MDGRAPE-3

MDGRAPE-3とは、理研の分子動力学シミュレーション専用の超高速計算機（スーパーコンピュータ）である。理研とインテル、日本SGIが共同開発した。分子動力学シミュレーションを飛躍的に加速する。

MDGRAPE-3チップは、1チップで165GFlopsの計算速度を実現する。MDGRAPE-3を用いることで、たんぱく質や新規材料等の分子動力学シミュレーションの他に、X線結晶解析での構造因子計算、渦法やSPH法による流体計算、電磁気計算、境界要素法などの計算を加速できる。

MDGRAPE-3は、IBMのRoadrunnerに先駆けて、世界で初めて毎秒1000兆回の演算(1PetaFLOPS)を達成したスパコンである。スーパーコンピューターの演算性能をはかる標準ベンチマークソフトであるLINPACKを動作させられないため、スーパーコンピューターの世界ランキングTOP500には名を連ねていないものの、理論性能では、IBMのBlue Gene/Lの3倍の演算性能を保有している。

元は天体シミュレーションのために開発されたGRAPEという超高速計算機を、天体と同じようにオブジェクト間に働く力を計算する分子力動学用にカスタマイズしたものがMDGRAPEとなった。

 関連項目 
GRAPE

 外部リンク 
MDGRAPE-3

 引用 

 オリジナルマシンで「世界」と戦う(2023/3/12 理化学研究所BDR いきもんタイムズ)

Category:スーパーコンピュータ