Ribosome profiling

Ribosome profiling או Ribo-Seq היא שיטת מחקר שפותחה על ידי ניק אינגוליה (Nick Ingolia) וג'ונתן וייסמן, המשתמשת בריצוף mRNA ייחודי לקביעה של ה-mRNA שמתורגמים בפועל.

שיטה זו מאפשרת לראות את הפרופיל של הריבוזומים שפעילים בתא בנקודת זמן ספציפית. כתוצאה מכך, מתאפשר למצוא את קודוני ההתחלה של התרגום, את התפוצה שלהם וכן את מהירות התרגום של הריבוזומים. השיטה דומה בדברים רבים לריצוף RNA, אולם בניגוד לשיטה זו המטרה היא למצוא רק את ה-mRNA שעליהם הריבוזום מגן, באמצעות קישור פיזי במהלך תהליך התרגום. שיטת ה-Ribosome profiling פותחה לאחר גילוי שאפשר לבודד את ה-mRNA שנמצא בריבוזום, באמצעות שימוש בנוקלאז, שמפרק חומצות גרעין. האזורים שנמצאים בתוך הריבוזום אינם נגישים לפירוק של הנוקלאז ולכן נותרים שלמים. 

בעבר, השתמשו בשיטות אחרות במטרה למצוא את רמת התרגום in vivo, ובהם Microarray על RNA שבודד מפוליזומים (Polysome) וכן מציאת פרופיל התרגום באמצעות כרומטוגרפיית זיקה לריבוזום מסומן. שיטות אלה משלימות לשיטת ה-Ribosome profiling.

קישורים חיצוניים

קטגוריה:ביולוגיה מולקולרית 
קטגוריה:שיטות מחקר גנומיות