Pemodelan homologi

Pemodelan homologi digunakan untuk mengetahui struktur sekunder dari sekuen asam amino dengan cara membandingkan dengan sekuen yang telah diketahui strukturnya. Srinivas VR. 2005. Bioinformatics A Modern Approach. New Delhi: Prentice-Hall. Pemodelan homologi disebut juga dengan pemodelan komparatif yang dapat membentuk secara detail hingga struktur tiga dimensi. Reid RE. 2000. Peptide and Protein Drug Analysis. New York: Marcel Dekker.
Proses yang dilakukan pertama adalah pensejajaran antara sekuen protein yang belum diketahui dengan semua protein yang ada dalam bank data protein. Setelah dilakukan proses persejajaran dari sekuen asam amino, maka didapatkan beberapa kandidat protein yang dari dapat dijadikan acuan. Beberapa acuan tersebut dipilih yang memiliki resolusi terbaik yang nantinya akan dijadikan cetakan.
Algoritma pemodelan homologi telah dikembangkan untuk dua hal yaitu:
 Mengkonstruksi struktur yang sangat akurat untuk pengujian protein yang kuat antara sekuen dengan cetakan ( > 60%).
 Mengkonstruksi struktur yang masuk akal untuk pengujian protein yang lemah antara sekuen dengan cetakan ( < 40%).

 Referensi 

Kategori:Bioinformatika