ג'ון מקיין

ג'ון סידני מקיין השלישי (באנגלית: John Sidney McCain III; 29 באוגוסט 1936 – 25 באוגוסט 2018) היה מדינאי אמריקאי, אשר ייצג כסנאטור את מדינת אריזונה בסנאט של ארצות הברית מינואר 1987 ועד מותו. לפני כן כיהן כחבר בית הנבחרים של ארצות הברית במשך שתי תקופות כהונה. היה מועמד המפלגה הרפובליקנית לנשיאות ארצות הברית בבחירות לנשיאות ב-2008, אך הפסיד לברק אובמה.

מקיין סיים את לימודיו באקדמיה הימית של ארצות הברית ב-1958 ושירת בצי ארצות הברית, כבעל זיקה לצי מהיותו בן ונכד לאדמירלים. הוא שימש כטייס של מטוס תקיפה, ובמהלך מלחמת וייטנאם כמעט נהרג בעקבות תאונה בנושאת המטוסים פורסטל ב-1967. במהלך מבצע רעם מתגלגל, שבו הותקפה האנוי ב-26 באוקטובר 1967, נפגע מטוסו, והוא נפצע קשה ונשבה בידי הצפון וייטנאמים. מקיין היה שבוי מלחמה עד 14 במרץ 1973, (1966 ימים סך הכל- או חמש שנים וחמישה חודשים) כאשר בשבי עונה וסירב לשחרורו המוקדם. הפצעים שספג במהלך המלחמה וכתוצאה מהעינויים, הותירו אותו בעל מגבלות פיזיות לכל חייו. הוא פרש מהצי כקפטן ב-1981 ועבר לאריזונה, שם פתח בקריירה פוליטית. ב-1982 נבחר לבית הנבחרים של ארצות הברית, ושירת בו במשך שתי קדנציות. הוא נבחר לסנאט ב-1987, ונבחר מחדש בחמש מערכות הבחירות הבאות, שהאחרונה בהן נערכה ב-2016.

אף על פי שבדרך כלל נקט בעקרונות שמרניים, היה למקיין מוניטין באמצעי התקשורת של "רפובליקני-עצמאי", בשל נכונותו לחלוק על אידאולוגיית מפלגתו בנושאים מסוימים. לאחר שהיה מעורב בפרשת שחיתות פוליטית כאחד מ"חמישיית קיטינג" בשנות השמונים, טיהר את שמו ומיקד את מאמציו ברפורמה במימון קמפיינים פוליטיים, מה שהוביל בסופו של דבר לחקיקת "החוק הדו-מפלגתי לרפורמה במימון בחירות" (אשר נודע בשם "חוק מקיין-פיינגולד") ב-2002. מקיין נודע ברמה הלאומית בשנות התשעים בגין מאמציו להסדרת יחסי ארצות הברית–וייטנאם. הוא השתייך ל"כנופיית ה-14" הדו-מפלגתית, אשר מילאה תפקיד מרכזי בפתרון משברים במינוי שופטים.

מקיין הצטרף לבחירות המקדימות למועמדות הנשיאותית מטעם המפלגה הרפובליקנית לקראת הבחירות לנשיאות ארצות הברית 2000, אך הפסיד למושל טקסס ג'ורג' ווקר בוש. הוא זכה במועמדות המפלגה הרפובליקנית לנשיאות ב-2008, אך הפסיד בבחירות הכלליות. לאחר הבחירות החל לאמץ דעות ועמדות שמרניות יותר ויותר, והתנגד במידה רבה לפעולותיו השונות של ממשל אובמה, בעיקר בכל הנוגע למדיניות חוץ. ב-2015 מונה ליושב ראש ועדת הכוחות המזוינים של הסנאט. שנה לאחר מכן סירב לתמוך במועמד הרפובליקני לנשיאות דונלד טראמפ. לאחר שאובחן כחולה גליובלסטומה מולטיפורמה ב-2017, הפחית את מעורבותו בפוליטיקה ובסנאט בפרט בשל טיפוליו הרפואיים. המחלה הכריעה את מקיין בשלהי אוגוסט 2018. ארון קבורתו הוצב ברוטונדה של הקפיטול, וטקס אשכבתו הלאומי שודר מהקתדרלה הלאומית של וושינגטון.

 ביוגרפיה 
 מוצא משפחתו 
ממוזער|250px|סבו של מקיין, ג'ון ס. מקיין האב לצד בנו ואביו של מקיין, ג'ון ס. מקיין הבן על ספינת הצי האמריקאי במפרץ טוקיו, 2 בספטמבר 1945
ג'ון סידני מקיין השלישי נולד ב-29 באוגוסט 1936 בבית החולים של בסיס הצוללות האמריקאי "קוקו סולו" (Coco Solo) שבאזור תעלת פנמה, לאדמירל ג'ון "ג'ק" סידני מקיין הבן  ולרעייתו רוברטה (לבית רייט) מקיין. למקיין היו אחות גדולה בשם סנדי (ילידת 1934) ואח צעיר בשם ג'ו (יליד 1942). באותה העת הייתה תעלת פנמה תחת ריבונותה של ארצות הברית. סבו וסבתו של ג'ון מקיין היו ילידי ארקנסו, מיסיסיפי וטקסס, והוא נצר למשפחות מדרום ארצות הברית הן מצד אמו והן מצד אביו. ביתו של האב הקדמון מצד אביו של מקיין נמצא במחוז קארול שבמיסיסיפי; ושם היה בבעלותם מטע בן כ-2,000 דונם ביישוב טאוק מ-1848 עד 1952. במטעים הוחזקו עבדים לפני מלחמת האזרחים האמריקנית. חלק מצאצאי עבדים אלו חולקים את אותו שם המשפחה ומכנים עצמם "מקיינס השחורים". אחד מצאצאי העבדים שהוחזקו במטע של משפחת מקיין הוא מיסיסיפי ג'ון הארט.

לאילן היוחסין של מקיין מורשת ארוכה של שירות צבאי אמריקאי, הכולל את אבותיו שנלחמו כחיילים במלחמות האינדיאנים, מלחמת העצמאות של ארצות הברית, מלחמת 1812, עבור כמה ממדינות קונפדרציית המדינות של אמריקה במלחמת האזרחים האמריקנית ובמלחמת העולם הראשונה. אילן היוחסין כולל גם התנהגות לא-ישרה והצלחה כלכלית. סבו מצד אמו, ארצ'יבלד רייט (1875–1971), היה יליד מיסיסיפי שהגיע למוסקוגי שבאוקלהומה בשנות העשרים לחייו והפר את החוק בעקבות הימורים בלתי-חוקיים. בגיל ארבעים חדל מלעבוד ונהיה למעין עקר בית. הוא חי עם משפחתו באוקלהומה ובדרום קליפורניה,
וגידל את רוברטה ואחותה התאומה רונה על אהבה למסעות והרפתקאות. ג'ק מקיין ורוברטה רייט ברחו מביתם והתיישבו בטיחואנה שבמקסיקו, בעוד אמה של רוברטה התנגדה לקשר בין השניים.

אביו של מקיין וסבו מצד אביו שירתו בצי, הגיעו שניהם לדרגת אדמירל והיו לצמד הראשון של אב ובנו שקיבל דרגת אדמירל ארבעה-כוכבים. סבו, האדמירל ג'ון ס. מקיין האב  (1884–1945) היה טייס מטוסי תקיפה, אשר בשנת 1942 פיקד על כל פעולות הסיוע האווירי לכוחות הקרקע בקרב גוודלקנל, ומי שבסופו של דבר הוביל בשנים 1944–1945 באגרסיביות את "כח המשימה של נושאות המטוסים המהירות" (Fast Carrier Task Force) בזירה הפסיפית באוקיינוס השקט במסגרת מלחמת העולם השנייה. פעילותו בקרב אוקינאווה ובמערכה בפיליפינים, נוסף על תקיפות אוויריות נגד טאיוואן ויפן, גרמה להרס עצום של הצי הקיסרי היפני ושל כוח ההגנה העצמית האווירי של יפן בשלביה האחרונים של המלחמה. מותו, ארבעה ימים לאחר טקס כניעת האימפריה היפנית, עורר עניין רב באמצעי התקשורת. על לחימתו במלחמה עוטר בכוכב הכסף ובכוכב הארד.

 ילדותו ונעוריו 
ממוזער|250px|מקיין בהיותו תלמיד בתיכון האפיסקופלי, 1954
עד גיל עשר, העתיק "ג'וני" מקיין את מקום מגוריו (ג'וני היה כינוי שניתן לו במסגרת מסורת משפחתית של הבדל בין הדורות) לעיתים תכופות עם משפחתו. בעקבות אביו התגוררה המשפחה בניו לונדון שבקונטיקט, פרל הארבור בהוואי, ובסיסי צי אחרים באוקיינוס השקט. את חופשות הקיץ היה מעביר במטעי המשפחה בטאוק שבמיסיסיפי. עם זאת, מקיין תמיד חש כי על מורשתו להיות צבאית, ולא דרומית. הוא למד בכל בתי הספר של צי ארצות הברית בהם היה יכול ללמוד, ולעיתים הזיקה העדפה זו להשכלתו שכן בתי ספר אלו היו ברמה נמוכה ותוכניות הלימודים שלהם היו בלתי יציבות או קבועות. לאחר המתקפה על פרל הארבור בדצמבר 1941, נעדר אביו מחייו של מקיין לזמן ממושך. חינוכו הפורמלי עבר לחזקת אמו, אשר ניצלה את הנסיעות הרבות של המשפחה כדי לחשוף את בניה לאתרים היסטוריים ותרבותיים. מאוחר יותר כתב על כך מקיין בספר זיכרונותיו: . אמו הרפובליקנית דאגה לכך שמקיין יהיה מעורה באירועים האקטואליים, על אף שהוריו נמנעו מלהזדהות מבחינה פוליטית עם אחת המפלגות בארצות הברית בשל הקריירה הצבאית של אביו.

לאחר סיום מלחמת העולם השנייה נשאר אביו לשרת בצי, ולעיתים אף עבד בתפקידי קישור פוליטיים. המשפחה התיישבה בצפון וירג'יניה, ומקיין החל ללמוד ב"בית הספר של סנט סטפן" שבאלכסנדריה בשנים 1946–1949. במשך רוב ילדותו היה מקיין ילד אדיב ושקט, אך כאשר החל ללמוד בסנט סטפן נהפך לילד חסר משמעת. שנתיים נוספות בהן עבר עם אביו לבסיסים שונים של הצי חלפו להן, ובסך הכל למד ב-20 בתי ספר בצעירותו. בעוד היה חסר משמעת בסנט סטפן, בבית הספר ללחימה בצי היה לתלמיד צייתן. ב-1951 הצטרף מקיין ל"תיכון האפיסקופלי" שבאלכסנדריה: בית ספר פרטי בעל השכלה אקדמית גבוהה, עם קוד כבוד קפדני, מסורת של זובור וסביבת חיים ספרטנית. רוב התלמידים בבית ספר זה היו בנים של דרומיים עשירים, מהם קיבל מקיין הצצה לאורח חיים אמיד ולשאיפות לקריירה מחוץ לעולם הצי. בשל אופיו המלחמתי, כונה מקיין כ"פאנק" (חסר ערך) וכ"מקנאסטי" (הלחם של תחילת שם משפחתו והמילה "דוחה"). בתיכון זה החל לפתח דמות גברית קשוחה. מקיין סיים את לימודיו בבית הספר התיכון ב-1954.

 האקדמיה הימית 
ממוזער|250px|תצלום של מקיין עת היותו שוחר באקדמיה הימית, 1954

לאחר שהצטיין בבחינות הקבלה שלו, החל מקיין ללמוד ביוני 1954 באקדמיה הימית של ארצות הברית שבאנאפוליס, מרילנד, בעקבות אביו וסבו. מקיין לא אולץ ללמוד דווקא שם על ידי הוריו, אם כי הם לא דנו בחלופות אחרות לאקדמיה. מקיין חש רגשות מעורבים לגבי נוכחותו באקדמיה, ובחר שלא להתאים עצמו אל כללי האקדמיה ואל חלק ממסורותיה. בכל שנה ניתנו לו למעלה ממאה "נקודות שחורות" - שהרוויחו לו חברות ב"מועדון המאה" - על עבירות כגון נעליים לא מצוחצחות דין, טעויות במצעדים צבאיים, חדר מבולגן ודיבור ללא רשות. אביו אף הגיע לאקדמיה כדי לנזוף בו על התנהגותו מספר פעמים. הוא שנא את "שנת הטירונות", במהלכה חווה, בין היתר לצד התעללויות אחרות, זובור כפרח חובלים. הוא לא הסכים לכבד בעלי דרגה גבוהה ובז להם.

מקיין היה בעל אינטליגנציה גבוהה, והצטיין במקצועות עיוניים כגון ספרות אנגלית, היסטוריה ולימודי ממשל. הוא קיבל תואר בוגר אוניברסיטה מטעם האקדמיה בתוכנית לימודים שאימצו כל פרחי החובלים. מעמדו בכיתה ירד יותר ויותר לא רק בשל ציונים ירודים אלא גם בשל התנהגות ומנהיגות ירודות, ששיקפו את הופעתו הרשלנית, את היחס המרדני שלו כלפי בעלי השררה באקדמיה ואת יחסיו העכורים עם קצינו האישי. על אף זאת, בתקופת לימודיו באקדמיה היה סטודנט פופולרי. מבחינה חברתית היה מצבו טוב אך בשל בעיות משמעת וחוסר השקעה במקצועות אותם לא אהב, סיים במקום ה-894 מתוך 899 התלמידים במחזור שלו. בתקופת לימודיו עסק גם בהיאבקות ובאיגרוף. מקיין סיים את לימודיו באקדמיה הימית ביוני 1958.

 שירותו הצבאי ונפילתו בשבי 
250px|ממוזער|שמאל|לוטננט ג'ון מקיין, 13 בינואר 1964
ממוזער|250px|מקיין (נשען על המטוס בצד ימין) עם יחידתו ומטוס ה-T-2 באקאיי שלהם, 1965

עם סיום לימודיו באקדמיה הימית, התגייס לצי והיה לחניך בקורס טיס, שאותו סיים ב-1960. עם סיום לימודי הטיסה הוצב כטייס A-1 סקייריידר על נושאות מטוסים בים הקריבי ובים התיכון. ב-1963 חזר לחוף והיה לקצין מטה ולמדריך טיסה. את שירותו במלחמת וייטנאם החל ב-1967 כטייס במטוס A-4 סקייהוק. תחילה הוצב על נושאת המטוסים "פורסטל" שהגיעה ביולי למפרץ טונקין, ומשם יצא למשימות תקיפה בצפון וייטנאם. ארבעה ימים לאחר תחילת הפעילות מקיין כמעט נהרג בתאונה בנושאת המטוסים פורסטל. בעת שעמד להמריא, נפלטה רקטה ממטוס אחר שפגעה במטוס שלידו, וגרמה לשרשרת התפוצצויות ושריפה שבהן נהרגו 134 מאנשי צוות נושאת המטוסים והטייסים. מקיין הצליח לצאת מהמטוס וניסה לעזור לעוד טייס להיחלץ, אך התפוצצות נוספת העיפה אותו ממקומו והוא נפגע קלות מרסיסים. האסון השבית את נושאת המטוסים, ומקיין התנדב לעבור לנושאת מטוסים אחרת, אוריסקני.

ב-26 באוקטובר 1967, בגיחה ה-23 שלו מעל צפון וייטנאם, הופל מטוסו של מקיין מעל האנוי. בעת נטישת המטוס שבר מקיין את שתי ידיו ורגלו, ואיבד את הכרתו. הוא צנח לתוך אגם בהאנוי, כמעט טבע, אך שב להכרה והצליח לנפח חגורת הצלה בעזרת שיניו. הוא נמשה מהמים על ידי אזרחים צפון-וייטנאמיים ואז הוכה ואף נדקר על ידי המון זועם. לבסוף הוא הועבר ל"הילטון האנוי" - בית הכלא שבו ריכזו הצפון וייטנאמים שבויים בעת המלחמה. במשך כמה ימים הוא נחקר שם בעינויים, ולא קיבל טיפול רפואי לפציעותיו, עד שגילו שוביו שאביו הוא קצין בכיר. הוא שהה כשישה שבועות בבית חולים, ואז נשלח למחנה שבויים אחר בפרוורי האנוי. ממרץ 1968 הוא הושם בבידוד למשך שנתיים.

באמצע 1968 מונה אביו של מקיין למפקד צי האוקיינוס השקט של ארצות הברית, ושוביו של מקיין הציעו לו להשתחרר, הן לשם יחסי ציבור, והן לשם גרימת דמורליזציה אצל החיילים האמריקנים שיראו שבעלי ייחוס זוכים ליחס מועדף. אולם מקיין סירב להשתחרר אלא אם כן כל מי שנלקח לפניו בשבי ישוחרר גם הוא. בעקבות כך הוחרף היחס של שוביו כלפיו, והוא עונה עד שחתם על "וידוי" שבו השתמשו שלטונות צפון וייטנאם לצורכי תעמולה. במהלך תקופת העינויים ניסה מקיין להתאבד, אך שומריו סיכלו זאת. בשנת 1969 החל להשתפר היחס כלפי השבויים האמריקניים, ובהם מקיין, אולם הוא שוחרר רק ב-14 במרץ 1973, לאחר חתימת הסכם הפסקת האש בין ארצות הברית לצפון וייטנאם.

עם שובו לארצות הברית עבר מקיין תהליך שיקום ממושך מפציעותיו, ובמקביל למד במשך שנה במכללת המלחמה הלאומית. בשלהי 1974, לאחר שהצליח לחזור רשמית לכושר טיסה, הוצב מקיין בטייסת אימונים והכשרה של הצי, וב-1976 מונה למפקד הטייסת. ההתחככות הראשונה שלו בעולם הפוליטי הייתה כאשר מונה לקצין הקישור של הצי בסנאט. מקיין החליט לפרוש מהצי ב-1981 בדרגת קפטן (מקבילה לדרגת קולונל בצבא היבשה), כשהבין שאין לו סיכוי לקבל קידום משמעותי.

 חבר בית הנבחרים של ארצות הברית 
 בחירתו הראשונה לתפקיד 
ממוזער|250px|מקיין, אשר זה עתה השתחרר מהשבי בהאנוי מתראיין לעיתונות, 24 באפריל 1974
מקיין החליט להתמודד לבית הנבחרים של ארצות הברית משום שהיה מעוניין לעסוק בענייני הציבור, היה מוכן לאתגר חדש, ופיתח שאיפות פוליטיות בתקופתו כקצין הקישור של הצי בסנאט. הוא עבר לפיניקס והחל לעבוד בחברת "הנסלי ושות'", חברת ההפצה הגדולה של חמו ג'ים הנסלי. כסגן נשיא לענייני יחסי ציבור במחלקת החלוקה, זכה מקיין לתמיכה פוליטית בקרב הקהילה העסקית המקומית, והתיידד עם דמויות בעלות כוח פוליטי רב ובהם הבנקאי צ'ארלס קיטינג, איש הנדל"ן פייף סימינגטון (לימים מושל אריזונה) ומו"ל העיתון דארו "דיוק" טולי. התכנון המקורי של מקיין היה להתמודד לבית הנבחרים מטעם מחוז הקונגרס החדש של אריזונה, שנוצר לאחר מפקד האוכלוסין של ארצות הברית ב-1980, אך מחוז הקונגרס לא כלל בתחומיו את פיניקס. באותה העת ג'ון ג'ייקוב רודס, נציגו הרפובליקני הוותיק של מחוז הקונגרס הראשון של אריזונה, הודיע על פרישתו מהפוליטיקה בינואר 1982 לאחר 30 שנה בקונגרס. מושב הקונגרס כלל בתחומיו הגאוגרפיים חלק מן העמק המזרחי שהיה כלול באזור המטרופולין של פיניקס. המחוז היה מעוז רפובליקני, ורעייתו סינדי מקיין רכשה בית מגורים באזור המחוז באותו יום בו פרש רודס מהקונגרס.

מקיין התמודד לבית הנבחרים מטעם מחוז הקונגרס הראשון, והודיע על מועמדותו באורח רשמי בשלהי מרץ 1982. הוא התמודד מול שלושה מועמדים במהלך הבחירות המקדימות שנערכו במפלגה הרפובליקנית, אשר כולם נכנסו למירוץ לפניו: חבר הסנאט של אריזונה ג'ים מק, חברת בית הנבחרים של אריזונה דונה קרלסון-ווסט, והפעיל האזרחי והווטרינר ריי ראסל. מקיין התמודד עם הטענות שהוא "טרמפיסט" שהגיע למחוז רק על מנת להיבחר ממנו ("carpetbagger"), כאשר בתגובה לשאלה שהופנתה לגביו באירוע בחירות התפרץ ואמר:

תשובה נזעמת זו הורידה את הנושא מסדר היום, והיוותה גורם חשוב לניצחונו של מקיין בבחירות המקדימות עם 32% מהקולות לעומת 26%, 22% ו-20% מהקולות ליריביו. בבחירות הכלליות ניצח מקיין את יריבו הדמוקרטי ברוב גדול של 66%.

 כהונתו 
ממוזער|250px|דיוקנו של מקיין כחבר בבית הנבחרים של ארצות הברית, 1983
מיד עם כניסתו לקונגרס של ארצות הברית, הרשים את עמיתיו. סיפור שבייתו במלחמת וייטנאם, כישוריו החברתיים, והקשרים שפיתח במהלך כהונתו כקצין הקישור של הצי בסנאט הפכו אותו לפופולרי וכוכב בקרב חברי בית הנבחרים החדשים. הוא נבחר לנשיא מחזור חברי בית הנבחרים הרפובליקנים שנכנסו לתפקידם ב-1983. לאחר שעסק רבות בשדלנות ההנהגה הרפובליקנית בבית הנבחרים, הוא הועבר אל הוועדה לענייני פנים של בית הנבחרים. הוא חשק בחברות בוועדה לענייני פנים משום שרצה לפתח מומחיות בנושאים הרלוונטיים למדינתו, כולל זכויות מים, ניהול קרקעות ציבוריות וענייני אינדיאנים. הוא היה חבר גם בוועדה לענייני הזדקנות של בית הנבחרים, אשר הייתה חשובה לו בשל האוכלוסייה הגמלאית הגדולה באריזונה, וזמן מועט לאחר מכן התמנה ליושב ראש כוח המשימה הרפובליקני לענייני אינדיאנים. הוא התחייב לשוב בכל סוף שבוע אל מחוז הקונגרס אותו הוא מייצג, ובשנתו הראשונה בבית הנבחרים נסע מגבעת הקפיטול שבוושינגטון הבירה אל האזור המטרופוליני של פיניקס וטוסון 47 פעמים. שם, נועד מקיין לעיתים קרובות עם בוחריו והופיע בפרהסיה פעמים רבות. פעולותיו אלו, בשילוב עם החלטת רעייתו סינדי להתגורר באריזונה ולא לעבור לוושינגטון הבירה, סייעה לבסס את מעמדו הפוליטי באריזונה.

מקיין נתן את חסותו למספר הצעות חוק שנגעו בענייני אינדיאנים, מאחר שמחוז הקונגרס אותו ייצג כלל בתחומיו את אוכלוסיית האינדיאנים הגדולה ביותר מבין כל מחוזות הקונגרס בארצות הברית. באוגוסט 1983 הוא הצביע נגד הצעת חוק שקראה להנצחת מרטין לותר קינג בחג לאומי, בתואנה כי הנצחתו ביום לאומי תגרור הוצאות רבות ומיותרות וכי ישנם כבר חגים פדרליים די והותר. ב-2 בנובמבר 1983 חתם נשיא ארצות הברית רונלד רייגן על חוק יום מרטין לותר קינג.

הקריירה הפוליטית של מקיין, עת היותו חבר בבית הנבחרים, עלתה בקנה אחד עם זו של הנשיא רונלד רייגן, ומקיין מאוחר יותר תיאר את רייגן כמי שהשפיע רבות על חייו הפוליטיים. מקיין תמך במדיניות הכלכלית שהנהיג רייגן, מדיניות שזכתה לכינוי "רייגנומיקס". מקיין צידד בהתרת קיום תפילות בבית הספר והתנגד להפלות מלאכותיות. מקיין הזדהה עם מרבית ההיבטים של מדיניות החוץ של ממשל רייגן, כולל עמדת הממשל הקיצונית נגד ברית המועצות. הוא תמך במדיניותו של ממשל רייגן כלפי סכסוכים לאומיים במרכז אפריקה, צידד במבצע זעם דחוף ובתמיכת ארצות הברית בארגוני הקונטראס בניקרגואה. בראשית שנות ה-80 של המאה ה-20 הוא כיהן במועצת המנהלים של "המועצה האמריקאית לחירות עולמית", גוף של "הליגה האנטי-קומוניסטית העולמית", שהייתה קבוצה בינלאומית אשר סייעה, בין היתר, למורדים בניקרגואה; מקיין עזב את מועצת המנהלים ב-1984 לאחר שחשד שהמועצה מגבה פעילות בלתי-חוקית.

מקיין הצביע נגד החלטה משנת 1983, שאפשרה לנשיא רייגן להציב את כוחות חיל הנחתים של ארצות הברית כחלק מהכוח הרב-לאומי בלבנון, בטענה כי הוא "אינו צופה יעדים בר השגה בלבנון". לאחר הפיגועים בבסיסי הכוח הרב-לאומי בביירות, עמדתו של מקיין נגד מפלגתו ונשיאו זכתה לחשיפה תקשורתית לאומית, והחלה לבנות את המוניטין שלו כמעיין פוליטיקאי עצמאי. מקיין תמך בקבוצת השמרנים הצעירים של ניוט גינגריץ' בכמה ממאבקיהם נגד הנהגת המפלגה הדמוקרטית בבית הנבחרים, אך סירב להצטרף לאגודת ההזדמנות השמרנית של גינגריץ'. מקיין חש חיבה אישית ליושב ראש בית הנבחרים של ארצות הברית, טיפ אוניל, וניהל מספר מערכות יחסים טובות עם דמוקרטים אחדים בבית הנבחרים, בהם פול סיימון ומו יודול. מקיין נבחר בקלות מחדש לבית הנבחרים ב-1984, ללא התנגדות משמעותית מצד הרפובליקנים, ובבחירות הכלליות הביס את המועמד הדמוקרטי הארי וו. בראון כשהוא סוחף 78% מהקולות בעוד בראון זכה רק ל-22%. במהלך מסע הבחירות שלו באריזונה, הדגיש מקיין רק לעיתים רחוקות את שירותו בווייטנאם ואת חוויותיו מהשבי בהאנוי.

בתקופת הכהונה החדשה, זכה מקיין להיות חבר בוועדת החוץ של בית הנבחרים של ארצות הברית, נוסף על חברויותיו הקודמות בוועדות השונות. מקיין הצליח להעביר את חוק הפיתוח הכלכלי האינדיאני ב-1985, ובשנה שלאחר מכן עסק בחקיקה הנוגעת למשחקים האינדיאנים (בתי קזינו, אולמות בינגו ופעילויות הימורים אחרות בשמורות אינדיאנים או אדמות שבטיות אחרות בארצות הברית). הוא נקט בעמדות מתונות בתחומי החברה והסביבתנות, וצידד בדאגתו של ג'ק קמפ לאפרו-אמריקאים ולקבוצות מקופחות אחרות. בשנת 1985 הוא שב לווייטנאם עם העיתונאי וולטר קרונקייט עבור חדשות CBS, וראה לראשונה את האנדרטה שהוצבה לזכר לכידתו. היה זה מסעו הראשון לווייטנאם מבין נסיעות אחדות שערך לשם. ב -1986 הצביע מקיין בעד ביטול וטו שהטיל רייגן על החוק המקיף נגד האפרטהייד שהטיל סנקציות על דרום אפריקה.

בדצמבר 1985 ביקר מקיין אצל העריץ הצ'יליאני אוגוסטו פינושה וחבר החונטה האדמירל חוסה טוריביו מרינו. מקיין סיפר לשגרירות ארצות הברית בסנטיאגו דה צ'ילה כי שתי הפגישות היו ידידותיות וחמות, אך תיאר את פינושה כאובססיבי לסכנות הקומוניזם, והשווה אותו לאגודת ג'ון ברץ'. מקיין לא ביקר אצל מנהיגי האופוזיציה במהלך מסעו בצ'ילה, מאחר ששגריר ארצות הברית בסנטיאגו עשה זאת זמן מועט לפני ביקורו של מקיין. הן פינושה והן שריו סירבו להיפגש בינואר 1986 עם סנאטור אמריקאי שנועד עם מנהיגי האופוזיציה. מקיין קרא מאוחר יותר לממשלת צ'ילה לכבד את משאל העם הקרב ובא ב-1988.

 מסע הבחירות לסנאט ב-1986 
מקיין החליט להתמודד לסנאט של ארצות הברית מטעם מדינת אריזונה ב-1986, לאחר שנציגה הוותיק של אריזונה בסנאט בארי גולדווטר פרש לגמלאות. אף רפובליקני לא התנגד למקיין בריש גלי, ולדברי מזכירת העיתונות שלו, ויקטוריה קלארק, כוחו הפוליטי הרב של מקיין שכנע את יריבו הדמוקרטי המשמעותי ביותר, מושל אריזונה ברוס באביט, שלא להתמודד על מושבו של גולדווטר. כך שבמקום להתמודד מול באביט ניצב מקיין מול יריב חלש יותר, ריצ'רד קימבאל, לשעבר חבר בית המחוקקים של אריזונה, פוליטיקאי צעיר בראשית דרכו. בסופו של דבר, מקיין זכה בבחירות עם 60% מהקולות לעומת 40% שסחף קימבאל. העיתון "הניו יורק טיימס" אמר בזמנו כי מקיין נראה "מוכן להצטייר כדמות משמעותית בפוליטיקה הלאומית". במקביל, מעורבותו ההולכת וגוברת של מקיין במדיניות המפלגה הרפובליקנית באריזונה גרמה לרפובליקנים אחדים לנטור למקיין טינה. בין רפובליקנים אלו נמנו מושלת אריזונה ג'יין הול, שנודעה ביחסיה העכורים עם מקיין.

 סנאטור מטעם אריזונה (1987–2000) 
ממוזער|250px|מקיין לוחץ את ידו של הנשיא רונלד רייגן לצד הגברת הראשונה ננסי רייגן בחדר הכחול, 3 במרץ 1987
ממוזער|250px|מקיין עם כמה מבני משפחתו (משמאל לימין: רוברטה מקיין, אמו; ג'ון סידני מקיין הרביעי, בנו; מייגן מקיין, בתו; ורעייתו סיגני מקיין, אורחת הכבוד של הטקס) בטקס חניכת המשחתת ג'ון ס. מקיין (DDG-56) מסדרת המשחתות ארלי ברק במספנה באת' איירון וורקס שבעיר באת' במיין, 26 בספטמבר 1992
ממוזער|250px|דיוקנו של מקיין בסנאט משנות התשעים
ממוזער|250px|מקיין (משמאל), מזכיר ההגנה ויליאם כהן (במרכז) ויו"ר המטות המשולבים, גנרל ג'ון שאליקשווילי (מימין) מצדיעים במהלך טקס יום הזיכרון לשבויי מלחמה וחיילים נעדרים בפנטגון, 19 בספטמבר 1997

 ראשית דרכו בסנאט 
עם כניסתו לסנאט ב-1987, שמר מקיין על פרופיל נמוך. הוא התמנה לחבר בוועדת הכוחות המזוינים של הסנאט, עמה הייתה לו היכרות מוקדמת מעת כהונתו כקצין הקישור של הצי בסנאט. הוא היה גם חבר בוועדת המסחר ובוועדה לענייני אינדיאנים. מקיין היה תומך נלהב בחוק "גראם-רודמן", אשר מבצע באופן אוטומטי קיצוצים כאשר ישנו גירעון בתקציב המדינה. הוא הצביע בעד מועמדו של הנשיא רייגן לבית המשפט העליון של ארצות הברית, רוברט בורק, אך המינוי סוכל בידי הסנאט הדמוקרטי.

יום מרטין לותר קינג היה לבעיה גדולה במדינת מולדתו של מקיין, משום שמושל אריזונה אוון מיקם התנגד לחתום על אשרור קיום היום במדינה. מקיין המשיך להתנגד ליום מרטין לותר קינג תוך שהוא תומך בהוראתו של מיצ'ם לבטל החג הפדרלי. ב-1988 הודח מיצ'ם מתפקיד המושל בגין עבירה פלילית. מקיין אמר למיצ'ם בתגובה: "מעולם לא היית צריך להיבחר לתפקיד, אתה מביך את המפלגה". ב-1989 המשיך מקיין להתנגד לחג הפדרלי, אך מיתן את דעתו בנושא והודיע שהוא תומך בקיום יום שבתון באריזונה ללא ציון החג, בעקבות תדמית לא מחמיאה שהודבקה לאריזונה בשל התנגדות מנהיגיה לחג. מקיין הטיח ברפובליקנים שהתנגדו ליום השבתון: "אתם תאשרו זאת, לכל הרוחות. תאשרו את יום השבתון, אתם גורמים לנו להיראות כמו שוטים". ב-1990 נערך משאל עם באריזונה בסוגיית החג הפדרלי; מקיין שכנע את הנשיא רייגן לצדד בקיום החג. עם זאת, מיצ'ם הוביל בשנה זו מאמצים לסיכול ההחלטה על קיום החג, מאמצים אשר הניבו פרי.

במהלך שלהי שנות ה-80 של המאה ה-20, זכה מקיין לנראות לאומית. הוא נשא נאום על התמדתם של האסירים בהילטון האנוי להכין את דגל ארצות הברית למרות המכות שקיבלו כתוצאה מכף. הנאום הלהיט וריגש את הקהל בכינוס הוועדה הרפובליקנית הלאומית ב-1988. הוא הוזכר על ידי העיתונות כמועמד אפשרי לתפקיד סגן נשיא ארצות הברית ועמיתו למרוץ של ג'ורג' הרברט ווקר בוש, ומונה ליושב ראש "יוצאי המלחמות למען בוש". ב-1989 הגן באורח נחרץ על מועמדותו של ג'ון טאוור למזכיר ההגנה של ארצות הברית, ואף התעמת בנושא עם פול וייריץ', אחד ממייסדי ארגון "הרוב המוסרי" (Moral Majority). התעמתות זו העיבה על יחסיו עם הימין הנוצרי במפלגה הרפובליקנית, ותרמה לתדמיתו כפוליטיקאי עצמאי שעומד על דעתו גם נגד תכתיבי המפלגה ("maverick").

מקיין תמך בפלישה האמריקאית אל פנמה ב-1989. מקיין שיתף פעולה עם הסנאטור הדמוקרטי אל גור מטנסי בחקיקת "חוק בקרת טילים ופרוליפרציה" מ-1989, שהטיל סנקציות על חברות ומדינות העוסקות בסחר או בפיתוח של מערכות טילים בליסטיים בין-יבשתיים. השניים המשיכו לשתף פעולה בחקיקת "חוק אי-הפצת נשק לאיראן ולעיראק" מ-1992 (הידוע בשם "חוק גור-מקיין"), שהטיל עונשים על סוחרים ותאגידים המסייעים לאיראן או לעיראק ברכישת טכנולוגיית טילים.

 פרשת קיטינג 
הקריירה הפוליטית של מקיין, שהמריאה מעלה בעקבות הפופולריות שצבר, צנחה כאשר הסתבך יחד עם ארבעה סנאטורים דמוקרטיים, בהם ג'ון גלן ואלן קרנסטון, בפרשת שחיתות שבמרכזה עמד צ'ארלס קיטינג - איש עסקים אותו מקיין הכיר כשעבר לאריזונה, ושתרם סכומי עתק לחמשת הסנאטורים. צ'ארלס קיטינג היה הבעלים של "בנק לינקולן לחסכונות והלוואות", חברה בת של "התאגיד הקונטיננטלי האמריקאי", שפשט את הרגל בעקבות מספר הלוואות שהשתבשו. כדי להתגבר על החוב שצבר, קיטינג הפר כללי "השקעה ישירה" בכך שהפנה חשבונות בנק להשקעות נדל"ן מסחריות באמצעות התאגיד הפדרלי לביטוח פיקדונות. פעולות אלו משכו את תשומת לבם של הרגולטורים הפדרליים, אשר ניסו להשבית את בנק לינקולן. קיטינג יצר קשר עם חמישה סנאטורים להם תרם בעבר, וביקש שייפגשו בשמו עם הרגולטור הפדרלי האחראי לתחום וידונו עמו בעניין. חמשת הסנאטורים היו מקיין, גלן, קרנסטון, דונלד ריגל ודניס דיקונסיני, ובצוותא כונו "חמישיית קיטינג" .

המגעים הראשונים של מקיין וקיטינג היו ב-1981, והם היו אז לחברים אישיים. בשנים 1982–1987 קיבל מקיין תרומה בת 112,000 דולר אמריקני מקיטינג במסגרת תרומות פוליטיות חוקיות. בנוסף, רעייתו של מקיין, סינדי ואביה ג'ים הנסלי, השקיעו כ-359,100 דולר במרכז קניות של קיטינג באפריל 1986, שנה לפני שמקיין נועד עם הרגולטורים. מקיין, משפחתו והשמרטפית שלהם נסעו תשע פעמים על חשבונו של קיטינג. במרץ 1987, ביקש קיטינג ממקיין להיפגש עם הרגולטורים הפדרליים בנוגע להשבתת "בנק לינקולן", אך מקיין סירב לבקשתו. קיטינג כינה את מקיין "סמרטוט" מאחורי גבו, וב -24 במרץ קיימו השניים פגישה מלאת אמוציות. ב-2 באפריל וב-9 באפריל 1987 נועדו מקיין והסנאטורים האחרים בגבעת הקפיטול עם הרגולטורים הפדרליים. תחילה עם אדווין גריי, יו"ר מועצת הבנקאות הפדרלית, ולאחר מכן עם חברים אחרים בסניף מועצת הבנקאות בסן פרנסיסקו, כדי לדון בענייניו של קיטינג. ב-2002 כתב מקיין כי השתתפותו בפגישות אלו הייתה "הטעות הגדולה בחייו".

הרגולטורים עזבו את קיטינג לנפשו, ובנק לינקולן נותר פעיל בעסקים. הבנק עדיין היה נואש למזומנים, ושכנע לקוחותיו להחליף את תעודות הפיקדון המבוטחות והפדרליות שלהם בתעודות איגרות חוב זיבוריות של התאגיד הקונטיננטלי האמריקאי. באפריל 1989 פשט בנק לינקולן את הרגל באורח סופי, וכ-23 אלף לקוחות נותרו עם איגרות חוב חסרות ערך, וחסכונותיהם של משקיעים קשישים רבים ירדו לטמיון. הרגולטורים הפדרליים הגישו תביעה אזרחית בגין הונאה נגד קיטינג, ובמקביל נחקרו חמשת הסנאטורים בשאלה האם ניסו להשפיע על הרגולטורים.

בסופו של דבר, אף אחד מהסנאטורים לא הואשם בעבירה על החוק. עם זאת, ועדת האתיקה של הסנאט חקרה אותם. רוברט ס. בנט, החוקר המיוחד של הוועדה, רצה לשלול כל חשד נגד הסנאטורים מקיין וגלן מפאת חוסר ראיות, אך הוועדה מיאנה. לאחר דיונים פומביים, מקיין ננזף קלות על ידי הוועדה בגין הפעלת "שיקול דעת לקוי" על ניסיונותיו לדון עם הרגולטורים בענייניו של קיטינג. בדין וחשבון של הוועדה משנת 1991 נכתב כי "פעולותיו של מקיין לא היו בלתי הולמות ואף לא גבלו ברשלנות חמורה ברמה של להגיע לפעולה ממסדית נגדו [...] הסנאטור מקיין לא הפר אף חוק של ארצות הברית או כלל מסוים של הסנאט של ארצות הברית". בשנים מאוחרות יותר, דיווחים רטרוספקטיביים שעסקו בפרשה שבו על הטענה כי מקיין נכלל בחקירת הסנאטורים בעיקר כדי שיהיה רפובליקני אחד מבין הסנאטורים הנחקרים.

 פוליטיקאי רפובליקני-עצמאי 
ב-1993 התנגד מקיין למעורבות אמריקאית במלחמת האזרחים בסומליה ואמר כי מדובר ב"משימה לא ממוקדת שאין לה מטרה". לאחר ששמונה עשר אמריקאים נהרגו בקרב מוגדישו, הציג מקיין יוזמה להשבת חיילי הכוחות המזוינים של ארצות הברית שבסומליה למולדתם באופן מיידי, אך היוזמה לא עברה בסנאט. מקיין הוסיף להתנגד למבצע "תמיכת הדמוקרטיה" (Uphold Democracy) בהאיטי ב-1994. תחילה, התנגד מקיין למעורבות צבאית מצד ארצות הברית במלחמת בוסניה, והצביע ב-1992 נגד יוזמת ממשלו של הנשיא ג'ורג' הרברט ווקר בוש להיתר שימוש ב"הפגנות כוח" בחבל הבלקן. השקפתו של מקיין בעניין מלחמות יוגוסלביה השתנתה לאחר טבח סרברניצה ב-1995, והוא הצביע בעד נתינת הרשאה לנאט"ו להפציץ את בוסניה והרצגובינה נגד צבא רפובליקה סרפסקה.

בשנות ה-90 של המאה ה-20 מקיין מילא תפקיד מרכזי בנרמול היחסים בין ארצות הברית לבין וייטנאם, יחד עם הסנאטור הדמוקרטי ג'ון קרי, שגם הוא לחם במלחמת וייטנאם, על אף התנגדות רבים מעמיתיו הרפובליקנים, וותיקי מלחמה רבים. בשנים 1991–1993 היה חבר מרכזי בוועדה מיוחדת של הסנאט שחקרה את גורלם של נעדרים ושבויים אמריקנים במלחמת וייטנאם. הוועדה קבעה כי "אין עדויות מהימנות על קיומם של אמריקנים חיים המוחזקים בשבי בדרום מזרח אסיה". קביעה זו הסירה מכשול חשוב בפני חידוש היחסים, שכן טענות בנושא שהושמעו בציבור האמריקני כלפי וייטנאם הפעילו לחץ על הפוליטיקאים האמריקנים להתנגד לחידוש היחסים עד שהעניין ילובן. ב-1994 מקיין וקרי הובילו החלטה של הסנאט שקראה לביטול האמברגו האמריקאי על וייטנאם, וב-1995 נתנו גב ציבורי לביל קלינטון כאשר חידש את היחסים הדיפלומטיים עם האויבת לשעבר.

ב-1993 ובשנה שלאחר מכן הצביע מקיין בעד מועמדיו של הנשיא ביל קלינטון לבית המשפט העליון של ארצות הברית, סטיבן ברייר ורות ביידר גינסבורג, אשר נתפסו בעיניו כראויים לכהן כשופטים בבית המשפט העליון. מאוחר יותר הסביר כי "לפי החוקה שלנו, זו ההחלטה של הנשיא". מקיין תמך לא רק במועמדים הליברליים אלא גם בשמרנים, ובהם רוברט בורק וקלרנס תומאס.

ב-1994 החל מקיין ביחד עם הסנאטור הדמוקרטי ראס פיינגולד ביוזמה לרפורמות בנושא מימון בחירות שנועדה לסגור פרצה בחוק בנושא של תרומות כספיות למועמדים ושהגבילה אפשרות של גורמים שכביכול לא מעורבים ישירות בקמפיין בחירות להפיץ תעמולה לטובת מועמד מסוים. יוזמה זו זכתה לאהדה ציבורית, אך נתקלה בהתנגדות עזה של הממסד הפוליטי משתי המפלגות ושל גורמים אידאולוגיים בימין, במיוחד בימין הדתי (שטען שמודעות כאלה מאפשרות לו להילחם בהטיה הליברלית לטענתם של התקשורת). הצעת החוק נתקלה שוב ושוב בפיליבסטר, ולבסוף התקבלה רק ב-2002. אולם דווקא המאבק הקשה הממושך, שזכה לאהדה של התקשורת והציבור, הועיל לתדמית הציבורית של מקיין.

המונח "עצמאי-רפובליקני" ("maverick Republican") הוצמד למקיין לעיתים קרובות, הוא גם השתמש בה בעצמו. בבחירות לנשיאות ארצות הברית 1996 שוב מקיין נחשב למועמד פוטנציאלי לסגן נשיא ארצות הברית כעמיתו למירוץ של הסנאטור בוב דול מקנזס, אך בסופו של דבר לתפקיד זה נבחר מזכיר השיכון והפיתוח העירוני של ארצות הברית לשעבר ג'ק קמפ. בשנה שלאחר מכן, מגזין טיים כלל את מקיין ברשימת "25 האנשים המשפיעים ביותר באמריקה". ב-1997 מונה מקיין ליושב ראש ועדת המסחר של הסנאט. הוא ספג ביקורת על שקיבל כספים מתאגידים ועסקים שונים במסגרת כהונתו בוועדה, אך מקיין הגיב לטענות וטען כי התרומות הקטנות שקיבל לא היוו עבירה על חוק מימון הבחירות. מקיין החליט להתייצב כנגד תעשיית הטבק ב-1998, והציע חקיקה שתגדיל את המיסוי על סיגריות במטרה לממן מסעות פרסום נגד עישון, להרתיע מעשנים בגילאי העשרה ולהגדיל את הכסף עבור מחקרים רפואיים. רעיונותיו אלה גובו מצד ממשל קלינטון, אם כי הם נתקלו בהתנגדות מצד תעשיית הסיגריות ומרבית הרפובליקנים, והצעת החוק לא הצליחה לעבור סיום דיון בהצבעה בסנאט האמריקאי (Cloture).

 ראשית כהונתו השלישית 
ממוזער|250px|דיוקן של מקיין משנותיו המוקדמות בסנאט
בנובמבר 1998 נבחר מקיין מחדש לתקופה כהונה שלישית בסנאט כשהוא מביס בקלות את יריבו מן המפלגה הדמוקרטית, עורך הדין אד ריינג'ר. במשפט ההדחה של הנשיא קלינטון בסנאט, שנערך בפברואר 1999, הצביע מקיין בעד הרשעת הנשיא הן במתן עדות שקר והן בשיבוש מהלכי משפט, ואמר שקלינטון הפר את השבועה שנשא כשנכנס לתפקידו. חודש אחר כך הצביע מקיין בעד מבצע כוח מאוחד נגד הרפובליקה הפדרלית של יוגוסלביה, ואמר כי יש לעצור את רצח העם המתמשך במלחמת קוסובו ומתח ביקורת על חוסר המעש של ממשל קלינטון. מאוחר יותר בשנת 1999, זכה מקיין ב"פרס צדודית אומץ הלב" בצוותא עם הסנאטור ראס פיינגולד על ניסיונם לחוקק רפורמה במימון הבחירות, אף על פי שהצעת החוק עודנה לא הצליחה לעבור את גמר הדיונים הסנאט.

באוגוסט 1999 יצא לאור ספר זכרונותיו של מקיין, "אמונה של אבותיי", בשיתוף עם מארק סאלטר (אשר חיבר עם מקיין את מרבית ספריו). מבקרי אמנות אחדים התרשמו מאוד מהספר, ואף ב קבעו "זהו הרגע של מקיין לפתוח במסע בחירות לנשיאות ארצות הברית". הספר היה המוצלח והנודע ביותר מבין כל ספריו שפרסם ובמהרה נהיה לרב-מכר; מאוחר יותר אף עבר אדפטציה טלוויזיונית ועובד לסרט טלוויזיה באותו השם. הספר מגולל את הרקע המשפחתי של מקיין ואת ראשית חייו, מתאר את זמנו באנאפוליס ושירותו הצבאי טרם מלחמת וייטנאם ובמהלכה, ומסתיים עם שחרורו מהשבי ב-1973.

 מסע הבחירות הנשיאותי (2000) 

 הבחירות המקדימות הרפובליקניותינואר עד יוני 2000     צירים  1,496  244 קולות  62.00%  31.23% 210x210px
ממוזער|250px|סמליל מסע הבחירות של מקיין לנשיאות בשנת 2000
מקיין הכריז על מועמדותו לנשיאות ארצות הברית מטעם המפלגה הרפובליקנית ב-27 בספטמבר 1999, בעיר נשואה שבניו המפשייר. הוא אמר כי הוא מבצע "מאבק להשבת ממשלתנו חזרה מעמילי כוח ואינטרסים מיוחדים, ולהשבתה לעם ולתכלית החירות האצילית שבשמה היא אותנו משרתת". המועמד הראשון שהודיע כי יתמודד על המועמדות הרפובליקנית לנשיאות היה מושל טקסס ג'ורג' ווקר בוש, אשר זכה לתמיכה פוליטית ומדינית מרוב הממסד המפלגתי בין היתר בשל היותו בנו של הנשיא לשעבר ג'ורג' הרברט ווקר בוש.

בעוד מסע הבחירות של בוש התמקד בקריאה להגדלת הכוחות המזוינים, הורדת מיסים, רפורמות בחינוך וסיוע למיעוטים, מסע הבחירות של מקיין שם את הדגש על רפורמות בנושא מימון הבחירות למען פוליטיקה נקייה יותר, שמושפעת פחות מהאינטרסים של התורמים הגדולים למערכות הבחירות. מקיין סחף אחריו אנשים רבים שנמנו על האגף המתון של המפלגה הרפובליקנית וכן מצביעים עצמאיים לא מעטים.

מקיין החליט להתמקד בפריימריז בניו המפשייר, שם שם פעמיו אל הבוחרים העצמאיים. הוא התנייד באמצעות אוטובוס בחירות שנקרא "שיחה ישירה מהירה" (Straight Talk Express). הוא ערך ישיבות רבות באולמי העיריות השונות בהן ביקר, וענה על כל שאלה שהפנו אליו הבוחרים. ב-1 בפברואר 2000 זכה מקיין בפריימריז עם 49% מהקולות לעומת 30% שגרף בוש. הניצחון במפתיע בפריימריז, ברוב יחסית גדול בן 19% של מקיין, הימם את יקיר הממסד הרפובליקני והמועמד המוביל בוש, והתרחש בזכות הסנטימנט האנטי-ממסדי של רבים מהבוחרים בניו המפשייר, ובייחוד של מצביעים עצמאיים, שיכולים להשתתף בפריימריז בניו המפשייר.

אולם, עד מהרה התאושש בוש עם ניצחון גדול בדלאוור וניצחון נוסף בקרוליינה הדרומית שבועיים לאחר מכן, שהושג לאחר קרב צמוד אשר נתפס לא פעם כמלוכלך. בהמשך המירוץ הצליח מקיין לרשום ניצחון במדינת הבית שלו אריזונה וכן ניצח במישיגן ובמדינות אחדות בניו אינגלנד, אך על ניצחונות אלו האפילו ניצחונותיו הרבים של בוש בכל שאר חלקי הארץ. לנוכח המשך ההובלה של בוש, וכיוון שהתקשה להתמודד עם קצב גיוס התרומות, בתחילת חודש מרץ פרש מקיין מהמירוץ, וניצחונו של בוש הובטח. בשורה התחתונה, בפריימריז זכה בוש עם 62.0% מהקולות, ומקיין הפסיד וזכה רק ב-31.23%. כעבור חודשיים תמך מקיין במועמדותו של בוש, והופיע מדי פעם עמו במהלך מסע הבחירות הכללי.

 בין שני מסעי בחירות נשיאותיים (2000–2008) 
 שיאו כפוליטיקאי רפובליקני-עצמאי 
ממוזער|250px|בוש ומקיין אוחזים בעוגת יום הולדת לכבוד יום הולדתו ה-69 של מקיין בבסיס חיל האוויר לוק, 29 באוגוסט 2005
לאחר הבחירות לנשיאות ארצות הברית 2000, הייתה מרירות רבה ונטירת טינה מתמשכת בין הנשיא בוש למקיין ובין הסגל של שניהם. היחסים העכורים בין הסנאטור הוותיק לנשיא מקיין התבטאו בכעסו של מקיין על ממשל בוש ששכר כמה מעוזריו לאיוש משרות ותפקידים בבית הלבן. מדיניות בלתי פורמלית של ממשל בוש מנעה מאנשי הסגל של מקיין אלפי תפקידים ממשלתיים.

בשנת 2001 החל מקיין להתנגד לבוש תוך נקיטת עמדות נגד ממשלו בנושאים אחדים. בינואר 2001 נכנס "חוק מקיין-פיינגולד" לישורת האחרונה בסנאט האמריקאי; החוק זכה להתנגדות מצד בוש ורוב הממסד הרפובליקני, אך בעקבות תוצאות הבחירות לקונגרס של ארצות הברית ב-2000, החוק עבר את הדיונים בסנאט בעת ובעונה אחת עד שמכשולים פרוצדורליים עיכבו את החוק שוב. במאי 2001, הצביע מקיין נגד רפורמת קיצוצי המס הראשונה של בוש. מקיין נמנה בין שני הרפובליקנים היחידים (השני היה לינקולן צ'ייפי) שהצביעו נגד הרפורמה.

כאשר הסנאטור הרפובליקני ג'ים ג'פורדס מוורמונט עזב את המפלגה הרפובליקנית ונהיה לסנאטור עצמאי, והשליטה בסנאט עברה מידי הרפובליקנים לדמוקרטים, גונן מקיין על ג'פורדס. באותה התקופה החלו להתפרסם השערות כי גם מקיין עשוי לעזוב את שורות המפלגה הרפובליקנית ולהיהפך לסנאטור עצמאי במחצית הראשונה של שנת 2001. באותה תקופה היה למפלגה הרפובליקנית רוב בסנאט ביחס של 49–51, ומקיין היה נמנה בין שלושה רפובליקנים שהיה קיים חשש לגביהם שיהפכו לעצמאים ובכך יערערו את מאזן הכוחות בסנאט, לצד ג'פורדס ולינקולן צ'ייפי. מקיין תמיד הכחיש בתוקף את ההשערות לפיהן יעזוב את המפלגה הרפובליקנית כעצמאי, אם כי הודה כי רעיון זה עבר בראשו לא פעם. מכל מקום, הדיון הציבורי סביב הישארותו של מקיין רפובליקני היווה עילה למבקריו השמרנים באריזונה לארגן נגדו עצרות מחאה במאי וביוני 2001.

 פיגועי 11 בספטמבר ולאחריהם 
ממוזער|250px|דיוקנו הרשמי של הסנאטור מקיין

פיגועי 11 בספטמבר היו נקודת מפנה ביחסי בוש-מקיין. במהלך הפיגועים, שבוצעו ב-11 בספטמבר 2001, שהה מקיין במשרדו שב. לאחר שפונה מהקפיטול אל אזור אחר בוושינגטון הבירה, הופיע מקיין שבע עשרה פעמים בכלי התקשורת הלאומיים ובאריזונה כדי להגיב על ההתקפות. בימים שלאחר מכן, נהפך לאחד מקולות ההנהגה הבולטים ביותר בארצות הברית, באומרו: "אם יש דבר שעל האמריקאים לדעת, זה שזה יהיה מאבק ארוך... האמריקאים התרגלו לניצחונות מהירים. לא נקלענו למאבק ממושך שכזה מאז מלחמת וייטנאם". מקיין הצביע בעד חוק הפטריוט של בוש באוקטובר 2001. מקיין נהפך לתומך נלהב של בוש ודגל בשימוש באמצעים צבאיים נגד האחראים למלחמת אפגניסטן. לאחר שדגל בגישה חריפה נגד שלטון הטליבאן באפגניסטן, כולל שימוש בכוחות קרקע צבאיים, סיכם את מאמרו בוול סטריט ג'ורנל: "מלחמה היא עסק אומלל, בואו נעבור את זה כבר". יחד הסנאטור הדמוקרטי ג'ו ליברמן ניסחו את החוק שייסד את הוועדה לחקר אירועי 11 בספטמבר, בעוד הוא והסנאטור פריץ הולינגס נתנו את חסותם ל"חוק אבטחת התעופה והתעבורה", אשר הקים את רשות אבטחת התעבורה של ארצות הברית (TSA). ב-18 באוקטובר 2001 אמר מקיין בתוכנית האירוח "הלייט שואו עם דייוויד לטרמן" כי "ישנה אינדיקציה מסוימת, ואין לי את המסקנות, שמוצאה של מחלת הגחלת שהגיעה אלינו אולי - בדגש על אולי - מעיראק". להצהרה זו ניתן פומבי פחות משבוע לפני סדרת תחקירים של רשת הטלוויזיה ABC לפיהן דגימות ממתקפת האנתרקס מצביעות על כך שהן קשורות באופן ייחודי לעיראק.

חוק מקיין-פיינגולד המשיך להתעכב בגלל פיגועי 11 בספטמבר וההתאוששות מהם. לבסוף, במרץ 2002, בסיוע השפעותיה של שערוריית אנרון, עבר החוק בבית הנבחרים ובסנאט, ובאורח רשמי קרוי "החוק הדו-מפלגתי לרפורמה במימון בחירות". באותו היום חתם הנשיא בוש על החוק. בוש סירב לערוך את טקס החתימה על החוק בגן הוורדים של הבית הלבן, ולא רצה לתת להצלחה של מקיין במה ציבורית. אף על פי כן, החוק הוא החקיקה המוצלחת ביותר של מקיין. לדברי פול אלכסנדר, שכתב ביוגרפיה אודות מקיין ב-2002: "החוק הוא מהמפורסמים ביותר בתחום החקיקה הפדרלית בהיסטוריה הפוליטית-מודרנית של ארצות הברית".

בינתיים, בדיונים הציבוריים על הפעולה הצבאית האפשרית של ארצות הברית נגד עיראק, היה מקיין תומך נלהב בעמדתו של בוש, ותיאר את סדאם חוסיין כ"עריץ בעל שיגעון גדלות, אשר אכזריותו ופגיעתו בנורמות הציוויליזציה ידועות לשמצה". לאחר שהצהיר באופן חד-משמעי כי הוא מאמין שלעיראק נשק להשמדה המונית, אמר מקיין כי עיראק היא "סכנה נוכחית וברורה לארצות הברית". לפיכך, באוקטובר 2002 הצביע בעד "החלטת עיראק" (Iraq Resolution). טרם מלחמת עיראק ומייד לאחר מכן הסכים מקיין עם טענות ממשל בוש כי הכוחות המזוינים של ארצות הברית הם המושיעים של העם העיראקי.

בחודש מאי 2003 הצביע מקיין נגד רפורמת קיצוצי המס השנייה של בוש, שאפשר את הארכתה והאצתה של רפורמת הקיצוצים הראשונה (אשר הצביע גם נגדה), ואמר כי אין זה נכון בזמן מלחמה. בנובמבר 2003, לאחר שנסע לעיראק, תהה מקיין בפומבי על טיפולו של מזכיר ההגנה של ארצות הברית דונלד רמספלד בכל הנוגע למלחמה שמנהלת ארצות הברית בשלט רחוק בעיראק, ואמר כי "כל המגמות נמצאות בכיוון הלא נכון" ושיש צורך במספר גדול יותר של חיילים אמריקאים כדי להתמודד עם המצב המתדרדר במשולש הסוני. בדצמבר 2004, מקיין הכריז כי איבד כל אמון ברמספלד. בתחום ההתחממות העולמית פעל כנגד מדיניות ממשל בוש, כאשר יחד עם ג'ו ליברמן ניסה מאז 2003, ללא הצלחה, לחוקק חוקים שיטילו מכסות מרביות לפליטת גזי חממה.

 הבחירות לנשיאות ארצות הברית 2004 
ממוזער|250px|אף על פי שהיו חברים במפלגות יריבות, שמרו מקיין וג'ון קרי על ידידות. בתמונה, מזכיר המדינה קרי משוחח עם הסנאטור מקיין בפורום הכלכלי העולמי שבדאבוס, שווייץ, 23 בינואר 2014

במהלך הבחירות לנשיאות ארצות הברית 2004 שוב עלה שמו של מקיין כמועמד אפשרי לתפקיד סגן נשיא ארצות הברית, רק הפעם כעמיתו למרוץ של המועמד הדמוקרטי, הסנאטור ג'ון קרי ממסצ'וסטס. קרי ומקיין היו קרובים מאוד מאז עבודתם המשותפת בשנות ה-90 של המאה ה-20 בוועדה המיוחדת של הסנאט לענייני שבויי מלחמה וחיילים נעדרים במלחמת ווייטנאם, והשילוב בין שני הסנאטורים הקסים את הבוחרים העצמאיים. גם הסקרים שבחנו האם זוג נשיאותי המורכב מקרי ומקיין יצליח להיבחר ביססו את תמיכתם של העצמאיים. דומה היה כי מקיין אכן לא פסל את האפשרות בריאיון עיתונאי שנערך במרץ 2004, אך המטה שלו דחה את האפשרות שעות לאחר מכן. ביוני 2004 דווח כי קרי הציע למקיין באורח רשמי להיות עמיתו למרוץ אך מקיין מיאן לבקשתו. לשכתו של מקיין הכחישה אף היא באורח רשמי כי מטהו של קרי הציע למקיין את תפקיד סגן הנשיא. בכינוס הוועדה הרפובליקנית הלאומית לשנת 2004 תמך מקיין בנלהבות במועמדותו של הנשיא בוש לכהונה שנייה כנשיא, ושיבח את טיפולו של בוש במלחמה העולמית בטרור מאז פיגועי 11 בספטמבר.

באותה השנה עמד מקיין לבחירה מחדש לסנאט. חבר בית הנבחרים של ארצות הברית ג'ף פלייק נחשב למועמד רפובליקני אפשרי נגדי למקיין. סטיבן מור, נשיא המועדון לצמיחה כלכלית, הוביל את הדיון הציבורי על מועמדותו האפשרית של פלייק וציין כי "החברים במועדון שלנו מתעבים את ג'ון מקיין". פלייק החליט בסופו של דבר שלא להציג מועמדותו. בבחירות הכלליות לסנאט באריזונה זכה מקיין ב-77% מקולות הבוחרים והביס את המועמד הדמוקרטי סטיוארט סטרקי, מורה למתמטיקה בכיתה ח'.

אחרי מסע הבחירות לנשיאות שערך ב-2000, הופיע מקיין פעמים רבות בתוכניות בידור בטלוויזיה ואף בקולנוע, במספר שעלה יותר ויותר לאחר הבחירות הנשיאותיות ב-2004. ב-12 באוקטובר 2004 התארח בפרק של סאטרדיי נייט לייב, והיה לסנאטור השלישי שמתארח בתוכנית הפופולרית לאחר פול סיימון וג'ורג' מקגוורן.

 הקונגרס ה-109 (2005–2007) 

ממוזער|250px|שמאל|דיוקן של מקיין
במאי 2005 הוביל מקיין את "כנופיית ה-14" בסנאט (שכללה 7 סנאטורים מכל מפלגה, בהם מרי לנדרו, סוזן קולינס, לינדזי גרהאם, קן סלזאר, מייק דה ויין, דניאל אינווי, אולימפיה סנואו, רוברט בירד, לינקולן צ'ייפי וג'ו ליברמן), אשר פישרה מחלוקות תוך ניצול זכותם של חברי הסנאט של ארצות הברית לבצע פיליבסטר בדיונים על מינוי שופטים פדרליים, אך ורק ב"נסיבות יוצאות-דופן". הפשרות שהובילה הכנופיה ערערו את השימוש במנהג הפיליבסטר. רפובליקנים אחדים נותרו מאוכזבים מכך שהפשרות הללו לא באו במקום פיליבסטרים אחרים על מועמדים לתפקידי שופטים. מתוקף תפקידו כ"מנהיג" הכנופיה, מקיין הכריע באמצעותה את מינויים של ג'ון רוברטס וסמואל אליטו, וכינה אותם "שניים מהשופטים המשובחים ביותר שמונו אי פעם לבית המשפט העליון של ארצות הברית".

בניגוד להצבעותיו ב-2001 וב-2003, תמך מקיין בהארכת קיצוצי המס של בוש במאי 2006, באומרו כי אם לא יתמוך בהארכה, ייתן יד להגדלת שיעור המס. יחד עם הסנאטור הדמוקרטי טד קנדי, מקיין היה תומך נלהב ברפורמה מקיפה בתחום ההגירה לארצות הברית, אשר כללה בין היתר תוכניות למהגרי עבודה ואכיפת בקרת גבולות. בסופו של דבר "חוק הגנת אמריקה והגירה מבוקרת" לא עבר ב-2005, ואילו חוק ההגירה הממלכתי מ-2006 עבר בסנאט במאי 2006 אך לא בבית הנבחרים של ארצות הברית. ביוני 2007, קידם הנשיא בוש בתמיכתם של מקיין ואחרים חקיקה בקונגרס שתאפשר לו לתת את אשרות העבודה שרצה לספק למהגרים שבארצות הברית, ומצד שני להגדיל עוד יותר את תקציב משטרת הגבולות. הצעת החוק (Comprehensive Immigration Reform Act of 2007) קודמה כיוזמה דו-מפלגתית.

 מסע הבחירות לנשיאות (2008) 

 הבחירות המקדימות במפלגה הרפובליקנית 
ממוזער|250px|מקיין מודיע על התמודדותו לנשיאות ארצות הברית בפורטסמות' שבניו המפשייר, 25 באפריל 2007
ממוזער|250px|הנשיא ג'ורג' ווקר בוש לוחץ את ידה של סינדי מקיין לצד בעלה, יום בחירתו של מקיין למועמד הרפובליקני לנשיאות, 5 במרץ 2008
מקיין הודיע רשמית על כוונתו להתמודד לתפקיד נשיא ארצות הברית מטעם המפלגה הרפובליקנית ב-25 באפריל 2007 בפורטסמות' שבניו המפשייר, אם כי כבר הצהיר על כוונתו להתמודד כבר חודש טרם ההכרזה הרשמית בתוכניתו של דייוויד לטרמן. הוא אמר: "אני יודע להילחם - אך גם לעשות שלום. אני יודע מי אני - ומה אני רוצה לעשות", אמר מקיין בנאום. "עומדים בפנינו אתגרים - אך איני חושש מהם. אני מוכן לקראתם".

בניגוד להתמודדותו ב-2000, הפעם הגיע מקיין אל הבחירות לנשיאות ארצות הברית 2008 כבעל הכרה לאומית, כשברזומה שלו רפורמה מצליחה בתחום מימון הבחירות ויוזמות גדולות לרפורמות בתחום השדלנות, ונודע היטב בזכות יכולתו לעמוד מול מפלגתו ולשתף פעולה עם הדמוקרטים. שירותו הצבאי ותקופתו כשבוי מלחמה, נוסף על קריירה ארוכה, מוצלחת ועשירה בהצעות חוק בסנאט של ארצות הברית תרמו אף הם להתמודדותו לנשיאות. במהלך מחזור הבחירות של 2006 השתתף מקיין ב-346 אירועי תרומות והצליח לגייס למעלה מ-10.5 מיליון דולר מטעם המועמדים הרפובליקנים. ב-2007 החל מקיין לגייס תרומות פוליטיות מטעם עסקים ומהתעשייה עבור מסע הבחירות הנשיאותי הקרב ובא, תוך שהוא מבטיח כי תרומות שכאלה לא ישפיעו על החלטות שיקבל. אף על פי שנחשב למועמד המוביל בבחירות המקדימות במפלגה הרפובליקנית למועמדות הנשיאותית על ידי פרשנים אחדים, מקיין פיגר בסקרים במקום השני אחרי ראש עיריית ניו יורק לשעבר רודי ג'וליאני בראשית שנה זו.

למקיין היו בעיות גיוס כספים ותרומות במחצית הראשונה של 2007, בין היתר בשל תמיכתו ברפורמת ההגירה המקיפה מאותה השנה, שלא הייתה פופולרית בקרב ציבור הבוחרים הרפובליקני. בראשית יולי נערך קיצוץ כוח אדם במטה הבחירות של מקיין, אך מקיין הודיע כי ימשיך בהתמודדותו לנשיאות. מאוחר יותר באותו חודש, מנהל מסע הבחירות של מקיין והאסטרטג הראשי עזבו שניהם את מטה הבחירות. מקיין פיגר מאוד בסקרים הלאומיים, ולעיתים קרובות ניצב במקום השלישי או הרביעי עם 15% או פחות תמיכה.

במהלך הבחירות המקדימות לנשיאות ארצות הברית חידש מקיין את מעמדו כאנדרדוג פוליטי. בדיוק כמו בבחירות הנשיאותיות ב-2000, הוא התנייד על אוטובוס בחירות בשם "שיחת אקספרס ישירה" ועשה שימוש רב בכלי התקשורת, כדוגמת עימותי בחירות ואירועי נתינת חסות. בדצמבר 2007, הבחירות המקדימות במפלגה הרפובליקנית היו הפכפכות: אף אחד מהמועמדים לא הוביל במירוץ ולכל אחד מארבעת המועמדים העיקריים (מקיין, מיט רומני, רודי ג'וליאני ומייק האקבי) אסטרטגיית בחירות שונה. גורל מסע הבחירות של מקיין נקשר במידה רבה במצב בעיראק. עוד ב-2006 קרא מקיין לתגבור משמעותי כוחות ארצות הברית בעיראק. עמדה זו לא הייתה פופולרית, ותרמה לירידה בכוחו בתחילת 2007, שכללה מלבד ירידה בסקרים גם ירידה בתרומות וקיצוץ חד בפעולות מטה הבחירות. אולם בסוף השנה, כאשר התגבור אותו ביצע לבסוף ממשל בוש הצליח להוריד את רמת האלימות בעיראק, עלתה שוב קרנו של מקיין. מקיין התמקד בניסיון לנצח בניו המפשייר, בה ניצח ב-2000 את ג'ורג' בוש בתקווה שניצחון שם ישמש כמקפצה להמשך ההתמודדות.

"יום שלישי הגדול" (Super Tuesday), שבמהלכו נערכו בחירות מוקדמות במספר רב של מדינות, ביסס כמעט לחלוטין את ניצחונו של מקיין. בשל פיצול הקולות בין רומני להאקבי זכה מקיין במספר רב של צירים, כמעט פי שלושה מרומני, בעיקר בזכות ניצחונותיו במדינות המאוכלסות קליפורניה ואילינוי. בעקבות התוצאות פרש רומני מהמירוץ, אך האקבי (שהיה במקום השלישי במניין הצירים) החליט להמשיך להתמודד על אף שסיכוייו לזכות במועמדות נראו אפסיים. כשנשאל מדוע הוא ממשיך להתמודד אף על פי שמתמטית אין לו כמעט סיכוי, ענה האקבי, "לא למדתי מתמטיקה, אבל למדתי משהו על נסים, ואני עדיין מאמין בהם." בתמיכת האגף השמרני המאוחד (לאחר פרישת רומני) הצליח האקבי להביך את מקיין ולזכות בניצחונות בהתמודדויות הראשונות אחרי "יום שלישי הגדול", בלואיזיאנה ובקנזס. אך בהמשך זכה מקיין בהתמודדויות ב"מדינות הפוטומק" (וירג'יניה, מרילנד ווושינגטון הבירה), וב-4 במרץ הצליח לאסוף את מספר הצירים הנדרש לזכות בהתמודדות.

 המועמד הרפובליקני לנשיאות ארצות הברית 
ממוזער|250px|ג'ון מקיין מאזין לנאומה של עמיתתו למרוץ, מושלת אלסקה שרה פיילין בווירג'יניה, 10 בספטמבר 2008
ממוזער|250px|סמליל מסע הבחירות של מקיין לנשיאות
ממוזער|תוצאות הבחירות. במדינות הצבועות באדום הושג רוב למקיין, ואילו במדינות הצבועות בכחול הושג רוב לאובמה
מקיין נולד באזור תעלת פנמה, אשר היה תחת ריבונות אמריקאית. אילו היה נבחר לנשיאות, היה הופך לנשיא ארצות הברית הראשון שנולד מחוץ לארבעים ושמונה המדינות היבשתיות (כלל המדינות פרט לאלסקה והוואי). הנושא הפך למחלוקת משפטית ציבורית, שכן חוקת ארצות הברית מחייבת את הנשיא להיות אזרח ארצות הברית בלידתו (natural born citizen). אחרי שהעניין היה נתון לביקורת משפטית משתי המפלגות, החלטה לא מחייבת של הסנאט של ארצות הברית, קבעה פה אחד כי מקיין עונה להגדרת "יליד ארצות הברית בלידתו" כבחוקה. לו היה נבחר, היה מקיין נכנס לתפקידו בגיל 72 שנים ו-144 ימים, כנשיא המבוגר ביותר שנכנס אל הבית הלבן.

מקיין התייחס לחששות שהועלו לגבי גילו המתקדם ובעיותיו הבריאותיות מעברו, וציין ב-2005 שהבריאות שלו "במצב מצוין". בשנים שקדמו לבחירתו כמועמד הרפובליקני לנשיאות, טופל מקיין בסוג של סרטן העור הקרוי מלנומה, וניתוח שעבר ב-2000 השאיר צלקת בולטת בצד שמאל של פניו. על פי מומחים עצמאיים מצבו הבריאותי של מקיין היה חיובי והוא לא עבר אירוע רפואי משמעותי בשבע השנים האחרונות. במאי 2008, התיר מטה הבחירות של מקיין לעיתונות לעיין ברשומותיו הרפואיות של מקיין באופן רופף, בהם נכתב כי החלים ממחלת הסרטן, בעל לב תקין וחזק, ובדרך כלל במצב בריאותי טוב.

כאשר הסנאטור ברק אובמה מאילינוי נבחר למועמדה המשוער המפלגה הדמוקרטית לנשיאות בראשית יוני 2008, הציע מקיין לערוך עמו עימותי בחירות בהיכלים עירוניים מקומיים, אך אובמה סירב ודרש לערוך עימותי בחירות מסורתיים לקראת הסתיו. בחודש יולי נערך ארגון מחדש במטה הבחירות של מקיין, וסטיב שמידט נהיה לאסטרטג הראשי ולבעל השליטה המבצעית המלאה על מסע הבחירות. ריק דייוויס נותר כמנהל במסע הבחירות אך הורד בבכירות תפקידו. דייוויס ניהל את מסע הבחירות הנשיאותי של מקיין ב-2000; בשנים 2005 ו-2006 התריעה קהילת המודיעין האמריקאית בפני הסגל של הסנאטור מקיין על חשדותיה לגבי קשרים חשודים שניהל דייוויס עם עמיתיו ברוסיה, אך לא התריעה על תפקודו של דייוויס פעם נוספת. במהלך קיץ 2008, הוביל אובמה בכלליות בסקרים הלאומיים על מקיין בפער דו-ספרתי, והוביל גם במדינות עיקריות אחדות. מקיין הצליח להשיב את תדמית האנדרדוג המוכרת שלו, שהייתה חלק משמעותי מהאתגרים הכלליים שעמדו בפני הרפובליקנים בשנת הבחירות.

ב-29 באוגוסט 2008, חשף מקיין כי מושלת אלסקה, שרה פיילין, תהא עמיתתו למרוץ והמועמדת הרפובליקנית לסגנית נשיא ארצות הברית. מקיין היה המועמד הנשיאותי השני (אחרי וולטר מונדייל ב-1984) שבחר באישה כעמיתתו למרוץ והמועמד הרפובליקני הראשון שעשה זאת. ב-3 בספטמבר 2008, מקיין ופיילין הוכרזו כמועמדי המפלגה הרפובליקנית לנשיאות ולסגנות הנשיאות בהתאמה, בכינוס הוועדה הרפובליקנית הלאומית בסיינט פול שבמינסוטה. מקיין זינק בסקרים הלאומיים ועקף את אובמה בעקבות כינוס הוועדה המוצלח, בשעה שפיילין העלתה את שיעור התמיכה הרפובליקני במקיין. עם זאת, החשיפה הראשונית של פיילין לתקשורת הלאומית כמועמדת לסגנית הנשיא הייתה גרועה להפליא. תגובות הבוחרים לפיילין נעשו שליליות יותר ויותר, במיוחד בקרב עצמאים ובוחרים אחרים שהיו מודאגים לגבי כישוריה, ושהטילו דופי וספק ביכולותיה לכהן כפוליטיקאית הראשונה בסדר הירושה של נשיא ארצות הברית.

ב-24 בספטמבר הודיע מקיין כי הוא משהה באופן זמני את מסע הבחירות שלו ואת שיבתו אל הקפיטול כדי להשתתף בגיבוש חוק החירום לייצוב כלכלת ארצות הברית לשנת 2008. הוא קרא לאובמה לחבור אליו והציע לדחות את עימות הבחירות הנשיאותי הראשון עם אובמה, במטרה לדון על חוק החירום לייצוב כלכלת ארצות הברית בפני הקונגרס, שנגרם כתוצאה ממשבר הסאבפריים והמשבר הכלכלי העולמי. התערבותו של מקיין סייעה להעניק לרפובליקנים בבית הנבחרים הזדמנות להציע שינויים בתוכנית הייצוב שהייתה קרובה להסכמה. כיוון שאובמה דחה את הצעת מקיין לדחיית העימות, הסכים מקיין לערוך את העימות כמתוכנן ב-26 בספטמבר לאחר שהתכנסו הוא ואובמה ביוזמת הנשיא ג'ורג' ווקר בוש בעניין ייצוב הכלכלה. עימות בחירות נשיאותי נוסף התקיים ב-7 באוקטובר, וכמו לאחר העימות הראשון קבעו סקרים כי אובמה ניצח בעימות. עימות נשיאותי סופי נערך ב-15 באוקטובר, בו קבעו סקרים כי אובמה ניצח שוב כשמנגד פרשנים קבעו כי מקיין ניצח.

במהלך עימות הבחירות הנשיאותי האחרון ולאחריו, השווה מקיין את מדיניותו המוצעת של אובמה לסוציאליזם, ותיאר את "ג'ו השרברב" כסמל לחלומותיהם של עסקים קטנים ובינוניים בארצות הברית, שיסוכלו במהלך נשיאותו של אובמה. בשעה שמקיין נמנע מלהזכיר את דרשותיו השנויות במחלוקת של הכומר של אובמה ג'רמייה רייט, מטה הבחירות של מקיין תקף לעיתים תכופות את יחסיו של אובמה עם ביל איירס, ממנהיגי מחתרת מזג האוויר. עצרות הבחירות של מקיין נעשו ארסיות יותר ויותר, ותומכיו בעצרות השמיצו את אובמה והביעו רגשות אסלאמופובים ואנטי-אפרו-אמריקאים. במהלך עצרת בחירות במינסוטה, אמרה גייל קווינל, אחת מתומכותיו, שהיא "לא סומכת על אובמה כי הוא ערבי". מקיין השיב כתגובה: "לא גברתי. הוא איש משפחה הגון, אזרח, ואני חולק עליו רק בנושאים עקרוניים". תגובתו של מקיין נחשבה לאחד מן הרגעים העדינים ביותר במסע הבחירות ואף שנים מאוחר יותר נחשבה האמירה כסמן של נימוס בפוליטיקה של ארצות הברית.

הבחירות נערכו ב-4 בנובמבר, וברק אובמה הוכרז כזוכה בבחירות בסביבות השעה 11:00 לפי שעון החוף המזרחי. מקיין נשא את נאום ההפסד שלו בפיניקס בירת אריזונה כעשרים דקות לאחר מכן. בנאום ציין את המשמעות ההיסטורית והמיוחדת בבחירתו של אפרו-אמריקאי לנשיאות ארצות הברית. בסופו של דבר זכה מקיין ב-173 קולות מחבר האלקטורים בעוד אובמה זכה ב-365 אלקטורים. מקיין לא זכה במרבית המדינות החשובות כפנסילבניה ואוהיו, ואף איבד אלקטורים רפובליקנים מסורתיים. מקיין זכה ב-46% מקולות האזרחים בעוד אובמה זכה ב-53%.

 כהונתו בסנאט לאחר בחירות 2008 לנשיאות 
 שארית כהונתו הרביעית 
ממוזער|250px|הסנאטור מקיין והנשיא אובמה במסיבת עיתונאים משותפת בבית הלבן, 4 במרץ 2009
ב-2 בנובמבר 2004 נבחר מקיין לכהונה רביעית בת שש שנים עד ל-2010. לאחר שהפסיד לאובמה בבחירות הנשיאותיות, שב מקיין להשלים את כהונתו הרביעית בסנאט. באמצע נובמבר 2008 הוא נועד עם הנשיא הנבחר אובמה, והשניים שוחחו על נושאים משותפים להם. באותם הימים הודיע מקיין כי הוא יתמודד מחדש לסנאט לכהונה חמישית במהלך הבחירות לסנאט ב-2010. עם התקרבו של מועד השבעתו של אובמה לנשיאות, התייעץ אובמה במקיין במגוון נושאים, ומערכת היחסים בין השניים, נשיא נבחר ויריבו המובס, הייתה נדירה. מספר מקורות מציינים כי נאום ההשבעה של אובמה, אשר היה בסימן מציאת מטרה גדולה יותר מהפרט, נכתב לאחר התייעצויות רבות של אובמה עם מקיין. עם זאת, מקיין הפך למנהיג האופוזיציה הרפובליקנית ל"חוק השיקום וההשקעה" (American Recovery and Reinvestment Act of 2009), ואמר כי החוק כרוך בהוצאות רבות מדי ביחס לתמריצים כלכליים מועטים.מקיין הוסיף להתנגד למועמדותה של סוניה סוטומיור לבית המשפט העליון של ארצות הברית באומרו כי הוא "מאמין שהיא אינה תואמת את אמונתו באיפוק שיפוטי". באוגוסט 2009, החל מקיין לצדד ולתמוך במפלגה הרפובליקנית יותר מתמיד בקריירה הסנאטוריאלית שלו. מקיין טען מחדש כי הניצחון אפשרי במלחמת אפגניסטן וביקר את אובמה על כך שהוא מתעכב בהחלטה האם לשלוח עוד מן הכוחות המזוינים של ארצות הברית אל אפגניסטן.

מקיין מתח ביקורת חריפה על אובמה על החלטתו לבטל את בניית מתקן מערכת ההגנה מפני טילים האמריקאית בפולין, מיאן להצטרף למשא ומתן על חקיקות בנושא שינויי אקלים, והתנגד בתוקף לחוק הגנת החולה וטיפול בר השגה. מקיין הוביל פיליבסטר מוצלח בדיונים על ביטול מדיניות "אל תשאל, אל תספר" ויצג את עמדת המתנגדים לשילוב הומואים ולסביות מוצהרים בצבא ארצות הברית. בין הגורמים שגרמו לשינוי כיוונו של מקיין לצד השמרני יותר נמנים עזיבת חברי סגל, חשש מחודש בנוגע לגודל החוב הלאומי וגודלה של הממשלה הפדרלית של ארצות הברית, חשש מפני קריאת תיגר אפשרית עליו מצד הרפובליקנים השמרנים בבחירות 2010 לסנאט, וחוסר רצונו להצטייר כברווז צולע ולתת למעמדו הלאומי (שנסק כשהיה מועמד המפלגה הרפובליקנית לנשיאות) להתפוגג.

בראשית 2010, החליט חבר בית הנבחרים ושדר הרדיו לשעבר ג'ון דייוויד הייוורת' להתמודד נגד מקיין על מועמדות המפלגה הרפובליקנית לייצוג אריזונה בסנאט. הייוורת' זכה לתמיכה חלקית מתנועת מסיבת התה, האגף השמרני במפלגה הרפובליקנית. הייוורת' השתמש בסלוגן "השמרן העקבי" כביקורת על היותו של מקיין "עצמאי-רפובליקני" בשלהי שנות התשעים ובמהלך העשור הראשון של המאה ה-21, ולאחר הבחירות לנשיאות ב-2008 הפך לשמרן. מקיין, על אף שהשתמש במונח זה בשנים עברו, התייחס לסלוגן הביקורתי - "מעולם לא ראיתי את עצמי כמי שלא עקבי, אני מחשיב את עצמי כמי שמשרת את תושבי אריזונה כמיטב יכולתו".

 הקונגרס ה-112 (2011–2013) 
ממוזער|250px|מקיין עם מזכיר המדינה לענייני חוץ וחבר העמים ויליאם הייג בלונדון, 28 באפריל 2011
ממוזער|250px|הסנאטור מקיין נואם במהלך שימוע בוועדת הכוחות המזוינים של הסנאט, 4 ביוני 2013
מקיין הושבע לתקופת כהונתו החמישית בסנאט ב-3 בינואר 2011. בעוד המפלגה הרפובליקנית השיגה רוב בבית הנבחרים מידי המפלגה הדמוקרטית, הסנאט נותר תחת שליטת הדמוקרטים. מקיין המשיך להיות החבר הבכיר בוועדת הכוחות המזוינים של הסנאט.

כאשר מהומות האביב הערבי העסיקו את העולם בראשית 2011, קרא מקיין לנשיא מצרים חוסני מובארכ לפרוש מתפקידו, ובאותה נשימה לארצות הברית לקדם את הרפורמות הדמוקרטיות המתבקשות באזור על אף הסיכונים הכרוכים בכך מפני פנאטים דתיים: "ההזדמנות הטובה ביותר עבור ממשלה פרו-דמוקרטית ולא לממשלה אסלאמית-קיצונית היא תהליך פתוח ושקוף". מקיין אמר כי "רוחות השינוי עדיין נושבות", והן עשויות להגיע אף לרוסיה ולרפובליקה העממית של סין. עם פרוץ מלחמת האזרחים בלוב, היה מקיין אחד מהתומכים החזקים ביותר מהקונגרס בתקיפה הצבאית הבינלאומית על לוב. באפריל 2011 הוא ערך ביקור אצל המיליציות שנלחמו בעריץ מועמר קדאפי ובמועצת המעבר הלאומית בבנגאזי. ביקור זה היווה את ביקורה של אישיות אמריקאית בכירה לראשונה אצל הכוחות המורדים במשטר קדאפי. במהלך הביקור כינה את המורדים "גיבורים", וקרא להם לקבל כלי נשק, הדרכה מקצועית ותמיכה קרקעית, אם כי לא בהכרח דווקא מארצות הברית. בעקבות מבצע חנית נפטון המוצלח, בו חיסל צוות 6 של אריות הים את רב-המרצחים אוסאמה בן לאדן, בירך מקיין את אובמה ואת הכוחות המזוינים של ארצות הברית ושיבח אותם על סגירת המעגל לה ייחלו אמריקאים רבים.

מקיין הצביע בעד חוק הפיקוח על התקציב לשנת 2011, אשר פתר את משבר תקרת החוב של ארצות הברית באוגוסט 2011. בחודש נובמבר אותה השנה, במסגרת חוק העוסק בתקציב ובהוצאות מחלקת ההגנה של ארצות הברית (הנקרא באנגלית "National Defense Authorization Act for Fiscal Year 2012"), הציעו מקיין והסנאטור קארל לוין ממישיגן לאפשר לצבא ארצות הברית לבצע מעצרים בלתי-מוגבלים של אזרחים, ללא כתב אישום או עריכת משפט פלילי, אך ורק מטעמי חשד לפעילות טרור. לאחר שהחלו התנגדויות להצעה בטענה כי מעצרים מסוג זה עלולים לפגוע בזכויות החוקתיות של אזרחי ארצות הברית בפרט ובזכות להליך משפטי הוגן, מקיין הסכים לפטור את האזרחים מהוראה זו לכשתתקבל לפי בחינת שפתם.

במהלך הבחירות המקדימות לנשיאות ארצות הברית במפלגה הרפובליקנית 2012, מקיין הודיע על תמיכתו במי שהיה יריבו ב-2008, מושל מסצ'וסטס לשעבר מיט רומני, בפריימריז הרפובליקני בניו המפשייר. לאחר מכן אף ניהל עבורו במידה מסוימת את מסע הבחירות, אך השווה את מערכת הבחירות הכוללת לטרגדיה יוונית בשל פרסומות ה"סופר פאקס" (Super-PACs; גופי התרמה חוץ-מפלגתיים) המרובות יתר על המידה, שלטענתו פגעו בכל המתמודדים וסיכנו את הניצחון הסופי בבחירות הכלליות כך שהפכו אותו לפחות יעיל נגד הנשיא אובמה. ביוני 2012, חזר להטעים את אחד מסימני המסחר הבולטים שלו: תיוג פסק דין Citizens United נגד FEC של בית המשפט העליון של ארצות הברית מ-2010 כ"נאיבי" ו"יהיר", והדגיש את סלידתו מפסק הדין באומרו כי זו "ההחלטה הגרועה ביותר של בית המשפט העליון של ארצות הברית במאה ה-21". מקיין המשיך לקדם את מסעות הבחירות של רומני ושל מועמדים רפובליקנים לסנאט האמריקני בבחירות 2012 בארצות הברית לנשיאות ולקונגרס, בתקווה להיות יושב ראש ועדת הכוחות המזוינים של הסנאט אם הרפובליקנים ייטלו את הרוב מהדמוקרטים בסנאט. תקוותיו אלו נגוזו כאשר רומני הפסיד לנשיא המכהן אובמה וכשסנאטורים רפובליקנים איבדו את מושבם ליריביהם הדמוקרטים.

הוא המשיך להיות מן האורחים השכיחים ביותר בתוכניות האירוח של ימי ראשון בבוקר, וניהל יחסים טובים יותר עם מנהיג המיעוט הרפובליקני בסנאט מיץ' מקונול. בהדרגה חזר להיות סנאטור בולט לאחר ההתאוששות מההפסד לאובמה ב-2008, אם כי תדמיתו ופועלו כרפובליקני-עצמאי פחתו. הוא היה לאחד המבקרים הקולניים ביותר של ממשל אובמה על טיפולו באחראים למתקפת הטרור בקונסוליה האמריקנית בבנגאזי ב-11 בספטמבר 2012, ובריאיון שנערך חמישה ימים אחר כך הצהיר שהוא סבור שמדובר במתקפה מתוכננת מראש והוא איננו חושב שמדובר באקט ספונטני שבוצע כתוצאה מהסרט "תמימות המוסלמים", כביקורת על דברי שגרירת ארצות הברית באומות המאוחדות סוזן רייס. מקיין ציין כי "רוב האנשים לא מביאים עימם רקטות נגד טנקים ונשק כבד להפגנות. זה היה מעשה של טרור". מקיין ועמיתו לינדזי גרהאם הודיעו כי יעשו כל שביכולתם לטרפד את מינויה הצפוי של רייס למזכירת המדינה של ארצות הברית במקומה של הילרי קלינטון במסגרת שינוי הרכב הקבינט של ארצות הברית בממשל ברק אובמה בעקבות הבחירות. מאמציהם של מקיין ושאר הסנאטורים הרפובליקנים לטרפד את מינויה של רייס נשאו פרי ובאמצע דצמבר 2012 הודיעה האחרונה כי היא מוותרת על מועמדותה לתפקיד, ואובמה החליט למנות לתפקיד את ג'ון קרי, חברו משכבר הימים של מקיין.

 הקונגרס ה-113 (2013–2015) 

ממוזער|250px|מקיין משוחח עם ראש ממשלת הודו נרנדרה מודי בעת ביקורו בניו דלהי, 3 ביולי 2014
ממוזער|250px|הסנאטור מקיין עם נשיא אוקראינה פטרו פורושנקו בעת ביקורו בקייב, 25 בספטמבר 2015
בראשית 2013, מקיין עסק (במסגרת היותו החבר הבכיר בוועדת הכוחות המזוינים של הסנאט) בתשאולים קשוחים בנוגע למועמדותו של חברו ועמיתו צ'אק הייגל, לשעבר סנאטור מנברסקה, למזכיר ההגנה של ארצות הברית. בסופו של דבר הצביע מקיין נגד מינוי של הייגל, אך לפני כן התנגד לפיליבסטר שתוכנן במטרה לטרפד את המינוי, ובכך פינה את הדרך לאישור מינויו של הייגל למזכיר ההגנה ברוב של 58 סנאטורים מול 41.

במהלך שנת 2013 דומה היה כי מקיין שב לתדמיתו כרפובליקני-עצמאי. במרץ הוא הוקיע את הבדלנות הרפובליקנית והגדיר אותה כנסחפת, תוך שכינה את הסנאטורים ראנד פול וטד קרוז ואת חבר בית הנבחרים ג'סטין עמאש כ"ציפורים תימהוניות". באפריל התבטא כי "יש מספר רגעים בהם אני חש שיש לי הרבה יותר במשותף עם מדיניות החוץ של הנשיא אובמה מאשר עם מדיניות החוץ של מפלגתי שלי". במאי יצא מקיין למסע בלתי-פורמלי לסוריה בעיצומה של מלחמת האזרחים בסוריה, וחצה את גבול סוריה-טורקיה מהעיר קיליס שבדרום טורקיה. מקיין, כתומך קולני בהתערבות צבאית מצד ארצות הברית בסכסוך המזוין בין ממשלת סוריה למורדים, נועד עם הגנרל סלים אידריס מהצבא הסורי החופשי ומורדים אחרים. הוא קרא לחמש את המורדים בנשק כבד ולהקמת אזור אסור לטיסה מעל שמי סוריה. בעקבות דיווחים על כך ששניים מהמורדים עמם נועד אחראים לחטיפתם של 11 צליינים לבנוניים אשתקד, מקיין התווכח בפומבי על זהויות האנשים עמם נועד ואמר כי לא נפגש ישירות עם האחראים לחטיפה לכאורה. אחרי המתקפה הכימית בע'וטה באוגוסט, קרא מקיין שוב להתערבות צבאית אמריקאית כבדה נגד ממשלתו של נשיא סוריה בשאר אל-אסד, והתאונן על כך שהפעולות שנוקט ממשל אובמה הן כמו "דקירת דמשק עם סיכה". בראשית ספטמבר 2013, לאחר פגישה עם אובמה בבית הלבן, הוא ביקש מהקונגרס לתמוך בבקשתו של אובמה לנקוט בפעולות צבאיות נגד סוריה. התפתחויות אלה הצביעו על כך שמקיין שיפר ושיקם את יחסיו עם הנשיא אובמה בפרט ועם ממשלו בכלל, וכן עם מנהיג הרוב הדמוקרטי בסנאט הארי ריד והסנאטור הדמוקרטי הבכיר צ'אק שומר.

בחודש ינואר 2014, המפלגה הרפובליקנית של אריזונה גינתה את מקיין באורח רשמי על מה שראתה כדפוס הצבעות ליברלי "הרסני ומזיק". לגינוי לא הייתה כל השפעה מעשית, אך הראה כי הביקורת ברמה הארצית אותה סופג מקיין על היותו שמרן במידה בלתי מספקת עודנה נמשכת. מקיין תמך באירועי היברומאידאן ובמחאות העממיות נגד נשיא אוקראינה ויקטור ינוקוביץ' וממשלתו, ובדצמבר 2013 נשא נאום בכיכר העצמאות האוקראיני - מאידאן נזאלז'נוסטי. עם הפלת ממשלתו של ינוקוביץ' ובעקבות התערבותה הצבאית של רוסיה בעניינים פנימיים אוקראיניים, הפך מקיין לתומך קולני במתן אספקת נשק לכוחות המזוינים של אוקראינה, ואמר כי הסנקציות שהוטלו על הפדרציה הרוסית אינן משביעות רצון.

מקיין התנגד בתקיפות להיבטים רבים במדיניות החוץ של אובמה, וביוני 2014, בעקבות הישגיה של המדינה האסלאמית במתקפתה על צפון עיראק, הוא גינה את מה שראה ככישלון אמריקאי בהגנה על עברה המוצלח של ארצות הברית בעיראק וקרא לכלל חברי המועצה לביטחון לאומי של ארצות הברית להתפטר מתפקידם. מקיין אמר לעיתונות האמריקאית ב-12 ביוני: "האם על צוות הביטחון הלאומי של הנשיא להתפטר? התשובה היא בהחלט כן. אם אני נשמע כועס זה מפני שאני כועס". מקיין המשיך להיות פעיל בסוגיות מדיניות חוץ. ביולי אותה השנה נסע להודו, בשעה שפרשת הציתותים בארצות הברית העיבה על היחסים הדיפלומטיים בין וושינגטון לניו דלהי.

בעקבות תוצאות בחירות 2014 בארצות הברית, בהן נטלו הרפובליקנים את הרוב בסנאט מידי הדמוקרטים, מקיין נתמנה ליושב ראש ועדת הכוחות המזוינים של הסנאט, והוא נכנס באורח רשמי לתפקיד ב-3 בינואר 2015, עם השבעת הקונגרס ה-114 של ארצות הברית.

 הקונגרס ה-114 (2015–2017) 

ממוזער|250px|מקיין ומיט רומני מתראיינים לעיתונות בבית ספר תיכון במסה שבאריזונה במהלך מסע בחירתו מחדש לסנאט של מקיין, 12 בדצמבר 2015
ממוזער|250px|מקיין עם נשיאת הרפובליקה הסינית צאי אינג-ון, כראש משלחת ועדת הכוחות המזוינים לטאיפיי, 5 ביוני 2016
כאשר התכנס הקונגרס ה-114 של ארצות הברית בינואר 2015 היוו הרפובליקנים את הרוב בסנאט, מה שהעמיד את מקיין בראשות ועדת הכוחות המזוינים, מטרה ארוכת-שנים שהציב לעצמו. בתפקיד זה הוא הוביל כתיבת חקיקה אשר שמה לה למטרה לשנות חלקים מחוק גולדווטר-ניקולס משנת 1986 על-מנת להשיב את האחריות על מערכות נשק ורכישום גדולות בתחום חזרה אל תת-מזכיר ההגנה האמריקאי לנושאי רכש, טכנולוגיות ולוגיסטיקה ואל שירותי נשק פרטיים. כיושב ראש הוועדה, השתדל מקיין לשמור על שיתוף פעולה דו-מפלגתי וניהל קשר טוב עם החבר הבכיר בוועדה ג'ק ריד. בחודש אפריל 2015, מקיין הודיע כי הוא יתמודד לכהונה שישית בסנאט מטעם אריזונה. אף שיחסיו עם השמרנים ותנועת מסיבת התה נותרו מתוחים, לא ברור היה אם יציבו נגדו מועמד רציני שיערער אותו בבחירות. במהלך שנת 2015, התנגד מקיין בחריפות להסכם המעצמות על תוכנית הגרעין האיראנית בו תמך ממשל אובמה, ואמר כי מזכיר המדינה ג'ון קרי הוא "הזוי" ו"מכר עצמו בקלות דעת" במשא ומתן עם טהראן. מקיין תמך בהתערבות הצבאית של ערב הסעודית ומדינות ערב נוספות בתימן נגד החות'ים השיעים וכוחות נאמנים לנשיא תימן לשעבר עלי עבדאללה סאלח, ואמר: "אני בטוח שאזרחים נהרגו במלחמה. אך לא בממדי ההוצאות להורג של החות'ים".

במהלך הבחירות המקדימות במפלגה הרפובליקנית לנשיאות ארצות הברית ב-2016, הצהיר מקיין כי יתמוך במועמד הרפובליקני אשר יהא גם אם יהא זה דונלד טראמפ. ברם בעקבות נאום אנטי-טראמפ שנשא מיט רומני ב-3 במרץ, מקיין הסכים עם החששות והאמירות שהביע רומני נגד טראמפ וברשתות החברתיות כתב כי "...אמירותיו של טראמפ בנוגע לביטחון הלאומי מסוכנות". היחסים העכורים בין טראמפ למקיין נתגלעו למחלוקות כבר בראשית מסע הבחירות של טראמפ לנשיאות ב-2016, כאשר מקיין התייחס לחדר מלא בתומכי טראמפ כ"משוגעים", וטראמפ השיב: . לאחר שב-3 במאי נהפך טראמפ למועמדה המשוער של המפלגה הרפובליקנית לנשיאות, אמר מקיין כי המצביעים הרפובליקנים אמרו את דברם והוא יתמוך בו.

ב-2016 התמודד מקיין מחדש לכהונה שישית בסנאט. בבחירות הפנימיות במפלגה הרפובליקנית למועמדת לסנאט מאריזונה התייצב מול קלי וורד, תומכת נלהבת של טראמפ, ולאחר מכן צפוי היה להתמודד מול חברת בית הנבחרים של ארצות הברית מטעם מחוז הקונגרס השני של אריזונה, אן קירקפטריק הדמוקרטית, שהייתה אתגר פוטנציאלי עבורו בבחירות הכלליות. במעגלים פנימיים שלו הביע מקיין את חששותיו מפני חוסר הפופולריות של טראמפ (אשר הודיע על תמיכתו בו) בקרב מצביעיו ההיספנים, אבל מקיין היה מודאג עוד יותר שלא יקבל את קולם של המצביעים הרפובליקנים השמרנים תומכי טראמפ; הוא המשיך לתמוך בטראמפ על מנת להגביר את סיכוייו אם כי ניסה לדון בענייניו מעט ככל האפשר בשל חילוקי הדעות ביניהם. עם זאת, מקיין ניצח את וורד באחוז דו-ספרתי וכך גם את קירקפטריק בבחירות הכלליות. כאשר שוחררה הקלטה של טראמפ בה נשמע משוחח עם העיתונאי בילי בוש תוך שימוש בשפה גסה, הוא הרגיש בטוח מספיק על מנת למשוך את תמיכתו בטראמפ ב-8 באוקטובר. מקיין הצהיר כי "ההערות המבישות של טראמפ בענייני נשים ותגובותיו על תקיפות מיניות" לא אפשרו לו "להמשיך לספק תמיכה אפילו מותנית בו", והוסיף כי אמנם לא יצביע להילרי קלינטון, אך בפתק ההצבעה ירשום "שמרן רפובליקני טוב כלשהו אשר מתאים לכהן כנשיא". בגיל 80 הביס את קירקפטריק והבטיח את תקופת כהונתו השישית בסנאט מטעם מדינת אריזונה.

 כהונה אחרונה בסנאט 
ממוזער|250px|מקיין נואם בוועידת מינכן לביטחון 2017, 17 בפברואר אותה השנה
ממוזער|250px|מקיין מצביע את הצבעתו ההיסטורית נגד ביטול חוק הגנת החולה וטיפול בר השגה ובכך מכשיל את רפורמת הבריאות המוצעת של דונלד טראמפ, 27 ביולי 2017
מקיין עמד בראש שימוע של ועדת הכוחות המזוינים של הסנאט ב-5 בינואר 2017, בו סנאטורים רפובליקנים ודמוקרטים כאחד וקצינים מודיעיניים בכירים (בהם ראש המודיעין הלאומי ג'יימס קלאפר, מנהל סוכנות הביון המרכזית מייקל רוג'רס ואנשי פיקוד הסייבר של ארצות הברית) עמדו ב"חזית מאוחדת", תוך מסקנתם הנחרצת כי ממשלת רוסיה עשתה שימוש בהדלפות והאקינג במטרה להשפיע על הבחירות לנשיאות ארצות הברית 2016. ביוני 2017, הצביע מקיין בעד עסקת הנשק השנויה במחלוקת של הנשיא טראמפ עם ערב הסעודית.

ביטול והחלפת חוק הגנת החולה וטיפול בר השגה ("אובמה-קייר") היה במרכז מסע הבחירות מחדש לסנאט של מקיין ב-2016, וביולי 2017 אמר: "אין ספק: הקונגרס של ארצות הברית חייב להחליף את 'אובמה-קייר', אשר פגע בתושבי אריזונה עם אחד מביטוחי הבריאות היקרים ביותר במדינה והותיר 14 מתוך 15 מחוזות אריזונה עם אפשרות בודדה להתפרנס בשנה החולפות". הוא הוסיף כי הוא תומך ברפורמת בריאות (health care) בת-השגה ואיכותית, אך התנגד להצעת החוק התלויה ועומדת בסנאט להחלפת ה"אובמה-קייר" בטענה כי היא לא מגנה מספיק על ביטוח הבריאות הפדרלי "מדיקייד" באריזונה.

בתגובה למותו של חתן פרס נובל לשלום הסיני ליו שיאובו, שמת מסרטן סופני בכבד בזמן מעצרו הממשלתי, אמר מקיין כי "זו רק הדוגמה האחרונה לתקיפותיה של הרפובליקה העממית של סין על זכויות האדם, הדמוקרטיה והחירות". בספטמבר 2017, כאשר רדיפת הרוהינגיה במיאנמר הפכה לטיהור אתני של המיעוט המוסלמי הרוהינגי, הודיע מקיין על צעדים לביטול שיתוף פעולה צבאי עתידי עם מיאנמר. באוקטובר 2017 שיבח מקיין את החלטתו של הנשיא טראמפ לשלול את הסכם המעצמות על תוכנית הגרעין האיראנית ואת רצונו לפרוש מן ההסכם. מקיין אמר כי מדיניות אובמה נכשלה "בעמידה מול האיום הרב-צדדי של איראן. הנשיא טראמפ הציג בנאומו היום שינוי מבורך זה זמן רב".

מקיין עבר ניתוח קרניוטומיה פולשני בסניף מאיו קליניק שבפיניקס ב-14 ביולי 2017, על-מנת להסיר קריש דם מעל עינו השמאלית. היעדרותו מהסנאט בשל בריאותו הרופפת גרמה למנהיג הרוב בסנאט, מיץ' מקונל, לעכב את ההצבעה על רפורמת הבריאות של הרפובליקנים אשר נועדה להחליף את "אובמה-קייר". חמישה ימים לאחר מכן, רופאיו ממאיו קליניק הודיעו כי תוצאות המעבדה מהניתוח שנערך למקיין אישרו את נוכחותו של גליובלסטומה מולטיפורמה, גידול מוחי אגרסיבי מאד. אפשרויות הטיפול הרגילות לגידול זה כוללות רדיותרפיה וכימותרפיה, אף על פי שגם עם טיפול אינטנסיבי בגידול זמן ההישרדות הממוצע הוא כ-14 חודשים. מקיין החלים מספר פעמים ממלנומה.

הנשיא טראמפ פרסם הצהרה פומבית בה איחל להחלמתו המהירה של מקיין, כמוהו גם נשיאים לשעבר ובהם ברק אובמה וג'ורג' הרברט ווקר בוש. ב-19 ביולי פרסם משרדו בסנאט של מקיין הודעה לפיה "הסנאטור מקיין מעריך את התמיכה שקיבל בימים האחרונים, והוא במצב רוח טוב עת הוא ממשיך להתאושש בבית עם משפחתו באריזונה. הוא אסיר תודה לצוות הרפואי במאיו קליניק על הטיפול המסור שלהם, והוא בטוח שכל טיפול עתידי במחלה יהיה יעיל". ב-24 ביולי הכריז מקיין ברשת החברתית טוויטר כי הוא ישוב לסנאט של ארצות הברית למחרת.

מקיין שב אל הסנאט ב-25 ביולי, פחות משבועיים לאחר ניתוח מוח. מקיין, היה הקול המכריע בהצבעה שהפילה את התוכנית הרפובליקנית להחלפת חוק הגנת החולה וטיפול בר השגה. יחד עם הסנאטורים סוזן קולינס ממיין וראנד פול מקנטקי, הצביע מקיין נגד ביטול רפורמת הבריאות של אובמה ובכך הכשיל את יוזמתו של הנשיא טראמפ, שנוא-נפשו. מקיין לא הצביע בסנאט אחרי דצמבר 2017, ובמקום להיות נוכח בקפיטול שבוושינגטון הבירה נשאר במדינתו אריזונה לטיפוליו במחלת הסרטן. ב-15 באפריל 2018 הוא עבר ניתוח לטיפול בזיהום שגרם לדיברטיקוליטיס, ולמחרת דווח כי מצב בריאותו יציב.

 מותו והלווייתו 
ממוזער|250px|בתו של מקיין, מייגן, מבכה ומתאבלת על ארון קבורתו בקפיטול של מדינת אריזונה, 30 באוגוסט 2018
ממוזער|250px|צוות הלוויות הכבוד הצבאיות של המשמר הלאומי של אריזונה נושא את ארון קבורתו של מקיין אל קפיטול מדינת אריזונה שבפיניקס, 30 באוגוסט 2018
משפחתו של מקיין הודיעה ב-24 באוגוסט 2018, כי הפסיק את טיפוליו הכימותרפיים בגידול הקטלני שבראשו. יום למחרת ההודעה הלך מקיין לעולמו בשעה 04:28 לפי שעון אריזונה, כשהוא מוקף ברעייתו ובבני משפחתו, בביתו שבקורנוויל, אריזונה, בן 81 במותו.

ארון קבורתו של מקיין הוצב בקפיטול מדינת אריזונה שבפיניקס ב-29 באוגוסט (יום הולדתו ה-82), וב-30 באוגוסט נערך לו טקס אשכבה מקומי בכנסייה הבפטיסטית של פיניקס הצפונית. ב-31 באוגוסט הוטסה גווייתו אל וושינגטון די. סי. ושם ארונו הוצב פעם נוספת ברוטונדה של הקפיטול האמריקאי, ויום אחר כך, ב-1 בספטמבר, נערך לו טקס אשכבה לאומי בקתדרלה הלאומית של וושינגטון. אמנם במשך שנים רבות השתייך אל הכנסייה האפיסקופלית, אך ב-17 השנים שקדמו למותו השתייך אל הכנסייה הבפטיסטית הדרומית. הוא נקבר בבית הקברות של האקדמיה הימית של ארצות הברית באנפוליס שבמרילנד ב-2 בספטמבר, ליד קברו של מי שהיה עמיתו לכיתה באקדמיה הימית וחבר אמת במהלך החיים, האדמירל צ'ארלס לארסון . לפני מותו ביקש מקיין שייספד בידי הנשיאים לשעבר ג'ורג' ווקר בוש וברק אובמה, בעוד שביקש שהנשיא המכהן דונלד טראמפ לא יגיע לאף אחד מטקסי אשכבותיו, כנ"ל לגבי מי שהייתה מושלת אלסקה ועמיתתו למרוץ בבחירות 2008 לנשיאות, שרה פיילין.מקיין עצמו תכנן את סידורי הקבורה ובחר את מי שנשאו את ארון קבורתו בטקס האשכבה בוושינגטון, בהם סגן הנשיא לשעבר ג'ו ביידן, הסנאטור לשעבר ראס פיינגולד, מזכיר ההגנה לשעבר ויליאם כהן, הקולנוען וורן בייטי והדיסידנט הרוסי ולדימיר קארה-מורזה.

מנהיגים זרים רבים השתתפו בטקס אשכבתו הלאומי של מקיין בוושינגטון הבירה. בין המנהיגים ניתן למנות את מזכ"ל ארגון האמנה הצפון-אטלנטית ינס סטולטנברג, נשיא אוקראינה פטרו פורושנקו, נשיא הפרלמנט של טאיוואן סו ג'יה-צ'יואן, שר ההגנה של קנדה רג'יט סאג'ן (Harjit Sajjan), שרי החוץ וההגנה של אסטוניה יורי לואיק וסוון מיקסר בהתאמה, שר החוץ של ליטא לינאס לינקביציוס (Linas Linkevičius), שר החוץ של לטביה אדגארס רינקביצ'ס, ושר החוץ של ערב הסעודית עאדל אל-ג'ובייר.

עם מותו של מקיין, היה על דאג דוסי, מושל אריזונה, למנות מחליף למקיין בסנאט עד לקיום הבחירות המיוחדות לסנאט באריזונה ב-2020 ושישלים את שארית כהונתו השישית של מקיין בסנאט, אשר הייתה אמורה להסתיים בינואר 2023. דוסי החליט למנות את ג'ון קייל, שכבר כיהן בעבר כסנאטור מטעם אריזונה, להחליף את מקיין בסנאט עד 2020.על פי חוקי אריזונה, על מחליפו של מקיין להיות חבר במפלגתו של הסנאטור המנוח - המפלגה הרפובליקנית. השערות של העיתונות על מועמדים פוטנציאליים להחלפת מקיין בסנאט כללו את אלמנתו סינדי, הסנאטור לשעבר קייל, ושני חברים לשעבר בבית הנבחרים של ארצות הברית מטעם אריזונה מאט סלמון וג'ון שאדג. דוסי אמר שיקיים פגישות רשמיות בנדון רק אחרי טקס האשכבה וקבורתו של מקיין, וב-4 בספטמבר, יומיים לאחר שנטמן מקיין באקדמיה הימית, מינה דוסי את קייל למלא את מקומו של מקיין.

 תגובות על מותו 
ממוזער|250px| דגל ארצות הברית שעל גג הבית הלבן מורד לחצי התורן לזכרו של מקיין ב-27 באוגוסט 2018
עם היוודע דבר מותו של מקיין הביעו אישים ומנהיגים רבים בארצות הברית ובעולם את צערם ושלחו את תנחומיהם למשפחתו. ביניהם כל נשיאי ארצות הברית לשעבר שנותרו בחיים: ג'ימי קרטר, ג'ורג' הרברט ווקר בוש, ביל קלינטון, ג'ורג' ווקר בוש, וברק אובמה, חברי קונגרס רבים, ומנהיגים מרחבי העולם.

הנשיא דונלד טראמפ, אשר היה ידוע ביחסיו העכורים עם מקיין, הביע תנחומים למשפחתו של מקיין באופן כללי, אולם ברשומה שפרסם ברשת החברתית "טוויטר" לא כתב דבר על מקיין עצמו, ודחה את כוונות הבית הלבן לשחרר הצהרת תנחומים המשבחת את חייו ופועלו של מקיין, בנוסף, דגל ארצות הברית אשר התנוסס על גג הבית הלבן ושהורד לחצי התורן ביום מותו של מקיין (25 באוגוסט), הועלה חזרה לראש התורן בהוראתו של טראמפ בחצות 27 באוגוסט. הנשיא טראמפ אמר כי הסיקור התקשורתי על מותו של מקיין מופרז בהתחשב בכך שמקיין מעולם לא היה נשיא ארצות הברית. בניגוד להחלטה הראשונית של הבית הלבן, מושלים רבים, דמוקרטים ורפובליקנים כאחד, הורו להוריד את דגלי ארצות הברית במדינותיהם לחצי התורן עד לקבורת מקיין. מנהיגי הרוב והמיעוט בסנאט, מיץ' מקונל וצ'אק שומר בהתאמה, ביקשו את תמיכת מחלקת ההגנה של ארצות הברית בבקשתם להוריד את כל דגלי ארצות הברית המתנוססים על מבנים ממשלתיים ציבורים לחצי התורן. בבית הלבן התרככו בעקבות הביקורות הציבוריות הנוקבות והשיבו את הדגל לחצי התורן ב-27 באוגוסט, בעוד הנשיא טראמפ פרסם באיחור הצהרה בה הוא משבח את שירותו של מקיין למען המדינה, וחתם על צו נשיאותי שהורה להוריד את כל דגלי ארצות הברית לחצי התורן עד לקבורתו של מקיין.

לאחר מותו העניק לו ב-2022 הנשיא ג'ו ביידן את מדליית החירות הנשיאותית.

 חייו האישיים 
ממוזער|250px|התמונה הרשמית של ג'ון וסינדי מקיין
ממוזער|250px|משפחתו של מקיין בכינוס הוועדה הרפובליקנית הלאומית ב-2008. בשורה הראשונה, מימין לשמאל: סידני, דאגלס ואנדרו. שורה שנייה מימין לשמאל: ברידג'ט, ג'ק, סינדי (רעייתו), ג'ימי ומגי. סיינט פול, מינסוטה, 4 בספטמבר
מקיין נישא לראשונה ב-1965 לקרול שֶפּ. מקיין הכיר את שפ עוד בתקופת לימודיו באקדמיה של הצי באנפוליס בשנות החמישים, כשהיא הייתה בת זוגו של חניך אחר מכיתתו של מקיין, לו היא נישאה. מקיין פגש אותה שוב כשהיה מוצב בבסיס בפלורידה. באותה תקופה היא כבר התגרשה מבעלה הראשון, שממנו היו לה שני בנים, ועבדה כדוגמנית מסלול ובגדי-ים. אחרי הנישואין אימץ מקיין את שני בניה מנישואיה הראשונים, וב-1966 נולדה להם בת משותפת, סידני. אולם שנה לאחר מכן נפל מקיין בשבי, ובני הזוג לא התראו למשך חמש שנים וחצי.

ב-1969, במהלך שהותו של ג'ון מקיין בשבי, קרול נפצעה קשה בתאונת דרכים שהותירה אותה עם רגלים מרוסקות, אגן שבור, וצלקות בפניה, ודרשה שיקום ממושך. קרול מקיין הסתירה מבעלה את פציעתה במשך היותו בשבי, לא הזכירה אותה במכתביה אליו, ודאגה כי הדבר לא יפורסם בכלי התקשורת, על מנת לא לפגוע במוראל שלו, והדבר נודע לו רק כששוחרר ב-1973. גם מקיין סבל ממצב בריאותי רעוע, ועבר טיפולים נגד סרטן העור ששב והופיע אצלו ב-1993, ב-2000 וב-2002. כמו כן סבל מפציעות שנגרמו לו בעת נפילתו בשבי, ולא טופלו כיאות. כך למשל לא היה מסוגל להרים את ידיו מעבר לגובה הכתפיים.

את אשתו השנייה, סינדי הנסלי הצעירה ממנו בכ-18 שנה, פגש מקיין במסיבת קוקטייל בהוואי באפריל 1979 כשהוא היה, במסגרת תפקידו כקצין קישור של הצי לסנאט, חלק ממשלחת של הסנאט בדרכה לסין, והיא הייתה בחופשה עם הוריה. הם התאהבו מיידית, והחלו ברומן אינטנסיבי שכלל טיסות הדדיות רבות בין וושינגטון לאריזונה. באותה תקופה הוא עדיין היה נשוי לקרול, וחי איתה. הוא הגיש בקשה לגירושים בפברואר 1980 והגירושים נכנסו לתוקף באפריל. כחמישה שבועות לאחר מכן הוא נישא מחדש לסינדי. בהסכם הגירושים ניתנה לקרול המשמורת על הילדים, ומקיין היה נדיב מבחינת חלוקת הרכוש והממון. מקיין כתב באוטוביוגרפיה שלו מ-2002 שפירוד ממושך כמו זה שנכפה עליו ועל קרול כשהיה בשבי גורם לקשיים בזוגיות, אך הוא מייחס את התמוטטות הנישואין שלו לאנוכיות שלו עצמו, ולחוסר הבגרות שלו יותר מאשר למלחמה בווייטנאם; קרול, בראיון נדיר ב-1995, אמרה: "התפרקות נישואינו לא נגרמה בגלל התאונה שלי או וייטנאם. אינני יודעת אם זה לא היה מתרחק אילולי ג'ון היה בשבי. יותר מכל, אני מייחסת את זה לכך שג'ון היה בן 40, ורצה להיות שוב בן 25".

בעקבות נישואיו לסינדי עבר מקיין, שכבן למשפחה של אנשי צבא ואיש צבא בעצמו למעשה לא היה לו מקום מגורים קבוע, לאריזונה, שם התגורר עד מותו. בניגוד למשפחות רבות של חברי קונגרס הם לא השתקעו בוושינגטון לאורך זמן. סינדי עד מהרה החליטה לחזור לחיות באריזונה, וג'ון נהג לחזור כל סוף שבוע מוושינגטון. אחרי כמה הפלות שסינדי עברה, נולדו לבני הזוג בין 1984 ל-1988 שלושה ילדים, בת ושני בנים ובנוסף אימצו בת נוספת מסרי לנקה. סינדי היא היורשת של אחת מחברות ההפצה הגדולות של אנהאוזר-בוש. בני הזוג ניהלו את עסקיהם הכספיים בנפרד, אך ג'ון מקיין השתמש לא פעם בהונה של אשתו לצורך מימון מסעות הבחירות שלו. במשך שנים רבות סינדי נמנעה מלהיכנס לעסקי החברה המשפחתית, והמשיכה לעסוק בתחום החינוך המיוחד שבו יש לה תואר שני. ב-1988 ייסדה ארגון התנדבותי שארגן משלחות סיוע רפואיות והקים בתי חולים שדה באזורי אסון במדינות העולם השלישי. ב-1991 כשהייתה במשלחת בבנגלדש בעקבות סופת ציקלון שפגעה במדינה, פגשה בבית היתומים של האם תרזה בשתי יתומות שנזקקו לסיוע רפואי בארצות הברית. היא הביאה אותן איתה, ובני הזוג מקיין אימצו אחת מהן (השנייה אומצה על ידי זוג חברים שלהם).

ביולי 2017 עבר מקיין פרוצדורה רפואית במאיו קליניק להוצאת קריש דם מעל עינו השמאלית, כשבוע לאחר מכן, הודיעו רופאיו כי לפי ממצאי המעבדה מדובר בסרטן מוח מסוג גליובלסטומה מולטיפורמה.

מקיין גדל כחבר בכנסייה האפיסקופלית. בהשפעת סינדי הוא זוהה כבפטיסט, אולם הוא לא הרבה לדבר בפומבי על אמונותיו הדתיות.

 מקיין וישראל 
ממוזער|250px|הסנאטורים ג'ון מקיין וג'ו ליברמן עורכים מסיבת עיתונאים במלון המלך דוד שבירושלים, 25 בפברואר 2011
מקיין היה בעל דעות חיוביות על ישראל ונחשב לסנאטור פרו-ישראלי. למקיין אף היו יחסים טובים עם יהודים בכלל ויהודי ארצות הברית בפרט, שהתבטאו בין היתר בידידות ארוכת השנים עם הסנאטור היהודי ג'ו ליברמן מהמפלגה הדמוקרטית, שאותו רצה כעמיתו למרוץ בבחירות 2008 לנשיאות.

בנאום שנשא בפני הוועד האמריקאי-ישראלי לענייני ציבור ב-23 באפריל 2002 אמר מקיין כי "אף מנהיג אמריקאי אינו רשאי למכור שלום כוזב לבעלת בריתנו, ולהחשיב את זכותה של ישראל להגנה עצמית ללגיטימית פחות מזכותנו, או לעמוד על כך שישראל תנהל משא ומתן על הסדר מדיני בשעה שטרור נשאר כלי המיקוח המועדף על הפלסטינים". במלחמת לבנון השנייה ב-2006 התייחס מקיין לתפקידה של מדינת ישראל בסכסוך עם לבנון ועם חזבאללה במהלך גיוס קולות למועמדת הרפובליקנית לתפקיד מושל אילינוי, ג'ודי באר טופינקה. לאחר שישראל הפציצה את נמל התעופה הבינלאומי רפיק אל-חרירי, גיבה מקיין את ישראל באומרו: "וודאי שמעתם את עמיתנו באירופה אומרים ש'הישראלים חייבים להפסיק'. מה נעשה אם מישהו יחצה את גבולותינו, יהרוג את החיילים שלנו וישבה אותם? אתם חושבים שהיינו נוהגים באיפוק מוחלט?".

במהלך הבחירות לנשיאות ארצות הברית 2008, בריאיון לעיתונאי ג'פרי גולדברג ב"אטלנטיק" במאי אותה השנה, נשאל מקיין האם הרעיון הציוני צודק והאם הוא נחל הצלחה. מקיין השיב: . במהלך מערכת בחירות זו אמר כי אם ייבחר לבית הלבן יעביר את שגרירות ארצות הברית בישראל אל ירושלים.

מקיין קרא במרץ 2011 לשחרורו המוקדם של המרגל הישראלי יונתן פולארד, אשר נידון למאסר בן 30 שנה על העברת סודות מדינה של ארצות הברית לישראל. בנובמבר אותה השנה, התבטאו נשיא צרפת ניקולא סרקוזי והנשיא אובמה נגד ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו בלעג, כאשר הסתודדו זה עם זה בפסגת G-20. מקיין הוקיע את דברי שני המנהיגים ואמר כי הוא "מעריץ גדול של ראש הממשלה נתניהו". הוא טען שממשל אובמה נכשל בכל הנוגע לענייני המזרח התיכון והאמירות של סרקוזי ואובמה לא מועילות ליחסי ארצות הברית–ישראל שנמצאים במילא בהתדרדרות. ב-18 ביולי 2014, בעיצומו של מבצע צוק איתן ברצועת עזה, גינה מקיין בריאיון לרשת הטלוויזיה ABC את הביקורות על הקטל ברצועה, ואמר: "מה אנו היינו עושים אם מאות טילים היו נורים עלינו ממקסיקו? אני חושב שהיינו מגיבים בדיוק כפי שישראל מגיבה".

ב-2015 הגיעו יחסי ארצות הברית–ישראל לשפל, הן עקב נאומו של נתניהו בפני הקונגרס והן עקב הסכמות לוזאן על תוכנית הגרעין האיראנית. מקיין הביע בפומבי את דאגותיו מהשפל, ואמר כי היחסים בין שתי המדינות גרועים מתמיד בעקבות ציפיותיו הבלתי-ריאליות של אובמה מישראל. בשלהי דצמבר 2016, אחרי שאובמה בחר שלא להטיל וטו על החלטה 2334 של מועצת הביטחון של האו"ם נגד מפעל ההתנחלויות בישראל, גינה מקיין את אי הטלת הווטו, ובהצהרה רשמית שפרסם כתב כי "העברת ההחלטה מציינת פרק מביש נוסף בהיסטוריה האנטי-ישראלית המשונה של האו"ם". על החלטתו של הנשיא דונלד טראמפ להעביר את שגרירות ארצות הברית בישראל מתל אביב-יפו לירושלים בשלהי דצמבר 2017 אמר: "כבר מזמן האמנתי שירושלים היא בירת ישראל האמיתית. עם זאת, סוגיות הנוגעות למעמדה הסופי והקבוע של ירושלים חייבות להיפתר בסופו של דבר על ידי ישראלים ופלסטינים כחלק מתהליך שלום בינלאומי.

 תדמית ציבורית ותרבותית 
ממוזער|250px|קריקטורה בה נראים מקיין ועמיתתו למרוץ שרה פיילין נדרסים על ידי "המציאות הכלכלית", בעוד מקיין חוזר על המנטרה "סחר חופשי! סחר חופשי! סחר חופשי... סחר מפוקח?! פיילין מהרהרת: "אני אפילו לא יודעת מה זה!"
ממוזער|250px|קריקטורה של מקיין המציגה אותו כאדם כעסן ורגזן, ספטמבר 2014
אופיו האישי של מקיין היה מאפיין דומיננטי בדימויו הציבורי. תדמיתו הציבורית עסקה בשירות הצבאי הקשה שעבר והשירות הצבאי של אבותיו, הנסיבות והמתחים שהובילו לסיום נישואיו הראשונים ולנישואיו השניים, דמות ה"רפובליקני-עצמאי", מזגו, וקשריו ההדוקים עם ילדיו משני נישואיו. הקסם הפוליטי של מקיין היה פחות מפלגתי ואידאולוגי בהשוואה לפוליטיקאים אחרים. המוניטין והמעמד שרכש לעצמו נבעו בחלקם משירותו במלחמת וייטנאם. תקופתו בשבי הווייטנאמי הותירה אותו נכה ומצולק, ועל מצבו הגופני הרעוע נוסף גם ניתוח לטיפול במלנומה. במהלך מסע הבחירות לנשיאות שניהל ב-2008, התלוצץ על מצבו הגופני ואמר: "יש לי צלקות רבות יותר מלפרנקנשטיין".

סופרים ומחברים נהגו לשבח את מקיין על אומץ לבו לא רק במלחמה אלא גם בפוליטיקה, וכתבו עליו באהדה. שינוי עמדותיו הפוליטיות של מקיין וסגנונו במהלך ואחרי הבחירות לנשיאות ארצות הברית 2008, וכן התנכרותו העצמית לתיוגו כ"רפובליקני עצמאי", גרמו לסופרים רבים להביע את מורת רוחם ולתהות מה קרה למקיין שאותו הכירו. להערכתו של מקיין, הוא, הסנאטור מאריזונה היה פשוט וישיר, אך חסר סבלנות. תכונותיו האחרות של מקיין היו חיבה לקמעות מזל, טיולים רגליים, וחוש הומור שלעיתים היה שחור וחסר גבולות. ב-1998 התבדח על כך שמשפחת קלינטון אינה ראויה להופיע על העיתונים: "אתה יודע למה צ'לסי קלינטון כל כך מכוערת? כי ג'אנט רינו היא אבא שלה". מקיין התנצל לאחר מכן על אמירה זו, ובבית הלבן של ביל קלינטון התקבלה התנצלותו. מקיין לא נרתע מלעסוק במגרעותיו. יחסיו עם עמיתיו בסנאט היו בעלי אופי עוקצני ורגזן, אם כי יחסיו עם אנשי הסגל שלו היו לבביים יותר, וחברי צוותו רחשו לו נאמנות. הוא ניהל קשר יציב עם שני סנאטורים, ג'ו ליברמן ולינדזי גרהאם, על מדיניות החוץ הנצית בה דגלו ועל נסיעותיהם המרובות מחוץ לארצות הברית, והם הפכו לכינוי "שלושת האמיגוסים".

מקיין הכיר בכך שבעברו התבטא באופן מוגזם וחסר מעצורים, אבל באותה נשימה אמר כי סיפורים רבים על התנהגותו מופרכים. השוואה פסיכואנליטית שפרסם הפרופסור סטנלי רנשון מראה שמקיין לא היה המועמד הנשיאותי הראשון שהיה בעל מזג חם, ומבקרת התרבות ג'וליה קלר טוענת שהבוחרים מעוניינים במנהיגים נלהבים, עסוקים, לוהטים ופזיזים. מדי פעם מקיין השתמש בניבולי פה וצעקות, אם כי מקרים כאלה פחתו במרוצת השנים. ג'ו ליברמן, מחבריו הקרובים ביותר, התייחס למזגו החם של מקיין: "זה לא סוג של כעס שנובע כתוצאה מאובדן שליטה, הוא אדם מבוקר מאוד". הסנאטור לשעבר ת'אד קוקרן ממיסיסיפי, שהכיר את מקיין במשך עשרות שנים ונלחם בו בתחום ה-Earmark, הביע דאגה לאפשרות שמקיין ייבחר לנשיאות: "הוא לא יציב, הוא מסוחרר, הוא מאבד שליטה מכעס והוא מדאיג אותי". למרות זאת, כשמקיין נבחר למועמד המפלגה הרפובליקנית לנשיאות, הודיע קוקרן על תמיכתו בו. מערכת עיתון שיקגו טריביון כינתה את מקיין "פטריוט הראוי להיחשב בין הסנאטורים המעטים בהיסטוריה של ארצות הברית ששמותיהם מוכרים יותר מנשיאים אחדים".

כל בני משפחתו היו עמו בקשר טוב, והוא הגן עליהם מפני ההשלכות השליליות של הקריירה הפוליטית הלאומית שלו. המסורת הצבאית של משפחתו המשיכה גם לדור הבא: בנו, ג'ון סידני מקיין הרביעי ("ג'ק") סיים את לימודיו באקדמיה הצבאית של ארצות הברית ב-2009, והפך לדור הרביעי של משפחת מקיין שעשה זאת, והוא טייס מסוק; בנו ג'יימס לחם במלחמת עיראק עם חיל הנחתים של ארצות הברית בשני סבבים; ובנו דאג היה טייס בצי. במהלך מסע הבחירות הנשיאותי של מקיין ב-2008, בלטה בתו מייגן כאשר החלה לפרסם בלוגים במרשתת וציוצים בטוויטר, במסגרתם הציגה את עתידה של המפלגה הרפובליקנית בעיניה, והציגה מספר מנטיותיו הפוליטיות של מקיין כ"רפובליקני-עצמאי".

מקיין הופיע במספר סרטי קולנוע ותוכניות טלוויזיה בעת שהיה סנאטור מכהן. הוא הופיע בהופעות קמע אחדות ללא קרדיט בסדרה "24" ובסרט "לדפוק חתונה" ובסדרה "מחלקת גנים ונוף" אף הופיע פעמיים. מקיין גם אירח את סאטרדיי נייט לייב ב-2002 והופיע בשני פרקים של התוכנית ב-2008.

 ראו גם 

 חוקי המשחק - סרט טלוויזיה של רשת הטלוויזיה האמריקאית "HBO" בכיכובם של ג'וליאן מור, וודי הרלסון ואד האריס על אודות מסע הבחירות הנשיאותי של מקיין ב-2008.
 חברי הסנאט של ארצות הברית

 לקריאה נוספת 









 Robert Timberg, John McCain: an American Odyssey, Simon & Schuster, 1999 

 ספריו 








 קישורים חיצוניים 








 הערות שוליים 

קטגוריה:חברי בית הנבחרים של ארצות הברית מטעם המפלגה הרפובליקנית
קטגוריה:אנשי הכוחות המזוינים של ארצות הברית במלחמת וייטנאם
קטגוריה:טייסי צי ארצות הברית
קטגוריה:מועמדים לנשיאות ארצות הברית ב-2008
קטגוריה:אמריקאים מעוטרי אות לגיון ההצטיינות
קטגוריה:חברי הסנאט של ארצות הברית מאריזונה
קטגוריה:חברי בית הנבחרים של ארצות הברית מאריזונה
קטגוריה:מועמדים לנשיאות ארצות הברית מטעם המפלגה הרפובליקנית
קטגוריה:שבויי הכוחות המזוינים של ארצות הברית
קטגוריה:מעוטרי צלב התעופה המצוינת (ארצות הברית)
קטגוריה:מעוטרי כוכב הכסף
קטגוריה:מעוטרי כוכב הארד
קטגוריה:מעוטרי לב הארגמן
קטגוריה:מעוטרי מדליית האוויר
קטגוריה:אמריקאים שהופיעו ברשימת טיים 100
קטגוריה:מועמדים לנשיאות ארצות הברית ב-2000
קטגוריה:חברי הקונגרס ה-112 של ארצות הברית
קטגוריה:חברי הקונגרס ה-113 של ארצות הברית
קטגוריה:חברי הקונגרס ה-114 של ארצות הברית
קטגוריה:חברי הקונגרס ה-115 של ארצות הברית
קטגוריה:גאורגיה: גיבורים לאומיים
קטגוריה:נכים אמריקאים
קטגוריה:סנאטורים חברי המפלגה הרפובליקנית
קטגוריה:בוגרי האקדמיה הימית של ארצות הברית
קטגוריה:בוגרי האוניברסיטה לביטחון לאומי
קטגוריה:מעוטרי מדליית החירות הנשיאותית
קטגוריה:אמריקאים ממוצא אנגלי
קטגוריה:אמריקאים ממוצא סקוטי
קטגוריה:זוכי פרס וודרו וילסון
קטגוריה:אמריקאים שנולדו ב-1936
קטגוריה:אמריקאים שנפטרו ב-2018