ChemSpider

ChemSpiderは、王立化学会が持つフリーの化学データベースである。

データベース
このデータベースには、2600万以上の分子が以下を含む400以上のデータ源から収録されている。
A-L: EPA DSSTox, FDA, Human Metabolome Database, Journal of Heterocyclic Chemistry, KEGG, KUMGM, LeadScope, LipidMAPS
M-N: Marinlit, MDPI, MICAD, MLSMR, MMDB, MOLI, MTDP, Nanogen, Nature Chemical Biology, NCGC, NIAID, NIH, NINDS Approved Drug Screening Program, NIST, NIST Chemistry WebBook, NMMLSC, NMRShiftDB
P-S: PANACHE, PCMD, PDSP, Peptides, Prous Science Drugs of the Future, QSAR, R&D Chemicals, San Diego Center for Chemical Genomics, SGCOxCompounds, SGCStoCompounds, SMID, Specs, Structural Genomics Consortium, SureChem, Synthon-Lab
T-Z: Thomson Pharma, Total TOSLab Building-Blocks, UM-BBD, UPCMLD, UsefulChem, Web of Science, xPharm, ZINC

クラウドソーシング
ChemSpiderのデータベースには、ユーザーが化学構造、スペクトル、情報整理等を提供でき、クラウドソーシング的アプローチでオンラインの化学データベースを発展させる。さらにそれらデータを整理して、テキストマイニングにより生医学及び化学の文献から集めた化学構造と結びつけ、化合物の名称辞書を編み上げた。

検索
いくつかの検索機能が提供されている。
standard searchでは、クエリとして系統名、商品名、別名、登録番号を用いることができる。
advanced searchでは、分子式、分子量、CAS番号、納入業者等の情報を用いて、化学構造、基礎構造による相互検索ができる。
携帯機器による'structure searchでは、iPhone、iPod、iPadやAndroidの無料アプリを用いる。

マークアップ
ChemSpiderのデータベースには、マークアップ言語の基礎とテキストマイニングを組み合わせて用いる。ChemMantis（）が用いるアルゴリズムでは、文書やウェブページから化合物名を同定、抽出し、化合物名を化学構造に変換する。その結果、ChemSpiderは統合システムとなり、150以上のデータ源から文献や情報を束ねる。

歴史
このシステムは2007年3月に立ち上げ、2008年3月にβ版をリリースした。ChemSpiderはChemZoo Inc.という私企業によって運営されていたが、2009年5月に王立化学会に買収された。WiChempediaの実装によってウィキペディアの化学構造収集の支援を行う等、化学データベースの包括的な支援を拡張した。

サービス
多くのサービスをオンラインで利用できる。例えば、化合物名の化学構造への変換、SMILESやInChIの生成、多くの物理化学パラメータの予測等である。

出典

関連文献

 E. Curry, A. Freitas, and S. O’Riáin, “The Role of Community-Driven Data Curation for Enterprises,”   in Linking Enterprise Data, D. Wood, Ed. Boston, MA: Springer US, 2010, pp. 25–47.

 関連項目 

 eMolecules
 ChEBI
 ChEMBL
 DrugBank
 PubChem

外部リンク

 Links to Multiple Presentations about ChemSpider
 Identification of Nontargeted Species Using Accurate Mass/Mass Spectrometry Data and ChemSpider

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