John Knox

John Knox (; lahir  – 24 November 1572) adalah seorang pendeta, teolog, dan penulis Reformed asal Skotlandia yang juga merupakan seorang pemimpin Reformasi di negara tersebut. Ia adalah pendiri Gereja Skotlandia yang menjadi landasan bagi terbentuknya tradisi Presbiterian.

Lahir di Giffordgate, sebuah jalan di Haddington, Lothian Timur, Knox diyakini pernah menempuh pendidikan di Universitas St. Andrews dan bekerja sebagai imam dan notaris. Dipengaruhi oleh para reformator gereja awal seperti George Wishart, ia bergabung dengan gerakan untuk mereformasi gereja Skotlandia. Ia terjebak dalam peristiwa gerejawi dan politis yang melibatkan pembunuhan Kardinal David Beaton pada tahun 1546 dan intervensi wali penguasa Mary dari Guise. Ia ditawan oleh pasukan Prancis pada tahun berikutnya, kemudian diasingkan ke Inggris setelah dibebaskan pada tahun 1549.

Saat berada dalam pengasingan, Knox mendapat izin untuk bekerja di Gereja Inggris. Di sana ia terus mendapatkan kenaikan jabatan hingga akhirnya ia menjadi seorang pendeta istana bagi Raja Edward VI dari Inggris. Ia memberikan pengaruh reformasi pada teks Buku Doa Bersama. Di Inggris, ia bertemu dan menikahi istri pertamanya, Margery Bowes. Ketika Mary I menaiki takhta Inggris dan menegakkan kembali agama Katolik, Knox dipaksa mengundurkan diri dari posisinya dan meninggalkan negara tersebut. Knox pindah ke Jenewa dan kemudian ke Frankfurt. Di Jenewa, ia bertemu dengan John Calvin, yang memberinya pengalaman dan pengetahuan tentang teologi Reformed dan tata gereja Presbiterian. Ia menciptakan tatanan pelayanan yang baru, yang pada akhirnya diadopsi oleh gereja reformasi di Skotlandia. Ia meninggalkan Jenewa untuk memimpin gereja pengungsi Inggris di Frankfurt, tetapi ia dipaksa keluar karena terjadi perbedaan pendapat mengenai liturgi. Dengan demikian, hubungannya dengan Gereja Inggris berakhir. University of Edinburgh Heritage Collection menyimpan salinan dari liturgi Knox, yang diterjemahkan ke dalam bahasa Gaelik Skotlandia oleh John Carswell. Liturgi ini menjadi buku pertama yang dicetak dalam bahasa Gaelik apa pun.

Sekembalinya ke Skotlandia, Knox memimpin Reformasi Protestan di Skotlandia, bekerja sama dengan kaum bangsawan Protestan Skotlandia. Gerakan ini dapat dilihat sebagai sebuah revolusi karena berujung pada penggulingan Mary dari Guise, yang memerintah negara atas nama putrinya yang masih di bawah umur, Mary, Ratu Skotlandia. Knox membantu menulis pengakuan iman yang baru dan tatanan gerejawi untuk Gereja Reformed yang baru dibentuk, yaitu Kirk. Ia menulis karya lima jilidnya, Sejarah Reformasi Agama dalam Kerajaan Skotlandia, antara tahun 1559 dan 1566. Sepanjang pemerintahan Mary, Ia terus melayani sebagai pemimpin agama Protestan. Dalam beberapa pertemuan dengan sang Ratu, Knox menegurnya karena mendukung praktik-praktik Katolik. Setelah Ratu Mary dipenjara karena dugaan perannya dalam pembunuhan suaminya, Lord Darnley, dan Raja James VI dinobatkan sebagai penggantinya, Knox secara terbuka menyerukan agar Ratu Mary dieksekusi. Ia terus berkhotbah hingga hari-hari terakhirnya.

 Kehidupan Awal (1505–1546) 
John Knox lahir sekitar tahun 1505 hingga 1515,; . Hingga David Hay Fleming menerbitkan penelitian baru pada 1904, John Knox diperkirakan lahir pada tahun 1505. Kesimpulan Hay Fleming adalah bahwa Knox lahir antara tahun 1513 dan 1515. Sumber-sumber yang menggunakan tanggal ini termasuk  and . Ridley mencatat bahwa penelitian lebih lanjut mendukung tanggal yang lebih akhir yang sekarang diterima secara umum oleh sejarawan. Namun, beberapa buku terbaru tentang topik yang lebih umum masih memberikan tanggal yang lebih awal untuk kelahirannya atau kemungkinan yang luas; misalnya: Arthur. F. Kinney and David. W. Swain (eds.)(2000), Tudor England: an Encyclopedia, hlm. 412 (between 1505 and 1515); M. E. Wiesner-Hanks (2006), Early Modern Europe, 1450–1789, Cambridge University Press, hlm. 170 (1505?); and Michael. A. Mullet (1989), Calvin, Routledge, hlm. 64 (1505). di atau dekat Haddington, sebuah kota di Lothian Timur. Ayahnya, William Knox, adalah seorang pedagang. Yang diketahui tentang ibunya hanyalah bahwa nama gadisnya adalah Sinclair dan ia meninggal ketika John Knox masih kecil. Putra sulung mereka, William, meneruskan bisnis ayahnya. Hal ini membantu Knox dalam komunikasi internasionalnya.

Knox kemungkinan dididik di sebuah sekolah menengah di Haddington. Pada masa itu, menjadi imam adalah satu-satunya jalan bagi mereka yang memiliki bakat akademis, bukannya menjadi pedagang atau petani. Ia melanjutkan studi lebih lanjut di Universitas St Andrews atau mungkin di Universitas Glasgow. Ia belajar di bawah bimbingan John Major, salah satu sarjana terbesar pada masa itu.. Menurut MacGregor, ada seorang "John Knox" yang tercatat pernah mendaftar di Universitas Glasgow pada 1522. Namun, nama John Knox cukup umum pada zaman itu, dan pengidentifikasian mahasiswa Glasgow tersebut sebagai reformator di masa depan tidak dapat dilakukan dengan pasti. John Major diketahui pernah mengajar di Universitas Glasgow dan kemudian di Universitas St Andrews. Menggunakan tanggal lahir yang didapat dari perhitungan Hay Fleming, ia terlalu muda untuk bersekolah di Universitas Glasgow pada saat Major masih mengajar di sana. Waktu di mana Major mengajar di St Andrews adalah konsisten baik dengan Knox berada dalam usia universitas dan pernyataan oleh Theodore Beza bahwa Knox belajar dari Major di St Andrews. Knox ditahbiskan sebagai imam Katolik di Edinburgh pada Malam Paskah 1536 oleh William Chisholm, Uskup Dunblane.

Knox pertama kali muncul dalam catatan publik sebagai seorang imam dan notaris pada tahun 1540. Ia masih melayani dalam peran-peran tersebut hingga akhir tahun 1543 ketika ia menggambarkan dirinya sebagai "pelayan altar suci di keuskupan St. Andrews, notaris oleh otoritas apostolik" dalam sebuah akta notaris tertanggal 27 Maret. Alih-alih menjalankan tugas-tugas paroki di sebuah paroki, ia menjadi guru bagi dua putra Hugh Douglas dari Longniddry. Ia juga mengajar putra John Cockburn dari Ormiston. Kedua bangsawan ini telah memeluk ide-ide religius baru dari Reformasi.; 

 Menerima Reformasi Protestan (1546–1547) 
Knox tidak menyebutkan kapan atau bagaimana ia berpindah kepada keyakinan Protestan, tetapi mungkin pengaruh utama yang memengaruhi Knox adalah Patrick Hamilton dan George Wishart.;  Wishart adalah seorang reformator yang melarikan diri dari Skotlandia pada tahun 1538 untuk menghindari hukuman atas tuduhan bidat. Ia mula-mula pindah ke Inggris. Di sana, ia berkhotbah di Bristol menentang venerasi terhadap Bunda Maria. Ia dipaksa untuk membuat pengakuan dosa di hadapan umum dan patungnya dibakar di Gereja St Nicholas sebagai tanda penyucian dirinya. Ia kemudian berlindung di Jerman dan Swiss. Saat berada di Benua Eropa, ia menerjemahkan Pengakuan Iman Helvetik Pertama ke dalam bahasa Inggris.;  Ia kembali ke Skotlandia pada tahun 1544, tetapi ia tak beruntung sewaktu pulang. Pada bulan Desember 1543, James Hamilton, Adipati Châtellerault, wali penguasa yang ditunjuk untuk Mary, Ratu Skotlandia yang masih bayi, telah memutuskan dengan Ibu Suri, Mary dari Guise, dan Kardinal David Beaton untuk menganiaya sekte Protestan yang telah mengakar di Skotlandia.;  Wishart berkeliling Skotlandia berkhotbah untuk mendukung Reformasi, dan ketika ia tiba di Lothian Timur, Knox menjadi salah satu rekan terdekatnya. Knox bertindak sebagai pengawalnya, dengan membawa pedang-dua-tangan untuk melindunginya.; ;  Pada bulan Desember 1545, Wishart ditangkap oleh Earl dari Bothwell atas perintah Kardinal Beaton dan dibawa ke Kastel St Andrews. Knox hadir pada malam penangkapan Wishart dan bersiap untuk mengikutinya ke dalam tahanan, tetapi Wishart membujuknya agar tidak melakukan hal ini dengan mengatakan, "Tidak, kembalilah kepada anak-anakmu dan Tuhan memberkatimu. Satu saja sudah cukup untuk sebuah pengorbanan." Wishart kemudian dituntut oleh Penuntut Umum Bidat yang ditunjuk Beaton, Diakon Agung John Lauder. Pada tanggal 1 Maret 1546, Wishart dibakar di tiang pancang di hadapan Beaton.

Knox berhasil menghindari penangkapan oleh Lord Bothwell melalui saran Wishart untuk kembali menjadi tutor. Ia berlindung bersama Douglas di Longniddry.;  Beberapa bulan kemudian, ia masih bertanggung jawab atas murid-muridnya, putra-putra Douglas dan Cockburn, yang kelelahan berpindah-pindah tempat karena dikejar-kejar. Ia sempat mempertimbangkan untuk melarikan diri ke Jerman dan membawa murid-muridnya. Kala Knox masih buron, Beaton dibunuh pada tanggal 29 Mei 1546 di dalam kediamannya, Kastel St Andrews, oleh sekelompok yang terdiri dari lima orang sebagai balas dendam atas eksekusi Wishart. Para pembunuh itu merebut kastel dan akhirnya keluarga dan teman-teman mereka berlindung bersama mereka di kastel tersebut, sekitar seratus lima puluh orang secara keseluruhan. Di antara teman-teman mereka adalah Henry Balnaves, seorang mantan sekretaris negara di pemerintahan, yang bernegosiasi dengan Inggris untuk mendapatkan dukungan keuangan bagi para pemberontak.;  Douglas dan Cockburn menyarankan kepada Knox untuk membawa putra-putra mereka ke kastel yang relatif aman untuk melanjutkan pengajaran doktrin reformasi, dan Knox tiba di kastel tersebut pada tanggal 10 April 1547.; ; 

Kuasa Knox sebagai pengkhotbah menarik perhatian pendeta di garnisun, John Rough. Ketika Rough berkhotbah di gereja paroki tentang prinsip Protestan mengenai pemilihan pendeta yang dipilih secara populer, ia mengusulkan Knox kepada jemaat untuk jabatan tersebut. Knox tidak menyukai ide itu. Menurut penuturannya sendiri, ia menangis dan melarikan diri ke kamarnya. Namun, dalam waktu seminggu, ia memberikan khotbah pertamanya kepada sebuah jemaat yang juga dihadiri oleh guru lamanya, John Major. Ia menguraikan Kitab Daniel pasal ketujuh, menyandingkan Paus dengan Antikristus. Khotbahnya ditandai dengan perhatiannya pada Alkitab sebagai satu-satunya otoritasnya dan doktrin pembenaran hanya oleh iman, dua elemen yang akan tetap ada di dalam pemikirannya sepanjang sisa hidupnya. Beberapa hari kemudian, sebuah perdebatan terjadi yang memungkinkannya untuk meletakkan tesis-tesis tambahan termasuk penolakan terhadap misa, api penyucian, dan doa-doa untuk orang mati.; 

 Ditawan di kapal-kapal galai Prancis (1547–1549) 
Kependetaan John Knox atas garnisun kastel tidak berlangsung lama. Meskipun Hamilton bersedia bernegosiasi dengan Inggris untuk menghentikan dukungan mereka kepada para pemberontak dan mengembalikan kastel di bawah kendalinya, Mary dari Guise memutuskan bahwa kastel itu hanya dapat direbut dengan paksa dan meminta raja Prancis, Henri II untuk turun tangan. Pada tanggal 29 Juni 1547, 21 kapal Prancis mendekati St Andrews di bawah komando Leone Strozzi, prior dari Capua. Prancis mengepung kastel dan memaksa penyerahan garnisun pada tanggal 31 Juli. Para bangsawan Protestan dan yang lainnya, termasuk Knox, ditawan dan dipaksa mendayung di kapal-kapal galai Prancis.;  Para budak di kapal dirantai pada bangku dan mendayung sepanjang hari tanpa mengubah posisi tubuh mereka, sementara seorang perwira mengawasi mereka dengan cambuk di tangan. Mereka berlayar ke Prancis dan menyusuri Sungai Seine menuju Rouen. Para bangsawan, beberapa di antaranya yang akan memiliki dampak dalam kehidupan Knox seperti William Kirkcaldy dan Henry Balnaves, dikirim ke berbagai penjara kastel di Prancis.;  Knox dan para budak kapal lainnya melanjutkan perjalanan ke Nantes dan tinggal di Loire sepanjang musim dingin. Mereka diancam akan disiksa jika mereka tidak memberikan tanda-tanda penghormatan yang tepat ketika misa dilakukan di atas kapal. Knox menceritakan sebuah insiden ketika salah satu tawanan—mungkin dirinya sendiri, karena Knox biasa menceritakan anekdot pribadinya sebagai orang ketiga—diwajibkan untuk melakukan devosi kepada gambar Bunda Maria. Tawanan itu diminta untuk memberikan ciuman penghormatan. Ia menolak, dan ketika gambar itu disodorkan ke wajahnya, tawanan itu merebut gambar itu dan melemparkannya ke laut, sambil berkata, "Biarlah Bunda kita sekarang menyelamatkan dirinya sendiri: ia cukup ringan, biarlah ia belajar berenang." Setelah itu, menurut Knox, para tawanan Skotlandia tidak lagi dipaksa melakukan devosi semacam itu.

Pada musim panas 1548, kapal-kapal tersebut kembali ke Skotlandia untuk mengintai kapal-kapal Inggris. Kesehatan Knox sekarang berada pada titik terendah karena parahnya penahanannya. Ia menderita demam dan orang lain di kapal takut ia akan kehilangan nyawanya. Bahkan dalam kondisi seperti ini, Knox bercerita, pikirannya tetap tajam dan ia menghibur rekan-rekannya sesama tawanan dengan harapan akan dibebaskan. Ketika kapal-kapal itu berada di lepas pantai antara St Andrews dan Dundee, puncak menara gereja paroki tempat ia pernah berkhotbah terlihat. James Balfour, seorang rekan sesama tawanan, bertanya kepada Knox apakah ia mengenali bangunan tersebut. Ia menjawab bahwa ia mengenalnya dengan baik dan mengatakan bahwa itu adalah menara tempat ia pertama kali berkhotbah, serta menyatakan bahwa dirinya tidak akan mati sebelum berkhotbah di sana lagi.

Pada bulan Februari 1549, setelah menghabiskan keseluruhan 19 bulan di penjara kapal, Knox dibebaskan. Tidak diketahui secara pasti bagaimana ia memperoleh kebebasannya.; . Reid mengusulkan bahwa beberapa teman Knox mungkin meminta banding kepada Raja Prancis. Ridley menduga bahwa kesehatan Knox sangat buruk sehingga ia tidak berguna bagi kapal-kapal galai itu. Teori-teori lain termasuk  yang mengklaim bahwa Somerset mengatur untuk pembebasannya dan surat pas jalan dalam perjalanan menuju London. Teori lain dari  mengusulkan bahwa Somerset melakukan pertukaran tawanan termasuk Knox untuk mendapatkan kembali ahli militer Inggris yang ditangkap di St Andrews. Di kemudian hari, Henry II mengatur dengan Edward VI dari Inggris untuk membebaskan semua tawanan Kastilia yang tersisa.Jordan, W. K., The Chronicle and Political Papers of Edward VI, London (1966), hlm. 38, Edward VI menuliskan para tawanan yang sebelumnya dilepaskan demi dirinya: CSP Scotland, vol. 1 (1898), hlm. 175 no. 347, Instructions for Holcroft, Harington & Leke, 19 May 1549, mengusulkan pertukaran semua tawanan Kastilia yang tersisa.

 Pengasingan di Inggris (1549–1554) 
Setelah dibebaskan, Knox mengungsi ke Inggris. Reformasi di Inggris merupakan gerakan yang tidak terlalu radikal dibandingkan dengan gerakan reformasi di benua Eropa, tetapi ada perselisihan yang jelas dengan Roma. Uskup Agung Canterbury, Thomas Cranmer, dan wali penguasa bagi Raja Edward VI, yaitu Edward Seymour, Adipati Somerset, jelas-jelas berpemikiran Protestan. Namun, masih banyak pekerjaan yang harus dilakukan untuk membawa ide-ide reformasi kepada para pendeta dan masyarakat.;  Pada tanggal 7 April 1549, Knox diberi izin untuk bekerja di Gereja Inggris. Ia menjalankan tugas pertamanya di Berwick-upon-Tweed. Ia diwajibkan untuk menggunakan Buku Doa Bersama yang baru saja diterbitkan pada tahun 1549, yang mempertahankan struktur Ritus Sarum sambil menyesuaikan isinya dengan doktrin Gereja Inggris yang telah direformasi. Akan tetapi, Knox memodifikasi penggunaannya agar sesuai dengan penekanan doktrin para reformator kontinental. Di mimbar, ia mengkhotbahkan doktrin-doktrin Protestan dengan pengaruh yang besar seiring dengan pertumbuhan jemaatnya.; ; 


Di Inggris, Knox bertemu dengan istrinya, Margery Bowes (meninggal sekitar tahun 1560). Ayahnya, Richard Bowes (meninggal 1558), adalah keturunan dari keluarga tua dari Durham dan ibunya, Elizabeth Aske, adalah seorang pewaris di keluarga dari Yorkshire, yaitu keluarga Askes dari Richmondshire. Elizabeth mungkin bertemu dengan Knox saat ia dipekerjakan di Berwick. Beberapa surat mengungkapkan persahabatan yang erat di antara mereka.;  Tidak dicatat kapan Knox menikahi Margery Bowes.; . Reid memerhatikan bahwa surat-surat Knox kepada Elizabeth berubah pada bulan Januari 1553 saat ia mulai memanggil Elizabeth sebagai ibunya daripada sebagai saudarinya. Ia berspekulasi bahwa Knox bertunangan dengan Margery pada bulan itu. Knox berusaha untuk mendapatkan persetujuan dari keluarga Bowes, tetapi ayahnya dan saudara laki-lakinya Robert Bowes menentang pernikahan tersebut.; 

Menjelang akhir tahun 1550, Knox ditunjuk sebagai pengkhotbah di Gereja St Nicholas di Newcastle upon Tyne. Tahun berikutnya ia diangkat sebagai salah satu dari enam pendeta kerajaan yang melayani raja. Pada tanggal 16 Oktober 1551, John Dudley, Adipati ke-1 Northumberland, menggulingkan Adipati Somerset untuk menjadi wali yang baru bagi Raja yang masih muda. Knox mengutuk kudeta tersebut dalam sebuah khotbah di Hari Raya Semua Orang Kudus. Ketika Dudley mengunjungi Newcastle dan mendengarkan khotbahnya pada bulan Juni 1552, ia memiliki perasaan yang campur aduk tentang pengkhotbah yang berapi-api ini, tetapi ia melihat Knox sebagai aset potensial. Knox diminta datang ke London untuk berkhotbah di hadapan para penasihat raja. Dalam khotbah pertamanya, ia mengusulkan sebuah perubahan pada Buku Doa Bersama tahun 1552. Liturgi tersebut mengharuskan para jemaat untuk berlutut selama komuni. Knox dan para pendeta lainnya menganggap hal ini sebagai penyembahan berhala. Hal ini memicu perdebatan dan Uskup Agung Cranmer dipanggil untuk membela praktik tersebut. Hasil akhirnya adalah sebuah kompromi yang membuat Rubrik Hitam, yang menyatakan bahwa tidak ada penyembahan yang dimaksudkan saat berlutut, dimasukkan dalam edisi kedua.; 

Segera setelah itu, Dudley, yang melihat Knox sebagai alat politik yang berguna, menawarinya keuskupan Rochester. Knox menolaknya, dan ia kembali ke Newcastle.;  Pada tanggal 2 Februari 1553, Cranmer diperintahkan untuk mengangkat Knox sebagai vikaris di All Hallows, Bread Street, di London, yang menempatkannya di bawah otoritas Uskup London, Nicholas Ridley. Knox kembali ke London untuk menyampaikan khotbah di hadapan Raja dan para penasihatnya selama masa Prapaskah dan ia kembali menolak untuk menerima jabatan tersebut. Knox kemudian diminta untuk berkhotbah di Buckinghamshire dan ia menetap di sana sampai kematian Raja Edward pada 6 Juli.;  Pengganti Edward, Mary Tudor, menegakkan kembali agama Katolik Roma di Inggris dan memulihkan misa di semua gereja. Dengan negara yang tidak lagi aman bagi para pengkhotbah Protestan, Knox berangkat ke benua Eropa pada bulan Januari 1554 atas nasihat teman-temannya. Menjelang pelariannya, ia menuliskan:

Kadang-kadang aku berpikir bahwa mustahil, jika aku menghilangkan rasa cintaku dari wilayah Skotlandia, bahwa aku bisa sama sayangnya kepada wilayah atau bangsa mana pun. Namun, Tuhan, aku mencatat dalam hati nuraniku, bahwa masalah yang terjadi (dan tampaknya terjadi) di kerajaan Inggris dua kali lipat lebih menyedihkan bagi hatiku daripada masalah di Skotlandia.; 

 Dari Jenewa ke Frankfurt dan Skotlandia (1554–1556) 
ka|jmpl|Patung John Knox di monumen Tembok Reformasi di Jenewa
Knox mendarat di Dieppe, Prancis, dan melanjutkan perjalanan ke Jenewa. Di sana, John Calvin telah membangun otoritasnya. Ketika Knox tiba, Calvin berada dalam posisi yang sulit. Ia baru saja mengawasi Compagnie des Pasteurs, yang mendakwa tuduhan bidat terhadap seorang sarjana, Michael Servetus, meskipun Calvin sendiri tidak dapat memberikan suara untuk mendukung atau menentang hukuman perdata terhadap Servetus. Knox mengajukan empat pertanyaan politik yang sulit kepada Calvin: apakah seorang anak di bawah umur dapat memerintah berdasarkan hak ilahi, apakah seorang perempuan dapat memerintah dan mengalihkan kedaulatan kepada suaminya, apakah orang-orang harus menaati para penguasa yang tidak saleh atau penyembah berhala, dan pihak mana yang harus diikuti oleh orang-orang saleh jika mereka menentang penguasa yang menyembah berhala. Calvin memberikan jawaban yang berhati-hati dan mengarahkannya kepada seorang reformator Swiss, Heinrich Bullinger, di Zürich. Tanggapan Bullinger juga sama-sama berhati-hati, tetapi Knox telah mengambil keputusan. Pada tanggal 20 Juli 1554, ia menerbitkan sebuah pamflet yang menyerang Mary Tudor dan para uskup yang telah mengangkatnya ke takhta.; . Judul pamflet tersebut adalah "A Faithful Admonition unto the Professors of God's Truth in England" (Peringatan Setia kepada Para Penganut Kebenaran Allah di Inggris) Ia juga menyerang Kaisar Romawi Suci, Karl V, dan menyebutnya "musuh Kristus yang tidak kalah besarnya dengan Nero".

Dalam sebuah surat tertanggal 24 September 1554, Knox menerima undangan dari jemaat orang-orang Inggris dalam pengasingan di Frankfurt untuk menjadi salah satu pendeta mereka. Ia menerima undangan tersebut dengan restu dari Calvin. Namun, tidak lama setelah ia tiba, ia mendapati dirinya berada dalam sebuah konflik. Kelompok pengungsi pertama yang tiba di Frankfurt telah mengikuti liturgi yang telah direformasi dan menggunakan versi modifikasi dari Buku Doa Bersama. Akan tetapi, para pengungsi yang baru saja tiba, termasuk Edmund Grindal, yang kelak menjadi Uskup Agung Canterbury, lebih menyukai penerapan yang lebih ketat dari buku tersebut. Ketika Knox dan seorang kolega pendukungnya, William Whittingham, menulis surat kepada Calvin untuk meminta nasihat, mereka diberitahu untuk menghindari perselisihan. Oleh karena itu, Knox menyetujui tata ibadah sementara berdasarkan kompromi antara kedua belah pihak. Keseimbangan yang rapuh ini terganggu ketika sekelompok pengungsi baru tiba, termasuk Richard Cox, salah satu penulis utama Buku Doa Bersama. Cox melaporkan pamflet Knox yang menyerang kaisar kepada pihak berwenang Frankfurt, yang kemudian menyarankan agar Knox pergi. Kepergiannya dari Frankfurt pada tanggal 26 Maret 1555 menandai perpisahan terakhirnya dengan Gereja Inggris.; 

Sekembalinya ke Jenewa, Knox dipilih menjadi pendeta di sebuah tempat ibadah baru yang diajukan oleh Calvin. Dengan demikian, ia memberikan pengaruh terhadap orang-orang Protestan Prancis, baik yang diasingkan di Jenewa maupun di Prancis. Sementara itu, Elizabeth Bowes menulis surat kepada Knox, memintanya untuk kembali kepada Margery di Skotlandia, yang ia lakukan pada akhir Agustus.Menurut , Elizabeth memberi tahu Knox bahwa suaminya, Richard, telah meninggal. Namun, menurut , Richard tidak meninggal sampai tahun 1558 dan Elizabeth meninggalkan suaminya untuk pergi bersama Margery dan Knox. Meskipun pada awalnya meragukan keadaan Reformasi di Skotlandia, Knox mendapati bahwa negara itu telah berubah secara signifikan sejak ia diangkut dalam kapal galai pada tahun 1547. Ketika ia berkeliling ke berbagai wilayah Skotlandia untuk mengkhotbahkan doktrin dan liturgi Reformasi, ia disambut oleh banyak kaum bangsawan termasuk dua calon wali penguasa Skotlandia, Earl dari Moray dan Earl dari Mar.

Meskipun wali penguasa Ratu, Mary dari Guise, tidak melakukan tindakan apa pun terhadap Knox, aktivitasnya menimbulkan kekhawatiran di kalangan otoritas gereja. Para uskup Skotlandia memandangnya sebagai ancaman terhadap otoritas mereka dan memanggilnya untuk hadir di Edinburgh pada tanggal 15 Mei 1556. Ia didampingi oleh begitu banyak orang berpengaruh sehingga para uskup memutuskan untuk membatalkan sidang tersebut. Knox kini bebas berkhotbah secara terbuka di Edinburgh. William Keith, Earl Marischal, terkesan dan mendesak Knox untuk menulis surat kepada wali penguasa Ratu. Surat Knox yang luar biasa penuh hormat mendesaknya untuk mendukung Reformasi dan menggulingkan hierarki gereja. Ratu Mary menganggap surat itu sebagai lelucon dan mengabaikannya.

 Kembali ke Jenewa (1556–1559) 
ka|jmpl|Auditoire de Calvin tempat Knox berkhotbah selama berada di Jenewa, 1556–1558
Segera setelah Knox mengirimkan surat kepada wali penguasa Ratu, ia tiba-tiba mengumumkan bahwa ia merasa bahwa adalah tanggung jawabnya untuk kembali ke Jenewa. Pada tahun sebelumnya, tepatnya pada tanggal 1 November 1555, jemaat di Jenewa telah memilih Knox sebagai pendeta mereka dan ia memutuskan untuk menduduki jabatan tersebut. Ia menulis sebuah surat nasihat terakhir kepada para pendukungnya dan meninggalkan Skotlandia bersama istri dan ibu mertuanya. Ia tiba di Jenewa pada tanggal 13 September 1556.

Selama dua tahun berikutnya, ia menjalani kehidupan yang bahagia di Jenewa. Ia merekomendasikan Jenewa kepada teman-temannya di Inggris sebagai tempat suaka terbaik bagi umat Protestan. Dalam sebuah surat ia menulis:Aku tidak takut atau malu untuk mengatakan, inilah sekolah Kristus yang paling sempurna yang pernah ada di bumi sejak zaman para rasul. Di tempat-tempat lain kuakui Kristus benar-benar diberitakan; tetapi perilaku dan agama yang begitu tulus direformasi, belum pernah kulihat di tempat lain...Knox menyibukkan diri di Jenewa. Ia berkhotbah tiga kali seminggu, masing-masing berlangsung selama lebih dari dua jam. Kebaktian-kebaktian tersebut menggunakan liturgi yang dikembangkan oleh Knox dan para pendeta lainnya dari Formes des Prières Ecclésiastiques karya Calvin., Vol. 4; Sebuah cetakan ulang dari tata cara kebaktian, "Bentuk-bentuk Doa dalam Pelayanan Sakramen-sakramen yang digunakan dalam Jemaat Inggris di Jenewa" (1556), disertakan di dalam buku Laing. Menurut Laing, tata ibadah ini dengan beberapa tambahan akhirnya menjadi Buku Tata Ibadah Umum dari Kirk pada tahun 1565. Gereja tempat ia berkhotbah, Église de Notre Dame la Neuve—sekarang dikenal sebagai Auditoire de Calvin—telah diberikan oleh pemerintah kota, atas permintaan Calvin, untuk digunakan oleh jemaat Inggris dan Italia. Kedua putra Knox, Nathaniel dan Eleazar, lahir di Jenewa, dengan Whittingham dan Myles Coverdale sebagai bapa baptisnya., Vol. 1

Pada musim panas 1558, Knox menerbitkan pamfletnya yang paling terkenal, Tiupan sangkakala pertama melawan rezim wanita yang tidak wajar (The first blast of the trumpet against the monstruous regiment of women). Dalam menyebut "regiment" atau pemerintahan wanita "monstruous", ia bermaksud bahwa hal itu "tidak wajar". Knox menyatakan bahwa tujuannya adalah untuk menunjukkan "betapa keji di hadapan Allah adalah kerajaan atau pemerintahan seorang wanita yang jahat, ya, seorang pengkhianat dan anak gampang." Para penguasa wanita yang ada di benak Knox adalah Ratu Mary I dari Inggris dan Mary dari Guise, Janda Ratu Skotlandia dan wali penguasa atas nama putrinya, Mary, Ratu Skotlandia. Pandangan alkitabiah ini bukanlah hal yang aneh pada zaman Knox. Namun, bahkan ia sadar bahwa pamflet tersebut sangat menghasut. Oleh karena itu, ia menerbitkannya secara anonim dan tidak memberi tahu Calvin, yang menyangkal bahwa ia telah menulis pamflet tersebut hingga setahun setelah penerbitannya, bahwa ia telah menulisnya. Di Inggris, pamflet tersebut secara resmi dikecam melalui pernyataan kerajaan. Dampak dari dokumen tersebut menjadi rumit pada tahun itu ketika Elizabeth Tudor menjadi Ratu Inggris. Meskipun Knox tidak menargetkan Elizabeth, Knox telah sangat menyinggung perasaannya, dan ia tidak pernah memaafkan Knox.

Dengan berkuasanya seorang Protestan, para pengungsi Inggris di Jenewa bersiap untuk kembali ke negara asalnya. Knox sendiri memutuskan untuk kembali ke Skotlandia. Sebelum keberangkatannya, berbagai penghargaan dianugerahkan kepadanya, termasuk dijadikan warga kehormatan di kota Jenewa. Knox berangkat pada bulan Januari 1559, tetapi ia tidak tiba di Skotlandia hingga 2 Mei 1559, karena penolakan Elizabeth untuk mengeluarkan paspor baginya melalui Inggris.

 Revolusi dan akhir dari perwalian (1559–1560) 
jmpl|Khotbah Knox di hadapan Lords of the Congregation (di Gereja Paroki St Andrews, 10 Juni 1559) oleh David Wilkie
Dua hari setelah Knox tiba di Edinburgh, ia melanjutkan perjalanan ke Dundee di tempat sejumlah besar simpatisan Protestan berkumpul. Knox dinyatakan sebagai buronan, dan wali penguasa Ratu memanggil orang-orang Protestan ke Stirling. Khawatir akan kemungkinan pengadilan singkat dan eksekusi, kaum Protestan melanjutkan perjalanan ke Perth, sebuah kota bertembok yang dapat dipertahankan jika terjadi pengepungan. Di gereja St Yohanes Pembaptis, Knox menyampaikan khotbah yang berapi-api dan sebuah insiden kecil memicu kerusuhan. Massa berdatangan ke dalam gereja, dan gereja itu pun segera hancur. Massa kemudian menyerang dua biara (Blackfriars dan Greyfriars) di kota tersebut, menjarah emas dan perak serta menghancurkan patung-patung mereka. Mary dari Guise mengumpulkan para bangsawan yang setia kepadanya dan sebuah pasukan kecil Prancis. Ia mengirim Earl dari Argyll dan Lord Moray untuk mengajukan persyaratan dan menghindari perang. Ia berjanji tidak akan mengirim pasukan Prancis ke Perth jika kaum Protestan meninggalkan kota tersebut. Kaum Protestan setuju, tetapi ketika wali penguasa Ratu memasuki Perth, ia mengisi kota itu dengan tentara Skotlandia yang digaji oleh Prancis. Hal ini dianggap sebagai pengkhianatan oleh Lord Argyll dan Lord Moray, yang kemudian berpindah haluan dan bergabung dengan Knox, yang kini bermarkas di St Andrews. Kepulangan Knox ke St Andrews menggenapkan nubuatnya yang dibuat di kapal galai bahwa suatu hari nanti ia akan berkhotbah lagi di gerejanya. Ketika ia berkhotbah, pengaruhnya sama seperti di Perth. Orang-orang terlibat dalam vandalisme dan penjarahan. Pada bulan Juni 1559, massa Protestan yang dihasut oleh khotbah John Knox menyerbu katedral; bagian dalam bangunan dihancurkan. Katedral ini mengalami kemunduran setelah serangan tersebut dan menjadi sumber bahan bangunan bagi kota. Pada tahun 1561, katedral ini ditinggalkan dan dibiarkan runtuh.
kiri|jmpl|Gereja Santo Yohanes, Perth pada zaman modern
Dengan bala bantuan Protestan yang tiba dari daerah-daerah sekitar, wali penguasa Ratu mundur ke Dunbar. Pada saat itu, kemarahan massa telah meluas ke seluruh Skotlandia bagian tengah. Pasukan Ratu sendiri berada di ambang pemberontakan. Pada tanggal 30 Juni, para bangsawan Protestan yang dikenal sebagai Lords of the Congregation (Para Lord dari Kongregasi) menduduki Edinburgh, meskipun mereka hanya dapat bertahan selama sebulan. Tetapi bahkan sebelum kedatangan mereka, massa telah menghancurkan gereja-gereja dan biara-biara. Pada tanggal 1 Juli, Knox berkhotbah dari mimbar Gereja St Giles, yang paling berpengaruh di ibu kota. Lords of the Congregation menegosiasikan penarikan diri mereka dari Edinburgh melalui Pasal-Pasal Leith yang ditandatangani pada tanggal 25 Juli 1559, dan Mary dari Guise menjanjikan kebebasan hati nurani.Calendar State Papers Scotland, vol. 1 (1898), 231–232, no. 500: Knox, John, History of the Reformation, bk.2; Laing, David, ed., The Works of John Knox, vol. 1, (1846), 374–381.

Knox tahu bahwa wali penguasa Ratu akan meminta bantuan dari Prancis, sehingga ia bernegosiasi melalui surat menggunakan nama samaran John Sinclair dengan William Cecil, penasihat utama Elizabeth, untuk mendapatkan dukungan dari Inggris. Knox berlayar secara diam-diam ke Lindisfarne, di lepas pantai timur laut Inggris pada akhir Juli, untuk menemui James Croft dan Sir Henry Percy di Berwick-upon-Tweed. Knox tidak berhati-hati dan berita tentang misinya segera sampai ke Mary dari Guise. Ia kembali ke Edinburgh dan memberi tahu Croft bahwa ia harus kembali kepada kawanannya, dan menyarankan agar Henry Balnaves pergi kepada Cecil.Calendar State Papers Scotland, vol.1 (1898), hlm. 235–239.

Ketika pasukan Prancis tambahan tiba di Leith, pelabuhan Edinburgh, kaum Protestan merespons dengan merebut kembali Edinburgh. Kali ini, pada tanggal 24 Oktober 1559, kaum bangsawan Skotlandia secara resmi menggulingkan Mary dari Guise dari perwalian tersebut. Sekretarisnya, William Maitland dari Lethington, membelot ke pihak Protestan dengan membawa keahlian administrasinya. Sejak saat itu, Maitland mengambil alih tugas-tugas politik, membebaskan Knox untuk berperan sebagai pemimpin agama. Untuk tahap akhir revolusi, Maitland menyerukan patriotisme Skotlandia untuk melawan dominasi Prancis. Setelah Perjanjian Berwick, dukungan dari Inggris akhirnya tiba dan pada akhir Maret, sejumlah besar pasukan Inggris bergabung dengan pasukan Protestan Skotlandia. Kematian Mary dari Guise yang tiba-tiba di Kastel Edinburgh pada 10 Juni 1560 membuka jalan untuk berakhirnya perseteruan, penandatanganan Perjanjian Edinburgh, dan penarikan pasukan Prancis dan Inggris dari Skotlandia. Pada tanggal 19 Juli, Knox mengadakan Kebaktian Syukur Nasional di St Giles.

 Reformasi di Skotlandia (1560–1561) 
jmpl|Sebuah studi untuk John Knox Membagikan Sakramen di Rumah Calder oleh David Wilkie. Karya ini dimaksudkan sebagai pendamping  Khotbah Knox di hadapan Lords of the Congregation karya Wilkie di atas.
Pada tanggal 1 Agustus, Parlemen Skotlandia mengadakan pertemuan untuk menyelesaikan isu-isu keagamaan. Knox dan lima pendeta lainnya, yang semuanya bernama John, diminta untuk menyusun sebuah pengakuan iman yang baru. Dalam waktu empat hari, Pengakuan Iman Skotlandia disampaikan kepada Parlemen, dilakukan pemungutan suara, dan disetujui. Seminggu kemudian, Parlemen mengesahkan tiga undang-undang dalam satu hari: yang pertama menghapuskan yurisdiksi Paus di Skotlandia, yang kedua mengutuk semua doktrin dan praktik yang bertentangan dengan iman yang direformasi, dan yang ketiga melarang perayaan misa di Skotlandia. Sebelum pembubaran Parlemen, Knox dan para pendeta lainnya diberi tugas untuk menata gereja yang baru saja direformasi atau Kirk. Mereka akan bekerja selama beberapa bulan untuk menyusun Buku Disiplin, dokumen yang menggambarkan pengorganisasian gereja yang baru. Selama periode ini, pada bulan Desember 1560, istri Knox, Margery, meninggal dunia, meninggalkan Knox untuk merawat kedua putra mereka yang masing-masing berusia tiga setengah dan dua tahun. John Calvin, yang telah kehilangan istrinya sendiri pada tahun 1549, menuliskan surat belasungkawa.

Parlemen berkumpul kembali pada tanggal 15 Januari 1561 untuk mempertimbangkan Buku Disiplin. Kirk harus dijalankan dengan cara yang demokratis. Setiap jemaat bebas untuk memilih atau menolak pendetanya sendiri, tetapi begitu ia dipilih, ia tidak dapat dipecat. Setiap paroki sedapat mungkin harus mandiri. Para uskup digantikan oleh sepuluh hingga dua belas "superintenden". Rencana tersebut mencakup sebuah sistem pendidikan nasional yang didasarkan pada universalitas sebagai prinsip dasar. Bidang-bidang hukum tertentu ditempatkan di bawah otoritas gerejawi., Vol. 2, The First Book of Discipline (1560) Namun, Parlemen tidak menyetujui rencana tersebut, terutama karena alasan keuangan. Kirk akan dibiayai dari harta pusaka Gereja Katolik Roma di Skotlandia. Sebagian besar dari harta tersebut kini berada di tangan para bangsawan, yang enggan menyerahkan harta mereka. Keputusan akhir mengenai rencana tersebut tertunda karena kembalinya Mary, Ratu Skotlandia.

 Knox dan Ratu Mary (1561–1564) 
Pada tanggal 19 Agustus 1561, meriam ditembakkan di Leith untuk mengumumkan kedatangan Ratu Mary di Skotlandia. Ketika Ratu menghadiri misa yang dirayakan di kapel kerajaan di Istana Holyrood lima hari kemudian, hal ini memicu protes terhadap misa dari kaum Protestan yang menyebabkan salah satu pelayannya terdorong dalam kerumunan. Keesokan harinya ia mengeluarkan pernyataan bahwa tidak akan ada perubahan terhadap kondisi agama saat itu dan bahwa para pelayannya tidak boleh dilecehkan atau diganggu. Banyak bangsawan yang menerima hal ini, tetapi tidak dengan Knox. Pada hari Minggu berikutnya, ia melakukan protes dari mimbar St Giles. Akibatnya, hanya dua minggu setelah kepulangannya, Mary memanggil Knox. Ia menuduh Knox menghasut pemberontakan terhadap ibunya dan menulis sebuah buku yang menentang otoritasnya sendiri. Knox menjawab bahwa selama rakyatnya memandang pemerintahan Ratu sebagai hal yang patut, ia bersedia menerima pemerintahannya, mengingat bahwa Rasul Paulus juga bersedia hidup di bawah pemerintahan Nero. Namun, Mary mengingatkan bahwa Knox telah menulis bahwa ia telah menentang prinsip kekuasaan perempuan itu sendiri. Knox menjawab bahwa Mary tidak perlu merasa terganggu dengan apa yang tidak pernah menyakitinya. Ketika Mary bertanya kepadanya apakah rakyat memiliki hak untuk melawan penguasa mereka, Knox menjawab bahwa jika seorang penguasa melampaui batas-batas yang sah, mereka dapat dilawan, bahkan dengan kekerasan.; ; 
kiri|jmpl|Jendela kaca patri yang menunjukkan John Knox menegur Mary, Ratu SkotlandiaDari Covenant Presbyterian Church, Long Beach, California, Amerika Serikat
Pada tanggal 13 Desember 1562, Mary mengirim surat kepada Knox lagi setelah ia memberikan khotbah yang mengecam perayaan-perayaan tertentu yang ditafsirkan oleh Knox sebagai kegembiraan dengan mengorbankan Reformasi. Ia menuduh bahwa Knox berbicara dengan tidak hormat tentang Ratu untuk membuatnya tampak hina di hadapan rakyatnya. Setelah Knox memberikan penjelasan mengenai khotbah tersebut, Mary menyatakan bahwa ia tidak menyalahkan Knox atas perbedaan pendapat tersebut dan meminta agar Knox datang kepadanya secara langsung jika ia mendengar sesuatu yang tidak ia sukai. Terlepas dari sikap Mary, Knox menjawab bahwa ia akan terus menyuarakan keyakinannya dalam khotbah-khotbahnya dan tidak akan menunggu Mary.

Selama Paskah tahun 1563, beberapa imam di Ayrshire merayakan Misa, dan dengan demikian menentang hukum. Beberapa orang Protestan mencoba menegakkan hukum sendiri dengan menangkap para imam ini. Hal ini mendorong Mary untuk memanggil Knox untuk ketiga kalinya. Ia meminta Knox untuk menggunakan pengaruhnya untuk mempromosikan toleransi beragama. Knox membela tindakan mereka dan mengatakan bahwa Mary terikat untuk menegakkan hukum dan jika ia tidak melakukannya, maka orang lain akan melakukannya. Mary mengejutkan Knox dengan menyetujui bahwa para imam akan diadili.

Pertemuan paling dramatis antara Mary dan Knox terjadi pada tanggal 24 Juni 1563. Mary memanggil Knox ke Holyrood setelah mendengar bahwa ia telah berkhotbah menentang rencana pernikahan Mary dengan Don Carlos, putra Felipe II dari Spanyol. Mary memulai dengan menegur Knox, lalu ia menangis. "Apa urusanmu dengan pernikahanku?" tanyanya, dan "Siapakah kamu di dalam persemakmuran ini?";  "Seorang warga yang lahir di dalam persemakmuran yang sama, Madam," jawab Knox. Ia mencatat bahwa meskipun ia tidak berasal dari keturunan bangsawan, ia memiliki tugas yang sama dengan rakyat lainnya untuk memperingatkan bahaya bagi kerajaan. Ketika Mary mulai menangis lagi, ia berkata, "Madam, di hadirat Allah aku berbicara: Aku tidak pernah bersukacita atas tangisan makhluk Tuhan mana pun. Ya, aku hampir tidak tahan dengan air mata anak-anakku sendiri yang kudidik dengan tanganku sendiri, terlebih lagi aku tidak dapat bersukacita atas tangisan Yang Mulia." Ia menambahkan bahwa ia lebih baik menanggung air matanya daripada tetap diam dan "mengkhianati Persemakmuranku". Mendengar hal ini, Mary memerintahkannya untuk keluar dari ruangan.

Pertemuan terakhir Knox dengan Mary disebabkan oleh sebuah peristiwa di Holyrood. Ketika Mary tidak berada di Edinburgh selama progresi musim panas tahun 1563, kerumunan orang memaksa masuk ke kapel pribadinya saat Misa sedang dirayakan. Dalam keributan itu, nyawa sang imam terancam. Sebagai hasilnya, dua orang pemimpinnya, yaitu para burgess dari Edinburgh, dijadwalkan untuk diadili pada tanggal 24 Oktober 1563. Untuk membela kedua orang ini, Knox mengirimkan surat yang memanggil para bangsawan untuk berkumpul. Mary mendapatkan salah satu dari surat-surat ini dan bertanya kepada para penasihatnya apakah tindakan ini bukanlah sebuah tindakan pengkhianatan. Stewart dan Maitland, yang ingin menjaga hubungan baik dengan Kirk dan Ratu, meminta Knox untuk mengakui bahwa ia salah dan menyelesaikan masalah ini secara diam-diam. Namun, Knox menolak dan ia membela diri di depan Mary dan Dewan Penasihat. Ia berargumen bahwa ia telah memanggil sebuah pertemuan yang sah, bukan ilegal, sebagai bagian dari tugasnya sebagai seorang pendeta di Kirk. Setelah Knox pergi, para anggota dewan memilih untuk tidak menuntutnya dengan pengkhianatan.; ; 

 Tahun-tahun akhir di Edinburgh (1564–1572) 
ka|jmpl|Gereja Tinggi Edinburgh, tempat Knox melayani sebagai pendeta dari tahun 1560 hingga 1572. Ia berkhotbah dengan bantuan seorang pengkhotbah awam untuk dua tahun pertamanya hingga John Craig ditunjuk sebagai koleganya, yang dipindahtugaskan dari Istana Holyroodhouse pada tahun 1562; Craig melayani di St Giles selama 9 tahun.Pada tanggal 26 Maret 1564, Knox kembali menimbulkan kontroversi ketika ia menikahi Margaret Stewart, putri dari seorang teman lama, Andrew Stewart, Lord ke-2 Ochiltree, seorang anggota keluarga Stuart dan kerabat jauh Ratu, Mary Stuart. Pernikahan ini tidak lazim karena Knox merupakan seorang duda berusia lima puluh tahun, sementara mempelainya baru berusia tujuh belas tahun.;  Hanya sedikit detail yang diketahui tentang kehidupan rumah tangga mereka. Mereka memiliki tiga anak perempuan, Martha, Margaret, dan Elizabeth.

Ketika Sidang Umum berada dalam sesi pada bulan Juni 1564, terjadi perselisihan antara Knox dan Maitland mengenai otoritas pemerintah sipil. Maitland mengatakan kepada Knox untuk menahan diri agar tidak menyulut emosi atas desakan Mary agar misa dirayakan dan ia mengutip dari Martin Luther dan John Calvin tentang ketaatan kepada penguasa duniawi. Knox menanggapi bahwa Alkitab mencatat bahwa Israel dihukum ketika mereka mengikuti raja yang tidak setia dan bahwa hal yang dibantah oleh para reformator kontinental adalah argumen yang dibuat oleh kaum Anabaptis yang menolak segala bentuk pemerintahan. Perdebatan tersebut menunjukkan pengaruhnya yang memudar terhadap peristiwa-peristiwa politik karena kaum bangsawan terus mendukung Mary.

Pada tanggal 29 Juli 1565, ketika Mary menikah dengan Henry Stuart, Lord Darnley, beberapa bangsawan Protestan, termasuk James Stewart, Earl ke-1 Moray, melakukan pemberontakan. Knox mengungkapkan keberatannya saat berkhotbah di hadapan Raja Pendamping yang baru pada tanggal 19 Agustus 1565. Ia membuat beberapa alusio tentang para penguasa yang tidak saleh yang menyebabkan Darnley meninggalkan ruangan. Knox dipanggil dan dilarang berkhotbah selama pemerintahan berada di Edinburgh.
kiri|jmpl|297x297px|Bas-relief John Knox berkhotbah di St Giles, Edinburgh, di hadapan para penasihat Mary Stuart. Dari kiri ke kanan: James Stewart (Moray), James Hamilton (Châtellerault), Lord Darnley, Matthew Stewart (Lennox), William Maitland (Lethington), William Kirkcaldy (Grange), James Douglas (Morton), Knox, dan George Buchanan. Terletak di Tembok Reformasi, Jenewa.
Pada tanggal 9 Maret 1566, sekretaris Mary, David Rizzio, dibunuh oleh para konspirator yang setia kepada Darnley. Mary melarikan diri dari Edinburgh ke Dunbar dan kembali dengan kekuatan besar pada 18 Maret. Knox melarikan diri ke Kyle di Ayrshire. Di sana ia menyelesaikan bagian utama dari magnum opus-nya, Sejarah Reformasi Agama dalam Kerajaan Skotlandia.;  Ketika ia kembali ke Edinburgh, ia mendapati para bangsawan Protestan terpecah mengenai apa yang harus dilakukan terhadap Mary. Lord Darnley telah dibunuh dan Ratu segera menikahi tersangka utamanya, Earl dari Bothwell. Dengan dakwaan pembunuhan yang ditimpakan kepadanya, ia dipaksa turun takhta dan dipenjarakan di Kastel Loch Leven. Lord Moray menjadi wali penguasa bagi Raja James VI. Teman-teman lama Knox lainnya, Lord Argyll dan William Kirkcaldy, tetap mendukung Mary. Pada tanggal 29 Juli 1567, Knox menyampaikan khotbah dalam penobatan James VI di gereja di Stirling. Selama masa ini, Knox mengecam Mary dalam khotbah-khotbahnya, bahkan sampai menyerukan agar Mary dieksekusi. Namun, Mary tidak dihukum mati, dan ia melarikan diri pada tanggal 2 Mei 1568.; ; 

Pertempuran di Skotlandia berlanjut sebagai perang saudara. Lord Moray dibunuh pada tanggal 23 Januari 1570. Wali penguasa yang menggantikannya, Earl dari Lennox, juga menjadi korban kekerasan. Pada tanggal 30 April 1571, pengawas Kastel Edinburgh, William Kirkcaldy dari Grange, memerintahkan semua musuh Ratu untuk meninggalkan kota. Namun untuk Knox, mantan teman dan sesama budak di kapal galai, ia membuat pengecualian. Jika Knox tidak pergi, ia dapat tinggal di Edinburgh, tetapi hanya jika ia tetap menjadi tawanan di kastel. Knox memilih untuk pergi, dan pada tanggal 5 Mei ia berangkat ke St Andrews. Ia terus berkhotbah, mengajar di hadapan para mahasiswa, dan mengerjakan bukunya Sejarah. Pada akhir Juli 1572, setelah gencatan senjata diberlakukan, ia kembali ke Edinburgh. Meskipun pada saat itu kondisinya sangat rapuh dan suaranya samar-samar, ia terus berkhotbah di St Giles.

Setelah melantik penggantinya, James Lawson dari Aberdeen, sebagai pendeta St Giles pada tanggal 9 November, Knox pulang ke rumahnya untuk yang terakhir kalinya. Dengan teman-temannya dan beberapa bangsawan terbesar Skotlandia di sekelilingnya, ia meminta Alkitab dibacakan dengan suara lantang. Pada hari terakhirnya, 24 November 1572, istri mudanya membacakan surat Paulus yang pertama kepada jemaat di Korintus. Sebuah kesaksian tentang Knox diberikan oleh James Douglas, Earl ke-4 Morton, dan wali penguasa Skotlandia yang baru saja terpilih, di makamnya di halaman gereja St Giles: "Di sini terbaring seseorang yang tidak pernah takut kepada manusia fana".;  Setelah pembongkaran halaman gereja pada tahun 1633, lokasi persis makam Knox tidak dapat dipastikan.

 Warisan 
Dalam surat wasiatnya, Knox mengklaim: "Tidak ada yang kukorupsi, tidak ada yang kucurangi, harta benda pun tidak kukumpulkan." Jumlah uang sedikit yang diwariskan Knox kepada keluarganya, yang akan membuat mereka jatuh miskin, menunjukkan bahwa ia tidak mendapatkan keuntungan dari pekerjaannya di Kirk. Sang wali penguasa, Lord Morton, meminta Sidang Umum untuk terus membayar tunjangan kepada jandanya selama satu tahun setelah kematiannya, dan ia memastikan bahwa tanggungan Knox ditanggung dengan baik.

Knox meninggalkan lima orang anak dan istri keduanya. Nathaniel dan Eleazar, dua anak laki-lakinya dari istri pertamanya, bersekolah di St John's College, Cambridge. Nathaniel menjadi seorang Rekan di St John's College tetapi meninggal dunia di usia muda pada tahun 1580. Eleazar ditahbiskan ke dalam Gereja Inggris dan melayani di paroki Clacton Magna. Ia juga meninggal muda dan dimakamkan di kapel St John's College, Cambridge pada tahun 1591. Istri kedua Knox, Margaret Knox, menikah lagi dengan Andrew Ker, salah seorang yang terlibat dalam pembunuhan David Rizzio. Ketiga anak perempuan Knox juga menikah: Martha dengan Alexander Fairlie; Margaret dengan Zachary Pont, putra Robert Pont dan saudara dari Timothy Pont; dan Elizabeth dengan John Welsh, seorang pendeta di Kirk.; 

Kematian Knox hampir tidak diketahui pada saat itu. Meskipun pemakamannya dihadiri oleh para bangsawan Skotlandia, tidak ada politikus atau diplomat besar yang menyebutkan kematiannya dalam surat-surat mereka yang masih ada. Mary, Ratu Skotlandia, hanya membuat dua rujukan singkat tentang Knox dalam surat-suratnya. Akan tetapi, yang lebih ditakuti oleh para penguasa adalah gagasan-gagasan Knox ketimbang Knox itu sendiri. Ia adalah seorang reformator yang berhasil dan filosofi reformasi inilah yang memiliki dampak besar pada kaum Puritan di Inggris. Ia juga digambarkan sebagai orang yang berjasa dalam perjuangan untuk kebebasan manusia yang sejati dengan mengajarkan kewajiban untuk menentang pemerintahan yang tidak adil untuk membawa perubahan moral dan spiritual. Tulisan di batu nisannya berbunyi: "Di sini terbaring seorang yang sangat takut akan Allah sehingga ia tidak pernah takut kepada manusia." Ini merupakan rujukan dari Matius 10:28.Believer's Bible Commentary, William MacDonald, ed., 1995, hlm. 1241.

Knox dikenal bukan karena menggulingkan agama Katolik Roma di Skotlandia, tetapi karena menggantikan agama yang sudah mapan tersebut dengan Presbiterianisme dan bukan Anglikanisme. Berkat Knox, pemerintahan Presbiterian didirikan, meskipun butuh waktu 120 tahun setelah kematiannya agar hal tersebut dapat tercapai pada tahun 1689. Sementara itu, ia menerima status quo yang ada dan senang melihat teman-temannya diangkat menjadi uskup dan uskup agung, bahkan berkhotbah pada pelantikan Uskup Agung St Andrews Protestan John Douglas pada tahun 1571. Dalam hal ini, Knox dianggap sebagai pendiri denominasi Presbiterian, yang anggotanya berjumlah jutaan orang di seluruh dunia. Extract from . Banyak sumber menyebutkan John Knox sebagai pendiri denominasi Presbiterian (lihat  dan ). Penerus Knox, Andrew Melville juga dapat dianggap sebagai pendiri karena di bawah kepemimpinannya, General Assembly of the Kirk meratifikasi Buku Disiplin Kedua (lihat ).

Di Stirling, sebuah patung didedikasikan untuk Knox. Patung ini dibuat oleh pematung David Watson Stevenson dan diletakkan di Aula Pahlawan Monumen Wallace Nasional.

 Karya-karya 
Selama hidupnya Knox berhasil menyusun beberapa karya, dengan bantuan orang lain maupun hasil pemikirannya sendiri, di antaranya: Book of Discipline (Buku Disiplin, 1561), Book of Common Order (Buku Tata Ibadah Umum, 1564), Scots Confession (Pengakuan Iman Skotlandia yang diterima Parlemen Skotlandia dan menjadi Pengakuan Iman Gereja Reformasi Skotlandia sampai tahun 1647, saat digantikan dengan Pengakuan Iman Westminster), serta menulis History of the Reformation of Religion within the Realm of Scotland (Sejarah Reformasi Agama dalam Kerajaan Skotlandia, yang baru terbit secara lengkap tahun 1644).Tony Lane. Runtut Pijar: Sejarah Pemikiran Kristiani. Jakarta: BPK Gunung Mulia, 2007. hlm. 169-170.

Berikut ini adalah karya-karya yang telah disusun oleh John Knox:
 An Epistle to the Congregation of the Castle of St Andrews; with a Brief Summary of Balnaves on Justification by Faith (1548)
 A Vindication of the Doctrine that the Sacrifice of the Mass is Idolatry (1550)
 A Godly Letter of Warning or Admonition to the Faithful in London, Newcastle, and Berwick (1554)
 Certain Questions Concerning Obedience to Lawful Magistrates with Answers by Henry Bullinger (1554)
 A Faithful Admonition to the Professors of God’s Truth in England (1554)
 A Narrative of the Proceedings and Troubles of the English Congregation at Frankfurt on the Maine (1554–1555)
 A Letter to the Queen Dowager, Regent of Scotland (1556)
 A Letter of Wholesome Counsel Addressed to his Brethren in Scotland (1556)
 The Form of Prayers and Ministration of the Sacraments Used in the English Congregation at Geneva (1556)
 The First Blast of the Trumpet Against the Monstruous Regiment of Women (1558)
 A Letter to the Queen Dowager, Regent of Scotland: Augmented and Explained by the Author (1558)
 The Appellation from the Sentence Pronounced by the Bishops and Clergy: Addressed to the Nobility and Estates of Scotland (1558)
 A Letter Addressed to the Commonalty of Scotland (1558)
 On Predestination in Answer to the Cavillations by an Anabaptist (1560)
 The History of the Reformation in Scotland (1586–1587)

 Catatan 

 Referensi 
 Sumber Primer 

 , OCLC 5437053.
 , OCLC 1697717.

 Sumber Sekunder 

 .
 .
 .
 .
 .
 .
 .
 .
 .

 .
 .
 .
 .

 .
 .
 .
 .

 Bacaan lebih lanjut 

 .
 .
 .
 .
 .

 Pranala luar 
 Akses Online Gratis ke Karya-karya John Knox 




 Buku John Knox tentang Predestinasi

Kategori:Teolog Skotlandia
Kategori:Imam Skotlandia
Kategori:Pemimpin agama Kristen abad ke-16
Kategori:Alumni Universitas St. Andrews
Kategori:Alumni Universitas Glasgow
Kategori:Tokoh dari Haddington
Kategori:Tokoh dari Lothian Timur
Kategori:Sejarah Gereja
Kategori:Calvinisme
Kategori:Tokoh reformasi Protestan
Kategori:Reformasi Protestan
Kategori:Reformasi Skotlandia