Daftar mamalia di Indonesia

Ini adalah daftar mamalia di Indonesia. Daftar ini berasal dari Daftar Merah IUCN dan mencakup mamalia yang telah punah sejak tahun 1500. Tengara berikut digunakan untuk menyoroti status pelestarian setiap spesies:
EX Punah Tidak ada keraguan yang masuk akal bahwa individu terakhir telah meninggal. EW Punah di alam liar Diketahui hanya bertahan hidup di penangkaran atau sebagai populasi yang dinaturalisasi jauh di luar jangkauan sebelumnya. CR Kritis Spesies ini berada dalam risiko kepunahan di alam liar. EN Genting Spesies ini menghadapi risiko kepunahan yang sangat tinggi di alam liar. VU Rentan Spesies ini menghadapi risiko kepunahan yang tinggi di alam liar. NT Hampir terancam Spesies ini tidak memenuhi kriteria apa pun yang mengkategorikannya sebagai spesies yang berisiko punah, tetapi ada kemungkinan hal itu akan terjadi di masa mendatang. LC RIsiko rendah Tidak ada risiko yang dapat diidentifikasi saat ini terhadap spesies ini. DD Data kurang Tidak ada informasi yang memadai untuk membuat penilaian risiko terhadap spesies ini.

 Subkelas: Yinotheria 

 Ordo: Monotremata (monotrema) 
Monotremata merupakan mamalia yang bertelur dan tidak melahirkan anak. Momotremata terdiri dari platipus dan nokdiak.

 Famili: Tachyglossidae (nokdiak)
 Genus: Tachyglossus
 Nokdiak moncong-pendek, T. aculeatus 
 Genus: Zaglossus
 Payangko, Z. attenboroughi 
 Nokdiak baliem, Z. bartoni 
 Nokdiak irian, Z. bruijnii 

 Subkelas Metatheria 

 Ordo: Dasyuromorphia (marsupial karnivora) 
Ordo Dasyuromorphia mencakup sebagian besar marsupial karnivora, termasuk gumbem, tikus kantong, numbat, setan Tasmania, dan harimau Tasmania yang baru saja punah.

 Famili : Dasyuridae
 Genus: Dasyurus
 Gumbem jen, D. albopunctatus 
 Gumbem besar, D. spartacus 
 Genus: Micromurexia
 Hefa habbema, Mikromurexia habbema 
 Genus: Murexechinus
 Hefa ekor-hitam, Murexechinus melanurus 
 Genus: Murexia
 Kwarau ekor-panjang, Murexia longicaudata 
 Genus: Myoictis
 Insisi pasin, Myoictis melas 
 Insisi wallace, Myoictis wallacii 
 Insisi tate, Myoictis wavicus 
 Genus: Neophascogale
 Yonga cakar-panjang, Neophascogale lorentzi 
 Genus: Phascolosorex
 Matonga perut-merah, Phascolosorex doriae 
 Matonga garis, Phascolosorex dorsalis 
 Genus: Phascomurexia
 Hefa hidung-panjang, Phascomurexia naso 
 Genus: Planigale
 Kilyo-peyang papua, Planigale novaeguineae 
 Genus: Sminthopsis
 Heinar coklat, Sminthopsis archerii 
 Heinar tukang kayu, Sminthopsis butleri 
 Heinar pipi merah, Sminthopsis virginiae 

 Ordo: Peramelemorphia (kusu tanah, kalubu dan kusu kelinci) 
Peramelemorphia mencakup kusu tanah dan kusu kelinci : hewan ini kira-kira setara dengan omnivora marsupial pada umumnya. Semua anggota ordo tersebut merupakan hewan endemik di dua daratan utama Australia - Nugini dan sebagian besar memiliki bentuk khas kusu tanah: tubuh gemuk, punggung melengkung dengan moncong panjang dan meruncing, telinga tegak sangat besar, kaki relatif panjang dan kurus, serta ekor tipis.

 Famili: Peramelidae (Kusu tanah dan kalubu)
 Genus: Echymipera
 Kalubu urem, E. clara 
 Kalubu esut, E. kalubu 
 Kalubu nambap-sop, E. rufescens 
 Genus: Isodon
 Kusu-tanah coklat utara, I. macrourus 
 Genus: Mikroperoryctes
 Kusu-tanah kerdil Arfak, M.aplini 
 Kusu-tanah garis, M. longicauda 
 Kusu-tanah tikus, M. murina 
 Genus: Peroryctes
 Kusu-tanah Raffray, P. raffrayana 
 Genus: Rhynchomeles
 Mabaya seram, R. prattorum 

 Ordo: Diprotodontia (kanguru, walabi, wombat, dan sejenisnya) 
Diprotodontia adalah ordo besar sekitar 120 mamalia berkantung termasuk kanguru, walabi, kilyo, koala, wombat, dan banyak lainnya. Mereka terbatas di Australasia .

 Family Burramyidae (Rididil)
 Genus: Cercartetus
 Rididil ekor-panjang, Cercartetus caudatus 
 Family Phalangeridae
 Genus: Ailurops
 Bubutu talaud, Ailurops melanotis 
 Bubutu sulawesi, Ailurops ursinus 
 Genus: Phalanger
 Kuskus gebe, Phalanger alexandrae 
 Kuskus gunung, Phalanger carmelitae 
 Kuskus tanah, Phalanger gymnotis 
 Kuskus mata-biru, Phalanger matabiru 
 Kuskus kelabu, Phalanger mimicus 
 Kuskus coklat, Phalanger orientalis 
 Kuskus maluku, Phalanger ornatus 
 Kuskus Rothschild, Phalanger rothschildi 
 Kuskus sutra, Phalanger sericeus 
 Kuskus Stein, Phalanger vestitus 
 Genus: Spilocuscus
 Kuskus tutul biasa, Spilocuscus maculatus 
 Kuskus waigeo, Spilocuscus papuensis 
 Kuskus tutul-hitam, Spilocuscus rufoniger 
 Kuskus tutul biak, Spilocuscus wilsoni 
 Genus: Strigocuscus
 Nibilam tembung, Strigocuscus celebensis 
 Nibilam guanal, Strigocuscus pelengensis 
 Family: Petauridae
 Genus: Dactylopsila
 Kempelon ekor-besar, Dactylopsila megalura 
 Kempelon ubum, Dactylopsila palpator 
 Kempelon ladi, Dactylopsila trivirgata 
 Genus: Petaurus
 Wupih manaf, Petaurus biacensis 
 Wupih sirsik, Petaurus breviceps
 Wupih halmahera, Petaurus notatus
 Family: Pseudocheiridae
 Genus: Pseudochirops
 Mandorman yapen, Pseudochirops albertisii 
 Mandorman biasa, Pseudochirops corinnae 
 Mandorman irian, Pseudochirops coronatus 
 Mandorman niduk, Pseudochirops cupreus 
 Genus: Pseudochirulus
 Bokidin dataran rendah, Pseudochirulus canescens 
 Bokidin sagane, Pseudochirulus caroli 
 Bokidin topeng, Pseudochirulus larvatus 
 Bokidin paluga, Pseudochirulus mayeri 
 Bokidin doberai, Pseudochirulus schlegeli 
 Family: Acrobatidae
 Genus: Distoechurus
 Kilyo ekor bulu, Distoechurus pennatus 
 Family: Macropodidae
 Genus: Dendrolagus
 Unijo Goodfellow, Dendrolagus goodfellowi 
 Unijo kelabu, Dendrolagus inustus 
 Dingiso, Dendrolagus mbaiso 
 Unijo mantel-emas, Dendrolagus pulcherrimus 
 Unijo seri, Dendrolagus stellarum 
 Unijo nemena, Dendrolagus ursinus 
 Genus: Dorcopsis
 Soyabu, Dorcopsis hageni 
 Lau-lau kelabu, Dorcopsis luctuosa 
 Lau-lau coklat, Dorcopsis muelleri 
 Genus: Dorcopsulus
 Walep kecil, Dorcopsulus vanheurni 
 Genus: Macropus
 Walep saham, Macropus agilis 
 Genus: Thylogale
 Pelandu nugini, Thylogale browni 
 Pelandu aru, Thylogale brunii 
 Pelandu kaki-merah, Thylogale stigmatica 

 Subkelas Eutheria 

 Ordo: Proboscidea (gajah) 
Gajah terdiri dari tiga spesies yang masih hidup dan merupakan hewan darat terbesar yang masih hidup.

 Famili: Elephantidae
 Genus: Gajah
 Gajah Asia, E. maximus  

 Ordo: Sirenia (lembu laut dan duyung) 
Sirenia merupakan ordo mamalia herbivora akuatik penuh yang mendiami sungai, muara, perairan laut pesisir, rawa, dan lahan basah laut. Keempat spesies tersebut terancam punah.

 Famili Dugongidae
 Marga: Dugong
 Duyung, D. dugon  

 Ordo: Scandentia (Tupai) 
Tupai adalah mamalia kecil yang berasal dari hutan tropis Asia Tenggara . Binatang ini kerap dikelirukan dengan bajing.

 Famili Tupaiidae
 Genus: Dendrogale
 Labo lohisan, D. melanura  
 Genus: Tupaia
 Tupai mentawai, T. chrysogaster  
 Tupai garis, T. dorsalis  
 Tupai akar, T. glis  
 Tupai ramping, T. gracilis  
 Tupai kekes, T. javanica  
 Tupai kaki-panjang, T. longipes  
 Tikus kecil, T. minor  
 Tupai tercat, T. picta  
 Tupai merah, T. splendidula  
 Tupai tanah, T. tana  
 Famili Ptilocercidae
 Genus: Ptilocercus
 Tupai ekor-bulubulu, P. lowii  

 Ordo: Dermoptera (kubung) 
Kedua spesies kubung membentuk ordo Dermoptera. Mereka adalah mamalia peluncur arboreal yang ditemukan di Asia Tenggara .

 Famili Cynocephalidae
 Genus: Galeopterus
 Kubung Sunda, G. variegatus  

 Ordo: Primata 
Ordo Primata mencakup manusia dan kerabat terdekatnya: lemur, kukang, monyet, dan kera .

 Family Lorisidae
 Genus: Nycticebus
 Kukang bangka, N. bancanus 
 Kukang kalimantan, N. borneanus 
 Kukang sunda, N. coucang 
 Kukang jawa, N. javanicus 
 Kukang kayan, N. kayan
 kukang filipina, N. menagensis 
 Family Tarsiidae
 Genus: Cephalopachus
 Tarsius ingkat, C. bancanus 
 Genus: Tarsius
 Tarsius dian, T. dentatus 
 Tarsius lariang, T. lariang 
 Tarsius peleng, T. pelengensis 
 Tarsius kerdil, T. pumilus 
 Tarsius sangir, T. sangirensis 
 Tarsius selayar, T. tarsier 
 Family Cercopithecidae (Old World monkeys)
 Genus: Macaca
 Monyet kera, M. fascicularis 
 Monyet hada, M. hecki 
 Monyet darre, M. maura 
 Beruk, M. nemestrina 
 Yaki, M. nigra 
 Monyet gorontalo, M. nigrescens 
 Monyet digo, M. ochreata 
 Bokoi, M. pagensis 
 Monyet siberut, M. siberu 
 Monyet boti, M. tonkeana 
 Genus: Nasalis
 Bekantan, N. larvatus 
 Genus: Presbytis
 Lutung hitam-putih, P. bicolor 
 Lutung sarawak, P. chrysomelas 
 Lutung jawa, P. comata 
 Lutung kutai, P. canicrus 
 Lutung jirangan, P. frontata 
 Lutung kokah, P. femoralis 
 Lutung banggat, P. hosei 
 Simpai, P. melalophos 
 Lutung kerinci, P. mitrata 
 Kekah natuna P. natunae 
 Kekah sumatra, P. percura 
 Lutung mentawai, P. potenziani 
 Lutung merah, P. rubicunda 
 Lutung monosop, P. sabana 
 Lutung paha-putih, P. siamensis 
 Lutung siberut, P. siberu 
 Lutung hitam, P. sumatrana 
 Kedih, P. thomasi 
 Genus: Simias
 Simakobu, S. concolor 
 Genus: Trachypithecus
 Lutung budeng, T. auratus 
 Lutung kelabu, T. cristatus 
 Lutung muara, T. mauritius 
 Family Hylobatidae (gibbons)
 Genus: Hylobates
 Owa ungko, H. agilis 
 Owa kalimantan, H. albibarbis 
 Owa bilau, H. klossii 
 Owa serudung, H. lar 
 Owa jawa, H. moloch 
 Owa kalawat, H. muelleri 
 Genus: Symphalangus
 Siamang, S. syndactylus 
 Family Hominidae
 Genus: Pongo
 Orangutan sumatra, P. abelii 
 Orangutan kalimantan, P. pygmaeus 
 Orangutan tapanuli, P. tapanuliensis 

 Ordo: Rodentia (hewan pengerat) 
Hewan pengerat merupakan ordo mamalia terbesar, mencakup lebih dari 40% spesies mamalia. Mereka memiliki dua gigi seri di rahang atas dan bawah yang tumbuh terus menerus dan harus dijaga tetap pendek dengan cara menggerogoti. Kebanyakan hewan pengerat berukuran kecil, namun kapibara beratnya bisa mencapai 
Family Hystricidae (Old World porcupines)
Genus: Atherurus
Landak ekor-sikat asia, Atherurus macrourus 
Genus: Hystrix
Landak raja, H. brachyura 
Landak butun, Hystrix crassispinis 
Landak jawa, Hystrix javanica 
Landak sumatra, Hystrix sumatrae 
Genus: Trichys
Angkis kelabi, Trichys fasciculata 
Family Sciuridae (squirrels)
Genus: Aeromys
Kuvung hitam, Aeromys tephromelas 
Kuvung kalay, Aeromys thomasi 
Genus: Callosciurus
Bajing telinga-totol, Callosciurus adamsi 
Bajing kloss, Callosciurus albescens 
Bajing mentawai, Callosciurus melanogaster 
Bajing hitam, Callosciurus nigrovittatus 
Bajing kelapa, Callosciurus notatus 
Bajing kelabu, Callosciurus orestes 
Bajing mandiwoi, Callosciurus prevostii 
Genus: Dremomys
Mantok kalimantan, Dremomys everetti 
Genus: Exilisciurus
Sukau pukang, Exilisciurus exilis 
Sukau tuning, Exilisciurus whiteheadi 
Genus: Glyphotes
Kerichek merah, Glyphotes simus 
Genus: Hylopetes
Cukbo jawa, Hylopetes bartelsi 
Cukbo kecubu, Hylopetes lepidus 
Cukbo Jentink, Hylopetes platyurus 
Cukbo sipora, Hylopetes sipora 
Cukbo pipi-merah, Hylopetes spadiceus 
Cukbo aceh, Hylopetes winstoni 
Genus: Hyosciurus
Jou gunung, Hyosciurus heinrichi 
Jou dataran, Hyosciurus ileile 
Genus: Iomys
Lugo jawa, Iomys horsfieldii 
Lugo mentawai, Iomys sipora 
Genus: Lariscus
Bokol buut, Lariscus insignis 
Bokol gunung, Lariscus niobe 
Bokol mentawai, Lariscus obscurus 
Genus: Petaurista
Tando totol, Petaurista elegans 
Genus: Petinomys
Kepul jambang, Petinomys genibarbis 
Kepul hagen, Petinomys hageni 
Kepul siberut, Petinomys lugens 
Kepul panah, Petinomys sagitta 
Kepul kecil, Petinomys setosus 
Kepul dada-putih, Petinomys vordermanni 
Genus: Prosciurillus
Tendelango salakko, Prosciurillus abstrusus 
Tendelango putih, Prosciurillus leucomus 
Tendelango simsim, Prosciurillus murinus 
Tendelango sangihe, Prosciurillus rosenbergii 
Tendelango beting, Prosciurillus weberi 
Genus: Pteromyscus
Pusig berbedak, Pteromyscus pulverulentus 
Genus: Ratufa
Jelarang bilalang, Ratufa affinis 
Jelarang hitam, Ratufa bicolor 
Genus: Rheithrosciurus
Papun babu, Rheithrosciurus macrotis 
Genus: Rhinosciurus
Memai naning, Rhinosciurus laticaudatus 
Genus: Rubrisciurus
Dowu-dowu, Rubrisciurus rubriventer 
Genus: Sundasciurus
Tigae Brook, Sundasciurus brookei 
Tigae pagai, Sundasciurus fraterculus 
Tigae tantag, Sundasciurus hippurus 
Tigae tolikid, Sundasciurus jentinki 
Tigae wakihak, Sundasciurus lowii 
Tigae bancirot, Sundasciurus tenuis 
Family Spalacidae
Genus: Rhizomys
Tikus bambu besar, Rhizomys sumatrensis 
Family Muridae
Genus: Anisomys
Tikus gigi bating, Anisomys imitator 
Genus: Baiyankamys
Kilit gunung, Baiyankamys habbema 
Genus: Bandicota
Wirok kecil, Bandicota bengalensis 
Wirok besar, Bandicota indica 
Genus: Berylmys
Tikus gigi-putih, Berylmys bowersi 
Genus: Bunomys
Pangusan lembah, Bunomys andrewsi 
Pangusan kuning, Bunomys chrysocomus 
Pangusan lompobattang, Bunomys coelestis 
Pangusan minahasa, Bunomys fratrorum 
Pangusan lindu, Bunomys penitus 
Pangusan sulawesi, Bunomys prolatus 
Genus: Chiropodomys
Nyingnying buluh, Chiropodomys gliroides 
Nyingnying mentawai, Chiropodomys karlkoopmani 
Nyingnying kelabu, Chiropodomys muroides 
Nyingnying kalimantan, Chiropodomys pusillus 
Genus: Coccymys
Mencit-sikat gigi-putih, Coccymys albidens 
Mencit-sikat ekor-rambut, Coccymys ruemmleri 
Genus: Coryphomys
Tikus puncak timor, Coryphomys buehleri 
Genus: Echiothrix
Tarem lindu, Echiothrix centrosa 
Tarem minahasa, Echiothrix leucura 
Genus: Eropeplus
Lehio barambang, Eropeplus canus 
Genus: Haeromys
Ranai akar, Haeromys margarettae 
Ranai toreanpasi, Haeromys minahassae 
Ranai piu-piu, Haeromys pusillus 
Genus: Hydromys
Gulit air, Hydromys chrysogaster 
Gulit kecil, Hydromys hussoni 
Genus: Hyomys
Ipuzi mikwol, Hyomys dammermani 
Genus: Kadarsanomys
Tikus gunung sody, Kadarsanomys sodyi 
Genus: Komodomys
Tikus komodo, Komodomys rintjanus 
Genus: Lenomys
Tangkara biasa, Lenomys meyeri 
Genus: Lenothrix
Tangkara sulawesi, Lenothrix canus 
Genus: Leopoldamys
Berud sunda, Leopoldamys ciliatus 
Berud diwangkara, Leopoldamys diwangkarai 
Berud boud, Leopoldamys sabanus 
Berud mentawai, Leopoldamys siporanus 
Genus: Lorentzimys
Piaki, Lorentzimys nouhuysi 
Genus: Mallomys
Naikmanung kuyawage, Mallomys aroaensis 
Naikmanung andimbo, Mallomys gunung 
Naikmanung amungme, Mallomys istapantap 
Naikmanung tumbi, Mallomys rothschildi 
Genus: Mammelomys
Tuni sisik, Mammelomys lanosus 
Tuni besar, Mammelomys rattoides 
Genus: Margaretamys
Wangetan biasa, Margaretamys beccarii 
Wangetan soma, Margaretamys elegans 
Wangetan kecil, Margaretamys parvus 
Wangetan Christin, Margaretamys christinae
Genus: Maxomys
Lesoq-lati Bartel, Maxomys bartelsii 
Lesoq-lati Dolman, Maxomys dollmani 
Lesoq-lati Hellwad, Maxomys hellwaldii 
Lesoq-lati Sumatra, Maxomys hylomyoides 
Lesoq-lati pait, Maxomys musschenbroekii 
Lesoq-lati hidung-besar, Maxomys inflatus 
Lesoq-lati perut-coklat, Maxomys ochraceiventer 
Lesoq-lati pagai, Maxomys pagensis 
Lesoq-lati rajah, Maxomys rajah 
Lesoq-lati merah, Maxomys surifer 
Lesoq-lati Watt, Maxomys wattsi 
Lesoq-lati Whitehead, Maxomys whiteheadi 
Genus: Melasmothrix
Tikus malam sulawesi, Melasmothrix naso 
Genus: Melomys
Tuni kusam, Melomys aerosus 
Tuni kei, Melomys bannisteri 
Tuni yamdena, Melomys cooperae 
Tuni manusela, Melomys fraterculus 
Tunik lek, Melomys frigicola 
Tuni seram, Melomys fulgens 
Tuni riama, Melomys howi 
Tuni perut-putih, Melomys leucogaster 
Tuni rumput, Melomys lutillus 
Tuni obi, Melomys obiensis 
Tuni Pavel, Melomys paveli 
Tuni ekor-hitam, Melomys rufescens 
Tuni talaud ekor-pendek, Melomys caurinus 
Tuni talaud ekor-panjang, Melomys talaudium 
Genus: Microhydromys
Mencit air gigi-alur, Microhydromys richardsoni 
Genus: Mus
Mencit sawah, Mus caroli 
Mencit kelabu, Mus cervicolor 
Mencit sumatra, Mus crociduroides 
Mencit rumah, M. musculus 
Mencit deli, Mus terricolor 
Mencit jawa, Mus vulcani 
Genus: Nesoromys
Tikus gunung seram, Nesoromys ceramicus 
Genus: Niviventer
Tikus-pohon ekor-gelap, Niviventer cremoriventer 
Tikus-pohon sumatra, Niviventer fraternus 
Tikus-pohon dada-coklat, Niviventer fulvescens 
Tikus-pohon jawa, Niviventer lepturus 
Tikus-pohon ekor-panjang, Niviventer rapit 
Genus: Papagomys
Betu flores, Papagomys armandvillei 
Betu kecil, Papagomys theodorverhoeveni 
Genus: Parahydromys
Tikus-air rambut-kasar, Parahydromys asper 
Genus: Paraleptomys, 
Tikus-air pinggang-merah, Paraleptomys rufilatus 
Tikus-air rambut-pendek, Paraleptomys wilhelmina 
Genus: Paramelomys
Tuni yakuhimo, Paramelomys lorentzii 
Tuni sene, Paramelomys mollis 
Tuni hidung-panjang, Paramelomys naso 
Tuni dataran-rendah, Paramelomys platyops 
Tuni amuk, Paramelomys rubex 
Tuni Stein, Paramelomys steini 
Genus: Paruromys
Soma pangaladen, Paruromys dominator 
Genus: Paulamys
Tikus flores, Paulamys naso 
Genus: Pithecheir
Monmon jawa, Pithecheir melanurus 
Genus: Pithecheirops
Monmon kalimantan, Pithecheirops otion 
Genus: Pogonomelomys
Pogonomelomis kelabu, Pogonomelomys brassi 
Pogonomelomis dataran-rendah, Pogonomelomys bruijni 
Pogonomelomis irian, Pogonomelomys mayeri 
Genus: Pogonomys
Choiwoibea halus, Pogonomys loriae 
Choiwoibea hitam, Pogonomys macrourus 
Choiwoibea kelabu, Pogonomys sylvestris 
Genus: Pseudohydromys
Mencit-air gigi-satu, Pseudohydromys ellermani 
Mencit-air barat, Pseudohydromys occidentalis 
Genus: Rattus
Tikus enggano, Rattus adustus 
Tikus Annandele, Rattus annandalei 
Tikus arfak, Rattus arfakiensis 
Tikus sawah, Rattus argentiventer 
Tikus papua barat, Rattus arrogans 
Tikus aceh, Rattus blangorum 
Tikus bonthain, Rattus bontanus 
Tikus sula, Rattus elaphinus 
Tikus enggano, Rattus enganus 
Tikus polinesia, Rattus exulans 
Tikus seram, Rattus feliceus 
Tikus ruteng, Rattus hainaldi 
Tikus kambola, Rattus hoffmanni 
Tikus Hoogerwerf, Rattus hoogerwerfi 
Tikus nambap-sop, Rattus jobiensis 
Tikus Koopman, Rattus koopmani 
Tikus kerinci, Rattus korinchi 
Tikus mentawai, Rattus lugens 
Tikus malakput, Rattus marmosurus 
Tikus lompobattang, Rattus mollicomulus 
Tikus morotai, Rattus morotaiensis 
Tikus himalaya, Rattus nitidus 
Tikus coklat, R. norvegicus  diperkenalkan
Tikus Arianus, Rattus omichlodes 
Tikus peleng, Rattus pelurus 
Tikus senok, Rattus praetor 
Tikus hitam, Rattus rattus 
Tikus gletser, Rattus richardsoni 
Tikus salokko, Rattus salocco 
Tikus simalur, Rattus simalurensis 
Tikus Stein, Rattus steini 
Tikus Tanezumi, Rattus tanezumi 
Tikus timor, Rattus timorensis 
Tikus belukar, Rattus tiomanicus 
Tikus ramping, Rattus verecundus 
Tikus torean, Rattus xanthurus 
Genus: Sommeromys
Parui minahasa, Sommeromys macrorhinos 
Genus: Spelaeomys
Tikus gua flores, Spelaeomys florensis 
Genus: Sundamys
Tikus besar gunung, Sundamys infraluteus 
Tikus besar cibuni, Sundamys maxi 
Tikus besar Mueller, Sundamys muelleri 
Genus: Taeromys
Mea salokko, Taeromys arcuatus 
Mea tengka, Taeromys callitrichus 
Mea turean, Taeromys celebensis 
Mea kura, Taeromys hamatus 
Mea telinga-kecil, Taeromys microbullatus 
Mea hutan, Taeromys punicans 
Mea tondano, Taeromys taerae 
Genus: Tateomys
Tata minahasa, Tateomys macrocercus 
Tata Tate, Tateomys rhinogradoides 
Genus: Uromys
Keneta dani, Uromys anak 
Keneta biak, Uromys boeadii 
Keneta ekor-totol, Uromys caudimaculatus 
Keneta Emma, Uromys emmae 
Keneta kei, Uromys siebersi 
Genus: Waiomys
Balaowai minahasa, Waiomys mamasae 
Genus: Xenuromys
Tikus-raksasa misai-panjang, Xenuromys barbatus 

 Ordo: Lagomorpha (lagomorfa) 
Lagomorfa terdiri dari dua famili, Leporidae ( terwelu dan kelinci ), dan Ochotonidae ( pika ). Meskipun mereka menyerupai hewan pengerat, dan diklasifikasikan sebagai superfamili dalam ordo tersebut hingga awal abad ke-20, sejak itu mereka dianggap sebagai ordo terpisah. Mereka berbeda dari hewan pengerat dalam sejumlah ciri fisik, seperti memiliki empat gigi seri di rahang atas, bukan dua.

 Famili Leporidae
 Marga: Lepus
 Terwelu jawa, L. nigricollis  mungkin diperkenalkan 
 Genus: Nesolagus
 Kelinci lutuk, Nesolagus netscheri 

 Ordo Eulipotyphla (celurut, tikus tanah, dan landak) 
"Bentuk celurut" merupakan mamalia pemakan serangga. Celurut dan solenodon sangat mirip tikus, sementara tikus tanah merupakan penggali yang berbadan kekar. Landak mudah dikenali dari duri-durinya sementara balabo lebih mirip tikus besar.

 Family: Erinaceidae
 Genus: Echinosorex
 Rindil bulan, Echinosorex gymnura 
 Genus: Hylomys
 Balabo kerici, Hylomys parvus 
 Balabo kalimantan, Hylomys dorsalis
 Balabo utara, Hylomys maxi
 Balabo jawa, Hylomys suillus 
 Balabo leuser, Hylomys vorax
 Family: Soricidae (shrews)
 Genus: Chimarrogale
 Celurut air kalimantan, Chimarrogale phaeura 
 Celurut air sumatra, Chimarrogale sumatrana 
 Genus: Crocidura
 Celurut kinabalu, Crocidura baluensis 
 Celurut batak, Crocidura batakorum
 Celurut barisan, Crocidura beccarii 
 Celurut ekor-tebal, Crocidura brunnea 
 Celurut lanjar, Crocidura elongata 
 Celurut kalimantan, Crocidura foetida 
 Celurut bukit, Crocidura hilliana 
 Celurut hutan, Crocidura hutanis 
 Celurut utara , Crocidura jenkinsi 
 Celurut sulawesi, Crocidura lea 
 Celurut gadang, Crocidura lepidura 
 Celurut kecil sulawesi, Crocidura levicula 
 Celurut melayu, Crocidura malayana 
 Celurut jawa, Crocidura maxi 
 Celurut sunda, Crocidura monticola 
 Celurut lumut, Crocidura musseri 
 Celurut semenanjung, Crocidura negligens 
 Celurut kaki-hitam, Crocidura nigripes 
 Celurut ekor-gundul, Crocidura orientalis 
 Celurut ekor-panjang, Crocidura paradoxura 
 Celurut kaki-putih, Crocidura rhoditis 
 Celurut timor, Crocidura tenuis 
 Celurut bangka, Crocidura vosmaeri 
 Genus: Suncus
 Munggis flores, Suncus mertensi 
 Munggis rumah, S. murinus 

 Ordo: Chiroptera (kelelawar) 
Ciri khas kelelawar yang paling menonjol adalah bahwa kaki depan mereka berkembang menjadi sayap, menjadikan mereka satu-satunya mamalia yang mampu terbang. Spesies kelelawar mencakup sekitar 20% dari semua mamalia.
Family: Pteropodidae (kalong)
Genus: Acerodon
Kalong sulawesi, Acerodon celebensis 
Kalong talaud, Acerodon humilis 
Kalong sunda, Acerodon mackloti 
Genus: Aethalops
Codot punggung-gundul, Aethalops aequalis 
Codot kerdil, Aethalops alecto 
Genus: Aproteles
Codot Bulmer, Aproteles bulmerae 
Genus: Balionycteris
Codot sayap-totol, Balionycteris maculata 
Genus: Chironax
Codot kepala-hitam, Chironax melanocephalus 
Genus: Cynopterus
Codot krawar, C. brachyotis 
Codot Horsfield, Cynopterus horsfieldi 
Condot Peter, Cynopterus luzoniensis 
Codot mungil, Cynopterus minutus 
Codot nusatenggara, Cynopterus nusatenggara 
Codot barong, Cynopterus sphinx 
Codot besar, Cynopterus titthaecheileus 
Genus: Dobsonia
Kubu Beaufort, Dobsonia beauforti 
Kubu halmahera, Dobsonia crenulata 
Kubu biak, Dobsonia emersa 
Kubu sulawesi, Dobsonia exoleta 
Kubu kecil, Dobsonia minor 
Kubu maluku, Dobsonia moluccensis 
Kubu nusatenggara, Dobsonia peronii 
Kubu hijau, Dobsonia viridis 
Genus: Dyacopterus
Kusing Brook, Dyacopterus brooksi 
Kusing dayak, Dyacopterus spadiceus 
Genus: Eonycteris
Lalai besar, Eonycteris major 
Lalai kembang, Eonycteris spelaea 
Genus: Harpyionycteris
Codot alap-alap, Harpyionycteris celebensis 
Genus: Macroglossus
Cecadu-pisang kecil, Macroglossus minimus 
Cecadu-pisang besar, Macroglossus sobrinus 
Genus: Megaerops
Tungkol biasa, Megaerops ecaudatus 
Tungkol Kusnoto, Megaerops kusnotoi 
Tungkol kalimantan, Megaerops wetmorei 
Genus: Neopteryx
Codot gigi-kecil, Neopteryx frosti 
Genus: Nyctimene
Paniki besar, Nyctimene aello 
Paniki biasa, Nyctimene albiventer 
Paniki pallas, Nyctimene cephalotes 
Paniki pegunungan, Nyctimene certans 
Paniki telinga-bundar, Nyctimene cyclotis 
Paniki kecil, Nyctimene draconilla 
Paniki keast, Nyctimene keasti 
Paniki sulawesi, Nyctimene minutus 
Genus: Paranyctimene
Paniki papua, Paranyctimene raptor 
Paniki polos besar, Paranyctimene tenax 
Genus: Penthetor
Pentae'n coboe, Penthetor lucasi 
Genus: Pteropus
Kalong hitam, Pteropus alecto 
Kalong aru, Pteropus aruensis 
Kalong kepala-kelabu, Pteropus caniceps 
Kalong maluku, Pteropus chrysoproctus 
Kalong kacamata, Pteropus conspicillatus 
Kalong kelabu, Pteropus griseus 
Kalong kecil, Pteropus hypomelanus 
Kalong kei, Pteropus keyensis 
Kalong lombok, Pteropus lombocensis 
Kalong telinga-bundar, Pteropus macrotis 
Kalong janggut-hitam, Pteropus melanopogon 
Kalong telinga-hitam, Pteropus melanotus 
Kalong besar, Pteropus neohibernicus 
Kalong seram, Pteropus ocularis 
Kalong manu, Pteropus personatus 
Kalong manguai, Pteropus pohlei 
Kalong laut, Pteropus speciosus 
Kalong temminck, Pteropus temmincki 
Kalong kapauk, Pteropus vampyrus 
Genus: Rousettus
Nyap Geoffroy, Rousettus amplexicaudatus 
Nyap manado, Rousettus bidens 
Nyap sulawesi, Rousettus celebensis 
Nyap besar, Rousettus leschenaulti 
Nyap lindu, Rousettus linduensis 
Nyap prapat, Rousettus spinalatus 
Genus: Styloctenium
Codot muka-garisStyloctenium wallacei 
Genus: Syconycteris
Codot bunga biasa, Syconycteris australis 
Codot bunga halmahera, Syconycteris carolinae 
Codot bunga gunung, Syconycteris hobbit 
Genus: Thoopterus
Codot walet, Thoopterus nigrescens 
Family Rhinopomatidae
Genus: Rhinopoma
Kelelawar ekor-tikus besar, Rhinopoma microphyllum
Family Megadermatidae (kelelawar darah palsu)
Genus: Megaderma
Kelelawar-darah palsu kecil, Megaderma spasma
Family Rhinolophidae (prok-bruk)
Genus: Rhinolophus
Prok-bruk lonkos, Rhinolophus acuminatus
Prok-bruk hutan, Rhinolophus affinis
Prok-bruk ladam, Rhinolophus arcuatus
Produk kalimantan, Rhinolophus borneensis
Prok-bruk jawa, Rhinolophus canuti
Prok-bruk sulawesi, Rhinolophus celebensis
Prok-bruk Creagh, Rhinolophus creaghi
Prok-bruk maluku, Rhinolophus euryotis
Prok-bruk kei, Rhinolophus keyensis
Prok-bruk kilau, Rhinolophus lepidus
Prok-bruk besar, Rhinolophus luctus
Prok-bruk telinga-besar, Rhinolophus macrotis
Prok-bruk madura, Rhinolophus madurensis
Prok-bruk mungil, Rhinolophus megaphyllus
Prok-bruk anamba, Rhinolophus nereis NT
Prok-bruk filipina, Rhinolophus philippinensis NT
Prok-bruk kecil, Rhinolophus pusillus LC
Prok-bruk pusang-ntung, Rhinolophus sedulus
Prok-bruk coklat kecil, Rhinolophus stheno LC
Prok-bruk tiga-daun, Rhinolophus trifoliatus LC
Family Hipposideridae
Genus: Aselliscus
Barong temminck, Aselliscus tricuspidatus LC
Genus: Coelops
Barong nirekor timur, Coelops frithii LC
Barong nirekor melayu, Coelops robinsoni VU
Genus: Hipposideros
Barong melayu, Hipposideros ater LC
Barong dwiwarna, Hipposideros bicolor LC
Barong pagai, Hipposideros breviceps VU
Barong taji, Hipposideros calcaratus LC
Barong bera, Hipposideros cervinus LC
Barong kelabu, Hipposideros cineraceus LC
Barong irian, Hipposideros corynophyllus VU
Barong timor, Hipposideros crumeniferus DD
Barong besar, Hipposideros diadema LC
Barong kalimantan, Hipposideros doriae NT
Barong dayak, Hipposideros dyacorum LC
Barong Cantor, Hipposideros galeritus LC
Barong jambul, Hipposideros inexpectatus
Barong tanggung, Hipposideros larvatus LC
Barong telinga-besar, Hipposideros macrobullatus
Barong madura, Hipposideros madurae
Barong Maggie, Hipposideros maggietaylorae
Barong sungai, Hipposideros muscinus
Barong orbikulus, Hipposideros orbiculus
Barong biak, Hipposideros papua
Barong peleng, Hipposideros pelingensis
Barong pangandaran, Hipposideros sorenseni
Barong sunda, Hipposideros sumbae
Barong wollaston, Hipposideros wollastoni
Family Emballonuridae (kelelawar sayap-pundi)
Genus: Emballonura
Kelelawar ekor-trubus timur, Emballonura alecto
Kelelawar ekor-trubus temminck, Emballonura beccarii
Kelelawar ekor-trubus besar, Emballonura furax
Kelelawar ekor-trubus kecil, Emballonura monticola
Kelelawar ekor-trubus Raffray, Emballonura raffrayana
Genus: Mosia
Kelelawar ekor-trubus hitam, Mosia nigrescens
Genus: Saccolaimus
Kubar trubus, Saccolaimus saccolaimus
Genus: Taphozous
Kubar coklat, Taphozous achates
Kubar sayap-panjang, Taphozous longimanus
Kubar janggut-hitam, Taphozous melanopogon
Kubar Theobald, Taphozous theobaldi
Family: Nycteridae (Pedan)
Genus: Nycteris
Pedan sunda, Nycteris javanica
Pedan melayu, Nycteris tragata
Family: Molossidae (tayo)
Genus: Chaerephon
Tayo jobi, Chaerephon jobensis
Tayo johor, Chaerephon johorensis
Genus: Cheiromeles
Tayo kecil, Cheiromeles parvidens
Tayo gundul, Cheiromeles torquatus
Genus: Mops
Tayo melayu, Mops mops
Tayo sulawesi, Mops sarasinorum
Genus: Mormopterus
Tayo Beccari, Mormopterus beccarii
Tayo sumatra, Mormopterus doriae
Genus: Otomops
Otomop jawa, Otomops formosus
Otomop alor, Otomops johnstonei
Family Vespertilionidae (vesper bats)
Genus: Arielulus
Sekiwen sepuhan, Arielulus circumdatus
Sekiwen sabah, Arielulus cuprosus
Genus: Falsistrellus
Sekiwen jamur, Falsistrellus mordax
Sekiwen peter, Falsistrellus petersi
Genus: Glischropus
Kesindap jawa, Glischropus javanus
Kesindap biasa, Glischropus tylopus
Genus: Harpiocephalus
Kesindap kecil, Harpiocephalus harpia
Genus: Hesperoptenus
Kesindap Blanford, Hesperoptenus blanfordi
Kesindap sulawesi, Hesperoptenus doriae
Kesindap Gaskell, Hesperoptenus gaskelli
Kesindap besar, Hesperoptenus tomesi
Genus: Hypsugo
Sekiwen coklat, Hypsugo imbricatus
Sekiwen kalimantan, Hypsugo kitcheneri
Sekiwen sumatra, Hypsugo macrotis
Sekiwen Vonderman, Hypsugo vordermanni
Genus: Kerivoula
Lenawai hutan, Kerivoula flora
Lenawai Hardwick, Kerivoula hardwickii
Lenawai sabah, Kerivoula intermedia
Lenawai gerenjal, Kerivoula papillosa
Lenawai sayap-terawang, Kerivoula pellucida
Lenawai kembang, Kerivoula picta
Lenawai sutra, Kerivoula whiteheadi
Genus: Miniopterus
Tomosu kecil, Miniopterus australis
Tomosu melanesia,Miniopterus macrocneme
Tomosu besar, Miniopterus magnater
Tomosu jawa, Miniopterus medius
Tomosu filipina, Miniopterus paululus
Tomosu dani, Miniopterus pusillus
Tomosu biasa, M. schreibersii 
Tomosu Shortridge, Miniopterus shortridgei
Tomosu besar, Miniopterus tristis
Genus: Murina
Pungit kalimantan, Murina aenea
Pungit tumpul, Murina cyclotis
Pungit flores, Murina florium
Pungit Rozendal, Murina rozendaali
Pungit coklat, Murina suilla
Genus: Myotis
Lasiwen kaki-besar, Myotis adversus
Lasiwen hitam, Myotis ater
Lasiwen Hodgson, M. formosus 
Lasiwen Hasselt, Myotis hasseltii
Lasiwen Herman, Myotis hermani
Lasiwen deignan, Myotis horsfieldii
Lasiwen filipina, Myotis macrotarsus
Lasiwen maluku, Myotis moluccarum
Lasiwen jambang, Myotis montivagus
Lasiwen biasa, Myotis muricola
Lasiwen Ridley, Myotis ridleyi
Lasiwen himalaya, Myotis siligorensis
Lasiwen kei, Myotis stalkeri
Genus: Nyctophilus
Sekiwen lembata, Nyctophilus heran
Sekiwen timor, Nyctophilus timoriensis
Genus: Philetor
Kelelawar rohu, Philetor brachypterus
Genus: Phoniscus
Lenawai gigi alur, Phoniscus atrox
Lenawai terompet, Phoniscus jagorii
Lenawai emas, Phoniscus papuensis
Genus: Pipistrellus
Nighi papua, Pipistrellus angulatus
Nighi gunung, Pipistrellus ceylonicus
Nighi jawa, Pipistrellus javanicus
Nighi minahasa, Pipistrellus minahassae
Nighi irian, Pipistrellus papuanus
Nighi noktul, Pipistrellus stenopterus
Nighi kecil, Pipistrellus tenuis
Genus: Scotophilus
Pedan sulawesi, Scotophilus celebensis
Pedan kuning, Scotophilus collinus
Pedan kecil, Scotophilus kuhlii
Genus: Scotorepens
Kelelawar babi, Scotorepens sanborni
Genus: Tylonycteris
Kekeki kecil, Tylonycteris pachypus
Kekeki besar, Tylonycteris robustula

 Ordo Pholidota (tenggiling) 
Ordo Pholidota mencakup delapan spesies tenggiling. Tenggiling adalah hewan pemakan semut dan memiliki cakar yang kuat, moncong yang memanjang, dan lidah panjang seperti yang terlihat pada spesies pemakan semut lain yang tidak berkerabat.

 Famili Manidae
 Genus: Manis
 Tenggiling Sunda, M. javanica  

 Ordo: Cetacea (paus) 
Ordo Cetacea meliputi paus, lumba-lumba, dan gondal . Mereka merupakan mamalia yang paling mampu beradaptasi dengan kehidupan akuatik, dengan tubuh berbentuk gelendong dan hampir tidak berbulu, dilindungi oleh lapisan lemak tebal, serta kaki depan dan ekor yang dimodifikasi untuk memberikan tenaga penggerak di bawah air.

 Family: Balaenopteridae (rorkual)
 Genus: Balaenoptera
 Paus tombak, Balaenoptera acutorostrata 
 Paus minke antarktik, Balaenoptera bonaerensis 
 Paus sei, Balaenoptera borealis 
 Paus byrde, Balaenoptera brydei 
 Paus biru, Balaenoptera musculus 
 Paus sirip, Balaenoptera physalus 
 Paus omura, Balaenoptera omurai 
 Genus: Megaptera
 Paus bungkuk, Megaptera novaeangliae 
 Family Physeteridae (koteklema)
 Genus: Physeter
 Koteklema, Physeter macrocephalus 
 Family: Kogiidae (lodan)
 Genus: Kogia
 Lodan jauba, K. breviceps 
 Lodan kerdil, Kogia sima 
 Family: Phocoenidae (gondal)
 Genus: Neophocaena
 Gondal nirsirip Indo-Pasifik, Neophocaena phocaenoides 
 Family Ziphiidae (paus paruh)
 Genus: Mesoplodon
 Paus paruh Blainville, Mesoplodon densirostris 
 Paus paruh gigi gingko, Mesoplodon ginkgodens 
 Genus: Ziphius
 Paus paruh Cuvier Ziphius cavirostris 
 Family: Delphinidae (lumba-lumba samudrawi)
 Genus: Delphinus
 Lumba-lumba biasa , Delphinus delphis 
 Genus: Feresa
 Paus pembunuh kerdil, Feresa attenuata 
 Genus: Globicephala
 Paus-pilot sirip-pendek, Globicephala macrorhynchus 
 Genus: Grampus
 Paus risso, Grampus griseus 
 Genus: Lagenodelphis
 Lumba-lumba fraser, Lagenodelphis hosei 
 Genus: Orcaella
 Pesut mahakam, O. brevirostris 
 Pesut australia, Orcaella heinsohni 
 Genus: Orcinus
 Seguni, O. orca 
 Genus: Peponocephala
 Paus kepala-melon, Peponocephala electra 
 Genus: Pseudorca
 Paus pembunuh palsu, Pseudorca crassidens 
 Genus: Sousa
 Lumba-lumba bungkuk indo-pasifik, Sousa chinensis 
 Genus: Stenella
 Lumba-lumba totol pantropis, Stenella attenuata 
 Lumba-lumba belang, Stenella coeruleoalba 
 Lumba-lumba moncong-panjang, Stenella longirostris 
 Genus: Steno
 Lumba-lumba gigi-kasar, Steno bredanensis 
 Genus: Tursiops
 Sikudomba indo-pasifik, Tursiops aduncus 
 Sikudomba biasa, Tursiops truncatus 

 Ordo: Karnivora (karnivora) 
Ada lebih dari 260 spesies karnivora, yang sebagian besar memakan daging. Mereka memiliki bentuk tengkorak dan gigi yang khas.

 Family Felidae (kucing)
 Genus: Catopuma
 Kucing merah, C. badia 
 Kucing emas asia, C. temminckii 
 Genus: Neofelis
 Macan dahan sunda, N. diardi 
 Genus: Panthera
 Macan, P. pardus 
 Macan jawa, P. p. melas 
 Harimau, P. tigris 
 Harimau bali, P. t. sondaica 
 Harimau jawa, P. t. sondaica 
 Harimau sumatra, P. t. sondaica 
 Genus: Pardofelis
 Kucing batu, P. marmorata 
 Genus: Prionailurus
 Kucing kuwuk sunda, P. javanensis
 Kucing tandang, P. planiceps 
 Kucing bakau, P. viverrinus  presence uncertain
 Family Viverridae (musang)
 Genus: Arctictis
 Binturung, A. binturong 
 Genus: Arctogalidia
 Musang akar, A. trivirgata 
 Genus: Cynogale
 Musang air, C. bennettii 
 Genus: Hemigalus
 Musang belang, H. derbyanus 
 Genus: Macrogalidia
 Musang sulawesi, M. musschenbroekii 
 Genus: Paguma
 Musang bulan, P. larvata 
 Genus: Paradoxurus
 Musang luwak, P. hermaphroditus 
 Genus: Viverra
 Musang tenggalung, V. tangalunga 
 Genus: Viverricula
 Musang rase, V. indica 
 Family Prionodontidae (linsang)
 Genus: Prionodon
 Linsang congkok, P. linsang 
 Family Herpestidae (garangan)
 Genus: Urva
 Garangan ekor-pendek, U. brachyura 
 Garangan jawa, U. javanica 
 Garangan kalung, U. semitorquata 
 Family Ursidae (beruang)
 Genus: Helarctos
 Beruang madu, H. malayanus 
 Family Canidae (Kanid)
 Genus: Cuon
 Ajak, C. alpinus 
 Family: Mustelidae (weasels)
 Genus: Aonyx
 Sero ambrang, A. cinereus 
 Genus: Arctonyx
 Babi batang sumatra, A. hoevenii 
 Genus: Lutra
 Berang-berang eurasia, L. lutra 
 Berang-berang sumatra, L. sumatrana 
 Genus: Lutrogale
 Berang-berang wregul, L. perspicillata 
 Genus: Martes
 Amunin panan, M. flavigula 
 Genus: Melogale
 Biul kalimantan, M. everetti 
 Biul slentek, M. orientalis 
 Genus: Mustela
 Cerpelai gunung jawa, M. lutreolina 
 Cerpelai melayu, M. nudipes 
 Family Mephitidae (skunks)
 Genus: Mydaus
 Teledu sigung sunda, M. javanensis 

 Ordo: Perissodactyla (kuku berkuku ganjil) 
Hewan berkuku ganjil tersebut merupakan mamalia pemakan biji-bijian dan rumput . Mereka biasanya berukuran besar hingga sangat besar, dan memiliki perut yang relatif sederhana dan jari kaki tengah yang besar.

 Famili Rhinocerotidae (badak)
 Genus: Dicerorhinus
 Badak Sumatera, D. sumatrensis  
 Genus: Badak
 Badak jawa, R. sondaicus  
 Famili Tapiridae (tapirus)
 Genus: Acrocodia
 Tenuk melayu, A. indicus  

 Ordo: Artiodactyla (hewan berkuku genap) 
Ungulata berjari genap adalah ungulata yang berat badannya ditanggung secara seimbang oleh jari kaki ketiga dan keempat, dan bukan sebagian besar atau sepenuhnya ditanggung oleh jari kaki ketiga seperti pada perissodactyl . Ada sekitar 220 spesies artiodactyl, termasuk banyak yang memiliki kepentingan ekonomi besar bagi manusia.

 Famili Suidae (babi)
 Genus: Babyrousa
 Babirusa buru, B.babyrussa 
 Babirusa bolabatu, B. bolabatuensis 
 Babirusa Sulawesi Utara, B. celebensis 
 Babirusa Togian, B. togeanensis 
 Genus: Sus
 Babi jenggot, S. barbatus 
 Babi sulawesi, S. celebensis 
 Babi celeng, S. scrofa  
 Babi kutil, S. verrucosus  
 Famili Tragulidae (kancil)
 Genus: Tragulus
 Kancil Jawa, T. javanicus 
 Kancil kecil, T. kanchil 
 Kancil besar, T. napu 
 Famili Bovidae (Bovids)
 Genus: Bos
 Banteng, B. javanicus  
 Genus: Bubalus
 Anoa dataran rendah, B.depressicornis 
 Anoa gunung, B. quarlesi 
 Genus: Capricornus
 Kambing-hutan daratan, C. sumatraensis  
 Famili Cervidae (rusa)
 Genus: Axis
 Rusa Bawean, A. kuhlii 
 Genus: Muntiacus
 Kijang kuning kalimantan, M. atherodes 
 Kijang sumatera, M. montanus 
 KIjang India, M. muntjak  
 Marga: Rusa
 Rusa timor, R. timorensis 
 Rusa sambar, R. unicolor 

 Punah secara lokal 
Taksa berikut ini telah punah secara lokal di indonesia:

 Kerbau liar, Bubalus arnee 
 Harimau Bali dan Harimau Jawa, keduanya merupakan populasi Panthera tigris sondaica
 Lihat pula 
 Daftar reptilia di Indonesia

 Referensi 

Indonesia