הזירה הימית במלחמת ששת הימים

הודעת מצרים ב-23 במאי 1967 על סגירת מצרי טיראן בפני כלי שיט ישראליים וכלי שיט המפליגים לישראל, הייתה אחת מהעילות המרכזיות לפרוץ מלחמת ששת הימים. אולם במהלך המלחמה עצמה לא היו עימותים משמעותיים בזירה הימית בין הצדדים היריבים.

למרות הנחיתות הכמותית והטכנולוגית של חיל הים הישראלי מול חיל הים המצרי וחיל הים הסורי, הוא הצליח לשמור על חופש השיט לישראל בים התיכון ואף ליטול לידיו את היוזמה. חיל הים הישראלי יזם מספר פעולות התקפיות נגד נמלים במצרים ובסוריה. על אף שפעולות אלו לא נחלו הצלחה, ומספר לוחמים של חיל הים אף נפלו בשבי האויב במהלכן, הם גרמו לחילות הים הערביים להתמקד במגננה ולשמור על גישה פסיבית במהלך המלחמה כולה.

אירוע משמעותי, שהתרחש בזירה הימית במהלך המלחמה, היה תקרית ליברטי, במסגרתה תקפה ישראל אוניית ביון אמריקאית, עקב טעות בזיהוי. במסגרת תקרית זו נהרגו 34 מלחים וקצינים אמריקאים ונפצעו 172.

בעקבות המלחמה התארכו קווי החוף שבשליטת ישראל ונפתחו מצרי טיראן לשיט ישראלי. כתוצאה מהחלטת נשיא מצרים, גמאל עבד אל נאצר, לסגור לאחר המלחמה את תעלת סואץ לתנועת כלי שיט (החלטה שבוטלה רק ב-1975), הפכה ישראל לגשר יבשתי בין הימים.

סדר הכוחות 
חיל הים הישראלי
שמאל|ממוזער|300px|שלוש טרפדות מפלגה 914 באימונים לקראת המלחמה.
שמאל|300px|ממוזער|המשחתות הישראליות מתכוננות למלחמה. מימין אח"י יפו, באמצע אח"י אילת ומשמאל אח"י חיפה, מאי 1967
מלחמת ששת הימים פרצה בתקופה בעייתית מאוד מבחינת חיל הים הישראלי. עד שנות ה-60 של המאה ה-20 התבסס חיל הים על משחתות וטרפדות, אוניות מלחמה מימי מלחמת העולם השנייה ומהעשור שלאחריה. כלי הנשק העיקריים של ספינות אלה היו תותחים וטורפדו. כלי שיט אלו הלכו והתיישנו, היו איטיים יחסית ובנחיתות טכנולוגית מול האויב. בתחילת שנות ה-60 החל חיל הים באפיון, תכנון וביצוע תהליך התחדשות מקיף, שעיקרו היה במעבר להתבססות על ספינות סער - ספינות טילים קטנות בהרבה מן המשחתות, זריזות ומהירות, בעלות מכשור אלקטרוני מתקדם, שהחימוש העיקרי שלהן הוא טילי ים-ים. עם פרוץ המלחמה היו ספינות הטילים המתוכננות בשלבי בנייה במספנות מחוץ לישראל, וחיל הים היה מבוסס עדיין על משחתות מיושנות, ונמצא בשפל כמותי ובנחיתות טכנולוגית לעומת כלי השיט שהפעיל האויב.
התחום היחיד בו ניתן היה לדעת פיקוד חיל הים להגיע להישגים בקרב, היה תחום הלוחמה הזעירה: אנשי צפרדע וסירות נפץ.

בים התיכון היה על חיל הים הישראלי להתמודד מול חיל הים הסורי בצפון וחיל הים המצרי בדרום. בים סוף התמודד חיל הים הישראלי מול חיל הים המצרי בלבד. משמר החופים הירדני בעקבה נמנע מפעילות עוינת גם במהלך הלחימה בין ישראל לירדן בגדה המערבית. ליתר מדינות ערב לא היה צי בעל יכולת לסכן את חופי ישראל.

חיל הים המצרי
עיקר כוחו של הצי המצרי התרכז בנמל אלכסנדריה, בו היו גם מפקדת הצי ומתקני התחזוקה שלו. הנמל השני בגודלו במצרים היה נמל פורט סעיד, אך בו לא החזיקו המצרים יחידות צי גדולות דרך קבע, אלא השתמשו בו בעיקר כבסיס מעבר לים סוף. למרות זאת הייתה חשיבותו המבצעית של נמל זה רבה, בהיותו בסיס יציאה לעבר חופי ישראל: בשל המרחק הגדול מאלכסנדריה לחיפה, כ-400 קילומטר, היה על ספינות הטילים והטרפדות של חיל הים המצרי לתדלק בפורט סעיד כדי לפעול ביעילות מול חופי ישראל.

בזירת ים סוף התארגן חיל הים המצרי בשני בסיסים: בנמל סואץ ובמעגן ע'רדקה. נמל ערד'קה היה הקרוב ביותר למצרי טיראן ומצרי יובל, המצרים בין ים סוף ומפרץ סואץ, ואיפשר שליטה עליהם. בנוסף לבסיסי הקבע היו לחיל הים המצרי מעגנים נוספים, בהם עדביה במפרץ סואץ, שארם א-שייח' בסיני, ספאגה וראס בנאס בים סוף. יתרון נוסף שעמד לרשות חיל הים המצרי היה היכולת להעביר ולהחליף כלי שיט בין שתי הזירות, זירת ים סוף וזירת הים התיכון, באמצעות הפלגה בתעלת סואץ. יתרון זה התבטל במהלך המלחמה לאחר סגירת התעלה בפקודת נשיא מצרים, גמאל עבד אל נאצר.

חיל הים הסורי
בסיסו העיקרי של חיל הים הסורי היה במעגן מינת אל-ביידה, בצפון סוריה. בנוסף נהגו הסורים לפרוס כלי שיט בנמל לטקיה, במעגן בניאס, ובנמל טרטוס. זה האחרון היה עדיין בשלבי בנייה, והיה בו רציף אחד שכבר שימש לעגינת כלי שיט, אם כי הנמל טרם נפתח לאוניות אזרחיות. בנמל בניאס היה מסוף הדלק של צינור הנפט מכירכוכ שהיה בבעלות חברה אמריקאית. המסוף כלל מקשרי מצופים למכליות, מעגן לגוררות וסירות שירותים.

פעילות הצי הסורי -
חיל הים הסורי כמו שאר הכוחות הסוריים הופתע מפריצת המלחמה. עם תחילת המלחמה הועלתה הכוננות בחיל הים והסורים פרסו את ספינות הטילים והטורפדו מבסיס הצי במינת אל-ביידה לנמל לטקיה טרטוס והאי ארווד. המקשות זרעו מוקשים בקרבת החוף הדרומי מקומות שלפי הערכתם עלולים לשמש להנחתת כוחות מהים. חיל הים הגביר תצפיות וקיים סיורים לאורך החוף. ופרש את מחסניו ומפקדותיו למקומות מסתור.

הסורים לא קיבלו מידע בזמן אמת על ניסיונות הישראליים לפגוע בנמלים. להערכתם פעל הצי הסורי בהצלחה כדי להגן על התנועה הימית לסוריה שכללה הובלת אספקה צבאית. גם תנועת המכליות למסוף הנפט בבניאס לא הופרעה.

הכוחות הימיים של המעצמות
הצי הסובייטי בים התיכון
ממוזער|שמאל|250px| דגל הצי הסובייטי
מאז משבר הטילים בקובה נמצא הצי הסובייטי בתהליך בנייה והתרחבות, לאחר שההנהגה הסובייטית נוכחה בחוסר יכולתה להשפיע במרחק מגבולותיה. על הצי, שמשימתו המסורתית הייתה הגנת החוף, הוטלה המשימה להקים צי שישייט בכל הימים. במאי 1965, במפגש הצי הצפוני, הכריז מפקד הצי, אדמירל סרגיי גורשקוב, על הצורך להציב יחידות צי סובייטי באופן קבוע בים התיכון, כמשקל נגד לצי השישי האמריקני. ואכן, החל מ-1966 החל הצי הסובייטי להפעיל בים התיכון צוללות גרעיניות, אוניות שטח, סיירות, משחתות וכלי שיט קטנים יותר, אם כי מספר כלי השיט של הצי הסובייטי היה קטן מזה של אוניות הצי השישי, ורמתם הייתה נחותה. האספקה לאוניות הצי נעשתה בלב ים, מחוץ למים הטריטוריאליים של המדינות לחופי הים התיכון, והתבצעה באזורים שונים: בים האגאי ליד קיתרה, ליד כרתים, בים אלבוראן (חלקו המערבי של הים התיכון, בין ספרד לצפון אפריקה), מפרץ גבס ומפרץ חממת (ליד תוניסיה), ואתרים אחרים. במקביל החלו הסובייטים במגעים שנועדו לאפשר להם שימוש בנמלי ארצות ערב. במקביל לכניסת הצי החלו גם טייסות מפציצים ארוכי טווח מדגם טופולב Tu-95 לסייר בים התיכון.

בתחילת 1967 הוקמה לכוחות אלה מסגרת שנקראה השייטת החמישית. באפריל אותה שנה הצטרפה לכוח הצוללת K-131, צוללת טילי שיוט מהדגם שכונה על ידי הסובייטים "פרויקט 675", ובנאט"ו כונה Echo II. הצוללת הצליחה לעבור בחשאי במצר גיברלטר, והייתה תוספת חשובה לשייטת. קיום הכוח הימי בים התיכון נסך ביטחון בהנהגה הסובייטית. בכנס מדינות ברית ורשה, שהתקיים ב-24 באפריל בקרלובי וארי, צ'כוסלובקיה, הציע ליאוניד ברז'נייב לעשות את הים התיכון למקום של שלום על ידי פינוי הצי השישי והשייטת הסובייטית. הייתה זו הפעם הראשונה שנעשה שימוש בצי הסובייטי ככלי להשגת מטרות מדיניות של ברית המועצות.

הצי השישי של ארצות הברית
ממוזער|300px|הסיירת ליטל רוק, אוניית הפיקוד של אדמירל מארטין, מפקד הצי השישי בים התיכון. 31 ביולי 1967.
עצמתו של הצי השישי של ארצות הברית בים התיכון הייתה גדולה ונוכחותו שימשה כמכשיר להשפעה מדינית של ארצות הברית באזור. בסיסי הצי השישי היו ברוטה שבספרד, בנאפולי שבאיטליה ובמפרץ סודה באי כרתים. אוניות הצי קיימו ביקורים סדירים בנמלי מדינות הים התיכון.

הצי השישי כלל בדרך כלל שתי קבוצות לחימה שבמרכז כל אחת מהן נושאת מטוסים: אמריקה (CV-66) וסרטוגה (CV-60). קבוצות הלחימה כללו שתי סיירות טילים, גאלווסטון (CL-93) וליטל רוק (CL-92), שהייתה אונית הדגל; 10 משחתות, 4 פריגטות ו-4 צוללות, אחת מהן גרעינית. כוח הנחיתה של הצי כלל שלוש נושאות גייסות, שתי נחתות מבדוק ושתי נחתות טנקים.

הצי המלכותי הבריטי
נושאת המטוסים אה"מ הרמס (R12) ואיתה שש פריגטות ושולות מוקשים נמצאו בנמל עדן, ולא לקחו חלק במלחמה. נושאת המטוסים אה"מ ויקטוריוס (R38) הייתה בנמל ולטה במלטה עם כעשרה כלי שיט, אך גם היא לא יצאה מהנמל בעת המלחמה.

ההיערכות למלחמה בישראל
ממוזער|250px|המשחתת אח"י חיפה (ק-38) וטרפדות חיל הים ברציף הצבאי בנמל חיפה בתקופת ההמתנה לקראת מלחמת ששת הימים.
ממוזער|250px|ספינות המכמורת המגויסות 'שקמונה' מימין ו'מבואות ים' משמאל בנמל חיפה בתקופת ההמתנה למלחמת ששת הימים.
גורמי המודיעין בחיל הים הישראלי לא חזו קרבות בשנים הקרובות, למרות זאת הכין חיל הים תוכניות למלחמה בסד"כ הקיים (טרפדות ומשחתות) כנגד משחתות וספינות טילים מצריות. בין היתר נערכה סדרת תרגילים טקטיים במתקן הדימוי הטקטי של הצי המלכותי הבריטי במלטה. לסדרה זו, שנמשכה שבוע, נשלחו כל מפקדי כלי השיט בחיל הים. במהלך הסדרה הזינו הבריטים את נתוני אמצעי הלחימה של שני הצדדים. טרפדות נעו מלפנים כנגד ספינות הטילים כאשר המשחתות מתרחקת מחוץ לטווח מכ"ם. כאשר החלו התרגולים הוברר כי כאשר המשחתות לא התרחקו מטווח הטילים והסתערו יחד עם הטרפדות הן נפגעו והוטבעו (תרגילית). הטרפדות שהסתערו עם טורפדו נגד משחתות הסקורי המצריות הוטבעו לפני שהגיעו לטווח ירי טורפדו. האימון המחיש את הנחיתות הקרבית של חיל הים הישראלי.

תקופת הכוננות לקראת המלחמה נוצלה על ידי חלק מהיחידות לאימונים והגברת כשירות. שררה אווירת פעילות ורצון לתרום להבסת האויב בכל דרך אפשרית. האווירה של "נעשה ונשמע" גרמה לשינויים ותוספות במשימות ויצירת אמצעים מאולתרים. חילופי הכוחות לא איפשרו הכנה נאותה. עקב הצורך בחשאיות לא התקיימו תהליכי חשיבה משותפים עם יחידות אחרות.

הערכת האיום המצרי בזירה הימית לקראת המלחמה כללה בים התיכון:
 הפגזת חופי המדינה בתותחי משחתות או בירי טילים, תוך חדירת מערך ההתרעה בלילה.
 מארבי צוללות מול נמלי ישראל ופגיעה בטורפדו בכלי שיט צבאיים או אזרחיים.
 הנחתת כוחות פשיטה בחופי ישראל.
 התנכלות לשיט אל ישראל וממנה באגן המזרחי של הים התיכון. ישראל תלויה בנתיבי שיט פתוחים, אך הערכות למלחמה קצרה ראו בהפסקת השיט סכנה מצומצמת.

בגזרת ים סוף העריך חיל הים הישראלי דרכי הפעולה האפשריות למצרים:
 חסימה ימית של אזור מצרי טיראן כהשלמה לחסימה היבשתית של התותחים בראס נצרני.
 שליטה ימית במפרץ אילת כסיוע לפעילות כוחות הקרקע.
 הפגזת העיר אילת ומתקני הנמל והדלק.

הערכת דרך הפעולה של חיל הים הסורי הייתה מתקפת טילים על נמל חיפה ואזור החוף הצפוני של ישראל. כן היה חשש מהתבססות כלי שיט מצריים במעגנים הסוריים.

 משימות חיל הים הישראלי 
המטה הכללי הישראלי היה מודע ליכולות המוגבלות של חיל הים באותה עת. לכן לא ציפה מחיל הים לפתוח חזית נוספת בזירה הימית, וייעד לו את המשימות הבאות:
 איגוף דרך הים - הנחתת כוחות מהים בגזרת אל עריש כסיוע להתקדמות אוגדת טל בצפון חצי האי סיני.
 הונאה - לחזק אצל הפיקוד המצרי את ההערכה שצה"ל מתכנן לכבוש את שארם א-שייח' במבצע משולב, במטרה לגרום לריתוק כוחות יבשה ואוויר מצריים לגזרה הזאת.
 אבטחת חופי המדינה - הגנת החופים בזירת ים סוף ובזירת הים התיכון מפני תקיפות של אוניות שטח (הפגזה מהים) ופעילות צוללות אויב.

למפקד חיל הים, שלמה אראל, היה ברור כי לא ניתן יהיה להסתיר העברת כוחות קרקע לאל עריש בדרך הים על ידי נחתות שיצאו מנמל אשדוד, ושחיל הים המצרי ינסה למנוע מהלך כזה. אולם על אף הפער האיכותי והכמותי הגדול בין הכוח שעמד לרשותו לבין המצרים, הוא קיבל את המשימה ונערך ללחימה בגזרת פורט סעיד.

משימת אבטחת שיט חופשי לישראל וממנה לא הוטלה על חיל הים, בזירת הים התיכון מתוך הנחה שהמלחמה תהיה קצרה ולא יהיה בכך צורך, ובזירת ים סוף מתוך הערכה שחיל הים לא יוכל לפרוץ את המצור הימי המצרי באמצעות כוחות ימיים בלבד.

משימת תקיפת נמלי סוריה שתוכננה במסגרת המאבק נגד תעלת ההטיה, ושחיל הים היה ערוך בכוננות לביצועה זה מספר חודשים, לא נדרשה והכוננות בוטלה, אולם התפישה שניתן לתקוף בו זמנית את כל הנמלים של האויב נשארה בעינה. וחיל הים הכין תוכנית למתקפה חשאית על כל נמלי מצרים וסוריה בים התיכון. המטה הכללי הישראלי ושר הביטחון משה דיין לא ראו צורך בביצוע התוכנית, אך מפקד חיל הים הסביר, שדווקא ההצלחה הצפויה של המבצעים המתוכננים בזירה היבשתית והאווירית, עלולה לגרום למצרים לסוריה לרכז מאמץ בזירה הימית, במטרה לחסום את נתיבי השיט לישראל ולהפגיז בטילים ארוכי טווח את חופיה, ולכן יש צורך במתקפת מנע, כדי לפגוע ביכולות הימיות של האויב. דיין לא קיבל את טיעוניו, אך הסכים להעלות את הנושא להכרעת ראש הממשלה, לוי אשכול.

האלוף אראל הציג בפני ראש הממשלה את הצורך לפגוע באויב בנמליו, כחלק מביצוע המשימה של הגנת חופי ישראל. אשכול אישר באופן עקרוני את ביצוע הפעולות המתוכננות של חיל הים. האישור ניתן לכך שיש לראות בכלי שיט של האויב בתוך הנמלים שלהם יעד לתקיפה. שיטת התקיפה של כל נמל, פרישׂת הכוחות לתקיפת יעדים רבים בו זמנית, ועיתויה של הפעולה נקבעו על ידי מפקדת חיל הים.

פיקוד, שליטה ונוהל קרב

מוצב הפיקוד הימי, ממנו נשלטו הכוחות בים, ומפקדת חיל הים נמצאו באזור סטלה מאריס בחיפה. משרדי המטה הכללי ומוצב הפיקוד העליון נמצאו בקריה בתל אביב. מפקד חיל הים, שלמה אראל, נדרש להימצא גם בתל אביב וגם בחיפה. ראש מחלקת ים, יצחק רהב, ניהל את פעולות חיל הים באופן קבוע בחיפה. צוות קבוע של חיל הים בראשות שבתאי לוי נמצא בתל אביב. פיזור המפקדים בין שתי מפקדות פגע בניהול.

האלוף אראל הוזעק מחוץ לישראל ב-19 במאי וקיבל את תוכניות המלחמה כפי שנערכו על ידי יצחק רהב. דב שפיר חזר לפקד על שייטת 13, לאחר שבמהלך הכוננות שב מלימודים מחוץ לישראל. אל"ם בנימין תלם הוחזר מצרפת, שם נמצא במשלחת קליטת ספינות הסער, וקיבל לפיקודו את המשחתת אח"י יפו ואת הפיקוד על פעולת פורט סעיד. מפקד שייטת המשחתות, אל"ם נפתלי רוזן, קיבל אחריות על מבצע הנחיתה וקבע את מטהו באח"י נגה (ק-22).

בהפעלת צוללים וצוללות, המרחקים הגדולים בין מרכיבי הכוח כמו גם הצורך לשמור על דממת אלחוט, יוצרים תקופות ארוכות של חוסר קשר בין המבצעים במהלך הפעולה. גם כאשר קיימת אפשרות לקשר, נעשה בו שימוש מוגבל, כדי לא לאפשר איכון על ידי האויב. מצב זה של חוסר קשר אינו מקובל בחילות האחרים בצה"ל ויוצר מתח רב במפקדות. במבצעי קומנדו ימי קיים עקרון של הצבת , בצמוד למקבל ההחלטות, במוצב הפיקוד של כל מבצע. היו אלה יוסף דרור - מינת אל-ביידה, זאב אריאל - בניאס, יוחאי בן-נון - טרטוס, ואברהם דרור - אלכסנדריה. מפקד שייטת 13, סא"ל דב שפיר נמצא יחד עם ראש מחלקת ים, אל"ם יצחק רהב, במפקדת חיל הים.

מבצעי קומנדו ימי תוכננו לכל נמל סורי או מצרי והשתנו במהלך ימי הכוננות. לבסוף הופעלו הכוחות בלילה הראשון בשישה מוקדים בו זמנית. נוהל הקרב לפעולות האלה לא היה ברמה הנדרשת להצלחה.

מפקדים
מפקדי צה"ל במבצעים הימיים במלחמת ששת הימים תפקיד  שם אירוע / ציון לשבחתמונה שר הביטחון  משה דיין שמאל|150px הרמטכ"ל  רב-אלוף יצחק רבין  שמאל|150pxסגן הרמטכ"ל  אלוף חיים בר-לב שמאל|150pxראש אגף המבצעים  אלוף עזר ויצמן שמאל|150px מפקד חיל הים  אלוף שלמה אראל שמאל|150pxראש מחלקת ים  אלוף-משנה יצחק רהב  תקרית ליברטי150px|שמאלמפקד שייטת המשחתות  אלוף-משנה נפתלי רוזן  מפקד מבצע הנחיתה על אח"י נגה. המבצע בוטלשמאל|150pxמפקד פעולת פורט סעיד  אלוף-משנה בנימין תלם  על אח"י יפושמאל|150px מפקד המשחתת אח"י אילת  סגן-אלוף יצחק שושן  תקיפת צוללתשמאל|150pxמפקד המשחתת אח"י יפו (ק-42)  סגן-אלוף יצחק קט שמאל|150pxמפקד המשחתת אח"י חיפה  סגן-אלוף יהודה בן-צור  תקיפת צוללת150px|שמאל מפקד שייטת הצוללות  סא"ל הדר קמחי  שמאל|150pxמפקד הצוללת אח"י תנין  רס"ן אברהם דרור  פעולת אלכסנדריה, אות המופתשמאל|150px| מפקד הצוללת אח"י לויתן  רס"ן זאב אלמוג (אברוצקי) בהפלגה לישראלשמאל|150px| מפקד הצוללת אח"י רהב  רס"ן מיכאל ברקאיבלא כושר צלילה הופעלה ככלי שיט נגד צוללות.שמאל|150px|מפקד פלגת הטרפדות 914  סא"ל משה אורן  שמאל|150pxמפקד כוח טרפדות (סמפל"ג 914) סרן אלי רהב הוחזר מאשדוד לחוף הסורי שמאל|150pxמפקדי הטרפדות  רמי רפאלי, אריה רונה, רפי אפל, גיל קרן וחיים גבע שמאל|150pxמפקד שייטת 13  סא"ל דב שפיר שמאל|150pxמפקד כוח צוללים (שייטת 13)  סרן איתן ליפשיץ  פעולת אלכסנדריה, רקע אדוםשמאל|150pxמפקד כח שייטת 13  רס"ן זאב אלמוג  פעולת פורט סעיד, רקע אדוםשמאל|150pxמפקדי צוללים (שייטת 13)  סרן יצחק שמיר וסרן דב בר פעולת פורט סעיד, רקע אדום150px|שמאלמפקד פעולת מינת-אל ביידה  סא"ל (מיל') יוסף דרור סגנו צבי גבעתי  בסד"ג "גלים"שמאל|150pxמפקד כוח שייטת 13 במינת אל-ביידה  סרן חנוך מנור  הגיע ליעד באיחור והחליט לדחות למחרתשמאל|150pxמפקד אח"י נגה ופעולת בניאס  רס"ן זאב אריאל  פעולת בניאס ומפגש טרפדות סוריותשמאל|150pxמפקד כוח שייטת 13 בבניאס  רס"ן אמנון בן-ציון  פעולת בניאס150px|שמאלמפקד פעולת טרטוס אלוף יוחאי בן-נון וסגנו סא"ל אהרון בן-יוסף  בסד"ג שקמונה, הפעולה נדחתה למחרת ובוטלהשמאל|150pxמפקד כח שייטת 13 בטרטוס  סרן פז עמנואל  הפעולה נדחתה למחרת ובוטלהשמאל|150pxמפקד בסיס חיפה  אלוף-משנה יצחק גזית שמאל|150pxמפקד כוח השיטור הימי  רפ"ק צבי שליט  שמאל|150pxמפקד אח"י מבטח  רס"ן מייק גל  בניסויי ים בנמל שרבורג150px|שמאל מפקד זירת ים סוף סא"ל מנשה ליפשיץ שהוחלף בתקופת ההמתנה על ידי בוצר.שמאל|150pxמפקד זירת ים סוף אל"ם אברהם בוצר  תפישת מעגן שארם א-שייח'שמאל|150pxמפקד פלגת תותחים נגד מטוסיםסגן מיל' אברהם לוכסמבורג שנפרשה בנמל אילת לקראת מלחמת ששת הימים.שמאל|150pxמפקד יחידת שייטת 13 בזירת ים סוף  סרן שאול זיו  שמאל|150px מפקד שייטת הנחתות  רב-סרן ברוך ברושי  שמאל|150pxראש מחלקת מודיעין (רמד"ן)  אל"ם ראובן אשכנזי  שמאל|150px ראש מחלקת ציוד (רמצ"ד)  אל"ם יעקב שפי  שמאל|150px ראש מחלקת כוח אדם (רמכ"א) אל"ם יואב יסעור   שמאל|150px מפקד יחידת קשר וגילוי  רס"ן אלי תמיר  שמאל|150pxראש ענף תכנון מבצעי  רס"ן דב רם,  שמאל|150pxקצין תכנון מבצעיאלכס דרוריהצטרף למשחתת אח"י יפו לפעולת פורט סעיד שמאל|150pxנציג ח"י במוצב הפיקוד העליון  סא"ל שבתאי לוי 150px|שמאלמפקד תורן במוצב הפיקוד הימירס"ן רמי לונץ שמאל|150px
גלריה

 זירת ים סוף
חסימת השיט לאילת
התנועה אל נמל אילת וממנו עוברת במצרי טיראן המצויים בתחום המים הטריטוריאליים של מצרים וסעודיה שהחכירה את האיים למצרים. לפי החוק הימי המצרים הם בינלאומיים והתנועה בהם חופשית. חסימתם בשנת 1956 הייתה עילה למלחמת סיני. נסיגת צה"ל מסיני ומעזה נעשתה רק לאחר קבלת ערבויות בכתב בדבר חופש השיט במפרץ אילת מנשיא ארצות הברית, דווייט אייזנהאואר, לראש הממשלה הישראלי דוד בן-גוריון, ב-20 בפברואר 1957.

נמל אילת שימש מוצא לכיוון המזרח. בשנת 1965 הסתיימה בניית הנמל החדש ובשנת 1966 - בניית מזח הדלק. היצוא דרך נמל אילת, בנוסף לפוספטים, היה ביטחוני, בעיקר לאיראן. תעשיית המכוניות היפנית נכנעה לחרם הערבי ומכוניות עדיין יובאו מאירופה לנמל חיפה. הדלק לישראל הגיע ברובו מדרום אמריקה לנמל חיפה. למעגן הדלק באילת הגיעו מכליות נפט מאיראן. על הקו שייטו המכליות PATRIA של חברת צים, SAMSON של חברת אל-ים ו-SIRIS של חברת אייזיק וולפסון, שלושתן בדגל ליבריה. צינור בקוטר 16 אינץ' הוביל את הדלק למרכז הארץ. חסימת השיט לאילת כשלעצמה לא היוותה נזק אסטרטגי או כלכלי רב, אך הזלזול באינטרס הישראלי סימן את אובדן כושר ההרתעה בעיני מדינות ערב.

כניסת הצבא המצרי לסיני החלה ב-18 במאי, וחסימת מצרי טיראן לשיט לישראל וממנה הוכרזה על ידי נאצר ב-23 במאי. ישראל ראתה בפעולה זו הכרזת מלחמה עליה. ספינת הדיג "ניצן", שעבדה בדרך כלל באריתריאה, יצאה לדרכה ב-22 במאי. בקרבת המצרים קיבלה הוראה להתעכב. בהוראת הרמטכ"ל יצחק רבין המשיכה בדרכה ועברה ללא עיכוב מצד מצרים. ב-23 במאי התקבלה ידיעה שהמצרים החלו בפעילות מיקוש במעבר גרפטון בים סוף. הידיעה לא אומתה.

ב-24 במאי חוזק אזור שארם א-שייח' והוצבו בו ארבעה תותחים 130 מ"מ ואנשי צפרדע של חיל הים המצרי. למצרים הייתה שליטה מלאה באזור אכיפת החסימה, משום שהמעבר במצרי טיראן היה בטווח תותחי החוף של ראס נצרני. בנוסף לחסימה היבשתית נשלח כוח ימי גדול שערך סיורים באזור המצרים ונכנס גם לתוך מפרץ אילת. מטרתו של נאצר בהצבת הכוח הייתה להרתיע את ציי המערב, בעיקר ארצות הברית ואנגליה, מלהתערב בנעשה.

כדי להדגיש את החסימה פרסמו עיתוני מצרים כי ב-30 במאי הורחקה מכלית אמריקנית תחת דגל ליבריה ממצרי טיראן, לאחר שספינת סיור מצרית ירתה יריית אזהרה מעבר לחרטומה. בוושינגטון ובשגרירות האמריקנית בקהיר אמרו שהם לא יודעים על הימצאה של ספינה אמריקנית באזור. הייתה זו מעין לוחמה פסיכולוגית מצד המצרים.
בשעות הבוקר של 31 במאי, במרכז מפרץ אילת (בין דהב לוואסט), עצרה המשחתת "אל-פאתח" אוניית סוחר דנית שהייתה בדרכה מעקבה לג'דה והיא הוחזרה כלעומת שבאה. מאוחר יותר קיבלו כלי השיט המצרים הוראות לתת אפשרות למעבר לתנועה בינלאומית ולאכוף את המצור רק לגבי התנועה לאילת ואוניות ישראליות בלבד.

בפגישה שנערכה ב-1 ביוני אמר גמאל עבד אל נאצר לשגריר הסובייטי בקהיר, פוזידייב, כי הנחה את משמר החופים בשארם א-שייח' וספינות חיל הים המצרי לא לעצור לבדיקה ספינות צבאיות זרות העוברות דרך מצרי טיראן. נאצר הוסיף כי גם אם אוניית מלחמה אמריקנית או בריטית תפתח באש על העמדות בחוף, התותחנים קיבלו הוראה לא לענות באש. נאצר אמר כי אמצעים אלה ננקטו כדי למנוע התנגשויות "בלהט ועצבנות." ואכן ב-2 ביוני הועברה לכוחות המצרים בים סוף הודעה על כך שהאוניה "דולפין" תעשה ניסיון מעבר. ניתנו הוראות לא לעכב את האונייה כי בשלב זה חששו המצרים שזה ניסיון של מעצמות המערב לבדוק את ההסגר ובאותו שלב לא רצו בהחרפה נוספת של יחסים עם המערב. נאצר פנה לנשיא ליבריה, ויליאם טאבמן , וביקש ממנו לאסור על אוניות הנושאות דגל ליבריה להוביל דלק לאילת.

הכוח המצרי בים סוף גדל וב-4 ביוני כלל שתי צוללות, שלוש משחתות, פריגטה, מקשת, 4 ספינות טילים קומאר, 9 טרפדות וסד"ג (ספינת דיג) חמוש. סיורים של משחתת ושלוש ספינות טורפדו קוימו במפרץ אילת מדי פעם. ב-4 ביוני הייתה למצרים כוונה לבצע מפגן כוח של הנחתת טנקים אמפיביים בדהב ונבק, על ידי שתי נחתות בחיפוי משחתת ומטוסי קרב, אך ההנחתה לא בוצעה. במקביל הוכנו כוחות סעודיים לפרישה באיים טיראן וסנפיר על מנת למנוע תקיפתם. כוונת הסעודים לא מומשה וכוחות אלה לא נפרשׂו.

תגובות להסגר
250px|ממוזער|האונייה המגויסת דולפין בפיקודו של מנחם כהן מגיעה למצרי טיראן, 9 יוני 1967.
על מנת להבהיר לעולם את החומרה שבה ישראל רואה את חסימת המצרים, הודיע ב-30 במאי שר החוץ הישראלי, אבא אבן, שחזר מביקורו בארצות הברית, במסיבת עיתונאים שישראל תהיה מוכנה לחכות זמן מוגבל בלבד לפתיחתם המחודשת. הציפייה היא עניין של ימים או שבועות או שישראל תסיר את ההסגר בעצמה.

מבצע מנחם - אוניית סוחר ARION שהופעלה בחכירה על ידי צים והייתה בכווית, נקנתה מבעליה בפינלנד ב-100,000 דולר, מחיר כפול משוויה, ונשלחה למאסאווה. ב-26 במאי 1967 הוטס אל"ם (מיל') מנחם כהן עם כ-30 אנשי צוות לאסמרה באריתראה וברכב לנמל מאסאווה. האונייה נרשמה בחיפה קיבלה שם חדש DOLPHIN ואות קריאה בינלאומי 4XMT. האונייה "דולפין" בפיקודו של כהן הוכנה בנמל מאסאווה לפריצת ההסגר. אחד הקצינים באונייה היה אברהם אשור. האונייה יצאה מהנמל ב-3 ביוני בשעות הבוקר ויציאתה עוררה רעש גדול בעולם ובמצרים. העיתוי לא היה רצוי למטה הכללי של צה"ל, ובהוראת מפקד חיל הים חזרה האונייה לנמל מאסאווה. לאחר שבוע יצאה שוב לדרכה והגיעה אחרי פתיחת המצרים לשיט ישראלי.

מבצע שמשון – חיל הים התכונן להעביר גם את המכלית Samson של חברת אל-ים בדגל ליבריה שהצוות המקורי שלה, שכלל ברובו ימאים זרים, סירב להפליג. צוות בפיקודו של סא"ל רב חובל דוד כהן גויס למילואים, הוטס והוסע לנמל מאסאווה. הצוות המתין בנמל כ-10 ימים אך ההפלגה יצאה לפועל רק לאחר המלחמה.

כוונת הפעילות הייתה לבדוק באופן מעשי את הצהרות המצרים לצרכים מדיניים וצבאיים. לשתי הפעולות נקבעו שתי אפשרויות פעולה:
 כניסה בכוח למצרים למרות התנגדות מצרית. מצב שיחייב הכנסת חיל האוויר לפעולה.
 היענות לדרישות המצרים בסירובם להתיר את מעבר האונייה.

נעשתה גם תוכנית לשלוח ספינת  מאילת ב-3–4 ביוני, למעבר במצרים ואם יירו עליה, תחזור. היה בכך סיכון גדול להיפגעות הצוות והתוכנית לא אושרה לביצוע.

 פעילות ההונאה
עקב הפעילות המצרית שהחלה בחסימת מצרי טיראן החליטה ממשלת ישראל על מלחמה כוללת. תוכנית המתקפה הצה"לית קבעה את מאמץ ההבקעה לצפון סיני. התוכנית כללה צעדי הונאה במגמה להציג את המאמץ העיקרי לפריצה בדרום הנגב בציר נח'ל-כונתילה, בדומה לפריצה במלחמת סיני. מטרת ההונאה בזירה הימית הייתה למשוך כלי שיט מזירת הים התיכון החיונית, לזירת ים סוף שהוערכה כמשנית. על בסיס אילת הוטל לביים הכנות להנחתת כוחות במפרץ אילת.

מול התצפיות שהציבו המצרים בנמל עקבה נערכו מ-28 במאי מדי יום הצגות של כלי נחיתה המגיעים במשאיות ויורדים למים. כמו כן הועמסו טנקים מסוג AMX-13 לנחתת ובלילה הונחתו הטנקים בחוף הדרומי וגם הנחתות הועלו לחוף והוסתרו בוואדי מאחרי הבסיס. בוימו גם תנועות של כוחות צבא אל הנמל והעמסת רכב משוריין על אוניית משא "עמליה" שנרכשה בנוהל מזורז מבעליה היווניים. לפנות ערב יצאו הטרפדות ברעש גדול דרומה ובמהירות רבה ובלילה שבו בשקט לבסיס.

הפעילות נקלטה היטב אצל המצרים: משחתת Z דיווחה כי רדפה אחרי מטרות מהירות שגילתה במכ"ם מצפון לדהב, ונערכו סיורים של טרפדות. היו ידיעות על הכנת כוח סעודי לאיים, אך במקום זאת הועברו חיילים מצריים לאי טיראן במסוקים. להונאה הייתה השפעה רבה על עריכת כוחות היבשה המצריים ומועד תחילת המלחמה ל-5 ביוני נקבע כדי לאפשר להם לדלל את הכוחות בגזרה הצפונית.

כהצלחת ההונאה ניתן לראות שהכוח הימי המצרי בים סוף תוגבר עד כדי שליש מכלי השיט הפעילים. ב-4 ביוני כלל הכוח 3 משחתות, פריגטה אחת, מקשת אחת, 9 טרפדות, 4 סטי"לי קומאר, שתי צוללות, שני סמ"רים וסד"ג חמוש. חלק מצבר הכוחות נעשה עוד לפני תחילת ההונאה ומטרתו הייתה הרתעת ציי מעצמות המערב מלפתוח בכוח את המצור על מצרי טיראן.

הגנת העיר אילת
במהלך ימי הכוננות התקבלה ב-25 במאי ידיעה שהמצרים יפתחו בעוד יומיים במתקפה על אילת. ידיעות המודיעין הועברו לאבא אבן בניו יורק שהתריע לאמריקאים. אלה פנו לסובייטים והשגריר הסובייטי במצרים הזדעק לשיחה עם גמאל עבד אל נאצר ומסר לו שברית המועצות לא תתמוך במהלך כזה. לציבור בישראל לא נודע דבר עד אחרי המלחמה.

לאחר פתיחת המלחמה, בצהרי היום ב-5 ביוני, התקבלו במפקדת חיל הים ידיעות על כוח ימי מצרי, המונה שתי משחתות מדגם Z ו-6 ספינות טורפדו P-183, שמשימתו הפגזת אילת. מפקד הזירה, אל"ם אברהם בוצר, קיבל הוראה להציב את הטרפדות במארב מכיוון החוף הסעודי. במקביל נדרש ביצוע סיור אווירי לאיתור הכוח המצרי.

בוצר החליט לשלב במארב כוחות נוספים שעמדו לרשות חיל הים בזירה - סירות מרוץ ואמצעים של שייטת 13. המטרה שקבע לכוח הייתה פגיעה במשחתות שתותחיהן היוו את עיקר האיום על אילת. צורף כוח שייטת 13 בפיקוד שאול זיו, שכלל שתי סירות נפץ מוכוונות מספינת ברטרם שהפעילה מכ"ם והגוררת "צאלה" לתמונה ופיקוד.

היערכות הכוחות נעשתה כאשר שלוש ספינות הטורפדו בפיקוד רס"ן אברבנאל ימצאו דרומיות ביותר בצמוד לחוף המערבי, סירות שייטת 13 בצמוד לחוף הסעודי. תוכנן לתת לטרפדות המצריות לעבור ואז לתקוף את המשחתות בטורפדו ממערב ובסירות נפץ ממזרח. סירות המירוץ בפיקוד רס"ן שני ימצאו בצד המערבי כשישה קילומטר צפונה מהטרפדות. משימתן להעסיק באש את הטרפדות המצריות על מנת להגדיל את סיכויי התקפת הטורפדו וסירות הנפץ על המשחתות. והגוררת "צאלה" בפיקוד רס"ן מגורי נערכה במרכז המפרץ בראש המארב. הוזמן סיוע במטוסי תקיפה לשעת העימות המשוערת.

התנועה להיערכות הייתה קשה. רוח צפונית חזקה וגלים גבוהים יצרו תקלות בכלי השיט הקטנים. סירת מרוץ אחת לא הגיעה למקום המארב, סירת נפץ אחת התמלאה מים וטבעה. בוצר החליט שלא לפתוח בפעילות הנצלה ונתן עדיפות לביצוע המשימה. הכוח המשולב התמקם במקומות המיועדים בשעה 21:30 כלי השיט ציפו למגע עם אויב בעוד 4.5 שעות.

מכ"מי "צאלה"' והטרפדות לא איתרו מטרות עד 55 קילומטר דרומה מאילת. התברר שהכוח הימי המצרי חזר בו מכוונתו לתקוף את אילת. מטוסים שהוזנקו בשעה היעודה כסיוע למארב חזרו. בקשת מפקד חיל הים מחיל האוויר לזנב במצרים הנסוגים כל עוד הם במפרץ אילת נדחתה. משחתת נחשבת כסוללת תותחי נ"מ מוכווני מכ"ם ניידת והיא מטרה לא קלה למטוסים בלילה.

בכל ימי הלחימה, גם בעת הקרבות בירושלים ובגדה המערבית, הקפידו הירדנים על שקט באזור עקבה. עם זאת עמדות התותחים באילת התכוננו לכל תרחיש.

כיבוש שארם א-שייח'

לצורך השטת כוחות הקרקע ביצע חיל הים נוהל החרמת אונייה באילת תוך פיצוי הבעלים. האונייה נרשמה כ"עמליה", רב חובל מונה רמי זולברג. האונייה הוכנה להעברת טנקים למפרץ שלמה.

ב-6 ביוני הוחלט על כיבוש שארם א-שייח', על חיל הים הוטל לסייע לכיבוש בהנחתת 4 טנקים והובלת אספקה בנחתות בליווי ספינות הטורפדו. לאחר שהתקבלו ידיעות על נסיגת הצבא המצרי בסיני הוקדם הביצוע ל-7 ביוני.

ספינות פירקו את הטורפדו ונעשו ספינות תותחים. בשעה 07:01 יצא מאילת כוח שכלל 4 נחתות שנשאו 4 טנקים מסוג AMX-13 וג'יפ, בליווי 3 טרפדות, סירת ברטרם והגוררת "צאלה" כספינת הפיקוד וכוננות לגרירה. כאשר הכוח הגיע למחצית הדרך הגיעה הודעה כי מתנהלת לחימה במצרי טיראן. מפקד הכוח אברהם בוצר עבר ל"אח"י תרשיש" ונע במהירות למצרי טיראן. בטרפדת "אח"י שבא" חל קלקול במנוע והיא נשארה מאחור עם הנחתות.

בשעה 09:00 הגיעה הודעה שצניחה מתוכננת של כוח צנחנים ישראלי תתקיים בשעה 12:30. בוצר החליט להגיע למפרץ שארם א-שייח' עם שתי טרפדות במקביל לצניחה ולסייע בכיבוש המקום. באותה עת לא היה ברור האם עמדת התותחים המצרים ברס נצראני, החוסמת את המצר, מאוישת. כאשר הגיעו לטווח התותחים מרס נצראני התברר כי היו עזובים.

הטרפדות הגיעו למפרץ בשעה 11:30 ובשעה 12:12 הונף דגל ישראל על בנין בית החולים של כוחות האו"ם בשארם א-שייח'. בוצר התקשר למפקד כוח הצנחנים והודיע לו על תפיסת המקום. כתוצאה מכך בוטלה הצניחה ובשעה 14:00 נחתו הצנחנים במסוקים.

אחרי הצהריים התגלו שתי ספינות דיג שנעצרו רק לאחר ירי לפני החרטום. הסירות לא היו חמושות אך נשאו בתוכם 33 חיילים מצריים עם נשק וציוד מחלקתי. היו אלה אנשי הקומנדו המצרי שהונחתו על האי טיראן ערב המלחמה. השבויים נמסרו לכוח היבשתי והספינות נקשרו לרציף. בשעה 17:00 הגיע כוח הנחיתה והנחית את הטנקים בחוף המפרץ. למחרת נכנסה הכבאית של נמל אילת, שהביאה כ-60 חביות דלק לטרפדות.

עם כיבוש שארם א-שייח' הסתיים גם ההסגר על אילת. האונייה הראשונה שעברה הייתה ה"דולפין" בפיקודו של רב חובל מנחם כהן ב-9 ביוני 1967 והגיעה לאילת באותו יום.

גלריה

התוכנית שבוטלה לתקיפת מעגן ע'רדקה 
בזירת ים סוף הייתה תוכנית לפעולת קומנדו ימי של פריצה למעגן ע'רדקה. הצוללים בכלי שיט קטנים היו מתוכננים להגיע במסוקים לקרבת היעד. מפקד הפעולה היה שאול זיו וכוונת חיל הים הייתה לבצע אותה בלילה הראשון. תוך כדי תכנון הוברר שלא יועמדו מסוקים לעניין והתוכנית נפלה. ציוד חיוני של ראיית לילה ומפגש שנמצא בידי הצוללים בזירה היה חסר בפעולת אלכסנדריה.

גזרת מצרים בים התיכון
 התוכנית שבוטלה למבצע נחיתה ממזרח לאל עריש 
שמאל|250px|ממוזער| הנחתת אח"י אכזיב פ-65 שבנייתה הסתיימה לקראת המלחמה. יוני 1967.
הוטל על חיל הים לסייע לכוחות היבשה הפועלים בגזרת אל עריש על ידי הנחתה מהים. בכך היה נוצר איגוף למערך המוצבים המצריים במעבר הג'יראדי ושיח' זוויד.

כוח הנחיתה כלל שלוש נחתות 60 מטר ושלוש נחתות 36 מטר. בתקופת ההמתנה השלימו מספנות ישראל בעבודה מאומצת את בניית הנחתת אח"י אכזיב שהשלמתה תוכננה לאוגוסט 1967.

למפקד מבצע הנחיתה מונה אל"ם נפתלי רוזן, מפקד שייטת המשחתות. כאוניית פיקוד תוכננה אח"י נגה (ק-22). כוח האבטחה הצמודה כלל 5 טרפדות ושתי ספינות משמר שגויסו ממשטרת ישראל.

תוכנית המבצע הייתה העמסת הכוח היבשתי - חטיבה 55 בפיקוד מרדכי גור - על הנחתות בנמל אשדוד, יציאה בליווי כוח האבטחה בנתיב קרוב אך מעבר לטווח ראייה מחוף רצועת עזה, הורדת כוח ראש החוף בסירות גומי מהטרפדות, סימון החוף וביצוע הנחיתה. בהמשך התכנון הוכנסה תוכנית לתקיפת נמל פורט סעיד בסירות נפץ במקביל לנחיתה, אם על ידי מארב מחוץ לנמל או פריצה לנמל עצמו.

מבצע הנחיתה בוטל ב-5 ביוני ובוטלה גם פעולת סירות הנפץ על נמל פורט סעיד.

תקיפת פורט סעיד

מיקומו של נמל פורט סעיד עושה אותו לבסיס הקדמי ליציאת כוחות נגד חופי סיני וישראל. בחירת צה"ל למאמץ עיקרי בציר הצפוני בסיני חייבה את חיל הים לאבטח את האגף הימי. לצורך כך היווה הנמל וכלי השיט של חיל הים המצרי הנמצאים בו יעד עיקרי לתכנוני תקיפה. על הצורך החיוני בפעולה בפורט סעיד הייתה תמימות דעים עם המטה הכללי.

חיל הים הכין לפעולה בפורט סעיד כוח שכלל את המשחתת אח"י יפו וכל 5 הטרפדות. המשחתת הובילה עליה את הכוח התוקף, שכלל שני זוגות צוללים רכובים על שני "חזירים" וסירת ציפור. מפקד המבצע היה אל"ם בנימין תלם. לכוח היו שלוש משימות: תקיפת צוללים בתוך הנמל, תקיפת כלי שיט במבואות הנמל ותקיפת זוג הצוללות המגיעות מאלכסנדריה.

בשעות הצהריים עזבו שתי טרפדות את הכוח ונשלחו לגזרה הסורית. טרפדת אחת הוצמדה למשחתת, ומפלג הטרפדות, סא"ל משה אורן, נשאר עם זוג ספינות. עם רדת החשיכה התקרבה אח"י יפו בנתיב הקבוע של אוניות הסוחר והורידה את ה"חזירים" וסירת ציפור בקרבת הנמל. ה"חזירים" סרקו ביסודיות את הרציפים, ומאחר שלא מצאו כלי שיט אויב יצאו מהנמל. הציפור התקרבה לאיסוף, התגלתה על ידי המצרים במכ"ם, וזוהתה כאויב. נפתחה לעברה אש תותחים מהחוף וזוג ספינות אוסה בסיור קיבלו הוראה לתקיפתה. המידע נקלט במשחתת והתפרש כהתקפת טילים. צוות הציפור הרגיש שפתחו עליו באש אך לא היו נפילות בקרבתו. נעשו תמרוני התחמקות שכללו עצירה במקום ותנועה צפונה.

הטרפדות שנמצאו באבטחה גילו שני כלי שיט מזרחה להן בתנועה לכיוון פתח הנמל. מפלג הטרפדות, סא"ל משה אורן, שאף לאפשר לפעולת האיסוף להתבצע בשקט. הטרפדות חצו לפני החרטום של הספינות המצריות, במגמה למשוך אותן אחריו צפונה ולהרחיקן מסירת ציפור והצוללים. בתגובה לכך הסתמן שאוסה אחת פנתה אחרי הטרפדות, אך השנייה המשיכה בדרכה לעבר סירת ציפור. כעבור זמן קצר ביטלה המפקדה המצרית את הוראת התקיפה. האוסות התקבצו וחזרו לנוע לעבר הנמל. מפקד הכוח בנימין תלם אישר את בקשת הטרפדות לתת מכת אש לפני ניתוק המגע. הטרפדות חזרו ורדפו אחרי האוסות ופתחו באש וניתקו מגע. לא אובחנו פגיעות. האוסות המשיכו לנמל בלא שהשיבו אש.

פעולת איסוף הצוללים על ידי הסירת ציפור לא הופרעה. טרם איסופם נדרשו הצוללים להטביע את ה"חזירים" כדי לאפשר התרחקות מהירה.

למחרת השלימו המצרים הוצאת כלי השיט המלחמתיים מפורט סעיד לאלכסנדריה.

פעולת אלכסנדריה

שמאל|300px|ממוזער| הצוללת אח"י תנין בעמדות כניסה לנמל, 1967.
שמאל|300px|ממוזער|מחפר ימי הפוך שהוטבע בנמל אלכסנדריה על ידי צוללי שייטת 13 9 ביוני 1967.
נמל אלכסנדריה היה הבסיס הראשי של חיל הים המצרי ובו רוכזו רוב יחידותיו. הגנת אזור הנמל התבססה על מערכת התרעה של מערכות מכ"ם וסיורי אוויר, סיורי כלי שיט, מערכת תותחי חוף ומערכת הגנה פנימית בכלי שיט המסיירים בתוך הנמל. בזמן חירום היה נוהג להכריז על אזור סגור לשיט מטווח 30 מייל מהנמל בשעות החשיכה. היו ידיעות על תוכנית למיקוש הגנתי באזור הנמל. הנמל משתרע על פני שטח רחב מאוד.

בתקופת ההכנות למלחמה נשלחה הצוללת אח"י תנין ב-20 במאי כשעליה קבוצת צוללים לנקודת המתנה בלב ים עם סבירות פעולה למספר נמלים. הצוללת הוחזרה ב-24 במאי לתדרוך ויצאה לאזור אלכסנדריה. ב-1 ביוני בשעות הערב יצאה פעם שנייה. מפקד הצוללת אברהם דרור היה רשאי להחליט על אופן הפעולה - תקיפה בטורפדו של כלי שיט מלחמתיים מצריים מחוץ לנמל או הורדת כוח הצוללים לתקיפת כלי שיט בתוך הנמל ואיסופם בתום הפעולה.

ב-5 ביוני קיבלה הצוללת אישור לפעולה. מהצוללת יצאו שלושה זוגות צוללים משייטת 13 וחדרו לנמל אלכסנדריה. הנמל הצבאי בו נמצאו רוב המטרות היה רחוק על מנת להגיע ולחזור. הם סרקו באזורים קרובים יותר לא מצאו מטרה צבאית. חיבלו במחפר דוברה ומבדוק. בסוף הפעולה הם לא מצאו את הצוללת ונפלו בשבי המצרי. הצוללת ניסתה למחרת היום לחלץ את הצוללים, עד שמפקדת חיל הים הודיעה לה כי הלוחמים נפלו בשבי והורתה לה לחזור לישראל.

בקרבת הצוללת התגלתה פריגטה מצרית "טארק" בסיור, פריגטה מדגם בריטי שנבנתה במיוחד כנגד צוללות, והצוללת ירתה לעברה ארבעה טורפדות.
הפריגטה המצרית הבחינה בטורפדות שנורו לעברה, ולא נפגעה. היא ביצעה שתי התקפות נגד והטילה בתחילה 3 ושוב 5 פצצות עומק בקרבת הצוללת. נראה שהפריגטה לא הצליחה לגלות את מקום הצוללת המדויק וביצעה נוהל התקפת נגד לכיוון מקור הטורפדות. אח"י תנין (צ-71) שרדה את ההתקפות אך מכשיר הסונאר הראשי יצא מפעולה וגם בצינור השינור נבעו חורים. הצוללת המשיכה במשך היום בצלילה, בשעות החשיכה עלתה לשינור והעבירה דיווח מסכם למפקדה: שהצוללים לא נאספו והיא עצמה ספגה נזק מתקיפות פצצות העומק ומכשיר הסונר שלה לא עבד.

כשנודע במפקדת חיל הים כי הצוללים לא שבו לצוללת נערך דיון. ומפקד חיל הים שלמה אראל הורה לאח"י תנין (צ-71) להיכנס ולבצע את האיסוף בלילה. מפקד הצוללת אברהם דרור, אישר וביקש כי תקוים פעילות באזור הנמל שתפריע לכלי שיט נגד צוללות מצריים לערוך חיפושים. באישור סגן הרמכ"ל חיים בר-לב יצאה שייטת המשחתות בפיקודו של אל"ם נפתלי רוזן לעבר אלכסנדריה במגמה לשמש הסחה. הרמטכ"ל יצחק רבין שמע על כך והעריך שהסיכון ללפגוש ספינות טילים מצריות גבוה והורה לחיל הים להחזיר את המשחתות. אח"י תנין (צ-71) התקרבה בצלילה לאלכסנדריה במגמה לאסוף את הצוללים. במשך היום קלט המודיעין הימי דיווח מצרי על נפילת הצוללים בשבי ונציג המודיעין הימי במצפ"ע רס"ן אורי מרץ העביר את הידיעה לחיל הים ואברהם דרור קיבל הוראה לחזור.

גזרת סוריה בים התיכון
כחצי שנה לפני המלחמה, בעת הקרבות על תעלת ההטיה של הירדן, הוטל על חיל הים להכין פעולת גמול נרחבת נגד ארבעת נמלי סוריה, בשיטת קומנדו ימי. הפעולה תוכננה עם כל כוחות שייטת 13 לביצוע וכל כלי השיט של חיל הים להובלה ואבטחה. הכוננות לביצוע אמנם בוטלה אך ההכנות לה השפיעו על תכנוני חיל הים למבצעי הקומנדו במלחמת ששת הימים.

בשונה מתכנוני קרבות תעלת ההטיה, לא ניתן היה לרכז כוחות לגזרה הסורית ובמועד התקיפה לא היה ניתן להשיג הפתעה. האישור של ראש הממשלה איפשר לחיל הים לתכנן שלוש פעולות בליל 5/6 ביוני גם בזירה הסורית. זו לא הייתה דרישת המטה הכללי אלא בחירה של חיל הים עצמו. כלי השיט המובילים את הכוחות היו אח"י נגה ושתי ספינות דיג מגויסות ולא היו כוחות לגיבוי ואבטחת החילוץ.

פעולת מינת אל-ביידה
מעגן מינת אל-ביידה נמצא 10 קילומטר צפונית ללטקיה והיווה את הבסיס הראשי של הצי הסורי. צורת החוף מאפשרת התמצאות וזיהוי טוב של פתח המעגן.
ב-25 במאי יצאה הסד"ג המגויסת "גלים" בפיקודו של סא"ל (מיל') יוסף דרור ועליה אנשי שייטת 13 לסיורי יום ולילה בקרבת החוף הסורי. כן בוצעו אימוני שחיית לילה והורדת והרמת סירות. הכוח שהה בשטח עד 30 במאי והוחזר לחיפה.

ב-1 ביוני קיבל יוסף דרור שוב את כוח שייטת 13 על ה"גלים". הכוח, בפיקוד חנוך מנור, כלל 12 לוחמים, שלוש סירות גומי, ציוד צלילה וחבלה. ב-4 ביוני בשעות הערב יצאה "גלים" לדרכה. למחרת בשעה 16:00 קיבלה אישור לביצוע. הגיעה לנקודת ההורדה כמתוכנן, על אף שנדרשה לשנות נתיב כדי להימנע מקרבת אוניות סוחר. בעת הורדת הסירות נפגעה אחת מסירות הגומי והחלפתה בסירת העתודה לקחה כ-40 דקות.

מנור האריך את הדרך על מנת להגיע לחוף מצפון לנמל. בשעה 01:00 היו סירות הגומי בקרבת פתח מעגן מינת אל-ביידה לקראת הורדה, כאשר המגדלור החל לנצנץ ו-3 כלי שיט סוריים הדליקו אורות ונכנסו למעגן. תנועת כלי השיט הסוריים בפתח עיכבה את הורדת הצוללים. סירות הגומי נחבאו בקרבת סלעי החוף.

נותרו שעתיים עד אור ראשון. מפקד הכוח חנוך מנור חישב את הזמן הדרוש לתנועה, הורדת הצוללים והפעילות ביעד, ונוכח כי למועד האיסוף כבר יאיר היום. ידע שעליו לבצע את כל הפעולה ואי איסוף הצוללים לא יתקבל כהצלחה. לאחר שלא הצליח להקים קשר עם מפקד הפעולה החליט לחזור. יוסף דרור העריך את המצב והתקרב מאוד לחוף כדי לקצר את זמן התנועה. בשעה 03:30 נפגשו הסירות עם ספינת הדיג "גלים" ונאספו.

הסירות לא התגלו מהחוף ולא נתקלו בדרכן בכלי שיט סוריים. מפקד הפעולה יוסף דרור דיווח למפקדת חיל הים וביקש אישור לביצוע חוזר באותו לילה - 6/7 יוני. מפקדת חיל הים שקלו שיש צורך במנוחה והורו לדרור להתכונן לביצוע בליל 7/8 ביוני. אך ב-7 ביוני בבוקר התקבלה הוראה לחזור.

פעולת בניאס 
במסגרת ההכנות לתקיפה בחוף הסורי תוכננה פעולה על כלי שיט של הצי הסורי בנמל לטקיה. ארגון הכוח כלל ארבעה צוללים, ארבע סירות גומי על אח"י נגה (ק-22) ומפקד אח"י נגה, רס"ן זאב אריאל, יוצא שייטת 13, כמפקד הפעולה. המשחתת אח"י יפו תוכננה להימצא באזור לסריקת פעילות מכ"ם ומידע בזמן אמת, כאשר המפקד הבכיר בזירה, אל"ם נפתלי רוזן, על אח"י יפו. עם הטלת משימת הנחיתה יועדה אח"י נגה להיות אוניית הפיקוד של הכוח הנוחת. ב-5 ביוני בוטלה משימת הנחיתה, והנגה קיבלה את משימת הובלת הצוללים לחוף הסורי.

באותו יום נמצא בצילום אוויר כי חמש טרפדות מדגם K-123 עוגנות על הרציף במעגן הבניאס, על כן שונה היעד מלטקיה לבניאס. הפעולה בנמל בניאס לא הייתה אחת מהאלטרנטיבות שכוח התקיפה היה ערוך להן. רמ"ח ים יצחק רהב העריך שהיות ומעגן בניאס הוא מקום קטן ניתן יהיה לבצע ללא תיק מודיעין. אחד מקציני שייטת 13 שעל הסיפון, סגן רפי מילוא, היה היחידי שזכר פרטים מתכנון קודם.

האונייה הגיעה לנקודת ההורדה בשעה 23:00. מפקד כוח הסירות קיבל תדרוך על מכ"ם האונייה לזיהוי החוף. כאן יש חילוקי דעות. מפקד הנוגה טען שניתן היה לראות את מפרץ בניאס בבירור אך מפקד כוח הסירות טוען שתמונת המכ"ם הייתה לא ברורה ולא שוכנע במיקום שקיבל. על הגשר הראו לו מצפון את מגדלור לטקיה ואחר כך התברר שמגדלור לטקיה לא עבד באותו לילה. הסירות התקרבו לחוף במגמה להגיע מצפון למעגן אך נראה שהגיעו מדרומו. בתנועה דרומה לאורך החוף מעגן בניאס לא נמצא.

בעת שאח"י נגה (ק-22) חיכתה בנקודת האיסוף, התגלו בשעה 01:10 בצג המכ"ם שלוש מטרות בכיוון 220 ובטווח 7 קילומטר. המטרות נצנצו באור לבן בדומה לסימן המוסכם עם סירות הגומי. השעה הייתה מוקדמת והכיוון היה שונה מהצפוי. באח"י נגה תפשו עמדות קרב והמתינו לבאות. היו אלה שלוש טרפדות סוריות מדגם K-123 שעברו במהירות רבה בטווח קרוב אך נראה כי חשבוה לספינה סורית ולא פתחו באש. גם אח"י נגה לא פתחה באש, מעייניו של מפקד הנגה היו לאסוף את הסירות החוזרות.

סירות הגומי החוזרות לא היו מודעות לאירועים ליד הנגה. בשעה 02:50 החלו הסירות לנוע לנקודת המפגש. כאשר לא מצאו את הנגה כי זו הרחיקה ל-45 קילומטר מהחוף, הורה מפקד הכוח על השמדת סירה אחת. חילק את הדלק והאנשים בין שלוש סירות וכך המשיכו מערבה. הטווח היה גדול ורק בשעה 04:00 נוצר קשר בין הסירות לאונייה, ובשעה 05:00 נוצר מפגש והסירות הועלו. מטוסים שנשלחו לעזרת הכוח הוחזרו. בשעה 07:55 נוצר מפגש עם זוג טרפדות בפיקוד אלי רהב שנשלחו לאבטחה.

מפקד הפעולה, זאב אריאל, שלח מברק על אי ביצוע פעולת שייטת 13 בגלל טעות בניווט. במשך היום ב-6 ביוני נודע כי המצרים והסורים הפנימו את תקיפות חיל הים והכוחות הימיים שלהם קיבלו הוראה להיכנס לנמלים ולאבטח אותם היטב. הוראת מפקדת חיל הים הייתה להישאר בים ולהתכונן לפעולה בליל 7/8 ביוני באותו יעד.

בחקירות מאוחרות התברר כי הסירות שהוכוונו בקורס 070 הגיעו דרומה למעגן בניאס. הקורס הנכון היה צריך להיות 045.

פעולת טרטוס
נמל טרטוס נמצא בשלבי בנייה סופיים אך טרם הופעל רשמית ולא הייתה אליו תנועת אוניות. עם הגברת הכוננות בצי הסורי התבססו בו באופן זמני כלי שיט של הצי הסורי שכללו 6 טרפדות ק-123 ושתי ספינות טילים קומאר.

מתוך כוונה לפגוע בכלי שיט אלה כחלק מפעולה כוללת נגד הצי הסורי. גויסה ב-27 במאי ספינת הדיג "שקמונה" שהייתה בבעלות המכון לחקר ימים ואגמים שמנהלו, אלוף (מיל') יוחאי בן-נון, מונה למפקד הפעולה. על סיפון השקמונה הועמסו שני חזירים, 3 סירות גומי וקבוצה כוללת של 12 לוחמים משייטת 13. סגנו של בן-נון היה מפקד השייטת לשעבר סא"ל אהרון בן-יוסף והצטרף גם קצין המכונה חנוך בן אליהו. מפקד הלוחמים משייטת 13 היה סרן עמנואל פז (פאולין), שהתמחה בחזירים. יעד אלטרנטיבי של כוח ה"שקמונה" היה מעגן בניאס.

"שקמונה" חומשה בשני מקלעים, כמו יתר ספינות הדיג לסיור הגנתי, ונקבעו התקנים לנשיאת החזירים על סיפון הירכתיים. ב-4 ביוני בשעות הערב הועמסו הלוחמים, החזירים וסירות הגומי בנמל חיפה. הספינה יצאה לים לנקודה מתוכננת בטווח 80 קילומטר מהחוף הסורי. ב-5 ביוני בצהריים נתקבל אישור עקרוני לביצוע הפעולה. הספינה יצאה לים ונתקלה בגלים חזקים מול כיוון התנועה שהאטו את התקדמותה.

בשעה 18:45 התקבל אישור סופי והספינה הגיעה לנקודת ההורדה, 18 קילומטר מהיעד, בשעה 22:40. כאן שקל מפקד הפעולה, יוחאי בן-נון, כי לוח הזמנים לא יאפשר ביצוע ואיסוף בחשיכה והחליט לדחות את ביצוע הפעולה. השקמונה התרחקה לכיוון קפריסין ובן-נון דיווח למפקדת חיל הים  בן-נון חשב לבצע בליל 6/7 יוני. מפקדת חיל הים הורתה על כוננות לביצוע בליל 7/8 ביוני אך מאוחר יותר הוברר שהמטכ"ל לא ייתן לכך אישור, והחזירה את הכוח לחיפה.

הגנת חופי ישראל
הגנה מפני צוללות
שמאל|250px|ממוזער|אח"י חיפה (ק-38) מניפה את נס השירות הפעיל, תוקפת בפצצות עומק צוללת מצרית, ברקע מטוס מיראז' 3 של חיל האוויר 9 יוני 1967.
משימת הגנת החוף מפני צוללות הוטלה על המשחתות אח"י אילת, אח"י יפו ואח"י חיפה שהוחזרה לפעולה. כן הופעלה הצוללת אח"י רהב בפיקודו של מיכאל ברקאי, שכבר לא יכלה לצלול, ככלי שיט נצ"ל. לפי נתוני המודיעין נמצאו מול חופי ישראל שלוש צוללות מצריות. כל משחתת בתורה איתרה צוללת ואף תקפה אותה. פריסקופ שהתגלה ביום השני למלחמה מול נמל אשדוד הותקף בירי על ידי הטרפדות הצוללת עצמה כנראה לא נפגעה. הצוללות חזרו למצרים בלא שהצליחו לפגוע בשיט ישראלי. צוללת אחת מתוכן נזקקה לתיקונים במבדוק.

מספר ספינות דיג גויסו וחומשו בפצצות עומק, והצוותים עברו הכשרה בתחום הלוחמה נגד צוללות. הסד"גים המגויסים סיירו בקרבת הנמלים, רעש מדחפיהן ופצצות העומק שהטילו מדי פעם השפיעו על צוללת האויב לצלול ולהתרחק.
קוים שיתוף פעולה בין הצוללת אח"י רהב לבין סד"גים המגויסים. הצוללת לא הייתה כשירה לצלילה, אולם הייתה מצוידת בסונאר לגילוי צוללות, ואילו הסד"גים המגויסים צוידו בנשק ללוחמה בצוללות, אולם לא עמדו לרשותם אמצעי גילוי תת-מימיים. מסיבה זו הוחלט להפעיל את אח"י רהב יחד עם סד"גים כדי שישלימו זה את זה. אח"י רהב בפיקודו של מיכאל ברקאי סיירה על פני השטח ועסקה בגילוי מטרות תת-מימיות. כאשר היא גילתה מטרה, היא כיוונה אליה את הסד"גים באמצעות הקשר, ואלה תקפו את המטרה בפצצות עומק. לא הובחן מגע עם צוללת אויב בצורה הזאת.

אבטחת החוף
250px|ממוזער|צוות אח"י חיפה עם קצינים מצריים שנמצאו בסירה בים.
ממוזער|250px|שבויים מצריים שנתפסו על ידי אח"י חיפה מורדים לבטן נחתת בדרכם לנמל חיפה.
חיל הים נערך למשימת הגנת החוף בהקמת תחנות מכ"ם, תצפיות עין, ביצוע סיורי כלי שיט וסיורי אוויר. פלגת הטרפדות חומשה בטורפדו והייתה בכוננות ליירוט כלי שיט.

תחנות המכ"ם הוקמו בראש הנקרה, בחיפה, בגבעת אולגה, ביפו ובאשקלון. טווחי הגילוי לכלי שיט מתחנות אלה היו כ-20 קילומטר לגבי ספינות דיג ו-50 קילומטר למשחתות או אוניות סוחר. בנוסף לתחנות אלה ניתנה תשומת לב גם בשתי תחנות מכ"ם של חיל האוויר שיכלו לגלות כלי שיט בגודל משחתת בטווחים גדולים.

סיורי האוויר נערכו במטוסי נורד שנשאו איתם צופי אוויר אנשי חיל הים. גזרות הסיור היו כ-140 קילומטר מהחוף. סיורים ימיים נערכו בטווח כ-20 קילומטר מהחוף על ידי משחתות ובקרבת החוף על ידי ספינות משטרת ישראל שגויסו לצורך כך.

הגנת נמלי חיפה ואשדוד הוטלה על גונדת הנ"מ בפיקודו של רס"ן אריה מוריס, שהקים יחידת הגנת נ"מ של תותחי 40 מ"מ, וערב מלחמת ששת הימים קרא לחבריו מקורס חובלים א', אברהם לוכסמבורג ואמנון תדמור, להצטרף במילואים ליחידה זו.

הפגזת תל אביב- בליל 5/6 ביוני התקבלה הערכה כי תל אביב מופגזת מהים. אח"י חיפה, שהייתה בקרבת מקום, הופנתה למטרה שהתגלתה במכ"ם בקרבת החוף ואף ירתה שני פגזי תאורה. לבסוף הוברר שהיו אלה תותחי "לונג טום" ירדניים מאזור קלקיליה שירו על העיר, וגילויי המכ"ם היו מצופי מעגן הדלק בתחנת הכוח רדינג.

הפגזת שריון בצפון סיני - "כוח גרנית" שהתקדם בציר הצפוני בסיני לכיוון תעלת סואץ ועצר באזור בלוזה. ספג שלושה טילי סטיקס שנורו מספינת טילים מצרית מפורט סעיד. הטילים נפלו כ-500 מטר מהכח ולא גרמו נזק.

פעולות נוספות
תקרית ליברטי

שמאל|ממוזער|250px|הליברטי לאחר ההתקפה בדרכה למלטה
בליל 7/8 ביוני ספג כוח שריון ישראלי בפיקוד ישראל גרנית, שנע בציר העובר סמוך לחופי צפון חצי האי סיני, הפגזה מידי משחתת מצרית. בעקבות תקרית זו, הועברה דרישה לחיל הים לתקוף ולהשמיד את המשחתת המצרית, וכוח של שלוש טרפדות הוזעק לצורך איתורה. ב-8 ביוני 1967 הותקפה האונייה "ליברטי", אוניית ביון של הצי האמריקאי ששטה באזור, לאחר שזוהתה בטעות כמשחתת המצרית, באירוע הידוע כתקרית ליברטי. הספינה הותקפה תחילה על ידי מטוסים ישראליים ובהמשך הותקפה מן הים בירי טורפדו. במהלך התקרית ספג צוות הספינה האמריקאית נפגעים רבים, 34 הרוגים ו-172 פצועים. שני הצדדים, הישראלי והאמריקני, חולקים באחריות לשרשרת הטעויות, שהובילו לתקרית החמורה. לאחר שהפיקוד הישראלי הבין את טעותו, הועברו הצעות לסיוע בפינוי הפצועים במסוקים לטיפול בישראל, אך הם נדחו על ידי מפקד האונייה, שהצליח להשיט אותה לנמל ולטה.

מסע הצוללת אח"י לויתן
שמאל|250px|ממוזער| אח"י לויתן בדרכה לישראל יוני 1967
הצוללת אח"י לויתן הייתה בתום עבודות השיפוץ, בוצעה סדרת ניסויי הנמל, בוצעו בדיקות הצלילה במים רדודים שעם השלמתן יצאה הצוללת לסקוטלנד לביצוע סדרת ניסויי ים בעומק צלילה מרבי. בפרק זמן זה בסיס האם היה בסיס פזליין (Faslane) שבמערב סקוטלנד, בסיסה של שייטת הצוללות השלישית של הצי המלכותי הבריטי. ניסויי הים, כולל בדיקות ב"שדה רעש", וניסויי מהירות מרבית, ניסויי תמרון וניסויי סונר בוצעו בהצלחה.

צוות ה"לויתן" נערך לתקופה אינטנסיבית של אימוני היבנות (working up), אולם, באחד הלילות בזמן ניסויי מהירות ב"" התקבלה פקודה ממפקדת חיל הים לטעון טורפדו קרבי, לתדלק מלא, לטעון הספקה למלחמה (Store for War) ולהפליג במהירות לישראל.

לאחר שהתחמשה ב-12 טורפדות חמושים בראשים קרביים, עזבה ב-25 במאי 1967 אח"י לויתן את בסיס פזליין, בהפלגה לנמל הבית בחיפה במטרה להצטרף למלחמה הממשמשת ובאה. להפלגה הצטרף המש"ט הדר קמחי.

כדי להגיע מהר לחיפה נעשתה ההפלגה על פני המים ללא צלילה. כדי למנוע אפשרות זיהוי הצוללת בדרכה, הוחלט על מחיקת מספר הצוללת צ-75 שהיה רשום בלבן על סנפיר הצוללת משני עבריו. בליל 27/26 במאי, בהיות הצוללת צפונית לוויילס, בכניסה לים האירי, יצאו שני אנשי צוות יעקב תמיר ו-גרשון בן-יהודה לבצע את המחיקה בגריז שחור. למרות אמצעי הזהירות נשטפו האנשים למים. כעבור שלושה שבועות נמצאה גופת יעקב תמיר על החוף האירי. גופתו של גרשון בן-יהודה (גלקופ) לא נמצאה.

כאשר פרצה מלחמת ששת הימים, הייתה הצוללת בדרכה, 11 ימים לאחר יציאתה מסקוטלנד. ביום כיבוש רמת הגולן וסיום המלחמה הגיעה אח"י לוויתן לקרבת קפריסין, ונכנסה לחיפה ב-11 ביוני 1967, כך שלא הספיקה לקחת חלק בפעילות הקרבית.

הפעילות בתעלת סואץ
ממוזער|אונייה תקועה בתעלה משנת 1967 עד אחרי שתעלת סואץ נפתחה מחדש למעבר אוניות (כולל אוניות ישראליות) ב-1975.
ההכנסות מתשלומי המעבר בתעלת סואץ היו חשובות מאוד לתקציב המצרי. לכן למרות המתיחות שיצרה העברת הכוחות לסיני, המשיכו המצרים להעביר אוניות בתעלת סואץ. עם תחילת הלחימה, ב-5 ביוני אחרי הצהריים, פסקה התנועה בתעלה ו-15 אוניות שלא הספיקו לסיים את המעבר נשארו תקועות. אלה רוכזו לעגינה באגם המר הגדול וחיל הים נדרש לבקר אותן. שתי נחתות מכוניות ששימשו ביחידה 788 בכנרת כספינות משמר הועמסו על מובילי טנקים ונשלחו לאגם. בהיותם בדרך ליד טסה השתלט אחד ממפקדי החטיבות על המובילים והנחתות הורדו מהם בלב המדבר.
מצפון לאגם המר הטביעו המצרים אוניות שחסמו את המעבר בנתיב התעלה. בהוראת שר הביטחון משה דיין הקים חיל הים, מדרום לאגם, מחסום צף הניתן לפתיחה. כך שיציאת אוניות דרומה תהיה מותנית בהסכמה של ישראל.
עם התייצבות הפסקת האש הרשתה ישראל לבעלי האוניות להחליף את הצוותים והאוניות עצמן, חלקן נטושות וחלקן בצוות מינימלי, נשארו במקום עד שנת 1975 עת התאפשרה פתיחת התעלה לשיט. בהמשך הן כונו הצי הצהוב, על שם חול המדבר שכיסה אותן. האוניות הגיעו למצב רקבון ורק שתי האוניות הגרמניות:- "נורדוינד" ו"מונסטרלנד" הצליחו לנוע בכוחות עצמן ונכנסו ב-25 במאי לנמל המבורג בגרמניה.
 אוניות שנתקעו בתעלת סואץ במלחמת ששת הימיםשם האונייה  דגל טונאז' ברוטו  חברה נורדוינד 8656  נורדסטרן רידרימונסטרלנד  9365  האפאג-לוידקילארה 10714 רדריאקטיאלבולאגט טרנסאטלנטיקניפון   סוואנסקה אוסטיאסטיסקה קומפני סינד-אססאיוןמצרפת לנורווגיה7051נקנתה על ידי רול פדרסן רידריאגפנור 7654בלו פאנל לייןמאלמפוס8509 בלו פאנל לייןסקוטיש סטאר10174 בלו סטאר לייןפורט אינברקרגיל  10463 פורט לייןאפריקן גלן 6116פארל ליינסדג'קרטה   פולין 6915 פוליש אושן ליינס בולסלב ביארוט  פולין 6674 פוליש אושן ליינסוסיל לבסקי 4975 נביגשיון מאריטיםלדניצה 1462 צ'כיה דנובה קומפני אובזרבר    באגם תמסח

הפעילות בכנרת
בים כנרת הופעלה על ידי חיל הים יחידת שיטור ימי שכללה מספר נמ"כים. הפעילות כללה אבטחת הדיג נוכח מוצבים סוריים על החוף שפתחו באש מדי פעם. במהלך כיבוש רמת הגולן יצאו הספינות וליוו את הכוחות לאורך החוף. כיבוש הרמה איפשר לסיים את תפקיד חיל הים בכנרת. בימה חזרה לפעול יחידת השיטור הימי של משטרת ישראל.

ספינות שרבורג

300px|שמאל|ממוזער| השקת אח"י מבטח בשרבורג אפריל 1967.
כל עת הכוננות והמלחמה נמשכה בניית ספינות הסער במספנות שרבורג. הצוות הישראלי ביצע ניסויי ים בספינה הראשונה, אח"י מבטח, שהושקה באפריל 1967. המשך האמברגו שהוטל על ידי ממשלת צרפת בעת המלחמה לא כלל את הספינות. לבנייתן בשרבורג הייתה חשיבות כלכלית רבה לעיר שסבלה מאבטלה. בעל המספנות, פליקס אמיו, עורר את סניף המפלגה הגוליסטית- שיצר לחץ פוליטי על הממשלה בפריז. הפטור מהאמברגו נומק בכך שהספינות נמסרות במצב כלי שיט בלבד.

הספנות הישראלית
בנפרד מחסימת המצרים והפעילות נגדו בים סוף לא סבל צי הסוחר הישראלי מהתנכלויות ברחבי הימים. לאוניות המשייטות בכניסה לים התיכון ממצר גיברלטר מזרחה יש מסלול מועדף בקרבת החוף האפריקאי. כאן הזרם המזרחי החזק מסייע לתנועה וחוסך זמן ודלק. אגף הספנות הוציא הוראה להתרחק צפונה מחופי מרוקו, אלג'יריה ותוניסיה, על מנת להימנע ממפגש. לא ידוע על פעילות ציים אלה לאיתור שיט בקרבת חופיהן.

אגף הספנות תיפקד בעת המלחמה כמשק לשעת חירום. פעילות המוקד נעשתה במשרד תת-קרקעי מתחת למשרדי האגף, ובראשו עמד האלוף (מיל') שמואל טנקוס.

התגוששות המעצמות
במהלך המלחמה נוצר עימות בין המעצמות בזירה הימית. החיכוך שנעשה בין הצי האמריקני לבין שייטת 14 של הצי הסובייטי התקיים ברציפות והתחמם בארבעה מצבי מתיחות:
 תחילת מעקב צמוד של אוניות האזנה ומאוחר יותר משחתות טילים על נושאות המטוסים האמריקניות.
 טענה שהעלה גמאל עבד אל נאצר כי מטוסים אמריקאיים השתתפו בתקיפת שדות התעופה בעת פתיחת המלחמה. בטענה היה יותר מהצלת הכבוד המצרי וכוונתה הייתה לערב את ברית המועצות בלחימה לצד הערבים.
 בתקרית ליברטי נשלחו מטוסים לסיוע לליברטי כנגד תוקפיה. פעולה שהייתה יכולה להיראות כתחילת מעורבות בקרבות.
 מאוחר יותר באותו יום החלה ישראל בפעולות נגד סוריה ברמת הגולן והסובייטים הנפיקו איומים להתערב בקרבות לטובת סוריה. הופנו באופן הפגנתי כל אוניות הצי השישי מזרחה באופן המשדר מעורבות באזור.

בכל מצבי המתח האלה ואחרים יצר המעקב הצמוד תרומה חיובית להבנת המצב. נעשה שימוש בקו החם מוסקבה-וושינגטון והשיחות בין מנהיגי המעצמות סייעו להרפיית המתח.

התנהלות הצי הסובייטי
כלי שיט סובייטיים עסקו במעקב אחר כוחות המשימה האמריקאים וליוו אותם מקרוב באפן רצוף. אוניות האזנה סובייטיות בדימוי ספינת דיג שייטו באופן קבוע מול נמלי הבית של הצי השישי במפרץ קדיס ונמל רוטה בספרד. החל מ-20 במאי נתגלתה אוניית האזנה במסווה ספינת דיג כ-50 קילומטר מערבית מראש הנקרה.

כאשר הגיעו ידיעות מודיעין על כוונת המצרים לתקוף בנגב פעלו הסובייטים להרגיע את הרוחות. ב-27 במאי נפגש השגריר הרוסי במצרים בשעות הקטנות של הלילה עם גמאל עבד אל נאצר והעביר לו מסר אישי מאלכסי קוסיגין, ראש ממשלת ברית המועצות, שלא יתחיל במלחמה כי אז לא יוכלו לעזור לו.

ב-30 במאי נכנסה אוניית אם לצוללות, "ויקטור קוטלניקוב", עם שתי צוללות S-154 וS-160 מהצי הבלטי לים התיכון. ב-30 במאי החלה אוניית ביון רוסית לעקוב אחרי נושאת המטוסים "סרטוגה". ב-1 ביוני עלתה המתיחות מדרגה כאשר לראשונה החלה משחתת טילים סובייטית לעקוב אחרי נושאת המטוסים "אמריקה" כ-70 קילומטר מדרום לכרתים. באותו יום פרסם הוושינגטון פוסט מאמר על ריכוז הכוח הסובייטי ומפקד הצי השישי צוטט שזהו ריכוז הכוח הגדול ביותר עד אז.

ב-2 ביוני זכתה גם נושאת המטוסים הבריטית "ויקטוריוס" במלטה לליווי של משחתת "נסטוצ'יבני".
300px|ממוזער|שמאל| צוללת מדגם Echo II אליו השתייכה הצוללת K-131 שנשלחה להתכונן לתקיפת ישראל בטילי שיוט.
ב-4 ביוני קיבלו הכוחות הסובייטיים הוראה להיות בכוננות מוגברת של 30 דקות להפעלה ובאבטחה מיוחדת נגד חבלה תת-מימית. למרות הכוננות מדווחים הסובייטים כי הופתעו מפתיחת המלחמה ב-5 ביוני. הם העריכו שמלחמה תפרוץ בהתקפה ערבית אך לא ידעו מתי. לא הבחינו בתנועות מיוחדות של ישראל או הצי האמריקני ולא נתקבל כל סימן התרעה. בעת פריצת המלחמה הייתה השייטת הסובייטית באזור צפון מערבית לאי כרתים. מפקד הכוח היה אדמירל סוסיוב בסיירת "סלבה".

הצוללת K-131 נמצאה בים האדריאטי ונשאה 8 טילי שיוט מדגם P-5 בעלי ראש נפץ במשקל 1,000 ק"ג המפקד קוליניצ'נקו קיבל הוראה להגיע למחרת בלילה לחופי ישראל ולהתכונן לפגוע בתל אביב. הקצאת הזמן בפקודה הייתה לא ריאלית. לפיקוד הים השחור הייתה זו הפעם הראשונה להפעיל צוללת אטומית לכן רבו אי ההבנות. היו גם קשיים טכניים להסב טילי השיוט שיועדו נגד כלי שיט על מנת שיתאימו נגד מטרות חוף. מאוחר יותר שונתה הפקודה לצוללת והיא חזרה לעקוב אחרי נושאות מטוסים אמריקאיות ובריטיות שוודאי יגיעו למזרח הים התיכון.

נערך דיון בפוליטביורו שבו תמכו יורי אנדרופוב ומזכיר המפלגה במוסקבה בהתערבות, אך ראש הממשלה אלכסיי קוסיגין התנגד נמרצות. הוכנו מפציצי טופולב Tu-16 בצבעים מצריים ונשלחו מאוקראינה לקווקז. הדבר התגלה ופורסם בעיתונות המערבית.

המעקב הסובייטי אחרי הצי השישי האמריקני איפשר הבהרה מהירה בקשר להאשמה שהטיל גמאל עבד אל נאצר יחד עם חוסיין מלך ירדן, כי מטוסים אמריקניים השתתפו בתקיפות שחיסלו את הכוח האווירי הערבי ב-5 ביוני. ההאשמה נלקחה ברצינות על ידי הסובייטים וראש הממשלה קוסיגין ביקש בקו האדום הבהרות. תשובת הנשיא לינדון ג'ונסון הייתה שלילית ונאמר לו שיבדוק עם האדמירל שלו וזה יגיד לו שמטוסים אמריקנים אינם מעורבים במלחמה. השאלה הועברה למפקדת הצי הסובייטי וממנה לאדמירל סוסוייב מפקד הכוח בים התיכון. סוסוייב קיים שיחת קשר פתוחה עם כל מפקדי כלי השיט הרלוונטיים וחזר עם תשובה שלילית שהרגיעה את הרוחות בקרמלין.

מפקד חיל הים הסובייטי, אדמירל סרגיי גורשקוב, הגדיר את המשימות ליחידות הצי הסובייטי בים התיכון:
 לדעת בדיוק את מיקום נושאות המטוסים וכלי השיט האחרים של הצי המלכותי הבריטי והצי האמריקני בים התיכון.
 להמשיך ולהתחקות אחרי הצוללות האמריקאיות ולאתר את אזורי הסיור שלהן.
 ללוות אוניות סובייטיות המובילות מטען לנמלים בסוריה ומצרים.
 הגנה מפני תקיפות ים ואוויר על אוניות סובייטיות.

מתח נוסף נוצר ב-10 ביוני, עם תחילת המתקפה הישראלית ברמת הגולן. השגריר הישראלי במוסקבה קיבל מכתב על ניתוק היחסים של ברית המועצות עם ישראל. בקו החירום האדום הודיע קוסיגין שאם ישראל לא תפסיק את המתקפה, ינקטו פעולות עצמאיות.

הצי הסובייטי קיבל הוראה להתכונן להורדת כוח רגלי בחוף לטקיה כדי להגן על אזרחים סובייטיים בסוריה. כל אונייה העמידה מחלקה לרשות הכוח ויחד 500 לוחמים. כן נדרשו להתכונן לסיוע בתותחי האוניות. לדעת הסובייטים הנכונות שלהם להתערב בסוריה גרמה להפסקת הלחימה על ידי ישראל.

הבטיחות הגרועה בצוללות היוותה נקודת תורפה של הצי הסובייטי באותן שנים. ב-15 ביוני 1967, כתוצאה משגיאת הפעלה של אחד מאנשי הצוללת, ארעה שרפה במרכז השליטה של הצוללת B-31, בהיותה מדרום לסיציליה. התוצאות היו 4 הרוגים וחוסר שליטה מוחלט בצוללת. אוניות צי אחרות פגשו וגררו אותה לאי למפדוזה מהחום הרב לא ניתן היה לשמר את הגופות. הייתה זו הפעם הראשונה מאז מלחמת העולם השנייה שנערכה קבורה בים.

לסיכום – בתקופה שבין 24 במאי ועד 14 ביולי 1967 פעלו במסגרת הכח הימי הסובייטי בים התיכון: 18 צוללות, מתוכן שתים בהנעה אטומית ושלוש נושאות טילים גרעיניים, 28 כלי שיט מלחמתיים מסוגים שונים, ארבע ספינות ביון, ו-11 אוניות עזר ולוגיסטיקה.
לאחר שוך הקרבות נוצר משבר אמון בין הערבים לברית המועצות, עקב ההרגשה ברחוב הערבי שההפסד נבע מסיוע לא מספיק או מנשק לא עדיף של ברית המועצות. להקלת המצוקה הגיעה משלחת בראשות ניקולאי פודגורני למצרים ובעקבותיה הוחלט על הכנסת הצי הסובייטי ל"ביקור עבודה" של שבוע ימים בנמלי מצרים וסוריה. ב-10 ביולי נכנסו כלי השייטת הסובייטית בו-זמנית לנמלי מצרים וסוריה ומפקדים הודיעו כי יגנו על העיר מפני כל תוקף. הכניסה החגיגית לפורט סעיד התקלקלה למחרת כאשר במבואות הנמל הושמדו שתי טרפדות מצריות מדגם P-183 בקרב רומני.

הסובייטים החליטו שהים התיכון דורש נוכחות קבועה בהיקף רב יותר. השייטת שודרגה ל"הצי החמישי". ב-14 ביולי קיבל אדמירל פטרוב את השייטת שנעשתה לצי ותאריך זה נחשב ליום יסוד "הצי החמישי". בתחילה הניף את דגלו באוניית האספקה "קומסומולץ אוקראיני" אך הוברר כי אין לה אמצעי קשר מתאימים. האדמירל עבר לסיירת "דז'רדז'ינסקי" וזו נעשתה מפקדת הצי. הסיירת נמצאה בנמל פורט סעיד וכך הגן מפקד הצי בגופו על העיר.

התפקיד שמילא הצי הסובייטי בעימות היה ניכר. העיתון האמריקאי החשוב "כריסצ'ן סיינס מוניטור" כתב:  כך העיתון וגם ההנהגה הסובייטית אולי ציפתה להכרת תודה מהסורים על שהצילו את הצבא הסורי מהשמדה ואת דמשק מכיבוש. בישראל ידוע כי מטרת המלחמה בסוריה הייתה להסיר את האיום מישובי עמק החולה ולא יותר. גם מטרה זו הוצבה בלחץ תושבים המופגזים לפרקים. כיבוש רמת הגולן, שעלה בלא מעט קורבנות, נתפש כהכרח וממשלת ישראל לא נרתעה מאיומים.

הצי השישי של ארצות הברית
300px|ממוזער| נושאת המטוסים אינטרפיד בים התיכון 1970.

למרות מכתב הערבויות של נשיא ארצות הברית על שיט חופשי לאילת, גם אחרי הודעת מצרים על סגירת המצרִים לא נעשתה שום הפגנת כוח מערבית כנגד חסימת מצרי טיראן. נושאית המטוסים אינטרפיד עברה בתעלת סואץ ב-25 במאי והמשיכה בדרכה לווייטנאם.

המשחתת האמריקאית "דיאס" עברה בתעלת סואץ, מהים התיכון לים סוף, ב-5 ביוני מתוך כוונה להחליף את המשחתת "גוז'ף קנדי" אך זו כבר לא יכלה לעבור לים התיכון. "דיאס" נשארה בים סוף מזרחית למאסאווה בכוננות לפינוי אזרחים אמריקאים. שם התנגשה בה ספינת דיג מצרית ולאחר מכן הוטרדה על ידי טרפדת תימנית שדרשה ממנה להתרחק 18 קילומטר מהחוף התימני – אך שמרה על איפוק.

בפריצת המלחמה קיבל מפקד הצי הנחיה שיחידות הצי השישי לא יתקרבו יותר ממאה וחמישים קילומטר (בהתחלה 300 קילומטר) מחופי המדינות הלוחמות. בערב 5 ביוני הנשיא נאצר סיכם עם המלך חוסיין בשיחה מוקלטת להאשים את ארצות הברית כשותפה בלחימה. ארצות הברית הודיעה באו"ם כי 

בבוקר 7 ביוני התגלתה צוללת סובייטית לפני הכוח האמריקאי והועסקה על ידי מסוקים ומטוס סיור נצ"ל. האירוע נמשך כל הלילה. הסובייטים רצו להסב את תשומת הלב מהצוללת והתקרבו עם משחתת לנושאת המטוסים "אמריקה". בהוראת מפקד הצי נשלחה המשחתת "לויד תומאס" שכמעט נגחה את המשחתת הסובייטית. נראה שבסופו של דבר הצליחה הצוללת הסובייטית להימלט.

ב-8 ביוני אחרי הצהריים התרחשה תקרית ליברטי ונשלחו מטוסים לסייע. יציאת המטוסים הייתה עשויה להתפרש כהשתתפות במלחמה, ולכן שלח הנשיא ג'ונסון הסבר לראש הממשלה אלכסיי קוסיגין בקו האדום. נושאות המטוסים היו במרחק רב ממקום התקרית וכאשר התברר שזו פעולה ישראלית בטעות, קיבל מפקד הצי, אדמירל מרטין, הוראה להחזיר את מטוסי התקיפה. שוב נשלחו מטוסים ושר ההגנה רוברט מקנמארה הורה שוב להחזירם.

ב-10 ביוני פינתה האוניה היוונית "קראנה" אזרחים אמריקאים מנמל אלכסנדריה שבמצרים בליווי שתי משחתות אמריקאיות. באותו יום כבר היו הצלחות ישראליות ברמת הגולן נכבשה עיר המחוז קוניטרה. החל לחץ סובייטי בקו האדום לוושינגטון לדרוש מישראל להפסיק את הלחימה ולהסיג את כוחותיה.

מרבית יחידות הצי השישי של ארצות הברית נמצאו במערב הים התיכון לקראת תרגיל באזור גיברלטר. המרחק היה גדול מכדי להתערב אך הנשיא ג'ונסון העביר את ההוראה והצי השישי כולו סב על עקביו והחל לנוע מזרחה. כדי להגיע עד 80 קילומטר מחופי סוריה. היה זה איתות שייקלט על ידי כלי השיט הסובייטיים העוקבים שארצות הברית אינה נוטשת את האזור. הסכם הפסקת האש עם סוריה נכנס לתוקף בשעות אחרי הצהריים והמתח פג. האמריקאים פנו מערבה והמשחתת הסובייטית "פלאמני" הפסיקה את המעקב הצמוד ל"סרטוגה".

באוגוסט 1967 הודה מפקד הצי השישי אדמירל מרטין בריאיון עיתונאי כי: 

תוצאות המלחמה
שמאל|ממוזער|300px|מפה של סיני

הרחבת הזירה הימית 
300px|ממוזער|אוניית האספקה אח"י בת ים במעגן מפרץ שלמה
כיבוש סיני הרחיב את גזרת השליטה של חיל הים בקילומטרים רבים של חוף. המשימות בים התיכון היו לשמור על הדיג, למנוע גישה של כוחות מצריים והברחות מהים. בחופי ים סוף נוצרה זירה גדולה שחייבה סיורים ומניעת הברחות ופעולות מודיעין. מפקדת הזירה עברה מבסיס אילת לשארם א-שייח', שנקרא מאז מפרץ שלמה.

ההתבססות בשארם א-שייח' הביאה לשר הביטחון משה דיין הארה לגבי המעמד והקשר הראוי שיהיה לישראל עם ארצות המזרח. את הארתו הביע בביטוי  לחיל הים הייתה לכך משמעות מעשית חיובית ביותר כאשר בנוהל מזורז אושרה בנייה של 6 ספינות טילים במספנות ישראל – דגם סער 4.

שבויי חיל הים הישראלי
ששת לוחמי הקומנדו הימי שביצעו את פעולת אלכסנדריה לא הצליחו לחבור לצוללת בליל 5–6 ביוני, חזרו לחוף והסתתרו במעין מערה על שובר הגלים של הנמל. היו אלה איתן ליפשיץ, זאב בן-יוסף, דניאל ברעם, גדי פטיש, אילן אגוזי וגלעד שני. ב-6 ביוני בשעות אחרי הצהריים התגלו על ידי דייגים שהחלו לזרוק עליהם אבנים. הלוחמים היו כבר ללא נשק וכדי להינצל מלינץ' הציגו עצמם כבריטים, עד שהגיעה המשטרה. זוג אחד הסתלק ונתפס רק בשעה 22:00 בפרברי אלכסנדריה.

בימים הראשונים עברו השבויים חקירות קשות כולל מכות ועינויים, בתחילה התעניינו החוקרים בפעולה עצמה ואחר כך על שיטות עבודה בקומנדו הימי.

חודש מאוחר יותר שבו המצרים את סג"ם יעקב כהנוב ורב"ט אברהם יסעור (וידומלנסקי) בפורט תאופיק. לאחר תקופת חקירות, צורפו השנים ל"חבורת אלכסנדריה". לכלא הובאו גם שני טייסים שנשבו, והטייס יאיר ברק בן ה-29 קיבל תואר "בכיר השבויים".

השבויים הוחזרו לישראל בחילופי שבויים, במקביל להחזרת השבויים המצריים, בסוף ינואר ותחילת פברואר 1968.

העברת מפקדים מתפקיד
כמו כל צמרת הפיקוד המצרית גם מפקד חיל הים המצרי, אדמירל סולימאן עיזאת הועבר מתפקידו על ידי הנשיא גמאל עבד אל נאצר ביום הפסקת האש, 10 יוני 1967. היה בכך ביטוי לחוסר שביעות רצון מתפקוד חיל הים המצרי בעת המלחמה. מאוחר יותר נחקר על כך ש"כוחותיו לא זזו ממקומם בעת המערכה עם ישראל".

בחיל הים הישראלי הועברו מספר קצינים מתפקידם בתקופת הכוננות ובמהלך המלחמה:
מפקד זירת ים סוף - מפקד בסיס אילת סא"ל מנשה ליפשיץ נשא בתואר הרשמי של מפקד זירת ים סוף. להערכת מפקד חיל הים שלמה אראל חייבו המצור והאיום הימי המצרי מפקד מנוסה יותר. אל"ם מנחם כהן שפיקד בשנים 60–1959 יועד לקבל את הפיקוד על זירת ים סוף. ואילו סא"ל מנשה ליפשיץ יישאר בתפקיד מפקד בסיס אילת. כהן, שנמצא באותה עת במאסאווה והכין את אוניית המבחן "דולפין", קיבל הוראה לחזור לישראל. מאוחר יותר ההוראה שונתה וכהן נשאר באונייה. 
מפקד חיל הים שלמה אראל הגיע למסקנה שהוראותיו של ליפשיץ הכניסו עודף לחץ על אנשי בסיס אילת שהועמדו בכוננות זמן רב, שלא לצורך. 
סיבה נוספת שהכריעה הייתה פינוי משפחות אנשי הבסיס ומשפחת המפקד בכלל זה מאילת לצפון הארץ בתקופת הכוננות למלחמה. פעולה זאת שהיה לה הגיון משפחתי רב ואף סייעה לייעל את תפקוד אנשי הבסיס, התקבלה באופן שלילי על ידי הציבור באילת.
את הפיקוד על הזירה הדרומית קיבל אל"ם אברהם בוצר שהוחזר מלימודים והוא הכין ופיקד על הזירה במהלך המלחמה. מנשה ליפשיץ לא הוחזר עם שוך הקרבות ובוצר מסר את התפקיד לאל"ם נפתלי רוזן.

מפקד כלי שיט - רס"ן זאב אריאל, הועבר מתפקידו כמפקד אח"י נגה (ק-22) בעקבות החלטתו שלא לפתוח באש על כלי שיט מתקרבים, שהתבררו כטרפדות סוריות. המחדל לכאורה קרה בעת שהמתין לאיסוף סירות גומי, בפעולת בניאס בליל 5/6 יוני. מפקד חיל הים שלמה אראל רצה להמחיש למפקדי כלי השיט את ההתנהגות התוקפנית המצופה מול אויב.
אריאל שזכה 8 שנים קודם לכן בעיטור העוז, על פעילותו בנמל ביירות, לא הסכים עם ההדחה.  לדעתו הייתה זו התנקמות באנשי שייטת 13. מפקד חיל הים אברהם בוצר מינה אותו לפקד על אח"י בת גלים (ת-81). אריאל עלה בדרגה, נעשה מפקד פלגת נחתות וקצין מטה עד לפרישתו לגמלאות.

ראש מחלקת ים אל"ם יצחק רהב, שהיה הקצין הבכיר ביותר בחיל אחרי מפקד חיל הים, התפטר מתפקידו בעקבות תקרית ליברטי. מפקד חיל הים שלמה אראל קיבל את ההתפטרות. לאחר מספר ימים נמלך רהב בדעתו וביקש לבטל את מכתב ההתפטרות אך אראל לא הסכים לכך. רהב, שראה עצמו מועמד לקבל את הפיקוד על החיל, לא אמר נואש ופנה אל הרמטכ"ל, אך יצחק רבין הודיע כי יכבד כל החלטה של שלמה אראל ורהב פרש מהשירות.

ציונים למורשת
 ממוזער|שמאל|250px|בול דואר ישראל לכבוד פתיחת מצרי טיראן לשיט ישראלי
השירות הבולאי הוציא ב-16 באוגוסט 1967 סדרה של 3 בולים לציון מלחמת ששת הימים: האחד שחרור הכותל המערבי, השני בול כללי של צה"ל, והשלישי מראה את מצרי טיראן, האונייה "עמליה" וחרטום ה"דולפין".

הפקת לקחים בחיל הים 

ההצלחות המרשימות של חיל האוויר וקרבות היבשה הקשים שהביאו לתפישת שטחים יצרו הרגשת עליונות ודרישה להישגים דומים גם בים. העובדות שהחוף הישראלי היה מוגן כל ימי המלחמה והשיט לישראל וממנה נשאר חופשי למרות הכרזות מצרים וסוריה על מצור ימי לא בלטו לעין. הפגיעה שלא במתכוון באונייה אמריקאית עוד הוסיפה לביקורת. תחלופת מפקדים ומעורבות עמוקה של הפיקוד לא ניתן היה להגיע לתחקירים חושפניים ומסקנות תקפות. בציבור הישראלי התמסדה הדעה כי חיל הים נכשל במלחמה.

ראש מחלקת ים, יצחק רהב, פרש מהחיל. אל"ם בנימין תלם נמצא בצרפת ועסק בספינות הסער. המפקדים הבכירים הוותיקים יוחאי בן-נון ויוסף דרור לא זומנו להציג עמדתם. מפקד שייטת 13, דב שפיר, קיים תחקירים לפעולות השייטת כאשר הצוללים מפעולת אלכסנדריה עדיין נמצאו בשבי. תרבות ההתחקיר החושפני עוד לא הייתה מקובלת אז בחיל הים. אירועים שקרו מאוחר יותר באותה שנה האפילו את זכרונות המלחמה.

המחלקה להיסטוריה של צה"ל, בראשות אל"ם אברהם איילון (לנטש), ערכה מחקרים על מלחמת ששת הימים. דו"ח מה"ד היסטוריה שנעשה בדצמבר 1970 לתפוצה מוגבלת עוסק בפירוט המבצעים ברמת הביצוע ללא מסקנות ולקחים. מעבר לכך לא נעשתה עבודת מטה מרוכזת לסיכום לקחי המלחמה בזירה הימית, אך בשייטת 13 נערכו דיוני מקיפים במבצעיה במלחמה.

ההיסטוריון הרוסי אלכסנדר רוזין, אשר בתיאור המלחמה שלו אוהד באופן ברור את הצד הערבי, מגדיר זאת כך: 

נראה כי הייתה לפיקוד חיל הים הערכה מוגזמת לכוח הקומנדו הימי ופיתח ציפיות להישגים שהיו מעבר ליכולת ריאלית. מעט הכוח שהיה פוצל בין מטרות רבות וברגעי העימות נמצא בנחיתות. סגן מפקד החיל אברהם בוצר רואיין ב-1968 לכתב העת "מערכות" והסביר .

בעוד שבהישג של מניעת הפגזת העיר אילת ב-5–6 ביוני על חיל הים להתחלק עם חיל האוויר הרי שסילוק שלוש הצוללות המצריות שנמצאו מול חופי ישראל נרשם לזכות חיל הים. צוללת אחת (לפחות) חזרה עם נזקים ונזקקה למבדוק. על הזכות לפגיעה בצוללת זו טוענים ארבעה כלי שיט בנפרד אך נראה שהיא של אח"י חיפה.

את ההישג של חיל הים הישראלי במלחמת ששת הימים אפשר למצוא בשמות הפעולות. לא עוד נקראו אלה "קרב תל אביב" או "קרב אשקלון" כבמלחמת העצמאות וגם לא "קרב חיפה" של מלחמת סיני. הפעם היו אלה "אלכסנדריה", "פורט סעיד", "טרטוס", "בניאס", "מינת אל ביידה" ו"שארם א-שייח'".

בתחום בניין הכוח, חיל הים יישם לקחים שאת רובם ידע עוד לפני המלחמה. לאחר שהשתלט על טכנולוגית טילים ונגד טילים עדיפה, פיתח ובנה לעצמו ספינות סער בכמות מספקת. כך הביא ניצחון מוחץ על הצי הסורי וחיל הים המצרי בזירה הימית במלחמת יום הכיפורים.

אירועים בזירה הימית במלחמת ששת הימים
+מהות האירוע  תאריך  תיאור  כלי שיט ויחידות שהשתתפו  תוצאהסיור מוקדם  25-30 במאי  סד"ג מוסווה בתצפית על החוף הסורי  סד"ג גלים בפיקוד יוסף דרור  איסוף מידע יום ולילהכוננות לתקיפה20 -24 במאי, 24 במאי - 1 ביוני  הצוללת בלב ים בכוננות לתקיפת נמלים  אח"י תנין בפיקוד אברהם דרור אין אירועיםהפעלת הונאה  28-31 במאי  תנועות טרפדות דרומה, הורדת נחתות למים וחזרה בשעות הלילה  שלוש הטרפדות באילת ושתי נחתות מכוניות  תגבור כוחות מצריים באזורהפגנת ההסגר  31 במאי לפנות בוקר  משחתת מצרית עצרה אונייה דנית בדרום מפרץ אילת והורתה לה לחזור לעקבה  משחתת אלפאתח, אונייה דנית  האונייה חזרה לעקבהיציאה להיערכות  1 ביוני  צוללת יוצאת לאלכסנדריה  אח"י תנין בפיקוד אברהם דרור המשך פעולהאוניית מבחן3 ביוני יציאת אונייה מנמל מאסאווה שקיבלה פרסום רב  האונייה א.מ. דולפין בפיקוד מנחם כהן העיתוי היה קרוב לפתיחת המלחמה והאונייה הוחזרה לנמלניסיון חילוץ טייס שמטוסו הופל  5 ביוני צהריים  טרפדות נשלחו לחלץ טייס שנטש בים מול עזה שתי טרפדות בפיקוד אלי רהב ואריה רונה הטייס נשבה לפני הגעת הטרפדות.ביטול הנחיתה והיערכות לפשיטות שייטת 13  5 ביוני  תנועת כוחות לנקודות הורדת צוללי פשיטה  הצוללת אח"י תנין לאלכסנדריה, אח"י יפו ו-5 טרפדות לפורט סעיד, אחי נגה (ק-22) ושני סד"גים נושאי פושטים משייטת 13 לחוף הסורי, 2 טרפדות מכוח פורט סעיד נשלחו לזירה הסורית אין נפגעיםמארב במפרץ אילת  5 ביוני לילה  מארב לכוח מצרי העולה להפגיז את אילת  3 טרפדות, סירות נפיץ, 5 סירות מהירות, גוררת צאלה  שתי משחתות ו-5 טרפדות מצריות, סבו על עקביהםפעולת אלכסנדריה  5 ביוני בלילה  יציאת כוח 13 מהצוללת לתקיפת כלי שיט בנמל  אח"י תנין, 8 צוללים בפיקוד איתן ליפשיץ פגיעה בכלי שיט נמלייםפעולת פורט סעיד 5 ביוני בלילההחדרת צוללים בכלי שיט תת-מימיים לנמל פורט סעיד להדבקת מוקשי עלוקה. תובלה ליעד על המשחתת איסוף על ידי ה"ציפור"'  אח"י יפו, חמש טרפדות, 2 זוגות צוללים, ב-2 כלי שיט תת-מימיים וסירת אם מהירה "ציפור", למצרים שתי ספינות אוסה  בנמל לא נמצאו מטרות, טרפדות פתחו באש על ספינות האוסה שעזבו את הציפור ונכנסו לנמל - אין נפגעים.פעולת טרטוס  ליל 5 ביוני  פשיטה תת-מימית להדבקת מוקשים לכלי שיט של הצי הסורי בנמל טרטוס  סד"ג מגויס "שקמונה"', 2 זוגות צוללים בשני כלי שיט תת-מימיים.  השקמונה הגיעה מאוחר מהמתוכנן נקודת ההורדה מפקד הפעולה יוחאי בן-נון שקל שאין מספיק זמן חושך החליט לדחותה למחר.פעולת בניאס  5 ביוני בלילה  פשיטה תת-מימית להדבקת מוקשים לכלי שיט של הצי הסורי במעגן בניאס  אח"י נגה (ק-22) בפיקוד זאב אריאל, שלושה זוגות צוללים בשלוש סירות גומי. 3 טרפדות סוריות  בסריקת החוף לא נמצא המעגן - הפעולה נדחתה. בעת ההמתנה לאיסוף סירות הגומי עברו ליד אח"י נוגה 3 טרפדות סוריות ללא פתיחה באשפעולת מינת אל-ביידה  5 ביוני בלילה  פשיטה תת-מימית להדבקת מוקשים לכלי שיט של הצי הסורי בבסיסם העיקרי - מינת אל-ביידה סד"ג מגויס גלים בפיקוד יוסף דרור, 3 סירות גומי 3 זוגות צוללים בפיקוד חנוך מנור התנועה ליעד התארכה הסירות הגומי במעגן הייתה פעילות מפקד הסירות שקל שלא נותרו מספיק שעות חושך לביצוע הצלילה והחליט לחזור. הפעולה נדחתהחילוץ אלטרנטיבי  7 ביוני  יציאת שתי משחתות בפיקוד נפתלי רוזן, עם סירת ציפור וסירות גומי לכיוון אלכסנדריה  מאוחר יותר הפעולה בוטלה וכן גם הפעולות בסוריה  6 צוללים נתפשו שבוייםכיבוש שארם א-שייח'  7 ביוני בצהריים  כניסת טרפדות לא נתקלה בהתנגדות, תפישת 34 חיילים מצריים שפונו בסד"גים מהאי טירן, פריקת כוח טנקים  3 טרפדות בפיקוד אברהם בוצר, נחתות, אונייה מגויסת "עמליה"  הנחתת עשרים טנקי AMX-13, שביית 36 חיילים מצריים, אין נפגעיםאוניית מבחן7 ביוני יציאת האונייה מנמל מאסאווה  האונייה א.מ. דולפין בפיקוד מנחם כהןהגיעה לשארם א-שייח' ועברה את מצרי טיראן ב-10 ביוני.כמעט קרב דו צדדי  7 ביוני לילה  חיל האוויר גילה מטרות מתקדמות לתל אביב. היערכות לתקיפתן במטוסים, משחתות ובטרפדות. היו אלה המשחתות הישראליות  שלוש משחתות שנחשבו כאויב, פלגת הטרפדות, מטוסים באוויר  אין נפגעיםהפגזה ממצרית על כח שריון באזור רומניליל 7/8 ביוני משחתת שהגיחה מאלכסנדריה הפגיזה את חוף סיני מזרחית מפורט סעידכח של ישראל גרנית שהיה במקום לא נפגע. המשחתת שבה לאלכסנדריה בלא שתותקף.גירוש צוללות מצריות  8 ביוני בבוקר  משחתת מגלה כתם שמן ותוקפת צוללת מצרית מערבית לעתלית סימנים לנזקים אח"י חיפה והמשחתות האחרות  צוללת מצרית נפגעה, שלוש הצוללות חזרו למצריםתקרית ליברטי  8 ביוני  דיווחים על משחתת מצרית המפגיזה את אל עריש שרשרת טעויות בשני הצדדים גרמו לפגיעה באוניית האזנה אמריקאית  שלוש טרפדות, מטוסי קרב, מסוקים  34 הרוגים ו-172 פצועים אמריקאים.סיורי הגנת החוף וליווי אוניית סוחר  9-11 ביוני  סיורים נגד צוללות לאורך חופי ישראל, ויציאה לקפריסין של שתי משחתות לליווי אוניית סוחר "רבקה"  משחתות, טרפדות וספינות המשמר  אין אירועיםתוספת כח11 ביוניהצוללת אח"י לויתן שיצאה מסקוטלנד ב-25 במאי הגיעה לנמל חיפהאח"י לויתן (צ-75)מאוחר מכדי לקחת חלק בלחימה.חיפוש מוקשים10 -20 ביוניחיפוש מוקשים במצרי טירן חוליה מיחידה 707 בפיקוד נדב סלע עם שתי נחתות מכוניותלא נמצאו מוקשים והמעבר אושר לתנועת אוניות.

הפסקת אש - אך בים נמשכה הלחימה
כפי שאירועי הלחימה בזירה הימית קדמו לתחילת הקרבות כך גם המשיכה הזירה הימית לרתוח לאחר הקרבות. בעוד שבזירות היבשתיות נעשה שקט יחסי לאחר הפסקת האש ב-11 ביוני 1967, בזירה הימית נמשכו פעולות האיבה, ברוח הצהרתו של גמאל עבד אל נאצר שיש לראות במלחמת ששת הימים מערכה שלא נסתיימה.

כלי השיט המצריים עזבו את נמל פורט סעיד לאלכסנדריה, במרחק הפלגה של 150 מיל ימי. באלכסנדריה לא היו מאוימים על ידי מטוסי ישראל אבל גם לא יכלו לפעול במהלך לילה אחד כנגד חופי סיני וישראל. כאשר הלחימה פסקה ישבו כוחות צה"ל בצד המזרחי של התעלה עד כ-20 ק"מ מדרום לים התיכון. מפקד חיל הים ביקש לתפוש את יתרת הגדה המזרחית כדי שרציפי הנמל יכוסו בשליטה באש. מניעת התבססות מחודשת בפורט סעיד הייתה אינטרס חשוב למדינת ישראל ומרכיב חשוב להגנת החוף. אנשי המטה הכללי היו משוכנעים שהמצרים הוכו מספיק, ולא רצו להשקיע כוחות במה שנראה להם מיותר. הכוח המצרי היחיד שלא סבל אבדות היה הכוח הימי. על כן אחרי תקופה קצרה, כשהתברר כי ניתן לפעול מנמל פורט סעיד, חזרו אליו ספינות טורפדו וספינות טילים מצריות.

חוף סיני

כיבוש סיני איפשר לספינות הדיג הישראליות מרחב חדש ועשיר בדגה. למגינת לבם של הדייגים מפורט סעיד ותושבי סיני החלה פעילות רבה של ספינות מכמורת ישראליות באזור. בשבועות הראשונים לאחר המלחמה אותרו מדי פעם חיילים מצריים חוזרים לסיני בדרך הים. כלי שיט מצריים ביצעו סיורי לילה ופעילות מודיעין בחוף סיני שמטרתם לא הייתה ברורה. סיבה חלקית לכך הייתה רצונו של מפקד חיל הים המצרי החדש פואד אבו זיכרי להפגין פעילות מבצעית.

חיל הים הישראלי לא הפריע לחיילים מצריים לשוט לפורט סעיד ואחרי בדיקה שאינם נושאים נשק שוחררו הסירות לדרכם. היות שהדיג הישראלי נעשה בשעות האור והחדירות המצריות בלילה, לא נוצר עימות. באחד הלילות התגלו שני כלי שיט מצריים במעבר קרוב מאוד לטרפדות של חיל הים הישראלי. כלי השיט היו בהאפלה מלאה והמצרים לא הבחינו בטרפדות. פעילות מצרית כזאת מול חוף סיני נראתה מסוכנת וחייבה את חיל הים הישראלי לקיים סיורי לילה רצופים בכוח מוגבר.

בליל 11 ביולי 1967 התקיים קרב רומני - מפגש בין שתי טרפדות מצריות מדגם P-183 לבין כוח משולב של המשחתת אח"י אילת וזוג טרפדות ישראליות (שפעלו בתותחים בלבד). הטרפדות המצריות הופתעו לגלות את הכוח הישראלי ופתחו באש. בקרב שהתפתח הושמדו שתי הטרפדות המצריות מבלי כל נזק לחיל הים הישראלי. התברר גם כי המצרים היו חמושים בטורפדו ונראה כי כוונתם הייתה לפגוע באח"י אילת. לאחר קרב זה הפסיקו המצרים את גיחותיהם לחופי סיני.

ב-21 אוקטובר 1967 טובעה אח"י אילת בירי טילים ממבואות נמל פורט סעיד.

העימות על השיט בתעלה

כאשר התברר שסירות שירות מצריות שטות באופן חופשי בתעלת סואץ ובאגמים הסתבר בדיונים מול האו"ם, כי המצרים רואים את קו הפסקת האש על הגדה המזרחית של התעלה, בעוד שישראל ראתה את הקו כעובר במרכז התעלה, מרחק שווה מגדותיה. ב-14 ביולי 1967 נקבעה לשר הביטחון משה דיין פגישה עם ראש המשקיפים הגנרל אוד בול לדון בסוגיה. דיין שאף להציג שיט ישראלי בתעלה כעובדה. 5 סירות גומי נושאות דגל ישראל הושטו על ידי אנשי חיל הים במספר מוקדים לאורך תעלת סואץ. הפעילות זכתה מאוחר יותר לשם 'מבצע ברק'.

קצין משייטת 13, גדי שפי, הביא ספינה מסוג ברטרם שהגיעה למוצב המזח במגמה לרדת למים. המצרים הופתעו מסירות הגומי וכשהגיעה סירה גדולה על משאית, הגיבו על כך בירי. כוחות צה"ל באזור פורט תאופיק נערכו לתגובה אך לא יכלו לתת חיפוי ישיר על סירות הדגל בגזרה. האש המצרית פגעה בסירה ומשיטי הסירות נאלצו להפסיק את השיט ולחפש מסתור.

זוג שייטים שהיה קרוב למזח ומפעיל נוסף שחיכה לתורו בחוף הצליחו להתחמק. לזוג השני סג"ם יעקב כהנוב ורב"ט אברהם יסעור שהיו במרכז התעלה ומול משטח רדוד. לאחר שסירתם טובעה, הסתתרו מאחורי עמוד עיגון. כוח מצרי בשתי סירות חתירה, הגיע בלא הפרעה, ושבה אותם. סירה אחרת באזור קנטרה הותקפה באש מהחוף המצרי. אך שם נענו המצרים באש חזקה. שתי סירות שהפגינו שיט באגם המר עשו זאת ללא הפרעה.

גלריה

עיטורים וציונים לשבח
רס"ן אברהם דרור קיבל את עיטור העוז על כי חזר וחדר עם הצוללת אח"י תנין ב-7 ביוני 1967 אל מעבר למערך ההגנה בנמל אלכסנדריה, לצורך איסוף צוללי שייטת 13 שיצאו לפעולה בלילה הקודם.

על "מבצע ייצוב", הצגת הדגל בתעלת סואץ ב-14 ביולי 1967, הוענקו עיטורי אות המופת למשיטי הסירות שהיו חשופים לאש, סג"ם יעקב כהנוב ורב"ט אברהם יסעור, מחולית החוף של שייטת הנחתות, שנשבו בעת התקרית. עיטורים נוספים הוענקו לסמ"ר אורי בארי, סמ"ר חיים שטורמן, סמ"ר גיל חי ורס"ר אבישי בן יוסף משייטת 13. על אותו אירוע קיבל רב"ט יצחק דורוחונצנו את עיטור המופת על פינוי פצוע תחת אש ליד ספינת הברטרם שנשרפה על הרציף.

על פעולתו הכפולה ככוון וטען בתותח אורליקון, בטרפדת ט-203, בקרב רומני הועלה רב"ט אלי רגב (הוניגספלד) לדרגת סמל וקיבל ציון לשבח ממפקד חיל הים.

על פעילות הלחימה באלכסנדריה זכה צוות הצוללת אח"י תנין לרקע אדום לאות הצוללן. על פעילות בנמלי אלכסנדריה ופורט סעיד, כובדו קבוצות הצוללים וצוות החילוץ בסירת ה"ציפור", לרקע אדום מתחת לכנפי העטלף שלהם.

לקריאה נוספת
 רנדולף צ'רצ'יל ובנו וינסטון צ'רצ'יל, מלחמת ששת הימים, פרק עזות מצח ימית, עמ' 72–77, מאנגלית: אריה חשביה, הוצאת מסדה, 1967.
 יוסי גמזו, אש על המים, ספר עלילות חיל-הים במערכה, הוצאת משרד הביטחון, 1968.
 יהודה שיף, אילן כפיר, יעקב ארז, הירש גודמן, שלמה מן, צה"ל בחילו, אנציקלופדיה לצבא וביטחון, כרך חיל הים, רביבים הוצאה לאור, מהדורת ספרית מעריב, 1982.
 מייק אלדר, האויב והים - פרקים מיומן המבצעים,משרד הביטחון – ההוצאה לאור, 1991, עמ' 89–105.
 יצחק שושן, הקרב האחרון של המשחתת אילת, ספרית מעריב, 1993, עמ' 206.
 מייק אלדר, שייטת 13, סיפורו של הקומנדו הימי, ספרית מעריב, 1993, עמ' 271–355.
 שלמה אראל, לפניך הים, הוצאה לאור של משרד הביטחון, 1998, עמ' 257–279.
 דוד מגורי כהן, צעד אחד קדימה!, הוצאת אפי מלצר בע"מ, עמ' 101–105.
 שמשון עדן, אנשי הברזל על ספינות העץ, הוצאת אפי מלצר בע"מ, 2000, עמ' 243.
 שיה בן-נון, ודיתה גרי, התקופה לקחה אותנו, דרכו של האלוף יוחאי בן-נון, משרד הביטחון – ההוצאה לאור, תל אביב, 2003.
 משה אימבר, שייטת 3, ספינות הטילים בחיל הים, פרק א' חיל הים משנה פניו, משרד הביטחון – ההוצאה לאור, 2005,עמ' 12–17.
 אמוץ שורק, תלם בים, סיפורו של אלוף בנימין תלם אחווה הוצאה לאור, 2009, עמ' 160–164.
 אריה רונה, חיל הים במלחמה במסגרת "מלחמת ששת הימים, סיכום סמינר בביטחון ישראל" העמותה הישראלית להיסטוריה צבאית, הוצאת אפי מלצר, עמ' 98.
 יוניו ולריו בורגזה, שדי הים, הוצאת מערכות, עמ' 142–173. (תיאור הפעילות האיטלקית נגד נמל אלכסנדריה בהבדלים משמעותיים מהפעולה הישראלית)
 שרי זונטג, כריסטופר דרו, Blind Man's bluff, הוצאת Harper Paperbacks, עמ' 409.
 פסח מלובני, מצפון תפתח הרעה, צבא סוריה - עלילותיו ומלחמותיו - מבט מדמשק, הוצאת המכון לחקר מלחמות ישראל, 2014, עמ' 201, 203, 243.

 אלי אורן, "חיל הים במלחמת ששת הימים", בתוך הספר נחשונים - 40 שנה למלחמת ששת הימים, עורכים: חגי גולן ושאול שי, צה"ל הוצאת מערכות / משרד הביטחון – ההוצאה לאור, 2007, עמ' 181–204.
 אברהם אילון, איתן ליפשיץ, רבקה כהנא ובועז זלמנוביץ, משברי ים - המערכה בזירה הימית במלחמת ששת הימים, מודן הוצאה לאור, 2017.
 דב שפיר, סקירת לקחי מלחמת ששת הימים והשפעתם על עתיד שייטת 13, 18 דצמבר 1967, מוזיאון ההעפלה וחיל הים.
 פסח מלובני, דגל אדום מעל המזרח התיכון, 'המעורבות הצבאית הסובייטית באזור וסיפורה של "מסרגה" ביחידה 8200', הוצאת אפי מלצר בע"מ, 2017 עמ' 88.
 איתן ליפשיץ, שבויים במצרים מלחמת ששת הימים, ספרי ניב הוצאה לאור, 2018.
 אריה רונה וכוכבי אזרן, חיל הים במלחמה, פרק בספרם של אברהם זוהר ופסח מלובני, מלחמת ששת הימים, 50 שנה אחרי- דעת חוקרים על המלחמה, הוצאת המכון לחקר מלחמות ישראל, 2018, ע' 527–570, 728.
 Cristol, A. Jay, The Liberty Incident: The 1967 Israeli Attack on the U.S. Navy Spy Ship, 2002 Dulles, Virginia: Brassey's
 Cristol, A. Jay, The Liberty Incident Revealed The definitive account of the 1967 Israeli attack on the U.S. Navy spy ship, Naval Institute Press, 2013

קישורים חיצוניים

 מלחמת ששת הימים סרט ביוטיוב
 מלחמת ששת הימים, באתר של עמותת חיל הים
  עלון חיל הים במלחמת ששת הימים, 7 ביוני 1967.
 עלון חיל הים במלחמת ששת הימים, 9 ביוני 1967.
 עלון חיל הים במלחמת ששת הימים, 11 ביוני 1967.
 רונן ברגמן, ששים ימים של טלטלה על תקופת הכוננות ופתיחת מלחמת ששת הימים.
 אלי שחף, ביטאון חיל הים בכוננות ובמלחמה, "מערכות ים", גיליון 85–86, יולי 1967.
 אלי שחף, יום לאחר המלחמה - לויתן מגיעה הביתה, 'מערכות ים' 86, יולי 1967, עמ' 55 -56.
 אברהם מרון, חיל הים בתעלה -הקרב על המים, מערכות ים, ביטאון חיל הים, חוברת 85–86 יולי 1967 עמ'I- עד VIII.
 יעל ארזני הצי המצרי בראי העיתונות הערבית, "מערכות ים" 86-85, יולי 1967 עמ'27- 29, 31 ו-32.
 א. רם, הפקודה האחרונה אדמירל סולימאן עיזאת, מערכות ים 85–86, יולי 1967, ע'30–31.
 אלכסנדר רוזין, "הצי הסובייטי בים התיכון במלחמת ששת הימים", מאמר ברוסית באתר ההיסטוריון, 1967
 מאיר שפיר ואריה דובלין, ראשונים בשארם א-שיך 'מערכות ים', מרץ 1971, עמ' 43.
 אברהם בוצר,	כיבוש שארם ב67,	'בין גלים' 157, אפריל 1982 עמ'	12.
 יהודה בן-צור, אח"י חיפה במלחמת ששת הימים, באתר משמר המורשת הימית.
 פסח מלובני, חיל הים המצרי במלחמת ששת הימים קטעים מתורגמים מדברי גנרלים מצריים, באתר משמר המורשת הימית, 27 בינואר 2016.
 רב חובל רמי זולברג, האונייה עמליה במלחמת ששת הימים אתר משמר המורשת הימית, יוני 2016.
 ריאיון עם מפקד וצוות הצוללת תנין אברהם דרור רס"ל דן גלעדי רס"ל יהודה מילר. שודר במהלך מלחמת ששת הימים.
 מפקד חיל הים מספר על יכולתם הגבוהה של החיילים שעושים עבודה טובה עם כלי שיט ישנים.
 ראיון עם שלמה אראל מפקד חיל הים
 מעבר במצרי טיראן, נחיתה באי טיראן, מרדף אחרי צוללת מצרית והצוללת "תנין" חזרה ממבצע בנמל אלכסנדריה
 אח"י חיפה כתבה שלא שודרה.
 סיכומי חיל הים אחרי מלחמת ששת הימים - חלק א. סרטון ביוטיוב.

 זהר ליאור, מלחמת ששת הימים בגזרת אילת, דה-מרקר, 19 במאי 2010.
 תבל דמרי,	מסע בזמן  מששת הימים ליום הכיפורים,	"בין גלים", מאי 2017, עמ'	72.
 ניר מאור, דב בר ונוספים, חיל הים במלחמת ששת הימים, מפגש העמותה הישראלית להיסטוריה צבאית, 3 במאי 2021.
 שלמה גואטה, חיל הים המצרי לקראת ובמהלך מלחמת ששת הימים: כגודל הציפייה כך גודל האכזבה, המרכז לחקר מדיניות ואסטרטגיה ימית, אוניברסיטת חיפה, ספטמבר 2022

 סיכומי חיל הים במלחמת ששת הימים, ארכיון אוצרות השידור הישראלי,

ביאורים

הערות שוליים

קטגוריה:מלחמת ששת הימים
קטגוריה:היסטוריה של חיל הים
קטגוריה:סכסוך ישראל–מצרים בים סוף
קטגוריה:הים התיכון: היסטוריה צבאית