454 raðgreining

454 raðgreining er aðferð sem tilheyrir háafkasta DNA-raðgreiningar aðferðum. Með þessari aðferð eru límdar stuttar raðir, viðhengi, (e. adaptors) á DNA-búta svo þeir bindist með basapörun við örsmáar kúlur. Styrkur kúlanna og DNAsins er hafður þannig að sirka ein DNA-sameind bindist á hverja kúlu. Kúlurnar eru síðan settar í olíudropa og PCR-hvarf sett af stað til að auka magn einstakra DNA-búta.

Kúlunum er síðan komið fyrir á plötu með örsmáum holum sem taka einungis eina kúlu stærðar sinnar vegna. Síðan er notast við pyroraðgreiningu (pyro sequencing) til að raðgreina samtímist allar DNA-sameindirnar á plötunni, sem eru fjöldamargar. Pyro-raðgreining byggir á því að við DNA-fjölliðun losnar pyrofosfat (PPi), sulfurylasi umbreytir því svo í ATP sem lúsíferasi notar svo til að framleiða ljós. Aðeins einni gerð af dNTP er hleypt á plötuna í einu og því berst einungis ljós frá þeim holum þar sem tilsvarandi dNTP er bætt við röðina. Styrkur ljósins ræðst svo af fjölda eins núkleotíða í röð. Meðallengd reada er um 400 bp með þessari aðferð en hægt er að raðgreina tæpa milljón reada samtímis samkvæmt heimasíðu framleiðands.

Flokkur:DNA-raðgreining