リボスイッチ

リボスイッチ（Riboswitch）とは、mRNA分子の一部分で、低分子化合物がそこに特異的に結合することで遺伝子発現が影響を受けるものをいう。リボスイッチを含むmRNAは標的分子の有無に応じて直接それ自身の活性調節に関与する。

ある種のリボスイッチが関与する代謝経路は数十年前から研究されてきたが、リボスイッチの存在が明らかになったのはごく最近で、最初の実験的確認は2002年のことであるNahvi A et al.(2002): Genetic control by a metabolite binding mRNA. Chem.Biol. 9(9), 1043Mironov AS et al.(2002): Sensing small molecules by nascent RNA: a mechanism to control transcription in bacteria. Cell 111(5), 747Winkler W et al.(2002): Thiamine derivatives bind messenger RNAs directly to regulate bacterial gene expression. Nature 419(6910), 890Winkler WC et al.(2002): An mRNA structure that controls gene expression by binding FMN. PNAS USA 99(25), 15908。この見逃しは、「遺伝子調節はmRNAではなくタンパク質によって行われる」というこれまでの思い込みによるものであろう。現在では遺伝子調節機構としてのリボスイッチが知られ、今後もさらに多くのリボスイッチが見出されると予想される。

これまでに知られているほとんどのリボスイッチは細菌で見出されたものであるが、植物と一部の菌類でもあるタイプのリボスイッチ（TPPリボスイッチ）が働いていることが明らかにされている。TPPリボスイッチは古細菌にも予測されているSudarsan N et al.(2003): Metabolite-binding RNA domains are present in the genes of eukaryotes. RNA 9(6), 644が、まだ実験的に確認されてはいない。

リボスイッチの作用機序
リボスイッチは概念的には2つの部分に分けられる。すなわちアプタマーと、発現調節に関わる基本機能である。アプタマーは低分子を直接結合し、基本機能はアプタマーの構造変化に応じて構造変化を起こす。基本機能は遺伝子発現を調節する部品と言える。基本機能は、典型的なものでは低分子により遺伝子発現をオフにするが、逆にオンにするものもある。

基本機能には次のような種類がある：
ρ因子によらず転写を終結させるヘアピン構造の形成。
リボソーム結合部位を抑制することで翻訳をブロックするようなフォールディング。
自己開裂：このようなリボスイッチは十分なリガンド濃度下では自分自身を開裂するリボザイムとして働く。
pre-mRNAのスプライシングを促進するようなフォールディング。
アカパンカビのTPPリボスイッチは、選択的スプライシングによって条件的に上流オープンリーディングフレーム（uORF）が作られるように調節し、それにより下流遺伝子の発現を促進するCheah MT et al.(2007): Control of alternative RNA splicing and gene expression by eukaryotic riboswitches. Nature 447(7143), 497。
植物のTPPリボスイッチはスプライシングと選択的3'-末端プロセシングを修飾するWachter A et al.(2007): Riboswitch control of gene expression in plants by splicing and alternative 3' end processing of mRNAs. Plant Cell 19(11), 3437Bocobza S et al.(2007): Riboswitch-dependent gene regulation and its evolution in the plant kingdom. Genes Dev. 21(22), 2874。

リボスイッチのタイプ
次のようなリボスイッチのタイプが知られている。
 TPPリボスイッチ（またはTHI-ボックス）：ピロリン酸チアミン（TPP）を結合しチアミンの合成と輸送、また類似代謝産物の輸送を調節する。
 FMNリボスイッチ（RFN-エレメント）：フラビンモノヌクレオチド（FMN）を結合しリボフラビンの合成と輸送を調節する。
 コバラミンリボスイッチ（B12エレメント）：アデノシルコバラミン（ビタミンB12の補酵素形）を結合しコバラミンの合成、コバラミンや類似代謝産物の輸送、また他の遺伝子を調節する。
 SAMリボスイッチ：S-アデノシルメチオニン（SAM）を結合しメチオニンとSAMの合成と輸送を調節する。SAM-I（初めはS-ボックスと呼ばれた）、SAM-II、およびSMKボックスという、3つの異なるSAMリボスイッチが知られている。SAM-Iは細菌に広く見られるが、SAM-IIはα-、β-、および一部のγ-プロテオバクテリアに見られるのみである。SMKボックスリボスイッチはラクトバチルス目Lactobacillalesにのみ見られる。これら3種類のリボスイッチは配列や構造に関して類似点は見られない。4番目のSAM-IVリボスイッチはSAM-Iリボスイッチとリガンド結合中心だけは似ているが、全体の骨格は異なる。
 PreQ1リボスイッチはキューオシン（queuosine、tRNAにある特殊塩基）の前駆体プレキューオシンpre-queuosine1を結合し、これからのキューオシン合成または輸送に関わる遺伝子を調節する。PreQ1リボスイッチには、PreQ1-IとPreQ1-IIという全く異なる2つのクラスが知られている。PreQ1-Iの結合ドメインは天然のリボスイッチの中では際立って小さい。PreQ1-IIはストレプトコッカス属Streptococcusとラクトコッカス属Lactococcusの一部の種にのみ見られるが、大きくて全く異なる。
 SAHリボスイッチはS-アデノシルホモシステイン（S-アデノシルメチオニンがメチル化に使われたとき生じる）を結合してこの化合物のリサイクルに関わる遺伝子を調節する。
 プリンリボスイッチはプリンを結合してプリンの代謝と輸送を調節する。プリンリボスイッチにはグアニン（初めG-ボックスと呼ばれた）またはアデニンを結合する異なる形がある。グアニンとアデニンに対する特異性は、専らリボスイッチのY74位のピリミジンとのワトソン・クリック型相互作用（A-U、G-Cの相補的結合）による。グアニンリボスイッチではこの位置は常にシトシン（C74）であり、アデニンリボスイッチでは常にウラシル（U74）である。似たものとしてデオキシグアノシンを結合するタイプのプリンリボスイッチもあるが、上記のような一塩基置換ではなくもっと大きな違いがある。
230px|thumb|枯草菌プリンリボスイッチ二次構造の模式図
 リジンリボスイッチ（L-ボックスともいう）はリジンを結合してリジンの生合成、分解、輸送を調節する。
 glmSリボスイッチ：十分な濃度のグルコサミン-6-リン酸がある場合に自己開裂する。
 グリシンリボスイッチ：グリシンリボスイッチはグリシンを結合することで、グリシンのエネルギー源化を含むグリシン代謝遺伝子を調節する。2007年現在、このリボスイッチは協同的結合を示す唯一の天然RNAで、これは同じmRNAに隣り合って存在する2つのアプタマードメインにより行われる。
 サイクリックdi-GMPリボスイッチ：シグナル分子である環状GMP二量体を結合することで、このシグナル分子により制御される様々な遺伝子を調節する。予測されているリボスイッチには次のものがある：
 Moco RNAモチーフは、モリブデン補助因子を結合し、この補助因子の生合成と輸送に関わる遺伝子、またこの補助因子または誘導体を補酵素とする酵素の遺伝子を調節すると予測されている。

リボスイッチとRNAワールド仮説
かつてはタンパク質や、人工的に作られたRNAであるアプタマーだけに可能だと思われていた、低分子を特異的に結合する性質を天然RNAも持つことが、リボスイッチにより示された。RNAワールド仮説とは、生命は初めRNAだけを利用しており、タンパク質はそのあとに現れたというものである。この仮説にはタンパク質が持つ基礎的なすべての機能がRNAによっても可能であるという前提が必要であるが、これは上記のリボスイッチの発見により裏書きされた。またリボスイッチが生物のすべての界に分布しているという事実もこの仮説を支持するように見える。いくつかのリボスイッチについては、RNAワールドのリボザイムの結合ドメインだけが保存された、古い調節システムの名残りかもしれないと言われているCorbino KA et al(2005): Evidence for a second class of S-adenosylmethionine riboswitches and other regulatory RNA motifs in alpha-proteobacteria. Genome Biol. 6(8), R70Winkler W et al.(2002): Thiamine derivatives bind messenger RNAs directly to regulate bacterial gene expression. Nature 419(6910), 890Cochrane JC, Strobel SA(2008): Riboswitch effectors as protein enzyme cofactors. RNA 14, 993。

リボスイッチの同定法
リボスイッチが実験的に示される前にも、いくつかのグループが5' 非翻訳領域に、構造をもったRNAと見られる保存された配列"モチーフ"（パターン）を認めていた。例えば一緒に調節されると予想されていたいくつかの遺伝子の上流配列の比較分析から、S-ボックスGrundy FJ, Henkin TM(1998): The S box regulon: a new global transcription termination control system for methionine and cysteine biosynthesis genes in gram-positive bacteria. Mol.Microbiol. 30(4), 737（現在のSAM-Iリボスイッチ）、THI-ボックスMiranda-Rios J et al.(2001): A conserved RNA structure (thi box) is involved in regulation of thiamin biosynthetic gene expression in bacteria. PNAS USA 98(17), 9736（現在のTPPリボスイッチ）、RFNエレメントGelfand MS et al.(1999): A conserved RNA structure element involved in the regulation of bacterial riboflavin synthesis. Trends Genet. 15(11), 439（現在のFMNリボスイッチ）が報告され、そしてある場合には機序は不明ながら遺伝子調節に関わっていることが実験的に示された。コバラミン生合成のように、長く研究されながらその調節機序がわからない経路についても、リボスイッチが存在するとの仮説に基づいて文献情報から部分的に同定している研究者もいる。初めに触れたように、2002年にいくつかの報告で、モチーフと、それまで調節機序の知られていなかった経路がリボスイッチによって制御されることが知られた。あるRNA要素がリボスイッチであることを証明するには、インビトロではそのRNAが低分子リガンドを結合すること、またインビボではリボスイッチが細胞内で遺伝子発現を制御することを示す必要がある。インビトロでの結合試験としては、"in-line probing"（RNAの自然分解パターンの違いによりリガンド結合による二次構造の変化を検出する方法）のようにリボスイッチの構造に基づく方法、またゲル濾過試験（リボスイッチを結合した膜を放射標識したリガンドが通過しないのを利用する）や平衡透析試験（放射標識したリガンドがRNAを含まないチェンバーよりもRNAを含むチェンバーに高濃度で存在することを利用する）がある。現在では、基礎的な比較ゲノミクスの手法で自動化が進んでいることもあり、バイオインフォマティクスが重要となりつつある。Barrickら(2004)Barrick JE et al.(2004): New RNA motifs suggest an expanded scope for riboswitches in bacterial genetic control. PNAS USA 101(17), 6421はBLASTを用いて枯草菌Bacillus subtilisのすべての非翻訳領域（UTR）に相同なUTRを見つけ出した。これらの相同配列の一部につき保存された構造があるか調べたところ、10種類のRNA様モチーフが見つかった。そのうち3種類は後に実験的にglmS、グリシン、PreQ1-Iの各リボスイッチとして同定された。次いで他の細菌群も含め、改良されたコンピュータアルゴリズムを用いた比較ゲノミクス研究により、その他のリボスイッチも同定されたCorbino KA et al.(2005): Evidence for a second class of S-adenosylmethionine riboswitches and other regulatory RNA motifs in alpha-proteobacteria. Genome Biol. 6(8), R70Weinberg Z et al.(2007): Identification of 22 candidate structured RNAs in bacteria using the CM finder comparative genomics pipeline. Nucleic Acids Res. 35, 4809。

抗生物質の標的としてのリボスイッチ
リボスイッチは新たな抗生物質の標的となりうる。実際に、機序が長らく不明だったいくつかの抗生物質はリボスイッチを標的として働くことが明らかになったBlount KF, Breaker RR(2006): Riboswitches as antibacterial drug targets. Nature Biotechnol. 24(12), 1558。例えば、抗生物質ピリチアミンが細胞に入ると、ピロリン酸ピリチアミンへ代謝される。ピロリン酸ピリチアミンはTPPリボスイッチに結合して活性化し、細胞にTPPの合成と輸送を停止させることが明らかにされている。ピロリン酸ピリチアミンは補酵素TPPの代用にはならないので、細胞は死ぬ。リボスイッチが抗生物質の標的として潜在的に持つ利点には、多くのリボスイッチはゲノム当たり複数あって、それぞれが複数の（その多くが不可欠な）遺伝子を含むオペロンを制御しているということがある。それゆえ細菌がリボスイッチの突然変異により耐性を発達させるには、すべてのリボスイッチが突然変異を起こさなくてはならない。とはいえ他の耐性機構もあり、例えば薬剤を排出する輸送体の特異性が変化するなどの場合には、少数の変異だけですむ。しかし不可欠ではないことが示されているリボスイッチも多く、これらは効果的な抗生物質の標的にはなりそうにない。

人工的リボスイッチの開発
最近、アプタマーを用いた人工的なリボスイッチが設計されているWin MN, Smolke CD(2007): A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function. PNAS USA 104(36), 14283。人工的リボスイッチの開発により遺伝子発現やその他の生物機能に関するいろいろな調節が可能になる。

関連項目
アプタマー
リボザイム
ノンコーディングRNA

参考文献

りほすいつち
りほすいつち