קריאה (ביולוגיה)

בריצוף דנ"א, קריאה (read) היא רצף של זיווג בסיסים (או הסתברות זיווג בסיסים) הממופה בהתאמה למקטע דנ"א חלקי או שלם. ניסוי ריצוף טיפוסי משלב קיטוע של הגנום למיליונים של מולקולות בגודל נבחר המחוברות למתאמים (Adaptors). קבוצת המקטעים, אשר מרוצפת ליצירת קבוצת קריאות, נקראת ספריית ריצוף. 

 אורך קריאה 
טכנולוגיות ריצוף מפיקות אורכי קריאות שונות. אורכי קריאות באורך 20-40 זוגות בסיסים נקראים אולטרה קצרים. (ultra-short). מרצפים טיפוסיים מייצרים אורך קריאות בטווח של 100-500 זוגות בסיסים. למרות זאת, פלטפורמת פסיפיק ביוסיאנס (Pacific Bioscience) מייצרות בקירוב אורך קריאות של 1500 זוגות בסיסים. אורך קריאה הוא גורם המסוגל להשפיע על תוצאות של מחקרים ביולוגים. לדוגמה, אורך קריאה ארוך יותר משפר את הרזולוציה של הרכבה מאפס (de novo) של הגנום וחשיפת שוני מבני (Structural variants). הערכה היא שאורך קריאה של יותר מ-100 אלף בסיסים נדרשת להרכבה שיגרתית מאפס של הגנום. צינורות עיבוד נתונים (Pipeline) ביואינפורמטיים לניתוח מידע מריצוף לוקחים בדרך כלל בחשבון את אורכי הקריאות.

קטגוריה:DNA