SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 atau Koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2 () adalah salah satu anggota koronavirus yang mengakibatkan infeksi pernapasan COVID-19. Virus ini pertama kali diidentifikasi di Kota Wuhan, Tiongkok dan menyebabkan wabah COVID-19. Virus ini juga dikenal sebagai koronavirus Wuhan dan virus pneumonia pasar makanan laut Wuhan (Wuhan seafood market pneumonia virus).

Genom virus ini telah diurutkan. Perbandingan urutan genetik antara virus ini dan sampel virus lain menunjukkan tingkat kesamaan dengan SARS-CoV sebesar 79,5% dan dengan koronavirus kelelawar sebesar 96%.http://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.22.914952v1.full.pdf Beberapa teori menyimpulkan bahwa virus ini berasal dari kelelawar.

 Penamaan 
Selama wabah yang sedang berlangsung, virus ini sering disebut secara umum sebagai "koronavirus", "koronavirus baru" dan "koronavirus Wuhan", sedangkan WHO merekomendasikan penamaan sementara "2019-nCoV" di tengah kekhawatiran bahwa tidak adanya nama resmi dapat menyebabkan penggunaan nama-nama informal yang merugikan, per pedoman WHO tahun 2015,World Health Organization Best Practices for the Naming of New Human Infectious Diseases. Organisasi Kesehatan Dunia. Mei 2015.

Kelompok Studi Koronavirus dari Komite Internasional Taksonomi Virus (ICTV) memberi nama virus ini koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2 (SARS-CoV-2) yang merupakan galur dalam spesies SARS-CoV. Penyakit yang disebabkan oleh virus ini diberi nama "penyakit koronavirus 2019" (Covid-19) oleh WHO.

 Penyakit 
 Epidemiologi 

Penyakit akibat infeksi SARS-CoV-2 pada manusia pertama kali terjadi pada akhir Desember 2019. Pendekatan jam molekuler menyatakan waktu infeksi yang serupa atau sedikit lebih awal. Wabah penyakit pertama kali terdeteksi di Kota Wuhan, Provinsi Hubei, Tiongkok pada pertengahan Desember 2019. Virus ini kemudian menyebar ke Thailand (Bangkok); Jepang (Tokyo); Korea Selatan (Seoul); provinsi lain di Tiongkok Daratan; Hong Kong; Taiwan (Taoyuan); dan kemudian ke dunia internasional. Korban jiwa berjumlah 1.669 orang yang sebagian besar berada di Wuhan dan sekitarnya, dengan 69.268 kasus per 15 Februari 2020.

Pada 30 Januari 2020, wabah akibat SARS-CoV-2 ditetapkan sebagai darurat kesehatan global oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO). WHO menciptakan istilah sementara "penyakit pernapasan akut 2019-nCoV" untuk menggambarkan penyakit yang disebabkan oleh virus tersebut.Novel Coronavirus(2019-nCoV) Situation Report-10, 30 Januari 2020. Organisasi Kesehatan Dunia. Diakses tanggal 31 Januari 2020

 Penularan 
Penularan dari manusia ke manusia dikonfirmasi di Provinsi Guangdong, Tiongkok. Beberapa laporan menyatakan bahwa virus telah bersifat infeksius bahkan ketika dalam masa inkubasi.

Para ilmuwan telah meneliti angka reproduksi dasar (R0) yang dimiliki virus ini. Dalam epidemiologi, angka ini menunjukkan jumlah infeksi baru yang diakibatkan oleh setiap orang yang terinfeksi. Salah satu penelitian menyatakan bahwa setiap orang yang terinfeksi menyebarkan virus ke antara 3 hingga 5 orang. Penelitian lain memperkirakan R0 sebesar 1,4 hingga 3,8. Selain itu, virus ini diketahui mampu menular dalam rantai infeksi sebanyak empat orang.

 Pengobatan 
Saat ini belum ada pengobatan khusus untuk SARS-CoV-2 sehingga perawatan difokuskan pada pengurangan gejala. Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit Tiongkok (CDC Tiongkok) sedang menguji prosedur perawatan pneumonia yang telah ada untuk diterapkan pada pneumonia akibat koronavirus.

Penggunaan obat antivirus yang ada sedang diteliti, termasuk protease inhibitor seperti indinavir, saquinavir, remdesivir, lopinavir/ritonavir dan interferon beta. Efektivitas antibodi monoklonal yang telah diidentifikasi juga sedang diselidiki.

Pada 2 Februari 2020, Thailand melaporkan pengobatan yang berhasil untuk satu pasien. Dr. Kriengsak Attipornwanich dari Rumah Sakit Rajavithi di Bangkok mengatakan saat konferensi pers Kementerian Kesehatan Thailand, seorang perempuan Tiongkok berusia 71 tahun dari Wuhan dinyatakan negatif koronavirus 48 jam setelah dokter memberikan obat anti-HIV lopinavir dan ritonavi dalam kombinasi dengan obat influenza oseltamivir.

 Virologi 
jmpl|kiri|Siklus penggandaan koronavirus.
 Reservoir 
Pada 22 Januari 2020, Journal of Medical Virology menerbitkan laporan analisis genom yang menjelaskan bahwa ular di wilayah Wuhan adalah "reservoir hewan liar yang paling mungkin" untuk virus ini, tetapi diperlukan lebih banyak penelitian. Rekombinasi homolog mungkin menyebabkan peristiwa ini. Beberapa ilmuwan percaya bahwa penyakit ini berasal dari Bungarus multicinctus, ular yang sangat berbisa yang dijual di pasar Wuhan. Berita di Nature mengkritik artikel Journal of Medical Virology dengan menyatakan bahwa ular sangat tidak mungkin menjadi reservoir, dan lebih cenderung pada mamalia. Banyak virolog juga sangat meragukan peranan ular sebagai inang perantara.

Selama 17 tahun penelitian tentang asal-usul epidemi SARS 2003, banyak koronavirus kelelawar yang menyerupai SARS (SARS-like) diisolasi dan diurutkan, kebanyakan dari mereka berasal dari genus Rhinolophus. Dengan genom yang cukup, rekonstruksi pohon filogenetik untuk mengetahui sejarah mutasi koronavirus dapat dilakukan.

Koronavirus baru ini (SARS-CoV-2) berada dalam kategori koronavirus yang menyerupai SARS. Dua urutan genom dari Rhinolophus sinicus dengan kemiripan 80% telah dipublikasikan pada tahun 2015 dan 2017.Sampel CoVZC45 and CoVZXC21, lihat visualisasi interaktif Sementara itu, artikel pracetak di jurnal bioRxiv yang ditulis oleh peneliti dari Institut Virologi Wuhan, Rumah Sakit Jinyintan Wuhan, Universitas Akademi Sains Tiongkok, dan CDC Provinsi Hubei menyatakan bahwa koronavirus ini kemungkinan berasal dari kelelawar, karena analisis mereka menunjukkan bahwa nCoV-2019 memiliki kemiripan 96% dengan koronavirus kelelawar yang diisolasi dari kelelawar Rhinolophus affinis. Sebagai perbandingan, jumlah mutasi ini mirip dengan jumlah mutasi yang diamati selama 10 tahun pada flu manusia H3N2.

Hewan yang dijual sebagai makanan dicurigai sebagai reservoir atau perantara virus karena banyak dari individu yang terinfeksi pertama kali adalah pekerja di Pasar Makanan Laut Huanan. Akibatnya, mereka terpapar kontak yang lebih besar dengan hewan.

 Filogenetik dan taksonomi 

Virus SARS-CoV-2 tergolong dalam genus Betacoronavirus (Beta-CoV) dalam keluarga Coronaviridae. Penyakit yang disebabkan Coronaviridae dapat berkisar dari pilek biasa hingga penyakit yang lebih parah seperti sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS) dan sindrom pernapasan akut berat (SARS). Koronavirus adalah keluarga virus yang luas. Namun, hanya enam virus (229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV, dan SARS-CoV) yang sebelumnya diketahui menginfeksi manusia; SARS-CoV-2 merupakan jenis ketujuh yang menginfeksi manusia.

Urutan genom betacoronavirus Wuhan menunjukkan kesamaan dengan betacoronavirus yang ditemukan pada kelelawar. Namun, virus ini secara genetik berbeda dari coronavirus lain seperti coronavirus terkait SARS dan MERS. Genus betacoronavirus terdiri atas empat garis keturunan (subgenus), SARS-CoV-2 bersama dengan SARS-CoV digolongkan dalam garis keturunan B (subgenus Sarbecovirus).Hui DS, I Azhar E, Madani TA, Ntoumi F, Kock R, Dar O, Ippolito G, Mchugh TD, Memish ZA, Drosten C, Zumla A, Petersen E. The continuing 2019-nCoV epidemic threat of novel coronaviruses to global health – The latest 2019 novel coronavirus outbreak in Wuhan, China. Int J Infect Dis. 2020 Jan 14;91:264–266.   Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau, Patrick C. Y. Woo: Global Epidemiology of Bat Coronaviruses, in: Viruses. 2019 Feb; 11(2): 174, doi:10.3390/v11020174

Sejumlah genom koronavirus baru ini telah diisolasi dan dilaporkan termasuk BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-04/2020, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-05/2019, BetaCoV/Wuhan/WIV04/2019, dan BetaCoV/Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019 dari CDC Tiongkok, Institut Biologi Patogen, dan Rumah Sakit Jinyintan Wuhan. Panjang urutan RNA yang dimilikinya sekitar 30 kbp. Model struktural komparatif dari protease koronavirus SARS-CoV-2 disediakan oleh Innophore GmbH, dengan beberapa percobaan obat melawan inhibitor protease virus telah dilakukan. Analisis filogenetik untuk sampel disediakan oleh Nextstrain.

 Struktur biologi 
jmpl|ka|Diagram pita Innophore Phyre2 dari Protease SARS-CoV-2, target prospektif untuk obat antivirus.
Publikasi genom memberi jalan pada beberapa pemodelan protein untuk protein pengikat reseptor (RBD), yaitu protein spike (S). Protein S diketahui mempertahankan afinitas yang cukup terhadap reseptor enzim pengubah angiotensin 2 (ACE2) dan menggunakannya untuk masuk ke dalam sel. Pada 22 Januari, dua kelompok yang berbeda (satu di Tiongkok yang bekerja dengan virus lengkap dan satu di AS yang bekerja dengan genetik balik) secara independen menunjukkan peranan ACE2 sebagai reseptor untuk SARS-CoV-2.

Untuk mencari protease inhibitor yang potensial, enzim endopeptidase C30 dari poliprotein rangka baca terbuka 1a (Orf1a) juga dimodelkan untuk percobaan docking obat. Innophore telah menghasilkan dua model komputasi berdasarkan protease SARS, dan Akademi Ilmu Pengetahuan Tiongkok telah menghasilkan struktur eksperimental rekombinan protease SARS-CoV-2 yang belum dipublikasikan 

 Pengembangan vaksin 
Pada bulan Januari 2020, beberapa organisasi dan lembaga mulai bekerja untuk membuat vaksin untuk koronavirus Wuhan berdasarkan genom yang dipublikasikan. Di Tiongkok, CDC Tiongkok sedang mengembangkan vaksin untuk virus SARS-CoV-2.

Tiga proyek vaksin sedang didukung oleh Koalisi Inovasi Kesiapsiagaan Epidemi (CEPI), termasuk satu proyek perusahaan bioteknologi Moderna dan proyek lainnya oleh Universitas Queensland Australia. Institut Kesehatan Nasional Amerika Serikat (NIH) bekerja sama dengan Moderna untuk membuat vaksin RNA yang cocok dengan protein permukaan (protein spike) koronavirus, yang diharapkan untuk memulai produksi pada Mei 2020. Di Australia, Universitas Queensland sedang menyelidiki potensi vaksin penjepit molekuler yang secara genetik akan memodifikasi protein virus untuk membuatnya meniru koronavirus dan merangsang reaksi kekebalan.

Dalam proyek independen, Agensi Kesehatan Masyarakat Kanada telah mengizinkan Organisasi Vaksin dan Penyakit Menular-Pusat Vaksin Internasional (VIDO-InterVac) di Universitas Saskatchewan untuk mulai mengembangkan vaksin. VIDO-InterVac menargetkan produksi vaksin dan pengujian terhadap hewan pada Maret 2020, dan pengujian terhadap manusia pada 2021.

Fakultas Kedokteran Imperial College di London memiliki dana untuk mengembangkan vaksin dan membawanya ke pengujian hewan, fase penelitian yang diharapkan akan selesai pada pertengahan Februari 2020.

 Referensi 

 Bacaan lebih lanjut 



 Pranala luar 

 Centre for Disease Control (CDC)

 Situs Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) seputar 2019-nCoV






 Buka repositori akses pracetak 
(Istilah pencarian yang disarankan: "2019-nCoV")




Kategori:Spesies virus
Kategori:Pandemi Covid-19