Varian Alpha SARS-CoV-2

Varian Alpha SARS-CoV-2, juga dikenal sebagai garis keturunan B.1.1.7, 20I/501Y.V1, atau VOC-202012/01 (baca ), adalah sebuah varian dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan Covid-19. Varian ini termasuk varian yang dianggap penting dan diperkirakan 40%–80% lebih mudah menular daripada varian asalnya (baca ). Varian ini ditemukan pada bulan November 2020 dari sampel yang diambil pada September 2020 selama pandemi COVID-19 di Britania Raya; varian ini menyebar cepat pada pertengahan Desember dan dikorelasikan dengan pertambahan jumlah infeksi SARS-CoV-2 di negara tersebut. Varian ini juga tercatat memiliki mutasi yang lebih banyak daripada normalnya.

Per Januari 2021, lebih dari setengah pengurutan gen SARS-CoV-2 dilakukan di Britania Raya. Hal ini mempertanyakan tentang asal-usul varian dan kemungkinan varian penting lain yang tersebar di seluruh dunia.

Pada 2 Februari 2021, Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE) melaporkan bahwa mereka telah menemukan dalam jumlah terbatas genom B.1.1.7 VOC-202012/01 dengan mutasi E484K yang mereka sebut dengan Variant of Concern 202102/02 (VOC-202102/02). Salah satu mutasinya (N501Y) juga ada dalam varian Beta dan Gamma.

Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) melabeli varian ini sebagai varian Alpha bukan untuk menggantikan nama ilmiah, melainkan sebagai nama yang dipakai secara umum di ruang publik. WHO menganggapnya sebagai varian yang diwaspadai (variant of concern).

 Nama 
Varian ini dikenal dalam berbagai nama. Dalam laporan pemerintah Britania Raya dan media massa, ia disebut dengan UK COVID-19 variant, UK coronavirus variant, UK variant,Untuk daftar lengkap sumber berita yang memakai istilah-istilah ini, lihat UK Covid-19 variant, UK coronavirus variant, dan UK variant. atau (khususnya di luar Britania Raya) varian Britania Raya atau varian Inggris. Ia terkadang disebut varian Kent karena ditemukan pertama kali di Kent.

Dalam dunia ilmiah, varian ini diberi nama the first Variant Under Investigation in December 2020 (VUI – 202012/01) pada awalnya oleh Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE),  tetapi diklasifikasikan ulang menjadi Variant of Concern (Variant of Concern 202012/01, disingkat VOC-202012/01) oleh Meera Chand dan koleganya dalam laporan yang dipublikasikan oleh PHE pada 21 Desember 2020.  Dalam laporan yang ditulis oleh Andrew Rambaut dkk. yang mewakili Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19, dengan alat Pangolin, varian ini disebut Lineage B.1.1.7, sedangkan Nextstrain menyebutnya dengan 20I/501Y.V1.

Nama VOC-202102/02 merujuk pada varian dengan mutasi E484K (baca ).

 Penemuan 

Varian ini ditemukan pertama kali pada awal Desember 2020 dengan menganalisis data genom akibat laju infeksi di Kent yang tak kunjung turun walau sudah ada pembatasan skala nasional.

Pelacakan mundur dengan bukti genetik menunjukkan bahwa varian ini muncul pada September 2020 dan kemudian meluas pada tingkat sangat rendah dalam populasi sampai pertengahan November 2020. Peningkatan jumlah kasus mulai dikaitkan dengan varian ini pada akhir November 2020 ketika Kesehatan Masyarakat Inggris (PHE) menyidiki laju infeksi di Kent yang tak kunjung turun walau ada pembatasan skala nasional. PHE lalu menemukan suatu klaster yang terkait dengan varian ini menyebar cepat ke London dan Essex. 

Ada dugaan bahwa varian ini mungkin berasal dari pasien luluh imun sehingga virus punya waktu lama untuk memperbanyak diri dan berevolusi.

 Sifat 
 Gejala 
Imperial College London menyidiki lebih dari sejuta orang di Inggris ketika varian Alpha sedang dominan dan menemukan banyak gejala yang terkait dengan Covid-19. Menggigil, tidak nafsu makan, sakit kepala, dan nyeri otot jamak ditemui pada penderita.

 Transmisi 

Perkiraan kemampuan penularan varian ini beragam. Dalam sebuah pracetak, London School of Hygiene & Tropical Medicine melaporkan bahwa varian ini 56% (50%–74%) lebih mudah menular daripada varian lain di antara tiga wilayah di Inggris (Inggris Timur, Inggris Tenggara, dan London) pada Desember 2020,Dikutip dalam  sedangkan artikel yang telah ditelaah sejawat menyimpulkan bahwa varian ini 75% (70%–80%) lebih menular di Britania Raya antara Oktober dan November 2020.Dikutip dalam 

Salah satu perubahan penting pada varian ini adalah N501Y, yaitu perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501. Mutasi ini diyakini dapat meningkatkan kemampuan virus untuk mengikat sel manusia.

 Genetika 

+ (hanya yang mengubah asam amino) Gen Nukleotida Asam amino ORF1ab C3267T  T1001I C5388A  A1708D T6954C  I2230T 11288–11296 dihapus  SGF3675–3677hapus  Bulir 21765–21770 dihapus  HV69–70hapus 21991–21993 dihapus  Y144hapus A23063T  N501Y C23271A  A570D C23604A  P681H C23709T  T716I T24506G  S982A G24914C  D1118H ORF8 C27972T  Q27stop G28048T  R52I A28111G  Y73C N 28280 GAT→CTA  D3L C28977T  S235F Sumber: Chand dkk. (2020), tabel1, hlm.5 Catatan: N501Y berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.Untuk daftar simbol asam amino α yang dipakai dalam protein sesuai arahan RNA duta, lihat ini: 
Mutasi pada SARS-CoV-2 cukup sering: lebih dari empat ribu mutasi telah dideteksi hanya pada bulir proteinnya menurut Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19.

Varian ini terdiri dari 23 mutasi: 14 mutasi tak bersinonim, 3 mutasi hapus, dan 6 mutasi bersinonim, yaitu 17 mutasi yang mengubah protein dan 6 mutasi yang tidak berdampak.

 Efektivitas vaksin 
Per akhir 2020, beberapa vaksin Covid-19 sedang dikirim atau sedang dikembangkan.

Namun, seiring kemunculan mutasi, muncul keraguan tentang perlunya pengubahan vaksin. SARS-CoV-2 tidak bermutasi secepat virus influenza misalnya dan vaksin baru yang terbukti efektif pada akhir 2020 adalah jenis yang bisa disesuaikan jika perlu. Pada akhir 2020, otoritas kesehatan Jerman, Britania Raya, dan Amerika Serikat serta para pakar percaya bahwa vaksin yang ada akan efektif terhadap VOC-202012/01 (varian ini) seperti varian sebelumnya.

Per 20 Desember 2020, Kesehatan Masyarakat Inggris mengonfirmasi bahwa tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa varian baru ini akan tahan terhadap vaksin Pfizer–BioNTech yang sedang dipakai dalam vaksinasi Britania Raya dan masyarakat tersebut akan tetap terlindungi.

 Mutasi E484K 
Pada 2 Februari 2021, Kesehatan Masyarakat Inggris melaporkan bahwa mereka menemukan beberapa genom VOC-202012/01 dengan mutasi E484K yang juga muncul dalam varian Beta dan Gamma. Mutasi ini bisa mengurangi efektivitas vaksin.

 Statistik 

 Tabel 
Kasus menurut negara (Diperbarui per 14 Juli 2021) GISAIDNegaraKasus terkonfirmasiKasus Terakhir DilaporkanBritania Raya266.19527 Juni 2021Kanada226.246 6 Juli 2021AS21,18529 Juni 2021Jerman101.69728 Juni 2021Denmark59.85629 Juni 2021Swedia56,32521 Juni 2021Prancis32.20828 Juni 2021Belanda27.66025 Juni 2021Jepang27.404 1 Juli 2021Italia24.07530 Juni 2021Swiss21.69026 Juni 2021Spanyol19.36005 Juli 2021 Belgia20,35501 Juli 2021Polandia14.72321 Juni 2021Irlandia14.87523 Juni 2021Lituania9,20811 Juni 2021Israel8.01924 Juni 2021Norwegia8.05623 Juni 2021Slovenia7,93020 Juni 2021Finlandia5.86525 Mei 2021Yunani5.44007 Juni 2021Portugal4.96123 Juni 2021Slovakia4,20619 Juni 2021Luksemburg3,97525 Mei 2021Kroasia3.94111 Juni 2021Austria3,66620 Juni 2021Republik Ceko3.83124 Juni 2021India3.81201 Juni 2021Latvia3,14528 Mei 2021Estonia2,84208 Mei 2021Bulgaria2,88917 Mei 2021Meksiko1,47624 Juni 2021Thailand73620 Juni 2021Rumania64615 Juni 2021Filipina1.02730 Maret 2021Turki60625 Mei 2021Korea Selatan58908 Juni 2021Aruba54916 Juni 2021Brasil49601 Juni 2021Australia50004 Juli 2021Kenya45203 Juni 2021Kamboja34826 Juni 2021Sint Maarten33424 Juni 2021Rusia33112 Juni 2021Curacao31119 Mei 2021Sri Lanka32125 Juni 2021Ghana36724 April 2021 Makedonia Utara24922 April 2021Qatar25723 Mei 2021Singapura18917 Juni 2021Pakistan18028 Mei 2021Bonaire17415 Juni 2021Kazakhstan17427 April 2021Selandia Baru15014 Juni 2021Malta14811 Juni 2021Cile15512 Juni 2021Nigeria14319 Maret 2021Afrika Selatan16617 Juni 2021Gibraltar13108 Maret 2021Argentina12607 Mei 2021Ekuador14717 Juni 2021Cina11607 Juni 2021Kepulauan Canary11010 Maret 2021Maroko10122 April 2021Kosta Rika11524 Mei 2021Bangladesh9108 Juni 2021Kolombia8725 Mei 2021Yordania8104 Mei 2021Bosnia dan Herzegovina6621 Juni 2021Irak7009 Maret 2021Guadeloupe7008 Juni 2021Reuni6008 Juni 2021Angola5823 April 2021Gambia5325 Maret 2021Indonesia5628 Juni 2021Ukraina5218 Maret 2021Iran5208 Mei 2021Bahrain5114 Juni 2021Guyana Prancis4422 Mei 2021Guam3911 Mei 2021Gabon3505 Mei 2021Guinea Bissau3305 Februari 2021Taiwan3229 Mei 2021Djibouti6231 Maret 2021Hungaria2926 Februari 2021Albania2711 Maret 2021Palestina2709 April 2021Vietnam2606 Mei 2021Georgia2306 April 2021Serbia2311 Maret 2021Kuwait2505 Juni 2021Martinik2225 Mei 2021Togo2125 Februari 2021Uni Emirat Arab2129 Desember 2020Barbados2021 Mei 2021Islandia2005 Januari 2021Santo Lucia2029 April 2021Senegal2430 April 2021Uganda1715 Juni 2021Libanon1603 Mei 2021 Pantai Gading1509 Maret 2021Jamaika1512 Februari 2021Suriname1514 Mei 2021Armenia1418 Maret 2021Kamerun1417 April 2021Mesir1317 Mei 2021 Guinea12 -Malaysia1104 Juni 2021Nepal1102 Juni 2021Siprus1027 Januari 2021Wallis dan Futuna1019 April 2021Trinidad dan Tobago904 Mei 2021Republik Demokratik Kongo828 Maret 2021Republik Dominika814 April 2021Peru1507 April 2021Liechtenstein716 Mei 2021Montenegro721 Januari 2021Rwanda721 Mei 2021Antigua dan Barbuda506 Mei 2021Kepulauan Cayman515 Mei 2021Kepulauan Turks dan Caicos522 Maret 2021Dominika401 April 2021Paraguay408 April 2021Puerto Riko411 Juni 2021Azerbaijan307 Februari 2021Belarus324 Februari 2021Burkina Faso303 Februari 2021Etiopia304 Februari 2021Kosovo306 Januari 2021Malta310 Juni 2021Moldova303 Maret 2021Monako317 April 2021Republik Kongo405 Maret 2021Tunisia708 Maret 2021Anguila223 Maret 2021Bermuda205 Januari 2021Republik Afrika Tengah2Kepulauan Faroe204 Mei 2021Grenada208 April 2021Malawi208 Maret 2021Mayotte221 Mei 2021Montserrat205 Februari 2021Myanmar228 Mei 2021Somalia605 Maret 2021Zambia211 Februari 2021 Belize 120 Januari 2021Kepulauan Virgin Inggris 119 April 2021Guinea Khatulistiwa 109 Februari 2021 Guatemala 107 April 2021Haiti 119 Mei 2021Honduras 123 April 2021Mauritius 110 Januari 2021Mozambik 121 April 2021Kepulauan Mariana Utara 129 April 2021Oman3022 Desember 2020Arab Saudi 115 April 2021Niger 19 Januari 2021Libya 15 Juni 2021Sudan Selatan 13 April 2021Burundi 127 Mei 2021Dunia (160 negara)Jumlah: 1.208.985Total per 14 Juli 2021

 Penyebaran 

Kasus varian Alpha (B.1.1.7) mungkin lebih rendah di kebanyakan negara karena pengujian yang dipakai tidak membedakan varian ini dengan varian SARS-CoV-2 lainnya, terlebih lagi banyak infeksi SARS-CoV-2 yang tidak terdeteksi sama sekali. Pengurutan RNA diperlukan untuk mendeteksi varian ini.

Pada tanggal 2 Maret 2021, Indonesia melaporkan kasus pertamanya untuk varian ini. 

 Lihat pula 

 Varian SARS-CoV-2
 Varian Beta SARS-CoV-2
 Varian Gamma SARS-CoV-2
 Varian Delta SARS-CoV-2

 Catatan kaki 

 Referensi 

 Pranala luar 


  Kesehatan Masyarakat Inggris: Varian: Persebaran Britania Raya – ringkasan dari empat persebaran nasional
  Garis keturunan PANGO: Laporan Varian Baru - Laporan tentang persebaran global garis keturunan B.1.1.7
  Pangkalan data pengurutan GISAID - Pelacakan varian Covid-19

Kategori:Varian SARS-CoV-2