BWA

BWA
היא תוכנה המשמשת לעימוד רצפים (alignment) כנגד גנום ייחוס גדול, כמו הגנום האנושי.
עימוד הרצף שהתוכנה מבצעת הוא שמרני ויאפשר התאמה רק אם היא קיימת.
לתוכנה יש שני רכיבים עיקריים, אחד לקריאת רצפים הקצרים מ-150bp והשני לקריאת רצפים ארוכים יותר.

 מצבי BWA 
לBWA יש מצבים שונים המותאמים לאורכי רצף שונים:
 BWA-backtrack
מיועד לקריאה של רצף Illumina עד 100bp.
 BWA-SW
מיועד לקריאה של רצפים ארוכים יותר הנעים בין 70bp ל-1Mbp, בעל תמיכה בקריאה ארוכה ועימוד מפוצל.
 BWA-MEM
בעל תכונות דומות ל־BWA-SW, אך זוהי הגרסה העדכנית ביותר, גרסה זו מומלצת לשאילתות באיכות גבוה מכיוון שהיא מהירה ומדויקת יותר. ל-BWA-MEM יש גם ביצועים טובים יותר מ-BWA-backtrack עבור קריאות Illumina של 70-100bp.

 פקודות BWA-MEM 
יצירת תיקייה ומעבר אליה:
 mkdir folder; cd folder $
יצירת האינדקס:
 bwa index folder/genome.fa $
דוגמת הרצה:

שורת ההרצה מכילה את הפרטים הבאים :
 -t מייצג את מספר התהליכים.
 הכתובת לאינדקס של הגנום.
 קובצי FASTQ.
 < שמירת פלט לקובץ SAM
 bwa mem -t 2 folder/genome.fa pair_1.fastq pair_2.fastq > output_file.sam $
 ראו גם 
 ריצוף DNA
קישורים חיצוניים
 אתר האינטרנט הרשמי של BWA


קטגוריה:גנומיקה
קטגוריה:ביואינפורמטיקה