жақсартылған іздеу интерфейсі және іздеу тәжірибесі, мысалы, askMEDLINE BabelMeSH; және PubCrawler.

Осы және басқа баламалардың көпшілігі негізінен NLM/PubMed лицензиясы бойынша жалға алынған PubMed/MEDLINE деректеріне сүйенетіндіктен, «PubMed туындылары» термині ұсынылды. 90-ға жуық сақтаудың қажеті жоқ ГБ түпнұсқа PubMed деректер жинағымен кез келген адам PubMed қолданбаларын PhD докторы Эрик Сайерстің "Тереңдетілген электрондық утилиталар: параметрлер, синтаксис және т.б." бөлімінде сипатталғандай eutils-application бағдарламасы интерфейсін пайдаланып жаза алады. PMID сандарын кіріс ретінде қабылдайтын әртүрлі дәйексөз пішімінің генераторлары eutils-application бағдарламасы интерфейсін пайдаланатын веб-қосымшалардың мысалдары болып табылады. Үлгі веб-беттерге Citation Generator - Mick Schroeder , Pubmed Citation Generator - Ultrasound of the Week, PMID2cite және Cite this for me кіреді.

 PubMed деректерін өндіру 
PubMed жүйесінде деректерді өндірудің баламалы әдістері Matlab, Python немесе R сияқты бағдарламалау орталарын пайдаланады. Мұндай жағдайларда PubMed сұраулары код жолдары ретінде жазылады және PubMed қызметіне жіберіледі және жауап бағдарламалау ортасында тікелей өңделеді. Код ауру, жыл, органдар және т.б. сияқты әртүрлі кілт сөздермен жүйелі түрде сұрау үшін автоматтандырылуы мүмкін. Жақында жарияланған (2017) PubMed-тегі қатерлі ісікке байланысты жазбалардың үлесі 1950 жылдардағы 6%-дан 2016 жылы 16%-ға дейін өскенін анықтады .

PubMed қол жеткізе алатын деректерді MEDOC сияқты бейресми құрал арқылы жергілікті түрде көрсетуге болады.

Миллиондаған PubMed жазбалары Unpaywall сияқты ашық қолжетімділік туралы әртүрлі ашық деректер жиынын толықтырады. Unpaywall Journals сияқты деректерді талдау құралдарын кітапханалар үлкен мәмілелерден бас тартуға көмектесу үшін пайдаланады: кітапханалар PubMed Central сияқты ашық мұрағаттар арқылы жылдам ашық қолжетімділік арқылы бұрыннан қызмет ететін материалдарға жазылудан аулақ бола алады.

 Дереккөздер 

Санат:АҚШ сайттары