היסטוריה של אינדונזיה

אינדונזיה היא מדינת ארכיפלג, שמורכבת מ-17,508 איים (6,000 מתוכם מיושבים) ומשתרעת לאורך קו המשווה בדרום-מזרח אסיה ובמערב אוקיאניה. במהלך תקופה ארוכה, אוכלס האזור על ידי מתיישבים שהיגרו ממקומות שונים, כך שמתקיים בו מגוון תרבויות, קבוצות אתניות, ושפות. רב גוניות המהגרים נגרמה, בין השאר, כתוצאה של פעילות מסחר ענפה, וקיום קשרים עם תרבויות אחרות מהמזרח התיכון, דרום אסיה, ומזרח אסיה. מאוחר יותר, הושפעה אוכלוסיית המקום מהנוכחות הקולוניאליסטית האירופאית של הפורטוגזים וההולנדים.

החל מ-20 במרץ 1602, חיפשה חברת הודו המזרחית ההולנדית דרכים לשלוט על המסחר האינדונזי הרווחי, באמצעות פעילות צבאית ופוליטית. ב-1798 קרסה חברת הודו המזרחית ההולנדית לראשונה וב-31 בדצמבר 1799 הולאמה חברת הודו המזרחית ההולנדית על ידי הרפובליקה הבאטאבית שנשלטה על ידי צרפת בזמן נפוליאון בונפרטה, וב-1806 קרסה החברה שוב, רופיה אחרונה מכסף של החברה הוטבעה ב-1809 ומטבעות הנחושת האחרונים נושאי הסמליל VOC הוטבעו בשנת 1810. רק ב-1918, התרחבו השלטון וההגמוניה ההולנדיים באזור לכל שטחי אינדונזיה של ימינו, בזמן שהתומכים במדינה עצמאית בשם אינדונזיה, החלו לצבור כוח פוליטי.

בתקופת מלחמת העולם השנייה, נערך מאבק בין הולנד ליפן הקיסרית על השליטה באינדונזיה, במהלכו נכבש האזור על ידי כוחות הצבא היפני. לקראת סיום המלחמה, סיפקה היחלשות שתי מעצמות אלה נקודת זינוק מוצלחת ללאומיות האינדונזית, שאותה הוביל סוקרנו, וגרמה לכך שתנועות שתבעו עצמאות עברו לטקטיקה של עימות צבאי. יפן עמדה להעביר את השליטה במדינה לידי התנועות הללו אך תבוסתה הביאה לכך שהן השתלטו עליה בכוחות עצמם. ההולנדים ניסו לכבוש מחדש את האזור אך לאחר מספר שנים של מאבק, עקב ביקורת בין-לאומית רבה על הולנד, קיבלו האינדונזים הכרה בין-לאומית בזכותם לשלטון עצמאי, והוקמה הרפובליקה של אינדונזיה, שהייתה אחת ממדינות העולם השלישי הראשונות שהשיגו עצמאות לאחר מלחמת העולם השנייה.

זמן קצר לאחר קבלת העצמאות, התארגנה אינדונזיה למדינה בעלת ממשלה מרכזית אחת, שבירתה ג'קרטה. ממשלתו של נשיאה הראשון של אינדונזיה, סוקרנו, נחלשה לאחר טיהור הקומוניסטים באינדונזיה בשנת 1965, והגנרל סוהארטו תפס את השלטון במדינה. שלטון סוהארטו היה דיקטטורי והמשטר נקרא בשם "אורדה בארו" (ביטוי באינדונזית שמשמעותו סדר חדש). סוהארטו ביסס ממשלה מרכזית חזקה ששלטה במשך 32 שנה. בתקופה זו חל במדינה תיעוש מהיר, אך סוברים כי התקיימו בה גם שחיתות שלטונית רבה וניצול שאיננו ראוי של סמכויות השלטון. בעקבות ירידה חדה בפופולריות של סוהארטו, והתמעטות התמיכה הפוליטית בו, בעיקר על רקע משבר כלכלי חמור שפקד את דרום-מזרח אסיה, בסוף שנות ה-90 של המאה ה-20, אולץ סוהארטו להתפטר מתפקידו כנשיא, במאי 1998. התפטרותו זו סימנה את תחילת "עידן הרפורמציה" באינדונזיה – הכינוי לתקופה הנוכחית בהיסטוריה של מדינה זו.

פרהיסטוריה
שמאל|ממוזער|200px|גולגולת סנגיראן 17, הומו ארקטוס שהתגלה בג'אווה
בתקופות הקרח של עידן הפליסטוקן, כאשר מפלס הים ירד, חלק מאיי אינדונזיה המודרנית היה מחובר ליבשת אסיה וכך התאפשר להומינידים ובעלי חיים יבשתיים אחרים לאכלס את האיים, עוד בתקופות קדומות מאוד. העדויות הקדומות ביותר ליישוב אדם באינדונזיה הם השרידים המאובנים של הומו ארקטוס, הידועים יותר בכינוי "אדם ג'אווה", שגילם ככל הנראה יותר ממיליון שנים.

אוכלוסיות האדם המודרני (הומו ספיינס) נדדו לארכיפלג האינדונזי לפני כ-60,000–50,000 שנים, כנראה מדרום אסיה. הם חצו לראשונה מכשולי מים בעזרת כלי שיט כלשהם, כפי שמעידה העובדה שהם נדדו לראשונה מעבר לארכיפלג, אל גינאה החדשה ואוסטרליה.

טיפוס אנושי נוסף, שייתכן והתפתח בתנאי בידוד יחסי באי פלורס מאוכלוסיות ההומו ארקטוס המקומיות הוא הומו פלורסיינסיס. זהו אדם שהגיע לגובה של כמטר בלבד ומוחו היה קטן מכל אדם מודרני ידוע. עם זאת, הומו פלורסיינסיס התקיים עד לפני כ-12,000 שנים בלבד, במקביל לאוכלוסיות ההומו ספיינס שיישבו את הארכיפלג.

האוסטרונזים, שהם רוב האוכלוסייה המודרנית של הארכיפלג, היגרו לדרום-מזרח אסיה מטאיוואן, קמבודיה והקצה הדרומי של וייטנאם. הם הגיעו לאינדונזיה בערך בשנת 2500 לפנה"ס והביאו עמם טכנולוגיה חקלאית ובעלי חיים וצמחים מבויתים. הגירה זו דחקה את אוכלוסיות הציידים-לקטים המקומיות לאזורים המזרחיים הרחוקים. בעקבות תנאים טובים להתפתחות חקלאית, ושימוש בשיטה של גידול אורז בשדה רטוב (החל מהמאה השמינית לפני הספירה), עד המאה הראשונה לספירה התפתחו באזור מספר רב של כפרים, ערים וממלכות קטנות.

ההיסטוריה המוקדמת
מלומדים הודיים כתבו על ממלכת דוויפאנטארה (או ג'אווה דוויפה) ההינדית באי ג'אווה וסומטרה בערך בשנת 200 לפנה"ס.

הממצא הארכאולוגי הקדום ביותר מהתקופה הנוכחית הוא מהפארק הלאומי אוז'ונג קולון, ג'אווה המערבית. ממצא זה הוא שריד של פסל של האל גנש מהמאה ה-1 לספירה, שנמצא על פסגת ההר ראקסה באי פאנאיטאן.

צוות חוקרים אינדונזיים טוען שסדרה של תצורות סלע קבורות באתר המגלית הפרהיסטורי של Gunung Padang במערב ג'אווה הן למעשה פירמידה אינדונזית גדולה מעשה ידי אדם שנבנתה בשלבים החל לפני 27,000 שנים. החוקרים האינדונזים טוהנים כי ארבע שכבות של מבני אבן מגליתית נבנו במהלך אלפי שנים רבות.

ישנן עדויות ארכאולוגיות לקיומה של ממלכה באזור ג'אווה המערבית המתוארכת למאה ה-2 לספירה, ולפי ד"ר טוני דיוביאנטונו, החלה בנייה מואצת בכל האי ג'אווה באותה תקופה.

שלושה עמודי אבן המתוארכים לתחילת המאה הרביעית נמצאו בקוטאי, קאלימאנטאן המזרחית, ליד הנהר מאהאקאם. העמודים נושאים כתובת שנכתבה בכתב ואטלוטו ותוכנה הוא "מתנה למטיפים של ברהמין". בנוסף, המונומנט "באטו טוליס" (סלע אבן שחור וגדול) ליד בוגור, מערב ג'אווה, מתוארך לשנת 450 לספירה בקירוב. על המונומנט הזה חרט המלך פורנאבארנה את שמו והטביע בו את טביעות רגליו, כמו גם את טביעות הרגל של הפיל שלו. תוכנה של הכתובת שנלווית אל טביעות אלו הוא "הנה טביעות הרגל של המלך פורנאבארנה, הכובש הגיבור של העולם". כתובת זו נכתבה בשפת הסנסקריט והיא עדיין ברורה על אף שעברו כ-1,500 שנים מאז שנכתבה.

תרבויות קדם-קולוניאליות
מספר מדינות הינדואיסטיות ובודהיסטיות שגשגו באינדונזיה. בזמן של תחילת הרנסאנס באירופה, שני האיים המאוכלסים ביותר של אינדונזיה של ימינו, ג'אווה וסומטרה, היו מאוכלסים במשך למעלה מ-1,000 שנים ואף היו בהם שתי אימפריות.

ההיסטוריה הפוליטית של אינדונזיה לאורך המאה ה-14 והמאה ה-15 לוטה בערפל בעקבות היעדר כמות מספקת של עדויות. שתי מדינות דומיננטיות שלטו באזור בתקופה זאת; מאג'אפאהיט במזרח ג'אווה, שהייתה המדינה הקדם-אסלאמית הגדולה ביותר, ומלאקה בחוף המערבי של חצי האי המלאי, שיש הטוענים כי היא הייתה אימפריית הסחר המוסלמית הגדולה ביותר.

ממלכת מאטאראם
שמאל|ממוזער|250px|תמונה של מקדש לאל שיווה בג'אווה. הקומפלקס של מקדש פראמבאנאן שבתמונה הוא אחד ממקדשי ההינדו הגדולים ביותר בדרום-מזרח אסיה
מאטאראם הייתה ממלכה הודית שבסיסה היה במרכז ג'אווה (האזור שמסביב ליוגיאקארטה של ימינו) בין המאה ה-8 למאה ה-10 לספירה. מרכז הממלכה הועבר ממרכז ג'אווה למזרח ג'אווה על ידי מפו סינדוק. ייתכן והמעבר היה כתוצאה מהתפרצותו של הר הגעש מראפי או כתוצאה ממאבקי כוח.

המלך הראשון של מאטאראם היה סאנג'אווה, שגירש את הסאילנדארים מג'אווה והעדויות לקיומו הן כתובות חקוקות באבן. המקדש ההינדי של פראמבאנאן באזור הקרוב ליוגיאקארטה נבנה על ידי דאקשה. דהארמאוואנגסה הורה לתרגם את המהאבהאראטה לג'אוואית עתיקה ב-996.

הממלכה התדרדרה לכאוס בסוף שלטונו של דהארמאוואנגסה בעקבות לחץ צבאי של סריוויג'איה. איירלאנגה, בנו של אודאיאנה מבאלי וקרוב משפחה של דהארמאוואנגסה ייסד מחדש את הממלכה (כולל את באלי) בשם קאהוריפאן.

אימפריית סריוויג'איה
סריוויג'איה: המשמעות של sri בסנסקריט היא נוצץ או קורן ובמאלאית גם: אור, ואילו המשמעות של jaya גם היא מסנסקריט היא במקורה ניצחון צבאי ניצחון אבל המאלאית הרחיבה את המשמעות גם להצטיינות והצלחה. סריוויג'איה הייתה ממלכה מאלאית עתיקה בסומטרה שהייתה בעלת השפעה על רוב הארכיפלג המלאי. יש מעט תיעודים על ראשית האימפריה, ומעריכים שהיא נוסדה בין המאה ה-3 למאה ה-6 לספירה. הערכות יותר מדויקיות גורסות כי האימפריה נוסדה בין 671 ל-683 לפי עדות של נזיר סיני בשם איי-טסינג שסיפר כי בשנת 671 הוא שהה בסריוויאג'איה במשך כחצי שנה. כמו כן, כתובת קדוקאן-בוקיט מתוארכת ליום 16 ביוני בשנת 682 לספירה הנוצרית. סריוויג'איה חדלה מלהתקיים בערך בשנת 1400.

בערך בשנת 500 יסודותיה של הממלכה החלו להתפתח סביב פאלמבאנג של ימינו, וישנם תיעודים סיניים משנת 600 בקירוב שמזכירים שתי ממלכות בסומטרה שמרכזיהן נמצאים בג'אמבי ובפאלמבאנג, כמו גם שלוש ממלכות בג'אווה.

האזור החשוב ביותר בסריוויג'איה היה מרכז סחר החופים בפאלמבאנג של ימינו. האימפריה הייתה תאלאסוקרטית ולא הרחיבה את השפעתה אל מעבר לאזורי החוף של דרום-מזרח אסיה. סריוויג'איה הייתה מאורגנת בשלושה אזורים ראשיים – אזור עיר הבירה שמרכזו היה בפאלמבאנג, אגן נהר מוסי שהיה העורף של הממלכה, ואזורי שפך נהר אחרים שיצרו מספר מוקדי כוח. האזור שבו הייתה עיר הבירה נוהל באופן ישיר על ידי השליט של האימפריה. אזור העורף היה תחת שלטונם של הצ'יפים המקומיים שהיו מאורגנים ברשת של נאמנויות למהראג'ה. כוח היה היסוד העיקרי של יחסי האימפריה עם מדינות נהר אחרות כגון אגן הנהר באטאנג הארי שמרכזו היה בג'אמבי. אנשי השושלת ששלטו באימפריה התחתנו וכרתו בריתות עם הסאילנדארים ממרכז ג'אווה.

על אף שהתיעודים ההיסטוריים והראיות הארכאולוגיות נדירים מאוד, נראה שהחל מהמאה ה-7 סריוויאג'איה שלטה על רוב סומטרה, ג'אווה המערבית, ורוב חצי האי המלאי. בעקבות הדומיננטיות שלה במלאקה ובמצרי סונדה, סריוויג'איה שלטה הן על התנועה בנתיב הובלת התבלינים והן על הסחר המקומי, גבתה מס מספינות שעברו באזור, והיוותה כוח ימי מרתיע עד המאה ה-13. תנאים אלו גרמו להפצת התרבות המאלאית ברחבי סומטרה, חצי האי המלאי, ובורנאו המערבית.

הדת העיקרית בסריוויג'איה הייתה זרם הוג'ריאנה הבודהיסטי ולפיכך האימפריה משכה אליה צליינים ומלומדים מכל חלקי אסיה. בין העולים לרגל היה הנזיר הסיני , ששהה בסומטרה לתקופות ארוכות בדרכו ללימודים בנלנדה שבהודו בשנים 671 ו-695, והמלומד הבודהיסטי מהמאה ה-11, אטישה, שמילא תפקיד חשוב בהתפתחות זרם הוג'ריאנה בטיבט. מספר נוסעים שעברו באזורים אלה ציינו כי באזורי החוף היה שימוש במטבעות זהב אך לא בפנים הארץ.

נמצאה מצבת קבר של שיח' מוסלמי בבארוס באי סומטרה שזמנה 48 להג'רה, 668/669 לספירה הנוצרית. זהו האזכור הקדום ביותר של המוסלמים באינדונזיה. קיימת עדות של נוסע סיני על נוכחות מוסלמים באינדונזיה כבר בשנת 674. ממלכת סריויג'איא יצרה קשר עם הח'ליפה עמר בן עבד אלעזיז החל משנת 100 להג'רה 718 לספירה הנוצרית. אז שלח המהראג'ה סרי אינדראוארמאן של סריויג'איא מכתב אל הח'ליפה בבקשה שישלח אליו מטיף ללמדו את האסלאם. אין בזה אשור לאסלום ממלכת סריויג'איא כי נתיניה המשיכו להאמין בבודהיזם. תשובת המוסלמים למכתב באה במכתב משנת 724 לספירת הנוצרים בלווי שפחה "זנג'ית" אפריקנית שחורה שנשלחה אל סרי אינדראוארמאן.
מסחרה של סריויג'איא הגיע עד מדגסקר במערב, כולל מהגרים מסריויג'איא שנותרו שם בשנת 830 לספירה הנוצרית, הודו, תאילנד, פיליפינים, מלאיה, סין וכל מרחבי הארכיפלג האינדונזי עד אל איריאן המערבית. ישנה כתובת חרוטה על לוח נחושת שנמצאה בפיליפינים המעידה על קשר בין הפיליפינים לסריויג'איא והאי ג'אווה. הכתובת מכילה מילים מ-4 שפות: סנסקריט, מלאית עתיקה, טגלוג ושפת האי ג'אווה. זמנה מקביל ליום שני 21 באפריל שנת 900 לספירה הנוצרית.

ב-1068 ראג'נדרה קהולה, המלך משושלת קהולה ששלט בטאמיל נאדו, כבש את קדאה (במאלאית: "פתוחה לרווחה") מסריוויג'איה. ב-20 השנים שלאחר מכן הקהולאים המשיכו בסדרת פשיטות וכיבושים ברחבי אינדונזיה ומלזיה של ימינו. על אף שפלישתה של שושלת קהולה לא הצליחה בסופו של דבר, היא החלישה במידה רבה את ההגמוניה האזורית של סריוויג'איה ואפשרה את עליית כוחן של ממלכות (כגון קדירי) שהתבססו על חקלאות מפותחת במקום סחר חופים וסחר למרחקים ארוכים.

השפעתה של סריוויג'איה דעכה במהלך המאה ה-11. האי היה בעימותים מתמידים עם ממלכות ג'אוואיות, בהתחלה עם סינגהאסארי ולאחר מכן עם מאג'אפאהיט. בסופו של דבר הגיע גם האסלאם לאזור אצ'ה שבסומטרה, והרחיב את השפעות באמצעות חוזים עם סוחרים ערביים והודיים. בשלהי המאה ה-13 ממלכת פאסאי (בצפון סומטרה) המירה את דתה לאסלאם. באותה תקופה סריוויג'איה הייתה משועבדת למשך זמן לאימפריית הח'מר ומאוחר יותר לממלכת סוקהות'אי. הכתובת האחרונה מתוארכת ל-1374, ומוזכר בה נסיך הכתר אנאנגאווארמאן.

בין השנים 1400 ל-1403, פאראמסווארה, הנסיך האחרון של סריוויג'איה, והפך לפליט, המיר את דתו לאסלאם, וייסד את סולטנות מלאקה על חצי האי המלאי. נשואיו המוצלחים העניקו לו את מעמדו. הוא מת בשנת 1414.

אימפריות סינגהאסארי ומאג'אפאהיט
מקורן של שתי האימפריות הוא מזרח ג'אווה, והן היו אלה שגרמו לפירוקה של סריוויג'איה והשתלטו על השטח. סינגהאסארי הייתה ממלכה שהייתה ממוקמת במזרח ג'אווה והתקיימה בין השנים 1222 עד 1292. אימפריית מג'פהיט (במאלאית: "דלעת מרה".) נוסדה זמן מה לאחר סינגהאסארי, ושלטה על רוב החלק המערבי של חצי האי המלאי, בורנאו, סומטרה, ובאלי החל משנת 1293 ועד 1520 בקירוב.

המייסד של אימפריית מאג'אפאהיט, קרטאראג'אסה, היה חתנו של שליט ממלכת סינגהאסארי, שבסיסה היה גם כן בג'אווה. לאחר שסינגהאסארי גירשה את סריוויג'איה מג'אווה באופן מלא ב-1290, הידיעות על כוחה העולה של סינגהאסארי הגיעו עד לקובלאי חאן שהיה במונגוליה והוא שלח שליחים אל הממלכה על מנת לדרוש תשלום מס. קרטאנאגארה, השליט של ממלכת סינגהאסארי, סירב לשלם מס וקובלאי חאן שלח כוח צבאי שהגיע לחופי ג'אווה ב-1293. באותו זמן מורד מקדירי, ג'איאקאטוואנג, הרג את קרטאנאגארה. המייסד של מאג'אפאהיט כרת ברית עם המונגולים נגד ג'איאקאטוואנג, וברגע שממלכת סינגהאסארי נחרבה, בגד במונגולים וגרם לנסיגתם.

גאג'ה מאדה, ראש הממשלה של מאג'אפאהיט והעוצר שלה בין השנים 1331 עד 1364, הרחיב את שטחה של האימפריה לאיים שבאזור ג'אווה. אינדונזים, ובכללם סוקרנו, טענו ששלטה גם בכל הארכיפלג. יש עדות שבשנת 1368 העלתה סולטנות ברוניי מס לממלכת מאג'אפאהיט. הדבר שימש עלה לאינדונזיה לתבוע את השלטון בכל האי קאלימאנטאן. ישנה תעודה בשפה הג'אואנית, נגרקרטגאמה NAGARAKERTAGAMA, משנת סאקא 1287 ספטמבר-אוקטובר 1365 לספירה הנוצרית שבה נזכר שלטון מאג'אפאהיט במקום הנקרא "ואנין". אינדונזים מזהים את ואנין בחצי האי אונין באיריאן המערבית. זאת אחת הסבות שבגללן תבעו סוקרנו ואמיר שריפודין את השלטון בכל האי גינאה החדשה וסביבתו. ממלכת מאג'אפאהיט שלטה גם בכל האי טימור. הדבר שמש עלה לדרישת אינדונזיה לשלוט גם במזרח טימור, דבר ששמש עלה לפלוש לשם. מספר שנים לאחר מותו של גאג'אה מאדה, הצי של מאג'אפאהיט כבש את פאלמבאנג, ובכך גרם לסופה של ממלכת סריוויג'איה. על אף ששליטי מאג'אפאהיט שלטו גם על איים אחרים והחריבו ממלכות שכנות, המטרה העיקרית שלהם הייתה לשלוט ולהשיג חלק גדול יותר מהרווחים של נתיבי הסחר שעברו בארכיפלג. בערך באותו זמן שבו נוסדה מאג'אפאהיט, החלו להגיע לאזור סוחרים מוסלמים ואנשים שעסקו בהמרת דת.

לאחר שהגיעה לשיאה במאה ה-14, כוחה של מאג'אפאהיט החל לדעוך כאשר פרצה מלחמת ירושה ב-1401 שנמשכה ארבע שנים. מאג'אפאהיט לא יכלה להתמודד עם הכוח העולה של סולטנות מלאקה. בשנת 1519 מת המהראג'ה האחרון. בשנת 1520 מספר גדול של אנשי משפחת המלוכה, אנשי החצר שלהם, אומנים ואנשי דת היגרו לכיוון מזרח והתיישבו באי באלי כאשר מאג'אפאהיט התפרקה באופן סופי. בשנת 1526 או 1527 נכשל ניסיונם להקים ממלכה באי באלי, ב-1527 נכבשה בירת מאג'אפאהיט על ידי כוחות מוסלמיים מדמאק. בשנות התשעים של המאה ה-20 נחפרה בירת מאג'אפאהיט, תרוולאן. נמצא שם אוצר גדול של כלים ומטבעות, בכללם מכסף ומזהב.

התפשטות האסלאם
נמצאה מצבת קבר של שיח' מוסלמי ששמו רכונודין פאנסור בבארוס באי סומטרה שזמנה 48 להג'רה, 668/669 לספירה הנוצרית. זהו האזכור הקדום ביותר של המוסלמים באינדונזיה. מצבת קבר נוספת שלשונה ערבית טהורה עם תאריך 475 להג'רה מקביל לשנת 1082 לספירה הנוצרית נמצאה באי ג'אווה. ישנה עדות של נוסע סיני שהזכיר שראה מוסלמים באינדונזיה בשנת 674 לספירה הנוצרית, הדבר נזכר בירחון מסע אחר. כיוון שהחלו דוברי המאלאית לקלוט את הכתב הערבי כנוהו בשם חרוף ג'אווי והגוהו בשבוש "הורוף ג'אוי". באמצעות תהליך של הטמעה, והבטחת שוויון מעמדות, תפס את המקום של ההינדואיזם החל מסוף המאה ה-16 בג'אווה וסומטרה. דת ההינדואיזם נותרה הדת השלטת רק באי באלי. במזרח הארכיפלג הייתה פעילות של מיסיונרים מוסלמים ונוצרים במאה ה-16 ובמאה ה-17, ונכון להיום, יש קהילות גדולות של שתי הדתות באזורים אלה. התפשטות האסלאם הונעה באמצעות הגדלת קשרי הסחר עם אזורים שמחוץ לארכיפלג; באופן כללי, סוחרים ואנשי משפחות המלוכה של הממלכות העיקריות היו הראשונים לאמץ את הדת החדשה. הממלכות הדומיננטיות כללו את מאטאראם במרכז ג'אווה, וסולטאנויות טרנאטה וטידורה באיי מלוקו שבמזרח. על אף שידוע שהתפשטות האסלאם החלה במערב הארכיפלג, העדויות ששרדו עד לימינו מצביעות על כך שההתפשטות לא הייתה רצופה ועל פני האזורים הסמוכים, אלא הייתה תהליך מורכב ואיטי.

סולטנות מאטאראם
סולטנות מאטאראם הייתה הסולטנות השלישית בג'אווה. הראשונה הייתה דמאק בינטורו והשנייה הייתה פאג'אנג.

לפי ממצאים מג'אווה, קייאי גדהה פאמאנאהאן הפך לשליט של אזור מאטאראם בערך בעשור השביעי של המאה ה-16 בתמיכתה של ממלכת פאג'אנג במזרח, ליד האזור של סוראקארטה. לאחר שעלה לשלטון, היו התייחסויות רבות לפאמאנאהאן בתור קייאי גדהה מאטאראם.

בנו של פאמאנאהאן, פאנמבאהאן סנאפאטי אינגאלאגה, ירש את מקומו של אביו בשנת 1584 בקירוב. תחת שלטונו הממלכה גדלה באמצעות מלחמות צבאיות רגילות נגד השכנים ממאטאראם. לדוגמה, זמן קצר לאחר עלייתו לשלטון הוא כבש את פאג'אנג, ששליטיה היו הפטרונים של אביו.

משטרו של פאנמבאהאן סדה אינג קראפייאק (1601 – 1613), בנו של סנאפאטי, אופיין בעיקר במלחמות נוספות, ובייחוד זאת שהתנהלה נגד סוראבאיה החזקה, שהייתה כוח חשוב במזרח ג'אווה. הקשר הראשון בין מאטאראם וחברת הודו המזרחית ההולנדית היה בזמן שלטונו של קראפייאק. הפעילות ההולנדית באזור באותה התקופה הוגבלה לסחר מאזורי חוף מצומצמים, כך שהקשר שלהם עם ממלכת מאטאראם שהייתה בפנים הארץ היה מוגבל, על אף שכן הייתה ביניהן ברית נגד סוראבאיה ב-1613. קראפייאק מת באותה שנה.

את מקומו של קראפייאק ירש בנו, שתעודות עתיקות מג'אווה מכנות אותו רק בשם סולטאן אגונג (במאלאית: "הסולטאן העליון"). אגונג היה אחראי היה אחראי להתפשטות הגדולה ולממצאים ההיסטוריים של מאטאראם ששרדו עד היום, וזאת בעקבות מסעי כיבוש צבאיים נרחבים שהוא ניהל במהלך שנות שלטונו (1613 – 1646).

לאחר מספר שנים של מלחמה, הצליח אגונג לכבוש את סוראבאיה לבסוף. העיר נכבשה לא באמצעות מתקפה צבאית ישירה, אלא בעקבות המצויר היבשתי והימי שאגונג הטיל עליה, מה שגרם לה להיכנע כתוצאה מהרעב. כאשר סוראבאיה הפכה לחלק מהאימפריה, ממלכת מאטאראם כללה את כל מרכז ומזרח ג'אווה, והאי מאדורה; האזורים היחידים שנשארו מחוץ לשליטתו של אגונג היו באנטן במערב האי והיישובים ההולנדיים בבאטאביה. במהלך שנות ה-20 וה-30 של המאה ה-17 הוא ניסה פעמים רבות לגרש את ההולנדים מבאטאביה, אולם הצבא שלו היה שווה בעוצמתו לכוחות היריבים, והוא נאלץ לחלוק בשליטה על ג'אווה.

ב-1645 החל אגונג לבנות את אימוג'ירי, ארמון הקבורה שלו, במרחק של כ-15 קילומטרים דרומית ליוגיאקארטה. אימוגירי נותרה מקום הקבורה של רוב משפחת המלוכה של יוגיאקארטה וסוראקארטה עד ימינו. אגונג מת באביב 1646, כאשר הוא הבין שהמצב שבו הוא בלתי מנוצח לא קיים עוד בעקבות הפסדיו להולנדים, אולם למרות זאת הוא הותיר אחריו אימפריה ששלטה ברוב ג'אווה ובאיים שכנים.

ברגע שבנו של אגונג, סוסוהונאן אמאנגקוראט ה-1, ירש את הכתר, הוא ניסה לייצב לטווח הארוך את מאטאראם, ורצח מנהיגים מקומיים מובילים שלא היו מספיק נאמנים לו. בנוסף, הוא סגר מספר נמלי ים על מנת שתהיה לו שליטה יותר הדוקה על הסחר עם ההולנדים.

באמצע שנות ה-70 של המאה ה-17 חוסר שביעות הרצון מהמלך הפך למרד של ממש, שהתחיל בשולי הממלכה והתקדם פנימה. ראדן טרונאג'איה, נסיך ממאדורה, הוביל כוח של לוחמים ממאקאסאר שכבשו את ביתו של המלך במאטאראם באמצע 1677. המלך נמלט לחוף הצפוני עם בנו הבכור, המלך לעתיד אמאנגקוראט ה-2, והשאיר את בנו הצעיר יותר פאנגראן פוגר במאטאראם. ככל הנראה הוא היה מעוניין יותר ברווחים ובנקמה מאשר בניהול האימפריה, המורד טרונאג'איה בזז את ביתו של המלך וחזר למזרח ג'אווה, לאחר שהשאיר את פוגר כשליט חסר כוח.

אמאנגקוראט ה-1 מת זמן קצר לאחר גירושו, מה שהפך את אמאנגקוראט ה-2 למלך ב-1677. גם הוא היה חסר אונים, וברח מבלי שלקח איתו צבא או אוצר כדי לבנות צבא. בניסיון להשיג מחדש את הממלכה שלו, הוא ויתר במספר עניינים להולנדים, שיצאו למלחמה כדי להשיב אותו לכיסאו. עבור ההולנדים, יציבותה של אימפריית מאטאראם שתהיה בעלת חוב כלפיהם יעזור להבטיח את המשך הסחר המקומי שלהם בתנאים מועדפים. הם היו מוכנים לעשות שימוש בצבא שלהם על מנת לשמור על שלמות הממלכה. הכוחות ההולנדיים כבשו קודם את טרונאג'איה, ואז כפו על פוגר להכיר בריבונות של אחיו הבכור, אמאנגקוראט ה-2.

התקופה הקולוניאלית
החל מהמאה ה-16 החלו להגיע לאזור קבוצות של אירופאים – פורטוגלים, ספרדים, הולנדים ובריטים – שחיפשו דרך לשלוט על סחר התבלינים באתרי המוצא שלו (הודו ואיי מלוקו שבאינדונזיה). משמעות הדבר הייתה שהיה צורך למצוא דרך לאסיה שתעקוף את ונציה שעל חוף הים התיכון שהייתה בשליטה של המוסלמים שניצלו זאת ויצרו מונופול על סחר התבלינים. סיבה נוספת לרצון לשלוט בסחר התבלינים היה מחירם הגבוה, וכיוון שהם היו מבוקשים מאוד על מנת לתבל ולשמר באמצעותם אוכל, כמו גם כחומרי עזר בהכנת תרופות ושיקויים.

הגעת האירופאים לדרום-מזרח אסיה נחשבת לרוב כנקודת מפנה בהיסטוריה של האזור. מספר מלומדים אחרים חולקים על השקפה זו, וטוענים שההשפעה האירופאית במהלך ראשית המאה ה-16 והמאה ה-17 הייתה מצומצמת הן מבחינת האזור והן מבחינת עומק ההשפעה. טענה זו מתבססת בעיקר על כך שאירופה לא הייתה האזור הכי מתקדם או הדינמי של העולם בראשית המאה ה-15. בתקופה זו הכוח העולמי העולה היה האסלאם; ב-1453, לדוגמה, הטורקים העות'מאנים כבשו את קונסטנטינופול, בעוד שהאסלאם המשיך להתפשט באינדונזיה ובפיליפינים. ההשפעה האירופאית, ובייחוד ההולנדית, לא תגרום לשינויים מרחיקי לכת באינדונזיה עד המאה ה-18 והמאה ה-19.

הפורטוגלים
למרות הנאמר לעיל, האירופאים ביצעו מספר התקדמויות טכנולוגיות; יכולתם של הפורטוגלים בניווט, בניית ספינות וכלי נשק אפשרה להם לערוך מסעות מחקר למרחקים ארוכים. הם צצו לראשונה באינדונזיה בשנת 1505. משלחת המחקר שהגיעה אל מלאקה בשנת 1509, הסתבכה בקרב והותירה שם שבויים. מלאקה נכבשה ב-1511, הפורטוגלים הגיעו לאינדונזיה על מנת לשלוט במקורות של התבלינים יקרי הערך ועל מנת להגביר את הפעילות המיסיונרית של הכנסייה הקתולית. מאלוקו הורכבה ממגוון אזורים מנהליים וממלכות באותה תקופה שנלחמו לעיתים תכופות אחת עם השנייה אבל הצליחו לשמור על קשרי סחר פנימיים ובינלאומיים. הן באמצעות כיבושים צבאיים וכריתת בריתות עם שליטים מקומיים, הפורטוגלים ייסדו עמדות סחר, מבצרים, ומיסיונים במזרח אינדונזיה כולל באיים טרנאטה, אמבון, וסולור. אולם, שיא הפעילות המיסיונרית של הפורטוגלים היה בשלהי המאה ה-16, לאחר שהם הפסיקו את מסע הכיבושים בארכיפלג ולאחר שהם הסיטו את האינטרסים שלהם אל יפן, מקאו וסין. כמו כן, גורם נוסף היה העניין בסחר הסוכר בברזיל וסחר העבדים באוקיינוס האטלנטי.

הנוכחות הפורטוגלית באינדונזיה הצטמצמה לסולור, פלורס וטימור בנוסה טנגארה של ימינו, בעקבות תבוסתם ב-1575 בטרנאטה על ידי הטרנאטיאנים המקומיים, הכיבושים ההולנדים באמבון, מלוקו ובאנדה, וכישלון כללי בשמירת השליטה על הסחר באזור. כאשר משווים זאת לרצון הפורטוגלי המקורי לשלוט בסחר האסייתי, ההשפעה שלהם על התרבות האינדונזית הייתה קטנה: חוברו מספר בלדות לגיטרה, נכנסו לשימוש מספר מילים שתיארו את תפקידה של הפורטוגזית לצד המאלאית כשפה המדוברת בארכיפלג, וכן מספר שמות משפחה שנעשו נפוצים באזור.

התוצאה המשמעותית ביותר של הגעת הפורטוגלים לאזור הייתה ההפרעה והפרת הארגון של רשת הסחר, בעיקר בגלל כיבוש מלאקה. תוצאה חשוב נוספת הייתה "שתילת" הנצרות באינדונזיה. במזרח אינדונזיה ישנן קהילות נוצריות שקיימות עד היום, ודבר זה תרם לתחושה של אינטרס משותף עם האירופאים, ובייחוד בקרב האמבונזים.

הספרדים באיי מאלוקו ובאי סיאו ומאבקיהם עם פורטוגזים והולנדים 
פרדיננד מגלן, שהיה פורטוגזי במוצאו, הפליג בשרות ספרד להקיף את כדור הארץ בשיט בשנת 1519, ואף על פי שנהרג בפיליפינים ב-27 באפריל 1521 הגיעו הנותרות מספינותיו אל טידורה וג'אילולו הלמהרה וקנו שם טון צפורן, תבלין שהיה אז בעל ערך עצום וקשרו בריתות עם הסולטאנים שם. המטען שהגיע אל ספרד, סייע למלך הספרדי להשיב לעצמו את הוצאות המסע שמימן, החל מ-1522. ספרד המשיכה להאבק בפורטוגל בשטח איי מאלוקו גם ב-1522, 1527 ו-1528. חוזה סרגוסה משנת 1529 זיכה את פורטוגל באיי מאלוקו ולכן שלמה פורטוגל לספרד על פי החוזה 350,000 דוקאטים מזהב כדי שתוותר ספרד על זכויותיה המסחריות במאלוקו. אלא שלא היה די בזה כדי לסלק את הספרדים משם. חייליהם שהו ברצף בשנים 1527–1534 ושוב ב-1544–1545 במאלוקו מתוך מחשבה לסחור עם האיים שלא כבשה פורטוגל. בשנת 1545 נכנעו אנשיו של הספרדי וילאלובוס לפורטוגלים.

תבוסת פורטוגל בקרב נגד סולטאן טרנאטה בשנת 1575, וסיפוח פורטוגל לספרד בשנת 1580 גרמו לכך שספרדים ופורטוגזים שבו למאלוקו בשנים 1582–1583 לצורכי מסעות עונשין משותפים נגד שליטים מקומיים, וספרדים שבו אל האיים גם בשנים 1584–1585. בשנת 1602 כשל ניסיונם המשותף של ספרדים ופורטוגזים לכבוש את מבצר טרנאטה. ב-19 במאי 1605 כבשו ההולנדים את טידורה, מה שגרם לספרדים להגיב בכיבוש האי טרנאטה בשנת 1606 ובבנית מבצר באי באצ'אן. מרד מקומי בטרנאטה נגד הספרדים לא נסתר מההולנדים שקשרו ברית עם המורדים נגד ספרד. ספרד נכחה בטרנאטה ברצף מאז 1606 ועד 1663. בשנת 1607 בנו ההולנדים מבצר במרחק קילומטרים ספורים מהעיר הספרדית CIUDAD DEL ROSARIO בטרנאטה. המבצר נקרא בתחלה MALAYO ואחר כך FORT ORANGE, בשנים 1609 ו-1612 הקימו ההולנדים עוד שני מבצרים בטרנטה. המלחמה עם ההולנדים המשיכה להציק לספרדים, כאשר צבא ספרד מתאמץ לספק את צורכי אנשיו לנוכח עימותים חוזרים ונשנים נגד ההולנדים. בשנת 1609 כבשו ההולנדים את המבצר הספרדי בבאצ'אן. משנת 1610 הניסיון ההולנדי לדחוק את הספרדים כליל ממסחר התבלינים במאלוקו נעשה קשוח יותר ויותר. בשנת 1663 ועל סף רעב של אנשיו בטרנאטה, קץ המושל הספרדי במנילה בצורך לדאוג לנעשה בטרנאטה. בשנת 1663 הוא הודיע בצו על נטישת האי, ובכך נטשה ספרד את איי מאלוקו. אלא שלא בזה הגיע הקץ לנוכחות ספרד באינדונזיה. בשנים 1671 עד 1677 נכחו חיילי ספרד בקבע באי סיאו מצפון לסולאווסי. בשנת 1677 נטשו הספרדים את האי והולנד השתלטה עליו. בשנת 1683 השלימה הולנד את השתלטותה על כל איי מאלוקו.

 האי מיאנגאס 
ספרדים היו אלה שגילו את האי, וקראוהו "לאס פאלמאס", אבל נטשו אותו. בשנת 1677 השתלטה עליו החברה ההולנדית להודו המזרחית אחרי מלחמה ארוכה נגד באתאהא סנטיאגו בשנים 1670 עד 1675. החל משנת 1906 תבעה אותו ארצות הברית, יורשת מקום ספרד בפיליפינים, כחלק מהסכם השלום בין ספרד לארצות הברית משנת 1898 ובהסתמך על העובדה שספרדים גילו את האי וסימון האי במפה אמריקנית כחלק ממה שלטענתה מסרה ספרד לארצות הברית בתוך "ריבוע גאוגרפי" שבו נמצא האי בתוך השטח המסומן, בחלקו הדרום מזרחי. הדבר הגיע אל הדיון הראשון אי פעם בבית הדין הבין-לאומי לצדק בהאג בשנת 1925. הולנד זכתה באי ב-4 באפריל 1928, עם הפסיקה שלא יכלה ספרד לתת את מה שלא שלטה בו. בשנת 1956 פסקו שני משפטנים זרים: Willem Johan Bernard Versfelt, Daniel-Eramus Khan במענה לדרישת הפיליפינים, שהאי מיאנגאס שייך לאינדונזיה, והפיליפינים נאלצה להסכים, והגיעה להסכם גבולות עם אינדונזיה. האי הוא הצפוני ביותר בגזרה הזאת באינדונזיה.

חברת הודו המזרחית ההולנדית
שמאל|ממוזער|250px|הלוגו של לשכת אמסטרדם של חברת הודו המזרחית ההולנדית

ההולנדים ירשו את מקומם של הפורטוגלים מבחינת שאיפות, ברוטליות ואסטרטגיות אבל היו להם צורת ארגון טובה יותר כמו גם כלי נשק, ספינות וגב כלכלי חזק. על אף שהם נכשלו בהשגת שליטה מלאה על סחר התבלינים האינדונזי, הם הצליחו יותר מאשר הפורטוגלים. החל מ-1602, כאשר נוסדה חברת הודו המזרחית ההולנדית, ההולנדים בנו במשך 300 שנים את כוחם כשליטי אינדונזיה של ימינו, תוך שהם מנצלים את השבריריות של הממלכות הקטנות שהחליפו את מאג'אפאהיט. בניגוד לפורטוגלים, ההולנדים הצליחו ליצור היאחזות קבע בג'אווה, שממנה הם הקימו בסופו של דבר אימפריית סחר שנודעה בשם הודו המזרחית ההולנדית. על אף שהגבולות הסופיים לא נקבעו עד לראשית המאה ה-20, הם היו הגבולות שיצרו את האומה האינדונזית המודרנית, כפי שהוכרז ב-1945. אולם, טימור הפורטוגלית נשארה תחת שלטון פורטוגלי עד 1975 כאשר הצבא האינדונזי פלש וכבש אותה, ולאחר מכן היא הוכרזה כפרובינציה אינדונזית בשם טימור המזרחית עד 1999.

במאה ה-17 וה-18 הודו המזרחית ההולנדית לא נשלטה באופן ישיר על ידי ממשלת הולנד, אלא על ידי חברת סחר שהוקמה לצורך זה, שידועה בשם חברת הודו המזרחית ההולנדית. לחברה הוענק מונופול על המסחר והפעילויות הקולוניאליות באזור על ידי הפרלמנט ההולנדי ב-1602, אולם לא הייתה לה טריטוריה משל עצמה בג'אווה. ב-1619 החברה כבשה את העיר ג'איאקארטה, שרפה אותה עד היסוד והקימה את העיר באטאביה (ג'קרטה), כאשר אמסטרדם הייתה המודל לפיו הוקמה העיר.

מטרתה העיקרית של החברה הייתה שמירת המונופול של סחר התבלינים בארכיפלג. היא עשתה זאת באמצעות שימוש ואיומים באלימות נגד אנשי האיים שיצרו את התבלינים, ונגד זרים לא הולנדיים שניסו לסחור עם המקומיים. לדוגמה, כאשר תושבים מאיי באנדה המשיכו למכור אגוז מוסקט לסוחרים אנגלים, ההולנדים הרגו או גירשו את כל האוכלוסייה המקומית, והחליפו אותה במשרתים ובעבדים של החברה שהמשיכו בגידול אגוזי המוסקט.

רמת המעורבות של החברה בפוליטיקה הפנימית של ג'אווה הייתה עמוקה מאוד בתקופה זו, והיא נלחמה במספר מלחמות שמנהיגי מאטאראם ובאנטן (באנטאם) היו מעורבים בהן.

שלטון ממשלת הולנד

שמאל|ממוזער|250px|מפעל תה בג'קרטה בשנות ה-60 של המאה ה-19
לאחר שחברת הודו המזרחית ההולנדית פשטה את הרגל בסוף המאה ה-18 ולאחר שלטון בריטי קצר ימים תחת תומאס סטמפורד ראפלס, מדינת הולנד עצמה לקחה את השליטה באחזקות החברה ב-1816. בשנים 1825 – 1830 התחוללה באי מלחמת ג'אווה שמטרתה העיקרית היה דיכוי מרד. ב-1830 החלה ממשלת הולנד ליישם באזור את מדיניות הטיפוח ששיפרה מאוד את מצבם של ההולנדים ואלה ששיתפו איתם פעולה. מערכת הטיפוח שהוקמה הייתה מונופול ממשלתי והיא בוטלה לאחר 1870 מטעמים של ליברליות.

במהלך השלטון ההולנדי נחתמו מספר אמנות חשובות שעל פיהן נקבעו הגבולות של אינדונזיה המודרנית. אחת מהן הייתה האמנה האנגלו-הולנדית של 1824. אמנה זאת קבעה את הגבול בים בין מאלאיה הבריטית וסינגפור העתידיות ושל הודו המזרחית ההולנדית. הגבול היבשתי באי קאלימאנתאן ובאי סבאטיק נקבע בשנת 1891.

ב-1901 ההולנדים אימצו את מה שהם כינו בשם המדיניות האתית ההולנדית, שכללה השקעות מוגדלות בחינוך של התושבים המקומיים, ורפורמות פוליטיות צנועות. תחת המושל הכללי יוהנס בנדיקטוס ון הוץ הממשלה ההולנדית הרחיבה את השלטון הקולוניאלי הישיר בהודו המזרחית ההולנדית, ובכך הניחה את היסודות לאינדונזיה המודרנית.

תנועות לאומיות ראשונות
ב-1908 קמה התנועה הלאומית הראשונה, בודי אוטומו, ובעקבותיה קמה ב-1912 תנועה לאומית גדולה יותר בשם סרכאת אסלאם גם המוחמדיה קמה ב-1912. לאחר תום מלחמת העולם הראשונה ההולנדים הגיבו לתנועות אלה באמצעות הפעלת אמצעי דיכוי. המנהיגים הלאומניים הגיעו מקבוצה קטנה של סטודנטים ואנשי מקצוע צעירים, שחלקם למדו בהולנד. רובם, כולל סוקרנו, שהפך לנשיא הראשון של אינדונזיה, נאסרו בשל פעילותם הפוליטית.

ב-1914 ההולנדים הגלו את הנק סנאאבליט שייסד את ההתאחדות ההודית הסוציאל-דמוקרטית. על אף שבתחילת דרכה היא הייתה פורום קטן של סוציאליסטים הולנדים, ההתאחדות הפכה בסופו של דבר למפלגה הקומוניסטית האינדונזית.

מלחמת העולם השנייה
שמאל|ממוזער|250px|סוקרנו, מנהיג הלאומניים האינדונזים ונשיאה הראשון של אינדונזיה
במאי 1940, בראשית מלחמת העולם השנייה, הולנד נכבשה על ידי גרמניה הנאצית. הודו המזרחית ההולנדית הוכרזה כמדינה במצור וביולי היא הפנתה את הייצוא שלה מיפן אל ארצות הברית ובריטניה. מספר סבבי משא ומתן שהתקיימו עם היפנים כוונו על מנת להבטיח את אספקת דלק המטוסים קרסו ביוני 1941, והיפנים החלו במסע הכיבוש שלהם בדרום-מזרח אסיה בדצמבר של אותה שנה. באותו חודש עצמו, מספר פלגים מקומיים ביקשו סיוע מהיפנים כדי לחולל הפיכה נגד ממשלת החירום ההולנדית ששלטה באזור. הכוחות ההולנדיים האחרונים הובסו על ידי יפן במרץ 1942.

הכיבוש היפני
במהלך מלחמת העולם השנייה, כאשר הולנד הייתה כבושה על ידי גרמניה הנאצית, פתחה יפן בדצמבר 1941 במערכה של חמש חזיתות נגד ג'אווה ומאגרי דלק המטוסים החיוניים של הודו המזרחית ההולנדית. ביולי 1942, סוקרנו קיבל את הצעתה של יפן לגיוס תמיכה ציבורית במאמץ המלחמתי היפני. סוקרנו ומוחמד האטה קיבלו עיטור מקיסר יפן ב-1943. אולם, אופן הקיום באינדונזיה תחת הכיבוש היפני היה תלוי במקום המגורים ובמעמד החברתי. רוב התושבים שחיו באזורים שנחשבו חיוניים למאמץ המלחמתי סבלו מעינויים, מניצול מיני, ממאסרים שרירותיים שלוו בהוצאות להורג, ומפשעי מלחמה אחרים. אלפי אנשים שנלקחו מאינדונזיה כעובדי כפייה חוו סבל רב או מתו כתוצאה מטיפול גרוע והרעבה. אנשים ממוצא הולנדי וממוצא הולנדי-אינדונזי מעורב "סומנו" על ידי כוחות הכיבוש היפניים.

 מרד PETA בבליתאר 
לקראת 14 בפברואר 1945 שאלו מתכנני המרד את סוקרנו והוא אמר להם ש"צריך להתחשב בתוצאות", והמורדים אכן חשבו שיש להם סיכויים לנצח. ב-14 בפברואר 1945 מרד צבא PETA בשלטון היפני בקרב בליתאר במזרח ג'אוה. היפנים הופתעו תחלה אבל התעשתו ודכאו את המרד ולכדו 78 מהמורדים. הנלכדים נשפטו, 6 או 8 נידונו למות, וחלקם לתקופות מאסר שונות, עד מאסר עולם. אחד מהמורדים, סופריאדי, הוא נעדר מפורסם, שגורלו לא ידוע עד היום.

 ועדת הכנה לעצמאות ביזמה יפנית 
במרץ 1945 ארגנה יפן ועידה אינדונזית בנושא עצמאות לאזור (שנקראה בקיצור BPUPKI). בפגישתה הראשונה במאי, סופומו דיבר על אינטגרציה לאומית וכנגד אינדיבידואליות אישית; לעומתו, מוחמד יאמין הציע שהאומה החדשה תדרוש לקבל לשטחי המדינה שתקום את סאראוואק, ברוניי, סבה, מאלאיה, טימור הפורטוגלית, ואת כל הטריטוריות שלפני המלחמה היו שייכים להודו המזרחית ההולנדית, ואמיר שריפודין דרש לספח לאינדונזיה את כל האי גינאה החדשה והאיים שבסביבתו.

 PANCASILA פאנצ'אסילא: "5 עמודים/עקרונות"
ב-1 ביוני 1945 פרסם סוקרנו את עקרונותיו כבסיס הפילוסופי של אינדונזיה וכבסיס לחוקיה העתידיים:
KETUHANAN YANG MAHA ESA - האלהה של אל עליון אחד.
KEMANUSIAAN YANG ADIL DAN BERADAB - אנושיות צודקת ומתורבתת.
PERSATUAN INDONESIA - אחדות אינדונזיה.
KERAKYATAN YANG DIPIMPIN OLEH HIKMAT KEBIJAKSANAAN DALAM PERMUSYAWARATAN / PERWAKILAN - דמוקרטיה המודרכת על ידי חוכמת-תבונה בהיוועצות / יצוג.
KEADILAN SOSIAL BAGI SELURUH RAKYAT INDONESIA - צדק חברתי בחלקו של כל עם אינדונזיה.

שנים מהעקרונות מצריכים הבהרה:
סוקרנו דרש סובלנות דתית, ואם כביכול קבלת האסלאם, הנצרות ואפילו הבודהיזם כדתות שיסודן באמונה באל אחד מובנת מאליה, ההינדואיזם על שלל 330 מיליון האלים והאלות שבו, היה נזקק להיתר חוקי באינדונזיה כדי שלא תישלל זכותם של ההינדים מבאלי ולומבוק וזולתם באינדונזיה להאמין בדתם. הפתרון היה באשר "בראהמא" נחשב בהינדואיזם לבורא, הוכנס בעבורו ההינדואיזם בכלל של "האלהה של אל עליון אחד". הקונפוציאניזם קיבל היתר בכלל הזה משום שמורהו היה אחד:- קון-פו-טסה, הידוע ללא-סינים בשם קונפוציוס.
בהסבר הרשמי של אינדונזיה לעקרון הרביעי בין ה-5, לפחות עד 1998, הופיע המושג השאול MUFAKAT, שמובנו "הסכמה כללית". המקור האסלאמי של המושג האינדונזי PERMUSYAWARATAN ב"שורא", שבחרה את עות'מאן לח'ליפה באימפריה האסלאמית בשנת 644 לספירה הנוצרית היה בהסכמה כללית של 6 בוחרים שבחרו אחד מהם וחמשת האחרים נתנו לו שבועת אמונים בתקיעת כף. "שורא" זאת הייתה אז יישום של הכתוב בקוראן: وَأَمْرُهُمْ شُورَىٰ بَيْنَهُمْ (סורה 42, אאית 38) "ואמרהם שורא ביניהם"בערבית: הכתיב חסר., שמשמעו: "וענינם היועצות ביניהם", הפכה למהות הדמוקרטיה בעיני המוסלמים ושליטיהם. הדבר היה מושרש באינדונזיה בכל הרמות בעבר. באופן דומה ביותר לזה גם נבחר סוטאן שהריר להיות ראש ממשלתה הראשון בפועל של אינדונזיה ב-14 בנובמבר 1945. סוקרנו ואחריו סוהארטו נצלו את עקרון ה-MUFAKAT לשלטון יחיד, בתואנה שהגופים הבוחרים באינדונזיה MPR ו-DPR קבלו אותם מראש. מתוך ההערצה לסוקרנו כ"מכריז העצמאות", סוקרנו לא נדרש לעמוד לבחירה מול מתחרים, כי לא היו כאלה. סוהארטו אחריו הקצין בניצול השיטה. הוא "תכנת" את שני בתי המג'לס ומפלגתו "גולקאר" הייתה בעלת רוב קבוע בשניהם ובפועל שלט סוהארטו באמצעות קציני צבא. אכן הייתה הסכמה כללית מסביבו, ולא היו לו מתחרים ב-7 מערכות בחירות. גם העובדה ש"יצוג" אינו "דמוקרטיה ישירה" נוצלה בעניין זה. בין הצירים במג'לס הייתה מוסכמה שסוקרנו ואחריו סוהארטו היו הנבחרים. רק אחרי התפטרותו של סוהארטו, כשהחל בחרודין יוסוף חביבי להנהיג דמוקרטיה, הוסבר העיקרון הרביעי שב"פאנצ'אסילא" כ"הסכמת הרוב" ולא כ"הסכמה כללית".

דיונים בעניין תקפותו של חוק כלשהו שנחקק באינדונזיה וכל צעד מכריע, הסתיימו בהכרעה האם החוק או הצעד הנדון תואם ל"פנצ'אסילא", כל זאת בעיני צירי המג'לס. מחוץ למג'לס, תנועות אסלאמיות שמרדו באינדונזיה כמו "דארול אסלאם" ותנועות שזרעו טרור באינדונזיה בשם אל קאעדה ו"דאעש" שללו את הפאנצ'אסילא מכל וכל. לטענתן רק השריעה היא החק התקף ובמסגרתה יש גם יחס אל דתות אחרות ואל מאמיניהן.

 ועדת הכנה לעצמאות ביוזמה אינדונזית 
ב-7 באוגוסט החליפו האינדונזים את הוועדה שהקימו היפנים בוועדה משלהם. הוועדה ניסחה את חוקת 1945.

ב-9 באוגוסט 1945 סוקרנו, האטה, וראדג'ימאן וודיואינינגראט הוטסו על מנת לפגוש את המרשל היסאיצ'י טראוצ'י בדאלאת, ווייטנאם. הם דרשו את שטחי איי הודו המזרחית ההולנדיים, סאראוואק, ברוניי, סבה, טימור המזרחית ועוד. אולם המרשל היפני ענה להם שבסמכותו לתת להם רק את שטחי איי הודו המזרחית ההולנדיים. נאמר להם שיפן מתכוונת להכריז על עצמאותה של אינדונזיה ב-24 באוגוסט. מעבר לזאת כבר לא שלטה יפן בכל השטחים שדרשו האינדונזים, כך שחלק מהדרישות לא היו מעשיות. המשלחת שבה אל אינדונזיה ב-11 באוגוסט, סוקרנו היסס כל זמן שהיפנים לא נכנעו רשמית.

מהפכת הלאומיות באינדונזיה
לאחר שהיפנים נכנעו ב-15 באוגוסט, היה סוקרנו נתון ללחץ כבד מצד ח'ירול צאלח ואחרים. בשעה 4 בבוקר של 17 באוגוסט נודעו החדשות באינדונזיה, שאכן נכנעה יפן. בהמשך הבוקר שאל סוקרנו את הגנרל היפני מאאדה בג'קרטה ולאחר שקיבל ממנו רשות הלך סוקרנו אל ביתו שלו בג'קרטה, והכריז בעצמו בשעה 10 בבוקר, בנוכחות מחמד האתא וקהל מצומצם, על עצמאותה של אינדונזיה. השמועה על הכרזת העצמאות הופצה באמצעות מנשרים ואמצעים נוספים בזמן שצבא המלחמה האינדונזי (PETA), צעירים, ואחרים הביעו תמיכה ברפובליקה החדשה. חלקם אף לקחו את השליטה על משרדים ממשלתיים מידיהם של היפנים.

ב-18 באוגוסט 1945 פרסמו האינדונזים את חוקת 1945, שנודעה בראשי תיבות: UUD '45, ("חוקי יסוד 45'"), החוקה תקפה גם בימינו, לאחר שהוחלפה ב-1950 והושבה לתוקף ב-1959, אם כי לאחר שינויים רבים.

ב-29 באוגוסט החליטה הוועדה שהקימו האינדונזים למנות את סוקרנו לנשיא ואת מוחמד האטה לסגנו, תוך שימוש בחוקה שהיא ניסחה. שמה של הוועדה שונה ל-CNIP (תרגום: הוועדה האינדונזית הלאומית המרכזית) והיא הפכה לממשלה זמנית עד לקיום בחירות. הוועדה הכריזה על הממשלה החדשה ב-31 באוגוסט וקבעה שהרפובליקה של אינדונזיה שהוקמה זה עתה תכלול את כל הטריטוריות של הודו המזרחית ההולנדית, ותורכב משמונה פרובינציות: סומטרה, בורנאו, ג'אווה המערבית, ג'אווה המרכזית, ג'אווה המזרחית, סולאווסי, מאלוקו, וסונדה קצ'יל. ראש הממשלה הראשון בפועל של אינדונזיה היה סוטאן שהריר, והוא החל בתפקידו ב-14 בנובמבר 1945.

בשנים 1945 עד 1949 הכריזו מספר איגודי סחר ימי מאוסטרליה (שתמכה בעצמאותה של אינדונזיה) על חרם כולל על מעבר של משלוחים ימיים הולנדיים באזור אינדונזיה, על מנת למנוע מהרשויות ההולנדיות את הגישה למשאבים שהיו נחוצים להן על מנת להחזיר לעצמן את השליטה על הודו המזרחית ההולנדית. לאחר תבוסתה של יפן במלחמת העולם השנייה, הצבא ההולנדי, בתחילה בגיבוי של הממלכה המאוחדת, ניסה לכבוש מחדש את המושבות לשעבר שהיו בשליטתו לפני המלחמה.

בין 23 באוגוסט 1945 ל-27 בדצמבר 1949, ניהלה הולנד מלחמה שמטרתה הייתה להשיג שליטה מלאה מחדש באזור.

לאחר תום מלחמת העולם השנייה, נוצר ואקום שלטוני באינדונזיה, והלאומנים הצליחו פעמים רבות לתפוס את נשקם של היפנים המובסים. כמו כן, החלה תקופה של מלחמת גרילה עירונית שנקראה ברסיאפ. קבוצות של לאומנים אינדונזיים חמושים בכלי נשק מאולתרים ובכלי נשק מודרניים יותר (כגון רובים) תקפו חיילים שיצאו מהאזור. למעלה מ-3,500 אירופאים נהרגו ו-20,000 נחשבים כנעדרים (ומכאן נובע שבאינדונזיה נהרגו יותר אירופאים לאחר המלחמה מאשר במהלכה).

לאחר שחזרו לג'אווה, כוחות הולנדיים כבשו במהירות את הבירה הקולוניאלית באטאביה (ג'קרטה), כך שהעיר יוגיאקארטה במרכז ג'אווה הפכה לעיר הבירה של כוחות הלאומנים.
המהלכים הראשונים של מלחמת העצמאות האינדונזית
 17 באוגוסט: הכרזת העצמאות מפי סוקרנו.
 18 באוגוסט: היפנים פרקו את PETA ואת HEIHO, מסגרות הגיוס מטעמם. חילים אינדונזיים הקימו את יחידות BERSIAP, במאלאית "להתכונן", שנודעו גם בשם LASKAR "מיליציות". תפקידיהם הראשונים, תפיסת נשק יפני ומשרדי שלטון יפניים. סוקרנו פרסם את חוקת 1945.
 22 באוגוסט: הכוחות היפניים באינדונזיה נכנעו באופן רשמי, אבל רק הפקוד העליון שלהם הסתלק מאינדונזיה. הנותרים הסתבכו במלחמת העצמאות האינדונזית.
 23 באוגוסט: ההולנדים כבשו את סאבאנג באי "וה" מצפון לסומטרה
 8 בספטמבר: בהתאם למינוי הלורד מאונטבאטן, להשיב את המצב לקדמותו בדרום-מזרח אסיה נחתו בריטים לראשונה באינדונזיה, לא ברור היכן. הצבא הבריטי באינדונזיה מנה 30,000 חילים והסתבך גם הוא במלחמת העצמאות האינדונזית, תפקידם הרשמי היה לפרוק את היפנים מנשקם. הבריטים אמרו להולנדים שלא יקבלו אותם בזרועות פתוחות באינדונזיה.

הפיכות בסומטרה ורצח המשורר אמיר המזה ואחרים
ב-22 באוגוסט 1945 מינה סוקרנו את תאוכו מחמד חסן למושל במזרח סומטרה. באוקטובר 1945 נחתו ההולנדים והבריטים באזור מדן. ב-29 באוקטובר 1945 בחר מחמד חסן את המשורר אמיר המזה לנציגו בעיר בינג'אי. אמיר המזה לקח את התפקיד ברצון ועסק במשימות רבות והחל בהקמת אוגדה צבאית. בראשית 1946 נפוצו שמועות שאמיר המזה אכל בחברת נציגים הולנדיים. כאשר נמשך חוסר השקט פרצה ב-3 במרץ 1946 סדרת הפיכות ב-25 מקומות בסומטרה המזרחית, בין היתר כהתקוממות של אכרים נגד העילית המקומית. ב-7 במרץ החלו גם הקומוניסטים לפעול בבינג'אי, אמיר המזה אבד את כח שלטונו ונעצר על ידי קומוניסטים ב-7 במרץ או ב-9 במרץ. אשתו ובתו הצליחו לברוח. גורל משפחתו של מחמד חסן לא היה טוב יותר, כי בנותיו נאנסו, אף על פי שהוא ניצל. הלכודים הועברו לכואלא בגומית מטע שנשלט על ידי קומוניסטים ונשפטו ב"אשמת" היותם "פאודלים ובורגנים", ועונו. ב-16 או ב-20 במרץ 1946, הוכרחו אמיר המזה ו-26 אנשים נוספים לכרות קבר לעצמם ונטבחו ונקברו שם. המרד דוכא במהלך שנת 1947.

תקרית 3 ביולי 1946
ב-3 ביולי 1946 נעשה ניסיון תפיסת שלטון שכוון נגד ממשלתו השנייה של סוטאן שהריר. קבוצת אנשים בהנהגת הסוציאליסט תאן מאלאכא הגישו לסוקרנו "מודעה" בת 4 סעיפים:

א. הנשיא יפסיק את כהונת "קבינט שהריר השני". ב. הנשיא ימסור את ההנהגה הפוליטית, החברתית והכלכלית ל"לשכת הדרכה פוליטית". ג: הנשיא ימנה 10 חברי ה"לשכת ההדרכה הפוליטית" בנשיאות תאן מאלאכא, וחבריה: מחמד ימין, ח'ירול צאלח, אחמד סובארג'ו, בונתאראן מארתואמודג'ו, בודיארתו מארתואמודג'ו, סוקארנישמו Sukarni נזכר בחקר היסטורי זה (באינדונזית), תרגום כותרתו: "אירוע / תקרית 3 יולי 1946": https://esi.kemdikbud.go.id/wiki/Peristiwa_Tiga_Juli_1946 עם חלק מהנזכרים במודעה, ככתוב: Di antara orang-orang, משמעות: "בין האנשים", חלקם נזכרים בערך., סודירו, גאתות, איוא כוסומא סומאנתרי. ד. הנשיא ימנה 13 שרי-מדינה שפורטו שמותיהם במודעה.

סוקרנו לא קיבל את ה"מודעה" והורה לעצור את שולחיה. 14 אנשים נחשדו בדבר. הם הועמדו בפני בית משפט צבאי עליון, מהם שוחררו 7 אנשים, 5 אנשים נשפטו למאסר שנתיים עד 3 שנים, 2 אנשים: סודארסונו ומחמד ימין נדונו ל-4 שנות מאסר. ב-17 באוגוסט 1948 שוחררו כל אסירי תקרית 3 ביולי 1946 לאחר שקיבלו חנינה מסוקרנו. יותר מאוחר לקח תאן מאלאכא חלק במרד הקומוניסטי במאדיון, ובעקבות זאת נשנא על ידי הצבא ונרדף עד מוות. ב-21 בפברואר 1949 נלכד על ידי הצבא בפטוק שבנפת קדירי באי ג'אוה והוצא להורג ביריה במקום. למרות זאת, ב-28 במרץ 1963 הוכרז תאן מאלאכא על ידי סוקרנו כגיבור לאומי, וב-21 בפברואר 2017 נערכה לו לוויה סמלית.

תקרית מאדיון: המרד הקומוניסטי בשנת 1948

במאי 1948 שב מוסו, מנהיג המפלגה הקומוניסטית האינדונזית, PKI, מגלות במוסקבה שם התגורר במשך 20 שנה מאז שנת 1928, שנה לאחר דכוי המרד הקומוניסטי נגד שלטון הולנד. יחד עמו שב אל אינדונזיה סוריפנו, ציר אינדונזיה בפראג.

ב-21 ביולי נערכה פגישה סודית במלון "הוישה האנשה" בסאראנגאן ליד מאדיון, בה נכחו סוקרנו, מחמד האטא, שר הפנים סוכימאן ויריוסאנג'ויו, מחמד רום ממפלגת "מאשומי" ("מועצת השורא המוסלמית האינדונזית"), וראש המשטרה סוכאנתו צ'וקרודיאתמודג'ו, ומצד ארצות הברית נכחו ג'רלד הופקינס, ומרלה קוצ'ראן. בפגישה הסכימה ממשלת הרפובליקה האינדונזית להרוס את "הכנופיות האדומות". נסע סוכאנתו לארצות הברית בעזרת ארתורו קאמפבל נספח בקונסולית ארצות הברית בג'קרטה, כדי לחפש עזרה למשטרת הרפובליקה האינדונזית. ג'קרטה הייתה אז כבושה בידי ההולנדים, וארתורו קאמפבל, שתפקידו היה נספח, עבד לאמתו של דבר עבור ה-CIA.

ב-11 באוגוסט מיהר מוסו להגיע אל יוגיאקרתה וקבל את הנהגת PKI שוב, ללא שהיות. חברו אליו מנהיגי המפלגות הסוציאליסטיות, וקבוצת הדיונים "פאתוק" (קרי: פאתוא').

בזמן ההוא נפוצו חטיפות ורציחות. בין החטופים בעיר מאדיון ובסביבתה באי ג'אוה, היו קציני צבא, קציני משטרה, מנהיגי דת, מורים בבית הספר האסלאמי, שכולם נרצחו. ב-10 בספטמבר 1948, הוטמן מארב ל-2 מכוניות: האחת של מושל מחוז ג'אוא המזרחית, ר.מ. סוריו והשנייה בה נסעו 2 קציני משטרה בכאדונגגאלאר, ג'אוא המזרחית. האורבים היו המון תומכי PKI. נרצחו שלושת נוסעי המכוניות. נרצח נוסף היה דוקטור מורואדי שעבד בבית חולים בסולו הקרויה גם סוראקארתה, והתנגד לפעולות כנופיות השמאל. נרצח גם הקולונל מארהאדי. ההאשמות במעשי הרצח נזרקו מכל הצדדים ונרצחו גם מודיעי החדשות.

כנופיות השמאל האשימו את הדרגים הגבוהים בממשלת הרפובליקה האינדונזית, כולל את סגן הנשיא, מחמד האטא, כמי שמושפע מארצות הברית לרסק את PKI, בלכתו אחר תאורית הדומינו של נשיא ארצות הברית הארי טרומן. לא הייתה את המעורבות הזרה היחידה בתקרית מאדיון. הולנד הציעה עזרתה לממשלת אינדונזיה, בחיסול המרד. ממשלת אינדונזיה סרבה לקבל עזרה. מפקדי צבא אינדונזיה חשבו שהולנד תמהר להפיק תועלת מהמצב כדי לבצע מתקפה כוללת נגד הכוחות המזוינים של הרפובליקה האינדונזית. אמיר שריפודין האראהפ, שהיה ממנהיגי השמאל, הואשם על ידי אנשי שמאל אחרים, תוך כדי בניית כוחותיו כדי להתמודד מול ממשלת אינדונזיה, בכך שנטה לצדד בארצות הברית ולא בברית המועצות.

ב-15 בספטמבר פרץ הסכסוך המזוין: הותקפו הכוחות שתמכו במוסו, מ-2 כוונים, ממערב על ידי כוחות אוגדה 2 בפיקוד גאתות סוברותו שדרגתו אז הייתה מקבילה לאלוף-משנה ותפקידו אז היה המושל הצבאי של אזור סמאראנג עד סוראקארתה יחד עם כוחות דיויזית "סיליואנגי", וממזרח על ידי אוגדה 1, בפיקוד אלוף-משנה סונגכונו, וכוחות "החטיבה הממונעת הגדולה" בפקוד מ. יאסין.

ב-18 בספטמבר הודיע סומארסוסו איש מפלגת "פסינדו" בשידור רדיו בעיר מאדיון, על אודות יצירת "ממשלת חזית לאומית של נפת מאדיון". אחר כך כנה סומארסוסו את ה"ממשלה" החדשה, בשם "החזית הלאומית המחוזית" FND, ראשי תבות של FRONT NASIONAL DAERAH שאמר סומארסוסו שנוצרה FND כ"התנגדות מול איומים מהממשלה המרכזית."

ב-19 בספטמבר שידר הרדיו הממשלתי האינדונזי אל כל עם אינדונזיה את זעקת סוקרנו: "לבחור: מוסו או סוקרנו - האטא". הסכסוך המזוין ההוא נקרא בזמן ההוא באנגלית בשם Madiun Affairs ובזמן "הסדר החדש" בתקופת סוהארטו נודע כ"מרד PKI". סונגכונו מונה למושל הצבאי של ג'אוא המזרחית. ב-30 בספטמבר הגיעו הכוחות הנאמנים לממשלת סוקרנו אל העיר מדיון ממערב וממזרח, השתלטו עליה ונפגשו במלון MERDEKA (במלאית: "עצמאות"). הנהגת כנופיות השמאל וכמה כוחות שתמכו בה, ניתקו מגע ונמלטו לכמה כיוונים.

ב-31 באוקטובר חוסל מוסו על ידי הצבא. עד סוף נובמבר נהרגו או נלכדו כל כוחות תומכי מוסו. ב-20 בדצמבר הוצאו להורג 11 מנהיגי כנופיות השמאל, כולל אמיר שריפודין האראהאפ לשעבר ראש ממשלת הרפובליקה האינדונזית, במקאם נגאליהאן על פי הוראת גאתות סוברותו. בין המוצאים להורג היו 4 אנשים מבין 5, שהואשמו במעורבות ב"תקרית מאדיון". האיש החמישי שהואשם במעורבות בתקרית מאדיון היה סוטאן שהריר לשעבר ראש ממשלת אינדונזיה, שנחון על ידי סוקרנו שאז היה מיודד עמו.

ההסכמים שהופרו
ממוזער|מפת קו ואן מוק שצורפה ל"הסכם רנביל" וחילקה את האי ג'אווה
מספר סבבי משא ומתן שהתקיימו בין הלאומנים להולנדים הובילו לכריתת שתי בריתות חשובות, הראשונה "לינגגארג'אתי" שנחתמה פעמים, ב-15 בנובמבר 1946 וב-25 במרץ 1947. אולם מחלוקות על היישום שלה, והרבה פרובוקציות הדדיות, הובילו כל פעם לעימות מחודש, כאשר יזם המושל ההולנדי ואן מוק "פעולת משטרה" ב-20 ביולי 1947, לרדיפת מנהיגי האינדונזים. ההסכם השני שבא להפסיק את "פעולת המשטרה" ההולנדית היה "הסכם רנביל" מיום 17 בינואר 1948 שנחתם באניה אמריקנית בשם זה, שעגנה בנמל תאנג'ונג פריוק בג'קרטה. המפה שצורפה להסכם חלקה את האי ג'אווה ל-4 חלקים ממערב למזרח, בשניים מהם אמורה הייתה הולנד לשלוט ובשנים מהם הייתה אמורה אינדונזיה לשלוט, לפי קווי הפסקת האש של אז. המפה נקראה בשם "קו ואן מוק" על שם המושל ההולנדי בג'קרטה. ההסכם היה בלתי ישים בעליל. מה עוד שההולנדים נצלו את המאבק הפנים אינדונזי אחרי תקרית מאדיון, והחלו ב-18 בדצמבר 1948 ב"פעולת משטרה" שנייה. סוקרנו שלח את שאפרודין פראויראנגארא כ"ראש ממשלה" אל סומטרה ב-18 בדצמבר 1948, יום לפני שנפל סוקרנו בשבי עם מחמד האתא, ואגוס סלים, וההולנדים כבשו עד סמוך ל-26 בינואר 1949 את כל ג'אווה, ואת רוב סומטרה, והשלימו השתלטות על 97% משטח אינדונזיה פרט למחוז אצ'ה, שבו נבלמה המתקפה בקרב לאנגסא ב-28 בינואר. אולם מחתרת הגרילה, שהובלה בג'אווה על ידי הרמטכ"ל סודירמאן ועבדול האריס נאסותיון התמידה בהתנגדותה. סוהארטו תרם את חלקו, כאשר בבוקר 1 במרץ 1949 שחרר ב"מתקפה כוללת" כלשון האינדונזים את יוגיאקארתה החל מסביבות השעה 6:00 והחזיק בה 6 שעות לפני שנהדף משם על ידי ההולנדים בדיוק בשעה 12:00 באותו יום. סוהארטו שובח בספר שהזכיר את המתקפה כמי שעמד לכל ארכה בחזית. מחיר המבצע היה 300 חיילים ו-53 שוטרים אינדונזיים שנהרגו, 6 הולנדים שנהרגו ו-14 הולנדים שנפצעו. הסכם נוסף היה בין מחמד רום האינדונזי וואן רויין ההולנדי שנחתם ב-7 במאי 1949. הוא גרר את שחרור סוקרנו ביוגיאקארתה ב-6 ביולי ושוחררו גם שאר הגולים, אולם הלחימה נמשכה תחת לחץ בין לאומי הולך וגובר. כאשר נראתה הפסקת אש באופק, ביקש מפקד אינדונזי בשם סלאמת ריאדי לשפר את עמדותיו בסוראקארתה, ב-7 באוגוסט הוא הצליח לזמן מתקפה מבחוץ על ההולנדים שבעיר, בתאום עם סוהארטו וגאתות סוברותו וכוחותיהם, והללו נפגשו עם כוחותיו שבתוך העיר. האינדונזים טענו שניצחו בקרב הזה מבחינה צבאית כי השיגו את יעדיהם בשטח, נהרגו בו 7 חיילים הולנדיים, 6 חיילים אינדונזיים, ונשבו 3 חיילים הולנדיים, אולם 205 אזרחים אינדונזיים נרצחו בסוראקארתה ביום 11 באוגוסט, על ידי יחידת הכומתות הירוקות של ההולנדים, ומה שקראו האינדונזים בשם ניצחון היה "ניצחון פירוס". מפקד הכומתות הירוקות של ההולנדים היה משנואי נפשם של האינדונזים. הוא היה אחראי לרצח 3,000 מהם גם באי סולאווסי, ולכן היה מבוקש באינדונזיה, אולם זמן קצר לאחר סוף המלחמה הצליחה שגרירות הולנד בעזרת האמריקנים להבריחו מאינדונזיה. הפסקת האש באי ג'אווה הייתה אמורה להיכנס לתוקף בחצות הלילה שבין 10 ל-11 באוגוסט. הקורבן האחרון מבין 6 החיילים האינדונזיים שנהרגו היה סאנתו כאשר הוא וחברו כוסנאן הותקפו על ידי ההולנדים ב-11 באוגוסט בשעה 4 בבוקר. כוסנאן היה הפצוע האחרון מבין חיילי אינדונזיה בקרב הזה. טבח 205 האזרחים היה הפרה נוספת של הפסקת האש מצד ההולנדים. הפסקת האש נוצרה בג'אווה ב-12 באוגוסט ובסומטרה פסקה האש ב-15 באוגוסט. לאחר הפסקת האש חשב מישהו מהמפקדים ההולנדיים ב-24 באוגוסט ליזום "פעולת משטרה" שלישית, כאשר האשים את האינדונזים בהפרת הפסקת האש, אבל המושל ההולנדי האחרון, מחליפו של ואן מוק, הניא אותו מן הרעיון, כאשר ב-23 באוגוסט, התכנסה ועידת השולחן העגול בהאג, בדיוק 4 שנים אחרי שכבשו ההולנדים את סאבאנג ב-23 באוגוסט 1945.

כארתוסווירג'ו ו"דארול אסלאם"
תומכי "דארול אסלאם" התגבשו כבר מאז 1942 בימי הכבוש היפני. כאשר היה סוקרנו בשבי ההולנדים, מאז 19 בדצמבר 1948 עד 6 ביולי 1949 האשימוהו קנאי האסלאם שהוא "נהנה" בבאנגקא, האי בו נכלא, בזמן שהעם האינדונזי ממשיך לסבול.

ב-7 באוגוסט 1949 הכריז סכארמאג'י מאריג'אן כארתוסווירג'ו על הקמת "המדינה המוסלמית האינדונזית" שנקראה גם "דארול אסלאם", מתוך אכזבה מהעובדה שממשלת אינדונזיה אינה ממשלה אסלאמית, חוקיה שאינם חוקי השריעה הם לטענתו "חוקי כפירה", משום שלטענתו השריעה היא החוק התקף היחיד. גם מניע פוליטי ומדיני על רקע הסכם "רנביל" הנזכר למעלה, היה המניע למקום פעולתו הראשון, מחוז ג'אווה המערבית מחוץ לג'קרטה. העילה המידית הייתה אזורית: בהסכם רנביל ויתרה אינדונזיה על השליטה באזור מערב ג'אווה להולנדים. מרד "דארול אסלאם" זה היה הראשון מבין 4 שצצו באינדונזיה מתוך הסתמכות על אותו רעיון, וכארתוסווירג'ו היה עתיד למצוא תומכים חדשים.

אינדונזי שהיה בתפקיד מטעם האינדונזים בזמן הקמת "המדינה המוסלמית האינדונזית" במחוז מערב ג'אוה היה RAA WIRANATAKUSUMA, כ"ראש ממשלת מדינת פאסונדאן" אחד מהגורמים שנועדו להיות חלק מ"ארצות הברית של אינדונזיה", והוא היה הראשון מטעם האינדונזים שנדרש לסכל את המרד. גם ההולנדים שתפו עמו פעולה באזורים שמדרום לג'קרטה.

"דארול אסלאם" הנפיקה ב-4 התגלמויותיה השונות, 10 שטרות כסף כולם נדירים ביותר.

גם הסכם השלחן העגול וביצועו והעצמאות לא מנעו מכארתוסווירג'ו להמשיך למרוד בשם "דארול אסלאם". כנופייתו, "צבא המדינה המוסלמית האינדונזית", ירדה למחתרת.

מחיר המלחמה
לא ידוע מניין ההרוגים המדויק, ובמקורות שונים מופיעים נתונים שאינם אחידים. על פי רוב ההיסטוריונים, מניין ההרוגים במלחמה היה: 3,500 עד 5,500 חיילים הולנדיים, 45,000 עד 100,000 חיילים אינדונזיים, 100,000 אזרחים אינדונזיים, לפחות 1,297 חיילים יפניים ו-1,200 חיילים בריטיים. 7 מיליון בני אדם איבדו את בתיהם. האיים ג'אווה, סומטרה, מאדורא וסולאווסי ספגו את רב נזקי הלחימה.

סוף המלחמה
ב-23 באוגוסט החלה ועידת השולחן העגול בהאג שבהולנד. ב-24 באוקטובר הסכימה משלחת אינדונזיה לנטול על עצמה את החוב ההולנדי, חובה של ממשלת "הודו ההולנדית" בסביבות 4.3 מיליארד גילדר הוועידה הניבה הסכם ב-2 בנובמבר, שעקריו היו הפיכת אינדונזיה ל"ארצות הברית של אינדונזיה"כפדרציה המורכבת מ-16 מדינות, שתהיה ב"איחוד" עם הולנד, ותועבר הרבונות עד 30 בדצמבר. בעיית גינאה החדשה ההולנדית המחוז האוקיאני של איי הודו המזרחיים ההולנדיים הייתה אמורה להפתר על פי ההסכם במשא ומתן עד שנה לאחר ביצועו. למרות חוסר שביעות הרצון מצד האינדונזים בעניין החוב ההולנדי ואי מלוי תביעתם בעניין "איריאן המערבית" אישרה אינדונזיה את ההסכם ב-14 בדצמבר, וב-21 בדצמבר אשרו שני בתי הפרלמנט ההולנדי את הסכם. ב-27 בדצמבר 1949, לאחר ארבע שנים של מלחמה לא סדירה וביקורת חריפה שההולנדים ספגו מהאו"ם ומארצות הברית, איימה להפסיק את הזרמת הכספים לממלכה במסגרת תוכנית מרשל. המלכה יוליאנה הכירה בריבונותה של הממשלה האינדונזית הפדרלית. ב-1950 אינדונזיה הפכה לחברה ה-60 באו"ם. רק ב-17 באוגוסט 2005 הכירה ממשלת הולנד ב-1945 כשנת העצמאות של אינדונזיה.

תקופת העצמאות

זמן קצר לאחר שהמאבקים מול הולנד הסתיימו ב-1949, החלה אינדונזיה לשנות את המבנה הפדרטיבי בן 16 המדינות שיצר הסכם האג. אינדונזיה חולקה ל-8 מחוזות והממשלה הפכה לריכוזית, כאשר רוב האזרחים קבלו צעד זה בברכה, אבל לא כולם.
 החוב ההולנדי שהתחייבה אינדונזיה לשלמו והכסף של RIS 
אינדונזיה שילמה בסביבות 4 מיליארד גולדן בשנים 1950–1956 אבל אחרי כן פסקה לשלם ולא שלמה את השארית. בשנת 1957 דאגה אינדונזיה לפצות את עצמה בכך שהלאימה את רכוש הולנד בשטחה, כאשר הסכסוך הבלתי פתור אודות "איריאן המערבית" משמש לה תירוץ לפעולתה.

ממשלת "ארצות הברית של אינדונזיה" הנפיקה שטרות של 1, 5, 10 ו-100 רופיות.

מרד באיי מאלוקו הדרומיים
לא הכל קיבלו את העצמאות של אינדונזיה המאוחדת כמות שהיא: ב-25 באפריל 1950 הכריז כריסטיאן רוברט סטיבן סואומוכיל התובע הראשי ב"מדינת אינדונזיה המזרחית" שנקראה: NEGARA INDONESIA TIMUR, ראשי תבות NIT, על הקמת "רפובליקת מאלוקו הדרומית", REPUBLIK MALUKU SELATAN בראשי תבות RMS. ב-25 באפריל הוא היה שר החוץ שלה, וב-3 במאי 1950 היה לנשיאה. תומכיו וחיילי צבא המורדים היו חיילי KNIL לשעבר, שנותרו נאמנים להולנד, ועדיין לא שחררו רשמית משירותה, אף על פי שחיו באינדונזיה העצמאית. סיבת פריצת המרד הייתה כנראה דתית: הוא היה נוצרי, כמו מחצית תושבי איי מאלוקו, וסואומוכיל הנהיג את המרד, אף על פי שנולד באי ג'אווה כאשר תומכי המרד התנגדו להיות חלק מרפובליקה שנשלטת על ידי שלטון שבסיסו ג'אואני ואסלאמי. הלחימה התנהלה בעיקר באיים סראם, אמבון ובורו ועד נובמבר 1950 הצליחה ממשלת אינדונזיה לדכא את מרבית המורדים. גם בשנת 1951 היו חיילי KNIL לשעבר תושבי מאלוקו באופן רשמי לא משוחררים מחובת שרותם את ההולנדים. ממשלת הולנד העבירה בסביבות 12,500 בני אדם להולנד, ושיכנה אותם במחנות, אבל לא נותר עבורם מקום לשוב אליו במאלוקו. סואומוכיל עצמו המשיך להילחם גם במשך שנים לאחר מכן: הלחימה באי סראם נמשכה עד דצמבר 1963. סואומוכיל נלכד ובאפריל 1964 הועמד למשפט ונידון למוות. גזר הדין בוצע על ידי כיתת-יורים ב-12 באפריל 1966. בשנת 1966 הוקמה בהולנד ממשלה גולה עבור "רפובליקת מאלוקו הדרומית", אשר קיימת עד היום. בשנים 1970 עד 1978 ביצעו תומכיה סדרת פעולות טרור בהולנד. בשנת 1978 הגיעה ועדת חקירה שהקימו ההולנדים למסקנה כי מעולם לא הבטיחה הולנד עצמאות נפרדת מזו של אינדונזיה, לאיי מאלוקו הדרומיים. בשנת 1989 קלטה אינדונזיה 300 מגולי מאלוקו שחיו בהולנד שבקשו לשוב לאיי מאלוקו כדי "למות תחת עץ הדקל שלי". סוהארטו ראה בקליטתם מעשה חסד. אספני בולים נתקלים מדי פעם בבולים משולשים הנושאים את ראשי התבות RMS בשם REPUBLIK MALUKU SELATAN. "רפובליקת מאלוקו הדרומית" הדפיסה "חותמת משנה" REPUBLIK MALUKU SELATAN על שטרות ישנים של איי הודו המזרחיים ההולנדיים.

 קליטת מהגרים ששבו אל אינדונזיה מסורינאם באי סומטרה
בשנת 1953 הוביל סאליכין הארג'ו קבוצה של 300 משפחות, 1200 בני אדם, בעברם מתוך 32,965 מהגרי-עבודה מהאי ג'אווה לסורינאם מהשנים 1890 עד 1939, לשוב אל אינדונזיה, מסורינאם שהייתה תחת שלטון הולנדי. הם בקשו להתגורר בג'אווה או במחוז למפונג הדרומי ביותר בסומטרה. ממשלת אינדונזיה אשרה להם להקים ישוב חדש: תונגאר, הנקרא גם "דסא לינכין בארו", צפונה-מזרחה מהעיר פאדאנג, במחוז מערב סומטרה. השבים נטמעו מהר בין אנשי מינאנגקבאו הגרים שם, נפוצו נשואין בין השבים לוותיקים, אף על פי ש-1,200 השבים היו ברובם נוצרים ואנשי מינאנגקבאו ברובם מוסלמים.

בשנת 1954 שבו 8684 אינדונזים מסורינאם אל אינדונזיה.

 דאוד באוראוה ומרד "דארול אסלאם" באצ'ה 
דאוד באוראוה היה מושל מטעם סוקרנו באצ'ה בשנים 1945 עד 1953. הוא היה בעל השכלה אסלאמית והתאכזב מן העובדה ששילוב אצ'ה כחלק ממחוז "צפון סומטרה" ספח אל המחוז גם מעוט נוצרי נכר מבין אנשי הבאטאק, בסביבות אגם טובה. ב-20 בספטמבר 1953 הוא הוביל מרד נגד ממשלת אינדונזיה, בהכריזו על עצמו כחלק מה"המדינה האסלאמית האינדונזית" (NEGARA ISLAM INDONESIA) או בשמה האחר "דארול אסלאם".זאת הייתה ההתפרצות השנייה מבין 4 של מרידות "דארול אסלאם" באינדונזיה. בשנת 1959 הצליחה ממשלת אינדונזיה לעשות שלום עם רוב המורדים באצ'ה בהבטיחה בשנת 1959 מעמד של מחוז מיוחד באצ'ה שבו תהיה השריעה האסלאמית מערכת חוקים מוכרת, אבל צבאה נאלץ לרדוף כמה ממנהיגי המורדים עד 1962 או 1963. דאוד באוראוה יצא ממחבואו רק לאחר שהובטחה לו חנינה.

 PRRI - "הממשלה המהפכנית של הרפובליקה האינדונזית" 
 הרקע 
קצינים מסוימים בצבא אינדונזיה לא אהבו את העובדה שהבחירות הכלליות שנערכו שם בשני שלבים ב-29 בספטמבר 1955 וב-15 בדצמבר 1955, לא שנו את המצב הבסיסי באינדונזיה: סוקרנו נותר נשיא ובמג'לס ישבו שפע מפלגות, ולדעת אותם קצינים, המצב הכלכלי האומלל של מרבית העם האינדונזי נבע מכך שהממשלה המרכזית השקיעה יותר מדי באי ג'אווה ופחות מדי במה שזרים קראו בשם: "האיים החצוניים" זולת האי ג'אווה. קציני צבא אלה החלו להבריח קופרה ומוצרים אחרים כדי לשפר את מצבם הכלכלי. אחרי ההברחות באו דרישות לאוטונומיה רחבה יותר במובן הכלכלי והפוליטי. אחרי שלא נענו הדרישות, החלו קצינים להשתלט על השלטון המקומי בסדרה של הפיכות ללא שפיכות דמים, ולהקים מערכות שלטון חלופיות. באי סומטרה נכללו המורדים ב-3 מערכות:
מועצת (ה)באנתנג - בסומטרה המרכזית - החל מ-20 בדצמבר 1956 - בהנהגת לוטננט-קולונל אחמד חוסין, מפקד הגדוד ה-4 המחוזי בסומטרה, שהחל להשתלט על הממשלה המקומית בסומטרה המרכזית.
מועצת (ה)פיל - בסומטרה המזרחית - החל מ-22 בדצמבר 1956 - בהנהגת קולונל מאלודין סימבולון, מפקד הצבא האזורי באי סומטרה, שהחל להשתלט על הממשלה המקומית בסומטרה המזרחית, ונתק כל קשר עם הממשלה המרכזית.
מועצת (ה)גארודא - בסומטרה הדרומית - החל מ-15 בינואר 1957 - בהנהגת לוטננט-קולונל ברליאן, שהחל להשתלט על הממשלה המקומית בסומטרה הדרומית.
חשוב להזכיר שאמר המושל רוסלאן, שמסר את השלטון לאחמד חוסין: "למועצת הבאנתנג בפרט ועם סומטרה המרכזית בכלל, אין רצון לבנות מדינה בתוך מדינה, מפני שהיחסים בין הממשל האזורי והממשלה המרכזית של הרפובליקה האינדונזית, לבטח ישובו לתקנם כאשר יש ממשלה שיכולה להעלים כל תחושות מבוכה, מתח וחוסר שביעות רצון שמאיימים על הביטחון של המדינה האינדונזית והעם."

 האולטימטום 
5 ימים לפני 15 בפברואר 1958 הציב אחמד חוסין אולטימטום לממשלה המרכזית בשלוש דרישות:
תשיב ממשלת ג'ואנדא קרתאויג'איא את ה"מנדט".
יקימו מחמד האתא וסולטאן יוגיאקארתה, המנגקובואונו ה-9, ממשלה עד לבחירות עתידיות.
ישוב סוקרנו אל מעמדו החוקתי.
הוצב האולטימטום לנשיא סוקרנו למשך 5 כפול 24 שעות, ונדחה על ידי הממשלה המרכזית, מה עוד שפוטרו אחמד חוסין וחבריו מכוחות היבשה של צבא אינדונזיה. ב-15 בפברואר פרסם אחמד חוסין בעיר פאדאנג את יסוד "הממשלה המהפכנית של הרפובליקה האינדונזית", או PRRI (במאלאית/אינדונזית: Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia).

 ממשלת PRRI - אתגריה וכישלונה 

ממשלת PRRI הורכבה מ-11 או 12 שרים ובראשה עמד שאפרודין פראויראנגארא. במטרה להראות שהיא אחראית גם לתקינות המסחר, ממשלת PRRI הנפיקה סדרת 7 שטרות כסף. הבעיה שהייתה לממשלת PRRI מראש הייתה שבין קצינים שתמכו בה היו חלקם שלא חשבו להקצין עד כדי כך שתקום באינדונזיה ממשלה שנייה, שתפריד בפועל את סומטרה משאר המדינה, והמחלוקת הייתה גם מצד קצינים ב"מועצת (ה)גארודא" הנזכרת למעלה ואפילו בתוך "מועצת (ה)באנתנג" שעמד בראשה אחמד חוסין. כל זאת לפני שיוזכר שהממשלה המרכזית של אינדונזיה, שסבלה את המרדנות במשך שנה קודם ליסוד ממשלת PRRI, החלה להגיב באמצעות הצבא הנאמן לה, וגם להפציץ תשתיות בסומטרה. התברר שאף על פי שמספר משרי ממשלת PRRI היו קציני צבא לפני שפוטרו, הקצינים הנאמנים לממשלה המרכזית, כמו אחמד יאני שהיה אז קולונל ועבדול האריס נאסותיון היו יותר מנוסים מהם. ב-12 במרץ 1958 נחל צבא אינדונזיה ניצחון מהיר בפקאנבארו שם מנע מתומכי PRRI לפוצץ מתקני הפקת נפט. עד מאי 1958 היה יתרון צבא אינדונזיה נכר בהצלחה באי סומטרה. ערכה הממשלה המרכזית 4 מבצעים צבאיים, בפקודם של אחמד יאני ואיבנו סותוו. צרותיה של ממשלת PPRI נחשפו גם כאשר נתפש נשק אמריקאי בידי הצבא הנאמן לממשלה המרכזית. צבא אינדונזיה הורגל קודם לכן בציוד צבאי סובייטי. כאשר התרחבה הלחימה גם לאיים נוספים כמו סולאווסי ומאלוקו והמורדים התקראו בשם חדש: פרמסטה ונחשפה לעין כל מעורבות ה-CIA בתמיכה במורדים, עם לכידת אלאן לורנס פופ, ב-18 במאי 1958, ואחריה שבה ארצות הברית לתמוך בממשלת סוקרנו. קבוצות קטנות של חילים תומכי PRRI החלו להיכנע באפריל 1961. רוב תומכי PRRI נכנעו במאי, אחמד חוסין נכנע ב-29 במאי, ואחרון הנכנעים היה נציר, ב-28 בספטמבר 1961.

 תוצאות מרד PRRI 
הנזק החמור ביותר שנגרם לחלקם של תושבי סומטרה נפל על שבט מיננגקבאו. הדבר התבטא בהגירה המונית מביניהם אל ג'קרטה. לפני מרד PRRI הוערך מספר בני מיננגקבאו בעיר הבירה האינדונזית במאה אלף. בשנת 1971 נאמד מספרם של בני מיננגקאבאו בעיר בחצי מיליון. האינדונזים טוענים שמקור ההגירה היה פסיכולוגי. המהגרים לא רצו להראות כ"מורדים", באשר מרכזם העירוני פאדאנג שמש כמושב ממשלת PRRI. זאת אחרי שבזמן השלטון ההולנדי העזו בני מיננגקאבאו להילחם בהולנדים במלחמת פאדרי. המעורבים במרד PRRI שנותרו בחיים עד היום מתמידים לסרב שיתייחסו אליהם כאל מורדים.

מרד PRRI גם שינה את התנהגותו של סוקרנו וגורל ממשלתו. סוקרנו השיב בשנת 1959 את חוקת 1945 לתוקפה, אבל התעלם מביזור הסמכויות שיש בה, בהם תפקידי סגן נשיא וראש ממשלה. כאשר הקים סוקרנו את "ממשלת הדמוקרטיה המודרכת" בשנת 1959 היא הורכבה מאנשים שהיו נאמנים לו, בהם שר החוץ .

מרד PRRI היה מהגורמים לעובדה שהעדיפה אינדונזיה לקנות נשק סובייטי גם בשנת 1962 בעסקה בזמן מבצע תריכורא.

חוקה חדשה
תפקידו של האסלאם באינדונזיה הפך לנושא שנוי במחלוקת. סוקרנו הגן על הרעיון של מדינה חילונית שתהיה מבוססת על פאנצ'אסילא, בעוד שמספר קבוצות מוסלמיות העדיפו מדינה אסלאמית או חוקה שתכלול תנאי מקדים שמוסלמים יהיו כפופים לחוקי השריעה.

המרד במאלוקו היה אחד מן הגורמים לכך שב-17 באוגוסט 1950 נתנה חוקה חדשה באינדונזיה חוקה חדשה שתהווה בסיס למערכת פרלמנטרית של ממשלה שבה הרשות המבצעת נבחרת על ידי ואחראית כלפי הפרלמנט האינדונזי. המושבים בפרלמנט חולקו בין מפלגות פוליטיות רבות לפני ואחרי הבחירות הראשונות שהתקיימו ברחבי המדינה ב-1955, והיה קשה להקים קואליציה יציבה שתתמוך בממשלה.

המערכת הפרלמנטרית באינדונזיה החלה להיחלש בעקבות מרד PRRI בסומטרה, וספיחיו בסולאווסי, ג'אווה המערבית, ואיים אחרים, בנוסף על הכישלון של אספת החוקה של אינדונזיה לנסח חוקה חדשה, מה שגרר גם את התפטרות מחמד האתא מתפקיד סגן נשיא אינדונזיה ב-1 בדצמבר 1956. כתוצאה מכך, ב-1959, כאשר החליט הנשיא סוקרנו על דעת עצמו לתת תוקף לחוקת 1945, שנתנה לנשיא המדינה סמכויות ביצועיות רחבות ביותר, הוא נתקל בהתנגדות מעטה בלבד.

דמוקרטיה מודרכת
שמאל|ממוזער|250px|הסמל של אינדונזיה, כפי שנקבע ב-1950
בין השנים 1959 עד 1965 החיל הנשיא סוקרנו על המדינה משטר אוטוריטרי שכונה "דמוקרטיה מודרכת". כמו כן, הוא שינה את מדיניות החוץ של אינדונזיה כך שהיא הפכה למדינה בלתי מזדהה. מדיניות זו זכתה לתמיכתם של מנהיגים בולטים אחרים של מושבות לשעבר שדחו בריתות רשמיות עם הגוש המערבי או הגוש הסובייטי. מנהיגי המדינות הללו נפגשו בג'אווה המערבית ב-1955, והניחו את היסודות למה שלימים תיקרא ברית המדינות הבלתי-מזדהות. בשלהי שנות ה-50 וראשית שנות ה-60 התקרב הנשיא סוקרנו למדינות הקומוניסטיות שבאסיה בענייני חוץ ולעבר המפלגה הקומוניסטית של אינדונזיה (PKI) בענייני פנים. על אף שה-PKI הייתה המפלגה הקומוניסטית הגדולה ביותר מחוץ לברית המועצות וסין, בסיס התמיכה הגדול שלה מעולם לא הפגין את המסירות האידאולוגית שאפיינה מפלגות קומוניסטיות במדינות אחרות.

בעיית איריאן המערבית
בזמן שאינדונזיה קיבלה את עצמאותה, הולנד החזירה לעצמה את השליטה בחצי המערבי של גינאה החדשה, ואפשרה לתושבי המקום לבצע מספר צעדים לקראת כינונו של ממשל עצמי והכרזת עצמאות ב-1 בדצמבר 1961.

לאחר משא ומתן עם הולנד שנושאו היה הכללת הטריטוריה בתוך אינדונזיה נכשל, החלה פלישה של צנחנים אינדונזיים ב-19 בדצמבר, שהקדימה את ההתנגשויות הצבאיות בין חיילי אינדונזיה והולנד ב-1961 ו-1962. ב-1962 ארצות הברית הפעילה לחץ מדיני על הולנד כדי שתסכים לנהל שיחות חשאיות עם אינדונזיה. שיחות אלה הניבו באוגוסט 1962 את הסכם ניו-יורק, ואינדונזיה קיבלה אחריות מנהלית על איריאן המערבית ב-1 במאי 1963.

העימות בין אינדונזיה למלזיה
ב-1961 חולק האי בורנאו לארבע מדינות נפרדות: קאלימאנטאן, פרובינציה אינדונזית, הייתה ממוקמת בדרום האי. בצפון האי היו סולטנות ברוניי שהייתה אז מדינת חסות בריטית ושתי מושבות בריטיות – סאראוואק וצפון בורנאו הבריטית שמאוחר יותר שונה שמה לסאבה. כחלק מהנסיגה שלה ממושבותיה בדרום-מזרח אסיה, הממלכה המאוחדת פעלה על מנת לשלב את מושבותיה בבורנאו עם אלו שבחצי האי המלאי, ולהקים את מלזיה.

בברוניי, התמרדו כוחות הצבא הלאומי של צפון קאלימאנטאן (TKNU) - בתמיכה אינדונזית - ב-8 בדצמבר 1962. הם ניסו לכבוש את סולטנות ברוניי, להשתלט על שדות הנפט ולקחת בני ערובה אירופאים. הסולטאן ברח וביקש סיוע בריטי, הוא קיבל מסינגפור חיילים בריטיים וחיילי גורקה. ב-16 בדצמבר דיווח פיקוד המזרח הרחוק הבריטי שכל בסיסי המורדים העיקריים נכבשו, וב-17 באפריל 1963 נלכד אחד משני מנהיגי המורדים, והשני אחמד מחמוד אזאהארי נמלט אל הפיליפינים ומשם עבר אל אינדונזיה והמרד הסתיים.

הפיליפינים ואינדונזיה הסכימו באופן רשמי להכיר ביצירתה של מלזיה אם ייערך משאל עם באזור הנתון למחלוקת (על ידי האו"ם) שבו יהיה רוב להצעה. אולם, ב-16 בספטמבר, עוד לפני שנודעו תוצאות ההצבעה, קבעה הממשלה המלזית שהפדרציה תקום, ותיארה את ההחלטה כעניין פנימי שלה, שאינו מצריך ייעוץ חיצוני. הממשלה האינדונזית ראתה פעולה זו כהבטחה שהופרה וכעדות לאימפריאליזם בריטי.

ב-20 בינואר 1963, הודיע שר החוץ של אינדונזיה, סובאנדריו, כי אינדונזיה תנקוט במדיניות Konfrontasi עם מלזיה. ב-12 באפריל החלו מתנדבים אינדונזיים – כביכול אנשים מהצבא האינדונזי – לחדור לסאראוואק וסאבאה, ליזום פשיטות ומעשי חבלה, ולהפיץ תעמולה. ב-27 ביולי, הכריז סוקרנו שהוא הולך "למחוץ את מלזיה".

משני צדי מצר מלאקה החלה להיווצר מתיחות רבה. יומיים לאחר מכן נשרפה השגרירות הבריטית בג'קרטה על ידי פורעים. מאות פורעים פשטו על השגרירות ועל בתי הדיפלומטים של סינגפור. במלזיה, נלכדו סוכנים אינדונזיים והחלו התקפות של אזרחים כנגד השגרירות האינדונזית בקואלה לומפור.

כאשר האו"ם קיבל את מלזיה כחברה לא קבועה, ביטל סוקרנו בראשית 1965 את חברותה של אינדונזיה באו"ם וניסה ליצור את ועידת הכוחות המגיחים מחדש (Conefo) כאפשרות חלופית.

באמצע שנת 1965 החלה הממשלה האינדונזית להשתמש באופן גלוי ביחידות צבאיות. ב-28 ביוני הן חצו את הגבול באי המחולק סבאטיק בקצה המזרחי של החזית ליד תאוואו, סאבה, והתעמתו עם המגינים המקומיים. פריצתה של מלחמה אזורית כוללת נעצרה רק בעקבות פריצת מלחמת האזרחים באינדונזיה.

הדחת סוקרנו

בשלהי 1965 הצבא האינדונזי התפצל לשני מחנות: ימני ושמאלני. מחנה השמאל הזדהה עם המפלגה הקומוניסטית של אינדונזיה (PKI), שגם שלטה על רוב הארגונים האזרחיים והתרבותיים שסוקרנו יצר על מנת לגייס תמיכה למשטרו. מחנה הימין נתמך מבחוץ על ידי ארצות הברית, שאימנה מספר קצינים ויצרה מספר צוותי חשיבה. לאחר שקיבלה את הסכמתו של סוקרנו, ה-PKI החלה לחמש קבוצות של איכרים כדי שיילחמו באזורי הכפר בכוח העולה של מפקדי מחנה הימין. מפקדי הצבא התנגדו לתוכנית.

ב-30 בספטמבר 1965, שישה גנרלים בכירים כולל הרמטכ"ל אחמד יאני וכן 4 קציני צבא אחרים נרצחו על ידי שומרי הארמון של סוקרנו, בתואנה שהם נאמנים ל-PKI. לאחר שהחלה להתפשט באינדונזיה תחושת פאניקה שנבעה מהחשש לניסיון הפיכה קומוניסטי, מייג'ור גנרל סוהארטו, מפקד צבא המילואים האסטרטגי (קוסטראד), ארגן מתקפה תחת הצידוק של דיכוי המרד. נטען שהצבא הרג עשרות אלפי אנשים שנחשדו כקומוניסטים באזורי הכפר. עד 1966 נרצחו לפחות 500,000 בני אדם. האלימות הייתה חריפה במיוחד בג'אווה ובבאלי.

לאחר שהחל לראות בלאומיים ובסוקרנו הפרו-קומוניסטי כאיום לאינטרסים שלו, המערב נטה לנצל את המצב לטובתו. תיאור המאורעות של סוהארטו בתור 'קוטל קומוניסטים' היה הגרסה הרשמית שקודמה במערב. הרומן הידוע של כריסטופר קוך "שנה של חיים בסכנה" סייע בשלב מאוחר יותר לחזק את הטענה הזו. כמו כן, נטען כי עיקר ההרג של חברי ה-PKI היה בעידוד של ממשלות ארצות הברית והממלכה המאוחדת. לפי מזכר של ה-CIA, ראש הממשלה הרולד מקמילן והנשיא ג'ון קנדי הסכימו "לחסל את הנשיא סוקרנו, תלוי במצב ובהזדמנויות שיהיו". ב-1990 העיתונאית האמריקנית קאת'י קאדאן גילתה את הגבול של התמיכה האמריקנית של אירועי הטבח של 1965 – 1966 שאפשרו את תפיסת השלטון על ידי סוהארטו. היא ראיינה פקידי ממשל ואנשי CIA לשעבר, שדיברו על רשימות של 5,000 פעילי PKI, שהאמריקנים סימנו את האנשים הרשומים בהן כהרוגים או שבויים. הם עבדו באופן צמוד עם הבריטים שניסו להגן במידת האפשר על האינטרסים שלהם במלזיה. סר אנדרו גילכרייסט שלח מכתב למחלקת החוץ בלונדון שתוכנו היה: "... מספר קרבות ירי באינדונזיה הם צעד מקדים לשינוי יעיל". ה-PKI קיבלה תמיכה מסוימת מהעניין, וזו הייתה תמיכה שהדאיגה מאוד את האמריקנים שחששו שאינדונזיה בדרך להפוך למדינה קומוניסטית, בדומה לווייטנאם שבצפון.

ישנם ספקות באשר לשאלה האם הצבא היה הגורם היחיד שהיה אחראי לטבח. על אף שה-PKI זכתה לתמיכה בקרב העניים, הם לא קיבלו תמיכה כלשהי מקבוצות אחרות, כיוון שקבוצות אלה האמינו שהקומוניסטים חסרי אמונה באלוהים. הקומוניסטים, בניגוד לסוקרנו, לא הבינו שלחוואים יש חוות פרטיות. לפיכך, כאשר הם קיבלו תמיכה בקרב האיכרים העניים, הם היו שנואים בקרב איכרים אחרים שחששו שהאדמה שלהם תילקח על ידי חזית האיכרים של אינדונזיה.

סו הוק גי, בחיבורו "על הטבח באי באלי", כתב על מה שקרה בבאלי. לטענתו לא היה זה הצבא שביצע את הטבח כי אם אנשי באלי עצמם שהיו תומכים של הנאס"אקום (לאומניים – דתיים – קומוניסטיים) או שהיה להם קשר לקומוניסטים. הם הובילו את הטבח נגד כל מי שנחשד כקומוניסט (ולא בהכרח היה כזה) על מנת להסתיר את הקשר שלהם עם הקומוניסטים או לנצל את האירוע על מנת לסלק את יריביהם (בעסקים או בפוליטיקה) מהדרך.

בשנים 1965 – 1966 הנשיא סוקרנו ניסה להשיג מחדש את מעמדו הפוליטי ולהחזיר את המדינה למצב שהיה לפני אוקטובר 1965. על אף שהוא נשאר הנשיא, ב-11 במרץ 1966 סוקרנו נאלץ להעביר סמכויות פוליטיות וצבאיות חשובות לגנרל סוהארטושלושה תצלומים שונים של ההוראה מקושרים בקישורים החיצוניים למטה. התייחסות נרחבת בערך: סוקרנו, שבאותו זמן כבר היה בתפקידו הרשמי מפקד כוחות היבשה של אינדונזיה ולמעשה הקצין הבכיר ביותר שלא נרצח ב-30 בספטמבר 1965.

סוהארטו החל לנהל מדיניות חוץ עצמאית כבר בשנת 1966. הוא השיב את אינדונזיה לחברות באו"ם והחל מ-28 במאי 1966 חפש שלום עם מלזיה. אז נשלח אדם מליך אל בנגקוק לוועידת שלום. ב-11 באוגוסט 1966 הושג ההסכם, שבו הכירה אינדונזיה בקיום מלזיה ובשלמות שטחיה. בשובו של אדם מליך מבנגקוק בא סוהארטו אל סוקרנו כדי שסוקרנו יאשר את ההסכם. אבל סוקרנו, שכינה את מלזיה בשם "מדינת בובה נאו-קולוניאליסטית, קולוניאליסטית, אימפריאליסטית" סירב לחתום וסוהארטו אישר את ההסכם בעצמו. ההסכם, שהתבסס על גבולות שגבלו הולנד ובריטניה בשנת 1891 הותיר את הגבול הימי בלתי תחום. מקור לסכסוך על האיים סיפאדאן וליגיתאן ולהביא להתנגשות ימית בין ספינות משתי המדינות ב-8 באפריל 2005 מול אמבאלאת במחוז קאלימאנטן המזרחית.

ב-12 במרץ 1967 אספת המחוקקים העממית הזמנית (MPRS) מינתה את סוהארטו לנשיא בפועל. סוקרנו הפסיק להוות מוקד כוח פוליטי ולמעשה הוא חי תחת מעצר בית בבוגור עד מותו ב-1970.

תקופת הסדר החדש
שמאל|ממוזער|250px|סוהארטו, שהיה נשיא אינדונזיה בין 1967 ל-1998
בשנות ה-50 ושנות ה-60 ממשלתו של סוקרנו הצטרפה בתחילה לגוש המדינות הבלתי מזדהות ומאוחר יותר לגוש הסוציאליסטי. בשנות ה-60 אינדונזיה הייתה בעימות צבאי נגד מלזיה, וסבלה מבעיות פנים גוברות בעקבות קשיי פנים כלכליים. הגנרל סוהארטו נתמנה לנשיא ב-1967 מתוך מטרה להוביל את המדינה לניצחון נגד ניסיון הפיכה קומוניסטית שכוון נגד הנשיא החלש סוקרנו, שתקיפותיו כנגד אנשי שמאל הדאיגו מאוד הן את אנשי הצבא והן את המערב. בתקופה שלאחר עלייתו לשלטון של סוהארטו מאות אלפי אנשים נהרגו או נכלאו על ידי הצבא, והתחוללו מאבקים קשים בין קבוצות דתיות לבין תומכים לכאורה של הקומוניזם. הכינוי הנפוץ ביותר לתקופת שלטונו של סוהארטו הוא "תקופת הסדר החדש".

סוהארטו קרא למשכילים אינדונזיים שלמדו בחוץ לארץ לשוב אל אינדונזיה ולשקמה. בין השבים בשנת 1967 היה גם גאולוג חניך אוניברסיטת הוואי בשם לולו סותורו אביו החורג של הנשיא הקודם של ארצות הברית ברק אובמה. סותורו בא עם אשתו אן דנהם אמו יולדתו של אובמה. אובמה שהגיע כשהיה בן 6, למד בג'קרטה במשך 4 שנים, לפני שנשלח להוואי.

בשנת 1969 נתקלו האינדונזים בעובדה שלא סומנה במפתם בשנת 1960: מודדי גבולם הבחינו ש-2 איים, סיפאדאן וליגיתאן, חלקים של מדינת סאבאה במלזיה נמצאים מדרום לקו רוחב צפוני 10'4. הקו הזה מהווה בחוף האי קאלימאנתאן ובאי סבאטיקמקורות: :en:Sebatik_Island וגם ב-GOOGLE EARTH מראים זאת את הגבול בין שתי המדינות, מצפון סבה של מלזיה ומדרום מחוז קאלימאנטאן הצפוניתפוצל מקלימאנטאן המזרחית של אינדונזיה. המשמעות המעשית הייתה תביעה אינדונזית לבעלות על 2 האיים.

סוהארטו הזמין מספר משקיעים זרים למדינה, שגרמו לצמיחה כלכלית מסוימת. אולם, סוהארטו העשיר את עצמו ואת משפחתו באמצעות מעשי שחיתות שלטונית נרחבת והיה מוכרח להתפטר מתפקידו בעקבות ירידה חדה בפופולריות, הכלכלה הכושלת והמחאה שנוצרה במהלך המהפכה האינדונזית של 1998. ב-21 במאי 1998, הנשיא סוהארטו הודיע על התפטרותו וביקש מסגן הנשיא שלו, באכארודין חביבי, להתמנות ולקחת על עצמו את תפקיד נשיא המדינה.

מ-1998 עד 2018 היו באינדונזיה חמישה נשיאים: באכארודין יוסוף חביבי (1998 – 1999), עבד א-רחמן וחיד (1999 – 2001), מגוואטי סוקרנופוטרי (2001 – 2004),סוסיליו באמבאנג יודהויונו (2004 עד 2014), וג'וקו וידודו (2014 - 2018 וממשיך בתפקיד).

סיפוח איריאן המערבית
לאחר שדחתה את הצעת הפיקוח של האו"ם, ממשלת אינדונזיה תחת הנהגתו של סוהארטו החליטה ליישב בעצמה את שאלת איריאן המערבית, לשעבר גינאה החדשה ההולנדית, לטובתה. במקום לקיים משאל עם בקרב תושבי המקום כפי שהוסכם כאשר סוקרנו היה הנשיא, נחקק "חוק הבחירה החופשית" ב-1969 שבמסגרתו נבחרו 1,026 נציגים מקרב התושבים, על ידי האינדונזים. לאחר מספר שיעורים ללימוד השפה האינדונזית הם הוזהרו שעליהם להצביע פה אחד לטובת איחוד של איריאן עם אינדונזיה. אספה של העצרת הכללית של האו"ם שנערכה לאחר מכן אישרה את העברת הריבונות לאינדונזיה. הראיון של נציגי האו"ם היה בשני שלבים, ביולי וב-2 באוגוסט 1969. ב-19 בנובמבר נערכה הצבעה בנושא זה באספה הכללית של האו"ם. 84 מדינות תמכו בסיפוח איריאן המערבית לאינדונזיה. אף מדינה לא התנגדה.

בשנת 1963 נוסד ארגון גרילה ORGANISASI PAPUA MERDEKA (במלאית "ארגון פפואה העצמאית") שפתח במלחמת גרילה בקנה מידה קטן בשנים שלאחר הסיפוח על ידי אינדונזיה. שמה של איריאן המערבית שונה לאיריאן ג'איה ('איריאן המנצחת') ב-1973. בשנת 1894 נבזזה תעודה עתיקה הכתובה בשפת האי ג'אוה בשם נגרקרטגאמה NAGARAKERTAGAMA שנמצאה על ידי חיילים הולנדים בזמן דכוי מרד באי לומבוק בעת מבצע צבאי. בין היתר נכתב בה שבשנת סאקא 1287, בתאריך המקביל לספטמבר / אוקטובר 1365 לספירה הנוצרית, שלטה ממלכת מאג'אפאהית הקדומה במקום בשם "ואנין". האינדונזים מזהים את "ואנין" עם חצי האי "אונין" במערב גינאה החדשה. בשנת 1973 השיבה מלכת הולנד את התעודה לאינדונזים, בזמן בקור ממלכתי שערכה באינדונזיה, ואלה השתמשו באזכור שלטון מאג'אפאהית ב"אונין" כהוכחה היסטורית לנכונות תביעותיה של אינדונזיה לשלטון באיריאן ג'איה.

סיפוח טימור המזרחית
גורמים אינדונזיים שונים תבעו את ספוח טימור המזרחית אל אינדונזיה החל משנת 1945 בהסתמך על העובדה שממלכת מאג'אפאהית הקדומה שלטה בכל האי. החל משנת 1974 מצאו האינדונזים סבה לדרוש בקולניות את ספוח טימור הפרטוגאלית כאשר מהפכת הציפורנים בפורטוגל גרמה לרשויות המקומיות במדינה להודיע על תוכנית לביטול הקולוניזציה של טימור המזרחית, החלק המזרחי של האי טימור שחלקו המערבי היה חלק מהפרובינציה האינדונזית של נוסה טנגארה המזרחית. הדרישה האינדונזית גרמה נתוק הקשרים הדיפלומטיים עם פורטוגל בשנת 1974. בבחירות שנערכו בטימור הפורטוגלית ב-1975 פרטילין, מפלגה שנטתה לכיוון השמאלי של המפה הפוליטית ומפלגת האיחוד הדמוקרטי הטימורי (UDT), חברו אל האליטות המקומיות, והפכו למפלגות גדולות, לאחר שבעבר כבר יצרו ברית שמטרתה הייתה קבלת עצמאות מפורטוגל. אפודטי, מפלגה שתמכה באינטגרציה עם אינדונזיה, זכתה לתמיכה מעטה בלבד.

אינדונזיה טענה שמפלגת פרטילין היא קומוניסטית, ולפיכך חששה שמזרח טימור, כמדינה עצמאית, תגרום לפילוג בארכיפלג כולו. המודיעין הצבאי האינדונזי גרם להפסקת הברית בין פרטילין ו-UDT, מה שהוביל לניסיון הפיכה של UDT ב-11 באוגוסט 1975, ולמלחמת אזרחים שנמשכה חודש. במהלך הזמן הזה, הממשלה הפורטוגלית נטשה את הטריטוריה הלכה למעשה, ולא המשיכה בתהליך הדה-קולוניזציה. ב-28 בנובמבר הכריזה מפלגת פרטילין באורח חד צדדי על עצמאות המדינה שתיקרא הרפובליקה הדמוקרטית של טימור המזרחית. ב-29 בנובמבר 1975 פלשו האינדונזים למובלעת אוקוסי אמבנו על החוף הצפון מערבי חלק מטימור הפרטוגלית. ב-7 בדצמבר ביום שהודיעו הפורטוגזים רשמית על עזיבתם, פלשה אינדונזיה במבצע "סרוג'א" (במאלאית: "לוטוס"), לעקר השטח של טימור המזרחית. הפלישה באה יום לאחר שנשיא ארצות הברית אז, ג'רלד פורד עזב את אינדונזיה, ב-6 בדצמבר, אז נאמר לו שאינדונזיה מתכוננת לפלוש אל טימור המזרחית. ביום הפלישה היה פורד בחנית בינים בהוואי. כששמע אודות הפלישה, דווח שהגיב: "הפעם אנחנו עם האינדונזים". לבסוף, עד 17 ביולי 1976 הצליחה לספח אליה את המדינה הקטנה שגרו בה (אז) כ-680,000 תושבים. המלחמה לא הייתה אהודה באינדונזיה. היא עלתה לה ב-900 הרוגים וב 2,000 פצועים. אינדונזיה נתמכה מבחינה חומרית ומבחינה דיפלומטית על ידי ארצות הברית, אוסטרליה והממלכה המאוחדת שראתה באינדונזיה בעלת ברית אנטי-קומוניסטית. נחקקו 2 חוקים בעניין הספוח, האחד ב-17 ביולי 1976 והשני בשנת 1978.

הגירת פנים
מקור הרעיון היה בשנת 1905, בימי שלטונם של ההולנדים, אבל עקר הבצוע של התוכנית היה בימי שלטון סוהארטו. החלה מגמה של התפתחות ומודרניזציה של האזורים העירוניים במדינה. בנוסף, חל שיפור בתנאי החיים. מצב זה גרם לעלייה משמעותית בצפיפות האוכלוסין, כיוון שכפריים החלו להגר לערים בחיפוש אחר עבודה. על מנת להתמודד עם בעיה זו, סוהארטו הפעיל את "תוכנית הגירת הפנים", והעביר אנשים מהאיים ג'אווה, באלי ומאדורה לאזורים אחרים וביניהם פפואה, קאלימאנטאן, סומטרה וסולאווסי. יש טענה שמחצית המפונים הועברו בכפייה.

התמריץ שהנהיג ממשל סוהארטו היה גדול: קבלו המפונים קרקע בשטח 5 אקרים, בית עץ של 2 חדרים, תכופות ביישוב חקלאי חדש, מזון ודשנים לשנה. הבעיה הייתה שבראשית התוכנית הייתה העלות של העברת משפחה 500 דולרים של ארצות הברית, אבל האינפלציה, השחיתות, וחוסר יעילות נוסח "העולם השלישי", גרמו לכך שעלות העברת משפחה גדלה עד 7000 דולרים.

עד שנת 1989, הועברו כ-3 מיליוני אנשים בחסות התוכנית. לתוכנית הייתה השפעה מהותית על הדמוגרפיה של מספר אזורים; לדוגמה, ב-1981 60% מתוך שלושת מיליוני התושבים שבפרובינציית לאמפונג, הדרומית ביותר בסומטרה, היו מהגרי פנים. הבנק העולמי, הבנק האסייתי לפיתוח ומספר תורמים עצמאיים ייסדו את התוכנית בשנות ה-80 עם תקציבי עתק.

מטרתה המוצהרת של התוכנית הייתה להפחית את העוני והצפיפות בג'אווה, לספק הזדמנויות לעניים בעלי יכולת עבודה, ולספק כוח עבודה שיוכל לנצל ביעילות גבוהה יותר את המשאבים הטבעיים של האיים החיצוניים. התוכנית נוהלה במקביל למאמצים לאחד את המדינה עוד יותר באמצעות יצירת זהות 'אינדונזית' יחידה שתהיה נוספת על או תחליף את הזהויות המקומיות.

בשנת 1992 נסגר האי סומטרה לאכלוס.

מבקרי התוכנית האשימו את הממשלה האינדונזית שהיא מנסה להשתמש במהגרים כדי להחליף את אוכלוסיית הילידים, ולהחליש תנועות בדלניות. התוכנית הפכה לנושא שנוי במחלוקת, כולל התנגשויות אלימות בין מהגרים ואוכלוסיות מקומיות. מקור ההאשמות נגע ל"איריאן ג'איא" ולטימור המזרחית. ההבדל ביניהן הייתה שבעוד שהמחוזות של היום פפואה (פרובינציה) ופפואה המערבית 48 % מהתושבים במפקד 2010 הם מהגרי פנים מאיים אחרים באינדונזיה, ואינדונזיה ממשיכה לשלוט בחלק המערבי של גינאה החדשה. לעומתה, במזרח טימור כשל הרעיון לגמרי. מקומיים זהו מהר מאוד מי אינו מבין פורטוגזית או טטום וידעו שהוא מהגר. הדבר גרר מהומות. החל מ-24 במאי 1998 מזמן שהעלה בחרודין יוסוף חביבי את הרעיון לאפשר לטימור המזרחית משאל שבו יוכלו תושביה לבחור באוטונומיה או בעצמאות, היו המהומות סבה שבגללה אמרו שאי אפשר לשמור שם את החק והסדר. כל זמן שסוהארטו היה נשיא הוא העסיק שם את הצבא, אבל לחביבי נמאס מהמצב והוא העלה רעיון של אפשרות להפרד מטימור המזרחית.

באוגוסט 2000, כשלוש שנים לאחר המשבר הכלכלי באסיה ונפילת ממשלתו של סוהארטו, ממשלת אינדונזיה החליטה לבטל לחלוטין את התוכנית כיוון שלא היו לה יותר מקורות מימוןאחד התורמים הפרטיים לתוכנית העברת האוכלוסין, היה ליאם סיוא ליונג, שנודע גם בשם הג'אואני סלים סודונו שקבל בהיותו אזרח אינדונזי לאחר עצמאות אינדונזיה. הוא היה יליד סין היבשתית ב-16 ביולי 1916, בשנת 1936 עזב את סין ועבר אל קודוס בג'אווה והתמחה באספקת ציפורן (תבלין) ושמן בוטנים. במלחמת העצמאות של אינדונזיה ספקה חברתו תרופות לצבא האינדונזי וכך הכיר את סוהרטו. הוא התעשר מכספי חברות הולנדיות שנתפשו בידי אינדונזים אחרי סוף המלחמה. הוא עבר ב-1952 אל ג'קרטה והרחיב את עסקיו גם לבבנקאות, בשנת 1988 הזכיר הנשיונל ג'יאוגרפיק בכתבה אודות אינדונזיה שהזכירה את סוהארטו ואותו, נכתב שמפעליו מייצרים הכל משמן בישול ועד לפלדה מגולוונת, וגם שהוא מהמשקיעים בתוכנית העברת האוכלוסין. ב-1997 היו לו 500 חברות בנות, שהעסיקו יותר מ-200,000 אינדונזים. אחרי טרגדית תריסאכתי, במהומות 13 עד 15 במאי 1998 נשרף ביתו בג'קרטה על ידי ההמון והוא נמלט אל סינגפור. הוא מת שם ב-10 ביוני 2012..

התנועה הפרו-דמוקרטית
ב-1996 סוהארטו נטל על עצמו את המאמצים להתמודד עם אתגר חדש שממשלתו נתקלה בו. המפלגה הדמוקרטית האינדונזית (PDI), מפלגה חוקית שבאופן מסורתי התנגדה למשטר שינתה את אופי פעילותה, והחלה לנצל את החופש שלה. סוהארטו כפה פיצול על מנהיגות ה-PDI, ותמך בסיעה שהייתה נאמנה לסגן יושב ראש הפרלמנט סורייאדי כנגד סיעה שהייתה נאמנה למגאוואטי סוקרנופוטרי, בתו של סוקרנו ויושבת ראש המפלגה.

לאחר שסיעתו של סורייאדי הודיעה על כוונתה לערוך כינוס של מוסדות המפלגה בין 20 ביוני ל-22 ביוני על מנת לפטר את מגאוואטי, מגאוואטי הודיעה שתומכיה יפגינו במחאה כנגד הצעד. סיעתו של סורייאדי המשיכה בצעדים להדחת מגאוואטי, וההפגנות התפשטו ברחבי אינדונזיה. הפגנות אלה הובילו למספר עימותים בין המפגינים לבין כוחות הביטחון, ולהטחת האשמות הדדית בין שני הצדדים. המהומות הגיעו לשיא בצבא ואפשרו לתומכיה של מגאוואטי להשתלט על מטה ה-PDI בג'קרטה, כאשר הם הבטיחו שלאחר מכן הם לא יגרמו ליותר מהומות.

ב-27 ביולי, שוטרים, חיילים, ואנשים שטענו שהם תומכי סורייאדי הסתערו על מטה המפלגה. מספר תומכים של מגאוואטי נהרגו, ולמעלה ממאתיים נעצרו ונשפטו לפי החוקים למניעת חתרנות והפצת שנאה. היום הזה ידוע בתור "השבת השחורה" והוא סימן את תחילת הרדיפות של ממשלת הסדר החדש נגד תומכי הדמוקרטיה, שמעתה נקראו רפורמטורים ("Reformasi").

כתוצאה מ"השבת השחורה" הקימה מגאוואטי סוקרנופוטרי מפלגה דמוקרטית חדשה: PDI-P ראשי תבות של:PARTAI DEMOKARSI INDONESIA - PERJUANGAN, "המפלגה הדמוקרטית האינדונזית - מאבק".

המשבר הכלכלי
ב-1997 המשבר הכלכלי באסיה השפיע בצורה משמעותית על הכלכלה והחברה באינדונזיה, כמו גם על משטרו של סוהארטו. הרופיה האינדונזית, מטבע הכסף האינדונזי, איבד את רוב הערך שלו. סוהארטו התמודד עם לחץ ממוסדות הכספים הבינלאומיים, בעיקר הבנק העולמי, קרן המטבע הבינלאומית וארצות הברית, בעקבות מעילות שהתגלו בכספים שניתנו לאינדונזיה ומדיניות של פרוטקציוניזם. בדצמבר, ממשלתו של סוהארטו חתמה על מסמך הצהרת כוונות עבור קרן המטבע הבינלאומית, והתחייבה לקבוע תקנות צנע, כולל קיצוצים בשירותי הציבור והפסקת סובסידיות, בתמורה לקבלת עזרה מהקרן ומגופים אחרים.

בתחילת 1998 תקנות הצנע אושרו על ידי סוהארטו וגרמו להתערערות ביטחון הפנים תחת המשטר שלו. מחירי סחורות כגון נפט ואורז, וכן שירותים חיוניים לציבור כגון חינוך, עלו בצורה משמעותית. השפעת התקנות הוגברה עוד יותר בגלל השחיתות הנרחבת.

סוהארטו עמד לבחירה מחודשת על ידי הפרלמנט בפעם השביעית במרץ 1998, והצדיק את הבחירה בו בטענה שמנהיגותו נחוצה במהלך המשבר. הפרלמנט אישר את בקשתו והוא התמנה לכהונה נוספת. צעד זה גרם להתפרצות מהומות ברחבי המדינה, והן מכונות מהפכת 1998 באינדונזיה. בעקבות מחלוקות שהתעוררו בתוך מפלגתו של סוהארטו עצמו מעמדו נחלש עוד יותר, וב-21 במאי הוא התפטר מתפקידו. מחליפו היה סגן הנשיא יוסוף חביבי.

תקופת הרפורמציה
ממשל חביבי
הנשיא חביבי הצליח להקים קבינט זמן קצר לאחר שנתמנה לתפקיד. אחת ממשימותיו העיקריות הייתה להשיג מחדש תמיכה מקרן המטבע הבינלאומית ומתורמים נוספים, וזאת עבור תוכנית לייצוב הכלכלה. הוא שחרר במהירות את האסירים הפוליטיים וביטל מספר הגבלות על חופש הדיבור וההתאגדות.

ב-7 ביוני 1999 נערכו בחירות עבור הפרלמנטים ברמה הלאומיות, הפרובינציאלית והתת-פרובינציאלית. בבחירות לפרלמנט הלאומי ניצחה מפלגת המאבק הדמוקרטי האינדונזי (שבראשה עמדה בתו של סוקרנו, מגאוואטי סוקרנופוטרי) עם 34% מהקולות; גולקאר (מפלגתו של סוהארטו, לשעבר מפלגת השלטון) 22%; מפלגת התחייה המאוחדת (בראשה עמד האמזא האז) 12%; ומפלגת ההתעוררות הלאומית (בראשות אבדורחמן וחיד) עם 10%.

עצמאות לטימור המזרחית
ב-30 באוגוסט 1999 הצביעו תושבי מזרח טימור ברוב סוחף לטובת עצמאות, בבחירות שנוהלו בפיקוחו של האו"ם. בהצבעה השתתפו כ-98.6% מבעלי זכות הבחירה; 78.5% מהמצביעים תמכו בעצמאות, רק 94388 מן הבוחרים (21.5%) תמכו בהמשך השלטון האינדונזי, למרות החודשים שבהם סבלו מהתקפות הצבא האינדונזי והמיליציות שלו. לאחר שהוכרזה תוצאת המשאל, הצבא האינדונזי והמיליציות שלו הגיבו ברציחתם של 2,000 מתושבי האי, גירוש מהבית של שני שלישים מהאוכלוסייה, אונס של מאות נשים וילדות, והרס של רוב תשתיות המדינה. 300,000 פליטים התרכזו ב-173 מחנות אוהלים מסביב לעיר אתאמבוא במערב האי טימור עובדי סיוע של האו"ם ניסו לדאוג להם, ו-2 מיליציות של תומכי אינדונזיה רדו במי שלא נחשב לנאמן.

באוקטובר 1999 ביטל הפרלמנט האינדונזי את 2 החוקים שסיפחו את טימור המזרחית. ב-31 באוקטובר 1999 נסוגו אחרוני החיילים האינדונזים, וכשנשאל מפקדם בשדה התעופה של דילי כיצד הוא מגדיר את 24 השנים האחרונות הוא ענה כי מדובר ב"טעות". מנהלת המעבר של האו"ם בטימור המזרחית קיבלה על עצמה את השלטון בטימור המזרחית עד שהיא נהפכה למדינה עצמאית ב-20 במאי 2002.

עד שנת 2002 שבו 180,000 פליטים לטימור המזרחית. 120,000 פליטים נותרו באינדונזיה ויושבו על ידי ממשלתה במקומות שונים. העיתון ג'קרטה פוסט טען באתרו שכל 94,388 המצביעים שתמכו באינדונזיה במשאל של 30 באוגוסט 1999 נשארו באינדונזיה, ותהה למה מספר הנשארים הכולל היה גבוה יותר.

ממשל וחיד
באוקטובר 1999, אספת העם המייעצת (MPR), המורכבת מ-500 חברי הפרלמנט בנוסף ל-200 חברים נוספים שמתמנים לתפקיד ואינם חברי פרלמנט, בחרה בעבד אלרחמאן וחיד כנשיא, ובמגאוואטי סוקרנופוטרי כסגניתו, לתקופת כהונה של 5 שנים. וחיד הציג את הקבינט הראשון שלו בראשית נובמבר 1999 וקבינט נוסף, שונה מהראשון, באוגוסט 2000.

ממשלתו של הנשיא וחיד המשיכה בצעדים לכיוון הדמוקרטיזציה ועידוד הצמיחה הכלכלית למרות התנאים הבעייתיים. בנוסף לתשישות כלכלית מתמשכת, ממשלתו של וחיד התמודדה עם בעיות ברמה האזורית, בין-אתנית ובין-דתית, ובייחוד באצ'ה, איי מאלוקו, ואיריאן ג'איא.

בעיותיהם של עקורי טימור המזרחית, שהועברו למערב האי, והאלימות שמקורה במיליציות מזרח טימוריות פרו-אינדונזיות, שתמכו בסיפוח מזרח טימור לאינדונזיה, גרמו לבעיות הומניטריות וחברתיות קשות. הפרלמנט היה מאוד אגרסיבי וקרא תיגר פעמים רבות על מדיניותו של הנשיא וחיד, ובכך תרם לוויכוחים הפוליטיים שהתחוללו ברמה הלאומית.

ממשל מגאוואטי
במהלך המושב הראשון של ה-MPR באוגוסט 2000, הנשיא וחיד מסר דיווח על תפקוד ממשלתו. ב-29 בינואר 2001 אלפי סטודנטים מוחים הסתערו על בניין הפרלמנט ודרשו את התפטרותו של ווחיד בעקבות מעורבותו לכאורה בשערוריות שחיתות. בעקבות לחץ של האספה לשפר את ניהול המדינה ואת התיאום בין חברי הממשלה, וחיד הנפיק צו נשיאותי שנתן לסגנית הנשיא מגאוואטי את השליטה על הניהול היומיומי של הממשלה. זמן לא רב לאחר מכן, ב-23 ביולי, מגאוואטי סוקרנופוטרי התמנתה לתפקיד הנשיאה. היא הצליחה באיטיות להרגיע את המהומות הבין עדתיות במדינה, והתפרסמה כשבקשה סליחה מטימור המזרחית וגם נסעה להיות בהכרזת העצמאות שלה ב-20 במאי 2002 ויסדה שם את נציגות אינדונזיה בעיר דילי. נסיעתה הייתה אף על פי שקצינים בצבא אינדונזיה יעצו לה שלא לעשות כן. היו מהם שנפגעו מכך. הם היו בטימור המזרחית בתפקיד בזמן השלטון האינדונזי.

ב-17 בדצמבר 2002 פסק בית הדין הבינלאומי לצדק לטובת מלזיה בסכסוך על הריבונות על 2 איים סיפאדאן וליגיתאן, שנשלטו על ידי בריטניה ומלזיה כחלק מסאבאה ברוב של 16 לעומת1. פסק הדין לא נתן מענה לשאלת הגבול הימי.

ממשל יודהויונו היחסים עם מלזיה ואסון הצונמי ב-2004 והשלום באצ'ה

ב-2004 נערכו הבחירות החד-יומיות הגדולות ביותר בעולם. הייתה זו הפעם הראשונה שנערכו בחירות ישירות למשרת הנשיא והמנצח היה סוסילו באמבאנג יודהויונו.

ב-26 בדצמבר 2004, התחוללה רעידת אדמה באוקיינוס ההודי שגרמה לגל צונמי שהרס חלקים נרחבים בצפון סומטרה, ובייחוד באצ'ה. באופן חלקי כתוצאה מהצורך בשיתוף פעולה ובשלום במהלך ההתאוששות מהצונמי באצ'ה, החל משא ומתן בין ממשלת אינדונזיה ובין תנועת אצ'ה העצמאית. בהסכמים שנחתמו בהלסינקי בשנת 2006 הוסכם על יצירתה של מסגרת עבודה שבמסגרתה תצמצם ממשלת אינדונזיה את נוכחות הצבא באזור, כאשר חברי הפלג הצבאי של התנועה יתפרקו מנשקם ויפקידו אותו ברשות אמנסטי. כמו כן, ההסכם אפשר ללאומניים מאצ'ה ליצור מפלגה פוליטית שתייצג אותם, ובעקבותיו הם קיבלו זכויות אוטונומיות נוספות. שוחררו 1424 אסירים בני אצ'ה ושבו אל בתיהם.

בשנת 2019 הוחלט ממשלת אינדונזיה על הקמת בירה חדשה באי בורנאו.

באפריל 2021 התרחשה תאונה בצוללת KRI Nanggala וכל הצוות נספה.

לקריאה נוספת
 Dijk, Kees van. 2001. A country in despair. Indonesia between 1997 and 2000. KITLV Press, Leiden, 
 Ricklefs, M.C. 1991. A History of Modern Indonesia since c.1300. 2nd Edition, Stanford: Stanford University Press. 
 Ricklefs, M.C. 2001. A History of Modern Indonesia since c.1200. 3rd Edition, Stanford: Stanford University Press. 
 Taylor, Jean Gelman. 2003. Indonesia: Peoples and histories. New Haven: Yale University Press. 
 Schwarz, Adam. 1994. A Nation in Waiting: Indonesia's Search for Stability. 2nd Edition. St Leonards, NSW : Allen & Unwin.

קישורים חיצוניים

סג'אראה אינדונזיה – ציר זמן של המאורעות המרכזיים בהיסטוריה של אינדונזיה
דה-קולוניזציה – קישורים בנושא היסטוריה על סוף תקופת השלטון של האימפריות האירופאיות
אתר אינטרנט אודות תיירות בעיר פלמבאנג - אזכור תאריכה של כתובת קדוקאן בוקיט. 16 ביוני שנת 682 לספירה הנוצרית.
תצלום של "מכתב הוראה" שבו קבל סוהארטו את רב סמכויות השלטון מסוקרנו, ב-11 במרץ 1966 זהו עותק שצולם בידי 'מרכז ההיסטוריה והמסורת של צבא אינדונזיה', סמל הנשיא הכוכב המחומש נעדר, החותמת של סוקרנו שמו והתאריך נמצאים
תצלום המסמך בחתימתו של סוקרנו שבו העביר רב סמכויותיו לסוהארטו ב-11 במרץ 1966. סמל הנשיא נמצא, כוכב מחומש, הכתיב האינדונזי הישן ניכר. תרגום חלקי למה שניתן לקרוא: "נשיא רפובליקת אינדונזיה מכתב הוראה... אל: לנטן ג'נדראל סוהארטו שר מפקד כוחות היבשה..."
התייחסות נרחבת: בערך סוקרנו.
 שפע מזכרים רשמיים של ארצות הברית, באנגלית, אודות מגעים דיפלומטיים עם אינדונזיה - תקופה 1961 עד 1963, נושאים: אלאן לורנס פופ, PERMESTA, הסכסוך בין אינדונזיה להולנד במערב גינאה החדשה, העמות של אינדונזיה נגד מלזיה.

הערות שוליים

*