Pangkalan data CATH

Pangkalan data CATH (Class, Architecture, Topology, and Homology) adalah sumber daya daring gratis yang tersedia untuk umum yang menyediakan klasifikasi bertingkat dari hubungan evolusioner domain protein. Pangkalan data ini dibuat pada pertengahan 1990-αan oleh Profesor Christine Orengo dan rekan-rekannya, termasuk Janet Thornton dan David Jones,  dan terus dikembangkan oleh kelompok Orengo di University College London. CATH memiliki banyak kesamaan fitur umum dengan sumber daya SCOP, namun terdapat juga banyak area di mana klasifikasi detailnya sangat berbeda.

Klasifikikasi protein di dalam pangkalan data ini dilakukan secara otomatis dan manual ke dalam empat kategori besar dari atas ke bawah, yaitu Class, Architecture,Topology/ fold family, dan Homologous superfamily. Kumpulan protein yang diduga memiliki domain homolog satu dengan lainnya akan dikelompokkan ke dalam kategori  Homologous superfamily. Lalu, kategori homolog ini dibandingkan satu sama lain dan dikelompokkan ke dalam kategori Topology berdasarkan topologi keseluruhan dan hubungan antar struktur sekunder. Kemudian, protein tersebut diklasifikasi lagi ke dalam kategori Architecture berdasarkan pada bentuk tiga dimensinya serta orientasi dari masing-masing struktur sekunder penyusunnya. Terakhir, kelompok protein tersebut diklasifikasi lagi ke dalam kategori Class berdasarkan pada komposisi struktur sekundernya, yautu semua -α, semua -β, campuran (α + β dan α / β), dan struktur sekunder lainnya.

 Referensi 

Kategori:Bioinformatika